3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Signaling protein
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
1E7OA 2ABLA 1O4AA 4OMLA 1F2FA 5EHRA 3K2MA 5GJVB 2JMCA 4FL2A 1OV3A 4KRTA 2OAWA 5GJIA 2C0TA 4Z8AA 1WQUA 5HCKA 1UUSA 1OPLA 2DM1A 4CC4B 1YVHA 1TCEA 3TVTA 2B3OA 2CUDA 5DC4A 1FBZA 3PFVA 3H0IA 3OB2B 1KJWA 3EG0A 2O2OA 1AYAA 1O47A 2H46E 3VS2A 2KRMA 1TZEE 1AWJA 4DGPA 3VRPA 2LX7A 3MXYA 1X6GA 2DRMA 3FJ5A 5D0JA 1UG1A 1P13A 1QWFA 1KFZA 1U3OA 1JEGA 1BU1A 2PZ1A 3CWGA 2ED0A 1RQQC 1QKWA 1VA7A 4HXJA 1D4TA 1YNZA 2RF0A 3IN7A 2BZXA 1A07A 1PKSA 2PTKA 2DCRA 2Y1NA 2JW4A 2V1QA 2RSYA 3M0UA 3VGOA 2D1XA 1ZBJA 1NZLA 4XZ0A 2FPDA 2XMFA 1HD3A 4ORZA 4JJDA 3CXLA 2K9GA 5I11A 1WDXA 1WI7A 4K45A 1VYVA 2RQTA 3TSWA 3TSZA 1SKJA 1O4IA 3EAZA 4FL3A 2VIFA 1I07A 1M27C 2AK5A 3IQLA 2L3SA 2RN8A 3REBB 1A08A 1LKKA 2BBUA 1BHFA 2DLYA 4U1PA 2ENMA 2K7AB 1ZFPE 4OMOA 1GBQA 2LQNA 2DBMA 2KYBA 2K7AA 4ESRA 1WIEA 2A36A 2K3BA 4J9BA 2RORA 3M7FA 3QWYA 2MRKA 2IZVA 2KR3A 3H0HA 2L3QA 3A98A 1M27A 1SPKA 4AFQC 1QKXA 5FWCA 5IH2A 1HJDA 5CDWA 4OMQA 2EU0A 1O41A 1AZEA 1RI9A 2O9SA 2RMOA 4DEXA 2OZOA 3TKZA 2GTJA 4RTXA 3US4A 1JU5C 3NGPA 3C7IA 4DEYA 2X3WD 1TUDA 1G83A 1H9OA 2MRJA 3PJPA 1G2BA 1BM2A 1YVLA 1ABQA 1OO4A 4A63B 1PNJA 5HKWA 1GCQC 2C0OA 2M0YA 1K76A 2D8HA 3NPFA 1HCSB 4OMPA 2DE0X 1RJAA 2EKXA 3VRQA 4EIHA 1BF5A 1NEBA 2EPDA 1JU5A 2ROTA 5DC9A 1XA6A 1M8MA 3TL0A 1JXMA 1S1NA 4X1VA 1NM7A 2CUBA 2DL4A 1O4CA 1GCQA 4D8DA 2PNAA 1SRLA 1O4DA 1UE9A 3NHNA 1U06A 2LP5A 3N84A 1O4QA 5EC7A 1M3AA 2EKHA 3KFVA 5HKYA 2CI8A 1T3SA 5IXFA 3IMJA 5HKZA 1X6BA 1LUMA 2ESWA 2EGEA 1A1CA 2K79B 4RUGA 1JYQA 2DX0A 2EO6A 2LZ6B 1CSYA 4LE9A 2QDLA 4E68A 2K79A 1O4OA 2JM9A 1AD5A 2K6DA 2KBTA 2HSPA 3SEMA 2X3XD 3BUOB 1M61A 5I22A 2XP1A 1VYUA 2DL3A 2K2MA 1A1AA 2GBQA 