4D8KA

Crystal structure of a sh3-sh2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (lck) from homo sapiens at 2.36 a resolution
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transferase
molecule keywords Tyrosine-protein kinase Lck
total genus 32
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4d8kA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4d8kA02
1M61A 5GJWB 4L1BB 2OI3A 3H0HA 2XMFA 1F2FA 1UDLA 2RQTA 5DC9A 3PVLA 1VYVA 1UJ0A 2C0TA 2KNOA 2RSYA 1X27A 2J7IA 1GCQC 4FSSA 3MXCA 1CSYA 4Z88A 2IUGA 3N84A 1JWOA 1MV0B 3BUOB 4E6RA 1G83A 2D8HA 1K0SA 1E6HA 1SHFA 1ZFPE 1X6BA 5IBMA 1K1ZA 2LCSA 4DEXA 1O4GA 2KROA 2VIFA 3M7FA 3OV1A 1BF5A 1Z9ZA 2DLYA 1OOTA 5IH2A 1ZUKA 2K9GA 2HUWA 1RQQC 1BLJA 5EELA 3LH5A 4OHLA 2L3QA 1A1CA 1LCJA 1CWEA 2DLPA 3EGUA 1E6GA 5HCKA 1JYUA 3CD3A 1PHTA 1ZUYA 1K76A 3VS5A 2YU7A 2K2MA 1HD3A 4GL9E 4LUDA 2DVJA 1O4HA 1WXTA 2C0IA 2BZ8A 4FBNA 2OQ1A 2DM1A 1FBZA 2EQIA 2GNCA 2B86A 4EY0A 1LKKA 3HIZB 2JYQA 1WI7A 2AZVA 2KEAA 2PZ1A 3TKZA 2LJ0A 2MK2A 3ULRB 2XP1A 3GBQA 3NMZC 1R1QA 4X1VA 4OMMA 1AD5A 2AKLA 2L3TA 4F59A 2E5KA 4RTTA 3GXWA 1NLPC 1U3OA 2CIAA 4F5BA 1D1ZA 1ZUUA 4J9EA 1WQUA 3C0CA 1J3TA 4ORZA 2H5KA 2K3BA 1QADA 4DGPA 2YUPA 1BHHA 1FU5A 2GTJA 3IN7A 2MRJA 3PJPA 4NWGA 2CUDA 5AULA 4EIHA 2ECZA 4XZ1A 1QCFA 1X2KA 2RN8A 5DC4A 2GSBA 3VS6A 1AOTF 1ZBJA 4OHIA 4GWFA 5GJIA 3N8MA 2B3OA 1OPKA 3KFVA 3UA6A 2BZYA 2FPEA 5IXFA 1AYCA 1BFJA 3VRYA 1X0NA 4AFSC 2JMCA 1NYGA 5EHRA 2O9VA 2K7AB 5EEQA 1T3SA 3S8LA 2DF6A 2LQNA 5KAZA 2MRKA 2H8HA 1A81A 1KA7A 2RQRA 2EO6A 3NGPA 1PRMC 3C7IA 2EVRA 1LCKA 1Y0MA 4FL3A 1SHDA 2RQVA 2EKXA 2J6KA 3T04A 4A4BA 2MIOA 1SPSA 1RUWA 2MOXA 1O47A 1O4CA 1M3CA 1YN8A 4A63B 3BKBA 1WDXA 1TUDA 2ENMA 3PE0A 5EG3B 4LUEA 4F14A 1CJ1A 2RMXA 2RORA 3EG1A 1JQQA 2GTOA 2KYMA 2NWMA 1E7OA 2JTEA 4IIOA 2HMHA 1FHSA 1T3LA 2DRKA 2KRSA 2LCTA 4RUGA 5EHPA 4OMOA 2AK5A 1BKMA 1GHUA 1JXOA 1NEGA 1PNJA 1WX6A 2M0YA 2ETZA 5HKWA 4J9IA 1PRLC 2K7AA 2EU0A 3BUMB 3M0TA 1W70A 3EG2A 1O4EA 2JXBA 1M8MA 1I1JA 3MXYA 1PKSA 1O4LA 1NRVA 1AVZC 2DMOA 2KR3A 1OO4A 4NWFA 2LJ1A 3VS7A 2FCIA 1O4QA 