The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
94
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sequence length |
253
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structure length |
253
|
Chain Sequence |
TQDVTSGYSNLDLDLRDNGVCVVTLNRPDKRNALDVATIEELVTFFSTAHRKGVRAVVLTGAGDHFCAGLDLVEHWKADRSADDFMHVCLRWHEAFNKMEYGGVPIIAALRGAVVGGGLALASAAHLRVMDQSTYFALPEGQRGIFTGGGATIRVSDMIGKYRMIDMILTGRVYQGQEAADLGLAQYITEGSSFDKAMELADKIASNLPLTNFAICSAISHMQNMSGLDAAYAEAFVGGIVNTQPAARERLEA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of DmdD, a Crotonase Superfamily Enzyme That Catalyzes the Hydration and Hydrolysis of Methylthioacryloyl-CoA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/substrate
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| source organism |
Ruegeria pomeroyi
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| molecule keywords |
Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
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| total genus |
94
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| structure length |
253
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| sequence length |
253
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.155: Methylthioacryloyl-CoA hydratase. |
| pdb deposition date | 2013-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00378 | ECH_1 | Enoyl-CoA hydratase/isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KQF A; 4K3W A; 2VX2 A; 4MXI A; 4DI1 A; 1FC6 A; 1WDM A; 3Q0J A; 2F9Y A; 1O8U A; 3BPP A; 2BZR A; 2X58 A; 2ZQQ A; 3RSI A; 5DU6 A; 4RYF A; 3KTI A; 3P2L A; 4FJW D; 1PJH A; 1SZO A; 4JSB A; 3NJB A; 1X0U A; 1UIY A; 2VSU F; 3ZWB A; 3G64 A; 3WG5 A; 5DL1 A; 3TVU A; 4F47 A; 1TYF A; 3GF7 A; 3V5E A; 4RYF H; 2J5S A; 5E0S A; 4KPK A; 3T88 A; 4ZDE A; 4K2N A; 3IB9 A; 3P5M A; 2ZL3 A; 2HW5 A; 1FCF A; 3PGQ A; 1PIX A; 2C8T A; 3PZK A; 3TLF A; 4IZC A; 3H02 A; 3K50 A; 1XO6 A; 3HIN A; 4FZW C; 5E0S H; 4YLH A; 2PPY A; 3OC7 A; 2F9Y B; 1W2X A; 1XNY A; 2A81 A; 3KTK A; 2IEX A; 2CBY A; 3M6N A; 3ZW9 A; 4JCR A; 4KNP A; 