The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
268
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structure length |
237
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Chain Sequence |
PSSKIAVLEVSGTIQDNDGYNHRTFLKNLERAKDDKTVKGIVLKVNSPGGGVYESAEIHKKLEEIKKETKKPIYVSMGSMAASGGYYISTAADKIFATPETLTGSLGVIMESVNYSKLADKLGISFETIKSGAHADIMSPSREMTKEEKNIMQSMVDNSYEGFVDVISKGRGMPKAEVKKIADGRVYDGRQAKKLNLVDELGFYDDTITAMKKDHKDLKNASVISYESPRMMYLYAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of signal peptide peptidase A with C-termini bound in the active sites: insights into specificity, self-processing, and regulation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Bacillus subtilis subsp. subtilis
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| molecule keywords |
Signal peptide peptidase SppA
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| total genus |
79
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| structure length |
237
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| sequence length |
268
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2013-05-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01343 | Peptidase_S49 | Peptidase family S49 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | peptide peptidase (sppa) fold | peptide peptidase (sppa) fold | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DCI A; 3P2L A; 4JCQ A; 1PJH A; 1YG8 A; 3NJB A; 2VSS E; 3GLM A; 3Q0G A; 2ZQQ A; 1EF8 A; 3MFM A; 3JU1 A; 4GM2 A; 4RYF A; 4KPK A; 1UYV A; 1RJM A; 3KTH A; 4JSB A; 3HP0 A; 1XO6 A; 2VSS F; 4OLQ A; 4FND A; 1VRG A; 2VSU F; 4EMM A; 4IZC A; 2F9Y B; 5KJP A; 1X0U A; 4EML A; 1NZY A; 3OC7 A; 4FN8 A; 2GTR A; 5JBX A; 3Q7H A; 4U18 A; 4ZDC A; 4B3J A; 4FNB A; 4Q1I A; 5KDR B; 2PG8 A; 3P85 A; 3OME A; 3KTG A; 1HNO A; 4JCS A; 2F9I B; 4KNP A; 1ON3 A; 3SWX A; 4NNQ A; 2J5S A; 3ISA A; 3M6M A; 2PBP A; 5DTW A; 4ZDF A; 5FUS A; 4FZW A; 1RJN A; 2ZL0 A; 1SG4 A; 1ON9 A; 3H0J A; 4U0H A; 3ZW9 A; 4ELW A; 4WCZ A; 1OD2 A; 3GKB