The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
230
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sequence length |
716
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structure length |
711
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Chain Sequence |
LRPIATPYPVKEWLQPKRYKAHLMGTTYVYDFPELFRQASSSQWKNFSADVKLTDDFFISNELIEDENGELTEVEREPGANAIGMVAFKITVKTPEYPRGRQFVVVANDITFKIGSFGPQEDEFFNKVTEYARKRGIPRIYLAANSGARIGMAEEIVPLFQVAWNDAANPDKGFQYLYLTSEGMETLKKFDKENSVLTERTVINGEERFVIKTIIGSEDGLGVECLRGSGLIAGATSRAYHDIFTITLVTCRSVGIGAYLVRLGQRAIQVEGQPIILTGASALNKVLGREVYTSNLQLGGTQIMYNNGVSHLTAVDDLAGVEKIVEWMSYVPAKRNMPVPILETKDTWDRPVDFTPTNDETYDVRWMIEGRETESGFEYGLFDKGSFFETLSGWAKGVVVGRARLGGIPLGVIGVETRTVENLIPADPANPNSAETLIQQAGQVWFPNSAFKTAQAINDFNNGEQLPMMILANWRGFSGGQRDMFNEVLKYGSFIVDALVDYKQPIIIYIPPTGELRGGSWVVVDPTINADQMEMYADVNARAGVLEPEGTVEIKFRREKLLDTMNRLDDKYRELRSQLAPEVHQQISKQLADRERELLPIYGQISLQFADLHDRSSRMVAKGVISKELEWTEARRFFFWRLRRRLNEEYLIKRLSHQVGEASRLEKIARIRSWYPASVDHEDDRQVATWIEENYKTLDDKLKGLKLESFA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-guided Inhibitor Design for Human Acetyl-coenzyme A Carboxylase by Interspecies Active Site Conversion.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae s288c
|
| molecule keywords |
Acetyl-CoA carboxylase
|
| total genus |
230
|
| structure length |
711
|
| sequence length |
716
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature |
ec
6.3.4.14: Biotin carboxylase. |
| pdb deposition date | 2011-09-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01039 | Carboxyl_trans | Carboxyl transferase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | ClpP/crotonase fold | Biotin dependent carboxylase carboxyltransferase | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DEO A; 3SWX A; 4FN7 A; 4B3I A; 5E0S H; 2CE3 A; 3Q7H A; 3NJD A; 2VSU F; 4I42 A; 4JCS A; 1EF8 A; 2J5G D; 4JYL A; 4I52 A; 4FJW D; 3QK8 A; 1XNW A; 3H0Q A; 1FCF A; 4JSB A; 3JU1 A; 1DUB A; 3ZWC A; 2NP9 A; 4U0H A; 3ZW9 A; 2D3T A; 4WYO B; 3KTK A; 4OMR A; 2W3P A; 1WDL A; 3WG5 A; 3PZK A; 3ISA A; 1TG6 A; 1N6E A; 1EY3 A; 3RSI A; 4ELX A; 