1XX4 A; 3QXZ A; 2J5G A; 1HNU A; 2VSS A; 4B3J A; 1Q52 A; 2F6I A; 5KDR B; 3T89 A; 1WDL A; 4ELW A; 4L6W A; 4KD6 A; 4U18 A; 3R9S A; 4MI2 A; 4OMR A; 3OT6 A; 3GMA A; 1WDK A; 5C90 A; 1OD4 A; 3HRX A; 3R9T A; 1Q51 A; 3ZWA A; 3QRE A; 3MT6 A; 2VSU A; 4WZ8 B; 3HP0 A; 3QMJ A; 3DJA A; 3MFM A; 5CTC A; 2X24 A; 1UYT A; 3RST A; 3H0Q A; 5DU4 A; 1RJM A; 5DTW A; 3TDC A; 5G1R A; 1FC7 A; 4IZD A; 2WTB A; 2CE3 A; 3QK8 A; 4U0G A; 3QWD A; 1NZY B; 4FN8 A; 4HC8 A; 4ZDB A; 3PE8 A; 4I4Z A; 2A7S A; 1YG6 A; 1ON3 A; 5DZK A; 4JYL A; 1XNV A; 4JFC A; 3H0J A; 4JCQ A; 4U0G H; 3FF6 A; 2GTR A; 1K39 A; 5INF A; 4ELS A; 1J7X A; 1UYR A; 4FN7 A; 4G2R A; 2D3T A; 4B3I A; 3R0O A; 3L3S A; 2J5G D; 3TVW A; 2VRE A; 4RCN A; 3R9Q A; 4Q0G A; 3TT7 A; 4KWB A; 4WCZ A; 3QKA A; 4NNQ A; 4FND A; 4JWV A; 2Q35 A; 3Q1T A; 3KTH A; 2FW2 A; 3FDU A; 5CTB A; 3N6R B; 3TRR A; 1XNW A; 5ING A; 3IAV A; 4IZB A; 4WYO B; 4Q1I A; 4NEK A; 4FZW A; 1ON9 A; 4ZDC A; 4GM2 A; 4B3H A; 2DEO A; 1UYV A; 1N6D A; 2ZL4 A; 2W3P A; 5G1S A; 4ZDF A; 3JU1 A; 4FB8 A; 5DU8 A; 3BEZ A; 2PBP A; 5FUS A; 4JCT A; 4OG1 A; 3DOR A; 5INI A; 3H81 A; 2Q34 A; 2EJ5 A; 2PG8 A; 3V5I A; 2A7K A; 5DTP A; 3QXI A; 4ELX A; 3KTG A; 2NP9 A; 4U0H A; 4ASI A; 4ZDD A; 1WZ8 A; 4MOU A; 4L8K A; 3HE2 A; 4JVT A; 3P85 A; 1VRG A; 2FZS A; 3OME A; 4JCS A; 3VIV A; 3I47 A; 2FBM A; 4ZU2 A; 1YG8 A; 4K29 A; 1EF8 A; 4I42 A; 3ZW8 A; 3HLN 1; 2VSS E; 3ISA A; 4JOT A; 3TT6 A; 3Q0G A; 2Q2X A; 1DCI A; 3SLL A; 3MYB A; 2F9I A; 1SG4 A; 1UYS A; 4EML A; 3T8B A; 3KTJ A; 3ST9 A; 3PEA A; 3STA A; 3U9S B; 1N6F A; 3LAO A; 5FIF A; 3U9T B; 3GKB A; 1N6E A; 5KDR A; 1OD2 A; 3GLM A; 2VSU E; 3TZ3 A; 3H0U A; 3MOY A; 4EMM A; 1FC9 A; 4QFE A; 2DUB A; 1Y7O A; 2J5I I; 5DZK H; 4OLQ A; 1K32 A; 4GHN A; 4U1A A; 1EF9 A; 3RRV A; 2UZF A; 4JJT A; 3R6H A; 3SWX A; 4LK5 A; 3LKE A; 3BF0 A; 4JYJ A; 2J5I A; 3T8A A; 4Z0M A; 3Q7H A; 4QIJ A; 5JBW A; 2F6Q A; 5IKL B; 4FNB A; 2ZL0 A; 3K8X A; 1HZD A; 1JXZ A; 1DUB A; 3QYR A; 1NZY A; 3TV5 A; 5E0N X; 2F9I B; 1TG6 A; 3GF3 A; 5G1Q A; 4EMP A; 3H0S A; 5C9G A; 1MJ3 A; 5DUF A; 2ZL2 A; 3ZWC A; 1RJN A; 3T3W A; 4U19 A; 1EY3 A; 4QII A; 1HNO