3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
b'NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Signaling protein
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
4AFSC 1CKAA 3H41A 3IN7A 4OMOA 1JYUA 4OHIA 1YCSB 2CRHA 2D1XA 2RF0A 1JEGA 3BUMB 4FL3A 4P9ZA 2FPEA 2CI8A 2C0IA 1U5SA 4WCIA 1KJWA 2EYWA 3BUXB 2F2XA 1I0CA 2EQIA 1ZFPE 1AYDA 1WX6A 5IHNA 2LJ1A 3BUWB 2PNIA 2L4KA 2LP5A 1A1CA 4CC3A 5IXBA 4X1VA 2EYXA 1NLOC 5EC7A 2ED1A 2FG0A 1OO3A 1QWEA 2QDLA 2LNXA 2ROTA 1A1AA 1X43A 4H34A 4R0KA 1T0HA 1TUCA 5AXIA 2JYQA 2RMOA 2LQNA 3NMZC 1IO6A 2DL3A 2L0AA 1B07A 4AFQC 1F2FA 3U23A 1O4BA 2OQ1A 3EACA 2H8HA 4E68A 1ZUYA 1OV3A 1AWOA 5DC9A 1YVHA 1PRLC 4WWQA 2MQIA 1M27C 2EYVA 2RQVA 1VYUA 1KA6A 1ZLMA 1KFZA 2FPFA 1A1EA 2YUPA 2KXDA 1UUSA 2RQUA 2VVKA 1A08A 2JTEA 2C0OA 4RTXA 1ABOA 3BUNB 1LUKA 2CT4A 2X3WD 3H0HA 1J3TA 4OHLA 3UF4A 2GTOA 1I3ZA 1BLKA 1AOJA 1M30A 1CWDL 3WA4A 1ZBJA 1I1JA 1SRMA 2KRSA 1OOTA 4ORZA 1WDXA 3US4A 5KAZA 2H46E 2EKHA 4RTTA 1O4OA 2O9SA 3HCKA 1NYGA 2EYZA 1YP5A 2LNWA 5I22A 2CI9A 1O4RA 2SHPA 1MV3A 5FWBA 2GQIA 1Z9QA 2J6FA 2A36A 1XA6A 2DL7A 3I35A 2KNBB 1M8MA 4H1OA 4JJBA 1K0SA 1JU5C 2VIFA 1FBZA 5HKWA 5CDWA 2G6FX 2L3SA 3TKZA 5IBSA 1GBQA 2EKXA 1PWTA 1O4PA 5DC0B 2BTTA 3I5SA 3VS2A 4CC7A 1X69A 3EGUA 1O4IA 2DCRA 4JJCA 2DILA 1TZEE 1E6GA 2W10A 2E5KA 1O4AA 4DGXA 2BBUA 2P4RA 2L2PA 4OMQA 1B3QA 1FYNA 2KK6A 4LE9A 3O5ZA 2JS0A 2VWFA 2GE9A 4Z89A 2AOBA 1X0NA 1G83A 2JMAA 2LZ6B 4F59A 2YSXA 1W6XA 2KR3A 2YUNA 4A4CA 2RQRA 3RNJA 4CC2A 5DC4A 1UJYA 4HCKA 2DNUA 2DLPA 3PSKA 2JS2A 3UA7A 2CDTA 1ARKA 1CKBA 4JEGA 1CSYA 1LKKA 2GSBA 2LJ3A 1O47A 3TVTA 2OI3A 2A28A 1SHDA 1CSZA 1SEMA 3PVQA 1SPKA 5IXFA 2KRNA 1AB2A 5IHIA 2JM9A 2ED0A 1BFJA 2HCKA 1U06A 1TCEA 1A81A 4F16A 4J9FA 1CSKA 2AK5A 1GFCA 1O49A 1QKWA 1X2KA 3M0QA 2RMXA 4F5AA 3UATA 2CIAA 2XMFA 2DX0A 3LH5A 1Z3KA 4JJDA 1O42A 2HEQA 3SHWA 4U17A 1FMKA 4QT7A 1EFNA 4IIOA 1BHFA 1MILA 2YT6A 1GHUA 4JE4A 1PHTA 3NGPA 1YWOA 1K9AA 1MW4A 1UE9A 1Y1UA 1BLJA 2HUWA 1GCQC 1RPYA 1IS0A 1BK2A 1SHFA 1LUIA 2HDVA 1KIKA 3IMJA 1O4CA 4L1BB 1SHBA 2AKKA 2AUGA 2EL8A 3S9KA 1O4JA 1JO8A 1JU5A 3REAB 1VYTA 1B47A 1GL5A 1X2QA 1TUDA 3VGOA 3REBB 2LX7A 1N5ZA 4ESRA 2K2MA 4OHHA 1O4LA 2DL4A 2KROA 1F1WA 2LQWA 3VRYA 1SSHA 3FJ5A 1E7OA 3QWXX 1ZUUA 3VRPA 4RTYA 5GJWB 4JPBW 2LMJA 2RQTA 2NUZA 1OPKA 2RN8A 1BKLA 4CC4B 1PICA 4EIKA 2CUBA 1BBZA 4M4ZA 4EIHA 1BMBA 2RVFA 3PQZA 1O48A 2LCTA 1XOVA 2OJ2A 3R6NA 2YDLA 2FPDA 4LUEA 3VS1A 4NWFA 1IJRA 1AZGB 4K45A 2KNOA 3OB1B 1BF5A 4GL9E 2CUDA 2ENMA 1LCKA 1NZLA 2KRMA 2RNAA 1NG2A 1O4DA 2DJQA 1UHCA 1AYCA 2DL8A 3ULRB 4FBNA 4P9VA 3PVLA 2MCNA 1WFWA 2A37A 1O4NA 1QKXA 2D0NA 1LUMA 4J9DA 4GWFA 4XZ1A 3VRNA 1AWWA 2CSIA 4D8KA 4RUGA 5ECAA 4HVVA 3VRZA 3M7FA 2GNCA 2DX1A 2DMOA 4J9HA 1BKMA 2DBMA 5EG3B 1OEBA 1HCSB 5EHPA 2O2OA 1HJDA 3VS0A 2Y1NA 3MXYA 2V1QA 4U1PA 1ZSGA 2QMSA 1GCPA 5EEQA 3VRRA 2IIMA 5J3XA 1KC2A 1A0NB 2IZVA 3H0FA 3I9QA 2AZSA 3GBQA 3RBBB 1H9OA 4HVUA 2K9GA 3VS6A 4F5BA 1CWEA 1SPSA 2IUGA 2CSQA 2ROLA 1JQQA 4QSYA 1WXUA 2CT3A 1E6HA 2J05A 3ZL7C 2MRJA 4OHEA 3OP0A 2PNBA 3M0SA 1RLPC 5AULA 1ZUKA 1O4EA 1QCFA 4J9BA 4JZ3A 4J9GA 1NYFA 1UJ0A 2O31A 1UHFA 1M3CA 2HDXA 1O4MA 3KFVA 2DE0X 3EG0A 1O4HA 2EW3A 2GTJA 4EY0A 1O45A 3VS4A 2EU0A 3H0IA 5EHRA 2DBKA 1O44A 2FCIA 5IBMA 3THKA 1O43A 1SPRA 1YVLA 1WQUA 2IUIA 2OZOA 3SEMA 1GRIA 5GJVB 2HDAA 4JZ4A 1M27A 1O4KA 2W0ZA 1RJAA 1JYQA 5FWCA 3A98A 1PKTA 2DA9A 3N7YA 1FHSA 1K76A 5IHKA 4AFUC 2JMCA 1AZEA 2EGCA 1NM7A 3EAZA 4HXJA 1OO4A 1AWXA 2B86A 3EHRA 2PLDA 4Y92A 4ROJA 1K0XA 2YSQA 1FU5A 2FRYA 3UA6A 1W1FA 4E6RA 2RSYA 1WA7A 2YUOA 2FEIA 3VROA 3C7IA 2CREA 1ABQA 1NEBA 1PNJA 2C0TA 2MK2A 1Y57A 1RI9A 1T3LA 1FBVA 3PSJA 2KE9A 