3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
3S9KA 1O48A 1R1PA 2GNCA 2VVKA 2FRWA 1D4WA 2FPEA 2K7AA 2L6KA 4J9HA 1AZGB 3HIZB 3OB1B 1CKBA 4Y92A 1K0XA 4E93A 1K0SA 4FL2A 3PJPA 4ESRA 1JO8A 2HCKA 2OAWA 1PKTA 1PRLC 4AFUC 4AFSC 5I11A 2KYMA 1FMKA 1SHDA 5BO4A 1VYVA 1WXTA 4J9DA 1M8MA 1NYGA 2X3WD 1LUIA 2MQIA 1ZUYA 2DE0X 1U5SA 3M0QA 2J7IA 2F2WA 1RQQC 4X6SA 3TSZA 2ABLA 4E6RA 3KFJA 4K11A 1SKJA 2YSXA 4RTZA 3EAZA 4J9GA 1WI7A 1A07A 3H0FA 5D0JA 2JS2A 1JU5C 1CSZA 4P9ZA 2DL5A 1OPKA 3U23A 3GXWA 1MV0B 2VKNA 3GQIB 1PHTA 3S8OA 1X27A 1A0NB 2KBTA 1FHSA 4L1BB 2MCNA 2DA9A 1RLPC 2C0OA 1BKLA 1AYCA 1UDLA 2DX1A 3FJ5A 3PE0A 1MUZA 2YT6A 2KR3A 4FSSA 4LUDA 4Z8AA 3R6NA 2KT1A 4CC7A 2HDVA 2GTJA 5DC0B 3TL0A 1QLYA 2E5KA 1G2BA 2O9SA 3TVTA 1NM7A 2DLYA 1FBZA 2I0NA 2CIAA 3I5SA 2QDLA 1QADA 1H8KA 1FU5A 2FG0A 3OP0A 1UUEA 2DJQA 2YUOA 4XZ1A 1NLOC 2RQTA 4RTVA 3MXCA 2JTEA 4AFZC 1UECA 2CH4W 4OMQA 2BBUA 1BFIA 3EG2A 2O88A 4JGHA 5DC9A 2L4KA 2B3OA 2DNUA 2RVFA 2EGCA 4HVUA 2J06A 2EYWA 3RNJA 2CDTA 2VWFA 3VRQA 2DVJA 2EBPA 2J6OA 1OO3A 1BLKA 2KNBB 1M61A 3CBLA 5EHPA 2CUBA 2Y3AB 1ZFPE 3BUWB 1NZVA 4CC3A 2NWMA 3O5ZA 2FCIA 1FYNA 3VRPA 4LUEA 1UE9A 1PKSA 1O4LA 1O45A 3M0UA 2XP1A 1SSHA 2L3SA 3VS5A 1UJYA 2D0NA 5FW9A 2KE9A 2RQWA 2A08A 5AXIA 1K9AA 1O43A 4FBNA 1LCKA 5IHNA 2JMAA 1W6XA 1A1BA 1NYFA 4D8DA 4A4CA 1UG1A 3S8LA 4QT7A 3I9QA 3PFVA 1A1CA 5IHIA 1O4AA 1O4GA 2KRMA 1SHBA 2H5KA 3BUOB 1Z3KA 2RF0A 2CH4A 5EHRA 4LN2A 4OHLA 1H92A 1BF5A 1M3AA 1WXUA 3IMJA 2BZXA 4HVWA 2CRHA 5GJIA 1BK2A 1O4QA 2EW3A 1I07A 2LJ0A 4RUGA 1H9OA 3H0HA 5IXBA 2AZSA 4DEYA 3PQZA 1AWOA 2PZ1A 2JT4A 1F2FA 4GLMA 1KSWA 1GBRA 1O4KA 1GHUA 3BKBA 4HCKA 2HSPA 5EC7A 4JZ3A 1K1ZA 2CBLA 2OI3A 3HCKA 1XA6A 1OV3A 1PNJA 1YN8A 5EELA 3TKZA 1KC2A 3M0SA 1FYRA 2EL8A 1ARKA 1MV3A 2BTTA 2MOXA 2O9VA 2SHPA 2ED0A 2M0YA 2RSYA 1E7OA 2EYYA 2J05A 2MK2A 5IHKA 3EHQA 1A81A 1AWXA 2FEIA 1P13A 3KFVA 1AEYA 2IUHA 5AULA 1N5ZA 2JXBA 4A63B 2AOAA 1H3HA 1NRVA 2X3XD 1X6BA 1TG0A 2EGAA 1X69A 