The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
|
sequence length |
258
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structure length |
258
|
Chain Sequence |
HMPDPAAHLPFFYGSISRAEAEEHLKLAGMADGLFLLRQCLRSLGGYVLSLVHDVRFHHFPIERQLNGTYAIAGGKAHCGPAELCEFYSRDPDGLPCNLRKPCNRPSGLEPQPGVFDCLRDAMVRDYVRQTWKLEGEALEQAIISQAPQVEKLIATTAHERMPWYHSSLTREEAERKLYSGAQTDGKFLLRPRKEQGTYALSLIYGKTVYHYLISQDKAGKYCIPEGTKFDTLWQLVEYLKLKADGLIYCLKEACPNS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Modification by covalent reaction or oxidation of cysteine residues in the tandem-SH2 domains of ZAP-70 and Syk can block phosphopeptide binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase ZAP-70
|
| molecule tags |
Transferase/transferase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
70
|
| structure length |
258
|
| sequence length |
258
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2015-02-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00017 | SH2 | SH2 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Syk Kinase; Chain A, domain 2 | Syk Kinase; Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | SHC Adaptor Protein | SH2 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VS1 A; 1QCF A; 1O4F A; 3ZNI A; 2ABL A; 1LKL A; 4K45 A; 2CBL A; 4F5A A; 1BLK A; 1JYR A; 1X6C A; 1O4B A; 1BHH A; 4GWF A; 3PSJ A; 1SHA A; 3TKZ A; 2DX0 A; 2EYY A; 1O47 A; 3OB2 B; 3BUX B; 2Y1M A; 1KA6 A; 2CR4 A; 1G83 A; 3CWG A; 1NZL A; 3VS7 A; 2FO0 A; 4JE4 A; 2MC1 A; 2RSY A; 3C7I A; 1BFI A; 2LNW A; 4F5B A; 1BKL A; 1X0N A; 1OO3 A; 1SKJ A; 1D1Z A; 3PSK A; 4K44 A; 1O4A A; 2EYZ A; 3BUW B; 2HDV A; 2MRK A; 1O4M A; 3VS3 A; 3VGO A; 2ROR A; 3VRY A; 4FBN A; 1AD5 A; 5DF6 A; 3CBL A; 1FHS A; 4A4B A; 1BG1 A; 2EL8 A; 1JU5 A; 2ECD A; 2OZO A; 2BBU A; 4L1B B; 4P9Z A; 1K9A A; 1AYC A; 2Y1N A; 3GQI B; 2DLZ A; 1OPK A; 3QWX X; 3S8O A; 2SRC A; 4M4Z A; 1BKM A; 5AXI A; 3HCK A; 1A07 A; 4WWQ A; 2PTK A; 1AOU F; 5DC9 A; 2PLE A; 4U17 A; 4K2R A; 1O4O A; 2XP1 A; 5DC0 B; 4EIH A; 1R1S A; 3VRR A; 5EHP A; 2HDX A; 2GE9 A; 1MW4 A; 1I3Z A; 1O41 A; 5GJH A; 4X6S A; 1FU5 