The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
89
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sequence length |
246
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structure length |
238
|
Chain Sequence |
YEGRWKTVKVEIEDGIAFVILNRPEKRNAMSPTLNREMIDVLETLEQDPAAGVLVLTGAGEAWTAGMDLAGPEILQEKIRREASQWQWKLLRMYAKPTIAMVNGWCFGGGFSPLVACDLAICADEATFGLSEINWGIPPGNLVSKAMADTVGHRQSLYYIMTGKTFGGQKAAEMGLVNESVPLAQLREVTIELARNLLEKNPVVLRAAKHGFKRCRELTWEQNEDYLYAKLDQSRLLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Ternary Complex of Hydroxycinnamoyl-Coa Hydratase-Lyase (Hchl) with Acetyl-Coa and Vanillin Gives Insights Into Substrate Specificity and Mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
P-HYDROXYCINNAMOYL COA HYDRATASE/LYASE
|
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Pseudomonas fluorescens
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| total genus |
89
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| structure length |
238
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| sequence length |
246
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
4.1.2.41: Vanillin synthase. |
| pdb deposition date | 2008-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00378 | ECH_1 | Enoyl-CoA hydratase/isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q52 A; 5ING A; 3NJB A; 2DEO A; 2X24 A; 2ZL4 A; 4RCN A; 3T8A A; 3IAV A; 3MYB A; 3P85 A; 3MFM A; 4HNK A; 3PE8 A; 3HE2 A; 3TT7 A; 2A7K A; 4Q1I A; 2ZL0 A; 4F47 A; 1XNY A; 3HP0 A; 2Q2X A; 3FDU A; 4EML A; 3QYR A; 4EMM A; 5C9G A; 3ZW8 A; 4KPK A; 4RYF H; 1RJN A; 3PZK A; 5E0S H; 4GHN A; 3HLN 1; 1SZO A; 1Y7O A; 3V5E A; 1XX4 A; 4NNQ A; 1OD4 A; 2UZF A; 4DI1 A; 2NP9 A; 4ZDD A; 2X58 A; 2ZL2 A; 3TVW A; 3Q1T A; 3TVU A; 3IB9 A; 3K8X A; 3NJD A; 3KTK A; 1UYS A; 1RJM A; 4FND A; 4GM2 A; 5C90 A; 4WYO B; 4OG1 A; 3I47 A; 3ZWC A; 3GLM A; 5KJP A; 5DU8 A; 1TYF A; 3STA A; 3KQF A; 4Q0G A; 1K32 A; 3R6H A; 5CTC A; 5DKP A; 1FCF A; 2HW5 A; 1UYT A; 4JCQ A; 3ZW9 A; 1DUB A; 2F9I A; 5G1S A; 1YG8 A; 2Q35 A; 3BF0 A; 5INI A; 3QMJ A; 3P2L A; 1EF8 A; 2F6Q A; 3MOY A; 4JYL A; 3P5M A; 1YG6 A; 3IBB A; 4IZB A; 4FB8 A; 1FC6 A; 1UYV A; 4JSB A; 4QII A; 4FNB A; 2ZL3 A; 3KTG A; 5DU6 A; 2DUB A; 3ISA A; 1HNO A; 2FW2 A; 2VSU A; 2VRE A; 