1O4LA 3S8NA 1W1FA 3S8OA 4RTTA 1QG1E 3M0RA 1SHBA 2MC1A 4JGHA 1E6HA 1BHHB 4U17A 2J6KA 2IIMA 1FHSA 2LMJA 1FMKA 2SEMA 1BHHA 4RTYA 3UATA 3VRNA 3VS7A 2LJ0A 3LH5A 1NYGA 2LJ1A 1O4RA 1O42A 1FU5A 1QADA 2HDAA 2DBKA 4J9DA 2RVFA 1BLJA 3I35A 4J9HA 4JZ4A 1CWDL 2OJ2A 1QCFA 4AFSC 2A08A 4LNPA 2CH4A 1TG0A 2KK6A 1AOUF 2DF6A 4OMNA 2LNWA 1GRIA 2AKKA 1NZVA 5KAZA 4EY0A 2CH4W 2QMSA 3VROA 1Z9ZA 1X43A 4DGXA 2DRKA 1MW4A 2KRNA 2CT4A 1KIKA 1PHTA 2YU7A 1SHDA 2MCNA 4GPLB 3SHWA 2JMAA 4HVWA 2ED1A 1X2KA 5L23A 1GHUA 1K1ZA 2YDLA 1AWXA 1MV0B 2J05A 4X6SA 2D0NA 2AZVA 4GL9E 5GJHA 2GGRA 2BZYA 1SRMA 4EIKA 1LUKA 1NLPC 1O49A 2VVKA 2AOBA 4IIMA 4A4BA 3I5RA 1CKAA 1AOTF 1UFFA 2KNBB 1D4WA 2OI3A 2HDVA 3ZL7C 3M0TA 2RMXA 4OHDA 2CDTA 2I0NA 4Z89A 2RQVA 2AKLA 2PLEA 5AULA 1UDLA 1AYBA 1O4BA 2IUIA 1K0XA 4J9EA 2GTOA 4JPBW 1BFJA 1YWPA 2YSXA 3BUNB 2DJQA 1BB9A 4QT7A 2JM8A 5GJWB 1M3BA 4OMMA 3BUMB 1AEYA 1SHAA 1AVZC 2OQ1A 5EG3B 2DILA 1JQQA 1BLKA 3HIZB 4NWFA 1AOJA 2O31A 1AZGB 1WFWA 2SHPA 2CS0A 3RBBB 3VS0A 3OVEA 2W10A 1YCSB 2PLDA 1X27A 4J9IA 2Y3AB 1UGVA 2AUGA 2RQRA 1H8KA 3CQTA 2CBLA 1KA6A 1O4NA 4RTVA 1OPKA 1X0NA 1UECA 1GCPA 5FW9A 1UURA 3T04A 1SPRA 2HUWA 4F5AA 4HCKA 2KE9A 4Y92A 4AG1C 4JJCA 4LUEA 3IN8A 4F5BA 2J6OA 1A1BA 2JS0A 2FPEA 4NWGA 3H0FA 2G6FX 4A4CA 2KT8A 3EHRA 3BKBA 3VS3A 3EG2A 3C0CA 2DNUA 2HEQA 2J7IA 3VRZA 1PRLC 1BKLA 1CJ1A 1O44A 4H34A 1W6XA 3M0SA 3QWXX 2DX1A 1PKTA 2ECDA 2IUGA 2A37A 4Z88A 2C0IA 1R1SA 4GLMA 2LNHB 2DM0A 4AG2C 1Z3KA 2KEAA 2RNAA 4J9CA 4CC7A 1I0CA 2JXBA 2HCKA 2YUPA 2O88A 2IUHA 1GL5A 5IBSA 4E93A 2EYVA 5DF6A 1Z9QA 2YUNA 2KRSA 1O4JA 2AZSA 2YUOA 2EGAA 1ZSGA 1N5ZA 2ECZA 4OHLA 3MXCA 1IS0A 2DLZA 4TZIA 5EELA 2CIAA 4RTUA 1LUIA 1F1WA 2RQWA 3WA4A 2L0AA 1BBZA 1O4MA 4JE4A 1O45A 1K4US 2F2XA 2CREA 3UF4A 1A0NB 3S8LA 2LCTA 3VRRA 