4D8KA

Crystal structure of a sh3-sh2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (lck) from homo sapiens at 2.36 a resolution
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Tyrosine-protein kinase Lck
publication title Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transferase
total genus 32
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4d8kA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4d8kA02
3NPFA 3H41A 2K6DA 1X0NA 2LCTA 2RVFA 2MRJA 1TUCA 5IBSA 5HKWA 4J9IA 5FWCA 1M30A 1FHSA 2MRKA 2JYQA 2CUBA 2IIMA 4K45A 2HDAA 3I9QA 2ABLA 1N5ZA 4OMOA 2FG0A 4GL9E 2DL7A 4J9HA 2EO3A 1R1QA 2DJQA 2L3SA 2K7AB 3OP0A 1OPLA 1U3OA 3CQTA 3EHRA 1O4OA 2O9VA 4D8DA 1O4QA 4JJDA 4KRTA 2CBLA 2DL5A 2AZSA 1TZEE 2IUIA 1AD5A 1HCSB 1LKLA 2LQNA 5I6VA 2J6KA 1YWPA 2D8HA 2DBKA 2DMOA 2GTOA 2J05A 5DF6A 1I1JA 1UTIA 2GBQA 3VS4A 2FCIA 2PLDA 4Z88A 1FU6A 2CIAA 4FL3A 2RQUA 1LUIA 2ECZA 1BG1A 4XZ0A 4RTTA 4IIMA 1GBRA 2KROA 1HD3A 3REBB 1NYGA 1WDXA 1GBQA 1G2BA 2F2WA 1O4MA 4OHEA 2F2VA 2FEIA 3KFJA 1UJYA 5GJIA 2DX1A 3VRRA 4WCIA 1FU5A 1A0NB 3MAZA 1O4RA 2L3TA 2L3PA 4D8KA 4FL2A 2ROTA 2RORA 1SHAA 3TSWA 5IH2A 4RUGA 1SPSA 5IHIA 4OHHA 2LMJA 2PZ1A 1I07A 1WLPB 2EYWA 2JMCA 3S9KA 4J9EA 3M0PA 2EGAA 1S1NA 1H92A 3C7IA 1E6GA 3PFVA 1U06A 3VS5A 3RBBB 1ABOA 2EYXA 1AOTF 3HCKA 1EFNA 3PLFB 1K9AA 3VS3A 3EHQA 2FPDA 1O4EA 4QT7A 2VWFA 1VYVA 2ROLA 3US4A 2V1QA 3MXCA 1AWXA 2JMAA 1SHFA 4J9BA 4LUDA 5KAZA 1JYRA 2MCNA 2PNBA 1CSZA 1CKAA 3VRNA 2IZVA 2KK6A 2ED1A 5I11A 1SPKA 1O49A 1GL5A 2XMFA 5IHNA 3EAZA 4ROJA 3C0CA 2CDTA 2CI8A 2C9WA 2SHPA 1AWJA 2CH4A 1CWDL 3PE0A 3SHWA 2X3XD 1BKLA 2YU7A 1JEGA 2KRSA 1QWEA 1O42A 5GJWB 1X6GA 4E68A 3T04A 1E6HA 4J9FA 3MXYA 2F2XA 2MOXA 2EGEA 4F16A 2DBMA 1PICA 3EG3A 2BZXA 4CC7A 3BKBA 1K0SA 4H1OA 2CUDA 1FYNA 1D4WA 3GQIB 4NWFA 5HCKA 3ZL7C 1UDLA 5GJVB 3IMDA 2D1XA 2SEMA 1UURA 3N7YA 2RQTA 1A1CA 3NHNA 5I22A 1OEBA 4Y92A 1KIKA 4F59A 4OMMA 2DNUA 1FMKA 4P9ZA 3OB2B 4OMLA 2PNIA 5AXIA 3VS7A 2YDLA 5EHPA 2K9GA 4LNPA 1O43A 1NEGA 3GBQA 1GFDA 2EKXA 4DEYA 2EVRA 2LCSA 3U23A 2PTKA 2DLYA 