2LQNA

Solution structure of crkl
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MSSARFDSSDRSAWYMGPVSRQEAQTRLQGQRHGMFLVRDSSTCPGDYVLSVSENSRVSHYIINSLPNRRFKIGDQEFDHLPALLEFYKIHYLDTTTLIEPAPRYPSPPMGSVSAPNLPTAEDNLEYVRTLYDFPGNDAEDLPFKKGEILVIIEKPEEQWWSARNKDGRVGMIPVPYVEKLVRSSPHGKHGNRNSNSYGIPEPAHAYAQPQTTTPLPAVSGSPGAAITPLPSTQNGPVFAKAIQKRVPCAYDKTALALEVGDIVKVTRMNINGQWEGEVNGRKGLFPFTHVKIFDPQNPDENE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Domain organization differences explain Bcr-Abl's preference for CrkL over CrkII.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Crk-like protein
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 303
sequence length 303
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
A PF07653 SH3_2 Variant SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 2lqnA02
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 2lqnA03
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 2lqnA01
2LNWA 1R1PA 1BM2A 2FPEA 1BBZA 1UJYA 2W10A 1KC2A 5GJWB 3UA6A 1A1AA 1H92A 2A37A 1GBRA 5I22A 1UE9A 4DEYA 2EYWA 4LUDA 1GL5A 3EHQA 2EKHA 1JYQA 4HVUA 4Y92A 1MV0B 2F2WA 4JJBA 4F14A 1X27A 4JPBW 4JZ4A 1H3HA 3VRRA 1WIEA 4GBQA 1PKSA 3VS1A 1PHTA 1FU6A 1AOUF 2EL8A 3TVTA 4ESRA 1O4AA 1OV3A 3N8MA 3UYOA 3A98A 3UA7A 4NWFA 4AG1C 2ENMA 1YCSB 3EGUA 2AZSA 1VA7A 2EO3A 1U06A 2LQWA 1BFJA 1X6BA 1CSKA 2MQIA 2DM1A 2FG0A 1JQQA 2L3PA 2DA9A 1B3QA 4K2RA 1T3LA 2FRWA 1AEYA 2A08A 2SEMA 1ZLMA 2Y1NA 1R1QA 2OAWA 1A0NB 5FW9A 1AWOA 4OMPA 1X6CA 1JU5C 2FEIA 1V1CA 2V1RA 2JW4A 4HVVA 3CD3A 2DRKA 2RN8A 4JGHA 1B07A 2K2MA 1D1ZA 1K0SA 1OPLA 1T0HA 2JM9A 2XP1A 2ECZA 2EVRA 1ZUKA 1Y0MA 2MRKA 1M8MA 2JS2A 1SHFA 1AWJA 2KRNA 1OOTA 1O4CA 4A4BA 3VROA 1I1JA 2BZYA 1AWXA 1FYNA 2D8HA 1Z3KA 2EO6A 2KRSA 1AYCA 1RLPC 1UTIA 2I0NA 2PZ1A 2SHPA 2DE0X 2FCIA 2BTTA 3VRYA 1O41A 4FBNA 3SHWA 1Z9QA 1D4WA 2HSPA 1CKAA 1WI7A 3CXLA 1HCSB 1QWFA 1WXUA 1LUKA 4AG2C 4R0KA 4IIMA 2J6OA 3EG0A 1K0XA 2CSQA 3VRNA 2RQWA 1F2FA 1O4PA 