The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
216
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structure length |
216
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Chain Sequence |
AKNIVYVAQIKGQITSYTYDQFDRYITIAEQDNAEAIIIELDTPGGRADAMMNIVQRIQQSKIPVIIYVYPPGASAASAGTYIALGSHLIAMAPGTSIGACRPILGYSQNGSIIEAPPAITNYFIAYIKSLAQESGRNATIAEEFITKDLSLTPEEALKYGVIEVVARDINELLKKSNGMKTKIPVNGRYVTLNFTNVEVRYLAPSFKDKLISYIT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Novel dimer structure of a membrane-bound protease with a catalytic Ser-Lys dyad and its linkage to stomatin
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
|
| molecule keywords |
1510-N membrane protease
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| total genus |
72
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| structure length |
216
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| sequence length |
216
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UYS A; 2FZS A; 3TT7 A; 4FNB A; 2ZL2 A; 1WDM A; 3R9S A; 4G2R A; 3OT6 A; 4KPK A; 1WZ8 A; 4FZW C; 1VRG A; 4ZDB A; 3GLM A; 3GKB A; 3FF6 A; 4B3H A; 1OD2 A; 3OME A; 4QIJ A; 3DJA A; 3RSI A; 4B3I A; 3GF3 A; 3T3W A; 4FZW A; 3TZ3 A; 3R6H A; 2ZL3 A; 4ELX A; 3KTK A; 2DEO A; 4U0G H; 2VSU E; 1YG6 A; 1HZD A; 4JCT A; 1O8U A; 1XNW A; 1FC7 A; 3M6M A; 5MGB A; 4MOU A; 3PZK A; 4U0H A; 3HIN A; 4JVT A; 4ZDF A; 3R9T A; 3Q7H A; 4KWB A; 4FJW D; 1DUB A; 3RST A; 3BEZ A; 2F9Y B; 4K2N A; 2GTR A; 1ON9 A; 5DUC A; 4JSB A; 2WTB A; 2NP9 A; 3K50 A; 3HRX A; 3P5M A; 3ISA A; 4U1A A; 2J5I I; 1FC6 A; 2J5G D; 1Y7O A; 2PPY A; 3ZW8 A; 4HNK A; 3MYB A; 4JYL A; 3KTJ A; 1K32 A; 4JCR A; 2ZL4 A; 3MOY A; 3FDU A; 3QRE A; 5DU4 A; 4EML A; 5DU6 A; 4RYF A; 5DUF A; 3Q1T A; 4NNQ A; 4JJT A; 2EJ5 A; 3QWD A; 5E0S A; 3Q0G A; 2J5I B; 3NJD A; 2VX2 A; 3PE8 A; 4U18 A; 2F9I B; 3T8A A; 3BF0 A; 4Q1I A; 1ON3 A; 2J5S A; 1RJM A; 1WDL A; 1UYT A; 3R0O A; 5DTP A; 3T88 A; 1X0U A; 