The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
254
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structure length |
254
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Chain Sequence |
MVLKERQDGVLVLTLNRPEKLNAITGELLDALYAALKEGEEDREVRALLLTGAGRAFSAGQDLTEFGDRKPDYEAHLRRYNRVVEALSGLEKPLVVAVNGVAAGAGMSLALWGDLRLAAVGASFTTAFVRIGLVPDSGLSFLLPRLVGLAKAQELLLLSPRLSAEEALALGLVHRVVPAEKLMEEALSLAKELAQGPTRAYALTKKLLLETYRLSLTEALALEAVLQGQAGQTQDHEEGVRAFREKRPPRFQGR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of phenylacetic acid degradation protein PaaG from Thermus thermophilus HB8
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule keywords |
Probable enoyl-CoA hydratase
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| total genus |
97
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| structure length |
254
|
| sequence length |
254
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.17: Enoyl-CoA hydratase. |
| pdb deposition date | 2009-06-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00378 | ECH_1 | Enoyl-CoA hydratase/isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3U9R B; 3BPP A; 3U9T B; 3TLF A; 4IZB A; 2W3P A; 3ZWA A; 5DTP A; 2FZS A; 3TZ3 A; 1NZY A; 3R0O A; 4ZDE A; 3BF0 A; 3P2L A; 4I52 A; 3IBB A; 3G64 A; 5G1S A; 4WCZ A; 5DUF A; 3MT6 A; 1XX4 A; 3IAV A; 2D3T A; 4MOU A; 2BZR A; 4NNQ A; 4Z0M A; 3BEZ A; 4LK5 A; 3QKA A; 4QIJ A; 2X58 A; 1UYR A; 2VSU F; 3GF7 A; 1TYF A; 2F9Y A; 1UYT A; 4ZDC A; 1ON3 A; 3TV5 A; 2F9I B; 1MJ3 A; 2Q35 A; 4IZD A; 3V5E A; 2Q34 A; 2DUB A; 4EMP A; 3MFM A; 1N6E A; 2C8T A; 2NP9 A; 3HE2 A; 4KPK A; 5DU8 A; 5DTW A; 1FC7 A; 3U9S B; 3V5I A; 2ZL0 A; 3Q0J A; 5CTC A; 3HP0 A; 1XNW A; 1K32 A; 1W2X A; 3QXZ A; 4RYF H; 3TT6 A; 1Q51 A; 4ELX A; 3RST A; 3K50 A; 5E0S A; 5JBW A; 3M6N A; 3TDC A; 1ON9 A; 4JCS A; 4B3H A; 5G1R A; 3Q0G A; 3RSI A; 3KQF A; 3T8A A; 4JYL A; 4I42 A; 3TRR A; 5DZK H; 3FF6 A; 1N6D A; 3N6R B; 4FZW A; 2Q2X A; 3QMJ A; 4KNP A; 5DKP A; 1XNY A; 3M6M A; 3QWD A; 4FZW C; 1HNU A; 3TVW A; 5KDR B; 3FDU A; 2VSS A; 4MI2 A; 3KTG A; 5DU4 A; 3PZK A; 4ZDD A; 5MGB A; 3TT7 