The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
181
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sequence length |
515
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structure length |
515
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Chain Sequence |
MSLRDKIEELKKIEKEIEQGGGPEKVEKQHRAGKLTAWERLELLLDPGTFVEIDKFVEHRNTYFGLDKVKLPRDGVITGVGEINGRKVAVFSQDFTVMGGSLGEMHAKKIVKLLDLALKMGIPVIGINDSGGARIQEGVDALAGYGEIFLRNTLASGVVPQITVIAGPCAGGAVYSPALTDFIVMVDQTARMFITGPNVIKAVTGEEISQEDLGGAMVHNQKSGNAHFLADNDEKAMSLVRTLLSYLPSNNAEEPPVEDPDTSLETPEDILDILPDNPNKGYDVRDVIKRVVDHGEFFEVQPYFAKNIVIGFARIQGKTVGIVANQPSVLAGVLDIDSSDKAARFIRFLDAFNIPILTFVDTPGYLPGVAQEHGGIIRHGAKLLYAYSEATVPKITVILRKAYGGAYIAMGSKHLGADMVLAWPSAEIAVMGPEGAANIIFKREIEASSNPEETRRKLIEEYKQQFANPYIAASRGYVDMVIDPRETRKYIMRALEVCETKVEYRPKKKHGNIPL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of propionyl-CoA carboxylase, beta subunit (TM0716) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.30 A resolution
rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Thermotoga maritima
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| molecule keywords |
propionyl-CoA carboxylase, beta subunit
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| total genus |
181
|
| structure length |
515
|
| sequence length |
515
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
6.4.1.2: Acetyl-CoA carboxylase. |
| pdb deposition date | 2005-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01039 | Carboxyl_trans | Carboxyl transferase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J5S A; 2Q34 A; 4B3J A; 4U0G H; 1WZ8 A; 3SWX A; 3BPP A; 3N6R B; 1N6D A; 3R6H A; 1SZO A; 4FNB A; 1PJH A; 5E0N X; 2F9Y A; 3NJB A; 1NZY B; 3H81 A; 2ZL4 A; 2Q35 A; 3H0S A; 3V5I A; 3IBB A; 4U18 A; 4OLQ A; 1FC7 A; 3Q7H A; 4FN8 A; 1K32 A; 4FND A; 3JU1 A; 2GTR A; 2J5I A; 2WTB A; 3QMJ A; 3IAV A; 2CBY A; 5KDR B; 3KTH A; 5JBW A; 3P5M A; 1YG8 A; 4I52 A; 1SG4 A; 2DUB A; 2FBM A; 4KWB A; 3BEZ A; 4I4Z A; 3HLN 1; 4MXI A; 2VSS A; 3P85 A; 4EML A; 3R9T A; 3R0O A; 4WYO