A; 4XZ1 A; 1O4K A; 2DM0 A; 3VRZ A; 2IUH A; 1JWO A; 5EEL A; 1XA6 A; 1H9O A; 3BUO B; 2C9W A; 5KAZ A; 4JGH A; 3IN7 A; 5GJI A; 3VRO A; 1RQQ C; 3KFJ A; 1A81 A; 5EEQ A; 2CI9 A; 5EG3 B; 2AUG A; 1TZE E; 2K7A B; 5BO4 A; 2EU0 A; 1CJ1 A; 1B47 A; 2PLD A; 1FMK A; 1O42 A; 3PQZ A; 4NWG A; 5IBM A; 1BHF A; 1LUI A; 1O4G A; 1Y1U A; 2DLY A; 2VIF A; 2EO6 A; 5D0J A; 4GPL B; 3S8L A; 3GXX A; 1A1E A; 2JYQ A; 2IZV A; 1CWE A; 3BUM B; 4XZ0 A; 3PJP A; 1TCE A; 2H5K A; 1LUK A; 1WQU A; 3TL0 A; 2B3O A; 2C0T A; 4D8K A; 5HKW A; 1O45 A; 1FU6 A; 2K79 B; 4GL9 E; 2PNB A; 2IUI A; 4H34 A; 3CD3 A; 2AOA A; 2LNX A; 2IUG A; 1O4C A; 3VRP A; 3VS0 A; 4EY0 A; 2GSB A; 4LUD A; 4JEG A; 1D4W A; 3M7F A; 1HCT B; 1R1Q A; 4DGP A; 3PFV A; 4K11 A; 1O44 A; 1UUS A; 2YU7 A; 5CDW A; 3PLF B; 1KA7 A; 1GRI A; 1O4E A; 1JYU A; 1O4J A; 2CRH A; 1SPS A; 1R1P A; 5DC4 A; 3VS6 A; 4ROJ A; 4QSY A; 2MK2 A; 3BUN B; 3S9K A; 2PNA A; 2OQ1 A; 2HCK A; 3IMD A; 1IJR A; 2MRJ A; 1O4P A; 1O4Q A; 1O46 A; 4E68 A; 5HKZ A; 2EO3 A; 3GXW A; 3K2M A; 3OP0 A; 2H8H A; 4U1P A; 2L6K A; 2CI8 A; 1A09 A; 1QAD A; 1AB2 A; 1Z3K A; 2LQN A; 1O4L A; 1JYQ A; 1SHD A; 3VRN A; 4OHE A; 1A1C A; 4FL2 A; 2L3T A; 1O4R A; 2EYV A; 2LQW A; 1LUM A; 5I6V A; 1FYR A; 4OHI A; 1CWD L; 4F59 A; 2YSX A; 3PS5 A; 1O48 A; 4NWF A; 1QG1 E; 4A4C A; 1PIC A; 4E93 A; 2H46 E; 2C0I A; 5HKY A; 3CXL A; 3IMJ A; 2DVJ A; 1A08 A; 2FCI A; 3MXC A; 2L4K A; 4DGX A; 1OPL A; 3VS5 A; 1KC2 A; 5IBS A; 2EKX A; 2MQI A; 1BFJ A; 1NZV A; 1O4D A; 1LCJ A; 1GHU A; 4OHL A; 1YVL A; 1AYA A; 1O43 A; 2CIA A; 2C0O A; 2AOB A; 5EHR A; 1BLJ A; 3VS4 A; 3T04 A; 2CS0 A; 1BMB A; 1FBV A; 5J3X A; 4FL3 A; 1RPY A; 4TZI A; 1AOT F; 1NRV A; 3N7Y A; 4LUE A; 1KSW A; 2EOB A; 2QMS A; 3VRQ A; 4P9V A; 1O49 A; 3WA4 A; 1IS0 A; 1X27 A; 1OO4 A; 1D4T A; 1CSY A; 1Y57 A; 1CSZ A; 3N8M A; 3OVE A; 1LCK A; 3EAC A; 2HMH A; 2DCR A; 1LKK A; 3UYO A; 1P13 A; 2ETZ A; 3BKB A; 3UF4 A; 1UUR A; 1LUN A; 1O4N A; 1M61 A; 1HCS B; 1M27 A; 3OB1 B; 1AYD A; 2RMX A; 2Y3A B; 4H1O A; 1YVH A; 4OHD A; 1BM2 A; 3MXY A; 1ZFP E; 1SPR A; 1A1B A; 3US4 A; 3HHM B; 1A1A A; 1MIL A; 1RJA A; 2KNO A; 3OV1 A; 1AYB A; 3NHN A; 3VS2 A; 1FBZ A; 2HUW A; 2KK6 A; 1BF5 A; 1BHH B; 3IN8 A; 3EAZ A; 2RVF A; 1F1W A; 3S8N A; 3QWY A; 1SHB A; 1F2F A; 5AUL A; 2LCT A; 3HIZ B; 2SHP A; 1O4I A; 3MAZ A; 3N84 A; 1O4H A; 4OHH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VS1 A; 1QCF A; 1O4F A; 3ZNI A; 2ABL A; 1LKL A; 4K45 A; 2CBL A; 4F5A A; 1BLK A; 1JYR A; 1X6C A; 1O4B A; 1BHH A; 4GWF A; 3PSJ A; 1SHA A; 3TKZ A; 2DX0 A; 2EYY A; 1O47 A; 3OB2 B; 3BUX B; 2Y1M A; 1KA6 A; 2CR4 A; 1G83 A; 3CWG A; 1NZL A; 3VS7 A; 2FO0 A; 4JE4 A; 2MC1 A; 2RSY A; 3C7I A; 1BFI A; 2LNW A; 4F5B A; 1BKL A; 1X0N A; 1OO3 A; 1SKJ A; 1D1Z A; 3PSK A; 4K44 A; 1O4A A; 2EYZ A; 2KGY A; 3BUW B; 2HDV A; 2MRK A; 1O4M A; 3VS3 A; 3VGO A; 2ROR A; 3VRY A; 4FBN A; 1AD5 A; 5DF6 A; 3CBL A; 1FHS A; 4A4B A; 1BG1 A; 2EL8 A; 1JU5 A; 2ECD A; 2OZO A; 2BBU A; 4L1B B; 4P9Z A; 1K9A A; 1AYC A; 2Y1N A; 3GQI B; 2DLZ A; 1OPK A; 3QWX X; 3S8O A; 2SRC A; 4M4Z A; 1BKM A; 5AXI A; 3HCK A; 1A07 A; 4WWQ A; 2PTK A; 1AOU F; 5DC9 A; 2PLE A; 4U17 A; 4K2R A; 1O4O A; 2XP1 A; 5DC0 B; 4EIH A; 1R1S A; 3VRR A; 5EHP A; 2HDX A; 2GE9 A; 1MW4 A; 1I3Z A; 1O41 A; 5GJH A; 4X6S A; 1FU5 A; 4XZ1 A; 1O4K A; 2DM0 A; 3VRZ A; 2IUH A; 1JWO A; 5EEL A; 1XA6 A; 1H9O A; 3BUO B; 2C9W A; 5KAZ A; 4JGH A; 3IN7 A; 5GJI A; 3VRO A; 1RQQ C; 3KFJ A; 1A81 A; 5EEQ A; 2CI9 A; 5EG3 B; 2AUG A; 1TZE E; 2K7A B; 5BO4 A; 2EU0 A; 1CJ1 A; 1B47 A; 2PLD A; 1FMK A; 1O42 A; 3PQZ A; 4NWG A; 5IBM A; 1BHF A; 1LUI A; 1O4G A; 1Y1U A; 2DLY A; 2VIF A; 2EO6 A; 5D0J A; 4GPL B; 3S8L A; 3GXX A; 1A1E A; 2JYQ A; 2IZV A; 1CWE A; 3BUM B; 4XZ0 A; 3PJP A; 1TCE A; 2H5K A; 1LUK A; 1WQU A; 3TL0 A; 2B3O A; 2C0T A; 4D8K A; 5HKW A; 1O45 A; 1FU6 A; 2K79 B; 4GL9 E; 2PNB A; 3LYV A; 2IUI A; 4H34 A; 3CD3 A; 2AOA A; 2LNX A; 2IUG A; 1O4C A; 3VRP A; 3VS0 A; 4EY0 A; 2GSB A; 4LUD A; 4JEG A; 1D4W A; 3M7F A; 1HCT B; 1R1Q A; 4DGP A; 3PFV A; 4K11 A; 1O44 A; 1UUS A; 2YU7 A; 5CDW A; 3PLF B; 1KA7 A; 1GRI A; 1O4E A; 1JYU A; 1O4J A; 2CRH A; 1SPS A; 1R1P A; 5DC4 A; 3VS6 A; 4ROJ A; 4QSY A; 2MK2 A; 3BUN B; 3S9K A; 2PNA A; 2OQ1 A; 2HCK A; 3IMD A; 1IJR A; 2MRJ A; 1O4P A; 1O4Q A; 1O46 A; 4E68 A; 5HKZ A; 2EO3 A; 3GXW A; 3K2M