3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
2AOAA 1KJWA 2EYVA 2DF6A 3IMDA 1PICA 1AYDA 2EL8A 1A81A 1UTIA 2RVFA 4FL3A 5EC7A 2IUHA 4H34A 2BTTA 1A1EA 1BF5A 3NGPA 1SHFA 1H3HA 1BMBA 4J9EA 5IXBA 1AWJA 1LCKA 2IIMA 2JMCA 3VS4A 2YU7A 2ECZA 2IUIA 3LH5A 2DILA 2EOBA 1BB9A 1M27A 3RNJA 5IXFA 2DRKA 3IN7A 2D0NA 2JM8A 1G83A 3QWXX 2KYBA 1X2KA 1O4QA 3US4A 4WCIA 4QT7A 1BU1A 1WDXA 1X43A 2RMXA 2HCKA 3A98A 4F14A 1O4NA 2A08A 2DL5A 2L3SA 2M51A 3CQTA 1D1ZA 4RUGA 1YVHA 2LCTA 1BLJA 4A4BA 3TKZA 2PNIA 2M0YA 2GGRA 1V1CA 2HSPA 3O5ZA 2LJ1A 1RJAA 2CI8A 3PVLA 2LNXA 3OB2B 3EG2A 3ZL7C 4X1VA 1H9OA 5IBMA 2XP1A 1ABOA 1O43A 1O44A 1OV3A 5GJHA 1M3AA 2A28A 1B47A 1E6GA 1MW4A 4K45A 2CH4W 1E6HA 1HCTB 2CUDA 2F2VA 2KRMA 2GNCA 4RTZA 1M61A 1NEGA 5DC0B 2DM0A 1A1BA 2DL8A 3PSKA 2J05A 4LE9A 1NM7A 4U17A 2KK6A 1T3LA 1AOTF 4NWGA 4OHIA 2FO0A 1AWXA 1WXUA 2JTEA 4CC7A 2MQIA 5EHPA 4E6RA 2OJ2A 2ECDA 1HSQA 3BUMB 1O4JA 1KA7A 1BHFA 2HEQA 1BFJA 3PJPA 1NLPC 2V1RA 2FPFA 2VWFA 1O4BA 1GRIA 2EYZA 2LJ3A 3H41A 1RUWA 1T3SA 2CUBA 1RI9A 3N7YA 1JYUA 2G6FX 1GHUA 2KRSA 2MRJA 3JV3A 4M4ZA 1OPKA 1UFFA 4J9HA 2ABLA 3VS0A 2X3WD 2RQVA 3EG0A 1O4FA 2DL3A 3HIZB 4EY0A 1SKJA 3MXCA 5HKYA 1VYUA 2CSIA 4F59A 1FBZA 4E93A 2VKNA 1UUEA 2CH4A 2L0AA 4FSSA 2IZVA 2Y1NA 1WQUA 2LX7A 4J9FA 4JE4A 3UA6A 1LCJA 2EYXA 3M0UA 4L1BB 2C0IA 3CBLA 1MV0B 1NYFA 2PTKA 1W6XA 1TG0A 2ENMA 2ROTA 1A1AA 1X0NA 1KFZA 1X69A 1E7OA 1AOJA 5FWCA 3OVEA 5DF6A 3EHQA 1O4IA 1IS0A 4HXJA 4H1OA 1CSKA 1FMKA 1M27C 1NZVA 2DE0X 3M0QA 1YCSB 1UG1A 1O48A 3UF4A 2QMSA 1VYTA 1OO4A 3I5SA 2DCRA 2EGAA 1I3ZA 4LUEA 2C0OA 4DEXA 1UECA 1Z9QA 2IUGA 2PNBA 2V1QA 2PLEA 1WI7A 1ZSGA 1P13A 2YSQA 1D4WA 1O4PA 1Z3KA 3U23A 2FCIA 2EGEA 1Y0MA 3BUXB 2Y1MA 3S8LA 1FU5A 1FU6A 5EELA 3EHRA 1M3CA 2HUWA 1HD3A 2ED0A 3HCKA 4NWFA 2OZOA 5AXIA 2GQIA 1QWFA 2L3QA 1UGVA 1WIEA 3TSZA 4JPBW 2GTOA 1I07A 3QWYA 1X2QA 4K2RA 2MC1A 1JU5A 3VS2A 2KNBB 1AEYA 1OO3A 1SPSA 1AB2A 2L6KA 1M8MA 3WA4A 3I5RA 1GL5A 4F5AA 1IO6A 1G2BA 4OMQA 