3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
2JM9A 1NG2A 1QCFA 4OMOA 2V1QA 4E68A 2YUOA 3ZL7C 1SRMA 3OB2B 2A36A 5L23A 4RTUA 4P9ZA 2LQNA 2X3XD 1EFNA 2DL4A 2BZ8A 1CSKA 3OV1A 1CSZA 1AOTF 2F2VA 2L3TA 2HSPA 4H1OA 3PSKA 3EACA 4F14A 1JEGA 2KNBB 4U1PA 4JE4A 1UG1A 3UYOA 2DL5A 3H0IA 3CBLA 1HD3A 2EYWA 4DGXA 2FPFA 2IZVA 1AWJA 2KGTA 1ARKA 4FL2A 3VS7A 3NGPA 4D8DA 1LUKA 3EHRA 1QKXA 3RBBB 2LCTA 1X2KA 4LE9A 1M61A 2HMHA 4LUDA 2VVKA 3VS6A 3EAZA 2JYQA 1GFCA 2EKHA 2KROA 1K0XA 2CI8A 2CIAA 1BLKA 4EY0A 1AWWA 4NWGA 2J05A 2KYMA 3GQIB 1SHAA 4E6RA 4RUGA 3TSZA 1GFDA 1BKMA 2LZ6B 2CSQA 1SPKA 2RPNA 1JXOA 3VRRA 2K3BA 1WXTA 4FBNA 4HCKA 2PNAA 4QT7A 3R6NA 3EG1A 3BUWB 1KFZA 2O2OA 1A1BA 3IN7A 2JM8A 1QG1E 1D1ZA 3NHNA 4F16A 2DYBA 1JXMA 5FWCA 1I0CA 1PWTA 4JJCA 2X3WD 1RI9A 1SPRA 1O45A 3IMDA 1ZLMA 1K9AA 2ED0A 1TUDA 1AOUF 2K2MA 3VS4A 3N84A 1LCKA 1Z9ZA 1G83A 5IHKA 2J7IA 2O9VA 5EHPA 1UE9A 1A0NB 1BHHA 2EOBA 4A4CA 1LUNA 3BUMB 4DGPA 2EYZA 4OMNA 3H0FA 3I35A 5IHNA 3PVQA 4HVVA 2DA9A 2EW3A 2KE9A 1M3AA 1KA7A 1AWOA 1WA7A 1UDLA 2CDTA 2KXCA 4CC7A 2MQIA 1AYCA 4Z88A 1YN8A 4GL9E 2EBPA 2MOXA 4J9DA 1RPYA 1UHFA 1BB9A 1W70A 1O4KA 2RMOA 5DC4A 2HDVA 3GBQA 2LX7A 2YSQA 2OI3A 1UHCA 3UF4A 3IMJA 1Z9QA 1VYTA 3C0CA 1S1NA 5GJWB 1J3TA 4H34A 2C9WA 2AZVA 2L0AA 4CC4B 4ESRA 2NWMA 2RQWA 2M51A 2DVJA 1M3BA 2L6KA 2GGRA 3HCKA 1BM2A 1F2FA 1MW4A 4OHLA 1M30A 5EG3B 2O88A 2OQ1A 2PNBA 1W1FA 1BHFA 1GHUA 1K1ZA 1UJ0A 1Y1UA 1AB2A 4L1BB 4JJBA 2FPEA 2LMJA 1X69A 2KT8A 4RTWA 3SEMA 2XMFA 1O4HA 1JO8A 1H92A 2DM0A 1B3QA 1Y57A 2VKNA 3S8OA 2JT4A 1OPLA 1U3OA 2V1RA 4J9FA 2EPDA 2CRHA 1PICA 1BK2A 2D8HA 2YSXA 2PTKA 1NYFA 2RSYA 2DLPA 3VRZA 3TKZA 2CREA 1ZBJA 4IIMA 3CD3A 4K11A 3S8LA 1BF5A 1Y0MA 1YNZA 3TL0A 5HKZA 1GBRA 4JGHA 1W6XA 1MILA 1Z3KA 2IUIA 4HXJA 1O41A 2BZXA 2D1XA 3US4A 2ABLA 3M7FA 4A4BA 1H8KA 1U06A 4LUEA 1O4GA 5D0JA 2BTTA 1O42A 5IH2A 4JPBW 1CWEA 3VGOA 1YWPA 2LJ3A 1JU5C 4ROJA 1RJAA 3FJ5A 1BMBA 1FU6A 1IS0A 3EHQA 2EL8A 3M0QA 1GRIA 1O4BA 