A; 3OP0 A; 2H8H A; 4U1P A; 2L6K A; 2CI8 A; 1A09 A; 1QAD A; 1AB2 A; 1Z3K A; 2LQN A; 1O4L A; 1JYQ A; 1SHD A; 3VRN A; 4OHE A; 1A1C A; 4FL2 A; 2L3T A; 1O4R A; 2EYV A; 2LQW A; 1LUM A; 5I6V A; 1FYR A; 4OHI A; 1CWD L; 4F59 A; 2YSX A; 3PS5 A; 1O48 A; 4NWF A; 1QG1 E; 4A4C A; 1PIC A; 4E93 A; 2H46 E; 2C0I A; 5HKY A; 3CXL A; 3IMJ A; 2DVJ A; 1A08 A; 2FCI A; 3MXC A; 2L4K A; 4DGX A; 1OPL A; 3VS5 A; 1KC2 A; 5IBS A; 2EKX A; 2MQI A; 1BFJ A; 1NZV A; 1O4D A; 1LCJ A; 3K2T A; 1GHU A; 4OHL A; 1YVL A; 1AYA A; 1O43 A; 2CIA A; 2C0O A; 2AOB A; 5EHR A; 1BLJ A; 3VS4 A; 3T04 A; 2CS0 A; 1BMB A; 1FBV A; 5J3X A; 4FL3 A; 1RPY A; 4TZI A; 1AOT F; 1NRV A; 3N7Y A; 4LUE A; 1KSW A; 2EOB A; 2QMS A; 3VRQ A; 4P9V A; 1O49 A; 3WA4 A; 1IS0 A; 1X27 A; 1OO4 A; 1D4T A; 1CSY A; 1Y57 A; 1CSZ A; 3N8M A; 3OVE A; 1LCK A; 3EAC A; 2HMH A; 2DCR A; 1LKK A; 3UYO A; 1P13 A; 2ETZ A; 3BKB A; 3UF4 A; 1UUR A; 1LUN A; 1O4N A; 1M61 A; 1HCS B; 1M27 A; 3OB1 B; 1AYD A; 2RMX A; 2Y3A B; 4H1O A; 1YVH A; 4OHD A; 1BM2 A; 3MXY A; 1ZFP E; 1SPR A; 1A1B A; 3US4 A; 3HHM B; 1A1A A; 1MIL A; 1RJA A; 2KNO A; 3OV1 A; 1AYB A; 3NHN A; 3VS2 A; 1FBZ A; 2HUW A; 2KK6 A; 1BF5 A; 1BHH B; 3IN8 A; 3EAZ A; 2RVF A; 1F1W A; 3S8N A; 3QWY A; 1SHB A; 1F2F A; 5AUL A; 2LCT A; 3HIZ B; 2LRA A; 2SHP A; 1O4I A; 3MAZ A; 3N84 A; 1O4H A; 4OHH A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3VS1 A; 1QCF A; 1O4F A; 3ZNI A; 2ABL A; 1LKL A; 4K45 A; 2CBL A; 4F5A A; 1BLK A; 1JYR A; 1X6C A; 1O4B A; 1BHH A; 4GWF A; 3PSJ A; 1SHA A; 3TKZ A; 2DX0 A; 2EYY A; 1O47 A; 3OB2 B; 3BUX B; 2Y1M A; 1KA6 A; 2CR4 A; 1G83 A; 3CWG A; 1NZL A; 3VS7 A; 2FO0 A; 4JE4 A; 2MC1 A; 2RSY A; 3C7I A; 1BFI A; 2LNW A; 4F5B A; 1BKL A; 1X0N A; 1OO3 A; 1SKJ A; 1D1Z A; 3PSK A; 4K44 A; 1O4A A; 2EYZ A; 3BUW B; 2HDV A; 2MRK A; 1O4M A; 3VS3 A; 3VGO A; 2ROR A; 3VRY A; 4FBN A; 1AD5 A; 5DF6 A; 3CBL A; 1FHS A; 4A4B A; 1BG1 A; 2EL8 A; 1JU5 A; 2ECD A; 2OZO A; 2BBU A; 4L1B B; 4P9Z A; 1K9A A; 1AYC A; 2Y1N A; 3GQI B; 2DLZ A; 1OPK A; 3QWX X; 3S8O A; 2SRC A; 4M4Z A; 1BKM A; 5AXI A; 3HCK A; 1A07 A; 4WWQ A; 2PTK A; 1AOU F; 5DC9 A; 2PLE A; 4U17 A; 4K2R A; 1O4O A; 2XP1 