The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
95
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sequence length |
302
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structure length |
302
|
Chain Sequence |
DPSVTHVLHQLCDILANNYAFSERIPTLLQHLPNLDYSTVISEEDIAAKLNYELQSLTEDPRLVLKSKTDTLVMPGDSIQAENIPEDEAMLQALVNTVFKVSILPGNIGYLRFDQFADVSVIAKLAPFIVNTVWEPITITENLIIDLRYNVGGSSTAVPLLLSYFLDPETKIHLFTLHNRQQNSTDEVYSHPKVLGKPYGSKKGVYVLTSHQTATAAEEFAYLMQSLSRATIIGEITSGNLMHSKVFPFGDTQLSVTVPIINFIDSNGDYWLGGGVVPDAIVLADEALDKAKEIIAFHPPLA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the functional unit of interphotoreceptor retinoid binding protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Xenopus laevis
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| molecule keywords |
INTERPHOTORECEPTOR RETINOID-BINDING PROTEIN
|
| total genus |
95
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| structure length |
302
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| sequence length |
302
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03572 | Peptidase_S41 | Peptidase family S41 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Transcription Regulator spoIIAA | Transcription Regulator spoIIAA | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RJM A; 1XO6 A; 2CE3 A; 4EMP A; 4QFE A; 3GLM A; 5KDR A; 2VSS E; 4ZDF A; 4JJT A; 5G1R A; 3PEA A; 4K2N A; 4JWV A; 4YLH A; 5DZK H; 3BF0 A; 4RCN A; 4U19 A; 1XNV A; 2J5G D; 4I52 A; 2VX2 A; 4JOT A; 2ZQQ A; 3LAO A; 1OD2 A; 3QXI A; 1WDL A; 2UZF A; 5DUF A; 3U9R B; 3MFM A; 5JBX A; 3T8A A; 2DUB A; 3HRX A; 5DL1 A; 4U18 A; 2EJ5 A; 2VSS A; 4MI2 A; 4HC8 A; 1TYF A; 4QIJ A; 2BZR A; 2D3T A; 1SZO A; 1J7X A; 2A7S A; 2J5I A; 2X24 A; 3H0S A; 4Q0G A; 3KTH A; 2ZL3 A; 3T89 A; 2FBM A; 3JU1 A; 5KDR B; 3R0O A; 1Q51 A; 2Q34 A; 4JSB A; 3RST A; 2F9Y B; 1FC7 A; 3TT6 A; 4K3W A; 5DU8 A; 3IB9 A; 3HE2 A; 3FDU A; 3R6H A; 4OG1 A; 3U9T B; 2ZL0 A; 5E0S H; 3ZW8 A; 3VIV