1OO4A 1AEYA 1FYNA 2ECDA 2IIMA 3H0HA 1AYBA 4K2RA 3SHWA 2KR3A 2ECZA 2P4RA 2CR4A 2RMXA 3N8MA 1VA7A 1QLYA 1O48A 4FSSA 2DM1A 3H41A 2PLEA 3N7YA 3REAB 1JU5A 1PKTA 3CQTA 2FCIA 3S8NA 3EG0A 3UA6A 2RORA 4F59A 3NPFA 4KRTA 4RTYA 3IN8A 1ABOA 2YUNA 2JMCA 1SHDA 3CXLA 1SRLA 2ROLA 1GCPA 1RLQC 3PJPA 2E5KA 2MK2A 2GSBA 1IJRA 4J9BA 2CH4A 1KIKA 3VS0A 2EU0A 1TUCA 2K6DA 2BZYA 4X1VA 3PQZA 3ULRB 4AFZC 1O4DA 2K9GA 2DRMA 3VRQA 5AXIA 2KK6A 4LNPA 3UATA 3PVLA 2L3SA 2KRSA 1JWOA 2BBUA 3VS3A 1YP5A 2I0NA 1GBQA 4ZNXA 2RQTA 1M27A 2MC1A 4K45A 2ROTA 3K2MA 4CC2A 1LCJA 1WYXA 2DBKA 3BUNB 2G6FX 2NUZA 1MV0B 2H5KA 1KA6A 1X6CA 1O4OA 5I11A 1T0HA 2L3PA 3VS5A 4AG1C 1NZLA 1NLOC 1JYUA 1F1WA 1RLPC 2JW4A 4X6SA 3EG3A 1A1CA 3VROA 2RN8A 4CC3A 5DF6A 2OZOA 3RNJA 1FU5A 1QWEA 1BFJA 4ORZA 5IBSA 1WXUA 2JS0A 1FMKA 4WWQA 4AFUC 3OP0A 2KNOA 2C0IA 3CWGA 2YT6A 3EG2A 2CS0A 1M27C 2EQIA 3I9QA 3HIZB 3MXCA 2RF0A 1YVLA 1PHTA 5GJHA 1E6HA 3IQLA 2AOBA 1UJYA 2QMSA 3MXYA 5EEQA 2CI9A 2DE0X 4J9HA 2JTEA 3M0PA 2GNCA 2K7AA 1TG0A 1ZX6A 2HDXA 3OB1B 1JYQA 2LNXA 1T3LA 1O4FA 2ESWA 1O4PA 2LJ1A 1O4AA 2L2PA 1OO3A 2PNIA 1JYRA 5DC0B 3M0SA 2SHPA 3VRNA 2DRKA 1CWDL 4OHEA 2DL7A 3BUOB 1LUIA 4JJDA 1PRLC 2EO6A 2CT3A 2AZSA 2LCSA 3KFVA 2O31A 3HHMB 2PLDA 2RQUA 2H46E 3C7IA 1B47A 1UECA 1ZUYA 1X43A 2HDAA 1AZEA 1WLPB 1H3HA 2LNHB 2YUPA 1SKJA 1FHSA 4OMPA 2DL3A 5HCKA 2EGEA 3EGUA 1E6GA 2FRWA 1O4QA 2DX0A 1R1QA 2B3OA 5EHRA 1IO6A 1PRMC 2W10A 2YDLA 2EGCA 2KT1A 2KEAA 4Z8AA 1A1AA 3VS1A 1UUSA 1BKLA 1R1SA 2EKXA 1KJWA 1AWXA 2D0NA 2KYBA 3GXWA 5KAZA 5BO4A 3M0UA 1VYVA 2Y1NA 2QDLA 2FRYA 2PZ1A 1BBZA 3S9KA 4WCIA 1NYGA 4P9VA 2MRKA 1WQUA 5DC9A 4RTZA 1LKLA 3REBB 4F5BA 1A81A 1V1CA 2SRCA 1AVZC 2K79B 5I6VA 1SHFA 2GTJA 1UFFA 2ENMA 2GTOA 3A98A 2EGAA 4DEYA 1X27A 4OMMA 1NRVA 2L4KA 4J9EA 1HCSB 1M8MA 3BUXB 4GPLB 4GLMA 2LNWA 2M0YA 1SSHA 1WX6A 2GBQA 2RQRA 1O4MA 1ZFPE 4XZ0A 1VYUA 5I22A 1OEBA 1O4CA 4D8KA 3BKBA 1X2QA 2SEMA 1NEBA 2A37A 4QSYA 2F2XA 1X6GA 1QADA 5GJIA 4AFSC 1LUMA 2KRNA 4IIOA 