3QWYA

Ced-2
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
170
structure length
170
Chain Sequence
GFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Signaling protein
total genus 35
structure length 170
sequence length 170
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
A PF07653 SH3_2 Variant SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwyA02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwyA01
2NUZA 1I0CA 1X0NA 1JEGA 2DCRA 2LJ3A 1JXMA 2DRMA 2DA9A 2YT6A 3TVTA 2IZVA 1RI9A 3HHMB 1O4BA 1RPYA 1ZFPE 2HCKA 1O4AA 2AOAA 2CIAA 1NM7A 1O4GA 3VS5A 1O4RA 1K0SA 3VRZA 4OHEA 1WA7A 2L3TA 3IQLA 1NZLA 2HEQA 4K44A 1M3CA 3M0PA 4HCKA 2M51A 1IJRA 1HSQA 4ROJA 5EHRA 3EHQA 1RQQC 3BUWB 2AZVA 2KYBA 1O42A 3EAZA 1U5SA 3I5SA 1OPLA 1VYVA 4ORZA 1GBRA 2DL5A 3JV3A 1T3LA 5AULA 1ZBJA 2FRYA 2V1RA 4ESRA 4EIKA 2L6KA 4JZ3A 5EELA 3EG0A 2HUWA 2GNCA 2SRCA 3IMJA 5EC7A 1E6GA 2H46E 2MRJA 2B86A 1WXTA 3M0QA 4OHIA 2KT1A 4H34A 1JU5C 1HCSB 5I6VA 1WI7A 1RLPC 4GL9E 1AZGB 2EVRA 2PNIA 2K79A 2KROA 3REBB 2K3BA 1X27A 1O4OA 1CKAA 3REAB 2K79B 2DLPA 2A36A 2KT8A 5IHIA 1O45A 1MUZA 1HD3A 4OHHA 2OJ2A 2B3OA 1OPKA 1SHGA 2SHPA 1CKBA 2HBWA 4RTWA 1SSHA 2E5KA 1AWOA 1PNJA 3CQTA 1PKTA 2CH4A 3EG3A 5I22A 2ROLA 1BBZA 3VS0A 2GTJA 4U1PA 4J9IA 1O44A 3VRYA 1G83A 2AKLA 3PVLA 3IN8A 3QWXX 1BG1A 2XMFA 2RMXA 2C0TA 2LNXA 4HVVA 2EYWA 4J9BA 1D1ZA 2O2OA 1A1AA 1JO8A 2O88A 1SHBA 1FU6A 1A0NB 2DVJA 2GQIA 1OV3A 2V1QA 2L3PA 3EACA 1WDXA 4JEGA 4DEYA 2DL7A 2YU7A 2LJ0A 1BKLA 1ARKA 4AFSC 1R1PA 3NGPA 4U17A 4J9CA 3VS7A 1YP5A 1M27C 2BBUA 2DX1A 2KR3A 2PLDA 4HVWA 1BU1A 2EBPA 4R0KA 2Y1NA 1GHUA 1HJDA 1NYFA 4Z88A 3PFVA 3US4A 5HKWA 4LNPA 2ESWA 1UE9A 2VWFA 1WYXA 2MQIA 4NWGA 1D4TA 2KNOA 1KA6A 3OB2B 2KBTA 2ED0A 4GWFA 1HCTB 1A07A 4JJBA 1Z9ZA 3C7IA 1BLJA 1ZUUA 1B07A 1ABOA 3UF4A 2O9VA 4LE9A 1M30A 2L0AA 2BTTA 2OAWA 4QSYA 5J3XA 1JXOA 2EQIA 