A; 5KJP A; 3U9R B; 5JBX A; 3M6M A; 5DKP A; 2ZQR A; 4HNK A; 2VSU C; 5MGB A; 2QQ3 A; 3NJD A; 2VSS F; 5DUC A; 3IBB A; 4I52 A; 2J5I B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KQF A; 4K3W A; 2VX2 A; 4MXI A; 4DI1 A; 1FC6 A; 1WDM A; 3Q0J A; 2F9Y A; 1O8U A; 3BPP A; 2BZR A; 2X58 A; 2ZQQ A; 3RSI A; 5DU6 A; 3RQG A; 3O4X E; 4RYF A; 3KTI A; 3P2L A; 4FJW D; 1PJH A; 1SZO A; 4JSB A; 4NAR A; 3NJB A; 1X0U A; 1UIY A; 2VSU F; 3ZWB A; 3G64 A; 3WG5 A; 5DL1 A; 3TVU A; 4F47 A; 3AM1 A; 1TYF A; 3GF7 A; 3W8H B; 3V5E A; 4RYF H; 2J5S A; 5E0S A; 4KPK A; 3T88 A; 3RQE A; 4ZDE A; 4K2N A; 3IB9 A; 3P5M A; 2ZL3 A; 2HW5 A; 3ADD A; 1FCF A; 3PGQ A; 1PIX A; 2C8T A; 1UX5 A; 3PZK A; 3TLF A; 4IZC A; 3H02 A; 3K50 A; 1XO6 A; 3HIN A; 4FZW C; 5E0S H; 4YLH A; 2PPY A; 2YJG A; 3OC7 A; 2F9Y B; 1W2X A; 1XNY A; 2A81 A; 3KTK A; 2IEX A; 2CBY A; 3M6N A; 3ZW9 A; 1Y64 B; 4JCR A; 4KNP A; 1XX4 A; 3QXZ A; 2J5G A; 1HNU A; 2VSS A; 4B3J A; 1Q52 A; 2F6I A; 3A4N A; 5KDR B; 3T89 A; 5HUQ A; 1WDL A; 4ELW A; 4L6W A; 4KD6 A; 3A4M A; 4U18 A; 3R9S A; 4MI2 A; 4OMR A; 3OT6 A; 3GMA A; 1WDK A; 5C90 A; 1OD4 A; 3HRX A; 3R9T A; 1Q51 A; 3ZWA A; 3QRE A; 3MT6 A; 3ADC A; 2VSU A; 4WZ8 B; 3HP0 A; 3QMJ A; 3DJA A; 3MFM A; 5CTC A; 2X24 A; 1UYT A; 3W8I B; 3RST A; 3H0Q A; 5DU4 A; 1RJM A; 5DTW A; 3TDC A; 5G1R A; 1FC7 A; 4IZD A; 2WTB A; 2CE3 A; 3QK8 A; 4U0G A; 3QWD A; 1NZY B; 4FN8 A; 4HC8 A; 3A4L A; 4ZDB A; 3PE8 A; 4I4Z A; 1UX4 A; 2A7S A; 1YG6 A; 1ON3 A; 5DZK A; 4JYL A; 1XNV A; 4JFC A; 4GEH B; 3H0J A; 4JCQ A; 4U0G H; 3FF6 A; 2GTR A; 1K39 A; 5INF A; 4ELS A; 1J7X A; 1UYR A; 4FN7 A; 4G2R A; 3BPT A; 2D3T A; 4B3I A; 3R0O A; 3L3S A; 2J5G D; 3TVW A; 2VRE A; 3L8J A; 4RCN A; 4Q0G A; 3R9Q A; 3TT7 A; 4KWB A; 4WCZ A; 4NNQ A; 3QKA A; 4FND A; 4JWV A; 2Q35 A; 3Q1T A; 3KTH A; 2FW2 A; 3FDU A; 5CTB A; 3N6R B; 3TRR A; 1XNW A; 5ING A; 3IAV A; 4IZB A; 4WYO B; 4Q1I A; 4NEK A; 4FZW A; 1ON9 A; 4ZDC A; 4GM2 A; 4B3H A; 2DEO A; 1UYV A; 1N6D A; 2ZL4 A; 2W3P A; 5G1S A; 4ZDF A; 3JU1 A; 4FB8 A; 5DU8 A; 3BEZ A; 2PBP A; 5FUS A; 4JCT A; 4OG1 A; 3DOR A; 5INI A; 3H81 A; 2Q34 A; 2EJ5 A; 2PG8 A; 