The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
99
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structure length |
96
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Chain Sequence |
SHMHRVINHPYYFPFNGKQAEDYLRSKERGDFVIRQSSRGDDHLAITWKLDKDLFQHVDIQEMEKENPGKVLVVEGQRYHDLDQIIVEYLQNKIRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and in vivo requirement of the yeast Spt6 SH2 domain
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Candida glabrata
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| molecule keywords |
Transcription elongation factor SPT6
|
| total genus |
23
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| structure length |
96
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| sequence length |
99
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-04-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y1N A; 1BFI A; 3MXY A; 1OPK A; 1CSZ A; 1TZE E; 5AXI A; 2AOA A; 1SPS A; 4OHI A; 5HKZ A; 2FCI A; 1O45 A; 1ZFP E; 2IUG A; 1BLK A; 2CIA A; 1KA6 A; 2JYQ A; 1R1Q A; 1SKJ A; 3PS5 A; 4GL9 E; 5D0J A; 4K45 A; 3PQZ A; 1GRI A; 1KC2 A; 1O4P A; 1SHD A; 3IN7 A; 4E93 A; 5I6V A; 1A09 A; 2MRJ A; 1HCT B; 1TCE A; 1RQQ C; 1BM2 A; 3VS6 A; 3K2M A; 1NRV A; 3ZNI A; 2YU7 A; 2KK6 A; 2C0T A; 1FBZ A; 4GWF A; 1D4T A; 1A1A A; 1JYR A; 4FL3 A; 3GQI B; 1O4F A; 3N8M A; 2EOB A; 2EL8 A; 3PFV A; 4L1B B; 1JU5 A; 1LUK A; 2EYZ A; 1BLJ A; 4P9V A; 2Y3A B; 3WA4 A; 1O4J A; 1YVL A; 2Y1M A; 2RSY A; 1JYU A; 4K11 A; 4H34 A; 2EYY A; 2XP1 A; 2YSX A; 1X6C A; 3VS4 A; 5EG3 B; 2CI8 A; 5EHP A; 1AYB A; 3BUM B; 5AUL A; 1XA6 A; 2B3O A; 4OHL A; 3N84 A; 2CRH A; 2IZV A; 3M7F A; 2LNX A; 2ABL A; 1BKL A; 1M27 A; 1OO3 A; 1OPL A; 1AYD A; 4K2R A; 5KAZ A; 1LKL A; 5GJI A; 1JWO A; 3MXC A; 3T04 A; 3CBL A; 2PTK A; 3VS3 A; 2GE9 A; 4TZI A; 2L4K A; 2LQN A; 1R1P A; 3GXW A; 3IN8 A; 3S8O A; 1G83 A; 4D8K A; 5IBS A; 1M61 A; 4FBN A; 2LQW A; 1CSY A; 1FU5 A; 3VS1 A; 1BHH B; 1O4H A; 4K44 A; 2EO6 A; 3UYO A; 1X27 A; 3IMJ A; 3BUO B; 2AOB A; 3N7Y A; 2ROR A; 2QMS A; 2DCR A; 2IUI A; 3CWG A; 2IUH A; 4U17 A; 1O4E A; 2CBL A; 1BF5 A; 1O4O A; 