1LCKA

Sh3-sh2 domain fragment of human p56-lck tyrosine kinase complexed with the 10 residue synthetic phosphotyrosyl peptide tegqpyqpqpa
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
DNLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the regulatory domains of the Src-family tyrosine kinase Lck.
pubmed doi rcsb
molecule keywords P56==LCK== TYROSINE KINASE
molecule tags Complex (kinase/peptide)
source organism Homo sapiens
total genus 35
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 1994-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 1lckA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 1lckA02
3UF4A 1YVHA 1K1ZA 4J9GA 4RTUA 4RTZA 1IJRA 1UFFA 2JM8A 1N5ZA 1H9OA 2L4KA 2C0OA 1WLPB 2JMCA 4Z8AA 4X6SA 4OMNA 5EG3B 1AOUF 1X6BA 3GBQA 1NYFA 4JJDA 1M61A 3N7YA 1BHFA 3PLFB 5GJIA 1AWJA 3GQIB 5IHKA 2RF0A 1O4RA 3S9KA 3M0SA 2D0NA 1F2FA 1NEBA 1Z9ZA 4U1PA 2A28A 3KFJA 1BKMA 2RQUA 3BUNB 1UE9A 2NWMA 1O4QA 3CD3A 2GSBA 4CC2A 2MQIA 1O48A 2E5KA 1NEGA 2V1RA 4IIOA 4LUEA 1CJ1A 3BUOB 5GJVB 4LNPA 4F5BA 1NYGA 1OO4A 2HSPA 2LNXA 2MOXA 3EG3A 4AFUC 1QADA 3VRRA 3M0TA 2RQWA 2CSQA 4FL3A 2RQTA 2QDLA 3H0IA 3VS6A 1B3QA 1HCSB 4OHEA 3NGPA 2EPDA 2IUIA 5HCKA 2DE0X 1A1AA 1U06A 1H8KA 1RLQC 1X43A 2DVJA 2GTJA 1VA7A 1H92A 1QKXA 4TZIA 4F5AA 2IIMA 1BF5A 1FU5A 2D8JA 1LKLA 3PFVA 2G6FX 5CDWA 1MV3A 1NG2A 2JTEA 2KT8A 5ECAA 1WA7A 2EBPA 1LCKA 3EHRA 1BHHA 3TSWA 2LZ6B 2KXCA 2KRSA 2JYQA 2J05A 1JYUA 1RPYA 4J9FA 4K45A 3PE0A 1FYNA 1UECA 1UGVA 1B47A 2I0NA 1PICA 5D0JA 4OHLA 1V1CA 2AZVA 4LE9A 1O41A 5IBMA 3UYOA 2X3WD 2LJ0A 2BBUA 2MCNA 3K2MA 1RI9A 1O4MA 1GCQA 1NRVA 2L0AA 4CC7A 1Y57A 3U23A 3M0QA 2HUWA 1YWPA 4RTYA 2CBLA 2DCRA 4NWFA 2KROA 3EGUA 3EHQA 4K11A 4AFZC 2RN8A 1ABOA 2RPNA 2JT4A 4D8KA 2EL8A 3IN8A 4JEGA 5I11A 1UJ0A 2NUZA 1O43A 1UUSA 3CBLA 3VS3A 4F17A 4GWFA 1PKTA 1UHCA 4FSSA 2KRNA 1SRMA 2KNBB 4NWGA 1E7OA 3H0FA 1UUEA 3IMDA 2B3OA 1PRMC 