2EQIA 4LUDA 2JYQA 1I3ZA 1KA7A 3EGUA 2DL7A 1JO8A 2J6FA 5ECAA 1A81A 2EBPA 2GNCA 2CI9A 1AWOA 2F2WA 1NEGA 2YUQA 1ZUUA 1BK2A 1ARKA 3GXXA 1YP5A 2YSQA 2HMHA 1MUZA 3O5ZA 1WYXA 1O4PA 2F2VA 4L1BB 2KGTA 1IO6A 1R1PA 2KROA 2RPNA 1O4FA 3UYOA 1AYCA 2FRYA 4OHEA 3CBLA 3VS4A 1GFCA 2BZ8A 1WLPB 2FO0A 3PVQA 4D8KA 3GXWA 1HSQA 1YWOA 4M4ZA 2L2PA 1UJYA 1HCTB 4J9FA 2PNBA 2EOBA 1PRMC 2B86A 3PQZA 2DYBA 1O4EA 1PICA 2J06A 2BTTA 1SHGA 1FYNA 2CSQA 4WWQA 4JZ3A 2NWMA 1QLYA 1UUEA 1UHFA 1ZUKA 1KSWA 1AYDA 2MQIA 3KFJA 4JEGA 2DL8A 4HVUA 2LQWA 2MOXA 1JYUA 1BG1A 3H41A 4OHHA 2DA9A 2L6KA 1NRVA 1UJ0A 1GFDA 1SPSA 1JWOA 2FPFA 1NLOC 2H5KA 1D1ZA 2FCIA 2VKNA 1ZLMA 1K9AA 2NUZA 3UA6A 5IXBA 5AXIA 4XZ1A 4K44A 3ULRB 1W70A 3EG1A 2JT4A 3UA7A 2L4KA 2EL8A 1WXTA 2GE9A 2CT3A 1UTIA 4K2RA 4AFUC 1J3TA 1LCKA 2FG0A 1T0HA 2RQUA 1NG2A 1Y0MA 1O43A 3VS5A 2DVJA 2CRHA 1WX6A 3HCKA 1B07A 5EHPA 1WA7A 2L3PA 2KNOA 2PNIA 1YN8A 1AB2A 1PWTA 1FU6A 2A28A 4FBNA 2JS2A 2MIOA 1SEMA 1VYTA 1M30A 2DLPA 3OB1B 4OHIA 2AOAA 4CC2A 3EACA 5EEQA 1GBRA 2EYYA 1K0SA 1BKMA 1LCJA 4GWFA 1O4GA 1H3HA 1NYFA 1X6CA 3THKA 4K11A 1OEBA 1TUCA 1O4KA 4J9GA 2LJ3A 4FSSA 1U5SA 5IHIA 1B47A 1V1CA 3ZNIA 1RUWA 2EW3A 5FWBA 3M0QA 1LUNA 1WXBA 2DL5A 4F59A 1AWWA 3OV1A 4IIOA 2D8JA 1R1QA 3EG3A 2YT6A 1A1EA 4HVVA 3PLFB 3PSKA 2GQIA 3PE0A 1T3LA 1X2QA 4P9VA 2JTEA 2HBWA 2VWFA 3GQIB 3R6NA 2EVRA 2EGCA 1MV3A 1FYRA 1O46A 1ZX6A 2KYMA 1RLQC 3OP0A 3VRYA 3N8MA 3REAB 1RLPC 1KC2A 1X69A 2H8HA 2E5KA 2FEIA 4P9ZA 3NMZC 2MK2A 2EYZA 2M51A 1H92A 4R0KA 4QSYA 2DMOA 3U23A 4AFZC 3BUWB 4H1OA 1XOVA 1SHFA 4F14A 1EFNA 4CC3A 4RTZA 3MAZA 1Y57A 1B3QA 2KXDA 1JXOA 3I9QA 2EYWA 1SSHA 2O9VA 2KXCA 2SRCA 3I5SA 2W0ZA 1M3CA 5IHKA 2V1RA 3PVLA 1RPYA 2P4RA 1Y1UA 2Y1MA 3BUXB 1E6GA 2EO3A 3VS1A 1BMBA 4WCIA 4JJBA 1UHCA 4F16A 1CSKA 1I1JA 