1RJAA 3NPFA 2D0NA 1BHHB 2DM0A 3TVTA 4RTYA 1H3HA 5EC7A 2OJ2A 2ROLA 4K45A 5HKZA 2L3SA 1YNZA 1ARKA 2PLDA 1W6XA 2HDXA 1QKWA 2CREA 1YP5A 1A07A 4KRTA 2RF0A 2AOAA 3PSJA 1M30A 3UA7A 1CWDL 5FWCA 2X3WD 1MILA 3VS4A 1BHFA 3N7YA 1AWJA 1GBQA 2PNAA 1SEMA 2VWFA 4AFZC 5IHKA 4HXJA 1F1WA 1SRLA 2YUNA 1PICA 4U17A 1QKXA 3REBB 2Y1MA 3PFVA 2V1RA 1UHFA 2O88A 2F2WA 1Y1UA 4JJCA 1O42A 1BK2A 3EAZA 1OV3A 1U5SA 5BO4A 2KYBA 1I07A 1O43A 3VRZA 4AG1C 4J9HA 1NLOC 2RQWA 3PQZA 2M51A 1BU1A 1YWOA 2DBKA 1QG1E 4ZNXA 1B07A 3ZNIA 3A98A 1FU6A 1WFWA 2I0NA 1GCPA 2LJ3A 1S1NA 5L23A 1GFDA 1U06A 2F2XA 4HCKA 3EHQA 2EGAA 2AZSA 3KFJA 1TZEE 4F5AA 2ESWA 1KSWA 1M3BA 2DE0X 1BG1A 2KK6A 1OEBA 2W0ZA 1O4IA 2KT1A 1CKAA 1SSHA 2JM8A 3VS3A 1O4NA 1UUEA 1ZLMA 4WWQA 2BZXA 3CXLA 1O4JA 3OP0A 2K79A 1RLQC 5IBSA 1MW4A 2KXCA 2LX7A 2ED0A 3SHWA 1VYUA 2X3XD 5DF6A 4AFQC 4HVWA 2MQIA 1NG2A 1YWPA 1O48A 2MC1A 3RBBB 2CT4A 4GBQA 1R1SA 1K4US 2J05A 3HCKA 3PS5A 2J6OA 4RTVA 2YSXA 5D0JA 1HJDA 2JMAA 2KBTA 3PSKA 1JO8A 2ROTA 2KRMA 1I0CA 1N5ZA 4LNPA 4IIMA 1HSQA 1ZSGA 2FO0A 1A08A 1O4DA 1O4PA 1R1PA 4JJBA 5DC0B 1QWFA 2LP5A 2LQWA 2FPFA 3CQTA 2JW4A 1NZLA 3UATA 1SHGA 2VVKA 5FWBA 4D8KA 4XZ0A 2D8JA 1O41A 5AXIA 1BM2A 3SEMA 1JYQA 1FYRA 4ROJA 2CUBA 4JGHA 2G6FX 2YUQA 3VRPA 1D4WA 4RTXA 4HVVA 1AWWA 2O9SA 1O4FA 2CR4A 1OO3A 1UURA 2PNBA 1FMKA 2GBQA 2PNIA 3EG3A 3RNJA 3FJ5A 1AZGB 1H92A 1UJYA 1BB9A 2DL7A 1Z3KA 5CDWA 1NYFA 2CSQA 2JS0A 1FBVA 4DGXA 5FW9A 1X6GA 3OB1B 1CSZA 2EYYA 1T0JA 1WYXA 3WA4A 1O4RA 3H0IA 4E68A 3I9QA 3VS2A 2CH4A 5I11A 2DCRA 1UUSA 4Y92A 3IN8A 3VRQA 3M0PA 2HSPA 3IMJA 2RMOA 3O5ZA 2D1XA 1SPKA 2Y1NA 2DL3A 4U1PA 2EYVA 2AKKA 2RNAA 1O44A 2O2OA 2EBPA 4JJDA 1YVLA 1MV3A 1JYRA 2YSQA 3IQLA 2C9WA 4OHEA 2HEQA 2LNXA 3EACA 1NM7A 1AOJA 2DRMA 2LNHB 2DBMA 2AUGA 1AWXA 2DX0A 2CBLA 3MAZA 2GGRA 2JS2A 1KC2A 3QWXX 4JZ4A 3CBLA 1CKBA 4OMPA 2L0AA 2L2PA 1V1CA 2GQIA 2KXDA 2CI9A 3HHMB 4OMNA 1PWTA 1H8KA 2PTKA 4RTWA 5IHNA 3TSWA 3VGOA 1AYBA 2FEIA 5GJHA 1O4BA 2L4KA 3TL0A 1M3AA 2LNWA 1A1EA 2CI8A 1OPLA 2KGTA 5I6VA 4J9FA 3S9KA 2DYBA 1AYAA 4HVUA 2J06A 2V1QA 2EO3A 1YCSB 1SHBA 1X6CA 2DL8A 