1QWEA 2KYMA 1FU6A 2J6KA 1A1CA 2K2MA 3M0UA 4ZNXA 1CSKA 3EG1A 4J9CA 4EIKA 4DEXA 3TVTA 3EACA 1MILA 4IIMA 2RMOA 1UG1A 4WCIA 2PLDA 2VKNA 2RSYA 2M51A 4EY0A 2EU0A 2LQWA 2C9WA 2DRMA 1O4CA 2CI9A 2EGAA 1GHUA 2KBTA 4X1VA 2YU7A 4DEYA 3LH5A 2BZXA 4AG2C 4OMMA 1O4EA 2KGTA 2K79B 3OP0A 1T3SA 3N84A 2H8HA 1S1NA 2CRHA 1HJDA 1VYVA 1BFIA 3EG0A 4J9HA 1O42A 3I9QA 3TSZA 2LNWA 3M0RA 2KR3A 1CSYA 3NHNA 4AFQC 5BO4A 1KIKA 2EYWA 1K76A 1J3TA 1BLKA 3O5ZA 4JJBA 1ZBJA 1BK2A 1JYQA 3H41A 1K0SA 2DL8A 1JO8A 1AEYA 1FBVA 2K7AA 2W0ZA 2LJ1A 2AOAA 1UHFA 4J9BA 4HXJA 2BTTA 5IHNA 1UURA 1LUNA 5HKZA 2RNAA 1BLJA 1WIEA 3KFVA 5HKYA 1Z9QA 2D8HA 1QKWA 2J06A 2J6FA 1ZUYA 2DLPA 1AWXA 2HCKA 5I22A 3IN7A 1U5SA 2HDAA 3OVEA 4K44A 2GE9A 2DJQA 2FPFA 2DX0A 1CSZA 2RMXA 3H0HA 2MRJA 2ED0A 3FJ5A 2OAWA 1NM7A 2RQVA 4ORZA 1JEGA 2CH4W 2EYVA 2J7IA 2KNOA 2SEMA 3ZL7C 2K9GA 4Z88A 1O47A 5EELA 5DC9A 1JQQA 2EKXA 4OHIA 1BHHB 1Y1UA 3RBBB 2B86A 3S8OA 1XA6A 1CWDL 2YUNA 1X69A 1E6HA 1O4KA 1YVLA 2VIFA 3HCKA 2YT6A 4E93A 1JU5C 1O46A 3OB1B 2DMOA 2HDVA 2M0YA 2DLZA 1O4AA 1VYTA 1A1BA 1A09A 4U17A 4WWQA 2AZSA 2SHPA 1R1PA 2GBQA 2LQNA 1O44A 2QMSA 1FMKA 1YNZA 1WYXA 1ZSGA 1AYCA 4LN2A 3S8LA 1BBZA 2EVRA 2ETZA 2GTOA 2GQIA 1W70A 2DBMA 2K6DA 1LUKA 2JXBA 1O49A 2DL3A 3PQZA 2CDTA 2OZOA 2F2VA 3SEMA 1O4LA 1G2BA 2LNHB 3OV1A 5DC4A 1T3LA 2ESWA 1LUMA 1MW4A 1OPKA 2CSIA 2Y3AB 4K2RA 3S8NA 1B07A 2LJ3A 2ROLA 5FWCA 1GL5A 2XMFA 2PNBA 2RQRA 1EFNA 3RNJA 4H1OA 5DF6A 1LCJA 3TL0A 2O31A 3VGOA 5IH2A 3VS7A 3TKZA 1SEMA 1BFJA 1FHSA 1BKLA 5J3XA 3HHMB 1D4TA 3VS2A 1OV3A 2F2WA 2FPEA 1SHFA 2CH4A 1PHTA 2EYZA 1ARKA 5EC7A 2HMHA 4E6RA 1R1SA 3C7IA 3I5RA 2Y1MA 1I07A 4RTWA 3IQLA 1GFCA 1PWTA 2CUBA 4J9DA 3REAB 1ZUUA 2JM9A 2RORA 1WI7A 1E6GA 3CQTA 4AG1C 1JWOA 1SPSA 5FW9A 2CUDA 4RTTA 1W1FA 3JV3A 1PNJA 1SPRA 2RVFA 1KJWA 1OEBA 1G83A 1CKAA 1HD3A 2YSXA 2ED1A 1T0HA 1M8MA 2IUGA 2A37A 2A36A 1T0JA 2GNCA 5AXIA 1WFWA 3UA7A 1KA6A 3R6NA 2YUPA 4ROJA 