1P13A 2CUBA 1CJ1A 1TZEE 2AOAA 4Y92A 5HKYA 4F17A 2MIOA 3LH5A 4XZ1A 2VIFA 1MUZA 2MCNA 1A1EA 2CUDA 1CSYA 2DLYA 4GBQA 1O4RA 2DBMA 1XOVA 1R1PA 2EYXA 1T0JA 1WI7A 5EELA 2EYYA 1O43A 3PLFB 1O4EA 3QWYA 2Y1MA 2MRJA 2KBTA 2RVFA 1BG1A 1O44A 3WA4A 4J9GA 1SEMA 1O46A 2C0OA 2FO0A 1RQQC 4Z89A 1A09A 1WXBA 5FW9A 2J6FA 1ZUUA 4K44A 4DEXA 2IUGA 3I5RA 1UUEA 4F5AA 1GCQC 4RTTA 4HVUA 4AFQC 1TCEA 1AOJA 2YU7A 3VS2A 1OV3A 1XA6A 3JV3A 3PS5A 2HBWA 4GWFA 1N5ZA 1GL5A 3TSWA 2J6OA 2KXDA 4J9IA 4HVWA 1WFWA 2K79A 1OOTA 2FEIA 1AYDA 2GQIA 2JS2A 3PSJA 1T3SA 1U5SA 2HUWA 1MV3A 1YWOA 5IHIA 1E7OA 5IXFA 1UURA 2XP1A 4E93A 2K7AB 1FYRA 3ZNIA 5IXBA 2DNUA 2EVRA 3GXXA 1I07A 1BHHB 1O4LA 1G2BA 4RTVA 1K76A 1QWFA 4M4ZA 3TVTA 1H9OA 1YVHA 2H8HA 4JZ3A 1BU1A 4J9CA 2LQWA 1A08A 2YUQA 2FG0A 2CT4A 1M3CA 1ZSGA 1AYAA 3OVEA 3I5SA 4EIKA 2Y3AB 4RTXA 4OHDA 2A28A 2IUHA 1D4TA 3NMZC 2L3QA 2F2WA 4OMQA 3U23A 1CKBA 1HSQA 2DF6A 2LJ0A 3PFVA 1B07A 2DJQA 2CBLA 3THKA 5J3XA 1YCSB 1UTIA 1SPSA 4EIHA 3M0RA 1O4JA 2ETZA 4OHHA 1O4IA 2W0ZA 2EYVA 4R0KA 1K4US 2B86A 2RQVA 1OPKA 5EC7A 1D4WA 5ECAA 2D8JA 2LP5A 1FBVA 2DCRA 3M0TA 2FPDA 1QKWA 2O9SA 3O5ZA 5HKWA 1NLPC 1I1JA 5GJVB 2HCKA 5IBMA 2OAWA 1GCQA 1WDXA 2RNAA 2JXBA 2AKKA 2DL8A 4JZ4A 1NZVA 4OMLA 4FL3A 2DX1A 2KRMA 3UA7A 5FWBA 1KC2A 1WIEA 1AZGB 1AD5A 1JQQA 1PKSA 2ED1A 1RUWA 1K0SA 3KFJA 2DLZA 3T04A 1HCTB 1O47A 1I3ZA 1O49A 1LKKA 2DMOA 4TZIA 3PE0A 2DILA 1ZUKA 4OHIA 1A07A 1X6BA 2VWFA 1FBZA 5CDWA 2CH4W 4A63B 2HEQA 2CSIA 1NEGA 2C0TA 4JEGA 1NM7A 2AK5A 3MAZA 4LN2A 1X0NA 1BLJA 1CKAA 1O4NA 1SHBA 1ABQA 1PNJA 2EO3A 4AG2C 1SHGA 1HJDA 2GE9A 4U17A 2J6KA 1KSWA 2A08A 3VRYA 2AUGA 5AULA 4NWFA 3QWXX 1BFIA 1UGVA 2JMAA 2OJ2A 2AKLA 2J06A 3VRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JM9A 2OX7A 2YUOA 3ZFJA 4RCCA 3ZL7C 1PSFA 1AHJB 3OW2A 4M75C 2LQKA 2JTFA 1CSZA 2FZKB 1Q81U 2F2VA 4KH1B 1D0ZA 5LJ3e 4F14A 3H0IA 3LH0A 3SWNC 4BE0A 4O5VA 2VGMA 1AWJA 4KUDK 1M1KC 4J7IA 1PCXA 5L8RE 4LE9A 1Q86R 2HMHA 2LTOA 4LUDA 