The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
|
sequence length |
376
|
structure length |
354
|
Chain Sequence |
LYFQGAMVSVPVVPGADIAAEYLVAAEDTAAGGDWFDALALGDRLVLVVGDVVGHGVEAAAVMSQLRTALRMQISAGYTVVEALEAVDRFHKQVPGSKSATMCVGSLDFTSGEFQYCTAGHPPPLLVTADASARYVEPTGAGPLGSGTGFPVRSEVLNIGDAILFYTDGLIERPGRPLEASTAEFADLAASIASARPIDRLCSDTLELLLRSTGYNDDVTLLAMQRRAPTPPLHITLDATINAARTVRAQLREWLAEIGADHSDIADIVHAISEFVENAVEHGYATDVSKGIVVAAALAGDGNVRASVIDRGQWGLAMAEALVSEARIMHGAGGTTATLTHRLSRPARFVTDTM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of the RsbU and RsbW domains of Rv1364c from Mycobacterium tuberculosis
rcsb |
| molecule keywords |
Protein Rv1364c/MT1410
|
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Mycobacterium tuberculosis
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| total genus |
97
|
| structure length |
354
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| sequence length |
376
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07228 | SpoIIE | Stage II sporulation protein E (SpoIIE) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Heat Shock Protein 90 | Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 4-Layer Sandwich | Phosphatase 2c; domain 1 | PPM-type phosphatase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YSR A; 1YC3 A; 3U2K A; 2YEH A; 1I59 A; 2WI2 A; 2XJX A; 4B6C A; 1AM1 A; 3EHG A; 3B24 A; 2YKB A; 4K4O A; 4MP2 A; 1NHJ A; 2YEJ A; 2VCJ A; 3OWB A; 3WQ9 A; 3R4N A; 2FXS A; 4XKA A; 2BU6 A; 1MX0 A; 4U7O A; 2VW5 A; 3HEK A; 2YE9 A; 3K99 A; 4HXW A; 1YSZ A; 1NHI A; 2E0A A; 2ZDX A; 2WI4 A; 2J82 A; 3D0B A; 3CWV A; 4MB9 A; 4ZVI A; 2I0O A; 2YE6 A; 4YKZ A; 4CWT A; 3W44 A; 3O6O A; 3QN1 B; 2WI1 A; 3RLR A; 2XX5 A; 3R92 A; 4XE2 A; 3A0Z A; 4CWN A; 4E02 A; 1BGQ A; 1TH8 A; 4O0B A; 4LG5 B; 3NMN B; 4LGB B; 3GIG B; 3A0X A; 1UYK A; 4FPP A; 2JFS A; 1UYI A; 5CTU A; 4YZG A; 3RKZ A; 4NH9 A; 1B63 A; 1KIJ A; 3PEH A; 2HG1 A; 4MOT A; 2XJJ A; 3HYY A; 1GKX A; 2FWZ A; 3UJL B; 1AH6 A; 2IWU A; 4MPC A; 1AMW A; 5J71 A; 1UY6 A; 1BKN A; 1UYE A; 3INW A; 3UJK A; 3FT5 A; 2POM A; 4EGK A; 5D6Q A; 4CWO A; 3HZ1 A; 4MPE A; 3W42 A; 4W7T