2V1QA 2O9VA 1X6CA 2ABLA 4DGPA 3M7FA 2AKKA 1SHAA 2ROTA 1IO6A 2BZYA 1TCEA 5EHRA 2L3SA 1O4IA 4JZ4A 3IMJA 1WXUA 1YN8A 2ENMA 1JXMA 4AFSC 4QSYA 1GBRA 3REBB 1BU1A 2C0IA 4JZ3A 2O88A 5GJHA 4HVUA 2AK5A 3OB2B 2EO6A 1U3OA 2PNIA 3VRQA 4HVVA 1ZFPE 1UJYA 2D1XA 4HCKA 2KK6A 2AUGA 2L3TA 5IBSA 1HSQA 2FG0A 2KXDA 1IS0A 3MAZA 2DM1A 2L2PA 4GLMA 1PRLC 4F14A 4KRTA 1FYRA 3BKBA 1KC2A 2VWFA 3NPFA 2DNUA 1SPKA 1JYRA 2DF6A 1SKJA 2EOBA 3MXYA 1GCQC 2BZ8A 3VRYA 1AWOA 2K3BA 1OO3A 1RQQC 1AB2A 3HIZB 4LUDA 2A08A 1SHBA 3THKA 1I3ZA 1BB9A 2PLEA 1UTIA 2OJ2A 4OHHA 2DILA 4CC4B 1I1JA 2KT1A 4OMPA 1BMBA 3EAZA 1O4OA 1AYAA 2AOBA 2JMAA 4OMLA 2DYBA 2P4RA 1BG1A 3GXXA 4JJCA 3VRNA 1MUZA 3NMZC 5IXBA 5HKWA 2MIOA 4FL2A 2DLYA 1M3BA 2SRCA 1TZEE 4CC3A 3A98A 1XOVA 4GPLB 2DRKA 1X2KA 3C0CA 1OPLA 1WX6A 5EHPA 1R1QA 1AYBA 4H34A 1AZGB 2CI8A 2L3PA 2H5KA 2O2OA 1AOJA 2DM0A 1ZX6A 3M0PA 1NLPC 1A07A 1TUDA 1UDLA 1SSHA 3BUWB 1P13A 3ULRB 2MK2A 1Z3KA 1O4DA 2L3QA 2FCIA 2XP1A 1MV0B 1LUIA 2LX7A 4RTVA 1A81A 3PJPA 2FRWA 1H3HA 1YCSB 1RJAA 2OQ1A 1RLPC 1AVZC 4GL9E 2CS0A 2DL4A 2MC1A 1M3AA 3QWYA 1M27C 3VRZA 4DGXA 1QWFA 3PSJA 1LKKA 2J6OA 2IUHA 4J9IA 2DL5A 4Z89A 1FBZA 4GBQA 2YDLA 1YP5A 4J9EA 1WQUA 1VYUA 1X6GA 1A1EA 4XZ1A 2EGEA 1O4BA 3VS0A 4A63B 3VS4A 2CT3A 3I5SA 1O4FA 2EYYA 1QG1E 2MRKA 1BM2A 2JS2A 3BUXB 4FBNA 2X3XD 1X2QA 1ZLMA 1TUCA 1F1WA 2LCTA 2IZVA 1O4PA 3PS5A 2EGCA 1O4HA 4OMQA 3MXCA 1ABQA 4P9ZA 3GXWA 2EKHA 1A0NB 1JXOA 4OMOA 4R0KA 2HDXA 1O4JA 2CIAA 1Y0MA 1K9AA 1K4US 5KAZA 3BUMB 2AKLA 1X0NA 5EEQA 4RUGA 3N8MA 3ZNIA 2DBKA 2KE9A 1K0XA 1WXBA 2FPDA 1SRLA 1AYDA 2O9SA 3VS5A 1M30A 2DA9A 4ESRA 1GBQA 5DC0B 1KSWA 1KA7A 2CT4A 3US4A 1GRIA 3PVLA 2EO3A 4JGHA 2PTKA 2PZ1A 5GJWB 2YUOA 4JE4A 5I6VA 3WA4A 1D1ZA 1HCTB 3PSKA 2YSQA 3T04A 2HEQA 1X27A 2EW3A 2GGRA 1QCFA 4A4BA 4EIHA 3I35A 2C0TA 4D8DA 2FEIA 2ECDA 2Y1NA 2VVKA 1CKBA 1SHGA 1A08A 2F2XA 4E68A 2CR4A 1AWWA 2PNAA 3VRPA 4Y92A 5IHIA 4OHDA 3VROA 2LCSA 1KFZA 