3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
b'NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Signaling protein
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
3NGPA 1RPYA 1X43A 3FJ5A 1UTIA 4J9GA 1BF5A 2RQTA 3H0FA 1N5ZA 1Y57A 4J9CA 2DNUA 2EBPA 2PTKA 1BFIA 3BUMB 2PZ1A 2IUIA 4AG1C 2EGCA 3TKZA 1O48A 2DVJA 1BHHA 2LQWA 2DM1A 3VRQA 5I22A 1YWPA 3C7IA 2J6KA 2BZ8A 2DM0A 1X0NA 2PNIA 1OPKA 2HBWA 4HXJA 1CSZA 1Z3KA 4RTTA 1O4DA 2AUGA 1U3OA 2BZXA 1HCSB 2HDXA 4DGXA 1AB2A 1E6HA 1W1FA 2K79B 2CH4W 5FWBA 3TL0A 3MXCA 2MIOA 5CDWA 1M3AA 1UJYA 2CRHA 2Y3AB 4QSYA 3VS2A 4GBQA 1LKKA 3IMJA 3NHNA 1GCPA 1WFWA 1IO6A 2CR4A 2LP5A 1LUKA 1QADA 4OMLA 1O4BA 2EQIA 2AKKA 2RORA 4WWQA 2KRSA 2GGRA 4F5BA 2RQRA 3NPFA 1Y1UA 2DL7A 2DA9A 4L1BB 2W0ZA 1PRLC 1BFJA 3VS4A 1GBQA 1O4LA 3PS5A 1PKTA 3US4A 2KEAA 4RTWA 4OMOA 4JZ4A 4OHDA 3OB1B 1UUSA 2M0YA 4R0KA 1A81A 1YVHA 1KJWA 4RTVA 5I6VA 1VA7A 4OMPA 2KT1A 1UHFA 2YUPA 2DBMA 3REAB 4AFZC 1GCQA 1CKBA 3OV1A 1K0SA 4J9IA 4LUDA 1AYAA 1BLJA 1NEGA 1QWFA 1B47A 2EO3A 3WA4A 1AWJA 2LNHB 4OHLA 2A08A 2LQNA 2OAWA 5L23A 1O4OA 2EKXA 2SHPA 1H3HA 1A0NB 1PHTA 3BUXB 3S8OA 5DC0B 1JYQA 2DRKA 2CUDA 1NZVA 5DC9A 1H92A 5GJIA 1CWDL 2MRKA 3VS7A 4A4BA 5DF6A 2CS0A 2DLYA 1AOUF 1K4US 2CDTA 2IUGA 1X6GA 2CSQA 1WIEA 5GJWB 4K45A 2KYBA 2LNXA 2HCKA 4GL9E 4QT7A 1E6GA 2HMHA 1BU1A 2K79A 3TSWA 2LNWA 2JYQA 4JE4A 2FPDA 1ZBJA 4J9HA 4AFUC 2D1XA 2IUHA 1BHFA 2RMXA 2HEQA 1M27A 1G83A 2LMJA 3VS0A 1BLKA 1FYNA 2MK2A 4CC3A 1ZUUA 1KA6A 2ENMA 1PRMC 1AYCA 2EKHA 2DLPA 3EGUA 2YUNA 1VYVA 4JJDA 5HKYA 2L6KA 4IIOA 1S1NA 2RVFA 5J3XA 1MV0B 5HKZA 3VRYA 4OHIA 2P4RA 2AKLA 3C0CA 2YSQA 5EELA 2C0TA 1I0CA 3M7FA 3EAZA 1M3BA 4JPBW 1O4PA 1KSWA 1NG2A 2W10A 2HSPA 3EG1A 3EG2A 1SHFA 4KRTA 2O88A 1X2KA 2G6FX 1NEBA 2B3OA 3H41A 4ESRA 4OMNA 1WXBA 2SRCA 