4OHLA 3UYOA 1ABQA 1H8KA 2KXCA 5DF6A 3GXXA 2L4KA 1SKJA 2AUGA 1A08A 2CS0A 3TL0A 1J3TA 5IXFA 2EKXA 1AYAA 4FL3A 1JYQA 2PTKA 1R1SA 3PJPA 3NHNA 5EHPA 1K1ZA 1MV3A 4HXJA 4KRTA 3PS5A 3I35A 1LUIA 2FO0A 4LUEA 2RSYA 1M3BA 1BM2A 4TZIA 2PNBA 2J7IA 1CSKA 2JW4A 4HVUA 5GJVB 1JYRA 2DLZA 3EG2A 3CBLA 1GBQA 2CRHA 2IIMA 1F1WA 1UHFA 3H41A 1TG0A 1G2BA 2Y1MA 1X6BA 3I5RA 2FG0A 3MAZA 4M4ZA 3R6NA 1OEBA 1PHTA 4GBQA 1O46A 2J6FA 1SHDA 1QKXA 2C0OA 2CSQA 1O43A 1UJ0A 1YVHA 3MXYA 3LH5A 3VRQA 2YDLA 2DMOA 1JU5A 1GCQC 1T0HA 2XP1A 1FYNA 2RQRA 3THKA 1FBVA 2CBLA 1KJWA 2DL4A 1O4KA 2KEAA 1RJAA 1A81A 1PWTA 1F2FA 2AZSA 1KC2A 4RTZA 2AOBA 4OMNA 2MIOA 1SRLA 2W10A 4F14A 1RUWA 4CC2A 1WXUA 4X6SA 2RQWA 4RTUA 1D4WA 4XZ0A 2ECDA 1FU5A 3A98A 1A1BA 1LCJA 1ZUYA 3M0SA 2O9SA 1TZEE 1UECA 3BKBA 4QT7A 3VS4A 1SHAA 2K6DA 2CI9A 4AFUC 2VIFA 2PZ1A 1KA7A 3PLFB 2HDVA 2W0ZA 3M0RA 5FWCA 5GJWB 2JMAA 1PICA 2X3XD 3M7FA 1W1FA 2ENMA 4OMPA 5IBMA 1T0JA 1R1QA 2LP5A 5AXIA 3H0IA 2DBKA 2DF6A 2IUGA 3VS1A 4EIHA 2FCIA 1BK2A 3S8NA 4JZ4A 1O4MA 4OHDA 1M27A 1O4PA 3HCKA 2DM0A 1KFZA 1VYUA 1UFFA 2OI3A 3EHRA 4RUGA 1XOVA 3RNJA 2LNHB 3U23A 2OQ1A 3GBQA 2RMOA 4XZ1A 1ZSGA 3K2MA 2KRSA 4DEXA 2KE9A 3S8LA 4JJDA 1AWWA 1PKSA 2DL8A 3PVQA 1UUEA 3VRNA 4A63B 2D1XA 2EOBA 3T04A 4FBNA 1UG1A 1AOTF 1AB2A 2JMCA 3IMDA 1X6CA 1OO3A 2GE9A 2SEMA 1QWEA 1NYGA 2LQNA 2M0YA 4A4BA 2JTEA 2BZXA 2O31A 5FW9A 1JYUA 2FPDA 1UGVA 2I0NA 1MW4A 2DILA 1U06A 1AWJA 2YUNA 5ECAA 4IIOA 5DC9A 1BF5A 1O4QA 1IS0A 1NZVA 1FMKA 3M0UA 1YWPA 3FJ5A 3RBBB 2DX0A 1KIKA 4F16A 1FYRA 2K7AA 3VRPA 2DBMA 4FL2A 4L1BB 1BHHA 3SHWA 2YSQA 2KGTA 1BHHB 4D8DA 2EU0A 1LUKA 2MCNA 1SPSA 2AK5A 3TSWA 2CDTA 2HSPA 2EGAA 2A08A 2F2VA 2BZYA 5IHNA 2YUPA 2EKHA 3BUNB 4Z89A 1NLOC 1FBZA 2EYVA 5FWBA 5GJHA 2EO3A 1E7OA 2DM1A 2RN8A 1GCQA 2YUQA 2P4RA 1SRMA 1A1CA 2GSBA 1XA6A 4CC7A 2J6OA 1X69A 2RPNA 4LUDA 2LNWA 2JS2A 4ZNXA 2JM9A 3I9QA 1O4LA 