3PS5A 2KBTA 1AWJA 1P13A 2DYBA 2SEMA 2L3QA 2M0YA 2CH4A 2X3XD 1K1ZA 3IMDA 4RTVA 2XP1A 1BG1A 3KFJA 5L23A 2ECZA 3CWGA 3TSWA 2JW4A 1GBRA 2YUQA 1H92A 2EO3A 2EBPA 3VS5A 1WYXA 1QWFA 4AG2C 2PNAA 4JGHA 4A4BA 2KGTA 4OMPA 1M3BA 1QADA 4GPLB 1LUNA 2RORA 1X6CA 2K6DA 1I07A 1A1BA 2PLEA 4AFZC 1WLPB 3IN8A 1A09A 2GBQA 4J9CA 3PFVA 2BZYA 1BM2A 1FYRA 2JXBA 1BB9A 2K3BA 4Z88A 1H8KA 1S1NA 2OAWA 1GFDA 3S8OA 3NPFA 4F17A 3NHNA 5D0JA 4J9IA 3S8NA 3OV1A 4J9EA 2SRCA 3TSZA 1M3AA 1JXOA 1BU1A 2CR4A 1WXBA 5GJIA 2KT1A 1M61A 3M0TA 4IIMA 1O41A 4E93A 4K11A 3PLFB 4DGPA 1AOUF 2DVJA 3CBLA 5I6VA 3C0CA 1JYRA 2EGAA 4D8DA 4FSSA 2LNHB 1UUEA 2EO6A 5I11A 2Y3AB 2D8JA 1LCJA 1R1SA 1MUZA 3EG2A 1T0JA 3JV3A 3ZNIA 2DL5A 1YNZA 1VYVA 1AYAA 1V1CA 1BHHB 1AEYA 2PZ1A 3CD3A 1BHHA 4FL2A 1G2BA 1Z9ZA 1AD5A 2RPNA 1UECA 4OHDA 2EGEA 2DF6A 1CJ1A 2C9WA 4OMNA 2LJ0A 2DLYA 1D4TA 3EG3A 2KEAA 1RUWA 1UG1A 1W70A 1YWPA 1UTIA 2H5KA 2CH4W 4K44A 4XZ0A 2J6OA 2ECDA 3VS3A 4A63B 2IUHA 2CBLA 1NLPC 2VKNA 3BUOB 4K2RA 1R1PA 1SKJA 3TL0A 4TZIA 3GQIB 1WI7A 1AYBA 1GCQA 1H3HA 2PTKA 1SHAA 3OVEA 2AZVA 2DLZA 4GLMA 1HCTB 5FW9A 2CS0A 5IH2A 1PRMC 5EELA 2GGRA 3CQTA 4LN2A 1LKLA 2DRKA 2MOXA 2FRWA 1KSWA 3I5RA 2KT8A 4AG1C 1NRVA 3UYOA 3M0PA 3MXCA 1QG1E 2D8HA 5BO4A 2KYMA 2J7IA 2NWMA 2DM1A 3GXXA 1UGVA 1WIEA 2V1RA 2B3OA 1AVZC 3EG1A 1OPLA 1YN8A 2AOAA 2FO0A 1X27A 1KA7A 1UDLA 2MC1A 4DEXA 1O4QA 1T3SA 2MIOA 3M0RA 2EYYA 2K7AB 2K7AA 2KYBA 2F2VA 1O46A 2Y1MA 2DRMA 1D1ZA 2KXCA 4LUDA 1FU6A 1X6BA 1O4GA 5DF6A 1Y0MA 2O88A 4OMLA 4Z8AA 3GXWA 4DEYA 1O4FA 1PKSA 1VA7A 2RQWA 1JXMA 2ABLA 2EPDA 3CXLA 3N8MA 2AKLA 2EOBA 5HCKA 2DM0A 1JWOA 3HHMB 4NWGA 5GJHA 2ETZA 3OB2B 2M51A 1ZX6A 3K2MA 1RLQC 4OMMA 1NZVA 3HIZB 3VS7A 2K79B 2ESWA 3VRQA 2K79A 4ZNXA 2MRKA 3BKBA 5HKYA 2L3PA 2HSPA 1NEGA 1HD3A 1A07A 4F14A 1AOTF 2L6KA 4RTWA 2J06A 3QWYA 2YU7A 2JM8A 2HMHA 