3V5I A; 2A7K A; 5DTP A; 3RQF A; 3QXI A; 4ELX A; 3KTG A; 3L8I A; 2NP9 A; 4U0H A; 4ASI A; 4ZDD A; 1WZ8 A; 4MOU A; 4L8K A; 3HE2 A; 4JVT A; 3P85 A; 1VRG A; 2FZS A; 3OME A; 3AJM A; 4JCS A; 3VIV A; 3I47 A; 2FBM A; 4ZU2 A; 1YG8 A; 4K29 A; 1EF8 A; 4I42 A; 3ZW8 A; 3HLN 1; 2VSS E; 3ISA A; 4JOT A; 3TT6 A; 3Q0G A; 2Q2X A; 1DCI A; 3SLL A; 3MYB A; 2F9I A; 1SG4 A; 1UYS A; 4EML A; 3T8B A; 3KTJ A; 3ST9 A; 3PEA A; 3STA A; 3U9S B; 1N6F A; 3LAO A; 5FIF A; 3U9T B; 3GKB A; 1N6E A; 5KDR A; 1OD2 A; 3GLM A; 2VSU E; 3TZ3 A; 3H0U A; 3MOY A; 4EMM A; 1FC9 A; 4QFE A; 2DUB A; 1Y7O A; 2J5I I; 5DZK H; 4OLQ A; 1K32 A; 4GHN A; 4U1A A; 1EF9 A; 3RRV A; 4J2U A; 2UZF A; 4JJT A; 3R6H A; 3SWX A; 4LK5 A; 3IRB A; 3LKE A; 3BF0 A; 4JYJ A; 2J5I A; 3T8A A; 4Z0M A; 3Q7H A; 4QIJ A; 5JBW A; 2F6Q A; 5IKL B; 4FNB A; 2ZL0 A; 3K8X A; 1HZD A; 1JXZ A; 1DUB A; 3QYR A; 1NZY A; 3TV5 A; 5E0N X; 2F9I B; 1TG6 A; 3GF3 A; 3ADB A; 5G1Q A; 4EMP A; 3H0S A; 5C9G A; 1MJ3 A; 5DUF A; 4HDT A; 2ZL2 A; 3ZWC A; 1RJN A; 3T3W A; 4U19 A; 1EY3 A; 2P63 A; 4QII A; 1HNO A; 5KJP A; 3U9R B; 5JBX A; 3M6M A; 5DKP A; 2ZQR A; 4HNK A; 2VSU C; 5MGB A; 2QQ3 A; 3NJD A; 2VSS F; 5DUC A; 3IBB A; 4I52 A; 2J5I B; #chains in the Genus database with same CATH homology 3KQF A; 4K3W A; 2VX2 A; 4MXI A; 4DI1 A; 1FC6 A; 1WDM A; 3Q0J A; 2F9Y A; 1O8U A; 3BPP A; 2BZR A; 2X58 A; 2ZQQ A; 3RSI A; 5DU6 A; 4RYF A; 3KTI A; 3P2L A; 4FJW D; 1PJH A; 1SZO A; 4JSB A; 4NAR A; 3NJB A; 1X0U A; 1UIY A; 2VSU F; 3ZWB A; 3G64 A; 3WG5 A; 5DL1 A; 3TVU A; 4F47 A; 1TYF A; 3GF7 A; 3V5E A; 4RYF H; 2J5S A; 5E0S A; 4KPK A; 3T88 A; 4ZDE A; 4K2N A; 3IB9 A; 3P5M A; 2ZL3 A; 2HW5 A; 1FCF A; 3PGQ A; 1PIX A; 2C8T A; 3PZK A; 3TLF A; 4IZC A; 3H02 A; 3K50 A; 1XO6 A; 3HIN A; 4FZW C; 5E0S H; 4YLH A; 2PPY A; 2YJG A; 3OC7 A; 2F9Y B; 1W2X A; 1XNY A; 2A81 A; 3KTK A; 2IEX A; 2CBY A; 3M6N A; 3ZW9 A; 4JCR A; 4KNP A; 1XX4 A; 3QXZ A; 2J5G A; 1HNU A; 2VSS A; 4B3J A; 1Q52 A; 2F6I A; 5KDR B; 3T89 A; 5HUQ A; 1WDL A; 4ELW A; 4L6W A; 4KD6 A; 4U18 A; 3R9S A; 4MI2 A; 4OMR A; 3OT6 A; 3GMA A; 1WDK A; 5C90 A; 1OD4 A; 3HRX A; 3R9T A; 1Q51 A; 3ZWA