3K50 A; 3Q0G A; 5E0N X; 4QIJ A; 3T8A A; 4B3J A; 2ZL2 A; 4U0G A; 5DU6 A; 1PIX A; 3M6M A; 4FN8 A; 5DZK H; 5DU8 A; 2Q35 A; 3TT6 A; 1RJM A; 1ON3 A; 3PGQ A; 3FF6 A; 2F9Y B; 4RYF A; 5E0S A; 3QRE A; 3MT6 A; 3HE2 A; 4ELS A; 5INI A; 3Q1T A; 1WZ8 A; 4KNP A; 3NJB A; 5FUS A; 4Z0M A; 1HNU A; 4YLH A; 3U9T B; 2ZL4 A; 4U19 A; 4FND A; 4JYJ A; 1TYF A; 4FZW C; 1XX4 A; 4NEK A; 2ZQR A; 1JXZ A; 4U18 A; 5G1S A; 3V5E A; 1YG6 A; 1UYT A; 3TVW A; 4HNK A; 1VRG A; 2FBM A; 4WCZ A; 4ZDE A; 3BPP A; 3R9T A; 3R6H A; 3GKB A; 2FZS A; 3T88 A; 2Q2X A; 4LK5 A; 5INF A; 5CTB A; 3H0S A; 5DZK A; 2A7K A; 4IZD A; 1XNV A; 1HZD A; 5G1R A; 4MOU A; 3LAO A; 3MFM A; 4MI2 A; 4ZDF A; 2J5G A; 2VSS F; 4JCR A; 1XNY A; 1WDK A; 3H0U A; 2VX2 A; 3FDU A; 5DUF A; 3TLF A; 3MYB A; 3R0O A; 3HRX A; 2J5I I; 2F6Q A; 3TRR A; 4KWB A; 2FW2 A; 4KPK A; 3RST A; 5MGB A; 4QFE A; 3LKE A; 3TZ3 A; 2VRE A; 4Q0G A; 4QII A; 4IZC A; 1W2X A; 3ST9 A; 1N6F A; 2PG8 A; 2ZL0 A; 1UIY A; 5CTC A; 4G2R A; 1WDM A; 3QXI A; 1RJN A; 5DTW A; 1UYR A; 3N6R B; 1K39 A; 4JOT A; 3GLM A; 5KJP A; 3H0J A; 2C8T A; 2HW5 A; 4JWV A; 3SLL A; 3HP0 A; 3STA A; 3H81 A; 4ZDD A; 2X24 A; 3T3W A; 1OD4 A; 1ON9 A; 2VSU C; 3TV5 A; 5IKL B; 3R9S A; 4RCN A; 4I4Z A; 4JCQ A; 3U9R B; 4MXI A; 1X0U A; 2F9I B; 2UZF A; 5DUC A; 4JVT A; 5DKP A; 2F6I A; 4HC8 A; 5FIF A; 1OD2 A; 2VSU E; 4GHN A; 1DCI A; 2ZL3 A; 1NZY A; 4L8K A; 3OC7 A; 2BZR A; 5KDR A; 2A81 A; 2VSU A; 3GF3 A; 3GF7 A; 3P5M A; 2J5I A; 4F47 A; 2DUB A; 2J5S A; 5JBX A; 2IEX A; 1HNO A; 3BEZ A; 3R9Q A; 4B3H A; 3KTI A; 3P2L A; 3HLN 1; 4FB8 A; 4FZW A; 4JCT A; 3TT7 A; 4ZU2 A; 4FNB A; 2EJ5 A; 4NNQ A; 2WTB A; 4RYF H; 3QWD A; 2X58 A; 3I47 A; 2ZQQ A; 3U9S B; 3VIV A; 4IZB A; 2GTR A; 3KTH A; 4L6W A; 1FC7 A; 2A7S A; 3M6N A; 3OT6 A; 3BF0 A; 3L3S A; 3TDC A; 4ASI A; 3T8B A; 4ZDB A; 3QXZ A; 3PE8 A; 2PBP A; 4DI1 A; 4K29 A; 3ZW8 A; 5ING A; 4ELW A; 1Q52 A; 3Q0J A; 4OLQ A; 4JJT A; 3KTJ A; 3H02 A; 3T89 A; 3V5I A; 3HIN A; 3DJA A; 3ZWA A; 4OG1 A; 3RRV A; 4GM2 A; 1Y7O A; 3IBB A; 1Q51 A; 3QMJ A; 1J7X A; 3PEA A; 5DL1 A; 2QQ3 A; 1K32 A; 3IAV A; 5DU4 A; 3K8X A; 3MOY A; 1YG8 A; 2F9Y A; 5JBW A; 1N6D A; 1SZO A; 3DOR A; 4KD6 A; 3KQF A; 4Q1I