3TT6 A; 3PGQ A; 3U9T B; 2D3T A; 2HW5 A; 4FND A; 3P2L A; 1WDK A; 5G1S A; 4JYJ A; 3MFM A; 3TVW A; 1XX4 A; 3STA A; 1OD4 A; 5G1Q A; 4FN8 A; 3R9Q A; 4JFC A; 4QII A; 3GMA A; 1EF8 A; 3I47 A; 4I4Z A; 3QYR A; 5E0N X; 2VSS E; 5JBX A; 5DZK H; 4WZ8 B; 3U9R B; 1J7X A; 1XNY A; 4L8K A; 4ELS A; 3KTI A; 4JCS A; 4QFE A; 5JBW A; 4NEK A; 4EMM A; 5DZK A; 2BZR A; 2VRE A; 2CE3 A; 3G64 A; 5KDR A; 4ZDE A; 1DCI A; 4JWV A; 2FW2 A; 3TDC A; 3QK8 A; 1NZY A; 2F6Q A; 1MJ3 A; 2PBP A; 4I42 A; 4U19 A; 4GM2 A; 3ZWA A; 5FUS A; 3V5E A; 4RYF H; 3QXI A; 4L6W A; 2Q35 A; 1W2X A; 5DTW A; 4ZDC A; 3GF7 A; 1HNO A; 1N6F A; 5IKL B; 5ING A; 3KQF A; 5E0S H; 2UZF A; 3NJB A; 2CBY A; 2VSU F; 3IAV A; 3U9S B; 5CTB A; 2W3P A; 3QKA A; 1TG6 A; 3BPP A; 2ZQR A; 4HC8 A; 3H0S A; 2F6I A; 5C9G A; 3V5I A; 4K29 A; 4GHN A; 5CTC A; 1SG4 A; 2DUB A; 2Q34 A; 2X24 A; 4WYO B; 1EF9 A; 3HLN 1; 1K39 A; 4F47 A; 3VIV A; 4ASI A; 4WCZ A; 4YLH A; 1JXZ A; 4FN7 A; 5INF A; 3K8X A; 2PG8 A; 4I52 A; 2A7S A; 3T89 A; 3SWX A; 3H81 A; 3H0Q A; 4OLQ A; 5G1R A; 4OG1 A; 3ZWC A; 4IZB A; 5DKP A; 3KTH A; 2A81 A; 4Q0G A; 1FC9 A; 4K3W A; 4MI2 A; 4DI1 A; 3LKE A; 1PJH A; 3L3S A; 1UYV A; 4OMR A; 3JU1 A; 3QXZ A; 1N6D A; 5FIF A; 1PIX A; 2QQ3 A; 1N6E A; 2F9Y A; 5C90 A; 4B3J A; 2J5G A; 3P85 A; 3WG5 A; 2IEX A; 1YG8 A; 3TVU A; 2VSU C; 3N6R B; 2ZQQ A; 1FCF A; 4U0G A; 4IZD A; 3HE2 A; 4KNP A; 4RCN A; 1EY3 A; 2VSU A; 3ST9 A; 4ZDD A; 4Z0M A; 4JOT A; 5DU8 A; 3SLL A; 3RRV A; 3T8B A; 4FB8 A; 4EMP A; 3ZW9 A; 3M6N A; 1UYR A; 2C8T A; 4IZC A; 3IB9 A; 2X58 A; 3TLF A; 1Q51 A; 1RJN A; 2VSS A; 1XNV A; 3Q0J A; 5DL1 A; 2ZL0 A; 3H0U A; 1TYF A; 3QMJ A; 3HP0 A; 4ZU2 A; 3TRR A; 3OC7 A; 2J5I A; 5INI A; 3MT6 A; 1UIY A; 1HNU A; 5KDR B; 2Q2X A; 3PEA A; 3ZWB A; 4MXI A; 2F9I A; 1NZY B; 1SZO A; 2FBM A; 4KD6 A; 3H02 A; 1XO6 A; 3TV5 A; 3LAO A; 3DOR A; 4ELW A; 3H0J A; 2VSS F; 1Q52 A; 4LK5 A; 2A7K A; 4JCQ A; 3IBB A; 3KTG A; 5KJP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UYS A; 2FZS A; 3TT7 