2K7AB 1GFDA 1WLPB 3MXYA 3IMJA 4Z89A 3GXXA 3VRPA 4J9DA 4JEGA 3N8MA 4RTTA 1M3BA 1SRMA 1PHTA 1J3TA 1T0HA 4JJCA 2GBQA 3M0TA 2RNAA 1SHBA 1GCQA 4ESRA 3HHMB 4GLMA 3H0FA 1ZX6A 1CWEA 2KXCA 1O4LA 1BBZA 2KR3A 3OP0A 1AYBA 3M0SA 2YDLA 1F2FA 1GFCA 1CSYA 1OPLA 3M0RA 4AFQC 1BKMA 2AOBA 5DC9A 4IIMA 1LUNA 1UE9A 2CBLA 2DL4A 3I35A 1Z9ZA 1O4DA 1UJYA 1U5SA 1AYAA 1MV3A 2KT1A 1F1WA 3UYOA 1I1JA 3VS5A 2RQWA 1N5ZA 1MILA 1NEBA 5EEQA 3CD3A 4JJDA 1RLQC 1FBVA 3BUWB 1ABQA 5IHNA 3CXLA 2LJ0A 3PS5A 4Y92A 1B07A 1A07A 5ECAA 2AKKA 1KSWA 3VS1A 2MIOA 2K2MA 1AWWA 2YT6A 4D8DA 5L23A 5HKWA 2KROA 2JMAA 3T04A 2W10A 2KE9A 2FG0A 4RTYA 2DM1A 1YWOA 2KBTA 2EYYA 2RQUA 3R6NA 3PFVA 3S8OA 2CT3A 3S9KA 2BZYA 2J6OA 4K11A 3VS6A 2A37A 2JYQA 1BG1A 1SHGA 4E68A 3SEMA 1O46A 4JZ4A 3VS7A 1O4KA 1RPYA 2J7IA 4AFSC 2MK2A 2BBUA 5GJIA 2K6DA 4F16A 4TZIA 1TUCA 2H46E 2Y3AB 2K79A 3VRQA 1BK2A 2D8HA 2YUOA 1CJ1A 1PNJA 2K7AA 1ZFPE 1UHCA 4EIHA 5I11A 2KYMA 1HCSB 1RLPC 2KEAA 2DYBA 5EHRA 4A63B 3VRYA 1O42A 1O4HA 3VRNA 2O31A 2EKXA 3REAB 2KGTA 3NHNA 1U06A 2C9WA 1SHDA 2SRCA 4RTUA 4OHDA 2I0NA 3H0HA 3GBQA 1NRVA 5IHKA 1QKXA 2SHPA 3VS3A 5GJVB 2SEMA 4GBQA 2QDLA 4AG2C 2OAWA 1R1PA 1X6GA 3NMZC 3N84A 4U1PA 2LNHB 2NUZA 4CC2A 2HDAA 1JEGA 2CSQA 3TVTA 2DBKA 3VROA 5J3XA 1I0CA 2EBPA 1LKKA 2CIAA 2FRYA 2AZSA 1QKWA 1YWPA 1KC2A 1O4CA 2O9VA 3EACA 1O4AA 1AZEA 1A08A 1UDLA 2L3TA 1SPRA 5D0JA 1O45A 3EGUA 2ESWA 1YVLA 2GSBA 4RTVA 2HBWA 2RORA 4JGHA 1LKLA 2A36A 1SEMA 2RF0A 1RQQC 3M7FA 4AFUC 2C0TA 1GCQC 3UATA 1GBRA 1K0XA 2RSYA 4HVVA 3VRZA 4EIKA 2H5KA 2LP5A 2K3BA 1SSHA 1GCPA 1M30A 2OQ1A 2LCSA 1UHFA 3EG1A 1X6BA 4D8KA 4JJBA 1QCFA 4R0KA 5CDWA 3EG3A 1ZLMA 1NLOC 4F5BA 5AULA 1WXBA 2NWMA 4OHLA 3BKBA 2CS0A 3CWGA 1ZUYA 4WWQA 5KAZA 1FYRA 2B86A 1K76A 3PVQA 1S1NA 3MAZA 2EGCA 1UJ0A 2CRHA 2K79B 1O4MA 1FYNA 3PE0A 2AUGA 2CDTA 1IJRA 2EU0A 4XZ1A 1O47A 4F17A 4KRTA 4DEYA 4Z88A 1TCEA 4GWFA 4QSYA 1EFNA 4LN2A 1JQQA 2DRMA 1SHAA 3BUNB 3IN8A 1HJDA 3PLFB 1Y1UA 2O9SA 1UURA 1WYXA 2J6KA 2CI9A 