1QCFA 4J9BA 2KNOA 3TSZA 1GFCA 3K2MA 5I11A 1W70A 2X3XD 2MOXA 3PJPA 1WQUA 1FU6A 2AOBA 3VS6A 4RTZA 3UYOA 2FG0A 2H8HA 1RQQC 2MC1A 4X6SA 2LX7A 5IHNA 4A4CA 1R1SA 2NUZA 2J06A 4J9DA 1A09A 4J9FA 1A1EA 2HUWA 1I1JA 1H9OA 3PQZA 2ROLA 2GQIA 1HSQA 1VYTA 1JEGA 1WXTA 2IIMA 2EW3A 3KFJA 1O4HA 4FBNA 2JM9A 2KROA 3U23A 3N84A 1J3TA 3M0UA 1JO8A 4FSSA 2A28A 4Y92A 2DL5A 3RNJA 1BKMA 3IN7A 2FRYA 2OI3A 5IXFA 1M61A 1Z9ZA 4J9EA 1O4RA 2LCTA 1X6BA 2C9WA 2DBKA 1SHBA 2CREA 2XMFA 2GBQA 2VIFA 2JTEA 1CJ1A 2PLEA 2EU0A 3M0PA 5EHPA 2RNAA 3PVQA 1FBVA 3BUOB 3PSKA 2L4KA 4NWFA 1X69A 4LN2A 4K44A 4HCKA 1R1PA 5IH2A 5EEQA 2K2MA 1XOVA 3GXWA 3R6NA 1ZUKA 5EC7A 1WYXA 2CBLA 1D4TA 2QMSA 4HVUA 4OHHA 2GTJA 5IBSA 1O4EA 2DCRA 4D8DA 4GWFA 3O5ZA 1O4IA 3OB2B 4U1PA 1OOTA 2F2VA 2L2PA 1O4JA 3VS5A 3CWGA 4CC7A 1A08A 1O44A 1TZEE 2D0NA 2CSIA 1WLPB 4RTXA 2EYXA 2J7IA 1O4NA 1I3ZA 3UA7A 1D4WA 2AOAA 2LJ0A 4OMMA 1M8MA 2HDAA 2D8HA 2ROTA 1FU5A 1U06A 4XZ0A 1LUNA 1IJRA 2EGAA 1K0XA 1QKWA 2RF0A 1LUMA 1WX6A 2CT4A 1YCSB 2JT4A 2YUOA 1WA7A 1JQQA 2KE9A 1GCQC 4FL2A 2CI8A 1UFFA 2RN8A 1UDLA 4D8KA 4NWGA 5IBMA 4LNPA 2YSXA 1FHSA 1F2FA 4LUEA 1B07A 4RTYA 4OMQA 2GNCA 3VRPA 2LJ1A 1ZFPE 2K7AB 3I5RA 2DILA 2L3PA 3PFVA 1FMKA 5EG3B 1Z9QA 2C0IA 1X27A 5ECAA 4E6RA 3BKBA 4TZIA 3EACA 5IXBA 1A1BA 1NYFA 2LCSA 1FBZA 2EO6A 3UA6A 1PNJA 2V1RA 5FW9A 2JM8A 4RUGA 2ED1A 4F5AA 1MUZA 1QG1E 1UURA 2CI9A 1VYUA 4GLMA 4IIMA 1K1ZA 3A98A 2O31A 1MILA 2IZVA 3SEMA 2E5KA 1JXOA 1X2QA 1NM7A 2KXCA 3EHRA 1AOTF 1O4CA 2EYZA 2RQUA 2NWMA 5D0JA 2GSBA 3JV3A 1UECA 1AWOA 2J6FA 1SEMA 3VGOA 2LZ6B 1T0JA 1KFZA 2VKNA 4CC4B 1BM2A 1IS0A 4JGHA 2EYYA 4ORZA 1QWEA 3ZNIA 2ESWA 5GJHA 1K9AA 2L3SA 2ECZA 2B86A 3CQTA 3QWXX 2KT8A 4CC2A 1KC2A 1RJAA 2KK6A 5DC4A 1RLPC 3S8LA 3GXXA 1UJ0A 3VROA 2KGTA 1M27C 3UF4A 5FWCA 4AFSC 2AZSA 1Y0MA 2YDLA 1O4FA 