2EJ5 A; 4I42 A; 3LAO A; 1W2X A; 4ELX A; 3MT6 A; 4FZW C; 2VSU E; 3RRV A; 4IZC A; 4YLH A; 3V5I A; 4B3I A; 4G2R A; 5DU4 A; 1MJ3 A; 5CTB A; 3ZWA A; 3M6N A; 1WDM A; 1HZD A; 1WDK A; 4U18 A; 5FUS A; 4B3J A; 1N6D A; 4KWB A; 3PGQ A; 5JBX A; 5DUC A; 3K50 A; 4JCT A; 1N6F A; 4RYF A; 3TT6 A; 1OD2 A; 1JXZ A; 5E0S A; 3TZ3 A; 5KDR A; 1J7X A; 3H0Q A; 3ZWB A; 3VIV A; 3SLL A; 5MGB A; 4K29 A; 1XNV A; 2A7S A; 5E0N X; 3QK8 A; 1UIY A; 1O8U A; 2BZR A; 4I52 A; 3GMA A; 3KTH A; 1X0U A; 3SWX A; 4NEK A; 3H0S A; 3GF3 A; 4OMR A; 3R9T A; 4LK5 A; 3H0U A; 3HIN A; 4U0G H; 1TG6 A; 5IKL B; 5G1Q A; 3OME A; 4FZW A; 3M6M A; 2D3T A; 2VSS A; 3QKA A; 1PJH A; 4HC8 A; 3T8B A; 2F9I B; 1VRG A; 2VSS E; 1WDL A; 4IZD A; 1FC7 A; 5DL1 A; 4QFE A; 3LKE A; 3Q7H A; 4JOT A; 4JFC A; 2A81 A; 5FIF A; 3ST9 A; 3R9Q A; 3BPP A; 4FN7 A; 1NZY A; 4EMP A; 4ASI A; 2F6I A; 4JCR A; 5DUF A; 3KTJ A; 3R9S A; 1XO6 A; 2ZQR A; 3U9R B; 1XNW A; 4ZDF A; 3JU1 A; 2C8T A; 2J5S A; 4K3W A; 4Z0M A; 3TDC A; 5DTW A; 3Q0J A; 4L6W A; 4FJW D; 3WG5 A; 3DJA A; 4B3H A; 1UYR A; 4FN8 A; 5G1R A; 3DOR A; 4I4Z A; 2CE3 A; 4QIJ A; 1SG4 A; 3QWD A; 5INF A; 2VX2 A; 2PPY A; 2VSU F; 3PEA A; 4WCZ A; 3GKB A; 4L8K A; 4ZDE A; 4JJT A; 4KD6 A; 2PBP A; 4MI2 A; 4U19 A; 3BEZ A; 2Q34 A; 4ELW A; 3KTI A; 3H81 A; 4ZDC A; 1ON9 A; 4U0H A; 3T3W A; 1Q51 A; 4JWV A; 3U9S B; 1WZ8 A; 3GF7 A; 3RSI A; 3L3S A; 3G64 A; 5KDR B; 3N6R B; 2J5I A; 4OLQ A; 3OT6 A; 4ELS A; 4JYJ A; 2J5I B; 3QXZ A; 2F9Y A; 2PG8 A; 3HRX A; 5JBW A; 2J5G A; 1HNU A; 2F9Y B; 2FBM A; 2VSU C; 1FC9 A; 2J5I I; 2QQ3 A; 3TLF A; 3H02 A; 4MXI A; 1DCI A; 2W3P A; 2ZQQ A; 3T88 A; 4MOU A; 3FF6 A; 3Q0G A; 3TV5 A; 1N6E A; 4JCS A; 4ZDB A; 1ON3 A; 1EF9 A; 4KNP A; 1PIX A; 2J5G D; 5DZK H; 2GTR A; 2CBY A; 3TRR A; 4U0G A; 4WZ8 B; 3QRE A; 2WTB A; 3RST A; 4JVT A; 2FZS A; 3U9T B; 2VSS F; 1NZY B; 4ZU2 A; 5DTP A; 3QXI A; 4U1A A; 2IEX A; 4K2N A; 5DZK A; 3R0O A; 3T89 A; 1EY3 A; 3OC7 A; 3H0J A; 1K39 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q52 A; 5ING A; 3NJB A; 2DEO A; 2X24 A; 2ZL4 A; 4RCN A; 3T8A A; 3IAV A; 3MYB A; 3P85 A; 3MFM A; 4HNK A; 3PE8 A; 3HE2 A; 3TT7 A; 2A7K A; 4Q1I A; 2ZL0 A; 4F47 A; 1XNY A; 3HP0 A; 2Q2X A; 3FDU A; 4EML A; 3QYR A; 4EMM A; 5C9G A; 3ZW8 A; 4KPK A; 4RYF H; 1RJN A; 3PZK A; 5E0S H; 4GHN A; 3HLN 1; 1SZO A; 1Y7O A; 3V5E A; 1XX4 