A; 5DC0 B; 4EIH A; 1R1S A; 3VRR A; 5EHP A; 2HDX A; 2GE9 A; 1MW4 A; 1I3Z A; 1O41 A; 5GJH A; 4X6S A; 1FU5 A; 4XZ1 A; 1O4K A; 2DM0 A; 3VRZ A; 2IUH A; 1JWO A; 5EEL A; 1XA6 A; 1H9O A; 3BUO B; 2C9W A; 5KAZ A; 4JGH A; 3IN7 A; 5GJI A; 3VRO A; 1RQQ C; 3KFJ A; 1A81 A; 5EEQ A; 2CI9 A; 5EG3 B; 2AUG A; 1TZE E; 2K7A B; 5BO4 A; 2EU0 A; 1CJ1 A; 1B47 A; 2PLD A; 1FMK A; 1O42 A; 3PQZ A; 4NWG A; 5IBM A; 1BHF A; 1LUI A; 1O4G A; 1Y1U A; 2DLY A; 2VIF A; 2EO6 A; 5D0J A; 4GPL B; 3S8L A; 3GXX A; 1A1E A; 2JYQ A; 2IZV A; 1CWE A; 3BUM B; 4XZ0 A; 3PJP A; 1TCE A; 2H5K A; 1LUK A; 1WQU A; 3TL0 A; 2B3O A; 2C0T A; 4D8K A; 5HKW A; 1O45 A; 1FU6 A; 2K79 B; 4GL9 E; 2PNB A; 2IUI A; 4H34 A; 3CD3 A; 2AOA A; 2LNX A; 2IUG A; 1O4C A; 3VRP A; 3VS0 A; 4EY0 A; 2GSB A; 4LUD A; 4JEG A; 1D4W A; 3M7F A; 1HCT B; 1R1Q A; 4DGP A; 3PFV A; 4K11 A; 1O44 A; 1UUS A; 2YU7 A; 5CDW A; 3PLF B; 1KA7 A; 1GRI A; 1O4E A; 1JYU A; 1O4J A; 2CRH A; 1SPS A; 1R1P A; 5DC4 A; 3VS6 A; 4ROJ A; 4QSY A; 2MK2 A; 3BUN B; 3S9K A; 2PNA A; 2OQ1 A; 2HCK A; 3IMD A; 1IJR A; 2MRJ A; 1O4P A; 1O4Q A; 1O46 A; 4E68 A; 5HKZ A; 2EO3 A; 3GXW A; 3K2M A; 3OP0 A; 2H8H A; 4U1P A; 2L6K A; 2CI8 A; 1A09 A; 1QAD A; 1AB2 A; 1Z3K A; 2LQN A; 1O4L A; 1JYQ A; 1SHD A; 3VRN A; 4OHE A; 1A1C A; 4FL2 A; 2L3T A; 1O4R A; 2EYV A; 2LQW A; 1LUM A; 5I6V A; 1FYR A; 4OHI A; 1CWD L; 4F59 A; 2YSX A; 3PS5 A; 1O48 A; 4NWF A; 1QG1 E; 4A4C A; 1PIC A; 4E93 A; 2H46 E; 2C0I A; 5HKY A; 3CXL A; 3IMJ A; 2DVJ A; 1A08 A; 2FCI A; 3MXC A; 2L4K A; 4DGX A; 1OPL A; 3VS5 A; 1KC2 A; 5IBS A; 2EKX A; 2MQI A; 1BFJ A; 1NZV A; 1O4D A; 1LCJ A; 1GHU A; 4OHL A; 1YVL A; 1AYA A; 1O43 A; 2CIA A; 2C0O A; 2AOB A; 5EHR A; 1BLJ A; 3VS4 A; 3T04 A; 2CS0 A; 1BMB A; 1FBV A; 5J3X A; 4FL3 A; 1RPY A; 4TZI A; 1AOT F; 1NRV A; 3N7Y A; 4LUE A; 1KSW A; 2EOB A; 2QMS A; 3VRQ A; 4P9V A; 1O49 A; 3WA4 A; 1IS0 A; 1X27 A; 1OO4 A; 1D4T A; 1CSY A; 1Y57 A; 1CSZ A; 3N8M A; 3OVE A; 1LCK A; 3EAC A; 2HMH A; 2DCR A; 1LKK A; 3UYO A; 1P13 A; 2ETZ A; 3BKB A; 3UF4 A; 1UUR A; 1LUN A; 1O4N A; 1M61 A; 1HCS B; 1M27 A; 3OB1 B; 1AYD A; 2RMX A; 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