A; 1FC7 A; 2ZL2 A; 3IBB A; 3ZW8 A; 2VX2 A; 3R9T A; 1FC9 A; 5DUF A; 2J5I A; 5MGB A; 4JOT A; 2X58 A; 5DU8 A; 3KTJ A; 3PGQ A; 3QXI A; 4JVT A; 3TV5 A; 1NZY B; 4ZU2 A; 3R0O A; 3MYB A; 3IB9 A; 3HE2 A; 3BF0 A; 3DOR A; 3K50 A; 4IZD A; 1MJ3 A; 4NEK A; 4WZ8 B; 5ING A; 4RYF H; 3M6N A; 3SLL A; 2WTB A; 2EJ5 A; 4Q0G A; 1N6E A; 4HNK A; 5CTC A; 3T88 A; 5G1S A; 5INF A; 3ZWB A; 3TVU A; 2J5G A; 4GHN A; 1DUB A; 2CBY A; 3H0S A; 4EMP A; 3KTK A; 2F6Q A; 1Q52 A; 2VRE A; 3P5M A; 3T8B A; 3R6H A; 2FBM A; 1EY3 A; 4FB8 A; 5DUC A; 2J5I I; 3FF6 A; 1J7X A; 3QYR A; 3H02 A; 4B3H A; 3DJA A; 2UZF A; 3HIN A; 3BPP A; 3ST9 A; 2J5I B; 1UYT A; 3TLF A; 3TT7 A; 2BZR A; 1WDK A; 4ASI A; 3G64 A; 4HC8 A; 3VIV A; 1UYS A; 5G1R A; 3NJD A; 4WYO B; 4ZDD A; 4IZB A; 5E0S A; 3PZK A; 1JXZ A; 3TT6 A; 4ZDE A; 4L6W A; 1Q51 A; 3KQF A; 3PEA A; 4I4Z A; 1WDM A; 1XX4 A; 4JWV A; 1XNV A; 3IAV A; 4G2R A; 3KTI A; 2FZS A; 1FC6 A; 3H0U A; 2Q2X A; 2CE3 A; 4QII A; 5DTP A; 4FJW D; 4JYL A; 4RCN A; 5INI A; 3RSI A; 3Q1T A; 3TVW A; 4OMR A; 1FCF A; 5IKL B; 2A7S A; 2VSU C; 4I52 A; 4Z0M A; 3V5E A; 4L8K A; 1UIY A; 5G1Q A; 4U1A A; 3GMA A; 3H81 A; 3V5I A; 3FDU A; 4ELS A; 2C8T A; 4MOU A; 2DEO A; 3T89 A; 2J5G D; 3QKA A; 3U9R B; 1EF9 A; 5DZK A; 2Q34 A; 3BEZ A; 5DU6 A; 4JYJ A; 2ZQR A; 1K39 A; 4FZW C; 3T3W A; 1TG6 A; 1N6F A; 2Q35 A; 5C90 A; 1YG6 A; 3PE8 A; 1XNW A; 3QRE A; 3HRX A; 2VSU E; 3K8X A; 4KD6 A; 3TDC A; 4K29 A; 4JCT A; 3LAO A; 3Q0J A; 5JBW A; 1W2X A; 1SZO A; 1HZD A; 2HW5 A; 3T8A A; 4I42 A; 2ZL3 A; 3LKE A; 3ZWA A; 3HLN 1; 4YLH A; 3QWD A; 4K3W A; 2FW2 A; 4U0G H; 4JCR A; 5E0S H; 3I47 A; 1Y7O A; 5CTB A; 2VSS A; 1TYF A; 2PPY A; 5FIF A; 2X24 A; 2ZL4 A; 2NP9 A; 4MI2 A; 2VSU A; 2F6I A; 4FN7 A; 4U0G A; 1HNU A; 3ZWC A; 4OG1 A; 4U19 A; 3QMJ A; 1UYR A; 2DUB A; 4MXI A; 3H0Q A; 5DU4 A; 3R9Q A; 1WDL A; 3GF7 A; 2IEX A; 2W3P A; 3L3S A; 2A7K A; 3RRV A; 1PIX A; 4JFC A; 4F47 A; 5DL1 A; 1XNY A; 1K32 A; 4LK5 A; 5E0N X; 4KWB A; 4QFE A; 2F9Y A; 3MT6 A; 5C9G A; 3OT6 A; 2D3T A; 1WZ8 A; 3U9S B; 3STA A; 5DZK H; 3TRR A; 3WG5 A; 3U9T B; 3QK8 A; 