B; 3U9R B; 3BF0 A; 3M6N A; 3MYB A; 3Q1T A; 1EF9 A; 3TDC A; 4QII A; 4JCS A; 4I42 A; 3GF7 A; 1HZD A; 1FC9 A; 3QKA A; 1RJM A; 3TRR A; 3GF3 A; 1JXZ A; 3QRE A; 1NZY A; 1HNU A; 3U9S B; 4NNQ A; 1OD2 A; 4U1A A; 3LAO A; 4KPK A; 3QXZ A; 4ELX A; 4WCZ A; 5DUF A; 3T89 A; 1N6E A; 2ZQR A; 3U9T B; 2CE3 A; 4L6W A; 4ZDF A; 2VSU E; 3MOY A; 3M6M A; 4Q0G A; 5JBX A; 1YG6 A; 2PPY A; 2F6I A; 5DUC A; 3TVW A; 3H0U A; 3TT6 A; 4FN7 A; 5C90 A; 4ZU2 A; 5DL1 A; 4JYJ A; 4ZDE A; 1XNW A; 2Q2X A; 5INI A; 4OMR A; 4JSB A; 1DCI A; 3ZWC A; 2HW5 A; 3ZW8 A; 3HRX A; 1HNO A; 1DUB A; 1EY3 A; 1XO6 A; 4FB8 A; 3I47 A; 2J5I I; 1MJ3 A; 4L8K A; 3H0Q A; 2FZS A; 3TV5 A; 3TLF A; 1N6F A; 5CTB A; 4F47 A; 3PGQ A; 5ING A; 1Q51 A; 5FIF A; 1FC6 A; 4Q1I A; 5DTW A; 3H02 A; 3T3W A; 2F9I A; 4KD6 A; 4ELS A; 1WDM A; 4IZC A; 4ZDC A; 1O8U A; 4HNK A; 3VIV A; 1UYS A; 5DZK A; 4WZ8 B; 5DKP A; 4OG1 A; 3GLM A; 4JVT A; 5E0S A; 3OT6 A; 2NP9 A; 2PBP A; 3KTJ A; 3FF6 A; 4NEK A; 3GMA A; 3T8B A; 3PZK A; 3TT7 A; 4EMM A; 4U0G A; 4FJW D; 3KTK A; 1XNY A; 2VSS E; 2VSU A; 4LK5 A; 2VSS F; 2F9Y B; 3L3S A; 2A7S A; 2C8T A; 3IB9 A; 1XX4 A; 1W2X A; 3PEA A; 3HP0 A; 1TYF A; 5KDR A; 2DEO A; 3HIN A; 2PG8 A; 3OME A; 1OD4 A; 2J5G A; 3FDU A; 2D3T A; 2J5I B; 3QYR A; 2IEX A; 5DZK H; 4K2N A; 3ZW9 A; 4ASI A; 3ZWB A; 2ZL0 A; 3NJD A; 4HC8 A; 3MT6 A; 3DOR A; 3SLL A; 3R9Q A; 1PIX A; 2VSU C; 5G1R A; 1RJN A; 4GHN A; 1UYV A; 2BZR A; 2ZL2 A; 3Q0J A; 4JFC A; 5DU4 A; 3DJA A; 4IZB A; 1ON3 A; 1EF8 A; 4JCQ A; 2ZQQ A; 5CTC A; 1WDK A; 3QWD A; 5C9G A; 4DI1 A; 4G2R A; 4GM2 A; 3ST9 A; 3P2L A; 4JCT A; 4RYF A; 3T8A A; 5KJP A; 4QIJ A; 3RRV A; 2FW2 A; 1TG6 A; 2F6Q A; 2J5G D; 4JYL A; 1J7X A; 2W3P A; 5MGB A; 3T88 A; 5INF A; 1VRG A; 2QQ3 A; 2UZF A; 4YLH A; 4JJT A; 4MOU A; 4U19 A; 3WG5 A; 1Y7O A; 4Z0M A; 3TVU A; 4IZD A; 1ON9 A; 4ZDD A; 3PE8 A; 2A7K A; 3G64 A; 3KQF A; 3RST A; 1Q52 A; 3LKE A; 4JCR A; 3STA A; 4B3I A; 1UIY A; 4FZW A; 3V5E A; 3HE2 A; 3RSI A; 2EJ5 A; 2ZL3 A; 5DTP A; 5G1Q A; 4ELW A; 3QK8 A; 5DU6 A; 4MI2 A; 1FCF A; 5IKL B; 5DU8 A; 3K50 A; 1K39 A; 4KNP A; 3K8X A; 3OC7 A; 4RYF H; 3TZ3 A; 3MFM