1AD5A 2K7AB 4P9VA 3UATA 2L6KA 2DL7A 1CWEA 3CWGA 1PKSA 1NLOC 1WDXA 2LMJA 4F59A 4QT7A 1TG0A 1NZLA 2H46E 1ZUKA 4HVWA 1O45A 3VS1A 1JU5A 1SHDA 1M3CA 2CREA 1WXTA 3CXLA 2KEAA 3QWXX 2FRYA 2W10A 1NZVA 4M4ZA 5L23A 4F16A 1D4WA 2ECZA 2EQIA 4JPBW 5FWBA 1I0CA 2EYXA 3UA6A 2KRMA 1QLYA 2DX1A 2FO0A 2JS0A 4RTXA 1AZEA 1M27A 1GCPA 4L1BB 1O4NA 5AULA 1W6XA 2JW4A 2LP5A 1YWOA 3SHWA 1AOTF 2K79A 2OI3A 3PVQA 2HBWA 3EG2A 2YUQA 4A4CA 2KYBA 5IXFA 1O4GA 1OOTA 1GFDA 1RUWA 4XZ0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YVHA 2A7YA 3BY7A 4RTUA 1IJRA 1UFFA 4C8QC 1H9OA 2DZ9A 1WLPB 4OMNA 3SWNC 2M9UA 4LDXA 3VUZA 1X6BA 4JJDA 3PLFB 1M61A 3GQIB 3QXEB 4NL2A 2ZCFB 1O4RA 4Y28E 3S9KA 2LQ8A 3LGFA 3G6ET 1M90R 3CC7A 2K57A 2A28A 2V8JA 4PJOF 4A4KA 1BKMA 2RQUA 2NWMA 1O4QA 4B9WA 2GSBA 2VUBA 3FJPA 2X4JA 3G71Q 2EJ9A 4IIOA 5KYXA 5GAN8 4F5BA 3CCET 1K9MR 2RQWA 4ZN3A 1I81A 1QVGS 3H0IA 4OHEA 2XICA 4C0GA 2FHDA 1VQNA 1QVPA 1U06A 1H8KA 2FVUA 3FDRA 2LRQA 4E7LA 3FC3A 4KGXB 3CCJT 5L8RE 1Y71A 3GNFB 1H92A 4F5AA 3QJ6A 1BF5A 3INZA 2K3YA 1WA7A 1LCKA 3OA6A 4KH0B 3OYNA 5GAN4 3TSWA 2JVVA 4JLIA 1K73R 4E47A 4B6MA 1RPYA 4J9FA 1OX8A 3RKYA 4K45A 3PE0A 1UECA 3TEEA 1V1CA 2AZVA 4LE9A 4A4GA 2BBUA 1VQOT 1N9SA 3CCRT 4PFPA 1VQ7Q 1Q7YR 2QASA 4CC7A 3U23A 3CCSQ 1PD0A 1VQMQ 1VQ6A 3EGUA 4D8KA 1ABOA 1VQPT 1Q86U 3CCVA 4OP0A 3PGGA 1UUSA 4M7DA 1W2BA 4GWFA 3WVEB 2KRNA 2QEXT 2KNBB 5M9OA 2MK5A 2DO3A 2KYMA 2J6KA 1XTDA 2QXFA 4DOVA 2IVWA 4PJOE 1U8RA 2VXEA 1BIBA 2QGGA 2HNIA 4EY0A 1M4ZA 2LQWA 2C9WA 1KC8U 5C0MA 2EGAA 4X1VA 2YU7A 2E70A 3QBYA 4DEYA 3LW5E 3VKIA 5GAN6 4AG2C 4OMMA 1T3SA 3N84A 3SDZA 5GAN3 2FYKA 1VYVA 2BUDA 1BFIA 3CCLQ 1N8RC 3ZEHA 4YTLA 2CGHA 3M56A 5BO4A 4LDVA 2KMTA 2EYWA 3L42A 2MYSA 5D6XA 1JYQA 4II1A 3H41A 2DL8A 1JO8A 3M53A 1FBVA 1Y96A 2BTTA 4MMLA 1VQ5Q 3C95A 1WIEA 3KFVA 1Z9QA 2D8HA 5HK0A 5GAOn 1G3TA 5KYXB 2J06A 4BE2A 4PJNA 5I22A 2A3LA 3QPHA 3OVEA 4K44A 2RI2A 2DJQA 1YI2Q 4DBFA 