5DY9A 4A4GA 2F5KA 3QZ9B 2JYQA 2KROA 2QQ9A 2RHZA 4KBMB 3MJXA 3GQIB 3M58A 3CBMA 2LZ6B 1QVFP 1M2VA 1YIJT 2RPNA 1FMWA 2NUPA 1JXOA 1WXTA 3JCMP 5GMKj 4M78D 2K57A 3IN7A 3A1PA 4M7AC 1QG1E 2RJEA 3RIRA 4F16A 4FL6A 2KDSA 3CPWA 5LJ5e 2X3WD 4FW1A 3TCJA 3IMDA 7AT1B 2ZZDA 1K9AA 2K2MA 3GF5A 3DB3A 4FYYB 4JLIA 1TUGB 1VQ5T 5GAMj 3HRTA 1UGPB 3MCAB 2Y90A 4F7UE 4A4CA 3VU3C 4DGPA 2EYZA 1IHVA 3PVQA 5KE2A 1NJIU 2EW3A 3RMQA 4BD3A 2MQIA 2BE7D 4Z88A 1LVKA 4IUUA 1RPYA 2DKGA 4LD6A 3J7AF 1BB9A 4E47A 1Q82R 2HDVA 1UHCA 1TWBA 1JRIA 5HY6A 1EX4A 3C0CA 3SB2A 3CCET 3V8KA 3JB9D 2DYIA 2L0AA 4CC4B 2NWMA 2RQWA 4C8QF 2M51A 2DVJA 2XG8D 4B6MA 4M77B 2OQ1A 3OS0A 4DOVA 1K1ZA 1M8VA 1LJOA 5KYXA 1Y1UA 2WACA 4MDWA 4C8QC 3SD4A 3CCRQ 1JO8A 1FWZA 2JT4A 1U3OA 2V1RA 4B9WA 3QHSA 5GAMg 3CCSQ 4A53A 1BCMA 2RSYA 1MMGA 4FCYA 2DTOA 3V8JA 1ZBJA 5CKHA 1S72Q 3OYEA 3EG9A 1MILA 1O41A 3L42A 2ZPFB 2ABLA 4NS5A 1YJ9Q 4LUEA 3GPLA 1Q95G 5D0JA 3CCLA 2YWWA 1JU5C 1BI1A 2XDBA 1RJAA 4ROJA 1FU6A 1W2BA 2EL8A 3M0QA 1O4BA 3OMCA 4PL6A 4K2RA 1KD1C 4M78B 3N8MA 4XTVA 2DEUA 2RORA 2HL3A 2OTJQ 5D6YA 4E7JA 1RLQC 2HQHA 2MK2A 1IJRA 3VS0A 2EU0A 4E7LA 2BZYA 3OY9A 4OGEA 3ULRB 3DKMA 2K9GA 2L3SA 1D1BA 3PTAA 1JWOA 3VS3A 1TH7A 3CCVT 3J81E 3O8VA 4QVCA 2MC1A 4RCBA 4CC2A 4OB2B 4Y91A 1KA6A 1O4OA 5I11A 1RAIB 3VS5A 1TSFA 4AG1C 3CCSA 3SFMA 2HAXA 1YHQA 3CC4Q 1VQPA 3VROA 5DF6A 4C0FA 4ELYC 1BFJA 1G3SA 3JCMd 2CZ6B 1D0XA 3D7SB 4FIBA 4AFUC 1WNLA 1M27C 1QMCA 4BDZA 2DK3A 3MXCA 1YVLA 1PHTA 5GJHA 2OTJT 4O6JA 1UJYA 1YJ9A 4DBHA 3G71T 5I2SA 2GNCA 2HDXA 1TG0A 1JYQA 3M53A 1OO3A 2PNIA 4M7AA 1JYRA 2CP7A 3M0SA 2EIFA 1YHQQ 4M77A 1BI2A 1LUIA 3KFVA 3HHMB 2PLDA 2RQUA 1K73C 2H46E 1YBYA 1AZEA 2HDAA 5FU6C 5CCAA 1WLPB 4GLKA 1H3HA 2LNHB 2JOYA 3G7ZA 1FHSA 4OMPA 3X20B 4JRIA 5A0GA 1E6GA 2HSEB 4EMHA 1O4QA 1WHJA 1R1QA 2B3OA 5EHRA 3CPFA 2YDLA 3G6EQ 2KEAA 2JVVA 3VS1A 1UUSA 2EKXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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