A; 2JJC A; 2IQ1 A; 2V06 A; 4URO A; 1U2O A; 5M4E A; 1L0O A; 1GKZ A; 3BM9 A; 1YET A; 4XIR A; 2I44 A; 4O05 A; 3Q5J A; 3FXO A; 1QY8 A; 3R4P A; 4GGL A; 4PU9 A; 1I5B A; 3W41 A; 1I5A A; 1Z5B A; 2CCT A; 2XDS A; 5CTX A; 4EFT A; 1R62 A; 2YE5 A; 4P7A A; 2FWY A; 4NH8 A; 3MNR P; 2QG2 A; 5M4N A; 5FNF A; 4KQV A; 3H80 A; 4MBC A; 1YES A; 2YE7 A; 3G7E A; 3ZT9 A; 4CE2 A; 4DA1 A; 4L90 A; 4YKQ A; 2H55 A; 4PRX A; 4L8Z A; 2BU5 A; 3G7B A; 3T2S A; 3O0I A; 4EFU A; 4EM7 A; 2BU2 A; 3CGZ A; 1NHH A; 5CF0 A; 1AH8 A; 3TZ0 A; 4FCR A; 4XCJ A; 3ZVU B; 4YKU A; 4CWR A; 4URL A; 3IED A; 3RLQ A; 2POP A; 4ASB A; 4RAG A; 2YGF A; 4ASG A; 2YKE A; 4XKK A; 5ITI A; 4AS9 A; 3A0R A; 3VHA A; 5JO1 B; 2XX4 A; 2YEC A; 2YI7 A; 1ZWH A; 4HY6 A; 1Y8P A; 2YKJ A; 2BU8 A; 3INX A; 1H7U A; 4AWP A; 4CWF A; 4WUB A; 4KTN A; 2CG9 A; 4LWF A; 3JZ3 A; 3K97 A; 4YKY A; 1ZXN A; 3ZXO A; 2EXL A; 3LNU A; 2XDX A; 1UYG A; 4XDM A; 4BQJ A; 4GQT A; 5D6P A; 3T0H A; 3W45 A; 4Q20 A; 4H81 A; 2PNQ A; 4YKX A; 2J86 A; 3G75 A; 2IRM A; 4ASF A; 3OPD A; 2YEE A; 2XJG A; 1UY7 A; 2XAB A; 3NMQ A; 4JAV A; 3OMU A; 4BAE A; 5F3K A; 2HCH A; 1Y8O A; 2JKI A; 3FV5 A; 3RLP A; 3A0W A; 3FXJ A; 2XHR A; 2GFD A; 5M4H A; 2XHX A; 4KFG A; 4R3A A; 2BT0 A; 4N0G A; 1Y4S A; 4H85 A; 4FMT A; 4EGH A; 1H7S A; 4MPN A; 5D7R A; 1I5C A; 3B25 A; 1US7 A; 4NH7 A; 1ZXM A; 5IN9 A; 3R4O A; 2BTZ A; 3Q5K A; 1Z5A A; 3JRQ A; 1YT2 A; 3OW6 A; 4CWQ A; 1MU5 A; 2QFO A; 2JFT A; 3N3C A; 2FYP A; 4DUH A; 4KSH A; 1JM6 A; 2IOQ A; 2XDU A; 4L94 A; 3C0E A; 4O04 A; 5CPH A; 2YK2 A; 5L3J A; 1UY8 A; 1TC0 A; 5FNC A; 4URN A; 1YS3 A; 4GCZ A; 2PK0 A; 4LWG A; 2Y09 A; 3O2F A; 5CTW A; 4XCL A; 4AWO A; 4BIU A; 1TIL A; 1GJV A; 4XIQ A; 1Y8N A; 1Y4U A; 2YJX A; 4FCQ A; 4EMV A; 2H8M A; 2BZ5 A; 3ZKB A; 4P8O A; 3F79 A; 5JO2 B; 4HYM A; 1TXO A; 2ESA A; 3Q5L A; 2O1U A; 1ID0 A; 3LPS A; 4LGA B; 3RT0 A; 4PRV A; 1BXD A; 5D2U A; 2BYH A; 3CRL A; 4O09 A; 1TC6 A; 3TZ5 A; 4AWQ A; 2CGF A; 2Q2E B; 3HHU A; 3R4M A; 1Z59 A; 4I5S A; 4L91 A; 4MP7 A; 1A6Q A; 4HZ0 A; 4WVO B; 4JND A; 4WUC A; 5GGZ A; 4OIC B; 3BMY A; 2IWS A; 3FT8 A; 3QDD A; 2XDL A; 4EGI A; 3CRK A; 4YKR A; 4LWE A; 4ASA A; 4HZ5 A; 1B62 A; 2O1W A; 2YEF A; 