3DB4A 1CSZA 3H0HA 2WSFE 3L2UA 2GCXA 1NM7A 2M16A 2OAWA 2CH4W 2J7IA 2KNOA 3RMQA 3ZL7C 3VU3C 2K9GA 5EELA 1JBMA 3CCVQ 2LVMA 1Y1UA 4ZGEB 1YJWT 3EGDB 2EJFA 3S8OA 1W2BS 1IZ6A 4LXCA 1VQ8A 1E6HA 1YVLA 2VIFA 3HCKA 5C6SA 5GANj 2DMOA 5GMKj 3MP8A 4U17A 3OYIA 2SHPA 3EGXA 2DD4A 1TU0B 2QMSA 3M59A 1FMKA 4C92G 1WYXA 1AYCA 4HCZA 4LN2A 5LJ3g 2HKNA 1BBZA 2FB7A 1FMWA 3QIIA 2GTOA 2QGFB 2K6DA 5GANe 3RMSA 4M7DB 8AT1B 1O49A 2E6NA 2DXBA 1S72A 2DL3A 1SKUB 1O4LA 2BE9B 2LNHB 6AT1B 5DC4A 4R56A 3GOXA 2CSIA 1B07A 2KGYA 5D6YA 4P5NA 5DF6A 2DEUA 2O31A 3VGOA 5IH2A 3TKZA 2EIFA 1D4TA 2DXUA 2G3RA 2FPEA 2CH4A 1PHTA 2EYZA 3RDVA 3OW2P 1N8RR 2L89A 2HMHA 1HXDA 3C7IA 3G6EA 2H3EB 1I07A 3IQLA 1GFCA 4J9DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1M3A A;  3QWY A;  1M27 C;  3VRZ A;  4DGX A;  1QWF A;  3PSJ A;  1LKK A;  2J6O A;  2IUH A;  4J9I A;  2DL5 A;  4Z89 A;  1FBZ A;  4GBQ A;  2YDL A;  1YP5 A;  4J9E A;  1WQU A;  1VYU A;  1X6G A;  1A1E A;  4XZ1 A;  2EGE A;  1O4B A;  3VS0 A;  4A63 B;  3VS4 A;  2CT3 A;  3I5S A;  1O4F A;  2EYY A;  1QG1 E;  2MRK A;  1BM2 A;  2JS2 A;  3BUX B;  4FBN A;  2X3X D;  1X2Q A;  1ZLM A;  1TUC A;  1F1W A;  2LCT A;  2IZV A;  1O4P A;  3PS5 A;  2EGC A;  1O4H A;  4OMQ A;  3MXC A;  1ABQ A;  4P9Z A;  3GXW A;  2EKH A;  1A0N B;  1JXO A;  4OMO A;  4R0K A;  2HDX A;  1O4J A;  2CIA A;  1Y0M A;  1K9A A;  1K4U S;  5KAZ A;  3BUM B;  2AKL A;  1X0N A;  5EEQ A;  4RUG A;  3N8M A;  3ZNI A;  2DBK A;  2KE9 A;  1K0X A;  1WXB A;  2FPD A;  1SRL A;  1AYD A;  2O9S A;  3VS5 A;  1M30 A;  2DA9 A;  4ESR A;  1GBQ A;  5DC0 B;  1KSW A;  1KA7 A;  2CT4 A;  3US4 A;  1GRI A;  3PVL A;  2EO3 A;  4JGH A;  2PTK A;  2PZ1 A;  5GJW B;  2YUO A;  4JE4 A;  5I6V A;  3WA4 A;  1D1Z A;  1HCT B;  3PSK A;  2YSQ A;  3T04 A;  2HEQ A;  1X27 A;  2EW3 A;  2GGR A;  1QCF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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