2IUIA 4K11A 1AEYA 3TSZA 4Y92A 4OMLA 3CWGA 1UDLA 1GFDA 4K2RA 5BO4A 2CT3A 2GGRA 1NEBA 2JXBA 1Z9QA 2C0IA 3SEMA 2J6KA 1BMBA 1LUNA 3VROA 1EFNA 2CUDA 1AD5A 2D8JA 1O4NA 1OO4A 1X43A 5DC0B 1B3QA 1TUDA 2F2XA 2RF0A 1N5ZA 5I11A 2D0NA 3CXLA 3PSJA 3IN7A 1Y57A 2LCTA 1GCPA 2JYQA 2GBQA 1K9AA 1YN8A 2L3SA 1AZEA 1O47A 1BFIA 1WFWA 2EW3A 5EG3B 2EL8A 3OV1A 2IUHA 2JM8A 5EEQA 4CC4B 1GL5A 5IBSA 2J05A 4E6RA 2K9GA 3N84A 1WLPB 2L2PA 2LMJA 5IXBA 2AKKA 1BKMA 1QG1E 2DNUA 3NPFA 5GJIA 2NWMA 3VS6A 1O48A 1E6HA 1A09A 1BB9A 3C0CA 1O4DA 2VKNA 2ROTA 2CREA 4OMQA 1AWXA 1UURA 1M3AA 4J9GA 1I3ZA 4OMMA 4WCIA 1M61A 3BUXB 2LJ1A 1X6GA 5CDWA 1O4JA 4AG2C 1YWOA 1H3HA 1K0XA 2HMHA 3BUOB 4X1VA 1I1JA 2KK6A 1YVLA 4NWFA 1MV0B 2MC1A 1QADA 3OP0A 2BZ8A 2OZOA 1O4FA 1UUSA 3M0TA 1QCFA 1GFCA 3KFVA 1H92A 1O41A 2LZ6B 4RTTA 1A1EA 2DLYA 1ZLMA 3VGOA 3OB1B 2F2WA 2FEIA 1LKLA 5IHKA 4J9HA 1CJ1A 1O4EA 2EO6A 5HKYA 1YCSB 2RQTA 3EGUA 2LCSA 5D0JA 1UJYA 2PNAA 1BHFA 3PE0A 2LQWA 2DRKA 2JS0A 1CWEA 1P13A 4RTVA 2H5KA 2YSXA 1SEMA 1H9OA 2CI8A 1PRLC 2A28A 4LN2A 4P9ZA 3KFJA 1TCEA 2ED1A 2FPFA 1YNZA 2MRKA 1M8MA 1RLQC 4IIMA 5DC4A 1QLYA 2YUOA 1UTIA 3H0HA 1SHFA 2L3QA 4JGHA 4AFZC 4GPLB 2EGCA 1QWFA 2KNBB 1ZX6A 1TUCA 1CSZA 1AVZC 1BLKA 4D8KA 2G6FX 1PRMC 2GTOA 4CC3A 4WWQA 1NRVA 1VA7A 1WXBA 2HDXA 1AYBA 1CSYA 4OMOA 4RTXA 3OVEA 4P9VA 3H0FA 3ZL7C 3PQZA 1UHCA 3S9KA 1SPKA 2RQUA 1W70A 4K45A 1V1CA 3ZNIA 1T3SA 2X3WD 2DE0X 3BUMB 2KRMA 1Y1UA 4JPBW 1Z3KA 2A37A 2CUBA 2DL3A 2K7AB 3N8MA 3VRRA 3CD3A 2DJQA 1O4HA 5KAZA 3O5ZA 1AYCA 2LX7A 2EGEA 1AOJA 4F17A 1SPRA 2FPEA 2H8HA 1K4US 2KYMA 2J06A 4JE4A 2CT4A 4DGPA 5HKZA 2QDLA 4E68A 3VS3A 4F59A 2QMSA 2KRNA 2ECZA 1IO6A 3WA4A 1NLPC 1WX6A 2Y3AB 2VVKA 1JQQA 3N7YA 1B47A 1CWDL 1KSWA 4J9FA 2JT4A 2CSIA 2ETZA 1I07A 4RTYA 2FRWA 4J9DA 3ULRB 4JJCA 1BFJA 1OOTA 4A4CA 3HIZB 1WIEA 1AYDA 1K76A 1JWOA 4F5AA 4H1OA 2D8HA 1GRIA 4DGXA 2CH4W 4E93A 1O4CA 