The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
|
sequence length |
199
|
structure length |
199
|
Chain Sequence |
THRVINHPYYFPFNGRQAEDYLRSKERGEFVIRQSSRGDDHLVITWKLDKDLFQHIDIQELEKENPLALGKVLIVDNQKYNDLDQIIVEYLQNKVRLLNEMTSSEKFKSGTKKDVVKFIEDYSRVNPNKSVYYFSLNHDNPGWFYLMFKINANSKLYTWNVKLTNTGYFLVNYNYPSVIQLCNGFKTLLKSLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the tandem SH2 domains from Spt6 and their binding to the phosphorylated RNA polymerase II C-terminal domain
rcsb |
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Transcription elongation factor SPT6
|
| total genus |
36
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| structure length |
199
|
| sequence length |
199
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00017 | SH2 | SH2 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FL3 A; 2CRH A; 1MW4 A; 1CWE A; 5EEL A; 1Y57 A; 1XA6 A; 5IBS A; 5BO4 A; 1O4L A; 4JE4 A; 3UYO A; 2CR4 A; 3ZNI A; 1CSZ A; 2H46 E; 1GHU A; 3N7Y A; 4X6S A; 1QG1 E; 3OV1 A; 4OHE A; 1O44 A; 1AB2 A; 1YVL A; 1O4H A; 1BMB A; 3IMD A; 2LQN A; 4U17 A; 1AYA A; 2OZO A; 1JYQ A; 5AUL A; 2JYQ A; 1LUM A; 2DX0 A; 2OQ1 A; 1SHB A; 3VS3 A; 1KA6 A; 3N8M A; 5J3X A; 2K79 B; 5EHR A; 4P9V A; 5I6V A; 3HIZ B; 1O47 A; 1SHA A; 2YU7 A; 4DGP A; 1WQU A; 1R1Q A; 3IN7 A; 3QWY A; 2GSB A; 1FHS A; 1R1P A; 2EYV A; 1OPL A; 1KA7 A; 2ABL A; 2MRK A; 3CWG A; 2C0O A; 2AOB A; 1O4B A; 1K9A A; 2PNB A; 1BKM A; 1R1S A; 5AXI A; 2RSY A; 1CWD L; 3VS1 A; 4OHL A; 1O4F A; 2KK6 A; 1O4R A; 1CJ1 A; 1P13 A; 2L6K A; 3GXX A; 4XZ0 A; 4GWF A; 3NHN A; 4ROJ A; 3OB1 B; 1O4D A; 2EO3 A; 2GE9 A; 2LNX A; 5DC9 A; 4F5B A; 2AOA A; 2RVF A; 3M7F A; 2EYZ A; 2L4K A; 3BUO B; 1O49 A; 4L1B B; 2QMS A; 2EO6 A; 1O4Q A; 1O4N A; 5GJH A; 4FBN A; 1O4A A; 2DLZ A; 1O4E A; 1O4J A; 4LUD A; 3VS4 A; 3GXW A; 1A1C A; 1JYR A; 2ECD A; 4A4C A; 3OP0 A; 2H8H A; 4WWQ A; 1Z3K A; 3OVE A; 3S8N A; 2B3O A; 1KC2 A; 1G83 A; 2CS0 A; 1FMK A; 2ROR A; 2BBU A; 4GPL B; 1HCT B; 1X0N A; 5DC4 A; 3UF4 A; 3HCK A; 2DVJ A; 1AOU F; 2IUG A; 2ETZ A; 2SRC A; 1FU5 A; 1O46 A; 3VS7 A; 2C9W A; 1O4P A; 1AD5 A; 4K2R