The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
254
|
structure length |
254
|
Chain Sequence |
SANHLPFFFGNITREEAEDYLVQGGMSDGLYLLRQSRNYLGGFALSVAHGRKAHHYTIERELNGTYAIAGGRTHASPADLCHYHSQESDGLVCLLKKPFNRPQGVQPKTGPFEDLKENLIREYVKQTWNLQGQALEQAIISQKPQLEKLIATTAHEKMPWFHGKISREESEQIVLIGSKTNGKFLIRARDNNGSYALCLLHEGKVLHYRIDKDKTGKLSIPEGKKFDTLWQLVEHYSYKADGLLRVLTVPCQKI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for Syk tyrosine kinase ubiquity in signal transduction pathways revealed by the crystal structure of its regulatory SH2 domains bound to a dually phosphorylated ITAM peptide.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Complex (transferase/peptide)
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
SYK KINASE
|
| total genus |
64
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| structure length |
254
|
| sequence length |
254
|
| chains with identical sequence |
C, E, G, I, K
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 1998-03-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00017 | SH2 | SH2 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Syk Kinase; Chain A, domain 2 | Syk Kinase; Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LUN A; 1O4F A; 1X0N A; 5DF6 A; 4GPL B; 2EOB A; 2GE9 A; 1K9A A; 1M27 A; 4EIH A; 2HCK A; 2CS0 A; 1CWD L; 1JYQ A; 4H34 A; 3S8N A; 2EYZ A; 2PLE A; 3CWG A; 4GWF A; 2Y1N A; 1BHH B; 1GHU A; 3IN7 A; 3MAZ A; 5GJH A; 1Z3K A; 4OHD A; 1O4R A; 3VS3 A; 4DGX A; 1AYA A; 2K79 B; 4OHH A; 4JE4 A; 5GJI A; 1O4L A; 1LUK A; 3VRO A; 3BUW B; 1A07 A; 2OZO A; 4OHE A; 2PTK A; 3QWX X; 1SKJ A; 5I6V A; 1AYD A; 1RJA A; 3VRN A; 3PSJ A; 1O4O A; 3N8M A; 3BUN B; 2L4K A; 1BHH A; 3K2M A; 3S8O A; 1O4D A; 1LCK A; 2L6K A; 1CJ1 A; 4XZ1 A; 2EYY A; 1FBZ A; 3EAZ A; 1O43 A; 2EO6 A; 2K7A B; 1X27 A; 1O46 A; 1M61 A; 3HHM B; 2EL8 A; 2PNA A; 1IJR A; 1O4N A; 1O41 A; 2DM0 A; 2EO3 A; 3MXC A; 1CSZ A; 5IBS A; 2EKX A; 2IUI A; 3GXW A; 1O47 A; 3TKZ A; 1A08 A; 2QMS A; 3T04 A; 3VRQ A; 2FCI A; 3VGO A; 3CD3 A; 1YVH A; 1O48 A; 1QAD A; 2RSY A; 2AOB A; 4P9Z A; 3VS5 A; 1OPK A; 2LQN A; 4OHL A; 1G83 A; 3IMJ A; 4A4B A; 2HDV A; 4LUD A; 1O4I A; 4F59 A; 2C0I A; 4NWF A; 