4A63B 1D1ZA 1F1WA 1MV3A 1AYDA 1RLQC 2ETZA 1TG0A 1JU5A 1O4QA 4EIHA 5GJVB 1BG1A 1AD5A 2O9SA 1AZEA 2JXBA 1RUWA 2FEIA 1I07A 1XA6A 2K6DA 2FPEA 3CBLA 2ED0A 5AULA 2RPNA 2EYWA 1V1CA 1O4AA 1X6CA 4K2RA 1BK2A 1O49A 3CD3A 3T04A 3PVLA 2A37A 1LKLA 2DX0A 2HDVA 1YP5A 1RI9A 4Z88A 3PLFB 3ZL7C 2J6OA 2KRMA 1M3CA 3I9QA 4Z89A 1O45A 1PWTA 2K7AA 1AEYA 2EYVA 2H5KA 1QLYA 3IN8A 1GFDA 3M0TA 1EFNA 3M0SA 2OZOA 5EHRA 1O47A 4ZNXA 1SHDA 1AVZC 3QWYA 1WDXA 3CXLA 2F2XA 2A36A 5KAZA 2O9VA 3VS3A 1SRLA 2VVKA 4DEYA 1SPSA 3PSJA 2ABLA 4M4ZA 3REBB 2I0NA 1BBZA 3PE0A 2BBUA 1A07A 4HVWA 2KYMA 2RQVA 1NYGA 4AG2C 1UGVA 2O2OA 1OEBA 2EL8A 2DL4A 4X1VA 2K3BA 1ZUYA 2AK5A 1JXMA 2BTTA 2QDLA 4FL3A 3MXYA 3I5SA 3TVTA 1BKLA 1JYUA 1O4KA 1SKJA 3OVEA 1CSKA 1T0HA 2EPDA 4H34A 2MCNA 3S8NA 3UATA 3BUNB 1U5SA 1PKSA 1W6XA 3I35A 3IQLA 1TCEA 1O43A 2PLDA 1O41A 1AOJA 2JW4A 2KBTA 2KR3A 1QKXA 1SRMA 2BZYA 3THKA 1BMBA 1O4MA 3HIZB 1UE9A 4WCIA 2CIAA 1JYRA 1T3LA 4EY0A 1H8KA 3S9KA 3N7YA 2RSYA 1TUDA 1MW4A 3LH5A 2DMOA 4F14A 1JWOA 2DF6A 2MQIA 3GBQA 1GRIA 2L3TA 2GTOA 2YUQA 1YN8A 1A1AA 1FYRA 2DYBA 1KIKA 4F59A 1YVLA 1ZX6A 2M51A 3RBBB 4OHEA 3H0IA 1LUIA 3BUWB 3NMZC 1O42A 4ROJA 4JEGA 1ARKA 3EG3A 4Z8AA 2GE9A 1WXUA 2FRWA 2DX1A 2JS0A 2VWFA 1GBRA 2DLZA 2FO0A 1M30A 1GHUA 5AXIA 5IHIA 1KA7A 1ZLMA 1R1QA 1SPKA 2FPFA 2EOBA 1ZSGA 2J05A 2DL3A 1YNZA 4P9VA 1OO3A 2PNBA 2H46E 1PICA 2AZVA 4K11A 2EVRA 1O46A 2CH4A 5HCKA 1BHHB 1SPRA 3SHWA 1E7OA 4P9ZA 1OO4A 4GPLB 1SHGA 4DGPA 3M0QA 2KXDA 3KFVA 2X3WD 4E93A 3HHMB 1UUEA 1ABQA 3EHQA 3VRZA 4U17A 1GL5A 1SHAA 2JS2A 1NZLA 3ULRB 1UG1A 1HJDA 2DRMA 1NLPC 2LJ3A 1LCJA 2Y1NA 1AZGB 1HD3A 2YT6A 3N8MA 2EGEA 4E68A 4DEXA 3OP0A 1NLOC 2PNAA 2JMAA 2C0OA 1NRVA 4JJBA 1AWXA 2YU7A 2ECDA 5BO4A 1CKAA 2RQWA 4LE9A 2FCIA 4JZ3A 2OQ1A 4XZ1A 1AYBA 5IHKA 1G2BA 2K9GA 3VS1A 2CT3A 