A; 3PSK A; 2EU0 A; 1TZE E; 4TZI A; 1A81 A; 5IBM A; 3KFJ A; 4F59 A; 3BUX B; 1A1A A; 3PLF B; 1FU6 A; 4H34 A; 1O4M A; 2DM0 A; 3BKB A; 4A4B A; 1FBV A; 2PTK A; 4H1O A; 3T04 A; 1ZFP E; 1MIL A; 3VRY A; 3K2M A; 1RJA A; 1BHH A; 1FBZ A; 3MAZ A; 1BM2 A; 5GJI A; 3GQI B; 1HCS B; 2LQW A; 3CBL A; 1BHF A; 4K44 A; 4NWG A; 3PFV A; 4P9Z A; 2CIA A; 3S9K A; 3VGO A; 2FCI A; 1JWO A; 1SPS A; 1BLJ A; 2Y1M A; 3PJP A; 4EY0 A; 1LCK A; 4E93 A; 5CDW A; 1PIC A; 1AYC A; 2HDX A; 3VS5 A; 1A08 A; 4XZ1 A; 5HKW A; 2L3T A; 1D4T A; 4JEG A; 2VIF A; 1FYR A; 1O42 A; 1SHD A; 3HHM B; 2PLE A; 1H9O A; 1O45 A; 5DF6 A; 1NRV A; 2EYY A; 5DC0 B; 1O48 A; 1LUN A; 1BF5 A; 2CI8 A; 2LNW A; 1A1E A; 1LKK A; 4EIH A; 2HUW A; 3VRZ A; 1D1Z A; 1O4K A; 1O4O A; 1KSW A; 3BUN B; 2DCR A; 1F2F A; 1NZL A; 5D0J A; 1JYU A; 1UUS A; 2HCK A; 2MRJ A; 3OB2 B; 1AYD A; 2YSX A; 2CI9 A; 4QSY A; 3S8L A; 1A1B A; 2PLD A; 1RQQ C; 3MXC A; 3N84 A; 1LUK A; 1Y1U A; 4OHI A; 2EOB A; 1X6C A; 2LCT A; 2EL8 A; 1QAD A; 1OO4 A; 1LCJ A; 2IZV A; 4OHD A; 3MXY A; 3C7I A; 2H5K A; 3PSJ A; 3WA4 A; 1BG1 A; 1BHH B; 3PS5 A; 2MC1 A; 1UUR A; 1AOT F; 4NWF A; 1O41 A; 2CBL A; 5EG3 B; 3IN8 A; 3VRP A; 3BUW B; 1A09 A; 3EAC A; 4K45 A; 5EHP A; 2MQI A; 1M27 A; 5EEQ A; 1I3Z A; 1BKL A; 3CXL A; 2HMH A; 1O4G A; 2PNA A; 2AUG A; 2EKX A; 3US4 A; 1X27 A; 1B47 A; 3PQZ A; 2FO0 A; 4F5A A; 3TKZ A; 3BUM B; 3VRQ A; 2DLY A; 4JGH A; 1IJR A; 2MK2 A; 4DGX A; 5HKZ A; 1O4C A; 1JU5 A; 2SHP A; 4OHH A; 4M4Z A; 1IS0 A; 1RPY A; 1YVH A; 2C0I A; 2C0T A; 3TL0 A; 3CD3 A; 1BLK A; 4D8K A; 2K7A B; 2HDV A; 2KNO A; 2Y1N A; 4LUE A; 3VRN A; 2RMX A; 5HKY A; 1LUI A; 1M61 A; 3QWX X; 1BFJ A; 1TCE A; 3IMJ A; 3VS6 A; 1D4W A; 1OO3 A; 4K11 A; 1O43 A; 2IUI A; 3EAZ A; 1SPR A; 1OPK A; 4GL9 E; 3VRR A; 3VRO A; 2IUH A; 2XP1 A; 2Y3A B; 1CSY A; 3VS2 A; 1NZV A; 4E68 A; 1AYB A; 1QCF A; 3S8O A; 1SKJ A; 4FL2 A; 1LKL A; 5KAZ A; 1A07 A; 1O4I A; 1F1W A; 1GRI A; 4U1P A; 3VS0 A; 1BFI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FL3 A; 2CRH A; 1MW4 A; 1CWE A; 5EEL A; 1Y57 A; 1XA6 A; 5IBS A; 5BO4 A; 1O4L A; 4JE4 A; 3UYO A; 2CR4 A; 3ZNI A; 1CSZ A; 2H46 E; 1GHU A; 3N7Y