5IBMA

Structure of s502p, a cancer-associated mutation of the oncogenic phosphatase shp2
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
522
structure length
480
Chain Sequence
RRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEHQLKEIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGKEAEKLLTEKGKHGSFLVRESHPGDFVLSVRTGKSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSKGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRYKNILPFDHTRVVLHDGDPPVSDYINANIIMPEFKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRPGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
publication title Structural and Functional Consequences of Three Cancer-Associated Mutations of the Oncogenic Phosphatase SHP2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 153
structure length 480
sequence length 522
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00102 Y_phosphatase Protein-tyrosine phosphatase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 5ibmA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 5ibmA02
3.90.190.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A Protein tyrosine phosphatase superfamily 5ibmA03
1CJ1A 1M61A 1JWOA 1GWZA 1QADA 4K44A 1YTSA 3S3FA 5KA2A 3QWYA 2CFVA 3OB1B 1O4CA 3S4EA 5K23A 1BHHB 5DC4A 1LKLA 4H1OA 4FBNA 2B4OA 2H4KA 3PS5A 2ZN7A 3D42A 3VRZA 2NTAA 1O4QA 3IN7A 2CM3A 2F70A 2NLKA 5KA3A 4QBEA 4ERCA 4JNBA 3OV1A 5IBMA 3M4UA 4WTYA 2ECDA 1YVLA 3F99A 1PTTA 2CBLA 4RI5A 3ZNIA 2HMHA 3GXXA 1WQUA 1KSWA 3CWGA 3A5KA 2F6VA 1O4LA 1PH0A 1P13A 2QMSA 4RKKA 2FCIA 1MILA 3VS1A 3IMJA 4EY0A 4L1BB 2C46A 4OHLA 1A5YA 5HKYA 1VHRA 3BUXB 1G1HA 5KA1A 1A07A 2VEYA 3F9BA 5GJHA 3V0IA 2OZ5A 1NWLA 1QZ0A 4ROJA 1PA9A 1PXHA 1FPRA 5CDWA 2Y96A 2CNGA 1C84A 1HCTB 2HCKA 1H9OA 1A08A 2LNXA 2F71A 2FH7A 3QCKA 1X0NA 2HY3A 2CI8A 2CMCA 4ZI4A 3QCBA 3SR9A 1PTYA 5EEQA 5GTJA 3S8OA 1G7FA 1O4FA 2MQIA 1OHCA 1O4NA 1C85A 2AOAA 1AB2A 3U96A 2I4HA 2G59A 3S3KA 1FMKA 2BBUA 3QKQA 5IBSA 