A; 1SG4 A; 4EMM A; 3QKA A; 3QYR A; 4K2N A; 4WZ8 B; 1UYV A; 3TVU A; 5C9G A; 1UYS A; 3KTG A; 5C90 A; 2F9I A; 1NZY B; 4EMP A; 4JFC A; 2VSS E; 1EF9 A; 2Q34 A; 2PPY A; 4EML A; 5KDR B; 3IB9 A; 3OME A; 5G1Q A; 2J5I B; 1FC9 A; 2CBY A; 1MJ3 A; 4U1A A; 5DTP A; 1FC6 A; 1O8U A; 3P85 A; 4U0G H; 1XO6 A; 2VSS A; 3ZWB A; 4K3W A; 3GMA A; 3G64 A; 4ZDC A; 1PJH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DEO A; 3SWX A; 4FN7 A; 4B3I A; 5E0S H; 2CE3 A; 3Q7H A; 3NJD A; 2VSU F; 4I42 A; 4JCS A; 1EF8 A; 2J5G D; 4JYL A; 4I52 A; 4FJW D; 3QK8 A; 1XNW A; 3H0Q A; 1FCF A; 4JSB A; 3JU1 A; 1DUB A; 3ZWC A; 2NP9 A; 4U0H A; 3ZW9 A; 2D3T A; 4WYO B; 3KTK A; 4OMR A; 2W3P A; 1WDL A; 3WG5 A; 3PZK A; 3ISA A; 1TG6 A; 1N6E A; 3BPT A; 1EY3 A; 3RSI A; 4ELX A; 3K50 A; 3Q0G A; 5E0N X; 4QIJ A; 3T8A A; 4B3J A; 2ZL2 A; 4U0G A; 5DU6 A; 1PIX A; 3M6M A; 4FN8 A; 5DZK H; 5DU8 A; 2Q35 A; 3TT6 A; 1RJM A; 1ON3 A; 3PGQ A; 3FF6 A; 2F9Y B; 4RYF A; 5E0S A; 4HDT A; 3QRE A; 3MT6 A; 3HE2 A; 4ELS A; 5INI A; 3Q1T A; 1WZ8 A; 4KNP A; 3NJB A; 5FUS A; 4Z0M A; 1HNU A; 4YLH A; 3U9T B; 2ZL4 A; 4U19 A; 4FND A; 4JYJ A; 1TYF A; 4FZW C; 1XX4 A; 4NEK A; 2ZQR A; 1JXZ A; 4U18 A; 5G1S A; 3V5E A; 1YG6 A; 1UYT A; 3TVW A; 4HNK A; 1VRG A; 2FBM A; 4WCZ A; 4ZDE A; 3BPP A; 3R9T A; 3R6H A; 3GKB A; 2FZS A; 3T88 A; 2Q2X A; 4LK5 A; 5INF A; 5CTB A; 3H0S A; 5DZK A; 2A7K A; 4IZD A; 1XNV A; 1HZD A; 5G1R A; 4MOU A; 3LAO A; 3MFM A; 4MI2 A; 4ZDF A; 2J5G A; 2VSS F; 4JCR A; 1XNY A; 1WDK A; 3H0U A; 2VX2 A; 3FDU A; 5DUF A; 3TLF A; 3MYB A; 3R0O A; 3HRX A; 2J5I I; 2F6Q A; 3TRR A; 4KWB A; 2FW2 A; 4KPK A; 3RST A; 5MGB A; 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1EY3 A; 3RSI A; 4ELX A; 3K50 A; 3Q0G A; 5E0N X; 4QIJ A; 3T8A A; 4B3J A; 2ZL2 A; 4U0G A; 5DU6 A; 1PIX A; 3M6M A; 4FN8 A; 5DZK H; 5DU8 A; 2Q35 A; 3TT6 A; 1RJM A; 1ON3 A; 3PGQ A; 3FF6 A; 2F9Y B; 4RYF A; 5E0S A; 4HDT A; 3QRE A; 3MT6 A; 3HE2 A; 4ELS A; 5INI A; 3Q1T A; 1WZ8 A; 4KNP A; 3NJB A; 5FUS A; 4Z0M A; 1HNU A; 4YLH A; 3U9T B; 2ZL4 A; 4U19 A; 4FND A; 4JYJ A; 1TYF A; 4FZW C; 1XX4 A; 4NEK A; 2ZQR A; 1JXZ A; 4U18 A; 5G1S A; 3V5E A; 1YG6 A; 1UYT A; 3TVW A; 4HNK A; 