2LNXA 2L3TA 5J3XA 2HDXA 3RNJA 5DC0B 3M0PA 4ZNXA 4RTWA 2KT1A 2LCSA 2ROLA 2EYXA 1IJRA 3HHMB 4ROJA 5IBMA 1A09A 3IMDA 3PSJA 2CR4A 1CKBA 3EHQA 2C9WA 1ZUYA 3N7YA 5IHNA 1JYRA 4F17A 4GBQA 1MILA 2GSBA 3JV3A 1CWEA 1O48A 1QWEA 5BO4A 1BFIA 1FBVA 3VS6A 3CD3A 1T0JA 3S9KA 5I6VA 2CSIA 1WXUA 1OO3A 3PS5A 4LN2A 1LKLA 2FRWA 3GBQA 1O4HA 1ABOA 1OOTA 4E6RA 2ETZA 1CSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJ9T 1F2FA 1OV3A 3H6ZA 1KQ2A 3OYAA 5GJIA 2C0TA 2KMTA 5HCKA 1UUSA 1YVHA 2QQSA 2RJDA 3PFVA 3OB2B 1KJWA 3EG0A 2O2OA 4ZN3A 2H46E 2XI9A 1AWJA 3SD4A 3GIBA 2QXFA 3OYEA 2DRMA 3FJ5A 3MP1A 1UG1A 1P13A 1QWFA 2V8JA 3EGDB 3L2UA 1BIAA 4KT0E 1Q86U 2JZ2A 4KULA 3FIFA 3OMCA 4HXJA 1D4TA 1U8RA 3JB9G 2YRCA 2DCRA 1A07A 3CCUQ 4B6MA 2Y1NA 2JW4A 2E65A 3VGOA 1Q7YC 3PTAA 2EKOA 2OTLQ 3E19A 2NYSA 3KUFA 4ORZA 3LLRA 3M4GA 1JJ2A 3JB9H 1EX4A 1WDXA 4K45A 2RQTA 2GFUA 1QCOA 5D6XA 4BB7A 2BE7D 3LGFA 3TU4K 4M78B 2L3SA 2RN8A 1A08A 2NLUA 2ENMA 2K7AB 3WVEB 3CPWS 4BDZA 2LQNA 2DBMA 4ZGJB 4O5VA 1YITA 2RORA 4J9BA 3I56T 5IAYA 4EMHA 2GQVA 3G7ZA 4M77A 3JCMJ 4FIBA 4F7UB 3SWNC 5CDWA 2DYIA 2YLBA 4M78E 1SSFA 2GTJA 2FZKB 3US4A 2P0PA 2EFIA 3JCMV 1Q81C 1G2BA 1YVLA 5DY9A 4A63B 1PNJA 4JS5A 1VQ5A 4HCCA 2C0OA 2HZYA 1K76A 4C8QD 3NPFA 1HCSB 2DE0X 4ELYC 4E47A 4J7FA 1NEBA 1JU5A 3OW2A 2IG0A 2CUBA 1YIJA 2QAZA 1O4CA 1GCQA 4D8DA 4FL6A 1O4DA 1WJRA 1UE9A 1U06A 3CCMQ 2E3HA 3KFVA 4KH1B 4MDWA 2CI8A 1T3SA 3BFMA 3N5BB 2EGEA 2K79B 2K3XA 4M7AD 2QEXT 1CSYA 2QDLA 1X6OA 3HRSA 1O4OA 2JM9A 3JSCA 1QVGS 2K6DA 2HSPA 2L5QA 2XD0A 1M61A 1UGQB 1YI2A 4E7HA 5KE2A 2RJEA 3S8OA 3M0RA 2MC1A 2CP5A 1OX8A 1E6HA 4U17A 2J6KA 1TWBA 2SEMA 2I2LA 2MMPA 3EFSA 2LJ0A 4R56A 5IT9E 3QDFA 4X34A 3EAEA 2OTJA 4E7IA 2QK0A 4JDSA 2QTXA 3I35A 1VQ9T 1BLJA 4AFSC 2CH4A 1B7TA 2DF6A 4N0AC 3A8LB 