A; 1ON3 A; 4ZU2 A; 1Y7O A; 3ST9 A; 3M6N A; 3KTI A; 2F6Q A; 3FF6 A; 3T88 A; 3MT6 A; 3DJA A; 3TZ3 A; 4JCQ A; 1W2X A; 3MOY A; 4WYO B; 4KD6 A; 2F9I A; 3IBB A; 1UYR A; 3KQF A; 1PIX A; 5DU6 A; 3DOR A; 4Z0M A; 3ZW9 A; 3PE8 A; 5DUC A; 2HW5 A; 3HIN A; 3QYR A; 4ZDC A; 1N6D A; 4GHN A; 4EMM A; 4L6W A; 2PG8 A; 1Q52 A; 3H0J A; 4I4Z A; 2VSU E; 5DTP A; 1K39 A; 1JXZ A; 2F9Y A; 1K32 A; 4ZDB A; 4WCZ A; 5IKL B; 4IZB A; 4JCS A; 4U1A A; 3HP0 A; 3LKE A; 3R9Q A; 3R9S A; 2GTR A; 1WZ8 A; 1VRG A; 3QWD A; 3N6R B; 4FND A; 2ZL4 A; 5DZK A; 2CBY A; 4FNB A; 5ING A; 2A7K A; 3V5I A; 4JCR A; 3H0U A; 2F9I B; 1HNO A; 5FUS A; 4ZDE A; 3P85 A; 1TG6 A; 4KNP A; 5INI A; 5DU4 A; 3KTG A; 2VSU A; 4NNQ A; 3GKB A; 4ASI A; 1EF8 A; 3BEZ A; 4NEK A; 5DKP A; 4FN8 A; 4U0G H; 3GF7 A; 1N6E A; 2VSS F; 3KTK A; 4KPK A; 2ZL2 A; 1FC6 A; 4MXI A; 1XNY A; 1NZY A; 3Q0G A; 4KWB A; 3H81 A; 5JBW A; 1HZD A; 3HLN 1; 4U0G A; 3QXZ A; 4FZW A; 4LK5 A; 4QII A; 1N6F A; 3GMA A; 5CTC A; 1YG8 A; 5E0S A; 2FZS A; 3ZWC A; 1YG6 A; 2VSU C; 2VRE A; 5DTW A; 5MGB A; 4Q1I A; 4WZ8 B; 3OC7 A; 1PJH A; 3SWX A; 5FIF A; 4ZDD A; 5C90 A; 2F6I A; 3GF3 A; 3NJB A; 1O8U A; 1X0U A; 5CTB A; 3R9T A; 4L8K A; 5G1Q A; 3U9S B; 1HNU A; 1XX4 A; 2Q2X A; 3OME A; 3K50 A; 2PPY A; 2NP9 A; 2ZQR A; 1RJN A; 3PGQ A; 3MYB A; 4ELS A; 3BPP A; 3PZK A; 3T8B A; 3ZWB A; 2DEO A; 1UYT A; 1NZY B; 3NJD A; 3ZWA A; 3V5E A; 1EY3 A; 3ISA A; 4FB8 A; 3RSI A; 4DI1 A; 2J5S A; 3TRR A; 3QRE A; 1DUB A; 1UYS A; 3TLF A; 1WDM A; 1XNW A; 3TVW A; 2J5G A; 4ELW A; 4ELX A; 1ON9 A; 3G64 A; 3Q7H A; 2IEX A; 3Q1T A; 1UYV A; 1WDK A; 4IZD A; 3T3W A; 3I47 A; 3TV5 A; 4JYL A; 4B3H A; 4U0H A; 5KJP A; 1DCI A; 4RYF H; 5E0N X; 4B3J A; 1FC9 A; 1FCF A; 3K8X A; 4HNK A; 5G1S A; 1OD4 A; 2VSU F; 1EF9 A; 5INF A; 4B3I A; 3STA A; 3OT6 A; 4JVT A; 3SLL A; 1MJ3 A; 3KTJ A; 4RYF A; 3Q0J A; 4JYJ A; 2J5I I; 4FN7 A; 3RRV A; 3TVU A; 3TDC A; 4IZC A; 4FJW D; 2Q35 A; 4F47 A; 4GM2 A; 2A81 A; 2PBP A; 3QMJ A; 1UIY A; 3QK8 A; 2X58 A; 2WTB A; 4OLQ A; 4JCT A; 4K29 A; 3H0Q