1GBQA 5GJWB 5HKZA 1W70A 2YUNA 1UUSA 2LQWA 1CKBA 2K9GA 4DGPA 2MRKA 3H0IA 4HCKA 2CT4A 2DVJA 2DX1A 2LMJA 4OMMA 1QWEA 2DBMA 4J9BA 3VRRA 4OMOA 1SPKA 1H92A 1KIKA 1CKAA 2ROLA 4OMPA 2EYWA 1BM2A 1D4TA 2H8HA 2O2OA 1WA7A 1T0JA 2GTJA 1VA7A 2W0ZA 4X6SA 2L3PA 1QLYA 2F2XA 3KFJA 2EKHA 2CREA 4AG1C 2KRNA 1A0NB 2PZ1A 4DGXA 5I6VA 5IH2A 2O88A 1AOUF 1ZUKA 1BHHB 4OHEA 3TSWA 2B3OA 2PLDA 4AFZC 1A09A 2YSXA 2D1XA 2FPEA 1PRMC 1WFWA 2DLYA 4OMLA 2JT4A 2P4RA 3OV1A 1ZBJA 4HVUA 1O4GA 1YN8A 3C0CA 5EG3B 1PKTA 1XOVA 1K0SA 1AD5A 2MOXA 2X3XD 2RQRA 2HDVA 3EAZA 4XZ0A 1CWDL 3GQIB 2BZ8A 4J9GA 2DLZA 4OMNA 2KNOA 2DA9A 1O4RA 2FPDA 1AWOA 2RQTA 4P9ZA 5I22A 1NYGA 3OB1B 3K2MA 4JZ3A 2J6FA 2BZXA 3RBBB 1K1ZA 1VYVA 2J06A 3BUOB 2KXDA 1R1QA 2ED1A 4CC3A 4CC4B 1AVZC 2L4KA 3PQZA 3ULRB 3IQLA 2AZVA 1JO8A 1YNZA 2RPNA 4HVWA 2JM9A 2FEIA 2HDXA 3UA7A 1NZLA 1PRLC 2E5KA 1JWOA 2CR4A 2LNWA 1KA6A 4ORZA 3SHWA 3THKA 2EVRA 3VGOA 1BFIA 1NG2A 2YUQA 3GXWA 5FW9A 2YUPA 1O4EA 1JU5C 5HCKA 3C7IA 4P9VA 2DLPA 1CSZA 2KT8A 1LUIA 1H8KA 1PWTA 4J9CA 1JXOA 1O41A 2DX0A 4ROJA 1K4US 1FHSA 2HMHA 1BLKA 2EO6A 2DL7A 2EO3A 1A1CA 1WXTA 2L2PA 1MUZA 4OHHA 4J9IA 2PNAA 3TL0A 2LZ6B 1O4OA 4K44A 3I9QA 4RTXA 1SRLA 1OEBA 1W1FA 2XMFA 3NPFA 2F2WA 1U3OA 1JYQA 5FWBA 1BKLA 1X6CA 3PSJA 1ZUUA 2EQIA 1AYCA 1BHHA 3S8NA 2DJQA 1JYRA 1ARKA 2JS2A 4IIOA 2AK5A 4GL9E 4LNPA 3REBB 4FBNA 2JXBA 1Y57A 1B3QA 2EW3A 1TZEE 1XA6A 1QG1E 5DC4A 4Z8AA 2ETZA 4FL2A 5BO4A 3ZNIA 1OOTA 4RTWA 4LUDA 1LUMA 2D8JA 1YP5A 3KFVA 2FRWA 1O49A 2AKLA 2GE9A 4A4CA 3M0PA 1AZGB 2RMOA 1TUDA 2EPDA 2JW4A 1PKSA 2RN8A 2OI3A 2VVKA 1WX6A 4ZNXA 5IHIA 1LUKA 2DNUA 2MCNA 4GPLB 2VIFA 3FJ5A 5IBSA 1JXMA 1X27A 2DMOA 2LQNA 1QADA 1K9AA 2JS0A 1R1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MMKA 2AOAA 1Q86R 5FU6B 1PICA 1AYDA 1UTIA 2RVFA 5EC7A 2BTTA 1BF5A 1LJOA 3OYNA 4J9EA 1AWJA 5HY6A 3VS4A 3HP9A 1WPYA 3OS1A 3H6ZA 1IZ6A 3FDRA 2DRKA 2JM8A 1Q81C 3CCRT 1MGQA 4NS5A 1MHNA 3US4A 1KK7A 1V76A 4WCIA 1PM3A 1VQ9Q 3QSUA 