A; 4FNB A; 2ZL2 A; 1WDM A; 3R9S A; 4G2R A; 3OT6 A; 4KPK A; 1WZ8 A; 4FZW C; 1VRG A; 4ZDB A; 3GLM A; 3GKB A; 3FF6 A; 4B3H A; 1OD2 A; 3OME A; 4QIJ A; 3DJA A; 3RSI A; 4B3I A; 3GF3 A; 3T3W A; 4FZW A; 3TZ3 A; 3R6H A; 2ZL3 A; 4ELX A; 3KTK A; 2DEO A; 4U0G H; 2VSU E; 1YG6 A; 1HZD A; 4JCT A; 1O8U A; 1XNW A; 1FC7 A; 3M6M A; 5MGB A; 4MOU A; 3PZK A; 4U0H A; 3HIN A; 4JVT A; 4ZDF A; 3R9T A; 3Q7H A; 4KWB A; 4FJW D; 1DUB A; 3RST A; 3BEZ A; 2F9Y B; 4K2N A; 2GTR A; 1ON9 A; 5DUC A; 4JSB A; 2WTB A; 2NP9 A; 3K50 A; 3HRX A; 3P5M A; 3ISA A; 4U1A A; 2J5I I; 1FC6 A; 2J5G D; 1Y7O A; 2PPY A; 2YJG A; 3ZW8 A; 4HNK A; 3MYB A; 4JYL A; 3KTJ A; 1K32 A; 4JCR A; 2ZL4 A; 3MOY A; 3FDU A; 3QRE A; 5DU4 A; 4EML A; 5DU6 A; 4RYF A; 5DUF A; 3Q1T A; 4NNQ A; 4JJT A; 2EJ5 A; 3QWD A; 5E0S A; 3Q0G A; 2J5I B; 3NJD A; 2VX2 A; 3PE8 A; 4U18 A; 2F9I B; 3T8A A; 3BF0 A; 4Q1I A; 1ON3 A; 2J5S A; 1RJM A; 1WDL A; 1UYT A; 3R0O A; 5DTP A; 3T88 A; 1X0U A; 3TT6 A; 3PGQ A; 3U9T B; 2D3T A; 2HW5 A; 4FND A; 3P2L A; 1WDK A; 5G1S A; 4JYJ A; 3MFM A; 3TVW A; 1XX4 A; 3STA A; 1OD4 A; 5G1Q A; 4FN8 A; 3R9Q A; 4JFC A; 4QII A; 3GMA A; 1EF8 A; 3I47 A; 4I4Z A; 3QYR A; 5E0N X; 2VSS E; 5JBX A; 5DZK H; 4WZ8 B; 3U9R B; 1J7X A; 1XNY A; 4L8K A; 4ELS A; 3KTI A; 4JCS A; 4QFE A; 5JBW A; 4NEK A; 4EMM A; 5DZK A; 2BZR A; 2VRE A; 2CE3 A; 3G64 A; 5KDR A; 4ZDE A; 1DCI A; 4JWV A; 2FW2 A; 3TDC A; 3QK8 A; 1NZY A; 2F6Q A; 1MJ3 A; 2PBP A; 4I42 A; 4NAR A; 4U19 A; 4GM2 A; 3ZWA A; 5FUS A; 3V5E A; 4RYF H; 3QXI A; 4L6W A; 2Q35 A; 1W2X A; 5DTW A; 4ZDC A; 3GF7 A; 1HNO A; 1N6F A; 5IKL B; 5ING A; 3KQF A; 5E0S H; 2UZF A; 3NJB A; 2CBY A; 2VSU F; 3IAV A; 3BPT A; 3U9S B; 5CTB A; 2W3P A; 3QKA A; 1TG6 A; 3BPP A; 2ZQR A; 4HC8 A; 4HDT A; 3H0S A; 2F6I A; 5C9G A; 3V5I A; 4K29 A; 4GHN A; 5CTC A; 1SG4 A; 2DUB A; 2Q34 A; 2X24 A; 4WYO B; 5HUQ A; 1EF9 A; 3HLN 1; 1K39 A; 4F47 A; 3VIV A; 4ASI A; 4WCZ A; 4YLH A; 1JXZ A; 4FN7 A; 5INF A; 3K8X A; 2PG8 A; 4I52 A; 2A7S A; 3T89 A; 3SWX