3VRQ A; 1LUI A; 1BHF A; 3CD3 A; 5IBM A; 2PLD A; 2HDX A; 1O46 A; 1Z3K A; 4NWG A; 1O43 A; 1CJ1 A; 1O49 A; 1O4B A; 1SHA A; 4XZ0 A; 4JE4 A; 1QAD A; 4NWF A; 1O4A A; 3OB1 B; 4F59 A; 1O4L A; 2MC1 A; 4A4B A; 4WWQ A; 2HCK A; 2K79 B; 4DGX A; 1F1W A; 3OVE A; 2MK2 A; 3S8L A; 2GSB A; 4M4Z A; 3BUW B; 2H5K A; 5DC4 A; 1O4N A; 1MIL A; 3VRO A; 2MQI A; 2EKX A; 3PLF B; 1O4I A; 1LKK A; 3BKB A; 1PIC A; 1CWD L; 4JGH A; 3VRY A; 1LCJ A; 1O4K A; 2HDV A; 4DGP A; 3OV1 A; 2EO3 A; 1F2F A; 1LUM A; 2C0O A; 3EAC A; 4E68 A; 3QWX X; 3OP0 A; 1RPY A; 4QSY A; 1WQU A; 1O4D A; 1QG1 E; 1A07 A; 1O44 A; 4OHE A; 1FHS A; 1IS0 A; 3GXX A; 4XZ1 A; 2AUG A; 2C9W A; 3VRR A; 3VS7 A; 1O4M A; 2EYV A; 2EU0 A; 3C7I A; 1O4C A; 2DM0 A; 5EEL A; 1A1B A; 1BG1 A; 1QCF A; 1OO4 A; 1AYA A; 1NZL A; 1SHB A; 1AYC A; 1O47 A; 1I3Z A; 1AB2 A; 2PNB A; 1O48 A; 1SPR A; 1O4R A; 2MRK A; 2VIF A; 3VS5 A; 2CR4 A; 1D4W A; 3VRP A; 2ECD A; 2HUW A; 2PNA A; 3QWY A; 4F5A A; 1P13 A; 4GPL B; 4EY0 A; 1BHH A; 1BFJ A; 2H8H A; 1H9O A; 1KSW A; 2RVF A; 2CI9 A; 1BMB A; 2LCT A; 2OZO A; 2RMX A; 2L6K A; 5BO4 A; 1A1C A; 1LCK A; 2PLE A; 3KFJ A; 1BKM A; 2C0I A; 1CWE A; 2DX0 A; 1O4G A; 3HIZ B; 4OHD A; 3MAZ A; 3IMD A; 1AOT F; 1AOU F; 1JYQ A; 2DVJ A; 3VS0 A; 2SRC A; 2LNW A; 1R1S A; 1UUS A; 2L3T A; 4U1P A; 3PJP A; 1MW4 A; 5DC0 B; 1FBV A; 1K9A A; 3PSJ A; 2DLY A; 1AD5 A; 2FO0 A; 1D1Z A; 5DF6 A; 1FMK A; 1A08 A; 4LUD A; 5HKY A; 2K7A B; 5CDW A; 1RJA A; 1LUN A; 2BBU A; 1A81 A; 4ROJ A; 1HCS B; 1KA7 A; 1Y57 A; 2SHP A; 2KNO A; 1A1E A; 1IJR A; 3OB2 B; 4A4C A; 3VS2 A; 3PSK A; 5EEQ A; 3EAZ A; 1O41 A; 1YVH A; 4FL2 A; 1FYR A; 2CS0 A; 3S9K A; 3VRZ A; 1B47 A; 1O42 A; 4LUE A; 2ETZ A; 3HHM B; 4X6S A; 3TL0 A; 5HKW A; 1Y1U A; 1O4Q A; 4H1O A; 3TKZ A; 3VRN A; 3UF4 A; 3BUN B; 3US4 A; 2DLZ A; 3CXL A; 4EIH A; 3S8N A; 1X0N A; 3HCK A; 1FU6 A; 5J3X A; 4JEG A; 1NZV A; 2OQ1 A; 4P9Z A; 1UUR A; 5EHR A; 3VGO A; 3NHN A; 2H46 E; 3BUX B; 4OHH A; 4F5B A; 1GHU A; 5DC9 A; 5GJH A; 2HMH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y1N A; 1BFI A; 3MXY A; 1OPK A; 1CSZ A; 1TZE E; 5AXI A; 2AOA A; 1SPS A; 4OHI A; 5HKZ A; 2FCI A; 1O45 A; 1ZFP E; 