3HCKA 1O4GA 3VRRA 1BB9A 1HCTB 1A1CA 3MAZA 1OV3A 2L0AA 2XP1A 1CSYA 3VRNA 1WI7A 1P13A 1SSHA 4EIKA 4HVVA 2DE0X 1LCKA 1T3SA 3EG0A 1AWWA 2V1QA 3IMDA 1OPLA 2Y1MA 4AFQC 2L3QA 2DL8A 1TUCA 2SEMA 2CUBA 3M0RA 4JJCA 1B3QA 1ABOA 1K76A 4RTUA 5HKWA 2MRJA 1CWEA 2JMCA 2OJ2A 3H0HA 2DJQA 4F16A 4H1OA 3GQIB 4F17A 2D8JA 2F2WA 2KNBB 1UHCA 1YWOA 2KRNA 2RMOA 1JU5C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BI4A 2YWWA 3UT1A 3H0FA 1WHGA 1R0BG 2CGHA 3A8LB 2EBPA 3JCMh 3L2RA 5A0DA 4LDWA 1IREB 1O48A 3VRQA 3C4SA 2PNIA 4C8QG 1OPKA 2HBWA 4HXJA 1NPPA 4RTTA 1O4DA 1U3OA 4DGXA 2K79B 4RCBA 4M75C 3MXCA 2MIOA 5CDWA 1M3AA 1UJYA 5CK9A 2DD5A 3JCMQ 1LKKA 4PJOE 1IO6A 1NPRA 2NLUA 2DZ9A 2X4WA 4OMLA 1MGQA 1O4BA 2MWOA 2KAFA 1TXQA 4B9XA 3M9QA 2F69A 3E2UA 2EWNA 3GNFB 1BFJA 1O4LA 3PS5A 2ZPHB 2IVWA 3CPWA 3G1JA 1ZSZC 1BCMA 2YUPA 2DBMA 3JCMc 4AFZC 1Y07A 1K0SA 4QW2A 3V7CA 4LUDA 1NEGA 1B47A 2EO3A 3WA4A 2D9TA 3RMSA 2A08A 3CBMA 2OAWA 3QIIA 3FC3A 1H3HA 4BI3A 5J39A 4FYYB 3M59A 1U1TA 2RK2A 1MMNA 3A1PA 2KYBA 5CQYA 1QVFP 2WSFE 2CS7A 4QVCA 3M55A 1AT1B 5GANf 1E6GA 2Y90A 3CCQT 5CKEA 3S3OA 3V8JA 4J6XA 5FU7B 4JE4A 2FPDA 3CMAT 1TUGB 2CZ6B 2RHXA 4F7UF 2IUHA 3DKMA 3QZ9B 4C92D 1FYNA 2MK2A 1PRMC 4FCYA 3EGUA 1JJ2P 1VYVA 5HKYA 4IIOA 1S1NA 4LXCA 5J3XA 2QA4A 2P4RA 3FIFA 2R5AA 3OS0A 5CKBA 4JRPA 4IUTA 3KXTA 2DXTA 3EG2A 1SHFA 2E3IA 2XG8D 3CC4Q 2F5TX 4OB3B 1NJIR 2DFUA 2QEXA 4J9BA 4X34A 3K2MA 5I11A 4XTXA 2DXCA 3PJPA 3Q1JA 2O4XB 3UYOA 1OU8A 1VQKT 1VQOQ 4J9FA 1A1EA 1H9OA 3NTKA 3RIRA 1EZZB 2GQIA 2ROLA 4KGZB 4M78E 1WXTA 3OYCA 2IIMA 4FBNA 2JM9A 4N4IA 2DO3A 2X4JA 4C8QA 3RNJA 1VQ5T 1RABB 1QCOA 4IUQA 4J9EA 3SFMA 5IXFA 1X6BA 2C9WA 2DBKA 4M7AB 2RJDA 2GBQA 2RJEA 1CJ1A 2PLEA 2EU0A 3M4GA 5EHPA 5GMKl 4NS5A 3INZA 2V26A 3K2TA 1M2VB 4HCKA 5LJ5d 5IH2A 1XOVA 3R6NA 1H3ZA 1PSFA 4L6V5 