A; 3H81 A; 3H0Q A; 4OLQ A; 5G1R A; 4OG1 A; 3ZWC A; 4IZB A; 5DKP A; 3KTH A; 2A81 A; 4Q0G A; 1FC9 A; 4K3W A; 4MI2 A; 4DI1 A; 3LKE A; 1PJH A; 3L3S A; 1UYV A; 4OMR A; 3JU1 A; 3QXZ A; 1N6D A; 5FIF A; 1PIX A; 2QQ3 A; 1N6E A; 2F9Y A; 5C90 A; 4B3J A; 2J5G A; 3P85 A; 3WG5 A; 2IEX A; 1YG8 A; 3TVU A; 2VSU C; 3N6R B; 2ZQQ A; 1FCF A; 4U0G A; 4IZD A; 3HE2 A; 4KNP A; 4RCN A; 1EY3 A; 2VSU A; 4J2U A; 3ST9 A; 4ZDD A; 4Z0M A; 4JOT A; 5DU8 A; 3SLL A; 3RRV A; 3T8B A; 4FB8 A; 4EMP A; 3ZW9 A; 3M6N A; 1UYR A; 2C8T A; 4IZC A; 3IB9 A; 2X58 A; 3TLF A; 1Q51 A; 1RJN A; 2VSS A; 1XNV A; 3Q0J A; 5DL1 A; 2ZL0 A; 3H0U A; 1TYF A; 3QMJ A; 3HP0 A; 4ZU2 A; 3TRR A; 3OC7 A; 2J5I A; 5INI A; 3MT6 A; 1UIY A; 1HNU A; 5KDR B; 2Q2X A; 3PEA A; 3ZWB A; 4MXI A; 2F9I A; 1NZY B; 1SZO A; 2FBM A; 4KD6 A; 3H02 A; 1XO6 A; 3TV5 A; 3LAO A; 3DOR A; 4ELW A; 3H0J A; 2VSS F; 1Q52 A; 4LK5 A; 2A7K A; 4JCQ A; 3IBB A; 3KTG A; 5KJP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1UYS A; 2FZS A; 3TT7 A; 4FNB A; 2ZL2 A; 1WDM A; 3R9S A; 4G2R A; 3OT6 A; 4KPK A; 1WZ8 A; 4FZW C; 1VRG A; 4ZDB A; 3GLM A; 3GKB A; 3FF6 A; 4B3H A; 1OD2 A; 3OME A; 4QIJ A; 3DJA A; 3RSI A; 4B3I A; 3GF3 A; 3T3W A; 4FZW A; 3TZ3 A; 3R6H A; 2ZL3 A; 4ELX A; 3KTK A; 2DEO A; 4U0G H; 2VSU E; 1YG6 A; 1HZD A; 4JCT A; 1O8U A; 1XNW A; 1FC7 A; 3M6M A; 5MGB A; 4MOU A; 3PZK A; 4U0H A; 3HIN A; 4JVT A; 4ZDF A; 3R9T A; 3Q7H A; 4KWB A; 4FJW D; 1DUB A; 3RST A; 3BEZ A; 2F9Y B; 4K2N A; 2GTR A; 1ON9 A; 5DUC A; 4JSB A; 2WTB A; 2NP9 A; 3K50 A; 3HRX A; 3P5M A; 3ISA A; 4U1A A; 2J5I I; 1FC6 A; 2J5G D; 1Y7O A; 2PPY A; 2YJG A; 3ZW8 A; 4HNK A; 3MYB A; 4JYL A; 3KTJ A; 1K32 A; 4JCR A; 2ZL4 A; 3MOY A; 3FDU A; 3QRE A; 5DU4 A; 4EML A; 5DU6 A; 4RYF A; 5DUF A; 3Q1T A; 4NNQ A; 4JJT A; 2EJ5 A; 3QWD A; 5E0S A; 3Q0G A; 2J5I B; 3NJD A; 2VX2 A; 3PE8 A; 4U18 A; 2F9I B; 3T8A A; 3BF0 A; 4Q1I A; 1ON3 A; 2J5S A; 1RJM A; 1WDL A; 1UYT A; 3R0O A; 5DTP A; 3T88 A; 1X0U A; 3TT6 A; 3PGQ A; 3U9T B; 2D3T