2IUG A; 1BLK A; 2CIA A; 1KA6 A; 2JYQ A; 1R1Q A; 1SKJ A; 3PS5 A; 4GL9 E; 5D0J A; 4K45 A; 3PQZ A; 1GRI A; 1KC2 A; 1O4P A; 1SHD A; 3IN7 A; 4E93 A; 5I6V A; 1A09 A; 2MRJ A; 1HCT B; 1TCE A; 1RQQ C; 1BM2 A; 3VS6 A; 3K2M A; 1NRV A; 3ZNI A; 2YU7 A; 2KK6 A; 2C0T A; 1FBZ A; 4GWF A; 1D4T A; 1A1A A; 1JYR A; 4FL3 A; 3LYV A; 3GQI B; 1O4F A; 3N8M A; 2EOB A; 2EL8 A; 3PFV A; 4L1B B; 1JU5 A; 1LUK A; 2EYZ A; 1BLJ A; 4P9V A; 2Y3A B; 3WA4 A; 1O4J A; 1YVL A; 2Y1M A; 2RSY A; 1JYU A; 4K11 A; 4H34 A; 2EYY A; 2XP1 A; 2YSX A; 1X6C A; 3VS4 A; 5EG3 B; 2CI8 A; 5EHP A; 1AYB A; 3BUM B; 5AUL A; 1XA6 A; 2B3O A; 4OHL A; 3N84 A; 2CRH A; 2IZV A; 3M7F A; 2LNX A; 2ABL A; 1BKL A; 2KGY A; 1M27 A; 1OO3 A; 1OPL A; 1AYD A; 4K2R A; 5KAZ A; 1LKL A; 5GJI A; 1JWO A; 3MXC A; 3T04 A; 3CBL A; 2PTK A; 3VS3 A; 2GE9 A; 4TZI A; 2L4K A; 2LQN A; 1R1P A; 3GXW A; 3IN8 A; 3S8O A; 1G83 A; 4D8K A; 5IBS A; 1M61 A; 4FBN A; 2LQW A; 1CSY A; 1FU5 A; 3VS1 A; 1BHH B; 1O4H A; 4K44 A; 2EO6 A; 3UYO A; 1X27 A; 3IMJ A; 3BUO B; 2AOB A; 3N7Y A; 2ROR A; 2QMS A; 2DCR A; 2IUI A; 3CWG A; 2IUH A; 4U17 A; 1O4E A; 2CBL A; 1BF5 A; 1O4O A; 3VRQ A; 1LUI A; 1BHF A; 3CD3 A; 5IBM A; 2PLD A; 2HDX A; 1O46 A; 1Z3K A; 2LRA A; 1O43 A; 4NWG A; 1CJ1 A; 1O49 A; 1O4B A; 1SHA A; 4XZ0 A; 4JE4 A; 1QAD A; 4NWF A; 1O4A A; 3OB1 B; 4F59 A; 1O4L A; 2MC1 A; 4A4B A; 4WWQ A; 2HCK A; 2K79 B; 4DGX A; 1F1W A; 3OVE A; 2MK2 A; 3S8L A; 2GSB A; 4M4Z A; 3BUW B; 2H5K A; 5DC4 A; 1O4N A; 1MIL A; 3VRO A; 2MQI A; 2EKX A; 3PLF B; 1O4I A; 1LKK A; 3BKB A; 1PIC A; 1CWD L; 4JGH A; 3VRY A; 1LCJ A; 1O4K A; 2HDV A; 4DGP A; 3OV1 A; 2EO3 A; 1F2F A; 1LUM A; 2C0O A; 3EAC A; 4E68 A; 3QWX X; 3OP0 A; 1RPY A; 4QSY A; 1WQU A; 1O4D A; 1QG1 E; 1A07 A; 1O44 A; 4OHE A; 1FHS A; 1IS0 A; 3GXX A; 4XZ1 A; 2AUG A; 2C9W A; 3VRR A; 3VS7 A; 1O4M A; 2EYV A; 2EU0 A; 3C7I A; 3K2T A; 1O4C A; 2DM0 A; 5EEL A; 1A1B A; 1BG1 A; 1QCF A; 1OO4 A; 1AYA A; 1NZL A; 1SHB A; 1AYC A; 1O47 A; 1I3Z A; 1AB2 A; 2PNB A; 1O48 A; 1SPR A; 1O4R A; 2MRK A; 2VIF A; 3VS5 A; 2CR4 A; 1D4W A; 3VRP A; 2ECD A; 2HUW A; 2PNA A; 3QWY A; 4F5A A; 1P13 A; 4GPL B; 4EY0 A; 1BHH A; 1BFJ A; 2H8H A; 