3GF3 A; 1O8U A; 4ELX A; 3TZ3 A; 5KDR A; 4DI1 A; 2QQ3 A; 3RST A; 3R9S A; 2F9I A; 4JJT A; 4ZDB A; 1N6D A; 1OD4 A; 4K2N A; 5DKP A; 2A81 A; 3MOY A; 4B3I A; 3N6R B; 4QIJ A; 3QXZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DCI A; 3P2L A; 4JCQ A; 1PJH A; 1YG8 A; 3NJB A; 2VSS E; 3GLM A; 3Q0G A; 2ZQQ A; 1EF8 A; 3MFM A; 3JU1 A; 4GM2 A; 4RYF A; 4KPK A; 1UYV A; 1RJM A; 3KTH A; 4JSB A; 3HP0 A; 1XO6 A; 2VSS F; 4OLQ A; 4FND A; 1VRG A; 2VSU F; 4EMM A; 4IZC A; 2F9Y B; 5KJP A; 1X0U A; 4EML A; 1NZY A; 3OC7 A; 4FN8 A; 2GTR A; 5JBX A; 3Q7H A; 4U18 A; 4ZDC A; 4B3J A; 4FNB A; 4Q1I A; 5KDR B; 2PG8 A; 3P85 A; 3OME A; 3KTG A; 1HNO A; 4JCS A; 2F9I B; 4KNP A; 1ON3 A; 3SWX A; 4NNQ A; 2J5S A; 3ISA A; 3M6M A; 2PBP A; 5DTW A; 4ZDF A; 5FUS A; 4FZW A; 1RJN A; 2ZL0 A; 1SG4 A; 1ON9 A; 3H0J A; 4U0H A; 3ZW9 A; 4ELW A; 4WCZ A; 1OD2 A; 3GKB A; 1FC7 A; 2ZL2 A; 4NAR A; 3IBB A; 3ZW8 A; 2VX2 A; 3R9T A; 1FC9 A; 5DUF A; 2J5I A; 5MGB A; 4JOT A; 2X58 A; 5DU8 A; 3KTJ A; 3PGQ A; 3QXI A; 4JVT A; 3TV5 A; 1NZY B; 4ZU2 A; 3R0O A; 3MYB A; 3IB9 A; 3HE2 A; 3BF0 A; 3DOR A; 3K50 A; 4IZD A; 1MJ3 A; 4NEK A; 4WZ8 B; 5HUQ A; 5ING A; 4RYF H; 3M6N A; 3SLL A; 2WTB A; 2EJ5 A; 4Q0G A; 1N6E A; 4HNK A; 5CTC A; 3T88 A; 3BPT A; 5G1S A; 5INF A; 3ZWB A; 3TVU A; 2J5G A; 4GHN A; 1DUB A; 2CBY A; 3H0S A; 4EMP A; 3KTK A; 2F6Q A; 1Q52 A; 2VRE A; 3P5M A; 3T8B A; 3R6H A; 2FBM A; 1EY3 A; 4FB8 A; 5DUC A; 2J5I I; 3FF6 A; 1J7X A; 3QYR A; 3H02 A; 4B3H A; 3DJA A; 2UZF A; 3HIN A; 3BPP A; 3ST9 A; 2J5I B; 1UYT A; 3TLF A; 3TT7 A; 2BZR A; 1WDK A; 4ASI A; 3G64 A; 4HC8 A; 3VIV A; 1UYS A; 5G1R A; 3NJD A; 4WYO B; 4ZDD A; 4IZB A; 5E0S A; 3PZK A; 1JXZ A; 3TT6 A; 4ZDE A; 4L6W A; 4HDT A; 1Q51 A; 3KQF A; 3PEA A; 4I4Z A; 1WDM A; 1XX4 A; 4JWV A; 1XNV A; 3IAV A; 4G2R A; 3KTI A; 2FZS A; 1FC6 A; 3H0U A; 2Q2X A; 2CE3 A; 4QII A; 5DTP A; 4FJW D; 4JYL A; 4RCN A; 5INI A; 3RSI A; 3Q1T A; 3TVW A; 4OMR A; 1FCF A; 5IKL B; 2A7S A; 2VSU C; 4I52 A; 4Z0M A; 3V5E A; 4L8K A; 1UIY A; 5G1Q A; 4U1A A; 3GMA A; 3H81 A; 3V5I A; 3FDU A; 4ELS A; 2C8T A; 