2DL5A 1H3ZA 1C0MA 3HRTA 3MP1A 1WHJA 2O4XA 1BLJA 5KYWA 2AHJB 2ZPEB 3TKZA 3O5ZA 2COWA 4PNOA 3EGXA 3PVLA 5GAN8 4X1VA 2X9HA 4J6XA 1Q86U 5GJHA 1PD0A 2QA4Q 3MEWA 4K45A 4C8QE 2CUDA 1YHQA 1M61A 1NEGA 2QQSA 2R5MA 2VV5A 5GMKl 5GANf 3CCLQ 2JTEA 5J39A 5GANh 4O5VA 5CK9A 4PJOD 4PFZA 2OJ2A 3BUMB 4KGXB 1RACB 3PJPA 4LXCA 1Q86C 2V1RA 4QQDA 2RB6A 1OX9A 3H41A 1RL2A 3URGA 2WACA 5C6SA 2M1HA 3VV0A 2MRJA 3SB2A 1OPKA 3LH0A 3EG0A 4PJMA 3OSVA 1LVKA 2K5FA 4ME7A 4ATOA 1G5VA 2CSIA 1UGPB 1FBZA 1YHQT 3M5AA 1ACMB 2Y1NA 2F5TX 4JE4A 1NJIR 3UA6A 1Q82U 4OB0B 3M0UA 3QIIA 3CBLA 4HT8A 2ZPFB 1MV0B 2BKDN 4C5HA 3LWHA 2PTKA 2ENMA 3VUBA 2EQKA 2HQEA 4XAXB 2ZZDA 4A53A 5FROA 3V7CA 4DBQA 4HXJA 3NTIA 4H1OA 1U1SA 2XDDA 4C8QD 1U1TA 1WJSA 1UG1A 1O48A 4EPCA 1Q82C 1D0YA 1VQ7Q 2DCRA 4M75D 2RK1A 1UECA 2IUGA 2MK5A 2PVDB 3E9GA 3M57A 3S8LA 2XG8D 3WVEB 1QVFA 3HCKA 2DETA 1LOJA 1NJIU 2OZOA 3CCST 2GQIA 2L3QA 1WIEA 3BFMA 4RKUE 3QWYA 1X2QA 1JU5A 3VS2A 2KNBB 2VASA 4XQ3A 3WA4A 3JB9J 3I5RA 2QGGA 4E7HA 2VC8A 1IO6A 1GFDA 1QVPA 2DTIA 5DM7R 4J9DA 3HRUA 4DOVA 1NJIC 4JDSA 4JJCA 5GAMe 3M0TA 3LWIA 3OYJA 1K8AR 1N9SA 4KUDK 1BBZA 4M75C 3OMGA 1CSYA 2DZCA 5GMKi 1Z9ZA 3MPUB 2E5QA 1MV3A 2KT1A 1ZBXA 2HD0A 1I1JA 2RQWA 1N5ZA 1WHLA 1BI1A 1NEBA 4C92B 2JTFA 3PGGA 4JJDA 5IHNA 1OX8A 2LJ0A 4Y92A 4IKFA 3FRNA 2NUPB 1VQLQ 3EGDA 3NTKA 1KSWA 4RMOA 2YT6A 4D8DA 2JMAA 2W10A 2FG0A 4BI8B 2DXUA 4RTYA 1RI0A 4HT9A 5I21A 5CKBA 2QASA 4K11A 3V8LA 1VQ9A 3SEMA 2MYSA 4M7AB 3VS7A 4PFOA 2RH2A 1O4KA 2J7IA 4EMKA 2MK2A 3PIPA 5GJIA 3M4YA 4F16A 2H46E 2Y3AB 2K79A 2QA4A 1PNJA 1I4K1 3VKIA 4EIHA 2KYMA 4E7LA 4F7UG 4M78A 1VQ8Q 1RLPC 4IUTA 1O42A 3TU4K 3VRNA 2EKXA 3CCLA 3H8ZA 3NHNA 2C9WA 4M7DD 2I0NA 4F7UA 1NRVA 1P92A 2ZAEA 2EFIA 2SEMA 3QXEB 3NMZC 3QYGB 5GAMd 1VQ4Q 4JRQA 2HDAA 1JEGA 1TUGB 1ZSZB 4MZPA 3TVTA 1UGRB 1I0CA 3T9NA 1LKKA 1OU8A 1VQ9T 1YWPA 1O4AA 1AZEA 3FEOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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