1H9O A; 1KSW A; 2RVF A; 2CI9 A; 1BMB A; 2LCT A; 2OZO A; 2RMX A; 2L6K A; 5BO4 A; 1A1C A; 1LCK A; 2PLE A; 3KFJ A; 1BKM A; 2C0I A; 1CWE A; 2DX0 A; 1O4G A; 3HIZ B; 4OHD A; 3MAZ A; 3IMD A; 1AOT F; 1AOU F; 1JYQ A; 2DVJ A; 3VS0 A; 2SRC A; 2LNW A; 1R1S A; 1UUS A; 2L3T A; 4U1P A; 3PJP A; 1MW4 A; 5DC0 B; 1FBV A; 1K9A A; 3PSJ A; 2DLY A; 1AD5 A; 2FO0 A; 1D1Z A; 5DF6 A; 1FMK A; 1A08 A; 4LUD A; 5HKY A; 2K7A B; 5CDW A; 1RJA A; 1LUN A; 2BBU A; 1A81 A; 4ROJ A; 1HCS B; 1KA7 A; 1Y57 A; 2SHP A; 2KNO A; 1A1E A; 1IJR A; 3OB2 B; 4A4C A; 3VS2 A; 3PSK A; 5EEQ A; 3EAZ A; 1O41 A; 1YVH A; 4FL2 A; 1FYR A; 2CS0 A; 3S9K A; 3VRZ A; 1B47 A; 1O42 A; 4LUE A; 2ETZ A; 3HHM B; 4X6S A; 3TL0 A; 5HKW A; 1Y1U A; 1O4Q A; 4H1O A; 3TKZ A; 3VRN A; 3UF4 A; 3BUN B; 3US4 A; 2DLZ A; 3CXL A; 4EIH A; 3S8N A; 1X0N A; 3HCK A; 1FU6 A; 5J3X A; 4JEG A; 1NZV A; 2OQ1 A; 4P9Z A; 1UUR A; 5EHR A; 3VGO A; 3NHN A; 2H46 E; 3BUX B; 4OHH A; 4F5B A; 1GHU A; 5DC9 A; 5GJH A; 2HMH A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2Y1N A; 1BFI A; 3MXY A; 1OPK A; 1CSZ A; 1TZE E; 5AXI A; 2AOA A; 1SPS A; 4OHI A; 5HKZ A; 2FCI A; 1O45 A; 1ZFP E; 2IUG A; 1BLK A; 2CIA A; 1KA6 A; 2JYQ A; 1R1Q A; 1SKJ A; 3PS5 A; 4GL9 E; 5D0J A; 4K45 A; 3PQZ A; 1GRI A; 1KC2 A; 1O4P A; 1SHD A; 3IN7 A; 4E93 A; 5I6V A; 1A09 A; 2MRJ A; 1HCT B; 1TCE A; 1RQQ C; 1BM2 A; 3VS6 A; 3K2M A; 1NRV A; 3ZNI A; 2YU7 A; 2KK6 A; 2C0T A; 1FBZ A; 4GWF A; 1D4T A; 1A1A A; 1JYR A; 4FL3 A; 3GQI B; 1O4F A; 3N8M A; 2EOB A; 2EL8 A; 3PFV A; 4L1B B; 1JU5 A; 1LUK A; 2EYZ A; 1BLJ A; 4P9V A; 2Y3A B; 3WA4 A; 1O4J A; 1YVL A; 2Y1M A; 2RSY A; 1JYU A; 4K11 A; 4H34 A; 2EYY A; 2XP1 A; 2YSX A; 1X6C A; 3VS4 A; 5EG3 B; 2CI8 A; 5EHP A; 1AYB A; 3BUM B; 5AUL A; 1XA6 A; 2B3O A; 4OHL A; 3N84 A; 2CRH A; 2IZV A; 3M7F A; 2LNX A; 2ABL A; 1BKL A; 1M27 A; 1OO3 A; 1OPL A; 1AYD A; 4K2R A; 5KAZ A; 1LKL A; 5GJI A; 1JWO A; 3MXC A; 3T04 A; 3CBL A; 2PTK A; 3VS3 A; 2GE9 A; 4TZI A; 2L4K A; 2LQN A; 1R1P A; 3GXW A; 3IN8 A; 3S8O A; 1G83 A; 4D8K A; 5IBS A; 1M61 A; 4FBN A; 2LQW A; 1CSY A; 1FU5 A; 3VS1 A; 1BHH B; 1O4H A; 4K44 A; 2EO6 A; 3UYO A; 1X27 A; 3IMJ A; 3BUO