A; 4X6S A; 1QG1 E; 3OV1 A; 4OHE A; 1O44 A; 1AB2 A; 1YVL A; 1O4H A; 1BMB A; 3IMD A; 2LQN A; 4U17 A; 1AYA A; 2OZO A; 1JYQ A; 5AUL A; 2JYQ A; 1LUM A; 2DX0 A; 2OQ1 A; 1SHB A; 3VS3 A; 1KA6 A; 3N8M A; 5J3X A; 2K79 B; 5EHR A; 4P9V A; 5I6V A; 3HIZ B; 1O47 A; 1SHA A; 2YU7 A; 4DGP A; 1WQU A; 1R1Q A; 3IN7 A; 3QWY A; 2GSB A; 1FHS A; 1R1P A; 2EYV A; 3K2T A; 1OPL A; 1KA7 A; 2ABL A; 2MRK A; 3CWG A; 2C0O A; 2AOB A; 1O4B A; 1K9A A; 2PNB A; 1BKM A; 1R1S A; 5AXI A; 2RSY A; 1CWD L; 3VS1 A; 4OHL A; 1O4F A; 2KK6 A; 1O4R A; 1CJ1 A; 1P13 A; 2L6K A; 3GXX A; 4XZ0 A; 4GWF A; 3NHN A; 4ROJ A; 3OB1 B; 1O4D A; 2EO3 A; 2GE9 A; 2LNX A; 5DC9 A; 4F5B A; 2AOA A; 2RVF A; 3M7F A; 2EYZ A; 3LYV A; 2L4K A; 3BUO B; 1O49 A; 4L1B B; 2QMS A; 2EO6 A; 1O4Q A; 1O4N A; 5GJH A; 4FBN A; 1O4A A; 2DLZ A; 1O4E A; 1O4J A; 4LUD A; 3VS4 A; 3GXW A; 1A1C A; 1JYR A; 2ECD A; 4A4C A; 3OP0 A; 2H8H A; 4WWQ A; 1Z3K A; 3OVE A; 3S8N A; 2B3O A; 1KC2 A; 1G83 A; 2CS0 A; 1FMK A; 2ROR A; 2BBU A; 4GPL B; 1HCT B; 1X0N A; 5DC4 A; 3UF4 A; 3HCK A; 2DVJ A; 1AOU F; 2IUG A; 2ETZ A; 2SRC A; 1FU5 A; 1O46 A; 3VS7 A; 2C9W A; 1O4P A; 1AD5 A; 4K2R A; 3PSK A; 2EU0 A; 1TZE E; 4TZI A; 1A81 A; 5IBM A; 3KFJ A; 4F59 A; 3BUX B; 1A1A A; 3PLF B; 1FU6 A; 4H34 A; 2LRA A; 1O4M A; 2DM0 A; 3BKB A; 4A4B A; 1FBV A; 2PTK A; 4H1O A; 3T04 A; 1ZFP E; 1MIL A; 3VRY A; 3K2M A; 1RJA A; 1BHH A; 1FBZ A; 3MAZ A; 1BM2 A; 5GJI A; 3GQI B; 1HCS B; 2LQW A; 3CBL A; 1BHF A; 4K44 A; 4NWG A; 3PFV A; 4P9Z A; 2CIA A; 3S9K A; 3VGO A; 2FCI A; 1JWO A; 1SPS A; 1BLJ A; 2Y1M A; 3PJP A; 4EY0 A; 1LCK A; 4E93 A; 5CDW A; 1PIC A; 1AYC A; 2HDX A; 3VS5 A; 1A08 A; 4XZ1 A; 5HKW A; 2L3T A; 1D4T A; 4JEG A; 2VIF A; 1FYR A; 1O42 A; 1SHD A; 3HHM B; 2PLE A; 1H9O A; 1O45 A; 5DF6 A; 1NRV A; 2EYY A; 5DC0 B; 1O48 A; 1LUN A; 1BF5 A; 2CI8 A; 2LNW A; 1A1E A; 1LKK A; 4EIH A; 2HUW A; 3VRZ A; 1D1Z A; 1O4K A; 1O4O A; 1KSW A; 3BUN B; 2DCR A; 1F2F A; 1NZL A; 5D0J A; 1JYU A; 1UUS A; 2HCK A; 2MRJ A; 3OB2 B; 1AYD A; 2YSX A; 2CI9 A; 4QSY A; 3S8L A; 1A1B A; 2PLD A; 1RQQ C; 3MXC A; 3N84 A; 1LUK A; 1Y1U A; 4OHI A; 2KGY A; 2EOB A; 1X6C A; 2LCT A; 2EL8 A; 1QAD