4H1OA 2J6FA 3BUXB 3R6NA 1AYDA 2DL5A 4J9GA 3VRNA 2CS0A 1O46A 1MUZA 1T0HA 3CWGA 2EGEA 1GBRA 2EOBA 1UG1A 1FYNA 3VRRA 2OZOA 4F17A 2DJQA 2O31A 1AZEA 3U23A 3H41A 4JEGA 1D4TA 1UTIA 2P4RA 2L6KA 4OHDA 1I3ZA 4Z89A 2CH4W 4OMLA 1KA6A 1W1FA 1RPYA 1M27C 2ED1A 4E93A 1UFFA 1WIEA 5J3XA 2KE9A 1WA7A 4CC4B 2HBWA 1X69A 4FL2A 4RTZA 1A1AA 2HDAA 3M0SA 1CSKA 2K6DA 2OAWA 2SEMA 5IXBA 4D8DA 3M0QA 2K79B 2AOBA 4R0KA 2FRWA 1WXBA 2A36A 1SKJA 4LN2A 1KIKA 5ECAA 1XOVA 1AB2A 3M0RA 4WCIA 1WXUA 2YT6A 1GL5A 4K2RA 1UGVA 1Y57A 2A37A 1VA7A 1QLYA 1PKTA 2QDLA 4K44A 4ESRA 2YUOA 2YDLA 1AEYA 2HDVA 4JZ3A 2DA9A 3OVEA 2DNUA 1RI9A 1ABQA 2JT4A 2EYXA 3I35A 3REAB 3I5SA 4A4CA 3PVQA 1O4OA 1QWEA 3M0UA 2PLEA 3VS1A 3H0FA 2FPDA 4H34A 4TZIA 4GLMA 1IJRA 2BTTA 4Z8AA 1BBZA 4DEYA 2EGCA 1LUKA 3S8NA 2KNBB 1O4MA 3UYOA 1B47A 1G2BA 2HCKA 5IHIA 4AFUC 1WLPB 2H46E 2KRNA 2Y3AB 1NZVA 2LMJA 3TSZA 2EYZA 4EIKA 2RPNA 3OB2B 4J9BA 2F2VA 2FG0A 4P9VA 2EYWA 4QSYA 3GXXA 1B3QA 1TG0A 3US4A 5GJVB 1GCQA 2A28A 3VS0A 1JU5A 3K2MA 2CRHA 3GQIB 3JV3A 2L3PA 3ZL7C 2FRYA 3IMDA 1UE9A 4AG2C 2JM9A 1O45A 1LUNA 1LKLA 1P13A 2SHPA 3BUNB 1HCSB 1M27A 1AWOA 2VKNA 4JPBW 4LE9A 4RTUA 1TUCA 2W10A 4F16A 4M4ZA 1A0NB 4OMQA 3PLFB 3QWYA 1O4KA 1A09A 2RQUA 1SRMA 1AOUF 1KJWA 1LUMA 3THKA 1LUIA 4CC2A 1BMBA 3BUWB 1VYTA 1X43A 4GPLB 1EFNA 2ABLA 2DX1A 1IO6A 1BKLA 4JE4A 1ZX6A 5I22A 1UECA 2DL4A 2A08A 2RVFA 2ECDA 1NEBA 4J9DA 1BLKA 2GE9A 2CT3A 1RLPC 2IZVA 1BFIA 1JEGA 1KFZA 2EPDA 1A1BA 1IS0A 3NHNA 2EW3A 2DILA 2C0OA 1K9AA 1O4AA 2NUZA 2QMSA 3S8OA 4CC3A 3I5RA 2DLZA 1X2QA 2CDTA 2EKHA 4CC7A 1O49A 1HCTB 2IUHA 3EHRA 1SHAA 2IIMA 2EL8A 1JXMA 1GFCA 2SRCA 3EG0A 4K11A 1UHCA 2KT8A 2IUIA 1GRIA 1K0XA 5HKYA 1ABOA 2MCNA 2BBUA 4P9ZA 1SPRA 4J9CA 3UF4A 3VROA 2CSIA 1YVHA 1JU5C 4X6SA 2LZ6B 1Z9QA 1TCEA 4QT7A 1H9OA 4OHHA 1XA6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G3TA 1F2FA 2K57A 4IUQA 1UJ0A 3P8HA 1X27A 3BE3A 2X4YA 3OYDA 4PJOD 3A1PA 2P0KA 2CP3A 1K1ZA 2LCSA 1VQ6A 4GY5A 2EKOA 3VKIA 3QPHA 3CCJQ 4E7HA 3HFNA 5EELA 4OHLA 3EFSA 1ZQ1A 3MEWA 1A1CA 1IHWA 2V26A 1NPPA 1PSEA 2DLPA 1SSFA 1E6GA 5HCKA 3CD3A 