B; 2AOB A; 3N7Y A; 2ROR A; 2QMS A; 2DCR A; 2IUI A; 3CWG A; 2IUH A; 4U17 A; 1O4E A; 2CBL A; 1BF5 A; 1O4O A; 3VRQ A; 1LUI A; 1BHF A; 3CD3 A; 5IBM A; 2PLD A; 2HDX A; 1O46 A; 1Z3K A; 4NWG A; 1O43 A; 1CJ1 A; 1O49 A; 1O4B A; 1SHA A; 4XZ0 A; 4JE4 A; 1QAD A; 4NWF A; 1O4A A; 3OB1 B; 4F59 A; 1O4L A; 2MC1 A; 4A4B A; 4WWQ A; 2HCK A; 2K79 B; 4DGX A; 1F1W A; 3OVE A; 2MK2 A; 3S8L A; 2GSB A; 4M4Z A; 3BUW B; 2H5K A; 5DC4 A; 1O4N A; 1MIL A; 3VRO A; 2MQI A; 2EKX A; 3PLF B; 1O4I A; 1LKK A; 3BKB A; 1PIC A; 1CWD L; 4JGH A; 3VRY A; 1LCJ A; 1O4K A; 2HDV A; 4DGP A; 3OV1 A; 2EO3 A; 1F2F A; 1LUM A; 2C0O A; 3EAC A; 4E68 A; 3QWX X; 3OP0 A; 1RPY A; 4QSY A; 1WQU A; 1O4D A; 1QG1 E; 1A07 A; 1O44 A; 4OHE A; 1FHS A; 1IS0 A; 3GXX A; 4XZ1 A; 2AUG A; 2C9W A; 3VRR A; 3VS7 A; 1O4M A; 2EYV A; 2EU0 A; 3C7I A; 1O4C A; 2DM0 A; 5EEL A; 1A1B A; 1BG1 A; 1QCF A; 1OO4 A; 1AYA A; 1NZL A; 1SHB A; 1AYC A; 1O47 A; 1I3Z A; 1AB2 A; 2PNB A; 1O48 A; 1SPR A; 1O4R A; 2MRK A; 2VIF A; 3VS5 A; 2CR4 A; 1D4W A; 3VRP A; 2ECD A; 2HUW A; 2PNA A; 3QWY A; 4F5A A; 1P13 A; 4GPL B; 4EY0 A; 1BHH A; 1BFJ A; 2H8H A; 1H9O A; 1KSW A; 2RVF A; 2CI9 A; 1BMB A; 2LCT A; 2OZO A; 2RMX A; 2L6K A; 5BO4 A; 1A1C A; 1LCK A; 2PLE A; 3KFJ A; 1BKM A; 2C0I A; 1CWE A; 2DX0 A; 1O4G A; 3HIZ B; 4OHD A; 3MAZ A; 3IMD A; 1AOT F; 1AOU F; 1JYQ A; 2DVJ A; 3VS0 A; 2SRC A; 2LNW A; 1R1S A; 1UUS A; 2L3T A; 4U1P A; 3PJP A; 1MW4 A; 5DC0 B; 1FBV A; 1K9A A; 3PSJ A; 2DLY A; 1AD5 A; 2FO0 A; 1D1Z A; 5DF6 A; 1FMK A; 1A08 A; 4LUD A; 5HKY A; 2K7A B; 5CDW A; 1RJA A; 1LUN A; 2BBU A; 1A81 A; 4ROJ A; 1HCS B; 1KA7 A; 1Y57 A; 2SHP A; 2KNO A; 1A1E A; 1IJR A; 3OB2 B; 4A4C A; 3VS2 A; 3PSK A; 5EEQ A; 3EAZ A; 1O41 A; 1YVH A; 4FL2 A; 1FYR A; 2CS0 A; 3S9K A; 3VRZ A; 1B47 A; 1O42 A; 4LUE A; 2ETZ A; 3HHM B; 4X6S A; 3TL0 A; 5HKW A; 1Y1U A; 1O4Q A; 4H1O A; 3TKZ A; 3VRN A; 3UF4 A; 3BUN B; 3US4 A; 2DLZ A; 3CXL A; 4EIH A; 3S8N A; 1X0N A; 3HCK A; 1FU6 A; 5J3X A; 4JEG A; 1NZV A; 2OQ1 A; 4P9Z A; 1UUR A; 5EHR A; 3VGO A; 3NHN A; 2H46 E; 3BUX B; 4OHH A; 4F5B A; 1GHU A; 5DC9 A; 5GJH A; 2HMH A;
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