A; 1OO4 A; 1LCJ A; 2IZV A; 4OHD A; 3MXY A; 3C7I A; 2H5K A; 3PSJ A; 3WA4 A; 1BG1 A; 1BHH B; 3PS5 A; 2MC1 A; 1UUR A; 1AOT F; 4NWF A; 1O41 A; 2CBL A; 5EG3 B; 3IN8 A; 3VRP A; 3BUW B; 1A09 A; 3EAC A; 4K45 A; 5EHP A; 2MQI A; 1M27 A; 5EEQ A; 1I3Z A; 1BKL A; 3CXL A; 2HMH A; 1O4G A; 2PNA A; 2AUG A; 2EKX A; 3US4 A; 1X27 A; 1B47 A; 3PQZ A; 2FO0 A; 4F5A A; 3TKZ A; 3BUM B; 3VRQ A; 2DLY A; 4JGH A; 1IJR A; 2MK2 A; 4DGX A; 5HKZ A; 1O4C A; 1JU5 A; 2SHP A; 4OHH A; 4M4Z A; 1IS0 A; 1RPY A; 1YVH A; 2C0I A; 2C0T A; 3TL0 A; 3CD3 A; 1BLK A; 4D8K A; 2K7A B; 2HDV A; 2KNO A; 2Y1N A; 4LUE A; 3VRN A; 2RMX A; 5HKY A; 1LUI A; 1M61 A; 3QWX X; 1BFJ A; 1TCE A; 3IMJ A; 3VS6 A; 1D4W A; 1OO3 A; 4K11 A; 1O43 A; 2IUI A; 3EAZ A; 1SPR A; 1OPK A; 4GL9 E; 3VRR A; 3VRO A; 2IUH A; 2XP1 A; 2Y3A B; 1CSY A; 3VS2 A; 1NZV A; 4E68 A; 1AYB A; 1QCF A; 3S8O A; 1SKJ A; 4FL2 A; 1LKL A; 5KAZ A; 1A07 A; 1O4I A; 1F1W A; 1GRI A; 4U1P A; 3VS0 A; 1BFI A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4FL3 A; 2CRH A; 1MW4 A; 1CWE A; 5EEL A; 1Y57 A; 1XA6 A; 5IBS A; 5BO4 A; 1O4L A; 4JE4 A; 3UYO A; 2CR4 A; 3ZNI A; 1CSZ A; 2H46 E; 1GHU A; 3N7Y A; 4X6S A; 1QG1 E; 3OV1 A; 4OHE A; 1O44 A; 1AB2 A; 1YVL A; 1O4H A; 1BMB A; 3IMD A; 2LQN A; 4U17 A; 1AYA A; 2OZO A; 1JYQ A; 5AUL A; 2JYQ A; 1LUM A; 2DX0 A; 2OQ1 A; 1SHB A; 3VS3 A; 1KA6 A; 3N8M A; 5J3X A; 2K79 B; 5EHR A; 4P9V A; 5I6V A; 3HIZ B; 1O47 A; 1SHA A; 2YU7 A; 4DGP A; 1WQU A; 1R1Q A; 3IN7 A; 3QWY A; 2GSB A; 1FHS A; 1R1P A; 2EYV A; 1OPL A; 1KA7 A; 2ABL A; 2MRK A; 3CWG A; 2C0O A; 2AOB A; 1O4B A; 1K9A A; 2PNB A; 1BKM A; 1R1S A; 5AXI A; 2RSY A; 1CWD L; 3VS1 A; 4OHL A; 1O4F A; 2KK6 A; 1O4R A; 1CJ1 A; 1P13 A; 2L6K A; 3GXX A; 4XZ0 A; 4GWF A; 3NHN A; 4ROJ A; 3OB1 B; 1O4D A; 2EO3 A; 2GE9 A; 2LNX A; 5DC9 A; 4F5B A; 2AOA A; 2RVF A; 3M7F A; 2EYZ A; 2L4K A; 3BUO B; 1O49 A; 4L1B B; 2QMS A; 2EO6 A; 1O4Q A; 1O4N A; 5GJH A; 4FBN A; 1O4A A; 2DLZ A; 1O4E A; 1O4J A; 4LUD A; 3VS4 A; 3GXW A; 1A1C A; 1JYR A; 2ECD A; 4A4C A; 3OP0 A; 2H8H A; 4WWQ A; 1Z3K A; 3OVE A; 3S8N A; 2B3O A; 1KC2 A; 1G83 A; 2CS0 A; 1FMK A; 2ROR A; 2BBU A; 4GPL B; 