1VRG A; 2FBM A; 4WCZ A; 4ZDE A; 3BPP A; 3R9T A; 3R6H A; 3GKB A; 2FZS A; 3T88 A; 2Q2X A; 4LK5 A; 5INF A; 5CTB A; 3H0S A; 5DZK A; 2A7K A; 4IZD A; 1XNV A; 1HZD A; 5G1R A; 4MOU A; 3LAO A; 3MFM A; 4MI2 A; 4ZDF A; 2J5G A; 2VSS F; 4JCR A; 1XNY A; 1WDK A; 3H0U A; 2VX2 A; 3FDU A; 5DUF A; 3TLF A; 3MYB A; 3R0O A; 3HRX A; 2J5I I; 2F6Q A; 3TRR A; 4KWB A; 2FW2 A; 4KPK A; 3RST A; 5MGB A; 4QFE A; 3LKE A; 3TZ3 A; 2VRE A; 4Q0G A; 4QII A; 4IZC A; 1W2X A; 3ST9 A; 1N6F A; 2PG8 A; 2ZL0 A; 1UIY A; 5CTC A; 4G2R A; 1WDM A; 3QXI A; 1RJN A; 5HUQ A; 5DTW A; 1UYR A; 3N6R B; 1K39 A; 4JOT A; 3GLM A; 5KJP A; 3H0J A; 2C8T A; 2HW5 A; 4JWV A; 3SLL A; 3HP0 A; 3STA A; 3H81 A; 4ZDD A; 2X24 A; 3T3W A; 1OD4 A; 1ON9 A; 2VSU C; 3TV5 A; 5IKL B; 3R9S A; 4RCN A; 4I4Z A; 4JCQ A; 3U9R B; 4MXI A; 1X0U A; 2F9I B; 2UZF A; 5DUC A; 4JVT A; 5DKP A; 2F6I A; 4HC8 A; 5FIF A; 1OD2 A; 2VSU E; 4GHN A; 1DCI A; 2ZL3 A; 1NZY A; 4L8K A; 3OC7 A; 2BZR A; 5KDR A; 2A81 A; 2VSU A; 3GF3 A; 3GF7 A; 3P5M A; 2J5I A; 2YJG A; 4F47 A; 2DUB A; 2J5S A; 5JBX A; 2IEX A; 1HNO A; 3BEZ A; 3R9Q A; 4B3H A; 3KTI A; 3P2L A; 3HLN 1; 4NAR A; 4FB8 A; 4FZW A; 4JCT A; 3TT7 A; 4ZU2 A; 4FNB A; 2EJ5 A; 4NNQ A; 2WTB A; 4RYF H; 3QWD A; 2X58 A; 3I47 A; 2ZQQ A; 3U9S B; 3VIV A; 4IZB A; 2GTR A; 3KTH A; 4L6W A; 1FC7 A; 2A7S A; 3M6N A; 3OT6 A; 3BF0 A; 3L3S A; 3TDC A; 4ASI A; 3T8B A; 4ZDB A; 3QXZ A; 3PE8 A; 2PBP A; 4J2U A; 4DI1 A; 4K29 A; 3ZW8 A; 5ING A; 4ELW A; 1Q52 A; 3Q0J A; 4OLQ A; 4JJT A; 3KTJ A; 3H02 A; 3T89 A; 3V5I A; 3HIN A; 3DJA A; 3ZWA A; 4OG1 A; 3RRV A; 4GM2 A; 1Y7O A; 3IBB A; 1Q51 A; 3QMJ A; 1J7X A; 3PEA A; 5DL1 A; 2QQ3 A; 1K32 A; 3IAV A; 5DU4 A; 3K8X A; 3MOY A; 1YG8 A; 2F9Y A; 5JBW A; 1N6D A; 1SZO A; 3DOR A; 4KD6 A; 3KQF A; 4Q1I A; 1SG4 A; 4EMM A; 3QKA A; 3QYR A; 4K2N A; 4WZ8 B; 1UYV A; 3TVU A; 5C9G A; 1UYS A; 3KTG A; 5C90 A; 2F9I A; 1NZY B; 4EMP A; 4JFC A; 2VSS E; 1EF9 A; 2Q34 A; 2PPY A; 4EML A; 5KDR B; 3IB9 A; 3OME A; 5G1Q A; 2J5I B; 1FC9 A; 2CBY A; 1MJ3 A; 4U1A A; 5DTP A; 1FC6 A; 1O8U A; 3P85 A; 4U0G H; 1XO6 A; 2VSS A; 3ZWB A; 4K3W A; 3GMA A; 3G64 A; 4ZDC A; 1PJH A;
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