A; 2HW5 A; 4FND A; 3P2L A; 1WDK A; 5G1S A; 4JYJ A; 3MFM A; 3TVW A; 1XX4 A; 3STA A; 1OD4 A; 5G1Q A; 4FN8 A; 3R9Q A; 4JFC A; 4QII A; 3GMA A; 1EF8 A; 3I47 A; 4I4Z A; 3QYR A; 5E0N X; 2VSS E; 5JBX A; 5DZK H; 4WZ8 B; 3U9R B; 1J7X A; 1XNY A; 4L8K A; 4ELS A; 3KTI A; 4JCS A; 4QFE A; 5JBW A; 4NEK A; 4EMM A; 5DZK A; 2BZR A; 2VRE A; 2CE3 A; 3G64 A; 5KDR A; 4ZDE A; 1DCI A; 4JWV A; 2FW2 A; 3TDC A; 3QK8 A; 1NZY A; 2F6Q A; 1MJ3 A; 2PBP A; 4I42 A; 4NAR A; 4U19 A; 4GM2 A; 3ZWA A; 5FUS A; 3V5E A; 4RYF H; 3QXI A; 4L6W A; 2Q35 A; 1W2X A; 5DTW A; 4ZDC A; 3GF7 A; 1HNO A; 1N6F A; 5IKL B; 5ING A; 3KQF A; 5E0S H; 2UZF A; 3NJB A; 2CBY A; 2VSU F; 3IAV A; 3BPT A; 3U9S B; 5CTB A; 2W3P A; 3QKA A; 1TG6 A; 3BPP A; 2ZQR A; 4HC8 A; 4HDT A; 3H0S A; 2F6I A; 5C9G A; 3V5I A; 4K29 A; 4GHN A; 5CTC A; 1SG4 A; 2DUB A; 2Q34 A; 2X24 A; 4WYO B; 5HUQ A; 1EF9 A; 3HLN 1; 1K39 A; 4F47 A; 3VIV A; 4ASI A; 4WCZ A; 4YLH A; 1JXZ A; 4FN7 A; 5INF A; 3K8X A; 2PG8 A; 4I52 A; 2A7S A; 3T89 A; 3SWX A; 3H81 A; 3H0Q A; 4OLQ A; 5G1R A; 4OG1 A; 3ZWC A; 4IZB A; 5DKP A; 3KTH A; 2A81 A; 4Q0G A; 1FC9 A; 4K3W A; 4MI2 A; 4DI1 A; 3LKE A; 1PJH A; 3L3S A; 1UYV A; 4OMR A; 3JU1 A; 3QXZ A; 1N6D A; 5FIF A; 1PIX A; 2QQ3 A; 1N6E A; 2F9Y A; 5C90 A; 4B3J A; 2J5G A; 3P85 A; 3WG5 A; 2IEX A; 1YG8 A; 3TVU A; 2VSU C; 3N6R B; 2ZQQ A; 1FCF A; 4U0G A; 4IZD A; 3HE2 A; 4KNP A; 4RCN A; 1EY3 A; 2VSU A; 4J2U A; 3ST9 A; 4ZDD A; 4Z0M A; 4JOT A; 5DU8 A; 3SLL A; 3RRV A; 3T8B A; 4FB8 A; 4EMP A; 3ZW9 A; 3M6N A; 1UYR A; 2C8T A; 4IZC A; 3IB9 A; 2X58 A; 3TLF A; 1Q51 A; 1RJN A; 2VSS A; 1XNV A; 3Q0J A; 5DL1 A; 2ZL0 A; 3H0U A; 1TYF A; 3QMJ A; 3HP0 A; 4ZU2 A; 3TRR A; 3OC7 A; 2J5I A; 5INI A; 3MT6 A; 1UIY A; 1HNU A; 5KDR B; 2Q2X A; 3PEA A; 3ZWB A; 4MXI A; 2F9I A; 1NZY B; 1SZO A; 2FBM A; 4KD6 A; 3H02 A; 1XO6 A; 3TV5 A; 3LAO A; 3DOR A; 4ELW A; 3H0J A; 2VSS F; 1Q52 A; 4LK5 A; 2A7K A; 4JCQ A; 3IBB A; 3KTG A; 5KJP A;
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