1G7GA 3ZM2A 1BM2A 3VS5A 1O48A 3VRPA 1EEOA 1YGRA 2CI9A 1NL9A 2B07A 4OHEA 1OESA 3O3LA 4JBCA 4RDDA 1JU5A 1BHHA 1ONZA 2I4GA 1A1EA 1GRIA 2DLYA 3CBLA 1Q6JA 1UURA 1Q6PA 1NWEA 2DX0A 1ECVA 2L6KA 1A81A 3BUOB 1G1FA 5BX1A 4ZRTA 3VS0A 5LXQB 2I42A 2Y1NA 4GFVA 4XZ0A 3BLTA 3S3HA 1YTNA 1BMBA 3MAZA 2B4PA 1O4PA 5D0JA 4TVVA 1I9TA 4QAPA 1Z3KA 1QXKA 2EYVA 3VS4A 1CSZA 2VIFA 2HDVA 1CWDL 1JYQA 2C0IA 5DC0B 1TZEE 1SHBA 1M3GA 1PYNA 4GRZA 1BHFA 4PYHA 3EB1A 1WCHA 2I3UA 4H34A 1OHEA 2J17A 1O4GA 1O4AA 3D1OA 1AOUF 1KC2A 1YGUA 3O4SA 1BG1A 3VRNA 3T04A 5M43A 1CSYA 1Q6MA 1HCSB 2A8BA 1LCKA 2H02A 4FL3A 2RORA 3GXHA 3ZV2A 3MMJA 4YR8B 1M27A 3S8LA 5K22A 2RVFA 1JF7A 1G4WR 3EU0A 3D9CA 1A09A 5AXIA 1MKPA 2BGDA 1JYUA 2MBCA 2PQ5A 1LUKA 3BM8A 2OOQA 2I6OA 2H4VA 1Q6TA 3IN8A 1JYRA 3H2XA 1P15A 1OPLA 3ZM0A 4QUMA 1LUMA 3HHMB 1D4WA 2CMAA 2C9WA 1F1WA 4XZ1A 1B47A 2HC2A 2I3RA 2B3OA 2IUHA 1MW4A 4K2RA 3SMEA 4JE4A 2YU7A 3GXWA 2QBQA 3OLRA 2QEPA 1O4IA 2SRCA 3QCHA 1RPYA 4E68A 4PVGA 3D1HA 2F6WA 3ZM3A 4FL2A 1T4JA 1XXPA 1QCFA 3KFJA 1ZCLA 3TL0A 3S3EA 3BUMB 1OO4A 2PTKA 4HJPA 4ICZA 1BLKA 4NWGA 2HVLA 1G4US 1QG1E 2PT0A 4ZN5A 4LUEA 2B49A 3NMEA 4DGPA 3O4TA 2OQ1A 1NNYA 2PNBA 3BRHA 1OPKA 2IUGA 2OZOA 3BLUA 2CNEA 2I6JA 1O4BA 1O4DA 1NZLA 3NHNA 1O4RA 4D8KA 3MOZA 2R0BA 5BUGA 4WOHA 3F41A 3VS7A 4Y2EA 1TCEA 2H5KA 3EACA 4OHDA 5KAAA 2CJZA 3EAZA 3MOWA 2AHSA 3I7ZA 4E93A 3GXGA 2PSZA 1ONYA 4A4CA 2F46A 2Y1MA 3VROA 1KA6A 1UUSA 2PLDA 2L3TA 4K11A 4D3PA 2XP1A 1SHDA 2LQWA 1AYDA 5DC9A 5AULA 3S9KA 5KA9A 2DLZA 3PSKA 2GP0A 1O4JA 3PJPA 1YPTA 1I3ZA 2LCTA 2RMXA 1NRVA 3ZMQA 4P9VA 3A5JA 1RJAA 3ZM1A 3QWXX 4AZ1A 4YAAA 1G1GA 3AWGA 5MMZB 2C7SA 4GRYA 1OEOX 1BZHA 2G6ZA 4P9ZA 4M4ZA 1PTUA 3AWEA 4GWFA 1X27A 2B4SA 2I6MA 3EAXA 2EYZA 1KAVA 5EELA 2HXPA 5KA0A 4RI4A 4QSYA 3V0FA 1O4EA 1YWFA 1BZCA 1O42A 5K9WA 2BV5A 2I75A 2CM7A 1L8GA 3C7IA 2AZRA 2IZVA 1C86A 3AWFA 3F81A 3V0DA 4KYRA 4OHIA 1X6CA 4JEGA 1O4KA 2MK2A 3RGQA 2JJDA 1Y1UA 4GE6A 1RQQC 1FYRA 1T48A 1PTVA 1NZVA 5EG3B 2I6IA 4RHGA 2I1YA 