A; 1XNV A; 4U0G A; 4WYO B; 3R9T A; 5DUC A; 2VSS F; 1NZY B; 1SZO A; 3H81 A; 5FUS A; 3SLL A; 1N6F A; 2VSU E; 3ZW8 A; 3KTI A; 3T8B A; 4WZ8 B; 2F6I A; 4FN8 A; 1J7X A; 3PEA A; 3WG5 A; 3QK8 A; 5JBX A; 3JU1 A; 4ELS A; 3KTJ A; 3P85 A; 2A7S A; 3OT6 A; 3HIN A; 3HLN 1; 4U0H A; 1TG6 A; 3T89 A; 3GMA A; 4ELW A; 2F9I A; 2F9Y B; 3PGQ A; 3ZWC A; 3ZWB A; 4FND A; 4JJT A; 3TVU A; 1K39 A; 4JVT A; 5CTB A; 1EY3 A; 5KJP A; 4EML A; 1FC9 A; 2X24 A; 1UYV A; 3IB9 A; 2J5S A; 3OC7 A; 1UIY A; 1Q52 A; 2CBY A; 3L3S A; 3ST9 A; 2UZF A; 3DOR A; 4OMR A; 1DUB A; 4K3W A; 3K8X A; 1WZ8 A; 4EMM A; 1XO6 A; 3R6H A; 5G1Q A; 5INF A; 2PBP A; 3LKE A; 4L6W A; 4U1A A; 2J5I A; 3ISA A; 1JXZ A; 4JCT A; 5ING A; 2QQ3 A; 3H0S A; 4YLH A; 3R9Q A; 4FB8 A; 2GTR A; 1RJN A; 1WDL A; 4JOT A; 4QFE A; 4L8K A; 3KTH A; 3H0J A; 1HNO A; 4KWB A; 1VRG A; 1FC6 A; 4HNK A; 1YG6 A; 2A7K A; 4K2N A; 2A81 A; 3Q1T A; 2HW5 A; 2EJ5 A; 2FBM A; 3P5M A; 4GM2 A; 5KDR A; 2ZL3 A; 4RYF A; 4RCN A; 4U18 A; 3QRE A; 2DEO A; 2J5I I; 2VSS E; 5C90 A; 4JSB A; 1PIX A; 3GKB A; 4B3J A; 3GF3 A; 4OLQ A; 1O8U A; 2ZQQ A; 1RJM A; 4U19 A; 3GLM A; 2CE3 A; 3QXI A; 3SWX A; 3MYB A; 1WDK A; 1FCF A; 3LAO A; 5DZK A; 3R9S A; 4JCR A; 2VSU A; 3T3W A; 4G2R A; 4Q1I A; 5E0S H; 1YG8 A; 1EF9 A; 3VIV A; 4ZDF A; 4GHN A; 2IEX A; 3QYR A; 2VSU C; 2F6Q A; 5DL1 A; 5DU6 A; 1X0U A; 3DJA A; 1HZD A; 2FW2 A; 3PE8 A; 4JYJ A; 3H0U A; 4ASI A; 3KTK A; 3ZW9 A; 1OD4 A; 3STA A; 3HRX A; 3Q7H A; 1PJH A; 4JFC A; 3H02 A; 4QII A; 4FNB A; 5IKL B; 4JWV A; 4OG1 A; 4ZDB A; 3H0Q A; 4NEK A; 4JCQ A; 2PG8 A; 2ZL4 A; 5INI A; 2VRE A; 3NJB A; 1DCI A; 4IZC A; 4HC8 A; 3I47 A; 4FN7 A; 4U0G H; 2J5G A; 2VX2 A; 2WTB A; 2PPY A; 3T88 A; 5C9G A; 1UYS A; 3MOY A; 2J5I B; 1SG4 A; 1WDM A; 1Y7O A; 2ZQR A; 4MXI A; 4ZU2 A; 4K29 A; 2ZL2 A; 3NJD A; 4KD6 A; 4I4Z A; 1OD2 A; 5FIF A; 4Q0G A; 4DI1 A; 4FJW D; 4B3I A; 3RRV A; 3OME A; 1EF8 A; 5E0N X; 4F47 A; 2J5G D; #chains in the Genus database with same CATH topology 3U9R B; 3BPP A; 3U9T B; 3TLF A; 4IZB A; 2W3P A; 3ZWA A; 5DTP A; 2FZS A; 3TZ3 A; 1NZY A; 3R0O A; 4ZDE A; 1UX5 A; 3BF0 A; 3P2L A; 4I52 A; 3IBB A; 3BPT A; 3G64 A; 5G1S A; 