2ROLA 1GBQA 1QWFA 1CWEA 4RTXA 3US4A 2O2OA 1O4BA 3C7IA 1YVLA 1BG1A 4R0KA 3H41A 2JW4A 1O47A 2HDAA 3CWGA 1TUCA 1I0CA 1AOUF 1G83A 2G6FX 2LNWA 1BHHA 1RUWA 1JQQA 1F1WA 3NMZC 4HXJA 5HCKA 3I35A 1YP5A 2IIMA 3QWXX 1JEGA 1M27A 2EO3A 5HKWA 3M0PA 1WXBA 3RBBB 1O4MA 4OHEA 1BU1A 1M3CA 2AK5A 2RPNA 2YUNA 4AG2C 4J9BA 5L23A 3UATA 1B07A 4JPBW 3JV3A 1AOJA 1R1QA 1R1SA 2FPDA 2RQRA 1NG2A 2K79A 3HHMB 3MXYA 3BUNB 2K9GA 4U1PA 3CD3A 4OMNA 1NEBA 1ABQA 4OMLA 1CSKA 3VS1A 1TCEA 2H8HA 2V1RA 3UF4A 1UUSA 4GL9E 3IN7A 1W1FA 2GE9A 1SHGA 1O4IA 1Y0MA 3GXXA 3VGOA 2GSBA 1BBZA 1T3SA 1WQUA 2ROTA 1O46A 1U06A 2LJ1A 1GFCA 2DRKA 1WA7A 2MRJA 1JXOA 4LNPA 2AKKA 4HVVA 1MILA 3BUMB 1U3OA 3EG3A 2J6KA 1A08A 1SPKA 1GCPA 2L0AA 5I6VA 2F2XA 2LJ3A 2KROA 2ENMA 1PRMC 1YNZA 4OHDA 5DF6A 2FO0A 1QKXA 3EG0A 2O31A 4RTYA 1HCSB 2JMCA 2L3PA 3K2MA 5IBSA 2EPDA 3VS2A 2D1XA 4JJCA 2L3TA 1FU6A 2JS0A 3CQTA 2B86A 2CSIA 1SPRA 1SHAA 3WA4A 2ECZA 2LQNA 3PVLA 2CI9A 1UHFA 2PNAA 3NGPA 1B47A 2CI8A 4QSYA 2CUDA 2A37A 2ESWA 2GGRA 2KYBA 4LE9A 2HBWA 2HEQA 1CWDL 2OZOA 3PLFB 2IZVA 4M4ZA 4OMPA 2MRKA 3VS4A 1AD5A 1O42A 2C9WA 2H46E 2RMXA 2JYQA 5DC4A 2RN8A 3NHNA 1O4CA 4K45A 4P9VA 1JU5A 2C0TA 2Y1NA 1AB2A 1NEGA 1VYUA 4WCIA 5GJHA 2HDXA 2EO6A 1LUMA 1PWTA 3T04A 4E68A 2YUQA 2SEMA 4ROJA 1A09A 2KGTA 2HUWA 1KA6A 2CREA 2AZVA 3PSKA 1Z9QA 3I5RA 2D8JA 3N84A 1JYUA 4JEGA 3VROA 3N7YA 1QKWA 3ZL7C 4AG1C 3MAZA 4ZNXA 1JXMA 1SRLA 4NWGA 4EIKA 2XMFA 4CC4B 2KK6A 2DM1A 1A1EA 2OQ1A 1VA7A 2BZYA 2DBMA 2KRSA 3IN8A 4A4BA 2KRNA 2CR4A 1E6GA 1BKMA 1X6GA 1KIKA 1LCJA 2A36A 1HCTB 1SPSA 2HMHA 4ORZA 2RMOA 3SEMA 2AUGA 2DM0A 1PICA 1TUDA 2DL8A 3VS3A 2PNBA 3C0CA 4JZ4A 2M51A 4F17A 2ETZA 1T0HA 2LCSA 2K2MA 2D8HA 2GTOA 2DL4A 2EKHA 2DL7A 5IXFA 2KT8A 2J6FA 4K44A 2EYVA 1IS0A 2PLDA 1B3QA 4CC2A 3UYOA 4AFQC 3TSWA 1O4PA 3UA7A 2MC1A 1SHFA 2DLZA 1RI9A 1T3LA 1O4OA 3VRZA 3OVEA 1WFWA 1CKAA 2ED1A 4OHHA 1AWJA 1UFFA 1ZSGA 4GBQA 1O4RA 4GPLB 1UURA 2L3QA 4FL3A 1YVHA 3CXLA 1BFJA 3GBQA 3PS5A 1UHCA 1O41A 1SRMA 