3REBB 3BUNB 2GQIA 4EY0A 1WLPB 3S9KA 1UURA 2DLZA 2CH4W 1M27C 3VGOA 1QLYA 2YUQA 2RNAA 2B3OA 2ROTA 4J9BA 2E5KA 2CSIA 2K3BA 2SRCA 1MILA 1WQUA 3C7IA 4HCKA 2BBUA 1UUEA 2KR3A 1NM7A 1D4TA 1WYXA 1NLOC 4Z8AA 3M0QA 1GCPA 4J9HA 4OMNA 1JU5A 4RUGA 1MW4A 1BFIA 4DGPA 1YNZA 2C0IA 2H8HA 3EAZA 1E6GA 4FL3A 2F2VA 2W0ZA 2DX0A 1TUDA 2Y3AB 3US4A 2DBKA 4F16A 2DCRA 1HD3A 2KEAA 3ZL7C 2PLDA 3EHRA 3I5SA 1A1EA 1FMKA 4RTWA 2IUGA 1NZVA 2K6DA 1BU1A 5IHNA 5I6VA 1AOJA 2CS0A 2AZVA 1AVZC 1RUWA 2LZ6B 3BUMB 2DX1A 4OMLA 1MUZA 4JEGA 4OHHA 4LUEA 5IHKA 1BKMA 2DMOA 4D8DA 3HIZB 2MCNA 3I9QA 4TZIA 3TL0A 1O42A 1O4BA 3VS7A 2J6FA 3N84A 5EHPA 2AUGA 4U1PA 2RF0A 5BO4A 1X0NA 4WCIA 4A63B 4CC4B 2PNBA 4XZ1A 2CI9A 3GXXA 2MC1A 1X6GA 1BF5A 1A1CA 1M27A 1ZUYA 2LCTA 1PKTA 2KK6A 3BKBA 1AD5A 1A1BA 2ABLA 4K45A 5IBMA 3EG1A 4HVWA 5GJVB 2BZ8A 2RMXA 3FJ5A 1BHFA 4AFSC 1JYRA 2P4RA 1M3AA 1YP5A 5FWCA 1AYAA 2DM0A 2MK2A 3T04A 1W6XA 1BHHA 2MOXA 4CC3A 3NHNA 2YUOA 3KFVA 1E6HA 3IMJA 4K11A 1P13A 2DBMA 2K79A 1NZLA 2EQIA 2IIMA 1O44A 5KAZA 2L2PA 5DF6A 2VWFA 1BHHB 2RORA 4ZNXA 1SSHA 1X43A 2J7IA 4L1BB 1OPKA 2PTKA 2K7AB 1UGVA 2HUWA 2K79B 1E7OA 1WA7A 2O9SA 3GXWA 5DC9A 4AFQC 2DVJA 3TSWA 2XMFA 1O4QA 3EG2A 1WXBA 2PLEA 1SRLA 2RQUA 2L3TA 3GBQA 3QWXX 1EFNA 2K9GA 2GNCA 1NLPC 1QKXA 4OHLA 2DF6A 3UATA 1KIKA 2YSQA 4HXJA 2CBLA 1I07A 4E6RA 4DEXA 1FU5A 2GSBA 4X1VA 1TG0A 1KSWA 3GQIB 1Y57A 1SEMA 2GTJA 4Z88A 3ULRB 4D8KA 4NWGA 3NGPA 2JS0A 4CC2A 1QKWA 3WA4A 2AK5A 1UFFA 5IHIA 4J9CA 4QSYA 1ARKA 1PRLC 2OZOA 4P9VA 4WWQA 1GFCA 3JV3A 5IH2A 3H0FA 3VS2A 2EYXA 2OI3A 1O45A 1SRMA 2MIOA 4EIHA 1TUCA 4JJCA 2EW3A 1JXMA 1U3OA 2JXBA 2KNBB 2HDAA 1VYTA 2LJ0A 2EGEA 1WFWA 1TCEA 1RI9A 5DC0B 1AYBA 2O9VA 1NYGA 3TSZA 1NRVA 3VRQA 2KE9A 1BK2A 3VRZA 2LNXA 4F17A 2OJ2A 1BKLA 5GJHA 3PS5A 1M61A 1IO6A 1K1ZA 1T3SA 2RQVA 1MV3A 4RTXA 1O46A 1AWWA 2HBWA 1K9AA 4JJDA 5ECAA 2KXCA 2EPDA 2PNIA 2QMSA 3VS4A 5AULA 4GLMA 1O4NA 2KT1A 2NWMA 1UDLA 1X2QA 2VIFA 1ZFPE 5AXIA 4E93A 2FO0A 3VS0A 4CC7A 5IXBA 3CQTA 