3EKR A; 1UY9 A; 4GT8 A; 4CWP A; 3PU9 A; 5CTY A; 1UYC A; 3ZXQ A; 2Q8G A; 4QPK A; 4GFN A; 2YGA A; 4HY1 A; 3KB3 B; 5D7D A; 5IDM A; 3B26 A; 3KE6 A; 3K60 A; 2UWD A; 3GIF A; 2YEA A; 2BU7 A; 3OWD A; 5FWK A; 4BIZ A; 4E00 A; 1EA6 A; 4KSG A; 2Q8H A; 2ZDY A; 4XD8 A; 4YKW A; 3VHD A; 2GQP A; 2YE2 A; 4FCP A; 3TZ4 A; 3NMT B; 2VCI A; 3NMV B; 4JAS A; 4H7Q A; 4XC0 A; 4L93 A; 1OSF A; 3GIG A; 3ZM7 A; 2YI6 A; 5M4M A; 3T1K A; 3FXK A; 1UYH A; 5M4K A; 1AJ6 A; 2YK9 A; 3T9Q A; 2WI5 A; 1UYD A; 2WEP A; 4HXZ A; 3SL2 A; 2C2A A; 4XKO A; 3EHH A; 2YEI A; 2XD6 A; 4RA2 A; 4E01 A; 1B3Q A; 3TTZ A; 1UYL A; 3HYZ A; 3QTF A; 2Q8F A; 1QZR A; 1TID A; 2AKP A; 2BRC A; 2IOR A; 4LPB A; 4QPJ A; 4R1F A; 3VHC A; 2WI7 A; 2YEG A; 4RAF A; 2XZV A; 2ISN A; 3EHJ A; 3FXL A; 4GEE A; 3UJG B; 2YI5 A; 1S16 A; 3T10 A; 1QYE A; 4DZY A; 3ES2 A; 3KDJ B; 4ZKI A; 4XIT A; 1YER A; 2YJW A; 3CGY A; 2CCU A; 1EI1 A; 1PVG A; 4O07 A; 2CCS A; 3PEJ A; 2XCM A; 1Z5C A; 1I58 A; 1KZN A; 4LA7 B; 2ZKJ A; 3TZ2 A; 4EEH A; 3GIE A; 2JFR A; 3D2R A; 1BYQ A; 3B28 A; 3T0Z A; 1YC4 A; 2YE8 A; 4XIP A; 2CM1 A; 1YC1 A; 4DS8 B; 4B7P A; 2IOP A; 2CH4 A; 3W43 A; 3DGE A; 4BXI A; 4URM A; 3T91 A; 2XK2 A; 3EHF A; 2O1V A; 3D36 A; 3A0T A; 4LP0 A; 5FND A; 2XHT A; 4CE1 A; 3HZ5 A; 1YT0 A; 2YE4 A; 3ZKD A; 2ZBK B; 4X9L A; 4WUD A; 1TBW A; 4HYP A; 1I5D A; 2YKI A; 4LWI A; 2QG0 A; 3U2D A; 3H4L A; 3VAD A; 3U67 A; 4XTJ A; 2BRE A; 2K5B A; 3MQ3 A; 4JAU A; 4BQG A; 4YKT A; 3RNR A; 1A4H A; 1UYM A; 3WHA A; 4JQL A; 5F5R A; 4U7N A; 1S14 A; 5BOD A; 3D8K A; 3K98 A; 3B27 A; 3FXM A; 4LWH A; 2YED A; 2Q8I A; 4YZH A; 1ZW9 A; 3EQ2 A; 2VWC A; 4PL9 A; 4V26 A; 5D7C A; 4U93 A; 2WEQ A; 2WER A; 2YGE A; 2YI0 A; 2QF6 A; 3C11 A; 2J4O A; 3A0Y A; 5M4P A; 2BYI A; 2WI3 A; 4V25 A; 5C93 A; 5IDJ A; 1UYF A; 2YKC A; 4CWS A; 2PNR A; 2XDK A; 5F1M A; 2BSM A; 3W40 A; 4CE3 A; 3TUH A; 4KP4 A; 2YEB A; 1YT1 A; 2WI6 A; 2XX2 A; 3R91 A; 2HKJ A; 2YE3 A; 1U0Z A; 2IWX A; 3EKO A; 2P8E A; 4R3M A; 4I3H A; 5BOC A; 1THN A; 5J6A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YSR A; 1YC3 A; 3U2K A; 2YEH A; 1I59 A; 2WI2 A; 2XJX A; 4B6C A; 1AM1 A; 3EHG A; 3B24 A; 2YKB A; 4K4O A; 4MP2 A; 1NHJ A; 