1WXTA 2F2WA 1R1QA 1MV0B 2L3TA 2EVRA 2LCSA 4LNPA 2A08A 1BFIA 1K4US 1QLYA 3T04A 1HSQA 2BZ8A 1SRLA 2J6KA 2BZXA 1RQQC 4RTZA 4KRTA 1U3OA 2HBWA 3IQLA 3MAZA 1UURA 1X6GA 5HKZA 3S8LA 3EHQA 1TG0A 4X6SA 2JT4A 3PE0A 2O9VA 1UFFA 4GBQA 3M0UA 4RTUA 1SHGA 2I0NA 1D4WA 3PJPA 4HVWA 3N84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQMA 2K4YA 1MNDA 4OMOA 4OHIA 2VGMA 3JCMQ 2FPEA 2CI8A 3SD4A 3FC3A 1JJ2A 3LW5E 1KJWA 2EQIA 3BUWB 2LJ1A 5GMKi 5I21A 2PNIA 4M7DG 4FU6A 2E6NA 2EYXA 4X1VA 1NLOC 4F7UG 4E7KA 1QWEA 3QKJA 3CCMT 1TWBA 1X43A 1Q81U 3CC2T 1VIFA 1PCXA 3U23A 1MMAA 1VQ6Q 1YVHA 2CYZB 4JRQA 2DXTA 3P8BB 2E10A 4C92F 3OYYA 5LL6S 4M7AB 2B8AA 1ABOA 4M7AA 2CT4A 1N27A 3R6OA 2VUBA 4OHLA 4LDUA 1I3ZA 1ZBJA 2PVOB 5L8RE 1WDXA 1QVGP 3CCEQ 5KAZA 1N9RA 1G3SA 2JTMA 3SFMA 3MCAB 1RAFB 2K5FA 4OF1A 3JCMV 3CC4Q 5GAOq 2LRAA 1WJSA 2AIRB 1BIBA 2NUTB 3RUXA 2EIFA 2NUTA 4HCCA 3QXEB 2K3XA 5HKWA 2VXFA 2L3SA 5IBSA 5DC0B 1O4PA 4LDYA 1ZQ1A 4RCBA 4B9WA 4C92E 3MJXA 2DILA 1YJWT 1VOMA 4N4GA 3KUFA 4DGXA 2KQWA 3LGFA 4OMQA 4MZTA 4QQDA 4LE9A 2KSSA 4P5NA 2HNIA 2AOBA 3G6ET 2JMAA 1BCMA 1Q95G 2RQRA 2VGNA 4CC2A 2CS7A 2DLPA 1HYOA 1CSYA 1M1KU 3OY9A 2EJ9A 2LJ3A 2CP7A 2M16A 2R5AA 3DKMA 5IXFA 2V8IA 4L5GA 1AB2A 2JM9A 4PLLA 1QW1A 2HCKA 1RAIB 3FJPA 1Q7YR 1TCEA 4J9FA 1CSKA 2AK5A 1GFCA 1TOVA 2RJCA 3M0QA 4F5AA 3UATA 2CIAA 3M54A 1QVGA 3OYBA 4U17A 1WHLA 5FROA 4PJOD 1GHUA 1MILA 2YT6A 2F1LA 1MW4A 2QTVA 1BLJA 3JRZA 1RPYA 4PLIA 1OULA 2AKKA 4A4FA 1VYTA 1B47A 3VGOA 1R0CB 2HAXA 3MHXA 1N6AA 3CC7Q 1O75A 3M9QA 1KD1R 1QCNA 4ZTJA 4JPBW 2LMJA 1GXIE 2LQKA 2RN8A 1M1GA 2RJFA 1PICA 3CCLQ 1BBZA 2FZGB 3VKIA 2RVFA 2HQHA 5CQYA 5KYYB 3CCMA 3WVEB 5KYYA 2VXEA 2QGFB 3LGLA 2OJ2A 3R6NA 3CCSQ 4K45A 3OS5A 1LCKA 6AT1B 3LLRA 2HKNA 3EFOB 1O4NA 1D3BB 5GAMj 1LUMA 4J9DA 1D3BA 5D7UA 3C94A 4XZ1A 4KGVB 4M75G 1VQPQ 1Y07A 