2EL8A 1O45A 4XZ1A 1UG1A 1YP5A 2O88A 1O4PA 1JXMA 2LNXA 1O4KA 1X27A 1MUZA 1Z9QA 1A1AA 1X2QA 1ABQA 3VRPA 2L3QA 1Z3KA 2FO0A 1YVHA 4X1VA 3KFVA 1RQQC 2GTJA 1WXUA 4CC3A 2JM8A 1VYTA 5D0JA 1PKTA 1M27A 1UJ0A 2KNBB 2CR4A 2D8JA 4WWQA 2KRNA 2DRMA 1IS0A 1O4IA 4H34A 4JJBA 1BHHB 2KYMA 1GCQC 2H8HA 2CRHA 1PRMC 2YUQA 2BBUA 1AWWA 1AYDA 2ED0A 2RNAA 2FRWA 1T0JA 2DYBA 5BO4A 4JEGA 2K7AA 1VYUA 1M27C 1UHFA 2BZ8A 5IXFA 1J3TA 3K2MA 3PVQA 2RPNA 1NM7A 2YUPA 2K3BA 3UA7A 2ECDA 1O44A 1K1ZA 1MILA 2NWMA 3M7FA 1AB2A 3EG1A 1R1SA 2QDLA 3S8OA 1RLPC 1LUNA 1JO8A 1QKXA 4EY0A 4OMPA 2BTTA 2Y1NA 1O41A 2C0IA 1BLKA 1O4BA 1U5SA 3PJPA 1JYUA 2ENMA 1BM2A 1BF5A 1GHUA 1UUSA 2L0AA 2B3OA 4JZ3A 2MIOA 2JM9A 4F5AA 1HJDA 2JW4A 1ZX6A 1UHCA 1ZSGA 1O4AA 5EELA 2OJ2A 2SRCA 1NYFA 1QKWA 2KRMA 5L23A 3VGOA 2KR3A 3SEMA 3NGPA 2CREA 3HHMB 1D1ZA 2YUNA 3PSJA 2CI9A 2LJ1A 2AUGA 2KGTA 2JS0A 2DILA 3N84A 2OZOA 1SHGA 3M0TA 1RJAA 2KT1A 4JZ4A 4ORZA 3PSKA 2O9SA 1ZUKA 2CT4A 1MW4A 1ZFPE 2EYZA 2K2MA 3EG0A 1AYAA 1LUKA 3CXLA 3EACA 1RI9A 2BZYA 3FJ5A 3VRYA 1FYRA 5J3XA 2KNOA 4M4ZA 1D4TA 2JT4A 1I3ZA 1ARKA 2K79A 1BHFA 1AWOA 4JPBW 3VROA 5IHKA 2H5KA 1Y57A 1UECA 1UGVA 4GPLB 2YSXA 1UFFA 1SRLA 1GFCA 2EW3A 1OO4A 4AFQC 2FRYA 3M0SA 1BFJA 4E93A 2IUGA 4JJCA 3I5RA 1ZBJA 2LZ6B 1YWOA 4RTXA 4A4CA 3VRZA 5ECAA 3PQZA 3TVTA 1X6CA 1M3BA 4K11A 4U1PA 3VS6A 1SHBA 5DC4A 3R6NA 2RQWA 1AYBA 1KA6A 4JGHA 1BBZA 5EEQA 1QG1E 2OQ1A 1W1FA 3PVLA 2EO6A 1Y1UA 1O4LA 1Y0MA 1UE9A 4HCKA 2AZVA 2EYYA 2HMHA 3S8LA 2RQRA 4TZIA 1CSYA 2GQIA 1AZEA 2HDXA 1HSQA 1M3AA 1QCFA 1KA7A 4F5BA 1T0HA 2AOBA 2KYBA 1JQQA 2RQVA 1CJ1A 1AOJA 3NMZC 2FPEA 4HVVA 4ZNXA 3ULRB 2GE9A 3VS0A 2ETZA 4P9VA 1YNZA 2CSQA 1JXOA 4AFSC 1M8MA 2LNHB 1H8KA 1NZVA 2MC1A 1LCJA 1RPYA 4F14A 1O46A 2OAWA 2X3WD 2DCRA 3BUXB 1ZUYA 2HBWA 1IO6A 1NG2A 1RUWA 3N8MA 2CS0A 1B3QA 2L2PA 3M0QA 2A37A 2C0OA 2DLPA 1O4NA 5EHRA 1O4HA 1KJWA 1G83A 2LJ3A 2DRKA 1OPKA 3JV3A 4EIKA 1HCTB 1JWOA 1ZUUA 1M3CA 4K44A 1A1BA 3TKZA 2LQWA 2KBTA 2A08A 5CDWA 2H46E 3IN7A 1CKBA 2PLEA 2P4RA 1PWTA 3BUOB 1YVLA 2A28A 1LKKA 3A98A 4LUEA 3I35A 4LE9A 1A07A 2DF6A 