A; 4NNQ A; 1OD4 A; 2UZF A; 4DI1 A; 2NP9 A; 4ZDD A; 2X58 A; 2ZL2 A; 3TVW A; 3Q1T A; 3TVU A; 3IB9 A; 3K8X A; 3NJD A; 3KTK A; 1UYS A; 1RJM A; 4FND A; 4GM2 A; 5C90 A; 4WYO B; 4OG1 A; 3I47 A; 3ZWC A; 3GLM A; 5KJP A; 5DU8 A; 1TYF A; 3STA A; 3KQF A; 4Q0G A; 1K32 A; 3R6H A; 5CTC A; 5DKP A; 1FCF A; 2HW5 A; 1UYT A; 4JCQ A; 3ZW9 A; 1DUB A; 2F9I A; 5G1S A; 1YG8 A; 2Q35 A; 4NAR A; 3BF0 A; 5INI A; 3QMJ A; 3P2L A; 1EF8 A; 3BPT A; 2F6Q A; 3MOY A; 4JYL A; 3P5M A; 1YG6 A; 3IBB A; 4IZB A; 4FB8 A; 1FC6 A; 1UYV A; 4JSB A; 4QII A; 4FNB A; 2ZL3 A; 3KTG A; 5DU6 A; 2DUB A; 3ISA A; 1HNO A; 2FW2 A; 2VSU A; 2VRE A; 2EJ5 A; 4I42 A; 3LAO A; 1W2X A; 4ELX A; 3MT6 A; 4FZW C; 2VSU E; 3RRV A; 5HUQ A; 4IZC A; 4YLH A; 3V5I A; 4B3I A; 4G2R A; 5DU4 A; 1MJ3 A; 5CTB A; 3ZWA A; 3M6N A; 1WDM A; 1HZD A; 1WDK A; 4U18 A; 5FUS A; 4B3J A; 1N6D A; 4KWB A; 3PGQ A; 5JBX A; 5DUC A; 3K50 A; 4JCT A; 1N6F A; 4RYF A; 3TT6 A; 1OD2 A; 1JXZ A; 5E0S A; 3TZ3 A; 5KDR A; 1J7X A; 3H0Q A; 3ZWB A; 3VIV A; 3SLL A; 5MGB A; 4K29 A; 1XNV A; 2A7S A; 5E0N X; 3QK8 A; 1UIY A; 1O8U A; 2BZR A; 4I52 A; 3GMA A; 3KTH A; 1X0U A; 3SWX A; 4NEK A; 3H0S A; 3GF3 A; 4OMR A; 3R9T A; 4LK5 A; 3H0U A; 3HIN A; 4U0G H; 1TG6 A; 5IKL B; 5G1Q A; 3OME A; 4FZW A; 3M6M A; 2D3T A; 2VSS A; 3QKA A; 1PJH A; 4HC8 A; 3T8B A; 2F9I B; 1VRG A; 2VSS E; 1WDL A; 4IZD A; 1FC7 A; 5DL1 A; 4QFE A; 3LKE A; 3Q7H A; 4JOT A; 4JFC A; 2A81 A; 5FIF A; 3ST9 A; 2YJG A; 3R9Q A; 3BPP A; 4FN7 A; 1NZY A; 4EMP A; 4ASI A; 2F6I A; 4JCR A; 5DUF A; 3KTJ A; 3R9S A; 1XO6 A; 2ZQR A; 3U9R B; 1XNW A; 4ZDF A; 3JU1 A; 2C8T A; 2J5S A; 4K3W A; 4Z0M A; 3TDC A; 5DTW A; 3Q0J A; 4L6W A; 4FJW D; 3WG5 A; 3DJA A; 4B3H A; 1UYR A; 4FN8 A; 5G1R A; 3DOR A; 4I4Z A; 2CE3 A; 4QIJ A; 1SG4 A; 3QWD A; 5INF A; 2VX2 A; 2PPY A; 2VSU F; 3PEA A; 4WCZ A; 3GKB A; 4L8K A; 4ZDE A; 4JJT A; 4KD6 A; 2PBP A; 4MI2 A; 4U19 A; 3BEZ A; 2Q34 A; 4ELW A; 3KTI A; 3H81 A; 4ZDC A; 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1XX4 A; 4NNQ A; 1OD4 A; 2UZF A; 4DI1 A; 2NP9 A; 4ZDD A; 2X58 A; 2ZL2 A; 3TVW A; 3Q1T A; 3TVU A; 3IB9 A; 3K8X A; 3NJD A; 3KTK A; 1UYS A; 1RJM A; 4FND A; 4GM2 A; 5C90 A; 4WYO B; 4OG1 A; 3I47 A; 3ZWC A; 3GLM A; 5KJP A; 5DU8 A; 1TYF A; 3STA A; 3KQF A; 4Q0G A; 1K32 A; 3R6H A; 5CTC A; 5DKP A; 1FCF A; 2HW5 A; 1UYT A; 4JCQ A; 