2HMAA 3E9FA 4M78B 4OHHA 1O4EA 2DCRA 4D8DA 2R57A 1O4IA 3WXMB 2F2VA 3OYFA 3VS5A 2A0FB 2QEXQ 1A08A 1IZ6A 4ELYC 1O44A 2RI3A 1WJQA 3OQ5A 4E7SA 4RTXA 1QVFA 1D4WA 1M8MA 1RAHB 2HDAA 3VUBA 1FU5A 1C6VX 1LUNA 2AIRB 1QKWA 2RF0A 1WHLA 2GQVA 4R55A 5KYWA 2YUOA 3V8LA 2KE9A 1M90U 1UFFA 2PVOB 4O6JA 3OYYA 2DYIA 2BE9B 2EJGA 5KYUB 1Q82C 4OB0B 2DILA 2L3PA 1JJ2A 3PFVA 2RM4A 3MJXA 5EG3B 2C0IA 4TZIA 4PFZA 3CCLA 1NBEB 2EO6A 1Y96B 1RI0A 3UA6A 3QXEB 2VB6A 3BFMA 1Q7YU 3SWNB 1G3SA 1TU0B 1K1ZA 4IIMA 3TCJA 2IZVA 1TS9A 1VQ8A 3RESA 1Y71A 3EHRA 1O9SA 2EYZA 2GSBA 3JV3A 2XDBA 2J6FA 1SEMA 3FJPA 2DEUA 1I5LA 1T0JA 4DBRA 2KY9A 5FU6C 2WACA 2KK6A 4C0ZA 5GMKj 2JTFA 3MCAB 5FWCA 4AFSC 2AZSA 4NOYA 2O01E 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1SHA A;  2JS2 A;  1NZL A;  3ULR B;  1UG1 A;  1HJD A;  2DRM A;  1NLP C;  2LJ3 A;  1LCJ A;  2Y1N A;  1AZG B;  1HD3 A;  2YT6 A;  3N8M A;  2EGE A;  4E68 A;  4DEX A;  3OP0 A;  1NLO C;  2PNA A;  2JMA A;  2C0O A;  1NRV A;  4JJB A;  1AWX A;  2YU7 A;  2ECD A;  5BO4 A;  1CKA A;  2RQW A;  4LE9 A;  2FCI A;  4JZ3 A;  2OQ1 A;  4XZ1 A;  1AYB A;  5IHK A;  1G2B A;  2K9G A;  3VS1 A;  2CT3 A;  3HCK A;  1O4G A;  3VRR A;  1BB9 A;  1HCT B;  1A1C A;  3MAZ A;  1OV3 A;  2L0A A;  2XP1 A;  1CSY A;  3VRN A;  1WI7 A;  1P13 A;  1SSH A;  4EIK A;  4HVV A;  2DE0 X;  1LCK A;  1T3S A;  3EG0 A;  1AWW A;  2V1Q A;  3IMD A;  1OPL A;  2Y1M A;  4AFQ C;  2L3Q A;  2DL8 A;  1TUC A;  2SEM A;  2CUB A;  3M0R A;  4JJC A;  1B3Q A;  1ABO A;  1K76 A;  4RTU A;  5HKW A;  2MRJ A;  1CWE A;  2JMC A;  2OJ2 A;  3H0H A;  2DJQ A;  4F16 A;  4H1O A;  3GQI B;  4F17 A;  2D8J A;  2F2W A;  2KNB B;  1UHC A;  1YWO A;  2KRN A;  2RMO A;  1JU5 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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