1OO4A 3HCKA 3OVEA 1KA7A 1M3BA 4J9IA 2RSYA 3OP0A 1ZUUA 1H8KA 1K4US 2YUNA 2J6KA 2EU0A 3U23A 1FBZA 2AKKA 2L3SA 1UECA 1O4KA 3OV1A 1T0JA 1OO3A 2PNAA 4QT7A 5J3XA 5HKZA 1LKKA 3K2MA 3ZNIA 2VKNA 1JEGA 2RQRA 2D1XA 3NPFA 4GL9E 5EELA 1FHSA 2CRHA 2FRYA 2GTOA 1KJWA 2KGTA 1QADA 1M30A 2LJ1A 4OHEA 2EYYA 4F59A 3MXYA 2Y1MA 5IXFA 1AZGB 3THKA 4RTUA 1XA6A 3PVQA 4DGXA 3I35A 1IS0A 1H9OA 4U17A 1GRIA 2AKLA 2J05A 4FSSA 3C0CA 3PSJA 1O4OA 2DL5A 2L0AA 1GCQC 1IJRA 2X3XD 1ZBJA 2IUIA 3S8OA 2DLYA 2KNOA 2YT6A 2EOBA 2JM8A 1KFZA 2KXDA 2ECDA 5HKWA 1S1NA 2NUZA 1O49A 3IN8A 2FPDA 2JMCA 2CI8A 2RMOA 1BLJA 1YWOA 1O4IA 1M3CA 2CREA 1AB2A 4X6SA 1N5ZA 1G83A 1SPSA 5HKYA 1JO8A 2VVKA 3M7FA 2HDVA 2DLPA 2IUHA 1FBVA 1O43A 3EACA 2K7AA 2KRMA 1I3ZA 2CH4A 2H5KA 2GBQA 2C0OA 2ED1A 3S8NA 1ZX6A 1SHBA 3H41A 4F5AA 1PICA 2C0TA 5I11A 3M0SA 1UJ0A 2KROA 4AFZC 5IBSA 5D0JA 1O4HA 5GJIA 3VS6A 2X3WD 1W70A 4IIOA 4J9EA 4RTZA 1SHDA 4OMMA 2LP5A 1UHCA 2YSXA 1BG1A 5CDWA 3PJPA 2CUBA 2KYMA 1K76A 2KBTA 1YVHA 3S8LA 2M0YA 3CWGA 3IN7A 3M0RA 3PLFB 1HSQA 2FPFA 2KT8A 1WX6A 1Y1UA 2EGCA 4H1OA 1SKJA 3VS3A 1AZEA 1YVLA 1SPRA 1QWEA 3KFJA 3TKZA 5EG3B 3UF4A 1YWPA 4ORZA 2DL3A 3R6NA 2GE9A 1UUSA 3QWYA 2EYVA 2O2OA 2IZVA 3MXCA 4K44A 2D0NA 4A4CA 1A09A 2H46E 2MRJA 2C9WA 3PVLA 3LH5A 2HDXA 2ETZA 4OHDA 2CT4A 2O88A 4M4ZA 1WDXA 5L23A 1GCQA 3HHMB 1O4FA 3BUOB 1PWTA 5EC7A 2ROLA 1FYRA 1GHUA 1O4EA 2A28A 3PSKA 5DC4A 2AOBA 2ED0A 5EHRA 4Z89A 1CWEA 5FWBA 1A08A 1CKBA 1UHFA 4RTVA 1CWDL 1O4GA 1HCTB 4OHIA 2BZXA 1GBQA 1F1WA 2DL8A 1SHGA 1Z9ZA 1O47A 3NMZC 4LNPA 1O4MA 4LE9A 2F2XA 2OQ1A 3PFVA 3O5ZA 3REAB 1X2KA 2DILA 2YU7A 2LMJA 2HMHA 1A07A 2QDLA 2EBPA 1O4LA 3RBBB 2RVFA 2A36A 1TZEE 3PE0A 1SPKA 2L6KA 3CBLA 3VS5A 2LNHB 1BLKA 2JYQA 3RNJA 1W1FA 1LCJA 4H34A 2CT3A 1XOVA 2JMAA 1AOTF 2HCKA 2B86A 1LUMA 1J3TA 1G2BA 1QCFA 1O48A 3M0PA 3IMDA 2KYBA 1NYFA 2G6FX 1JYUA 4J9GA 1KA6A 1RPYA 3BUXB 1PNJA 2LX7A 2M51A 2CIAA 4FL2A 1RQQC 4F5BA 4KRTA 1HJDA 2EKXA 1O4RA 2CUDA 2LQNA 4JE4A 3N7YA 2V1QA 4P9ZA 4ROJA 