The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
98
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sequence length |
275
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structure length |
261
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Chain Sequence |
MDWHIAKHYDDILYYKAGGIAKIVINRPHKRNAFRPQTVFELYDAFCNAREDNRIGVVLLTGAGPHSDGKYAFCSGGDQSRLNVLDLQRLIRSMPKVVIALVAGYAIGGGHVLHLVCDLTIAADNAIFGQTGPKVGSFDGGFGSSYLARIVGQKKAREIWYLCRQYSAQEAERMGMVNTVVPVDRLEEEGIQWAKEILSKSPLAIRCLKAAFNADCDGQAGLQELAGNATLLYYMTEEGSEGKQAFLEKRPPDFSQYPWLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Active site binding and catalytic role of bicarbonate in 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthases from vitamin K biosynthetic pathways
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Naphthoate synthase
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| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Synechocystis sp.
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| total genus |
98
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| structure length |
261
|
| sequence length |
275
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
|
| ec nomenclature |
ec
4.1.3.36: 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase. |
| pdb deposition date | 2012-04-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00378 | ECH_1 | Enoyl-CoA hydratase/isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NNQ A; 3K50 A; 3KTJ A; 1K39 A; 1YG6 A; 2PPY A; 3KTG A; 3K8X A; 4FN8 A; 5CTB A; 5C90 A; 5JBX A; 4YLH A; 4JCR A; 4MOU A; 3T3W A; 5DU4 A; 4QII A; 1XNY A; 4U1A A; 3L3S A; 4ZDD A; 5FIF A; 3ST9 A; 3TT7 A; 4RCN A; 4LK5 A; 4JCS A; 3JU1 A; 3V5I A; 5DTW A; 4Q1I A; 3Q1T A; 5INI A; 1UIY A; 2VSS E; 3HIN A; 2ZL4 A; 4F47 A; 2J5G A; 2J5I A; 3MYB A; 4ZDE A; 2F6I A; 1X0U A; 3QXZ A; 2VSU A; 2A81 A; 2BZR A; 2VSS A; 2F9Y A; 3LAO A; 3ZW9 A; 4JYJ A; 1N6F A; 1ON9 A; 2PG8 A; 5DU8 A; 3H0Q A; 3PEA A; 3FF6 A; 3U9T B; 3OC7 A; 4B3I A; 3GMA A; 3MOY A; 1Y7O A; 1SG4 A; 4HC8 A; 4B3H A; 4IZD A; 3KTK A; 3MT6 A; 1PIX A; 3H81 A; 3TT6 A; 5DUF A; 2FBM A; 4ELW A; 3DOR A; 3T88 A; 1DCI A; 3GLM A; 2HW5 A; 4WZ8 B; 3I47 A; 5E0N X; 1YG8 A; 4JYL A; 4Z0M A; 3SWX A; 4ELX A; 4OLQ A; 1FCF A; 3ZWB A; 2J5I B; 2DEO A; 4OG1 A; 1O8U A; 1OD2 A; 2VSU C; 1HNU A; 2WTB A; 3TVU A; 2Q2X A; 3Q7H A; 2F9Y B; 4I4Z A; 3R9T A; 4MI2 A; 3TRR A; 3QYR A; 2A7S A; 1FC9 A; 4U0G H; 2J5I I; 3R9S A; 1WDL A; 2F6Q A; 3M6N A; 5MGB A; 2EJ5 A; 2ZQR A; 4I42 A; 2C8T A; 4KWB A; 2X58 A; 1Q51 A; 1FC6 A; 2J5G D; 1XNV A; 3BPP