A; 1SG4 A; 4EML A; 3P2L A; 3L3S A; 3TT7 A; 3IAV A; 4MOU A; 2FW2 A; 3H02 A; 5C9G A; 4JFC A; 3P5M A; 4OMR A; 3QKA A; 2QQ3 A; 4I42 A; 4FZW C; 2W3P A; 2C8T A; 3WG5 A; 4G2R A; 2J5I B; 3M6M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BPL A; 1RJM A; 1XO6 A; 2CE3 A; 4EMP A; 4QFE A; 3GLM A; 5KDR A; 2VSS E; 4ZDF A; 4JJT A; 3QDQ A; 5G1R A; 3PEA A; 4K2N A; 4JWV A; 3F43 A; 4YLH A; 1H4Y A; 3BF0 A; 5DZK H; 4RCN A; 4HDT A; 4U19 A; 1XNV A; 2J5G D; 4I52 A; 1V0F A; 2VX2 A; 4JOT A; 2ZQQ A; 3LAO A; 1OD2 A; 3QXI A; 4HIZ A; 1WDL A; 2UZF A; 5DUF A; 1SBO A; 3U9R B; 3MFM A; 5JBX A; 3T8A A; 2DUB A; 3HRX A; 5DL1 A; 4U18 A; 1T6R A; 2EJ5 A; 2VSS A; 4MI2 A; 4HC8 A; 1TYF A; 3V97 A; 4QIJ A; 2BZR A; 2D3T A; 1AUZ A; 1SZO A; 1J7X A; 2A7S A; 2J5I A; 2X24 A; 3H0S A; 4Q0G A; 3KTH A; 2ZL3 A; 3T89 A; 2FBM A; 3JU1 A; 5KDR B; 3R0O A; 1Q51 A; 2Q34 A; 1WXX A; 3IHB A; 5EUS A; 4JSB A; 3RST A; 2F9Y B; 1FC7 A; 3TT6 A; 4K3W A; 5DU8 A; 3IB9 A; 3HE2 A; 4XS5 A; 3ZTB A; 3C0K A; 3GMF A; 3FDU A; 3R6H A; 4OG1 A; 3U9T B; 2ZOA A; 2ZL0 A; 5E0S H; 3ZW8 A; 3VIV A; 1H4Z A; 2AS0 A; 1ON3 A; 4ZU2 A; 4JC0 A; 1Y7O A; 3ST9 A; 3M6N A; 3KTI A; 3IHA A; 2F6Q A; 3FF6 A; 3T88 A; 5EUZ A; 3MT6 A; 3DJA A; 3TZ3 A; 3EH7 A; 4JCQ A; 4J2U A; 1W2X A; 3MOY A; 3IH9 A; 4WYO B; 3GHF A; 4DGH A; 4KD6 A; 2F9I A; 3IBB A; 1UYR A; 3KQF A; 1PIX A; 5DU6 A; 3DOR A; 4Z0M A; 3ZW9 A; 3PE8 A; 5DUC A; 2HW5 A; 1VC1 A; 1BUZ A; 3HIN A; 3AGD A; 3QYR A; 4ZDC A; 1N6D A; 4GHN A; 2KLN A; 4EMM A; 3MGL A; 4L6W A; 2PG8 A; 1Q52 A; 3H0J A; 5EUW A; 4I4Z A; 2VSU E; 5DTP A; 1K39 A; 1JXZ A; 2F9Y A; 1K32 A; 4ZDB A; 5EUX A; 4WCZ A; 4NAR A; 3BPT A; 5IKL B; 3IH8 A; 4IZB A; 1TIL B; 4JCS A; 4U1A A; 3HP0 A; 3LKE A; 3R9Q A; 3R9S A; 3GVL A; 2GTR A; 1WZ8 A; 1VRG A; 3QWD A; 3V8V A; 3N6R B; 4FND A; 2ZL4 A; 5DZK A; 2CBY A; 3LLO A; 4FNB A; 5ING A; 2A7K A; 3V5I A; 3GVK A; 4JCR A; 3D03 A; 3H0U A; 2F9I B; 1HNO A; 5EUU A; 5FUS A; 4ZDE A; 3P85 A; 1TG6 A; 4KNP A; 3LKL A; 4AEJ A; 5INI A; 5DU4 A; 3KTG A; 4QTP A; 