2AKLA 2PNIA 2BZ8A 3VS7A 3A98A 3QWYA 1O4EA 2RQUA 1VYTA 4Z89A 3NPFA 1J3TA 1WLPB 2AOBA 2EKXA 2K7AB 2K3BA 4D8KA 1HJDA 1I1JA 2DLPA 3SHWA 1I3ZA 5ECAA 3PSJA 1X2QA 1CSYA 1GCQC 2JM9A 2NUZA 1GL5A 1O4JA 1X43A 2EYZA 1Z9ZA 2P4RA 1BB9A 1RLQC 1BHHB 4RTTA 2LQWA 4X1VA 5EEQA 1GRIA 1D1ZA 1AYDA 1AVZC 2EGEA 2W0ZA 1QG1E 2EVRA 4F5AA 4TZIA 1X6CA 3REAB 2FRYA 1M30A 2GBQA 2YUPA 1UTIA 3H0IA 2K79B 5HKYA 3S8NA 1KA7A 1WDXA 1IJRA 1MW4A 4K2RA 3IQLA 2PLEA 3VRNA 1AYBA 1HSQA 1WIEA 3M7FA 1RPYA 1Y1UA 2EU0A 1T0JA 4DEXA 1JYQA 1X0NA 2F2VA 4J9CA 1XOVA 2Y1MA 2KEAA 3REBB 1UGVA 2KXCA 2EQIA 3EACA 3VRRA 4U17A 2L2PA 4F14A 2CSQA 4J9IA 1LKKA 2W10A 1O49A 2OJ2A 4H1OA 3PVQA 2DF6A 4DGXA 5FWCA 2CT4A 1M3BA 1K76A 1O4HA 4EY0A 1ABOA 1IO6A 1NLPC 1OPLA 1A1AA 1AYAA 2KNOA 3BUXB 2DRMA 5GJWB 4RTUA 1OO4A 3EHRA 1FBVA 4Z88A 1AZEA 1OEBA 2LNXA 1O44A 1HD3A 1ZX6A 2RORA 1GCQA 3OV1A 4IIMA 2LNHB 5CDWA 5KAZA 3N8MA 2KXDA 2DBKA 1JWOA 4KRTA 1V1CA 1M27C 1AOTF 1JYRA 5HKZA 3UA6A 5GJVB 1YWPA 2LP5A 2RQVA 2RNAA 1YCSB 3LH5A 3VS6A 1O4DA 3OB2B 5IH2A 1W70A 2EYXA 1EFNA 1O4FA 4OHIA 1Y57A 2MIOA 1ZUUA 4F16A 2V1QA 2ECDA 1SEMA 4J9FA 2QMSA 4H34A 1ZBJA 3M0TA 1QWEA 1RJAA 2IUGA 1D4TA 2YSQA 5IBMA 1KFZA 1LKLA 4J9EA 2LCTA 2VIFA 2DILA 1K4US 1LUKA 3M0RA 4GWFA 4WWQA 2GQIA 5J3XA 1OOTA 2JM8A 1TZEE 4RTWA 1GFDA 1BLJA 2DL3A 1UJ0A 2PTKA 1NZLA 1QCFA 1S1NA 2LMJA 4JE4A 2LZ6B 2DX0A 2CS0A 1E6HA 1WYXA 3EG1A 1O4NA 5EG3B 1KJWA 4NWFA 1YWOA 3ULRB 3VRYA 1CJ1A 2YDLA 2EOBA 2K6DA 3VS0A 2CT3A 2A28A 3ZNIA 2LX7A 1X2KA 3THKA 1BHFA 4DGPA 5I22A 1BM2A 4F5BA 1AWWA 4XZ0A 1ZUKA 2FPFA 4OMOA 4OMMA 2DCRA 1ZLMA 4IIOA 2IUIA 4JJDA 4JJBA 4F59A 1BMBA 2DMOA 1LUNA 2YU7A 2DYBA 5FWBA 1WX6A 4EIHA 3EGUA 2C0IA 2SRCA 3IMDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QVFS 2VVKA 1R1PA 2FRWA 3CXCA 2QASA 5GAOm 2E4HA 1JO8A 2OAWA 5I11A 1MGQA 3RIRA 1FMKA 3RERA 1WQWA 5BO4A 2MQIA 1VQLA 2LRAA 1M8MA 1NYGA 2X3WD 2DE0X 2M9UA 1U5SA 5KYXB 1YHQT 1VQOT 1RQQC 2Z0WA 2LX9A 4OMFB 4X6SA 4IUVA 1VUBA 3EAZA 