4WCZ A; 5DUF A; 3MT6 A; 1XX4 A; 3IAV A; 4HDT A; 2D3T A; 4MOU A; 2BZR A; 4NNQ A; 4Z0M A; 3BEZ A; 4LK5 A; 1UX4 A; 3QKA A; 4QIJ A; 2X58 A; 1UYR A; 3L8J A; 2VSU F; 3GF7 A; 1TYF A; 5HUQ A; 2F9Y A; 1UYT A; 4ZDC A; 1ON3 A; 3TV5 A; 2F9I B; 1MJ3 A; 2Q35 A; 4IZD A; 3V5E A; 2Q34 A; 2DUB A; 4EMP A; 3MFM A; 3AJM A; 1N6E A; 2C8T A; 2NP9 A; 3HE2 A; 4KPK A; 5DU8 A; 5DTW A; 1FC7 A; 3U9S B; 3V5I A; 2ZL0 A; 3Q0J A; 5CTC A; 3HP0 A; 1XNW A; 1K32 A; 1W2X A; 3QXZ A; 4RYF H; 3TT6 A; 1Q51 A; 4ELX A; 3RST A; 3K50 A; 5E0S A; 5JBW A; 3A4L A; 3M6N A; 3TDC A; 1ON9 A; 4JCS A; 1Y64 B; 4B3H A; 5G1R A; 3Q0G A; 3RSI A; 3KQF A; 3T8A A; 4JYL A; 4I42 A; 3TRR A; 5DZK H; 3FF6 A; 1N6D A; 3N6R B; 4FZW A; 4NAR A; 2Q2X A; 3QMJ A; 4KNP A; 5DKP A; 1XNY A; 3M6M A; 3QWD A; 4J2U A; 4FZW C; 1HNU A; 3TVW A; 5KDR B; 3FDU A; 2VSS A; 4MI2 A; 3KTG A; 5DU4 A; 3PZK A; 4ZDD A; 5MGB A; 3TT7 A; 1XNV A; 4U0G A; 4WYO B; 3R9T A; 5DUC A; 2VSS F; 1NZY B; 1SZO A; 3H81 A; 5FUS A; 3SLL A; 1N6F A; 2VSU E; 3ZW8 A; 3AM1 A; 3KTI A; 3T8B A; 4WZ8 B; 2F6I A; 4FN8 A; 1J7X A; 3PEA A; 3WG5 A; 3ADD A; 3QK8 A; 3W8I B; 5JBX A; 3JU1 A; 4ELS A; 3KTJ A; 3P85 A; 2A7S A; 3OT6 A; 3HIN A; 3HLN 1; 4U0H A; 1TG6 A; 3T89 A; 3L8I A; 3GMA A; 3O4X E; 4ELW A; 2F9I A; 2F9Y B; 3PGQ A; 3ZWC A; 3ZWB A; 4FND A; 4JJT A; 3ADB A; 3TVU A; 1K39 A; 4JVT A; 5CTB A; 1EY3 A; 5KJP A; 4EML A; 1FC9 A; 2X24 A; 1UYV A; 3IB9 A; 2J5S A; 3OC7 A; 1UIY A; 1Q52 A; 2CBY A; 3L3S A; 3ST9 A; 2UZF A; 3DOR A; 4OMR A; 1DUB A; 4K3W A; 3K8X A; 1WZ8 A; 4EMM A; 1XO6 A; 3R6H A; 5G1Q A; 5INF A; 2PBP A; 3LKE A; 4L6W A; 4U1A A; 2J5I A; 3A4M A; 3ISA A; 1JXZ A; 4JCT A; 5ING A; 2QQ3 A; 3H0S A; 4YLH A; 3R9Q A; 4FB8 A; 2GTR A; 1RJN A; 1WDL A; 4JOT A; 4QFE A; 4L8K A; 3KTH A; 3H0J A; 1HNO A; 4KWB A; 1VRG A; 1FC6 A; 4HNK A; 1YG6 A; 2A7K A; 4K2N A; 2A81 A; 3RQF A; 3Q1T A; 2HW5 A; 2EJ5 A; 2FBM A; 2YJG A; 3P5M A; 3RQE A; 4GEH B; 4GM2 A; 5KDR A; 2ZL3 A; 4RYF A; 4RCN A; 4U18 A; 3QRE A; 2DEO A; 2J5I I; 2VSS E; 5C90 A; 4JSB A; 1PIX A; 3GKB A; 3A4N A; 4B3J A; 3GF3 A; 4OLQ A; 1O8U A; 2ZQQ A; 1RJM A; 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3BPT A; 