A; 3VIV A; 4DI1 A; 3ISA A; 4G2R A; 3HRX A; 2VRE A; 3MFM A; 5DKP A; 4FND A; 4GM2 A; 1XX4 A; 1RJN A; 1WDM A; 1OD4 A; 4JVT A; 3QK8 A; 3HP0 A; 5DZK H; 3N6R B; 3BF0 A; 4MXI A; 2ZL0 A; 1SZO A; 3P85 A; 3IBB A; 4B3J A; 3R9Q A; 3NJB A; 4EMM A; 1MJ3 A; 3U9S B; 2CE3 A; 1UYS A; 5E0S H; 3OME A; 1W2X A; 3ZW8 A; 4L8K A; 2J5S A; 4ZU2 A; 4ELS A; 5DZK A; 3Q0J A; 3PGQ A; 3H0S A; 2Q35 A; 3KTI A; 5G1Q A; 2Q34 A; 2IEX A; 3GF7 A; 4EML A; 3RST A; 1RJM A; 5E0S A; 1NZY A; 4K29 A; 3KTH A; 3TDC A; 4WCZ A; 4K2N A; 4EMP A; 2ZQQ A; 3P2L A; 4QFE A; 2D3T A; 3V5E A; 4ZDB A; 3QMJ A; 4U19 A; 4QIJ A; 3GF3 A; 3P5M A; 1WZ8 A; 4KPK A; 4K3W A; 5CTC A; 4KD6 A; 4FZW A; 4NEK A; 3IAV A; 3QXI A; 1UYR A; 4HNK A; 2VSU F; 1EF9 A; 1XNW A; 4JOT A; 5C9G A; 2FZS A; 4OMR A; 1Q52 A; 3DJA A; 4JSB A; 1TYF A; 3R0O A; 4IZC A; 1NZY B; 4FB8 A; 4FNB A; 3NJD A; 3U9R B; 3T8B A; 1EY3 A; 4U0G A; 1J7X A; 5INF A; 3T89 A; 2GTR A; 1XO6 A; 5DTP A; 2VX2 A; 2FW2 A; 4FN7 A; 3G64 A; 4U18 A; 1UYV A; 5ING A; 2X24 A; 3HLN 1; 5G1S A; 3PE8 A; 4FJW D; 4ASI A; 1K32 A; 4FZW C; 5KDR A; 4JWV A; 3H0J A; 1FC7 A; 3IB9 A; 3TV5 A; 2CBY A; 4JCT A; 1ON3 A; 2VSU E; 4ZDF A; 1JXZ A; 4GHN A; 2F9I A; 3H02 A; 3T8A A; 1HZD A; 3SLL A; 3ZWC A; 3ZWA A; 3RRV A; 1N6E A; 5G1R A; 1TG6 A; 3OT6 A; 2NP9 A; 1VRG A; 4L6W A; 4WYO B; 4I52 A; 4RYF H; 1EF8 A; 2ZL3 A; 1DUB A; 5DUC A; 3M6M A; 5DU6 A; 5FUS A; 1UYT A; 3RSI A; 5KJP A; 4KNP A; 3R6H A; 3KQF A; 4JFC A; 4ZDC A; 2PBP A; 4Q0G A; 4IZB A; 3H0U A; 3PZK A; 4RYF A; 3TLF A; 2W3P A; 4U0H A; 3FDU A; 2QQ3 A; 3HE2 A; 3WG5 A; 5JBW A; 3TVW A; 5KDR B; 3QRE A; 4JCQ A; 5DL1 A; 1PJH A; 2VSS F; 2UZF A; 3LKE A; 1HNO A; 2F9I B; 4JJT A; 2A7K A; 1N6D A; 3GKB A; 3STA A; 2DUB A; 3QWD A; 5IKL B; 3BEZ A; 3TZ3 A; 2ZL2 A; 1WDK A; 3QKA A; 3Q0G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NNQ A; 3K50 A; 3KTJ A; 1K39 A; 1YG6 A; 2PPY A; 3KTG A; 3K8X A; 4FN8 A; 3ADD A; 5CTB A; 5C90 A; 5JBX A; 4YLH A; 2YJG A; 3BPT A; 3A4M A; 4MOU A; 4JCR A; 3T3W A; 5DU4 A; 4QII A; 1XNY A; 4U1A A; 3L3S A; 4ZDD A; 5FIF A; 3ST9 A; 3TT7 A; 4RCN A; 3A4L A; 4LK5 A; 4JCS A; 3JU1 A; 3ADB A; 3V5I A; 3IRB A; 5DTW A; 3AJM A; 4Q1I A; 3Q1T A; 5INI A; 1UIY A; 2VSS E; 3HIN A; 2ZL4 A; 4GEH B; 4F47 A; 2J5G A; 2J5I A; 3MYB A; 4ZDE A; 2F6I A; 1X0U A; 3QXZ A; 2VSU A; 2A81 A; 2BZR A; 2VSS A; 2F9Y A; 3LAO A; 3ZW9 A; 4JYJ A; 1N6F A; 1ON9 A; 2PG8 A; 5DU8 A; 3H0Q A; 3PEA A; 3FF6 A; 3U9T B; 3OC7 A; 4B3I A; 3GMA A; 3MOY A; 1Y7O A; 1SG4 A; 4HC8 A; 4B3H A; 4IZD A; 3KTK A; 3MT6 A; 1PIX A; 3H81 A; 3TT6 A; 5DUF A; 2FBM A; 4ELW A; 3DOR A; 3T88 A; 1DCI A; 3GLM A; 2HW5 A; 4WZ8 B; 3I47 A; 