A; 3QRE A; 3MT6 A; 2VSU A; 4WZ8 B; 3HP0 A; 3QMJ A; 3DJA A; 3MFM A; 5CTC A; 2X24 A; 1UYT A; 3RST A; 3H0Q A; 5DU4 A; 1RJM A; 5DTW A; 3TDC A; 5G1R A; 1FC7 A; 4IZD A; 2WTB A; 2CE3 A; 3QK8 A; 4U0G A; 3QWD A; 1NZY B; 4FN8 A; 4HC8 A; 4ZDB A; 3PE8 A; 4I4Z A; 2A7S A; 1YG6 A; 1ON3 A; 5DZK A; 4JYL A; 1XNV A; 4JFC A; 3H0J A; 4JCQ A; 4U0G H; 3FF6 A; 2GTR A; 1K39 A; 5INF A; 4ELS A; 1J7X A; 1UYR A; 4FN7 A; 4G2R A; 3BPT A; 2D3T A; 4B3I A; 3R0O A; 3L3S A; 2J5G D; 3TVW A; 2VRE A; 4RCN A; 3R9Q A; 4Q0G A; 3TT7 A; 4KWB A; 4WCZ A; 3QKA A; 4NNQ A; 4FND A; 4JWV A; 2Q35 A; 3Q1T A; 3KTH A; 2FW2 A; 3FDU A; 5CTB A; 3N6R B; 3TRR A; 1XNW A; 5ING A; 3IAV A; 4IZB A; 4WYO B; 4Q1I A; 4NEK A; 4FZW A; 1ON9 A; 4ZDC A; 4GM2 A; 4B3H A; 2DEO A; 1UYV A; 1N6D A; 2ZL4 A; 2W3P A; 5G1S A; 4ZDF A; 3JU1 A; 4FB8 A; 5DU8 A; 3BEZ A; 2PBP A; 5FUS A; 4JCT A; 4OG1 A; 3DOR A; 5INI A; 3H81 A; 2Q34 A; 2EJ5 A; 2PG8 A; 3V5I A; 2A7K A; 5DTP A; 3QXI A; 4ELX A; 3KTG A; 2NP9 A; 4U0H A; 4ASI A; 4ZDD A; 1WZ8 A; 4MOU A; 4L8K A; 3HE2 A; 4JVT A; 3P85 A; 1VRG A; 2FZS A; 3OME A; 4JCS A; 3VIV A; 3I47 A; 2FBM A; 4ZU2 A; 1YG8 A; 4K29 A; 1EF8 A; 4I42 A; 3ZW8 A; 3HLN 1; 2VSS E; 3ISA A; 4JOT A; 3TT6 A; 3Q0G A; 2Q2X A; 1DCI A; 3SLL A; 3MYB A; 2F9I A; 1SG4 A; 1UYS A; 4EML A; 3T8B A; 3KTJ A; 3ST9 A; 3PEA A; 3STA A; 3U9S B; 1N6F A; 3LAO A; 5FIF A; 3U9T B; 3GKB A; 1N6E A; 5KDR A; 1OD2 A; 3GLM A; 2VSU E; 3TZ3 A; 3H0U A; 3MOY A; 4EMM A; 1FC9 A; 4QFE A; 2DUB A; 1Y7O A; 2J5I I; 5DZK H; 4OLQ A; 1K32 A; 4GHN A; 4U1A A; 3RRV A; 1EF9 A; 4J2U A; 2UZF A; 4JJT A; 3R6H A; 3SWX A; 4LK5 A; 3LKE A; 3BF0 A; 4JYJ A; 2J5I A; 3T8A A; 4Z0M A; 3Q7H A; 4QIJ A; 5JBW A; 2F6Q A; 5IKL B; 4FNB A; 2ZL0 A; 3K8X A; 1HZD A; 1JXZ A; 1DUB A; 3QYR A; 1NZY A; 3TV5 A; 5E0N X; 2F9I B; 1TG6 A; 3GF3 A; 5G1Q A; 4EMP A; 3H0S A; 5C9G A; 1MJ3 A; 5DUF A; 4HDT A; 2ZL2 A; 3ZWC A; 1RJN A; 3T3W A; 4U19 A; 1EY3 A; 4QII A; 1HNO A; 5KJP A; 3U9R B; 5JBX A; 3M6M A; 5DKP A; 2ZQR A; 4HNK A; 2VSU C; 5MGB A; 2QQ3 A; 3NJD A; 2VSS F; 5DUC A; 3IBB A; 4I52 A; 2J5I B;
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