1HCT B; 1X0N A; 5DC4 A; 3UF4 A; 3HCK A; 2DVJ A; 1AOU F; 2IUG A; 2ETZ A; 2SRC A; 1FU5 A; 1O46 A; 3VS7 A; 2C9W A; 1O4P A; 1AD5 A; 4K2R A; 3PSK A; 2EU0 A; 1TZE E; 4TZI A; 1A81 A; 5IBM A; 3KFJ A; 4F59 A; 3BUX B; 1A1A A; 3PLF B; 1FU6 A; 4H34 A; 1O4M A; 2DM0 A; 3BKB A; 4A4B A; 1FBV A; 2PTK A; 4H1O A; 3T04 A; 1ZFP E; 1MIL A; 3VRY A; 3K2M A; 1RJA A; 1BHH A; 1FBZ A; 3MAZ A; 1BM2 A; 5GJI A; 3GQI B; 1HCS B; 2LQW A; 3CBL A; 1BHF A; 4K44 A; 4NWG A; 3PFV A; 4P9Z A; 2CIA A; 3S9K A; 3VGO A; 2FCI A; 1JWO A; 1SPS A; 1BLJ A; 2Y1M A; 3PJP A; 4EY0 A; 1LCK A; 4E93 A; 5CDW A; 1PIC A; 1AYC A; 2HDX A; 3VS5 A; 1A08 A; 4XZ1 A; 5HKW A; 2L3T A; 1D4T A; 4JEG A; 2VIF A; 1FYR A; 1O42 A; 1SHD A; 3HHM B; 2PLE A; 1H9O A; 1O45 A; 5DF6 A; 1NRV A; 2EYY A; 5DC0 B; 1O48 A; 1LUN A; 1BF5 A; 2CI8 A; 2LNW A; 1A1E A; 1LKK A; 4EIH A; 2HUW A; 3VRZ A; 1D1Z A; 1O4K A; 1O4O A; 1KSW A; 3BUN B; 2DCR A; 1F2F A; 1NZL A; 5D0J A; 1JYU A; 1UUS A; 2HCK A; 2MRJ A; 3OB2 B; 1AYD A; 2YSX A; 2CI9 A; 4QSY A; 3S8L A; 1A1B A; 2PLD A; 1RQQ C; 3MXC A; 3N84 A; 1LUK A; 1Y1U A; 4OHI A; 2EOB A; 1X6C A; 2LCT A; 2EL8 A; 1QAD A; 1OO4 A; 1LCJ A; 2IZV A; 4OHD A; 3MXY A; 3C7I A; 2H5K A; 3PSJ A; 3WA4 A; 1BG1 A; 1BHH B; 3PS5 A; 2MC1 A; 1UUR A; 1AOT F; 4NWF A; 1O41 A; 2CBL A; 5EG3 B; 3IN8 A; 3VRP A; 3BUW B; 1A09 A; 3EAC A; 4K45 A; 5EHP A; 2MQI A; 1M27 A; 5EEQ A; 1I3Z A; 1BKL A; 3CXL A; 2HMH A; 1O4G A; 2PNA A; 2AUG A; 2EKX A; 3US4 A; 1X27 A; 1B47 A; 3PQZ A; 2FO0 A; 4F5A A; 3TKZ A; 3BUM B; 3VRQ A; 2DLY A; 4JGH A; 1IJR A; 2MK2 A; 4DGX A; 5HKZ A; 1O4C A; 1JU5 A; 2SHP A; 4OHH A; 4M4Z A; 1IS0 A; 1RPY A; 1YVH A; 2C0I A; 2C0T A; 3TL0 A; 3CD3 A; 1BLK A; 4D8K A; 2K7A B; 2HDV A; 2KNO A; 2Y1N A; 4LUE A; 3VRN A; 2RMX A; 5HKY A; 1LUI A; 1M61 A; 3QWX X; 1BFJ A; 1TCE A; 3IMJ A; 3VS6 A; 1D4W A; 1OO3 A; 4K11 A; 1O43 A; 2IUI A; 3EAZ A; 1SPR A; 1OPK A; 4GL9 E; 3VRR A; 3VRO A; 2IUH A; 2XP1 A; 2Y3A B; 1CSY A; 3VS2 A; 1NZV A; 4E68 A; 1AYB A; 1QCF A; 3S8O A; 1SKJ A; 4FL2 A; 1LKL A; 5KAZ A; 1A07 A; 1O4I A; 1F1W A; 1GRI A; 4U1P A; 3VS0 A; 1BFI A;
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