3CMET 3OYHA 5CKFA 3CCLQ 5KYUA 4A4GA 3E2UA 2DIQA 1SHDA 4PJMA 3URGA 5KH6A 4HVWA 1K1ZA 1MV0B 1RI0A 2D0NA 3QIIA 4EIKA 4Y28E 5CKDA 1D4WA 1VQ4T 2OI3A 2HDVA 3ZL7C 2R58A 3X26B 4Z89A 2XIDA 4LDVA 2QG9B 2FZGB 2AKLA 1TS9A 1UDLA 1AYBA 3E1SA 3Q1JA 4M75D 1K0XA 2EQKA 4JPBW 3CCQQ 4BACA 1D3BB 2M16A 2DJQA 1BB9A 1WGSA 1M3BA 4MZTA 5EG3B 1AVZC 4C8QG 1JQQA 3HIZB 1AOJA 2X4XA 3CCJA 2CS0A 1KG1A 2QA4T 4C8QE 2XDPA 5A0GA 1WHHA 1RAGB 2Y3AB 2AUGA 5GAOp 2H3EB 1KQ1A 4J6YA 1GCPA 3CC7A 5FW9A 2HUWA 4F5AA 1R8OB 4AG1C 1G3TA 2CKKA 2F5TX 3HSBA 4F5BA 1HYOA 1VIFA 2JS0A 4M7AE 4XK8E 3BKBA 3RMSA 3CCET 2HEQA 1CJ1A 1VQOQ 3QJ6A 1W6XA 3QWXX 3H8ZA 1PKTA 2JTMA 3C12A 4GLMA 2DM0A 2EIFA 2RNAA 3GLXA 4PK4A 5KCOA 1ZSZC 1YJNA 2HCKA 4E93A 3RR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QSU A;  3U23 A;  1XOV A;  1B3Q A;  1JXO A;  5FRM A;  1SSH A;  2O9V A;  3I5S A;  3JCM P;  2FHD A;  1G3Y A;  1RPY A;  3G6E T;  4F16 A;  1IRX A;  2LNX A;  1Q81 U;  1UEB A;  2RK2 A;  2R5M A;  5DC0 B;  3OY9 A;  3M0P A;  3CEY A;  2OAU A;  3X20 B;  4XTV A;  3EFO B;  3BE3 A;  3IMD A;  2HSE B;  4OB1 B;  1IHV A;  1CKB A;  1ZUY A;  5IHN A;  2EJ9 A;  4OF1 A;  2L89 A;  1QCN A;  2M9U A;  1BFI A;  1Q82 R;  1FBV A;  1T0J A;  3OS2 A;  3PS5 A;  2QQR A;  1O4H A;  1CSZ A;  4OGC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1E7O A;  2ABL A;  1O4A A;  4OML A;  1F2F A;  5EHR A;  3K2M A;  5GJV B;  2JMC A;  4FL2 A;  1OV3 A;  4KRT A;  2OAW A;  5GJI A;  2C0T A;  4Z8A A;  1WQU A;  5HCK A;  1UUS A;  1OPL A;  2DM1 A;  4CC4 B;  1YVH A;  1TCE A;  3TVT A;  2B3O A;  2CUD A;  5DC4 A;  1FBZ A;  3PFV A;  3H0I A;  3OB2 B;  1KJW A;  3EG0 A;  2O2O A;  1AYA A;  1O47 A;  2H46 E;  3VS2 A;  2KRM A;  1TZE E;  1AWJ A;  4DGP A;  3VRP A;  2LX7 A;  3MXY A;  1X6G A;  2DRM