1QMCA 3CPWA 1A07A 1R0CB 2JS2A 2LVMA 2DL5A 1OPKA 2DYIA 3U23A 1LJOA 4NL3A 1IB8A 1PHTA 1YITT 1A0NB 2K5LA 2X51A 4M77C 3CC2T 6AT1B 1UDLA 3PE0A 3ME9A 4HCBA 4FSSA 3M53A 4M75C 2GTJA 2O9SA 1MMDA 1NM7A 2DZ9A 3I5SA 3PFSA 5KYUB 1YJWQ 3QYHB 2FG0A 3OP0A 1QVPA 3S3NA 2GCXA 4J8OA 3OYNA 2YUOA 2RQTA 1QVGP 4QKUA 4AFZC 1UECA 2CP2A 4IUPA 1BFIA 4EMGA 2O88A 3PT9A 2V8IA 5DC9A 4PJNA 3OYGA 3QJYA 2MI6A 1WGSA 3VRQA 2CDTA 1N6AA 2KI7A 2J6OA 4XU2A 1OQKA 1NZVA 3VRPA 3O5ZA 1FYNA 4LUEA 3I56Q 3M0UA 2QK0A 4X9DA 2QEXT 3CC7T 4FYXB 2KE9A 2PU9B 2ZAEA 1LCKA 1TXQA 5IHNA 2JMAA 1HK9A 2OAUA 1NYFA 1FMWA 3EH2A 2DVEA 2ZPEB 4FW2A 1Y7XA 2H5KA 3BUOB 1WHHA 2D9TA 2RF0A 3J80E 1NZ9A 1K9MR 1SG5A 1BK2A 1O4QA 3CCLA 2LJ0A 4J6YA 3V8KA 4M77B 3X26B 4C8QD 1MNEA 1F2FA 5LJ3d 1GBRA 3VV0A 3VYHB 3V7SA 1XA6A 2E12A 1VQ6Q 2V8KA 4XTYA 3EG9A 5FLXE 2QQ9A 3TKZA 1KC2A 2EL8A 4BE2A 2XICA 1YJNQ 5GANh 4JDSA 1MV3A 2O9VA 3ZEHA 2M0YA 3OS0A 4CRIA 1VQ7T 2QA4A 3KFVA 2JXBA 4YTLA 3L2RA 4EMKB 1X6BA 1TG0A 4C92B 5KYYA 2QGGA 1VQ4Q 2ROLA 3GOXA 5FU6C 2PVDB 5CVIA 3C7IA 3CCUT 1YVLA 4AT1B 4R0KA 2HDAA 1TUCA 1U1TA 1M90R 5HCKA 4QVZA 4DBHA 2KQWA 2EO3A 5HKWA 4A53A 4V2SA 1B7TA 1VQOA 1M3CA 2RPNA 1R0BG 1BI2A 1BCMA 4FYYB 4KBMB 5L23A 4HCZA 5CK9A 2VYTA 2K79A 3QO3A 1UEBA 8ATCB 3KXTA 1K9MC 4OMNA 5GMKh 1ABQA 1TCEA 2V1RA 2A0FB 2K4YA 1X6OA 3MO8A 3GXXA 3VGOA 4C0DB 2DRKA 5J39A 4N0AC 1JJ2P 2AKKA 2I2LA 2G3RA 5CQYA 4PJLA 1YIJA 1MMGA 1WQ7A 1VQMQ 1UGRB 2KROA 3LWHA 3V7RA 2WACA 2OTJT 3G71Q 1ZSZB 2AHJB 3PMTA 2JOYA 2YWWA 1HCSB 2L3PA 3K2MA 3VYGA 5IBSA 1LNXA 1UGQB 3PIPA 1FU6A 2JS0A 2L3TA 2L89A 1OX8A 3E2UA 3KBGA 1VQ8Q 1UHFA 2ZZDA 4EMHA 2CI8A 5GAN2 4QSYA 3CD6T 2EIFA 1M90C 3DB3A 2GGRA 1N8RU 1CWDL 3PLFB 4M4ZA 2MAMA 4C92D 2YRDA 2DJZA 3OY9A 2O01E 1QQJA 3C4SA 4A4KA 1WNLA 1I5OB 4K45A 5GAOq 3WVDB 1AB2A 3M57A 5GJHA 5GANf 5A0DA 3QUIA 3JB9H 1PM3A 2YUQA 3JCMe 2SEMA 3FEOA 4M77A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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