1V0E A; 2VSU A; 3NY7 A; 4NNQ A; 3GKB A; 4ASI A; 1EF8 A; 3ZXN A; 3BEZ A; 4NEK A; 5DKP A; 3OIZ A; 4FN8 A; 4U0G H; 3GF7 A; 1N6E A; 2VSS F; 3KTK A; 4KPK A; 3OIR A; 5EZB A; 4DGF A; 1FC6 A; 1TH8 B; 2ZL2 A; 4MXI A; 1XNY A; 1NZY A; 3Q0G A; 4KWB A; 3H81 A; 5JBW A; 1HZD A; 3HLN 1; 4U0G A; 3QXZ A; 4FZW A; 4LK5 A; 4QII A; 1N6F A; 3GMA A; 5CTC A; 1YG8 A; 5E0S A; 2FZS A; 2KA5 A; 1YG6 A; 2VSU C; 3ZWC A; 1THN B; 3LDF A; 4L1C A; 2VRE A; 5DTW A; 2CWW A; 5MGB A; 4Q1I A; 4WZ8 B; 3OC7 A; 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3QMJ A; 1UIY A; 3QK8 A; 2X58 A; 2WTB A; 4OLQ A; 4JCT A; 4K29 A; 3H0Q A; 1SG4 A; 4EML A; 3P2L A; 2DXL A; 2OAS A; 3L3S A; 3TT7 A; 3IAV A; 4MOU A; 2FW2 A; 3H02 A; 5C9G A; 1H4X A; 4JFC A; 3P5M A; 4OMR A; 3QKA A; 2QQ3 A; 4I42 A; 2YJG A; 1TID B; 4FZW C; 2W3P A; 2C8T A; 3WG5 A; 4G2R A; 2J5I B; 3M6M A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1BPL A; 1RJM A; 1XO6 A; 2CE3 A; 4EMP A; 4QFE A; 3GLM A; 5KDR A; 2VSS E; 4ZDF A; 4JJT A; 5G1R A; 3PEA A; 4K2N A; 4JWV A; 4YLH A; 5DZK H; 3BF0 A; 4RCN A; 4HDT A; 4U19 A; 1XNV A; 2J5G D; 4I52 A; 2VX2 A; 4JOT A; 2ZQQ A; 3LAO A; 1OD2 A; 3QXI A; 1WDL A; 2UZF A; 5DUF A; 3U9R B; 3MFM A; 5JBX A; 3T8A A; 2DUB A; 3HRX A; 5DL1 A; 4U18 A; 2EJ5 A; 2VSS A; 4MI2 A; 4HC8 A; 1TYF A; 4QIJ A; 2BZR A; 2D3T A; 1SZO A; 1J7X A; 2A7S A; 2J5I A; 2X24 A; 3H0S A; 4Q0G A; 3KTH A; 2ZL3 A; 3T89 A; 2FBM A; 3JU1 A; 5KDR B; 3R0O A; 1Q51 A; 2Q34 A; 4JSB A; 3RST A; 2F9Y B; 1FC7 A; 3TT6 A; 4K3W A; 5DU8 A; 3IB9 A; 3HE2 A; 3GMF A; 3FDU A; 3R6H A; 4OG1 A; 3U9T B; 2ZOA A; 2ZL0 A; 5E0S H; 3ZW8 A; 3VIV A; 1ON3 A; 4ZU2 A; 4JC0 A; 1Y7O A; 3ST9 A; 3M6N A; 3KTI A; 2F6Q A; 3FF6 A; 3T88 A; 3MT6 A; 3DJA A; 3TZ3 A; 4JCQ A; 4J2U A; 1W2X A; 3MOY A; 4WYO B; 3GHF A; 4KD6 A; 2F9I A; 3IBB A; 1UYR A; 3KQF A; 1PIX A; 5DU6 A; 3DOR A; 4Z0M A; 3ZW9 A; 3PE8 A; 5DUC A; 2HW5 A; 3HIN A; 3QYR A; 4ZDC A; 1N6D A; 4GHN A; 4EMM A; 4L6W A; 2PG8 A; 1Q52 A; 3H0J A; 4I4Z A; 2VSU E; 5DTP A; 1K39 A; 1JXZ A; 