2LQNA 1R6HA 4KYQA 1ZC0A 1XBOA 4QAHA 4R0TA 4J51A 2F6ZA 4GS0A 3S4OA 1R1SA 4GL9E 4HJQA 4S0GA 3CXLA 2F6TA 2BZLA 1GHUA 1U24A 2EO3A 1WRMA 2NT7A 4QUNA 2QBSA 3OVEA 1D1ZA 2GE9A 3TKZA 2CMBA 3QCNA 2H4GA 2Y2FA 1BLJA 3BKBA 5J3XA 2BGEA 4GE2A 4TZIA 2FJMA 3N0AA 3OMHA 2CM8A 2H8HA 3B7OA 4JMJA 2B4UA 2C0TA 2EL8A 1XRIA 1LYVA 1NO6A 1O43A 4A4BA 5DF6A 1OETA 2GWOA 3K2MA 2MRJA 4D3RA 4WU3A 5KACA 3BUWB 5EHPA 1FBZA 5KAZA 1O44A 1RPMA 3PLFB 2KK6A 1U25A 4WU2A 1C83A 4MBBA 1J4XA 3UF4A 1OHDA 3O4UA 1IS0A 3HIZB 4NX8A 3CD3A 2YDUA 3N84A 3RO1A 1Q1MA 4GPLB 1AOTF 5J8RA 4GFUA 1Q6SA 2MC1A 2F6YA 3S8NA 1O47A 5BO4A 3GQIB 1LQFA 1SKJA 1YTWA 2IUIA 2WGPA 5KA7A 2QCJA 2K79B 1A1AA 3OB2B 3VS3A 3RZ2A 1LUNA 1O4OA 2P6XA 4GE5A 4NWFA 3MXCA 1ZCKA 2H03A 1Y57A 3RGOA 2BIJA 2F6FA 2OC3A 3QCLA 2EKXA 4R30A 2C0OA 2HCMA 1LUIA 2J16B 2Q47A 4RH5A 1RXDA 3VRRA 3QCGA 2CM2A 2QBRA 3V0GA 1XXVA 1OEMX 1K9AA 4NNDA 2CS0A 3V0EA 3I36A 1O4HA 3VGOA 4F5BA 1A1CA 1YN9A 2H46E 3EZZA 5K9VA 3QKPA 3CM3A 5HKZA 1AYCA 1AYBA 4JGHA 2CIAA 1D5RA 3PQZA 1ZZWA 2KNOA 3F9AA 3QCDA 3QCJA 1AYAA 3QCCA 2IMGA 4WWQA 4D3QA 1FBVA 2RSYA 2PLEA 2ESBA 1T49A 1JLNA 1SPRA 2HC1A 2JYQA 1A1BA 1BZJA 1OEUA 2Q05A 3UYOA 2DM0A 3VRQA 3ZMPA 3WA4A 4Y14A 1R1QA 5K24A 1SHAA 2LNWA 2FJNA 4NYHA 3V0HA 4IKCA 1V3AA 2I6PA 3D44A 4Z6BA 4DGXA 2E0TA 2EYYA 3LJ8A 1AAXA 3QCIA 4K45A 3VS2A 3MXYA 2CNFA 2ABLA 4KI9A 1KAKA 2NZ6A 1I9SA 2QBPA 2QDMA 1LKKA 2RF6A 2QCTA 1SPSA 2VEWA 3PFVA 2YSXA 2CNIA 2SHPA 5BZXA 1U26A 2FO0A 3N7YA 1BF5A 2H04A 1C87A 5HDEA 3QCEA 1WAXA 3IMDA 1BKMA 2K7AB 3VRYA 2NT2A 5EHRA 3D1QA 2HUWA 5I6VA 4BJOA 1O46A 2I5XA 3O5XA 4I8NA 2M3VA 1ZFPE 2HNPA 4F59A 2J16A 1XM2A 1IJRA 2HDXA 1XA6A 3HCKA 1L8KA 2NV5A 3QCMA 2GSBA 3N8MA 1Q6NA 4EIHA 1OEVA 3PSJA 1FQ1A 1YZ4A 2VEVA 1G83A 1O41A 5KADA 4RH9A 1BFIA 2EO6A 2DXPA 2PNAA 1LCJA 1O49A 1OO3A 2CR4A 2GJTA 2AOBA 1SUGA 3OP0A 1C88A 3CWEA 5AWXA 1O4MA 1F2FA 2QDCA 2EU0A 2CNHA 3QCFA 4JMKA 5KA8A 1EENA 1PA1A 1NZ7A 2EOBA 4F5AA 2ZMMA 1FU6A 3I80A 5HKWA 2Y3AB 5KABA 1I57A 4U17A 4QBWA 4R0SA 