3VS5A 2JVVA 1D1AA 1HD3A 4LUDA 2M1HA 4F7UB 1O4HA 2C0IA 1KK7A 2BZ8A 3V7SA 2XHCA 1NZ9A 3T9NA 4EY0A 4NS5A 2WACA 1WJQA 1UGQB 4M78F 4J6YA 2L3TA 2V8KA 2E5KA 1NLPC 2CIAA 3OYNA 1VQ8A 1ZUUA 4C8QD 2K5IA 4ORZA 2H5KA 2K3BA 2CYZB 4Y28E 5HK3A 3OS1A 1FU5A 4NWGA 2XDPA 4XZ1A 1WHHA 1QCFA 4EDUA 2RI3A 3OSVA 2GSBA 2M9UA 2DEUA 1AOTF 3F70A 3HKSA 2B3OA 4RCCA 3KFVA 2BZYA 2FPEA 1VQOQ 1R0CB 3CCVQ 1M2VA 3VRYA 4C92D 5LJ3j 2O9VA 2K7AB 1VQ4A 1T3SA 5KAZA 1VIEA 2H8HA 2DYIA 1YJNA 1QVGA 1PRMC 1LCKA 1Y0MA 4FL3A 2RHZA 3CXCA 1SHDA 2EKXA 3T04A 1O47A 1M3CA 3BKBA 5EG3B 4FYWB 4LXCA 5GMKm 2RO0A 3MEVA 4MMLA 2GTOA 2KYMA 1ZSZA 5KCOA 3OYGA 1VQPT 2JTEA 3QHSA 1FHSA 1T3LA 3S3MA 3OYMA 5EHPA 4OMOA 5KYWA 2E5QA 1BKMA 2FZKB 1NEGA 4J9IA 1PRLC 2K7AA 3M0TA 1W70A 2F5TX 3EG2A 2JXBA 3QXEB 3X28B 1PKSA 5GANe 3CC4Q 4NWFA 3QUIA 4C92C 1QP2A 1RJAA 2D0NA 3TVTA 2HQHA 1H3HA 5FROA 1OI1A 5KYXA 2ZAEA 2RK1A 2CREA 2AOAA 4JRKA 4KRTA 2RF0A 4E7SA 3CCQQ 1G3YA 1MILA 1K9MU 2LT4A 3BDLA 2O01E 1AWJA 2PU9B 5CQYA 1SEMA 3JCMc 2PNAA 1VQLQ 5IHKA 1UB4A 1W2BP 2ZZDA 4R56A 4ZN1A 1F1WA 2CP6A 2YUNA 4U17A 3G6EQ 3PFVA 2HSEB 5LJ5e 2F2WA 4JJCA 5GAOm 2BUDA 5GMKj 4QQGA 3OYIA 3RIRA 4IUUA 2GQVA 1BU1A 1I5OB 3I55Q 1B07A 2I0NA 5GAN6 4WTOB 3SDZA 3OYCA 1GFDA 5HKCA 3KFJA 5GMKl 5LJ3g 1TZEE 2MMPA 3BDUA 1Q81C 1VQMT 1BG1A 2KK6A 4PJNA 2ZPBB 2KT1A 1VQKT 2QQ9A 4WWQA 1BI1A 2BZXA 1O4JA 3OP0A 1RLQC 1K73U 2LX7A 2KGYA 4AFQC 2CGHA 1NG2A 4P5NA 5IT9E 1O48A 3RBBB 2CT4A 4GBQA 2DXBA 3PS5A 1QQJA 4BY6B 3QG1A 4RTVA 4QW2A 4M78G 5D0JA 1HYOA 1IZ6A 3PSKA 3FLGA 3RKYA 2C06A 4OVAA 4B6MA 2ROTA 4LNPA 3OQ5A 2FO0A 3RDVA 2QTVA 1R1PA 1YJ9A 5DC0B 2LP5A 4F7UG 4X34A 2QQSA 1SHGA 1Y71A 1YHQA 2D8JA 3CC2A 5AXIA 3SEMA 5GAN8 1D4WA 3DLLA 4FYVB 3JCMJ 1FMKA 2GBQA 3EG3A 1C0MA 1R0BG 1Z3KA 1VQ9Q 1D09B 5GAOl 4DGXA 2WSEE 3OB1B 3LX7A 1HXDA 3I9QA 3CEYA 2DCRA 4KT0E 3FRNA 3S6WA 1IRXA 2HSPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M61 A;  5GJW B;  4L1B B;  2OI3 A;  3H0H A;  2XMF A;  1F2F A;  1UDL A;  2RQT A;  5DC9 A;  3PVL A;  1VYV A;  1UJ0 A;  2C0T A;  2KNO A;  2RSY A;  1X27 A;  2J7I A;  1GCQ C;  4FSS A;  3MXC