3BUNB 4OHDA 1A81A 1BHHA 1O48A 2LNWA 2VIFA 4J9GA 2W10A 2DE0X 1Z9ZA 4LN2A 1AZGB 2KXCA 2RMXA 3PS5A 3OB1B 1OV3A 2HSPA 2VKNA 1F2FA 2DL3A 1O4GA 1OO3A 3TL0A 4GBQA 2J7IA 3ZNIA 3O5ZA 4J9CA 3H0IA 1LCKA 3THKA 2Y3AB 2KXDA 2FPFA 2AK5A 1MV0B 2CT3A 1MV3A 1ZLMA 2GGRA 1AEYA 3IMJA 1AOUF 2CSIA 1WFWA 4A63B 4A4BA 3REAB 1TUDA 1PHTA 3VS1A 2M51A 1FBVA 1E7OA 4OHIA 4K2RA 1GRIA 3S8NA 1SEMA 4NWGA 2YUOA 2L4KA 2XP1A 5FW9A 3CBLA 2V1RA 4OMQA 2HEQA 2GNCA 1PNJA 4AFUC 5DC9A 3UYOA 1OOTA 1WA7A 2AKLA 2EQIA 1X69A 2C0TA 1YN8A 1K76A 2EBPA 2YT6A 1BFIA 2LJ0A 2CH4W 1RLQC 3VS2A 4F17A 1A08A 5DC0B 1BLJA 1KSWA 1VA7A 3GXWA 1CSKA 2G6FX 2PNAA 4FBNA 1V1CA 1KFZA 4AFZC 3HIZB 1WXBA 2JXBA 4J9DA 4RTWA 2DM1A 5EG3B 3WA4A 1M61A 2HCKA 1QLYA 2KEAA 1AVZC 4DGPA 1T3SA 2JS2A 1QADA 1B07A 3OV1A 1O4CA 1R1PA 1WIEA 1NRVA 4DEXA 4ESRA 2DL8A 1T3LA 2DL4A 2L6KA 5HKYA 4RTZA 4HVUA 2B86A 3CD3A 2O31A 4OHLA 2EU0A 1SRMA 1GCPA 4CC4B 1H3HA 1A09A 1TG0A 2DLZA 4E6RA 3M0RA 1K4US 1BU1A 1K0XA 5IBMA 2RMOA 1BKMA 1P13A 1JU5A 1SHDA 2DM0A 3H0FA 2K79B 3UF4A 2I0NA 1O47A 2O2OA 1W6XA 3BUWB 5GJHA 2J6FA 4X6SA 4L1BB 2EPDA 1TCEA 5FWBA 3IQLA 1O4DA 2RF0A 4DGXA 1X43A 2RN8A 3EG2A 4FSSA 4RTYA 4AG1C 1WQUA 1BB9A 3OVEA 1KC2A 4U17A 1JU5C 4RTVA 1A1EA 1PKSA 2IUHA 2OI3A 3BUMB 2DA9A 1WI7A 2W0ZA 2YSQA 3UATA 1O4JA 1NEBA 2J6OA 2M0YA 2DVJA 3QWXX 4RTUA 3RNJA 3UA6A 2MK2A 2E5KA 4GLMA 2JTEA 3M0UA 1UUEA 3QWYA 1CWEA 1NLOC 2AKKA 2D0NA 4HXJA 3TSZA 1W70A 3EGUA 2EKHA 4HVWA 2EOBA 2MQIA 5IXBA 1WXTA 1NLPC 1F1WA 2HUWA 3VRQA 1H9OA 3IN8A 2QMSA 4QSYA 2EYVA 1XOVA 2KE9A 4R0KA 1BK2A 1AYCA 1XA6A 3CWGA 4OMNA 4Z8AA 1SKJA 2EGCA 1X6BA 1BMBA 1SSHA 2AOAA 1SPRA 1QWFA 2HDVA 2GSBA 3H0HA 4IIOA 2J06A 1WYXA 2VVKA 5EC7A 1LUMA 1NZLA 2A36A 2KT8A 3I5SA 2DX0A 1X2KA 1FBZA 1I0CA 2LP5A 2LX7A 4CC2A 1O4FA 5AULA 2RSYA 1IJRA 4JE4A 2ESWA 1JYQA 2NUZA 3LH5A 4EIHA 1YCSB 1GCQA 1B47A 1WX6A 3GXXA 2Y1MA 1PRLC 4GWFA 4AG2C 5HKZA 4Z89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8QE 2K6DA 2LCTA 3CCQQ 5FWCA 1FHSA 3QPHA 2EJ9A 3HP9A 4OMOA 3OYJA 5FRMA 4GL9E 3JB9I 2L3SA 1YJNA 1IRXA 3MEUA 4FSXA 2HBPA 2MK5A 