3S8L A; 4WWQ A; 5HKW A; 2ABL A; 1AD5 A; 2AOA A; 1O49 A; 1O4Q A; 1OO4 A; 4XZ0 A; 5AUL A; 1RQQ C; 1A1E A; 1CWE A; 1MIL A; 2XP1 A; 3NHN A; 1AYC A; 1BKM A; 2RMX A; 2H5K A; 2LNX A; 1BFI A; 1KA7 A; 1R1S A; 1D4W A; 2L3T A; 1A81 A; 1Y57 A; 5HKY A; 1X6C A; 3TL0 A; 5EEQ A; 3PSK A; 2OQ1 A; 3C7I A; 2KNO A; 1R1P A; 2C0T A; 1AOU F; 1XA6 A; 4EY0 A; 4TZI A; 1QG1 E; 2MRJ A; 1LUM A; 3US4 A; 1AOT F; 5BO4 A; 1HCS B; 1FU5 A; 2GSB A; 1O4M A; 1O4P A; 2CI9 A; 3VRZ A; 4M4Z A; 2B3O A; 1MW4 A; 1NZL A; 2C0O A; 1SHA A; 3VRR A; 4DGP A; 3UF4 A; 4FL3 A; 2CRH A; 3BUO B; 1A1C A; 4E93 A; 2ROR A; 1A1A A; 3IN8 A; 4E68 A; 1D1Z A; 1NZV A; 3OP0 A; 2DCR A; 4JGH A; 4K11 A; 5D0J A; 3VS7 A; 5EG3 B; 1BLK A; 1FBV A; 2KK6 A; 5HKZ A; 1AYB A; 1P13 A; 1O4C A; 3VS2 A; 3N84 A; 5DC0 B; 2VIF A; 2PNB A; 1H9O A; 1RPY A; 2MC1 A; 1O4A A; 1LCJ A; 1KA6 A; 2JYQ A; 2YU7 A; 4P9V A; 1UUR A; 1KC2 A; 4QSY A; 1JYU A; 1Y1U A; 3ZNI A; 1FHS A; 1NRV A; 1LKK A; 2MQI A; 4JEG A; 2RVF A; 2CR4 A; 5KAZ A; 3VS1 A; 3PS5 A; 3IMD A; 5DC4 A; 2FO0 A; 1A09 A; 3WA4 A; 2IUG A; 1LUI A; 4K45 A; 1F2F A; 3BKB A; 2LCT A; 1OO3 A; 2LNW A; 1BHF A; 3OV1 A; 2HMH A; 1SHB A; 1JYR A; 2H46 E; 4K44 A; 1BKL A; 1BM2 A; 2CIA A; 3GQI B; 4ROJ A; 2HUW A; 4NWG A; 1A1B A; 1HCT B; 4GL9 E; 3VRP A; 1O4G A; 2IUH A; 1FMK A; 1R1Q A; 1SHD A; 2EU0 A; 5DC9 A; 4OHI A; 4X6S A; 3VRY A; 2AUG A; 2SRC A; 3OVE A; 1YVL A; 3BUM B; 1CSY A; 1PIC A; 1JU5 A; 1BFJ A; 3PJP A; 1BF5 A; 2CI8 A; 1OPL A; 3VS6 A; 4A4C A; 1FU6 A; 5J3X A; 2DVJ A; 3QWY A; 2SHP A; 3PLF B; 1TZE E; 2DX0 A; 2PLD A; 3S9K A; 3M7F A; 2HDX A; 2BBU A; 4LUE A; 1FYR A; 1BG1 A; 1WQU A; 5AXI A; 3N7Y A; 4U17 A; 2ETZ A; 3CBL A; 2DLZ A; 3HCK A; 3GXX A; 3MXY A; 3VS0 A; 3PQZ A; 3HIZ B; 2C9W A; 2DLY A; 5EEL A; 2IZV A; 3OB1 B; 2Y3A B; 3UYO A; 1B47 A; 3BUX B; 1O4K A; 3OB2 B; 5IBM A; 1QCF A; 4K2R A; 2MRK A; 4L1B B; 1O42 A; 2MK2 A; 2ECD A; 2EYV A; 3VS4 A; 2CBL A; 1BMB A; 5EHR A; 4U1P A; 1UUS A; 1F1W A; 4FBN A; 4H1O A; 1O45 A; 1O4H A; 1IS0 A; 2YSX A; 4F5A A; 1O44 A; 1SPS A; 1O4J A; 4D8K A; 2H8H A; 5EHP A; 2LQW A; 1JWO A; 1ZFP E; 1GRI A; 4F5B A; 1AB2 A; 3CXL A; 3KFJ A; 1O4B A; 1TCE A; 3EAC A; 2Y1M A; 1KSW A; 1BLJ A; 3PFV A; 1D4T A; 1I3Z A; 1O4E A; 