5E0N X; 1YG8 A; 4JYL A; 4Z0M A; 3SWX A; 4ELX A; 4OLQ A; 3L8J A; 1FCF A; 3ZWB A; 2J5I B; 2DEO A; 4OG1 A; 1O8U A; 1OD2 A; 2VSU C; 1HNU A; 2WTB A; 3TVU A; 2Q2X A; 3Q7H A; 2F9Y B; 4I4Z A; 3R9T A; 4MI2 A; 3TRR A; 3QYR A; 5HUQ A; 3L8I A; 2A7S A; 1FC9 A; 4U0G H; 2J5I I; 3R9S A; 3RQF A; 1WDL A; 2F6Q A; 3M6N A; 5MGB A; 2EJ5 A; 2ZQR A; 4I42 A; 2C8T A; 4KWB A; 3ADC A; 2X58 A; 1Q51 A; 1FC6 A; 2J5G D; 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3T3W A; 5DU4 A; 4QII A; 1XNY A; 4U1A A; 3L3S A; 4ZDD A; 5FIF A; 3ST9 A; 3TT7 A; 4RCN A; 4LK5 A; 4JCS A; 3JU1 A; 3V5I A; 5DTW A; 4Q1I A; 3Q1T A; 5INI A; 1UIY A; 2VSS E; 3HIN A; 2ZL4 A; 4F47 A; 2J5G A; 2J5I A; 3MYB A; 4ZDE A; 2F6I A; 1X0U A; 3QXZ A; 2VSU A; 2A81 A; 2BZR A; 2VSS A; 2F9Y A; 3LAO A; 3ZW9 A; 4JYJ A; 1N6F A; 1ON9 A; 2PG8 A; 5DU8 A; 3H0Q A; 3PEA A; 3FF6 A; 3U9T B; 3OC7 A; 4B3I A; 3GMA A; 3MOY A; 1Y7O A; 1SG4 A; 4HC8 A; 4B3H A; 4IZD A; 3KTK A; 3MT6 A; 1PIX A; 3H81 A; 3TT6 A; 5DUF A; 2FBM A; 4ELW A; 3DOR A; 3T88 A; 1DCI A; 3GLM A; 2HW5 A; 4WZ8 B; 3I47 A; 5E0N X; 1YG8 A; 4JYL A; 4Z0M A; 3SWX A; 4ELX A; 4OLQ A; 1FCF A; 3ZWB A; 2J5I B; 2DEO A; 4OG1 A; 1O8U A; 1OD2 A; 2VSU C; 1HNU A; 2WTB A; 3TVU A; 2Q2X A; 3Q7H A; 2F9Y B; 4I4Z A; 3R9T A; 4MI2 A; 3TRR A; 3QYR A; 5HUQ A; 2A7S A; 1FC9 A; 4U0G H; 2J5I I; 3R9S A; 1WDL A; 2F6Q A; 3M6N A; 5MGB A; 2EJ5 A; 2ZQR A; 4I42 A; 2C8T A; 4KWB A; 2X58 A; 1Q51 A; 1FC6 A; 2J5G D; 1XNV A; 3BPP A; 3VIV A; 4DI1 A; 3ISA A; 4G2R A; 3HRX A; 2VRE A; 3MFM A; 5DKP A; 4FND A; 4GM2 A; 1XX4 A; 1RJN A; 1WDM A; 1OD4 A; 4JVT A; 3QK8 A; 3HP0 A; 5DZK H; 3N6R B; 3BF0 A; 4MXI A; 2ZL0 A; 1SZO A; 3P85 A; 3IBB A; 4B3J A; 3R9Q A; 3NJB A; 4EMM A; 1MJ3 A; 3U9S B; 2CE3 A; 1UYS A; 5E0S H; 3OME A; 1W2X A; 3ZW8 A; 4L8K A; 2J5S A; 4ZU2 A; 4ELS A; 5DZK A; 3Q0J A; 3PGQ A; 3H0S A; 2Q35 A; 3KTI A; 5G1Q A; 2Q34 A; 2IEX A; 3GF7 A; 4EML A; 3RST A; 1RJM A; 5E0S A; 1NZY A; 4K29 A; 3KTH A; 3TDC A; 4WCZ A; 4K2N A; 4EMP A; 2ZQQ A; 3P2L A; 4QFE A; 2D3T A; 3V5E A; 4ZDB A; 3QMJ A; 4U19 A; 4QIJ A; 3GF3 A; 3P5M A; 1WZ8 A; 4KPK A; 4K3W A; 5CTC A; 4KD6 A; 4FZW A; 4NEK A; 3IAV A; 3QXI A; 1UYR A; 4HNK A; 4NAR A; 2VSU F; 1EF9 A; 1XNW A; 4JOT A; 5C9G A; 2FZS A; 4OMR A; 1Q52 A; 4HDT A; 3DJA A; 4JSB A; 1TYF A; 3R0O A; 4IZC A; 1NZY B; 4FB8 A; 4FNB A; 3NJD A; 3U9R B; 3T8B A; 1EY3 A; 4U0G A; 1J7X A; 5INF A; 3T89 A; 2GTR A; 1XO6 A; 5DTP A; 2VX2 A; 2FW2 A; 4FN7 A; 3G64 A; 4U18 A; 1UYV A; 5ING A; 2X24 A; 3HLN 1; 5G1S A; 3PE8 A; 4FJW D; 4ASI A; 1K32 A; 4FZW C; 5KDR A; 4JWV A; 3H0J A; 1FC7 A; 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