The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
214
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sequence length |
547
|
structure length |
547
|
Chain Sequence |
PVDYRTDPSQYKHWKLSFNGPVATLGIDIAEDGGIRDGYKLKLNSYDLGVDIELHDAIQRIRFEHPEVRTVVLTSLKDRVFCSGANIFMLGLSTHAWKVNFCKFTNETRNGLEDSSRHSGLKFLAAVNGACAGGGYELALACDEIYLVDDRSSSVSLPEVPLLGVLPGTGGLTRVTDKRKVRHDRADIFCTVVEGVRGERAKAWRLVDEVVKPNQFDQAIQARALELAAQSDRPAHAQGVPLTRIERTDREDGLTYKTLDVTIDRAKRIATFTAKAPQTEPPASIDAIVAAGANWWPLKFAREFDDAILSMRTNELAVGTWVFRTEGDARHLLAADASLMQHKDHWFVRETIGLLRRTLARIDVSSRSLFALIEPGSCFAGTFAELAFAADRTYMAALPANEDEEPAITLSEVNFGLYPMVTHQSRLARRFYEETEPLDAVRSRIGQAIKPVEAERLGLVTASPDDIDWADEIRIALEERAAMSPDALTGLEANLRFNGPETMETRIFGRLTAWQNWIFNRPNAVGEKGALKVYGKGSKAQFDVSRV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Biophysical Characterization of Boxc from Burkholderia Xenovorans Lb400: A Novel Ring-Cleaving Enzyme in the Crotonase Superfamily.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Burkholderia xenovorans
|
| molecule keywords |
BENZOYL-COA-DIHYDRODIOL LYASE
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| total genus |
214
|
| structure length |
547
|
| sequence length |
547
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-11-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00378 | ECH_1 | Enoyl-CoA hydratase/isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RSI A; 2ZQQ A; 3TT6 A; 3KTI A; 2VSS E; 4L6W A; 2F9I B; 1WZ8 A; 1J7X A; 5FIF A; 2FZS A; 3ZW9 A; 4JCR A; 1OD2 A; 4YLH A; 3GLM A; 2F6Q A; 5IKL B; 3JU1 A; 5DKP A; 3R6H A; 3QKA A; 4RCN A; 2VSS F; 3QMJ A; 5JBX A; 1PIX A; 3T3W A; 1FCF A; 5E0N X; 2Q34 A; 3QK8 A; 2VX2 A; 3Q0G A; 2DUB A; 2GTR A; 1SZO A; 3H0S A; 2NP9 A; 4ZU2 A; 4WZ8 B; 3HLN 1; 5C90 A; 4L8K A; 4I52 A; 2BZR A; 4JYL A; 2DEO A; 4OMR A; 3IBB A; 3LKE A; 1YG6 A; 3TV5 A; 2X58 A; 4MOU A; 4DI1 A; 5MGB A; 2D3T A; 3QYR A; 3PZK A; 1ON3 A; 1JXZ A; 1EF8 A; 4ELW A; 1W2X A; 4LK5 A; 1Q52 A; 4FN7 A; 3H0J A; 4FZW A; 3IAV A; 1N6E A; 2CE3 A; 1UYR A; 4I42 A; 4IZB A; 4QIJ A; 3MOY A; 1XNV A; 2VSS A; 4U0G A; 1TYF A; 3PGQ A; 4IZD A; 1RJN A; 4EML A; 3KTK A; 3OT6 A; 4JOT A; 3U9T B; 4KPK A; 2J5I A; 2WTB A; 3P2L A; 3DOR A; 1NZY B; 4KD6 A; 4FNB A; 3TLF A; 1WDL A; 4KNP A; 3H0U A; 3ISA A; 3KQF A; 5DU6 A; 2W3P A; 1XX4 A; 