A; 1UYT A; 3KTI A; 2X58 A; 1UYR A; 2VRE A; 4ZDB A; 1WDL A; 3GKB A; 3H0J A; 5FUS A; 1XNV A; 3R9S A; 4QFE A; 1X0U A; 4U0H A; 4JOT A; 2VX2 A; 3ZWA A; 4RCN A; 5E0S H; 2F9I B; 4FZW C; 4JWV A; 4K3W A; 2A81 A; 3Q0G A; 2VSU F; 4B3H A; 2X24 A; 3QXI A; 4K29 A; 4EMP A; 5G1S A; 3ISA A; 3KTG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BPT A; 2J5S A; 2Q34 A; 4B3J A; 4U0G H; 1WZ8 A; 3SWX A; 3BPP A; 3N6R B; 1N6D A; 3R6H A; 1SZO A; 4FNB A; 1PJH A; 5E0N X; 2F9Y A; 3NJB A; 1NZY B; 3H81 A; 2ZL4 A; 2Q35 A; 3H0S A; 3V5I A; 3IBB A; 4U18 A; 4OLQ A; 1FC7 A; 3Q7H A; 4FN8 A; 1K32 A; 4FND A; 3JU1 A; 2GTR A; 2J5I A; 2WTB A; 3QMJ A; 3IAV A; 2CBY A; 5KDR B; 3KTH A; 5JBW A; 3P5M A; 1YG8 A; 4I52 A; 1SG4 A; 2DUB A; 2FBM A; 4KWB A; 3BEZ A; 4I4Z A; 3HLN 1; 4MXI A; 2VSS A; 3P85 A; 4EML A; 3R9T A; 3R0O A; 4WYO B; 3U9R B; 3BF0 A; 3M6N A; 3MYB A; 3Q1T A; 1EF9 A; 3TDC A; 4QII A; 4JCS A; 4I42 A; 3GF7 A; 1HZD A; 1FC9 A; 3QKA A; 1RJM A; 3TRR A; 4HDT A; 3GF3 A; 1JXZ A; 3QRE A; 1NZY A; 1HNU A; 3U9S B; 4NNQ A; 1OD2 A; 4U1A A; 3LAO A; 4KPK A; 3QXZ A; 4ELX A; 4WCZ A; 5DUF A; 3T89 A; 1N6E A; 2ZQR A; 3U9T B; 2CE3 A; 4L6W A; 4ZDF A; 2VSU E; 3MOY A; 3M6M A; 4Q0G A; 5JBX A; 1YG6 A; 2PPY A; 2F6I A; 5DUC A; 3TVW A; 3H0U A; 3TT6 A; 4FN7 A; 5C90 A; 4ZU2 A; 5DL1 A; 4JYJ A; 4ZDE A; 1XNW A; 2Q2X A; 5INI A; 4OMR A; 4JSB A; 1DCI A; 3ZWC A; 2HW5 A; 3ZW8 A; 3HRX A; 1HNO A; 1DUB A; 1EY3 A; 1XO6 A; 4FB8 A; 3I47 A; 2J5I I; 1MJ3 A; 4L8K A; 3H0Q A; 2FZS A; 3TV5 A; 3TLF A; 1N6F A; 4NAR A; 5CTB A; 4F47 A; 3PGQ A; 5ING A; 1Q51 A; 5FIF A; 1FC6 A; 4Q1I A; 5DTW A; 3H02 A; 3T3W A; 2F9I A; 4KD6 A; 4ELS A; 1WDM A; 4IZC A; 4ZDC A; 1O8U A; 4HNK A; 3VIV A; 1UYS A; 5DZK A; 4WZ8 B; 5DKP A; 4OG1 A; 3GLM A; 4JVT A; 5E0S A; 3OT6 A; 2NP9 A; 2PBP A; 3KTJ A; 3FF6 A; 4NEK A; 3GMA A; 3T8B A; 4J2U A; 3PZK A; 3TT7 A; 4EMM A; 4U0G A; 4FJW D; 3KTK A; 1XNY A; 2VSS E; 2VSU A; 4LK5 A; 2VSS F; 2F9Y B; 3L3S A; 2A7S A; 2C8T A; 3IB9 A; 1XX4 A; 1W2X A; 3PEA A; 3HP0 A; 1TYF A; 5KDR A; 2DEO A; 3HIN A; 2PG8 A; 3OME A; 1OD4 A; 2J5G A; 3FDU A; 2D3T A; 2J5I B; 3QYR A; 2IEX A; 5DZK H; 4K2N A; 3ZW9 A; 4ASI A; 3ZWB A; 2ZL0 A; 3NJD A; 4HC8 A; 3MT6 A; 3DOR A; 3SLL A; 3R9Q A; 1PIX A; 2VSU C; 5G1R A; 1RJN A; 4GHN A; 1UYV A; 2BZR A; 2ZL2 A; 3Q0J A; 4JFC A; 5DU4 A; 3DJA A; 4IZB A; 1ON3 A; 1EF8 A; 4JCQ A; 2ZQQ A; 5CTC A; 1WDK A; 3QWD A; 5C9G A; 4DI1 A; 4G2R A; 4GM2 A; 3ST9 A; 3P2L A; 4JCT A; 4RYF A; 3T8A A; 5KJP A; 4QIJ A; 3RRV A; 2FW2 A; 1TG6 A; 2F6Q A; 2J5G D; 4JYL A; 5HUQ A; 1J7X A; 2W3P A; 5MGB A; 3T88 A; 5INF A; 1VRG A; 2QQ3 A; 2UZF A; 4YLH A; 4JJT A; 4MOU A; 4U19 A; 3WG5 A; 1Y7O A; 4Z0M A; 3TVU A; 4IZD A; 1ON9 A; 4ZDD A; 3PE8 A; 2A7K A; 3G64 A; 3KQF A; 3RST A; 1Q52 A; 3LKE A; 4JCR A; 3STA A; 4B3I A; 1UIY A; 4FZW A; 3V5E A; 3HE2 A; 3RSI A; 2EJ5 A; 2ZL3 A; 5DTP A; 5G1Q A; 4ELW A; 3QK8 A; 2YJG A; 5DU6 A; 4MI2 A; 1FCF A; 5IKL B; 5DU8 A; 3K50 A; 1K39 A; 4KNP A; 3K8X A; 3OC7 A; 4RYF H; 3TZ3 A; 3MFM A; 1UYT A; 3KTI A; 2X58 A; 1UYR A; 2VRE A; 4ZDB A; 1WDL A; 3GKB A; 3H0J A; 5FUS A; 1XNV A; 3R9S A; 4QFE A; 1X0U A; 4U0H A; 4JOT A; 2VX2 A; 3ZWA A; 4RCN A; 5E0S H; 2F9I B; 4FZW C; 4JWV A; 4K3W A; 2A81 A; 3Q0G A; 2VSU F; 4B3H A; 2X24 A; 3QXI A; 4K29 A; 4EMP A; 5G1S A; 3ISA A; 3KTG A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3BPT A; 2J5S A; 2Q34 A; 4B3J A; 4U0G H; 1WZ8 A; 3SWX A; 3BPP A; 3N6R B; 1N6D A; 3R6H A; 1SZO A; 4FNB A; 1PJH A; 5E0N X; 2F9Y A; 3NJB A; 1NZY B; 3H81 A; 2ZL4 A; 2Q35 A; 3H0S A; 3V5I A; 3IBB A; 4U18 A; 4OLQ A; 1FC7 A; 3Q7H A; 4FN8 A; 1K32 A; 4FND A; 3JU1 A; 2GTR A; 2J5I A; 2WTB A; 3QMJ A; 3IAV A; 2CBY A; 5KDR B; 3KTH A; 5JBW A; 3P5M A; 1YG8 A; 4I52 A; 1SG4 A; 2DUB A; 2FBM A; 4KWB A; 3BEZ A; 4I4Z A; 3HLN 1; 4MXI A; 2VSS A; 3P85 A; 4EML A; 3R9T A; 3R0O A; 4WYO B; 3U9R B; 3BF0 A; 3M6N A; 3MYB A; 3Q1T A; 1EF9 A; 3TDC A; 4QII A; 4JCS A; 4I42 A; 3GF7 A; 1HZD A; 1FC9 A; 3QKA A; 1RJM A; 3TRR A; 4HDT A; 3GF3 A; 1JXZ A; 3QRE A; 1NZY A; 1HNU A; 3U9S B; 4NNQ A; 1OD2 A; 4U1A A; 3LAO A; 4KPK A; 3QXZ A; 4ELX A; 4WCZ A; 5DUF A; 3T89 A; 1N6E A; 2ZQR A; 3U9T B; 2CE3 A; 4L6W A; 4ZDF A; 2VSU E; 3MOY A; 3M6M A; 4Q0G A; 5JBX A; 1YG6 A; 2PPY A; 2F6I