1YVHA 2VEUA 2PBNA 4U1PA 4OHHA 2P4DA 3V0JA 2DCRA 1BKLA 5K25A 1KA7A 2A3KA 5GJIA 1BFJA 1O45A 3M7FA 2VEXA 1R1PA 1D4TA 1FPZA 2PA5A 2MRKA 2DVJA 4BPCA 4HRFA 1FU5A 3BUNB 2PI7A 4B04A 1PICA 2QDPA 4X6SA 3US4A 1CWEA 3VS6A 2I4EA 5BZZA 2AUGA 5KA4A 2L4KA 1YFOA 1AD5A 2CRHA 1LARA 2OUDA 4LUDA 1X24A 1FHSA 3EMUA 2ETZA 2HNQA 1GFYA 2HB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JFFA 1CJ1A 1M61A 1JWOA 1GWZA 2UUOA 1QADA 4K44A 1YTSA 3S3FA 5KA2A 3QWYA 2CFVA 3OB1B 1O4CA 3S4EA 5K23A 1BHHB 5DC4A 1LKLA 4H1OA 4FBNA 2B4OA 2H4KA 3PS5A 2ZN7A 3D42A 3MVNA 3VRZA 2NTAA 1O4QA 3IN7A 2CM3A 2F70A 2AM2A 4CVKA 2NLKA 5KA3A 4QBEA 4ERCA 4JNBA 3OV1A 5IBMA 3M4UA 4WTYA 2ECDA 1YVLA 3F99A 2F00A 1PTTA 2CBLA 4RI5A 1E0DA 3ZNIA 2HMHA 3GXXA 1WQUA 1W7KA 1KSWA 3CWGA 3A5KA 2F6VA 1O4LA 1PH0A 1P13A 2QMSA 4RKKA 2FCIA 1MILA 3VS1A 3IMJA 4EY0A 3ZM6A 4L1BB 2C46A 4OHLA 1A5YA 5HKYA 1GQQA 1VHRA 3BUXB 1G1HA 5KA1A 1A07A 2VEYA 2LRAA 3F9BA 5GJHA 3V0IA 2OZ5A 1NWLA 1QZ0A 4ROJA 1PA9A 1PXHA 2WTZA 1FPRA 5CDWA 3N2AA 2Y96A 2CNGA 1C84A 1HCTB 2HCKA 1H9OA 1A08A 2LNXA 2F71A 2VOSA 2FH7A 3QCKA 1X0NA 2HY3A 2CI8A 2CMCA 4ZI4A 3QCBA 3SR9A 1PTYA 5EEQA 5GTJA 3S8OA 1G7FA 1O4FA 2MQIA 1OHCA 1O4NA 1C85A 2AOAA 1AB2A 3U96A 3NRSA 2I4HA 2G59A 3S3KA 1FMKA 1O5ZA 2BBUA 1GG4A 3QKQA 5IBSA 1G7GA 3ZM2A 1BM2A 3VS5A 1O48A 3VRPA 1EEOA 1YGRA 2CI9A 1NL9A 2B07A 4OHEA 1OESA 3O3LA 4JBCA 4RDDA 1JU5A 1BHHA 1ONZA 2I4GA 1A1EA 1GRIA 2DLYA 3CBLA 1JBVA 1Q6JA 1UURA 1Q6PA 1NWEA 2DX0A 4QDIA 1ECVA 2L6KA 1A81A 3BUOB 1G1FA 5BX1A 4ZRTA 3VS0A 5LXQB 2I42A 2Y1NA 2GC6A 4GFVA 4XZ0A 3BLTA 3S3HA 1YTNA 1BMBA 3MAZA 2B4PA 1O4PA 5D0JA 4TVVA 1I9TA 4QAPA 1FGSA 1Z3KA 1QXKA 2EYVA 3VS4A 1CSZA 2VIFA 2HDVA 1CWDL 1JYQA 2C0IA 5DC0B 1TZEE 1SHBA 1M3GA 1P31A 1PYNA 1BHFA 4PYHA 3EB1A 1WCHA 2I3UA 4H34A 1OHEA 2J17A 1O4GA 1O4AA 3D1OA 1AOUF 1KC2A 1YGUA 2Y1OA 1BG1A 3O4SA 3VRNA 3T04A 5M43A 1CSYA 1Q6MA 1HCSB 2A8BA 1LCKA 2H02A 4FL3A 2RORA 3GXHA 3HN7A 3MMJA 3ZV2A 4YR8B 1M27A 3S8LA 5K22A 2RVFA 1JF7A 1G4WR 3EU0A 