3TVW A; 2Q2X A; 3TRR A; 4ZDB A; 2FW2 A; 4JCQ A; 2F9Y A; 3L3S A; 3V5E A; 2QQ3 A; 3TZ3 A; 1HZD A; 1UIY A; 4GHN A; 2A7K A; 4Z0M A; 4Q1I A; 4ZDE A; 1DUB A; 3GMA A; 3TDC A; 1FC7 A; 4IZC A; 1XNW A; 2Q35 A; 4JCT A; 2HW5 A; 3RRV A; 3IB9 A; 4U0H A; 3Q7H A; 4WYO B; 1K39 A; 3HIN A; 5E0S H; 3TT7 A; 2FBM A; 2PBP A; 4F47 A; 3ZWB A; 2ZL3 A; 5G1R A; 3P85 A; 4GM2 A; 3SWX A; 1MJ3 A; 1HNO A; 4ASI A; 4ELS A; 4OLQ A; 3QRE A; 2CBY A; 2F9I A; 3BEZ A; 3ST9 A; 1DCI A; 3QXZ A; 4G2R A; 4K3W A; 3HP0 A; 3GKB A; 4U0G H; 3N6R B; 5E0S A; 2ZQR A; 2VSU C; 5DUF A; 1K32 A; 4MXI A; 3TVU A; 5DTP A; 2IEX A; 1N6F A; 4JVT A; 2J5I B; 3K8X A; 3Q0J A; 3R9T A; 3T8A A; 2J5G D; 3QXI A; 5CTC A; 4NEK A; 5INF A; 3T88 A; 1N6D A; 2EJ5 A; 4JCS A; 1Q51 A; 3V5I A; 5DU8 A; 5DL1 A; 1EY3 A; 5G1Q A; 3U9R B; 3T8B A; 2A81 A; 1XO6 A; 1YG8 A; 4U19 A; 5C9G A; 2F9Y B; 5KDR A; 4FJW D; 3R9Q A; 1VRG A; 3BPP A; 3KTG A; 4QII A; 5INI A; 1EF9 A; 5JBW A; 3RST A; 5KJP A; 2UZF A; 2VSU E; 3FF6 A; 2A7S A; 4NNQ A; 4OG1 A; 3STA A; 3WG5 A; 4I4Z A; 3H81 A; 3M6M A; 4RYF H; 3HE2 A; 3PE8 A; 3H0Q A; 4K29 A; 3KTJ A; 4QFE A; 3VIV A; 4JYJ A; 4MI2 A; 5CTB A; 4U1A A; 2VSU F; 3MT6 A; 5DU4 A; 1FC9 A; 5DZK H; 4JSB A; 2J5I I; 4RYF A; 3ZWA A; 2J5G A; 2F6I A; 3BF0 A; 1TG6 A; 5DTW A; 1UYS A; 3QWD A; 3Q1T A; 1NZY A; 3OME A; 3R9S A; 3NJD A; 5DZK A; 4KWB A; 5DUC A; 3LAO A; 3U9S B; 3T89 A; 4B3H A; 4JWV A; 1UYV A; 3M6N A; 2VRE A; 4K2N A; 2C8T A; 4HC8 A; 4HNK A; 3R0O A; 4ZDD A; 5KDR B; 1O8U A; 1X0U A; 3KTH A; 4EMM A; 1OD4 A; 3ZW8 A; 1WDK A; 4FB8 A; 4EMP A; 3NJB A; 5G1S A; 1XNY A; 4Q0G A; 3GF7 A; 1RJM A; 4FZW C; 2VSU A; 2PPY A; 1FC6 A; 3I47 A; 1UYT A; 3ZWC A; 4B3J A; 4U18 A; 5FUS A; 4WCZ A; 5ING A; 3K50 A; 2ZL2 A; 1HNU A; 4JJT A; 2ZL0 A; 3P5M A; 2J5S A; 2PG8 A; 3GF3 A; 3DJA A; 4FN8 A; 4B3I A; 1Y7O A; 3SLL A; 4ZDF A; 1ON9 A; 3MFM A; 3HRX A; 3FDU A; 2X24 A; 3H02 A; 1WDM A; 4ELX A; 3OC7 A; 4ZDC A; 3MYB A; 4JFC A; 1PJH A; 3G64 A; 4FND A; 2ZL4 A; 3PEA A; 1SG4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RSI A; 2ZQQ A; 3TT6 A; 3KTI A; 2VSS E; 4L6W A; 2F9I B; 1WZ8 A; 1J7X A; 5FIF A; 2FZS A; 3ZW9 A; 4JCR A; 1OD2 A; 4YLH A; 3GLM A; 2F6Q A; 5IKL B; 3JU1 A; 5DKP A; 3R6H A; 3QKA A; 4RCN A; 2VSS F; 3QMJ A; 5JBX A; 1PIX A; 3T3W A; 1FCF A; 5E0N X; 2Q34 A; 3QK8 A; 2VX2 A; 3Q0G A; 2DUB A; 2GTR A; 