2ESWA 3OB2B 2JT4A 2LJ3A 4RTYA 1AYDA 2RQTA 4XZ0A 4J9DA 2LCSA 2DJQA 1CSZA 1JXOA 3IQLA 2JTEA 1ZSGA 2CDTA 3M0TA 2CR4A 3I5RA 5EEQA 1YN8A 1VYVA 2YDLA 1LUIA 3BUWB 3OB1B 4GPLB 1LUNA 4GWFA 2O31A 3H0HA 4OMOA 2EGAA 2J06A 1I0CA 2EYZA 3SEMA 2DNUA 4AFUC 4E68A 1A81A 1SHAA 3H0IA 4J9FA 2L4KA 2AOAA 1CSYA 1BB9A 1U5SA 2HEQA 3VRPA 5HCKA 4JZ3A 1GFDA 3EG3A 1X69A 3M0UA 4OMQA 1LKLA 1ABOA 1JWOA 1QG1E 4RTTA 1OEBA 2DYBA 2DL7A 2DRMA 1NEGA 2YUPA 1NG2A 1RLQC 2DL4A 1PRMC 4LN2A 2L3QA 3MAZA 1ABQA 2D8JA 1UG1A 1BMBA 4EIKA 2RPNA 1WXTA 1NEBA 1B47A 1O4JA 3PQZA 1R1SA 1RJAA 2GGRA 1VYUA 1LCKA 1CJ1A 1O4DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LNWA 3OYMA 3RMSA 3QPHA 1BBZA 3EFOA 5GJWB 4LD6A 2HZYA 1YJWT 3JCMJ 4DEYA 4M7AF 3OA6A 1GL5A 3EHQA 2JVVA 2LTOA 1MV0B 2A3LA 3MEUA 4JJBA 4GBQA 4J83A 1PHTA 1HYOA 3HRSA 1OV3A 3UA7A 3RKWA 3D7SB 3EGUA 1RAHB 1U06A 4Y28E 4ZGJB 2FG0A 1JQQA 3CMET 2SEMA 5GMKl 2JN0A 1R1QA 1A0NB 3CCEQ 4FYVB 4OMPA 5IAYA 2XK0A 4HCBA 2GCXA 2QGGA 1Q81C 1T0HA 2VXEA 1ZUKA 4XU1A 3OSSC 1M8MA 1SHFA 4A4BA 1FYNA 2P0KA 4XTUA 3L2RA 2I0NA 2PVDB 2DE0X 2BTTA 3OW2S 1O41A 4FM4B 2HSEB 4FBNA 3E19A 3SHWA 3EH2A 3RESA 2HSPA 1WHKA 1HCSB 1ZHIA 3OMCA 2QASA 2YLCA 4R0KA 5GAMj 2GQIA 4EY0A 4N0AA 2KDSA 1QVGS 5GAOq 1YIJQ 5GANg 3A8HB 2YUQA 2ROTA 4J9BA 1Y7XA 3GIBA 4KBMB 1MILA 1WQUA 2OTLQ 2EIFA 3UDCA 5HY6A 1TSFA 2BBUA 2KR3A 1WYXA 1M9SA 1JU5A 4OMNA 3MEAA 3EG9B 4DGPA 2M0OA 3LYVA 1E6GA 5GAMd 2F2VA 4FL3A 1TUGB 4O5VA 5DLQE 3US4A 3OYAA 3MJXA 2DCRA 1HD3A 2KEAA 2HL3A 3BY7A 2PLDA 4F7UA 1Q7YR 1FMKA 4RTWA 1NZVA 1VQPQ 1ACMB 4E7IA 1P92A 5I6VA 1AOJA 4JUVA 3BUMB 4E7JA 2LZ6B 2CZ6B 4OMLA 1U8RA 1MUZA 4E2FB 1UGSB 4JEGA 4LUEA 4IUQA 3VS7A 3SWNA 2DZ9A 1ZA2B 3CPWP 2DIQA 2JJ9A 4J6WA 3MEVA 4WCIA 4CC4B 2PUOB 2PVGB 1VQOT 4ZN3A 3GXXA 4FW1A 5GAN5 4A4FA 5LJ3j 4YTLA 4F7UE 1ZUYA 4PFOA 3BKBA 1H641 1AD5A 3JRZA 4FT2A 2BZ8A 2V8JA 3FJ5A 1BHFA 1OULA 3JSCA 2P4RA 5FWCA 2DM0A 3T04A 1BHHA 2MOXA 4CC3A 3KFVA 2YLBA 2QQ9A 4K11A 2K79A 2LQ8A 2IIMA 1O44A 3EGXB 