2F9Y A; 1K32 A; 4ZDB A; 4WCZ A; 4NAR A; 3BPT A; 5IKL B; 4IZB A; 4JCS A; 4U1A A; 3HP0 A; 3LKE A; 3R9Q A; 3R9S A; 2GTR A; 1WZ8 A; 1VRG A; 3QWD A; 3N6R B; 4FND A; 2ZL4 A; 5DZK A; 2CBY A; 4FNB A; 5ING A; 2A7K A; 3V5I A; 4JCR A; 3D03 A; 3H0U A; 2F9I B; 1HNO A; 5FUS A; 4ZDE A; 3P85 A; 1TG6 A; 4KNP A; 4AEJ A; 5INI A; 5DU4 A; 3KTG A; 2VSU A; 4NNQ A; 3GKB A; 4ASI A; 1EF8 A; 3BEZ A; 4NEK A; 5DKP A; 4FN8 A; 4U0G H; 3GF7 A; 1N6E A; 2VSS F; 3KTK A; 4KPK A; 2ZL2 A; 1FC6 A; 4MXI A; 1XNY A; 1NZY A; 3Q0G A; 4KWB A; 3H81 A; 5JBW A; 1HZD A; 3HLN 1; 4U0G A; 3QXZ A; 4FZW A; 4LK5 A; 4QII A; 1N6F A; 3GMA A; 5CTC A; 1YG8 A; 5E0S A; 2FZS A; 3ZWC A; 1YG6 A; 2VSU C; 4L1C A; 2VRE A; 5DTW A; 5MGB A; 4Q1I A; 4WZ8 B; 3OC7 A; 1PJH A; 3SWX A; 2RRL A; 5FIF A; 4ZDD A; 5C90 A; 2F6I A; 3GF3 A; 3NJB A; 1O8U A; 1X0U A; 5CTB A; 3R9T A; 4L8K A; 5G1Q A; 3U9S B; 5HUQ A; 1HNU A; 1XX4 A; 2Q2X A; 3OME A; 3K50 A; 2PPY A; 2NP9 A; 2ZQR A; 1RJN A; 3PGQ A; 3MYB A; 4ELS A; 3BPP A; 3MOG A; 3PZK A; 3T8B A; 3ZWB A; 2DEO A; 1UYT A; 1NZY B; 3NJD A; 3ZWA A; 3V5E A; 1EY3 A; 3ISA A; 4FB8 A; 3RSI A; 4DI1 A; 2J5S A; 3DUP A; 3TRR A; 3QRE A; 1DUB A; 1UYS A; 3TLF A; 1WDM A; 1XNW A; 3TVW A; 2J5G A; 4ELW A; 4ELX A; 1ON9 A; 3G64 A; 3Q7H A; 2IEX A; 3Q1T A; 1UYV A; 1WDK A; 4IZD A; 3T3W A; 3I47 A; 3TV5 A; 4JYL A; 4B3H A; 4U0H A; 5KJP A; 1DCI A; 4RYF H; 5E0N X; 4B3J A; 1FC9 A; 1FCF A; 3K8X A; 4HNK A; 2DXN A; 5G1S A; 1OD4 A; 2VSU F; 1EF9 A; 5INF A; 4B3I A; 3STA A; 4AE2 A; 3OT6 A; 4JVT A; 3SLL A; 1MJ3 A; 3KTJ A; 4RYF A; 3Q0J A; 4JYJ A; 2J5I I; 4FN7 A; 3RRV A; 3TVU A; 3TDC A; 4IZC A; 4FJW D; 2Q35 A; 4F47 A; 4GM2 A; 2A81 A; 2ZO9 B; 2PBP A; 3QMJ A; 1UIY A; 3QK8 A; 2X58 A; 2WTB A; 4OLQ A; 4JCT A; 4K29 A; 3H0Q A; 1SG4 A; 4EML A; 3P2L A; 2DXL A; 3L3S A; 3TT7 A; 3IAV A; 4MOU A; 2FW2 A; 3H02 A; 5C9G A; 4JFC A; 3P5M A; 4OMR A; 3QKA A; 2QQ3 A; 2YJG A; 4I42 A; 4FZW C; 2W3P A; 2C8T A; 3WG5 A; 4G2R A; 2J5I B; 3M6M A;
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