4MOU A; 2DEO A; 3T89 A; 2J5G D; 3QKA A; 3U9R B; 1EF9 A; 5DZK A; 2Q34 A; 3BEZ A; 5DU6 A; 4JYJ A; 2ZQR A; 1K39 A; 4FZW C; 3T3W A; 1TG6 A; 1N6F A; 2Q35 A; 5C90 A; 1YG6 A; 2YJG A; 3PE8 A; 1XNW A; 3QRE A; 3HRX A; 2VSU E; 3K8X A; 4J2U A; 4KD6 A; 3TDC A; 4K29 A; 4JCT A; 3LAO A; 3Q0J A; 5JBW A; 1W2X A; 1SZO A; 1HZD A; 2HW5 A; 3T8A A; 4I42 A; 2ZL3 A; 3LKE A; 3ZWA A; 3HLN 1; 4YLH A; 3QWD A; 4K3W A; 2FW2 A; 4U0G H; 4JCR A; 5E0S H; 3I47 A; 1Y7O A; 5CTB A; 2VSS A; 1TYF A; 2PPY A; 5FIF A; 2X24 A; 2ZL4 A; 2NP9 A; 4MI2 A; 2VSU A; 2F6I A; 4FN7 A; 4U0G A; 1HNU A; 3ZWC A; 4OG1 A; 4U19 A; 3QMJ A; 1UYR A; 2DUB A; 4MXI A; 3H0Q A; 5DU4 A; 3R9Q A; 1WDL A; 3GF7 A; 2IEX A; 2W3P A; 3L3S A; 2A7K A; 3RRV A; 1PIX A; 4JFC A; 4F47 A; 5DL1 A; 1XNY A; 1K32 A; 4LK5 A; 5E0N X; 4KWB A; 4QFE A; 2F9Y A; 3MT6 A; 5C9G A; 3OT6 A; 2D3T A; 1WZ8 A; 3U9S B; 3STA A; 5DZK H; 3TRR A; 3WG5 A; 3U9T B; 3QK8 A; 3GF3 A; 1O8U A; 4ELX A; 3TZ3 A; 5KDR A; 4DI1 A; 2QQ3 A; 3RST A; 3R9S A; 2F9I A; 4JJT A; 4ZDB A; 1N6D A; 1OD4 A; 4K2N A; 5DKP A; 2A81 A; 3MOY A; 4B3I A; 3N6R B; 4QIJ A; 3QXZ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1DCI A; 3P2L A; 4JCQ A; 1PJH A; 1YG8 A; 3NJB A; 2VSS E; 3GLM A; 3Q0G A; 2ZQQ A; 1EF8 A; 3MFM A; 3JU1 A; 4GM2 A; 4RYF A; 4KPK A; 1UYV A; 1RJM A; 3KTH A; 4JSB A; 3HP0 A; 1XO6 A; 2VSS F; 4OLQ A; 4FND A; 1VRG A; 2VSU F; 4EMM A; 4IZC A; 2F9Y B; 5KJP A; 1X0U A; 4EML A; 1NZY A; 3OC7 A; 4FN8 A; 2GTR A; 5JBX A; 3Q7H A; 4U18 A; 4ZDC A; 4B3J A; 4FNB A; 4Q1I A; 5KDR B; 2PG8 A; 3P85 A; 3OME A; 3KTG A; 1HNO A; 4JCS A; 2F9I B; 4KNP A; 1ON3 A; 3SWX A; 4NNQ A; 2J5S A; 3ISA A; 3M6M A; 2PBP A; 5DTW A; 4ZDF A; 5FUS A; 4FZW A; 1RJN A; 2ZL0 A; 1SG4 A; 1ON9 A; 3H0J A; 4U0H A; 3ZW9 A; 4ELW A; 4WCZ A; 1OD2 A; 3GKB A; 1FC7 A; 2ZL2 A; 4NAR A; 3IBB A; 3ZW8 A; 2VX2 A; 3R9T A; 1FC9 A; 5DUF A; 2J5I A; 5MGB A; 4JOT A; 2X58 A; 5DU8 A; 3KTJ A; 3PGQ A; 3QXI A; 4JVT A; 3TV5 A; 1NZY B; 4ZU2 A; 3R0O A; 3MYB A; 3IB9 A; 3HE2 A; 3BF0 A; 3DOR A; 3K50 A; 4IZD A; 1MJ3 A; 4NEK A; 4WZ8 B; 5HUQ A; 5ING A; 4RYF