4FL2 A; 5CDW A; 1SPR A; 1LKL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LUN A; 1O4F A; 1X0N A; 5DF6 A; 4GPL B; 2EOB A; 2GE9 A; 1K9A A; 1M27 A; 4EIH A; 2HCK A; 2CS0 A; 1CWD L; 1JYQ A; 4H34 A; 3S8N A; 2EYZ A; 2PLE A; 3CWG A; 4GWF A; 2Y1N A; 2KGY A; 1BHH B; 1GHU A; 3IN7 A; 3MAZ A; 5GJH A; 1Z3K A; 4OHD A; 1O4R A; 3VS3 A; 4DGX A; 1AYA A; 2K79 B; 4OHH A; 4JE4 A; 5GJI A; 1O4L A; 1LUK A; 3VRO A; 3BUW B; 1A07 A; 2OZO A; 4OHE A; 2PTK A; 3QWX X; 1SKJ A; 5I6V A; 1AYD A; 1RJA A; 3VRN A; 3PSJ A; 1O4O A; 3N8M A; 3BUN B; 2L4K A; 1BHH A; 3K2M A; 3S8O A; 1O4D A; 1LCK A; 2L6K A; 1CJ1 A; 4XZ1 A; 2EYY A; 1FBZ A; 3EAZ A; 1O43 A; 2EO6 A; 2K7A B; 1X27 A; 1O46 A; 1M61 A; 3HHM B; 2EL8 A; 2PNA A; 1IJR A; 1O4N A; 1O41 A; 2DM0 A; 2EO3 A; 3MXC A; 1CSZ A; 5IBS A; 2EKX A; 2IUI A; 3GXW A; 1O47 A; 3TKZ A; 1A08 A; 2QMS A; 3T04 A; 3VRQ A; 2FCI A; 3VGO A; 3CD3 A; 1YVH A; 1O48 A; 1QAD A; 2RSY A; 2AOB A; 4P9Z A; 3VS5 A; 1OPK A; 2LQN A; 4OHL A; 1G83 A; 3IMJ A; 4A4B A; 2HDV A; 4LUD A; 3K2T A; 1O4I A; 4F59 A; 2C0I A; 4NWF A; 3S8L A; 4WWQ A; 5HKW A; 2ABL A; 1AD5 A; 2AOA A; 1O49 A; 2LRA A; 1O4Q A; 1OO4 A; 4XZ0 A; 5AUL A; 1RQQ C; 1A1E A; 1CWE A; 1MIL A; 2XP1 A; 3NHN A; 1AYC A; 1BKM A; 2RMX A; 2H5K A; 2LNX A; 1BFI A; 1KA7 A; 1R1S A; 1D4W A; 2L3T A; 1A81 A; 1Y57 A; 5HKY A; 1X6C A; 3TL0 A; 5EEQ A; 3PSK A; 2OQ1 A; 3C7I A; 2KNO A; 1R1P A; 2C0T A; 1AOU F; 1XA6 A; 4EY0 A; 4TZI A; 1QG1 E; 2MRJ A; 1LUM A; 3US4 A; 1AOT F; 5BO4 A; 1HCS B; 1FU5 A; 2GSB A; 1O4M A; 1O4P A; 2CI9 A; 3VRZ A; 4M4Z A; 2B3O A; 1MW4 A; 1NZL A; 2C0O A; 1SHA A; 3LYV A; 3VRR A; 4DGP A; 3UF4 A; 4FL3 A; 2CRH A; 3BUO B; 1A1C A; 4E93 A; 2ROR A; 1A1A A; 3IN8 A; 4E68 A; 1D1Z A; 1NZV A; 3OP0 A; 2DCR A; 4JGH A; 4K11 A; 5D0J A; 3VS7 A; 5EG3 B; 1BLK A; 1FBV A; 2KK6 A; 5HKZ A; 1AYB A; 1P13 A; 1O4C A; 3VS2 A; 3N84 A; 5DC0 B; 2VIF A; 2PNB A; 1H9O A; 1RPY A; 2MC1 A; 1O4A A; 1LCJ A; 1KA6 A; 2JYQ A; 2YU7 A; 4P9V A; 1UUR A; 1KC2 A; 4QSY A; 1JYU A; 1Y1U A; 3ZNI A; 1FHS A; 1NRV A; 1LKK A; 2MQI A; 4JEG A; 2RVF A; 2CR4 A; 5KAZ A; 3VS1 A; 3PS5 A; 3IMD A; 5DC4 A; 2FO0 A; 1A09 A; 3WA4 A; 2IUG A; 1LUI A; 4K45 A; 1F2F A; 3BKB A; 2LCT A; 1OO3 A; 2LNW A; 1BHF A; 3OV1 A; 