A; 5DUC A; 3TVW A; 3H0U A; 3TT6 A; 4FN7 A; 5C90 A; 4ZU2 A; 5DL1 A; 4JYJ A; 4ZDE A; 1XNW A; 2Q2X A; 5INI A; 4OMR A; 4JSB A; 1DCI A; 3ZWC A; 2HW5 A; 3ZW8 A; 3HRX A; 1HNO A; 1DUB A; 1EY3 A; 1XO6 A; 4FB8 A; 3I47 A; 2J5I I; 1MJ3 A; 4L8K A; 3H0Q A; 2FZS A; 3TV5 A; 3TLF A; 1N6F A; 4NAR A; 5CTB A; 4F47 A; 3PGQ A; 5ING A; 1Q51 A; 5FIF A; 1FC6 A; 4Q1I A; 5DTW A; 3H02 A; 3T3W A; 2F9I A; 4KD6 A; 4ELS A; 1WDM A; 4IZC A; 4ZDC A; 1O8U A; 4HNK A; 3VIV A; 1UYS A; 5DZK A; 4WZ8 B; 5DKP A; 4OG1 A; 3GLM A; 4JVT A; 5E0S A; 3OT6 A; 2NP9 A; 2PBP A; 3KTJ A; 3FF6 A; 4NEK A; 3GMA A; 3T8B A; 4J2U A; 3PZK A; 3TT7 A; 4EMM A; 4U0G A; 4FJW D; 3KTK A; 1XNY A; 2VSS E; 2VSU A; 4LK5 A; 2VSS F; 2F9Y B; 3L3S A; 2A7S A; 2C8T A; 3IB9 A; 1XX4 A; 1W2X A; 3PEA A; 3HP0 A; 1TYF A; 5KDR A; 2DEO A; 3HIN A; 2PG8 A; 3OME A; 1OD4 A; 2J5G A; 3FDU A; 2D3T A; 2J5I B; 3QYR A; 2IEX A; 5DZK H; 4K2N A; 3ZW9 A; 4ASI A; 3ZWB A; 2ZL0 A; 3NJD A; 4HC8 A; 3MT6 A; 3DOR A; 3SLL A; 3R9Q A; 1PIX A; 2VSU C; 5G1R A; 1RJN A; 4GHN A; 1UYV A; 2BZR A; 2ZL2 A; 3Q0J A; 4JFC A; 5DU4 A; 3DJA A; 4IZB A; 1ON3 A; 1EF8 A; 4JCQ A; 2ZQQ A; 5CTC A; 1WDK A; 3QWD A; 5C9G A; 4DI1 A; 4G2R A; 4GM2 A; 3ST9 A; 3P2L A; 4JCT A; 4RYF A; 3T8A A; 5KJP A; 4QIJ A; 3RRV A; 2FW2 A; 1TG6 A; 2F6Q A; 2J5G D; 4JYL A; 5HUQ A; 1J7X A; 2W3P A; 5MGB A; 3T88 A; 5INF A; 1VRG A; 2QQ3 A; 2UZF A; 4YLH A; 4JJT A; 4MOU A; 4U19 A; 3WG5 A; 1Y7O A; 4Z0M A; 3TVU A; 4IZD A; 1ON9 A; 4ZDD A; 3PE8 A; 2A7K A; 3G64 A; 3KQF A; 3RST A; 1Q52 A; 3LKE A; 4JCR A; 3STA A; 4B3I A; 1UIY A; 4FZW A; 3V5E A; 3HE2 A; 3RSI A; 2EJ5 A; 2ZL3 A; 5DTP A; 5G1Q A; 4ELW A; 3QK8 A; 2YJG A; 5DU6 A; 4MI2 A; 1FCF A; 5IKL B; 5DU8 A; 3K50 A; 1K39 A; 4KNP A; 3K8X A; 3OC7 A; 4RYF H; 3TZ3 A; 3MFM A; 1UYT A; 3KTI A; 2X58 A; 1UYR A; 2VRE A; 4ZDB A; 1WDL A; 3GKB A; 3H0J A; 5FUS A; 1XNV A; 3R9S A; 4QFE A; 1X0U A; 4U0H A; 4JOT A; 2VX2 A; 3ZWA A; 4RCN A; 5E0S H; 2F9I B; 4FZW C; 4JWV A; 4K3W A; 2A81 A; 3Q0G A; 2VSU F; 4B3H A; 2X24 A; 3QXI A; 4K29 A; 4EMP A; 5G1S A; 3ISA A; 3KTG A;
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