H; 3M6N A; 3SLL A; 2WTB A; 2EJ5 A; 4Q0G A; 1N6E A; 4HNK A; 5CTC A; 3T88 A; 3BPT A; 5G1S A; 5INF A; 3ZWB A; 3TVU A; 2J5G A; 4GHN A; 1DUB A; 2CBY A; 3H0S A; 4EMP A; 3KTK A; 2F6Q A; 1Q52 A; 2VRE A; 3P5M A; 3T8B A; 3R6H A; 2FBM A; 1EY3 A; 4FB8 A; 5DUC A; 2J5I I; 3FF6 A; 1J7X A; 3QYR A; 3H02 A; 4B3H A; 3DJA A; 2UZF A; 3HIN A; 3BPP A; 3ST9 A; 2J5I B; 1UYT A; 3TLF A; 3TT7 A; 2BZR A; 1WDK A; 4ASI A; 3G64 A; 4HC8 A; 3VIV A; 1UYS A; 5G1R A; 3NJD A; 4WYO B; 4ZDD A; 4IZB A; 5E0S A; 3PZK A; 1JXZ A; 3TT6 A; 4ZDE A; 4L6W A; 4HDT A; 1Q51 A; 3KQF A; 3PEA A; 4I4Z A; 1WDM A; 1XX4 A; 4JWV A; 1XNV A; 3IAV A; 4G2R A; 3KTI A; 2FZS A; 1FC6 A; 3H0U A; 2Q2X A; 2CE3 A; 4QII A; 5DTP A; 4FJW D; 4JYL A; 4RCN A; 5INI A; 3RSI A; 3Q1T A; 3TVW A; 4OMR A; 1FCF A; 5IKL B; 2A7S A; 2VSU C; 4I52 A; 4Z0M A; 3V5E A; 4L8K A; 1UIY A; 5G1Q A; 4U1A A; 3GMA A; 3H81 A; 3V5I A; 3FDU A; 4ELS A; 2C8T A; 4MOU A; 2DEO A; 3T89 A; 2J5G D; 3QKA A; 3U9R B; 1EF9 A; 5DZK A; 2Q34 A; 3BEZ A; 5DU6 A; 4JYJ A; 2ZQR A; 1K39 A; 4FZW C; 3T3W A; 1TG6 A; 1N6F A; 2Q35 A; 5C90 A; 1YG6 A; 2YJG A; 3PE8 A; 1XNW A; 3QRE A; 3HRX A; 2VSU E; 3K8X A; 4J2U A; 4KD6 A; 3TDC A; 4K29 A; 4JCT A; 3LAO A; 3Q0J A; 5JBW A; 1W2X A; 1SZO A; 1HZD A; 2HW5 A; 3T8A A; 4I42 A; 2ZL3 A; 3LKE A; 3ZWA A; 3HLN 1; 4YLH A; 3QWD A; 4K3W A; 2FW2 A; 4U0G H; 4JCR A; 5E0S H; 3I47 A; 1Y7O A; 5CTB A; 2VSS A; 1TYF A; 2PPY A; 5FIF A; 2X24 A; 2ZL4 A; 2NP9 A; 4MI2 A; 2VSU A; 2F6I A; 4FN7 A; 4U0G A; 1HNU A; 3ZWC A; 4OG1 A; 4U19 A; 3QMJ A; 1UYR A; 2DUB A; 4MXI A; 3H0Q A; 5DU4 A; 3R9Q A; 1WDL A; 3GF7 A; 2IEX A; 2W3P A; 3L3S A; 2A7K A; 3RRV A; 1PIX A; 4JFC A; 4F47 A; 5DL1 A; 1XNY A; 1K32 A; 4LK5 A; 5E0N X; 4KWB A; 4QFE A; 2F9Y A; 3MT6 A; 5C9G A; 3OT6 A; 2D3T A; 1WZ8 A; 3U9S B; 3STA A; 5DZK H; 3TRR A; 3WG5 A; 3U9T B; 3QK8 A; 3GF3 A; 1O8U A; 4ELX A; 3TZ3 A; 5KDR A; 4DI1 A; 2QQ3 A; 3RST A; 3R9S A; 2F9I A; 4JJT A; 4ZDB A; 1N6D A; 1OD4 A; 4K2N A; 5DKP A; 2A81 A; 3MOY A; 4B3I A; 3N6R B; 4QIJ A; 3QXZ A;
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