2HMH A; 1SHB A; 1JYR A; 2H46 E; 4K44 A; 1BKL A; 1BM2 A; 2CIA A; 3GQI B; 4ROJ A; 2HUW A; 4NWG A; 1A1B A; 1HCT B; 4GL9 E; 3VRP A; 1O4G A; 2IUH A; 1FMK A; 1R1Q A; 1SHD A; 2EU0 A; 5DC9 A; 4OHI A; 4X6S A; 3VRY A; 2AUG A; 2SRC A; 3OVE A; 1YVL A; 3BUM B; 1CSY A; 1PIC A; 1JU5 A; 1BFJ A; 3PJP A; 1BF5 A; 2CI8 A; 1OPL A; 3VS6 A; 4A4C A; 1FU6 A; 5J3X A; 2DVJ A; 3QWY A; 2SHP A; 3PLF B; 1TZE E; 2DX0 A; 2PLD A; 3S9K A; 3M7F A; 2HDX A; 2BBU A; 4LUE A; 1FYR A; 1BG1 A; 1WQU A; 5AXI A; 3N7Y A; 4U17 A; 2ETZ A; 3CBL A; 2DLZ A; 3HCK A; 3GXX A; 3MXY A; 3VS0 A; 3PQZ A; 3HIZ B; 2C9W A; 2DLY A; 5EEL A; 2IZV A; 3OB1 B; 2Y3A B; 3UYO A; 1B47 A; 3BUX B; 1O4K A; 3OB2 B; 5IBM A; 1QCF A; 4K2R A; 2MRK A; 4L1B B; 1O42 A; 2MK2 A; 2ECD A; 2EYV A; 3VS4 A; 2CBL A; 1BMB A; 5EHR A; 4U1P A; 1UUS A; 1F1W A; 4FBN A; 4H1O A; 1O45 A; 1O4H A; 1IS0 A; 2YSX A; 4F5A A; 1O44 A; 1SPS A; 1O4J A; 4D8K A; 2H8H A; 5EHP A; 2LQW A; 1JWO A; 1ZFP E; 1GRI A; 4F5B A; 1AB2 A; 3CXL A; 3KFJ A; 1O4B A; 1TCE A; 3EAC A; 2Y1M A; 1KSW A; 1BLJ A; 3PFV A; 1D4T A; 1I3Z A; 1O4E A; 4FL2 A; 5CDW A; 1SPR A; 1LKL A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1LUN A; 1O4F A; 1X0N A; 5DF6 A; 4GPL B; 2EOB A; 2GE9 A; 1K9A A; 1M27 A; 4EIH A; 2HCK A; 2CS0 A; 1CWD L; 1JYQ A; 4H34 A; 3S8N A; 2EYZ A; 2PLE A; 3CWG A; 4GWF A; 2Y1N A; 1BHH B; 1GHU A; 3IN7 A; 3MAZ A; 5GJH A; 1Z3K A; 4OHD A; 1O4R A; 3VS3 A; 4DGX A; 1AYA A; 2K79 B; 4OHH A; 4JE4 A; 5GJI A; 1O4L A; 1LUK A; 3VRO A; 3BUW B; 1A07 A; 2OZO A; 4OHE A; 2PTK A; 3QWX X; 1SKJ A; 5I6V A; 1AYD A; 1RJA A; 3VRN A; 3PSJ A; 1O4O A; 3N8M A; 3BUN B; 2L4K A; 1BHH A; 3K2M A; 3S8O A; 1O4D A; 1LCK A; 2L6K A; 1CJ1 A; 4XZ1 A; 2EYY A; 1FBZ A; 3EAZ A; 1O43 A; 2EO6 A; 2K7A B; 1X27 A; 1O46 A; 1M61 A; 3HHM B; 2EL8 A; 2PNA A; 1IJR A; 1O4N A; 1O41 A; 2DM0 A; 2EO3 A; 3MXC A; 1CSZ A; 5IBS A; 2EKX A; 2IUI A; 3GXW A; 1O47 A; 3TKZ A; 1A08 A; 2QMS A; 3T04 A; 3VRQ A; 2FCI A; 3VGO A; 3CD3 A; 1YVH A; 1O48 A; 1QAD A; 2RSY A; 2AOB A; 4P9Z A; 3VS5 A; 1OPK A; 2LQN A; 4OHL A; 1G83 A; 3IMJ A; 4A4B A; 2HDV A; 4LUD A; 1O4I A; 4F59 A; 2C0I A; 4NWF A; 3S8L A; 4WWQ A; 5HKW A; 2ABL A; 1AD5 A; 2AOA A; 1O49 A; 1O4Q A; 1OO4 A; 4XZ0 A; 5AUL