3CCQA 3DLLA 5GAN5 4DQ2A 1OEBA 3BDLA 1HCSB 2O2OA 1VQ9T 4U1PA 1U1SA 1GCPA 3VUBA 2EWNA 1M8VA 4OP0A 3JCMe 1A0NB 3GBQA 3RBBB 1G5VA 2K9GA 1SPSA 1C6VX 1WXUA 2CT3A 3BFMA 3CMEQ 1ZUKA 4JS4A 4J9BA 2GFUA 1WHHA 1VQNQ 3RR6A 1O4MA 2E1HA 2EW3A 3HRTA 3VS4A 5KYUA 2KGYA 2AHJB 2XDPA 5IBMA 2ZPFB 2A3LA 1FWZA 1B34B 2HDAA 1B34A 1RJAA 5GMKj 5FWCA 3N7YA 3LH0A 3G6EA 2E4HA 1K76A 1AZEA 3EAZA 2FRYA 1D1BA 1WQWA 1KC8R 3DB4A 2DXBA 2FVUA 1M5Q1 2FEIA 4B9XA 3VYHB 3X24B 3ZEHA 2LRQA 2L3RA 4BI3A 3PSJA 1LJOA 2CKKA 2KE9A 3GIBA 4PFPA 2E5QA 1BYMA 2L3QA 2M0YA 3CCVQ 2YHTA 4RKUE 1K1ZA 2BE7D 2QA4T 4M7AD 1VQKT 3QSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1AD5 A;  2RPN A;  1UEC A;  4OHD A;  2EGE A;  2DF6 A;  1CJ1 A;  2C9W A;  4OMN A;  2LJ0 A;  2DLY A;  1D4T A;  3EG3 A;  2KEA A;  1RUW A;  1UG1 A;  1W70 A;  1YWP A;  1UTI A;  2H5K A;  2CH4 W;  4K44 A;  4XZ0 A;  2J6O A;  2ECD A;  3VS3 A;  4A63 B;  2IUH A;  2CBL A;  1NLP C;  2VKN A;  3BUO B;  4K2R A;  1R1P A;  1SKJ A;  3TL0 A;  4TZI A;  3GQI B;  1WI7 A;  1AYB A;  1GCQ A;  1H3H A;  2PTK A;  1SHA A;  3OVE A;  2AZV A;  2DLZ A;  4GLM A;  1HCT B;  5FW9 A;  2CS0 A;  5IH2 A;  1PRM C;  5EEL A;  2GGR A;  3CQT A;  4LN2 A;  1LKL A;  2DRK A;  2MOX A;  2FRW A;  1KSW A;  3I5R A;  2KT8 A;  4AG1 C;  1NRV A;  3UYO A;  3M0P A;  3MXC A;  1QG1 E;  2D8H A;  5BO4 A;  2KYM A;  2J7I A;  2NWM A;  2DM1 A;  3GXX A;  1UGV A;  1WIE A;  2V1R A;  2B3O A;  1AVZ C;  3EG1 A;  1OPL A;  1YN8 A;  2AOA A;  2FO0 A;  1X27 A;  1KA7 A;  1UDL A;  2MC1 A;  4DEX A;  1O4Q A;  1T3S A;  2MIO A;  3M0R A;  2EYY A;  2K7A B;  2K7A A;  2KYB A;  2F2V A;  1O46 A;  2Y1M A;  2DRM A;  1D1Z A;  2KXC A;  4LUD A;  1FU6 A;  1X6B A;  1O4G A;  5DF6 A;  1Y0M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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