1SZO A; 3H0S A; 2NP9 A; 4ZU2 A; 4WZ8 B; 3HLN 1; 5C90 A; 4L8K A; 4I52 A; 2BZR A; 4JYL A; 2DEO A; 4OMR A; 3IBB A; 3LKE A; 1YG6 A; 3TV5 A; 2X58 A; 4MOU A; 4DI1 A; 5MGB A; 2D3T A; 3QYR A; 3PZK A; 1ON3 A; 1JXZ A; 1EF8 A; 4ELW A; 1W2X A; 4LK5 A; 1Q52 A; 4FN7 A; 3H0J A; 4FZW A; 3IAV A; 1N6E A; 4HDT A; 2CE3 A; 1UYR A; 4I42 A; 4IZB A; 4QIJ A; 3MOY A; 1XNV A; 2VSS A; 4U0G A; 1TYF A; 3PGQ A; 4IZD A; 1RJN A; 4EML A; 3KTK A; 3OT6 A; 4JOT A; 3U9T B; 4KPK A; 2J5I A; 2WTB A; 3P2L A; 3DOR A; 1NZY B; 4KD6 A; 4FNB A; 3TLF A; 1WDL A; 4KNP A; 3H0U A; 3ISA A; 3KQF A; 5DU6 A; 2W3P A; 1XX4 A; 3TVW A; 5HUQ A; 2Q2X A; 3TRR A; 4ZDB A; 2FW2 A; 4JCQ A; 2F9Y A; 3L3S A; 3V5E A; 2QQ3 A; 3TZ3 A; 1HZD A; 1UIY A; 4J2U A; 4GHN A; 2A7K A; 4Z0M A; 4Q1I A; 4ZDE A; 1DUB A; 3GMA A; 3TDC A; 1FC7 A; 4IZC A; 1XNW A; 2Q35 A; 4JCT A; 2HW5 A; 4NAR A; 3RRV A; 3IB9 A; 4U0H A; 3Q7H A; 4WYO B; 1K39 A; 3HIN A; 5E0S H; 3TT7 A; 2FBM A; 2PBP A; 4F47 A; 3ZWB A; 2ZL3 A; 5G1R A; 3P85 A; 4GM2 A; 3SWX A; 1MJ3 A; 1HNO A; 4ASI A; 4ELS A; 4OLQ A; 3QRE A; 2CBY A; 2F9I A; 3BEZ A; 3ST9 A; 1DCI A; 3QXZ A; 4G2R A; 4K3W A; 3HP0 A; 3GKB A; 4U0G H; 3N6R B; 5E0S A; 2ZQR A; 2VSU C; 5DUF A; 1K32 A; 4MXI A; 3TVU A; 5DTP A; 2IEX A; 1N6F A; 4JVT A; 2J5I B; 3K8X A; 3Q0J A; 3R9T A; 3T8A A; 2J5G D; 3QXI A; 5CTC A; 4NEK A; 5INF A; 3T88 A; 1N6D A; 2EJ5 A; 4JCS A; 1Q51 A; 3V5I A; 5DU8 A; 5DL1 A; 1EY3 A; 5G1Q A; 3U9R B; 3T8B A; 2A81 A; 1XO6 A; 1YG8 A; 4U19 A; 5C9G A; 2F9Y B; 2YJG A; 5KDR A; 4FJW D; 3R9Q A; 1VRG A; 3BPP A; 3KTG A; 3BPT A; 4QII A; 5INI A; 1EF9 A; 5JBW A; 3RST A; 5KJP A; 2UZF A; 2VSU E; 3FF6 A; 2A7S A; 4NNQ A; 4OG1 A; 3STA A; 3WG5 A; 4I4Z A; 3H81 A; 3M6M A; 4RYF H; 3HE2 A; 3PE8 A; 3H0Q A; 4K29 A; 3KTJ A; 4QFE A; 3VIV A; 4JYJ A; 4MI2 A; 5CTB A; 4U1A A; 2VSU F; 3MT6 A; 5DU4 A; 1FC9 A; 5DZK H; 4JSB A; 2J5I I; 4RYF A; 3ZWA A; 2J5G A; 2F6I A; 3BF0 A; 1TG6 A; 5DTW A; 1UYS A; 3QWD A; 3Q1T A; 1NZY A; 3OME A; 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4ZU2 A; 4WZ8 B; 3HLN 1; 5C90 A; 4L8K A; 4I52 A; 2BZR A; 4JYL A; 2DEO A; 4OMR A; 3IBB A; 3LKE A; 1YG6 A; 3TV5 A; 2X58 A; 4MOU A; 4DI1 A; 5MGB A; 2D3T A; 3QYR A; 3PZK A; 1ON3 A; 1JXZ A; 1EF8 A; 4ELW A; 1W2X A; 4LK5 A; 1Q52 A; 4FN7 A; 3H0J A; 4FZW A; 3IAV A; 1N6E A; 4HDT A; 2CE3 A; 1UYR A; 4I42 A; 4IZB A; 4QIJ A; 3MOY A; 1XNV A; 2VSS A; 4U0G A; 1TYF A; 3PGQ A; 4IZD A; 1RJN A; 4EML A; 3KTK A; 3OT6 A; 4JOT A; 3U9T B; 4KPK A; 2J5I A; 2WTB A; 3P2L A; 3DOR A; 1NZY B; 4KD6 A; 4FNB A; 3TLF A; 1WDL A; 4KNP A; 3H0U A; 3ISA A; 3KQF A; 5DU6 A; 2W3P A; 1XX4 A; 3TVW A; 5HUQ A; 2Q2X A; 3TRR A; 4ZDB A; 2FW2 A; 4JCQ A; 2F9Y A; 3L3S A; 3V5E A; 2QQ3 A; 3TZ3 A; 1HZD A; 1UIY A; 4J2U A; 4GHN A; 2A7K A; 4Z0M A; 4Q1I A; 4ZDE A; 1DUB A; 3GMA A; 3TDC A; 1FC7 A; 4IZC A; 1XNW A; 2Q35 A; 4JCT A; 2HW5 A; 4NAR A; 3RRV A; 3IB9 A; 4U0H A; 3Q7H A; 4WYO B; 1K39 A; 3HIN A; 5E0S H; 3TT7 A; 2FBM A; 2PBP A; 4F47 A; 3ZWB A; 2ZL3 A; 5G1R A; 3P85 A; 4GM2 A; 3SWX A; 1MJ3 A; 1HNO A; 4ASI A; 4ELS A; 4OLQ A; 3QRE A; 2CBY A; 2F9I A; 3BEZ A; 3ST9 A; 1DCI A; 3QXZ A; 4G2R A; 4K3W A; 3HP0 A; 3GKB A; 4U0G H; 3N6R B; 5E0S A; 2ZQR A; 2VSU C; 5DUF A; 1K32 A; 4MXI A; 3TVU A; 5DTP A; 2IEX A; 1N6F A; 4JVT A; 2J5I B; 3K8X A; 3Q0J A; 3R9T A; 3T8A A; 2J5G D; 3QXI A; 5CTC A; 4NEK A; 5INF A; 3T88 A; 1N6D A; 2EJ5 A; 4JCS A; 1Q51 A; 3V5I A; 5DU8 A; 5DL1 A; 1EY3 A; 5G1Q A; 3U9R B; 3T8B A; 2A81 A; 1XO6 A; 1YG8 A; 4U19 A; 5C9G A; 2F9Y B; 2YJG A; 5KDR A; 4FJW D; 3R9Q A; 1VRG A; 3BPP A; 3KTG A; 3BPT A; 4QII A; 5INI A; 1EF9 A; 5JBW A; 3RST A; 5KJP A; 2UZF A; 2VSU E; 3FF6 A; 2A7S A; 4NNQ A; 4OG1 A; 3STA A; 3WG5 A; 4I4Z A; 3H81 A; 3M6M A; 4RYF H; 3HE2 A; 3PE8 A; 3H0Q A; 4K29 A; 3KTJ A; 4QFE A; 3VIV A; 4JYJ A; 4MI2 A; 5CTB A; 4U1A A; 2VSU F; 3MT6 A; 5DU4 A; 1FC9 A; 5DZK H; 4JSB A; 2J5I I; 4RYF A; 3ZWA A; 2J5G A; 2F6I A; 3BF0 A; 1TG6 A; 5DTW A; 1UYS A; 3QWD A; 3Q1T A; 1NZY A; 3OME A; 3R9S A; 3NJD A; 5DZK A; 4KWB A; 5DUC A; 3LAO A; 3U9S B; 3T89 A; 4B3H A; 4JWV A; 1UYV A; 3M6N A; 2VRE A; 4K2N A; 2C8T A; 4HC8 A; 4HNK A; 3R0O A; 4ZDD A; 5KDR B; 1O8U A; 1X0U A; 3KTH A; 4EMM A; 1OD4 A; 3ZW8 A; 1WDK A; 4FB8 A; 4EMP A; 3NJB A; 5G1S A; 1XNY A; 4Q0G A; 3GF7 A; 1RJM A; 4FZW C; 2VSU A; 2PPY A; 1FC6 A; 3I47 A; 1UYT A; 3ZWC A; 4B3J A; 4U18 A; 5FUS A; 4WCZ A; 5ING A; 3K50 A; 2ZL2 A; 1HNU A; 4JJT A; 2ZL0 A; 3P5M A; 2J5S A; 2PG8 A; 3GF3 A; 3DJA A; 4FN8 A; 4B3I A; 1Y7O A; 3SLL A; 4ZDF A; 1ON9 A; 3MFM A; 3HRX A; 3FDU A; 2X24 A; 3H02 A; 1WDM A; 4ELX A; 3OC7 A; 4ZDC A; 3MYB A; 4JFC A; 1PJH A; 3G64 A; 4FND A; 2ZL4 A; 3PEA A; 1SG4 A;
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