A; 1RQQ C; 1A1E A; 1CWE A; 1MIL A; 2XP1 A; 3NHN A; 1AYC A; 1BKM A; 2RMX A; 2H5K A; 2LNX A; 1BFI A; 1KA7 A; 1R1S A; 1D4W A; 2L3T A; 1A81 A; 1Y57 A; 5HKY A; 1X6C A; 3TL0 A; 5EEQ A; 3PSK A; 2OQ1 A; 3C7I A; 2KNO A; 1R1P A; 2C0T A; 1AOU F; 1XA6 A; 4EY0 A; 4TZI A; 1QG1 E; 2MRJ A; 1LUM A; 3US4 A; 1AOT F; 5BO4 A; 1HCS B; 1FU5 A; 2GSB A; 1O4M A; 1O4P A; 2CI9 A; 3VRZ A; 4M4Z A; 2B3O A; 1MW4 A; 1NZL A; 2C0O A; 1SHA A; 3VRR A; 4DGP A; 3UF4 A; 4FL3 A; 2CRH A; 3BUO B; 1A1C A; 4E93 A; 2ROR A; 1A1A A; 3IN8 A; 4E68 A; 1D1Z A; 1NZV A; 3OP0 A; 2DCR A; 4JGH A; 4K11 A; 5D0J A; 3VS7 A; 5EG3 B; 1BLK A; 1FBV A; 2KK6 A; 5HKZ A; 1AYB A; 1P13 A; 1O4C A; 3VS2 A; 3N84 A; 5DC0 B; 2VIF A; 2PNB A; 1H9O A; 1RPY A; 2MC1 A; 1O4A A; 1LCJ A; 1KA6 A; 2JYQ A; 2YU7 A; 4P9V A; 1UUR A; 1KC2 A; 4QSY A; 1JYU A; 1Y1U A; 3ZNI A; 1FHS A; 1NRV A; 1LKK A; 2MQI A; 4JEG A; 2RVF A; 2CR4 A; 5KAZ A; 3VS1 A; 3PS5 A; 3IMD A; 5DC4 A; 2FO0 A; 1A09 A; 3WA4 A; 2IUG A; 1LUI A; 4K45 A; 1F2F A; 3BKB A; 2LCT A; 1OO3 A; 2LNW A; 1BHF A; 3OV1 A; 2HMH A; 1SHB A; 1JYR A; 2H46 E; 4K44 A; 1BKL A; 1BM2 A; 2CIA A; 3GQI B; 4ROJ A; 2HUW A; 4NWG A; 1A1B A; 1HCT B; 4GL9 E; 3VRP A; 1O4G A; 2IUH A; 1FMK A; 1R1Q A; 1SHD A; 2EU0 A; 5DC9 A; 4OHI A; 4X6S A; 3VRY A; 2AUG A; 2SRC A; 3OVE A; 1YVL A; 3BUM B; 1CSY A; 1PIC A; 1JU5 A; 1BFJ A; 3PJP A; 1BF5 A; 2CI8 A; 1OPL A; 3VS6 A; 4A4C A; 1FU6 A; 5J3X A; 2DVJ A; 3QWY A; 2SHP A; 3PLF B; 1TZE E; 2DX0 A; 2PLD A; 3S9K A; 3M7F A; 2HDX A; 2BBU A; 4LUE A; 1FYR A; 1BG1 A; 1WQU A; 5AXI A; 3N7Y A; 4U17 A; 2ETZ A; 3CBL A; 2DLZ A; 3HCK A; 3GXX A; 3MXY A; 3VS0 A; 3PQZ A; 3HIZ B; 2C9W A; 2DLY A; 5EEL A; 2IZV A; 3OB1 B; 2Y3A B; 3UYO A; 1B47 A; 3BUX B; 1O4K A; 3OB2 B; 5IBM A; 1QCF A; 4K2R A; 2MRK A; 4L1B B; 1O42 A; 2MK2 A; 2ECD A; 2EYV A; 3VS4 A; 2CBL A; 1BMB A; 5EHR A; 4U1P A; 1UUS A; 1F1W A; 4FBN A; 4H1O A; 1O45 A; 1O4H A; 1IS0 A; 2YSX A; 4F5A A; 1O44 A; 1SPS A; 1O4J A; 4D8K A; 2H8H A; 5EHP A; 2LQW A; 1JWO A; 1ZFP E; 1GRI A; 4F5B A; 1AB2 A; 3CXL A; 3KFJ A; 1O4B A; 1TCE A; 3EAC A; 2Y1M A; 1KSW A; 1BLJ A; 3PFV A; 1D4T A; 1I3Z A; 1O4E A; 4FL2 A; 5CDW A; 1SPR A; 1LKL A;
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