A;  3FJ5 A;  5D0J A;  1UG1 A;  1P13 A;  1QWF A;  1KFZ A;  1U3O A;  1JEG A;  1BU1 A;  2PZ1 A;  3CWG A;  2ED0 A;  1RQQ C;  1QKW A;  1VA7 A;  4HXJ A;  1D4T A;  1YNZ A;  2RF0 A;  3IN7 A;  2BZX A;  1A07 A;  1PKS A;  2PTK A;  2DCR A;  2Y1N A;  2JW4 A;  2V1Q A;  2RSY A;  3M0U A;  3VGO A;  2D1X A;  1ZBJ A;  1NZL A;  4XZ0 A;  2FPD A;  2XMF A;  1HD3 A;  4ORZ A;  4JJD A;  3CXL A;  2K9G A;  5I11 A;  1WDX A;  1WI7 A;  4K45 A;  1VYV A;  2RQT A;  3TSW A;  3TSZ A;  1SKJ A;  1O4I A;  3EAZ A;  4FL3 A;  2VIF A;  1I07 A;  1M27 C;  2AK5 A;  3IQL A;  2L3S A;  2RN8 A;  3REB B;  1A08 A;  1LKK A; 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 1T3S A;  5IXF A;  3IMJ A;  5HKZ A;  1X6B A;  1LUM A;  2ESW A;  2EGE A;  1A1C A;  2K79 B;  4RUG A;  1JYQ A;  2DX0 A;  2EO6 A;  2LZ6 B;  1CSY A;  4LE9 A;  2QDL A;  4E68 A;  2K79 A;  1O4O A;  2JM9 A;  1AD5 A;  2K6D A;  2KBT A;  2HSP A;  3SEM A;  2X3X D;  3BUO B;  1M61 A;  5I22 A;  2XP1 A;  1VYU A;  2DL3 A;  2K2M A;  1A1A A;  2GBQ A;  1O4L A;  3S8N A;  1W1F A;  3S8O A;  4RTT A;  1QG1 E;  3M0R A;  1SHB A;  2MC1 A;  4JGH A;  1E6H A;  1BHH B;  4U17 A;  2J6K A;  2IIM A;  1FHS A;  2LMJ A;  1FMK A;  2SEM A;  1BHH A;  4RTY A;  3UAT A;  3VRN A;  3VS7 A;  2LJ0 A;  3LH5 A;  1NYG A;  2LJ1 A;  1O4R A;  1O42 A;  1FU5 A;  1QAD A;  2HDA A;  2DBK A;  4J9D A;  2RVF A;  1BLJ A;  3I35 A;  4J9H A;  4JZ4 A;  1CWD L;  2OJ2 A;  1QCF A;  4AFS C;  2A08 A;  4LNP A;  2CH4 A;  1TG0 A;  2KK6 A;  1AOU F;  2DF6 A;  4OMN A;  2LNW A;  1GRI A;  2AKK A;  1NZV A;  5KAZ A;  4EY0 A;  2CH4 W;  2QMS A;  3VRO A;  1Z9Z A;  1X43 A;  4DGX A;  2DRK A;  1MW4 A;  2KRN A;  2CT4 A;  1KIK A;  1PHT A;  2YU7 A;  1SHD A;  2MCN A;  4GPL B;  3SHW A; 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