5L23A 1NG2A 4AG1C 3S8OA 1ZUKA 3VS2A 2C9WA 1QKWA 2RNAA 3EG1A 2ABLA 3TKZA 2CR4A 2KXDA 5HCKA 1X2QA 3QWYA 1X2KA 2DYBA 3UA7A 4FSSA 1VYTA 1W6XA 2EPDA 2HDAA 1LCKA 3UA6A 1LUMA 2RVFA 3NMZC 3UATA 1NEGA 4AFQC 4F5BA 3GXWA 1LKKA 2MK2A 4GLMA 3MXCA 2EYXA 5IH2A 1U3OA 2RQVA 1Y0MA 3GQIB 2MOXA 1O49A 3PSKA 1FHSA 1MILA 1AOUF 2K2MA 4J9EA 2RORA 1WQUA 1O4IA 4Z8AA 1S1NA 4EY0A 2PLEA 2EYZA 2EYYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZN1A 2ZPBB 2DKGA 2R57A 3A8GB 1M9SA 1JXMA 2RI2A 2YT6A 3HL8A 4IUUA 1RI9A 1O4BA 2HCKA 3JCMV 3CCRQ 3CCRT 2CIAA 2HEQA 2K5IA 1M3CA 4AT1B 1OZ2A 5EHRA 1RQQC 1KD1R 3EAZA 5A0GA 1OPLA 1GBRA 3JV3A 4XTYA 2E6NA 2V1RA 5HK0A 4EIKA 4FT4A 1BYMA 4XQ3A 4ME7A 4KGVB 5EELA 3QJ6A 5CR2A 2H46E 4OHIA 1RI0A 2KT1A 4ZGJB 4M75F 3SWNB 4XK8E 1RLPC 2KROA 4F7UA 1CKAA 3REAB 3VV0A 1TU0B 4E7ZA 2QXFA 1HD3A 4M75B 1YHQQ 1YHQT 1VOMA 2HBWA 1SSHA 2E5KA 3E1SA 5GAMd 3EG3A 2BE7D 2ROLA 1BBZA 1S72A 4A4EA 3QYHB 1BIAA 4U1PA 3EG9B 3CCLQ 3CCLT 3VRYA 4IUPA 1ZHIA 3M54A 3H9NA 4C8QG 3CC7Q 3CC7T 2FVUA 1SHBA 1XNIA 1Y96B 5L8RE 3OYAA 2DL7A 3JB9F 2M02A 2YU7A 3CCRA 3R6OA 3OYDA 4E7JA 1R1PA 3M58A 4F7UE 2BBUA 4NL2A 1VQNQ 1VQNT 3MHXA 4M77G 2VXEA 3OS5A 3OYNA 1GHUA 2ATCB 3US4A 2EFIA 4LNPA 5GAN7 2BE9B 2KNOA 3OB2B 1HCTB 2ED0A 4EMHA 1A07A 1W2BP 1BLJA 1B07A 3JCMc 1ABOA 1IXDA 4JRKA 3CXCA 3UYOA 1NZ9A 1F1BB 2COZA 4XU1A 1DJ7B 4X9CA 3TL0A 1YHQA 5IXFA 1QP2A 1JYQA 3MP6A 1BCMA 3OS2A 4D6WA 3DKMA 2LQ8A 4CRIA 1BIBA 1VIFA 2XD0A 5GAMe 2PNBA 1JJ2A 2JW4A 1LOJA 4C8QB 1GBQA 2GCXA 3EFRA 3RUXA 1TG0A 2HKQB 1H3ZA 3L42A 1X01A 3I5RA 3X20B 4M4ZA 3MAZA 1RAGB 4GBQA 4IURA 1K73U 3CC7A 5FRMA 5LJ5h 1X75C 2D0QB 4M77F 1MMNA 3Q1JA 1UJ0A 2E6ZA 1YVHA 2CZ7B 3PNWC 2NUPB 1NPRA 4ANJA 1T0HA 4M75D 1FBVA 2VUBA 4QW2A 4M77B 1PWTA 1N9RA 1NE8A 2JN0A 5AT1B 2AOBA 4F14A 5LJ5d 1RUWA 1VQNA 3D7SB 4CC2A 1WXUA 3HPWA 1WNLA 2YRVA 2RQWA 4XZ0A 3CBMA 5GMKj 4Y91A 4C0DC 