2YEJ A; 2VCJ A; 3OWB A; 3WQ9 A; 3R4N A; 2FXS A; 4XKA A; 2BU6 A; 1MX0 A; 4U7O A; 2VW5 A; 3HEK A; 2YE9 A; 3K99 A; 4HXW A; 1YSZ A; 1NHI A; 2E0A A; 2ZDX A; 2WI4 A; 2J82 A; 3D0B A; 3CWV A; 4MB9 A; 4ZVI A; 2I0O A; 2YE6 A; 4YKZ A; 4CWT A; 3W44 A; 3O6O A; 3QN1 B; 2WI1 A; 3RLR A; 2XX5 A; 3R92 A; 4XE2 A; 3A0Z A; 4CWN A; 4E02 A; 1BGQ A; 1TH8 A; 4O0B A; 4LG5 B; 3NMN B; 4LGB B; 3GIG B; 3A0X A; 1UYK A; 4FPP A; 2JFS A; 1UYI A; 5CTU A; 4YZG A; 3RKZ A; 4NH9 A; 1B63 A; 1KIJ A; 3PEH A; 2HG1 A; 4MOT A; 2XJJ A; 3HYY A; 1GKX A; 2FWZ A; 3UJL B; 1AH6 A; 2IWU A; 4MPC A; 1AMW A; 5J71 A; 1UY6 A; 1BKN A; 1UYE A; 3INW A; 3UJK A; 3FT5 A; 2POM A; 4EGK A; 5D6Q A; 4CWO A; 3HZ1 A; 4MPE A; 3W42 A; 4W7T A; 2JJC A; 2IQ1 A; 2V06 A; 4URO A; 1U2O A; 5M4E A; 1L0O A; 1GKZ A; 3BM9 A; 1YET A; 4XIR A; 2I44 A; 3CYG A; 4O05 A; 3Q5J A; 3FXO A; 1QY8 A; 3R4P A; 4GGL A; 4PU9 A; 1I5B A; 3W41 A; 1I5A A; 1Z5B A; 2CCT A; 2XDS A; 5CTX A; 4EFT A; 1R62 A; 2YE5 A; 4P7A A; 2FWY A; 4NH8 A; 3MNR P; 2QG2 A; 5M4N A; 5FNF A; 4KQV A; 3H80 A; 4MBC A; 1YES A; 2YE7 A; 3G7E A; 3ZT9 A; 2C1G A; 4CE2 A; 4DA1 A; 4L90 A; 4YKQ A; 2H55 A; 4PRX A; 4L8Z A; 2BU5 A; 3G7B A; 3T2S A; 3O0I A; 4EFU A; 4EM7 A; 2BU2 A; 3CGZ A; 1NHH A; 5CF0 A; 1AH8 A; 3TZ0 A; 4FCR A; 4XCJ A; 3ZVU B; 4YKU A; 4CWR A; 4URL A; 3IED A; 3RLQ A; 2POP A; 4ASB A; 4RAG A; 2YGF A; 4ASG A; 2YKE A; 4XKK A; 5ITI A; 4AS9 A; 3A0R A; 3VHA A; 5JO1 B; 2XX4 A; 2YEC A; 2YI7 A; 1ZWH A; 4HY6 A; 1Y8P A; 2YKJ A; 2BU8 A; 3INX A; 1H7U A; 4AWP A; 4CWF A; 4WUB A; 4KTN A; 2CG9 A; 4LWF A; 3JZ3 A; 3K97 A; 4YKY A; 1ZXN A; 3ZXO A; 2EXL A; 3LNU A; 2XDX A; 1UYG A; 4XDM A; 4BQJ A; 4GQT A; 5D6P A; 4IIK A; 2C1I A; 3T0H A; 3W45 A; 4Q20 A; 4H81 A; 2PNQ A; 4YKX A; 2J86 A; 3G75 A; 2IRM A; 4ASF A; 3OPD A; 2YEE A; 2XJG A; 1UY7 A; 2XAB A; 3NMQ A; 4JAV A; 3OMU A; 4BAE A; 5F3K A; 2HCH A; 1Y8O A; 2JKI A; 3FV5 A; 3RLP A; 3A0W A; 3FXJ A; 2XHR A; 2GFD A; 5M4H A; 2XHX A; 4KFG A; 4R3A A; 2BT0 A; 4N0G A; 1Y4S A; 4H85 A; 4FMT A; 4EGH A; 1H7S A; 4MPN A; 5D7R A; 1I5C A; 3B25 A; 1US7 A; 4NH7 A; 1ZXM A; 5IN9 A; 3R4O A; 2BTZ A; 3Q5K A; 1Z5A A; 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