3ZW9 A; 1DUB A; 2F9I A; 5G1S A; 1YG8 A; 2Q35 A; 4NAR A; 3BF0 A; 5INI A; 3QMJ A; 3P2L A; 1EF8 A; 3BPT A; 2F6Q A; 3MOY A; 4JYL A; 3P5M A; 1YG6 A; 3IBB A; 4IZB A; 4FB8 A; 1FC6 A; 1UYV A; 4JSB A; 4QII A; 4FNB A; 2ZL3 A; 3KTG A; 5DU6 A; 2DUB A; 3ISA A; 1HNO A; 2FW2 A; 2VSU A; 2VRE A; 2EJ5 A; 4I42 A; 3LAO A; 1W2X A; 4ELX A; 3MT6 A; 4FZW C; 2VSU E; 3RRV A; 5HUQ A; 4IZC A; 4YLH A; 3V5I A; 4B3I A; 4G2R A; 5DU4 A; 1MJ3 A; 5CTB A; 3ZWA A; 3M6N A; 1WDM A; 1HZD A; 1WDK A; 4U18 A; 5FUS A; 4B3J A; 1N6D A; 4KWB A; 3PGQ A; 5JBX A; 5DUC A; 3K50 A; 4JCT A; 1N6F A; 4RYF A; 3TT6 A; 1OD2 A; 1JXZ A; 5E0S A; 3TZ3 A; 5KDR A; 1J7X A; 3H0Q A; 3ZWB A; 3VIV A; 3SLL A; 5MGB A; 4K29 A; 1XNV A; 2A7S A; 5E0N X; 3QK8 A; 1UIY A; 1O8U A; 2BZR A; 4I52 A; 3GMA A; 3KTH A; 1X0U A; 3SWX A; 4NEK A; 3H0S A; 3GF3 A; 4OMR A; 3R9T A; 4LK5 A; 3H0U A; 3HIN A; 4U0G H; 1TG6 A; 5IKL B; 5G1Q A; 3OME A; 4FZW A; 3M6M A; 2D3T A; 2VSS A; 3QKA A; 1PJH A; 4HC8 A; 3T8B A; 2F9I B; 1VRG A; 2VSS E; 1WDL A; 4IZD A; 1FC7 A; 5DL1 A; 4QFE A; 3LKE A; 3Q7H A; 4JOT A; 4JFC A; 2A81 A; 5FIF A; 3ST9 A; 2YJG A; 3R9Q A; 3BPP A; 4FN7 A; 1NZY A; 4EMP A; 4ASI A; 2F6I A; 4JCR A; 5DUF A; 3KTJ A; 3R9S A; 1XO6 A; 2ZQR A; 3U9R B; 1XNW A; 4ZDF A; 3JU1 A; 2C8T A; 2J5S A; 4K3W A; 4Z0M A; 3TDC A; 5DTW A; 3Q0J A; 4L6W A; 4FJW D; 3WG5 A; 3DJA A; 4B3H A; 1UYR A; 4FN8 A; 5G1R A; 3DOR A; 4I4Z A; 2CE3 A; 4QIJ A; 1SG4 A; 3QWD A; 5INF A; 2VX2 A; 2PPY A; 2VSU F; 3PEA A; 4WCZ A; 3GKB A; 4L8K A; 4ZDE A; 4JJT A; 4KD6 A; 2PBP A; 4MI2 A; 4U19 A; 3BEZ A; 2Q34 A; 4ELW A; 3KTI A; 3H81 A; 4ZDC A; 1ON9 A; 4U0H A; 3T3W A; 1Q51 A; 4JWV A; 3U9S B; 1WZ8 A; 3GF7 A; 3RSI A; 3L3S A; 3G64 A; 5KDR B; 3N6R B; 2J5I A; 4OLQ A; 3OT6 A; 4ELS A; 4JYJ A; 2J5I B; 3QXZ A; 2F9Y A; 2PG8 A; 3HRX A; 5JBW A; 2J5G A; 1HNU A; 2F9Y B; 2FBM A; 2VSU C; 1FC9 A; 2J5I I; 2QQ3 A; 3TLF A; 3H02 A; 4MXI A; 1DCI A; 2W3P A; 2ZQQ A; 3T88 A; 4MOU A; 3FF6 A; 3Q0G A; 3TV5 A; 1N6E A; 4HDT A; 4JCS A; 4ZDB A; 1ON3 A; 1EF9 A; 4KNP A; 1PIX A; 2J5G D; 5DZK H; 2GTR A; 2CBY A; 3TRR A; 4U0G A; 4WZ8 B; 3QRE A; 2WTB A; 3RST A; 4JVT A; 2FZS A; 3U9T B; 2VSS F; 1NZY B; 4ZU2 A; 5DTP A; 3QXI A; 4J2U A; 4U1A A; 2IEX A; 4K2N A; 5DZK A; 3R0O A; 3T89 A; 1EY3 A; 3OC7 A; 3H0J A; 1K39 A;
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