3A1PA 7AT1B 1UECA 4QT7A 2E41A 2RH2A 2CI9A 4AFUC 2VIFA 3BY7A 4PLLA 2HDVA 1PC0A 2W0ZA 5GJWB 2JMAA 4CI0C 1PICA 4GY5A 5KYWB 3M7FA 1WQ7A 2ENMA 1Q7YC 5IBMA 1W2BS 5IT9E 4HCBA 4EIHA 1M2OA 3JB9D 4FYVB 5A0LA 2O4XB 4PKCC 3HCKA 2DM0A 1VYUA 2PUOB 2OQ1A 3GBQA 2DEUA 3L1AA 2RMOA 4XZ1A 4X34A 1VIEA 3K2MA 3M59A 4Y28E 3HFOA 5GAOp 1AWWA 2RHUA 3INZA 3PVQA 3VRNA 1KG1A 2GQVA 4FBNA 1AOTF 2JMCA 2DTOA 2KQWA 2EQMA 1OO3A 1Q82R 1ACMB 5FW9A 4PLIA 4M7AC 2A0FB 3OYKA 2DILA 4FIBA 3I55Q 3I55T 1UEBA 1FMKA 1KIKA 1MMAA 4F16A 5GAN6 4EMKA 5LJ5e 3JCMW 3SHWA 2YSQA 4D8DA 2CP3A 3G4SQ 3G4ST 4KUDK 1QVFA 3TSWA 2HKNA 4BB7A 1RL2A 2OTJA 1NLOC 3E2UA 5D6XA 2CZ0B 5FWBA 1E7OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NUZ A;  1I0C A;  1X0N A;  1JEG A;  2DCR A;  2LJ3 A;  1JXM A;  2DRM A;  2DA9 A;  2YT6 A;  3TVT A;  2IZV A;  1RI9 A;  3HHM B;  1O4B A;  1RPY A;  1ZFP E;  2HCK A;  1O4A A;  2AOA A;  2CIA A;  1NM7 A;  1O4G A;  3VS5 A;  1O4R A;  1K0S A;  3VRZ A;  4OHE A;  1WA7 A;  2L3T A;  3IQL A;  1NZL A;  2HEQ A;  4K44 A;  1M3C A;  3M0P A;  4HCK A;  2M51 A;  1IJR A;  1HSQ A;  4ROJ A;  5EHR A;  3EHQ A;  1RQQ C;  3BUW B;  2AZV A;  2KYB A;  1O42 A;  3EAZ A;  1U5S A;  3I5S A;  1OPL A;  1VYV A;  4ORZ A;  1GBR A;  2DL5 A;  3JV3 A;  1T3L A;  5AUL A;  1ZBJ A;  2FRY A;  2V1R A;  4ESR A;  4EIK A;  2L6K A;  4JZ3 A;  5EEL A;  3EG0 A;  2HUW A;  2GNC A;  2SRC A;  3IMJ A;  5EC7 A;  1E6G A;  2H46 E;  2MRJ A;  2B86 A;  1WXT A;  3M0Q A;  4OHI A;  2KT1 A;  4H34 A;  1JU5 C;  1HCS B;  5I6V A;  1WI7 A;  1RLP C;  4GL9 E;  1AZG B;  2EVR A;  2PNI A;  2K79 A;  2KRO A;  3REB B;  2K3B A;  1X27 A;  1O4O A;  1CKA A;  3REA B;  2K79 B;  2DLP A;  2A36 A;  2KT8 A;  5IHI A;  1O45 A;  1MUZ A;  1HD3 A;  4OHH A;  2OJ2 A;  2B3O A;  1OPK A;  1SHG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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