4X9DA 2ZPIB 2ZPEB 5LJ5h 1NJIC 4BY6C 3JCMW 1OPKA 3CCJA 4E7KA 5D7UA 4AFQC 2DVJA 3URGA 5L8RE 5LJ3d 2PLEA 1YHQT 3G71T 3QWXX 1EFNA 2F69A 3A8OB 5FU6B 5GAN6 1QKXA 1SG5A 1BIAA 3PGGA 2GSBA 4X1VA 1M1KC 1KSWA 1Y57A 3LGFA 2Y4XA 4L6V5 4Z88A 3LGLA 4CC2A 3JCMh 4C5GA 5IHIA 4J9CA 3BW1A 3JB9J 1N8RC 3HKSA 2ZGWA 1O45A 2GFAA 5CK9A 1FXXA 1QVGP 1VYTA 1RAAB 3MKDA 1NYGA 3TSZA 1BK2A 2CP6A 1WJRA 4FYWB 4XU2A 3CBPA 1K1ZA 1MV3A 3QUIA 2OAUA 1N9RA 1YBYA 2KXCA 2EPDA 2PNIA 3JCMc 2QMSA 3EAEA 2EAYA 3CCSA 4M77G 3QDFA 1O4NA 2NWMA 3AHUA 2ZPBB 1UDLA 6AT1B 3JB9I 3CCJT 1ZFPE 1LNXA 2FO0A 4CC7A 1OO4A 1KA7A 3CCVA 1ZUUA 1H8KA 4PJLA 1KQ2A 2QEXT 3JAME 3DLLA 3U23A 3L2VA 1O9SA 3OBWA 5C6SA 2DK3A 3OV1A 3CC4Q 3QDRB 2NUPA 1LVKA 1SSFA 1TS9A 4KH0B 5GANj 1M90C 2M9UA 1KC8R 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ROR A;  4ZNX A;  2E6N A;  3HRT A;  2J7I A;  2K5I A;  1M90 U;  1UGV A;  2LCL A;  4QVZ A;  3GXW A;  4PL6 A;  4LDU A;  4OB1 B;  1WXB A;  2AIR B;  2LC4 A;  3R6O A;  4IUV A;  2ZCF B;  2K3X A;  1QQJ A;  1OX8 A;  3QG1 A;  1NZ9 A;  4OHL A;  3UAT A;  2YSQ A;  5GAM f;  4HXJ A;  1I07 A;  1VQK A;  1C6V X;  4XK8 E;  2QAZ A;  2MK5 A;  2GTJ A;  3C95 A;  3MET A;  5KE2 A;  2HKQ B;  3NFC A;  1GFC A;  3JV3 A;  4WWQ A;  3VS2 A;  2L8D A;  4JJC A;  2EW3 A;  1JXM A;  1U3O A;  2JXB A;  1WJS A;  1KK7 A;  2EGE A;  2LQK A;  4IUR A;  1WFW A;  4PJO G;  1TCE A;  5DC0 B;  4QQG A;  3QO3 A;  1AYB A;  2O9V A;  1NRV A;  4C5I A;  3VRQ A;  3VRZ A;  2OJ2 A;  4C8Q C;  3PS5 A;  3EFS A;  4C92 G;  2H3J A;  2HBW A;  2QQB A;  1ZSZ B;  1Q7Y C;  1BI2 A;  1N9S A;  1YIT T;  4J8O A;  2KT1 A;  1K9M R;  3I56 A;  3OYE A;  4R56 A;  2O4X A;  4E93 A;  5IXB A;  3CQT A;  1G3S A;  1I4K 1;  4KGZ B;  1M3B A;  5HKC A;  4XU0 A;  4M7D B;  2DTI A;  3S3O A;  2XDB A;  2XDP A;  3VKI A;  1YJW A;  4M75 G;  4V2S A;  4KUL A;  3RDV A;  2CP2 A;  3P8D A;  5LJ3 f; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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