3OP0A 2AIRB 3CQTA 3G4SQ 3SFMA 1W2BA 1O4OA 4IUQA 4JJDA 5GMKe 2CBLA 4OB1B 3OW2A 4PFOA 3CCMA 3J80E 1HCSB 1LKLA 1RACB 2XICA 2D8HA 3EFRA 2HKQB 1I1JA 4E7SA 2GBQA 1K8AU 3UDCA 4PKCC 2GCXA 1GBRA 3ZBDA 1M9SA 1GBQA 4DOVA 2EQMA 5DLOA 2F2WA 5DY9A 3DLLA 5KYUB 1O4MA 4OHEA 1M1GA 4MDXA 3CC7A 3CCUT 4WCIA 2DJZA 5GANf 3MAZA 2L3PA 2PVOB 3TSWA 2D9TA 1SPSA 1VQ4A 5IHIA 4OHHA 1I07A 1WLPB 3S9KA 4D6WA 2EGAA 2MWPA 1KQSP 1U1TA 2DIGA 1ABOA 2LDMA 1AOTF 1R77A 3JCMd 3VS3A 2VWFA 2V8KA 4J9BA 1M1KU 1UGQB 1Y71A 4LUDA 4Z02A 1VQOQ 2MCNA 1VQ8A 1JYRA 1CSZA 4XTXA 3VRNA 2KK6A 2ED1A 5I11A 3OYCA 2QG9B 5IHNA 3EAZA 4ROJA 1MHNA 3C0CA 1LPLA 2PQWA 4FM4B 2CH4A 4HKEA 3PE0A 2VB6A 2X3XD 3SHWA 4Y91A 1BKLA 1VQ5Q 1O42A 1QWEA 5GJWB 4XU0A 5CVIA 4J9FA 4A53A 4BDZA 4F16A 2P0QA 1PICA 4H1OA 4NWFA 1FYNA 1P92A 3M58A 5FLXE 4NOYA 3IMDA 1I4K1 1UURA 1D09B 5I22A 2XDBA 1VQLQ 4M75C 4OMMA 1FMKA 2CZ6B 4OMLA 2XG8D 3VS7A 2YDLA 5EHPA 2ZPEB 1GFDA 3CCJT 1QVGS 4O6JA 3U23A 1O45A 1JXMA 1I8FA 1X75C 1OX8A 1O4KA 4EMKA 4OB0B 3TEEA 2XK0A 4C5EA 2LTOA 4M7DB 3CCSA 4BY6C 5AT1B 3CCMT 1SSFA 3VRPA 1Z3KA 2FO0A 1WHLA 1YVHA 4BI4A 3TREA 2GTJA 1RQQC 2JM8A 1VYTA 4C92C 5D0JA 1M27A 2KNBB 5GAN3 2D8JA 4WWQA 3HTRA 3VUBA 3LWIA 4XU2A 4HT8A 1YI2T 2CRHA 3LGLA 2OX7A 2ED0A 2PVDB 1T0JA 2DYBA 1BCMA 2FZGB 5BO4A 4M78B 2K7AA 4JRQA 1VYUA 5LJ3j 1J3TA 3PVQA 5M9OA 1NM7A 3QHSA 5J26A 4N4IA 2LVMA 3L2ZA 1VQMT 1BLKA 1O4BA 1U5SA 1BF5A 4JZ3A 3E9FA 4NL2A 4F5AA 4M7DD 3JCMJ 1YCYA 1UHCA 2DETA 1QKWA 4IURA 3VGOA 2KR3A 3J81E 5AYFA 3HHMB 1D1ZA 2E5QA 3WXMB 4M77C 4PJOF 2OTLA 3RDVA 4XK8E 2HQXA 4JZ4A 3PSKA 1ZUKA 4BB7A 2JN0A 3CCLT 1M90U 4BDYA 3FJ5A 4M78D 3VRYA 1FYRA 5J3XA 3V7RA 2JT4A 3GNGA 1TXQA 4KGZB 2H5KA 1QVPA 4HA8A 3OSVA 1SRLA 1GFCA 1ZQ1A 3FRNA 2KQWA 1U8RA 4JS5A 3RKWA 2ZPFB 4A4CA 3VRZA 5ECAA 3QDRB 3PQZA 2CKKA 3DB3A 1SHBA 1PG5B 2RI2A 2QEXA 1AYBA 3CC4T 3ME9A 1QG1E 3ZFJA 3O8VA 1Y1UA 4F7UF 1XTDA 1UE9A 2AZVA 1ZSZA 5CK9A 3G71A 3OS1A 1HSQA 1IHVA 3CCEA 3CCJQ 2RQVA 3VS0A 2ETZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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