A;  1CSY A;  4Z88 A;  2IUG A;  3N84 A;  1JWO A;  1MV0 B;  3BUO B;  4E6R A;  1G83 A;  2D8H A;  1K0S A;  1E6H A;  1SHF A;  1ZFP E;  1X6B A;  5IBM A;  1K1Z A;  2LCS A;  4DEX A;  1O4G A;  2KRO A;  2VIF A;  3M7F A;  3OV1 A;  1BF5 A;  1Z9Z A;  2DLY A;  1OOT A;  5IH2 A;  1ZUK A;  2K9G A;  2HUW A;  1RQQ C;  1BLJ A;  5EEL A;  3LH5 A;  4OHL A;  2L3Q A;  1A1C A;  1LCJ A;  1CWE A;  2DLP A;  3EGU A;  1E6G A;  5HCK A;  1JYU A;  3CD3 A;  1PHT A;  1ZUY A;  1K76 A;  3VS5 A;  2YU7 A;  2K2M A;  1HD3 A;  4GL9 E;  4LUD A;  2DVJ A;  1O4H A;  1WXT A;  2C0I A;  2BZ8 A;  4FBN A;  2OQ1 A;  2DM1 A;  1FBZ A;  2EQI A;  2GNC A;  2B86 A;  4EY0 A;  1LKK A;  3HIZ B;  2JYQ A;  1WI7 A;  2AZV A;  2KEA A;  2PZ1 A;  3TKZ A;  2LJ0 A;  2MK2 A;  3ULR B;  2XP1 A;  3GBQ A;  3NMZ C;  1R1Q A;  4X1V A;  4OMM A;  1AD5 A;  2AKL A;  2L3T A;  4F59 A;  2E5K A; 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 1AB2 A;  3M0R A;  4WCI A;  1WXU A;  2YT6 A;  1GL5 A;  4K2R A;  1UGV A;  1Y57 A;  2A37 A;  1VA7 A;  1QLY A;  1PKT A;  2QDL A;  4K44 A;  4ESR A;  2YUO A;  2YDL A;  1AEY A;  2HDV A;  4JZ3 A;  2DA9 A;  3OVE A;  2DNU A;  1RI9 A;  1ABQ A;  2JT4 A;  2EYX A;  3I35 A;  3REA B;  3I5S A;  4A4C A;  3PVQ A;  1O4O A;  1QWE A;  3M0U A;  2PLE A;  3VS1 A;  3H0F A;  2FPD A;  4H34 A;  4TZI A;  4GLM A;  1IJR A;  2BTT A;  4Z8A A;  1BBZ A;  4DEY A;  2EGC A;  1LUK A;  3S8N A;  2KNB B;  1O4M A;  3UYO A;  1B47 A;  1G2B A;  2HCK A;  5IHI A;  4AFU C;  1WLP B;  2H46 E;  2KRN A;  2Y3A B;  1NZV A;  2LMJ A;  3TSZ A;  2EYZ A;  4EIK A;  2RPN A;  3OB2 B;  4J9B A;  2F2V A;  2FG0 A;  4P9V A;  2EYW A;  4QSY A;  3GXX A;  1B3Q A;  1TG0 A;  3US4 A;  5GJV B;  1GCQ A;  2A28 A;  3VS0 A;  1JU5 A;  3K2M A;  2CRH A;  3GQI B;  3JV3 A;  2L3P A;  3ZL7 C;  2FRY A;  3IMD A;  1UE9 A;  4AG2 C;  2JM9 A;  1O45 A;  1LUN A;  1LKL A;  1P13 A;  2SHP A;  3BUN B;  1HCS B;  1M27 A;  1AWO A;  2VKN A;  4JPB W;  4LE9 A;  4RTU A;  1TUC A;  2W10 A;  4F16 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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