3D9CA 1A09A 5AXIA 1MKPA 2BGDA 1JYUA 2MBCA 2PQ5A 1LUKA 3BM8A 2OOQA 2I6OA 2H4VA 1Q6TA 3IN8A 1JYRA 3H2XA 1P15A 1OPLA 3ZM0A 4QUMA 1W78A 1LUMA 3HHMB 1D4WA 2CMAA 2C9WA 1F1WA 4XZ1A 1B47A 2HC2A 2I3RA 2B3OA 2IUHA 1MW4A 2VORA 4K2RA 2VTEA 4BUCA 1P3DA 3K2TA 3SMEA 4JE4A 2YU7A 3GXWA 2QBQA 3OLRA 2QEPA 1O4IA 2SRCA 3QCHA 1RPYA 4E68A 5A5FA 4PVGA 3D1HA 2F6WA 3ZM3A 4FL2A 1T4JA 1XXPA 1QCFA 3KFJA 1ZCLA 3TL0A 3S3EA 4C13A 3BUMB 1OO4A 2PTKA 4HJPA 4CVMA 4ICZA 1BLKA 2Y67A 4NWGA 1UAGA 2HVLA 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3CXLA 2F6TA 2BZLA 3UAGA 1GHUA 1U24A 2EO3A 1WRMA 2NT7A 4QUNA 1EEHA 2QBSA 3OVEA 1D1ZA 2GE9A 3TKZA 2CMBA 3LK7A 3QCNA 2H4GA 2Y2FA 1BLJA 3BKBA 5J3XA 2BGEA 2JFGA 4TZIA 2FJMA 4GE2A 3N0AA 3OMHA 2CM8A 2H8HA 3B7OA 4JMJA 2B4UA 2C0TA 2EL8A 1XRIA 1LYVA 1NO6A 1O43A 4A4BA 5DF6A 1OETA 2GWOA 2XPCA 3K2MA 2MRJA 4D3RA 4WU3A 5KACA 3BUWB 5EHPA 1FBZA 5KAZA 1O44A 1RPMA 3PLFB 2KK6A 1U25A 4WU2A 1C83A 4MBBA 1J4XA 3UF4A 1OHDA 3O4UA 1IS0A 3HIZB 4NX8A 3CD3A 2YDUA 3N84A 3RO1A 1Q1MA 4GPLB 1AOTF 5J8RA 4GFUA 1Q6SA 2MC1A 2F6YA 3S8NA 1O47A 5BO4A 3GQIB 1LQFA 1SKJA 1YTWA 2IUIA 2WGPA 5KA7A 2QCJA 4ZIYA 2K79B 1A1AA 3OB2B 3VS3A 1E8CA 1LUNA 3RZ2A 1O4OA 2P6XA 4GE5A 4NWFA 3MXCA 1ZCKA 2H03A 1Y57A 3RGOA 2BIJA 2F6FA 2OC3A 3QCLA 2EKXA 4R30A 2C0OA 2HCMA 1LUIA 2J16B 2Q47A 4RH5A 1RXDA 3VRRA 3QCGA 2UAGA 2CM2A 2QBRA 3V0GA 1XXVA 1OEMX 1K9AA 4NNDA 2CS0A 3V0EA 3I36A 1O4HA 3PYZA 3VGOA 4QF5A 4F5BA 1A1CA 1YN9A 2H46E 3EZZA 5K9VA 3QKPA 3CM3A 2JFHA 5HKZA 1AYCA 1AYBA 4JGHA 2CIAA 1D5RA 3PQZA 1ZZWA 2KNOA 3F9AA 3QCDA 3QCJA 1AYAA 3QCCA 2IMGA 4WWQA 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 4B04 A;  1PIC A;  2QDP A;  4X6S A;  3US4 A;  1CWE A;  3VS6 A;  2I4E A;  5BZZ A;  2AUG A;  5KA4 A;  2L4K A;  1YFO A;  1AD5 A;  2CRH A;  1LAR A;  2OUD A;  4LUD A;  1X24 A;  1FHS A;  3EMU A;  2ETZ A;  2HNQ A;  1GFY A;  2HB1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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