3G64 A; 5G1S A; 4WCZ A; 5DUF A; 3MT6 A; 1XX4 A; 3IAV A; 4HDT A; 2D3T A; 4MOU A; 2BZR A; 4NNQ A; 4Z0M A; 3BEZ A; 4LK5 A; 3QKA A; 4QIJ A; 2X58 A; 1UYR A; 2VSU F; 3GF7 A; 1TYF A; 5HUQ A; 2F9Y A; 1UYT A; 4ZDC A; 1ON3 A; 3TV5 A; 2F9I B; 1MJ3 A; 2Q35 A; 4IZD A; 3V5E A; 2Q34 A; 2DUB A; 4EMP A; 3MFM A; 1N6E A; 2C8T A; 2NP9 A; 3HE2 A; 4KPK A; 5DU8 A; 5DTW A; 1FC7 A; 3U9S B; 3V5I A; 2ZL0 A; 3Q0J A; 5CTC A; 3HP0 A; 1XNW A; 1K32 A; 1W2X A; 3QXZ A; 4RYF H; 3TT6 A; 1Q51 A; 4ELX A; 3RST A; 3K50 A; 5E0S A; 5JBW A; 3M6N A; 3TDC A; 1ON9 A; 4JCS A; 4B3H A; 5G1R A; 3Q0G A; 3RSI A; 3KQF A; 3T8A A; 4JYL A; 4I42 A; 3TRR A; 5DZK H; 3FF6 A; 1N6D A; 3N6R B; 4FZW A; 4NAR A; 2Q2X A; 3QMJ A; 4KNP A; 5DKP A; 1XNY A; 3M6M A; 3QWD A; 4J2U A; 4FZW C; 1HNU A; 3TVW A; 5KDR B; 3FDU A; 2VSS A; 4MI2 A; 3KTG A; 5DU4 A; 3PZK A; 4ZDD A; 5MGB A; 3TT7 A; 1XNV A; 4U0G A; 4WYO B; 3R9T A; 5DUC A; 2VSS F; 1NZY B; 1SZO A; 3H81 A; 5FUS A; 3SLL A; 1N6F A; 2VSU E; 3ZW8 A; 3KTI A; 3T8B A; 4WZ8 B; 2F6I A; 4FN8 A; 1J7X A; 3PEA A; 3WG5 A; 3QK8 A; 5JBX A; 3JU1 A; 4ELS A; 3KTJ A; 3P85 A; 2A7S A; 3OT6 A; 3HIN A; 3HLN 1; 4U0H A; 1TG6 A; 3T89 A; 3GMA A; 4ELW A; 2F9I A; 2F9Y B; 3PGQ A; 3ZWC A; 3ZWB A; 4FND A; 4JJT A; 3TVU A; 1K39 A; 4JVT A; 5CTB A; 1EY3 A; 5KJP A; 4EML A; 1FC9 A; 2X24 A; 1UYV A; 3IB9 A; 2J5S A; 3OC7 A; 1UIY A; 1Q52 A; 2CBY A; 3L3S A; 3ST9 A; 2UZF A; 3DOR A; 4OMR A; 1DUB A; 4K3W A; 3K8X A; 1WZ8 A; 4EMM A; 1XO6 A; 3R6H A; 5G1Q A; 5INF A; 2PBP A; 3LKE A; 4L6W A; 4U1A A; 2J5I A; 3ISA A; 1JXZ A; 4JCT A; 5ING A; 2QQ3 A; 3H0S A; 4YLH A; 3R9Q A; 4FB8 A; 2GTR A; 1RJN A; 1WDL A; 4JOT A; 4QFE A; 4L8K A; 3KTH A; 3H0J A; 1HNO A; 4KWB A; 1VRG A; 1FC6 A; 4HNK A; 1YG6 A; 2A7K A; 4K2N A; 2A81 A; 3Q1T A; 2HW5 A; 2EJ5 A; 2FBM A; 2YJG A; 3P5M A; 4GM2 A; 5KDR A; 2ZL3 A; 4RYF A; 4RCN A; 4U18 A; 3QRE A; 2DEO A; 2J5I I; 2VSS E; 5C90 A; 4JSB A; 1PIX A; 3GKB A; 4B3J A; 3GF3 A; 4OLQ A; 1O8U A; 2ZQQ A; 1RJM A; 4U19 A; 3GLM A; 2CE3 A; 3QXI A; 3SWX A; 3MYB A; 1WDK A; 1FCF A; 3LAO A; 5DZK A; 3R9S A; 4JCR A; 2VSU A; 3T3W A; 4G2R A; 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