The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
101
|
sequence length |
355
|
structure length |
355
|
Chain Sequence |
KYTTFQGSQNFRLRIVLATLSGKPIKIEKIRSGDLNPGLKDYEVSFLRLIESVTNGSVIEISYTGTTVIYRPGIIVGGASTHICPSSKPVGYFVEPMLYLAPFSKKKFSILFKGITASHNDAGIEAIKWGLMPVMEKFGVRECALHTLKRGSPPLGGGEVHLVVDSLIAQPITMHEIDRPIISSITGVAYSTRVSPSLVNRMIDGAKKVLKNLQCEVNITADVWRGENSGKSPGWGITLVAQSKQKGWSYFAEDIGDAGSIPEELGEKVACQLLEEISKSAAVGRNQLPLAIVYMVIGKEDIGRLRINKEQIDERFIILLRDIKKIFNTEVFLKPVDEADNEDMIATIKGIGFTN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crucial Role of the Rcl1P-Bms1P Interaction for Yeast Pre-Ribosomal RNA Processing.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Translation
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
RNA 3'-TERMINAL PHOSPHATE CYCLASE-LIKE PROTEIN
|
| total genus |
101
|
| structure length |
355
|
| sequence length |
355
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-01-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01137 | RTC | RNA 3'-terminal phosphate cyclase |
| A | PF05189 | RTC_insert | RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-beta prism | UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain | RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TW3 A; 1QMH A; 3KGD A; 3TUT A; 3TUX A; 4CLQ A; 4O8J A; 3PQV A; 3TV1 A; 4O89 A; 1QMI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JN0 A; 3OQB A; 1DBV O; 2QFS A; 5DDI P; 5C7L O; 1EYN A; 3PQV A; 1P1H A; 4GQA A; 4XB2 A; 2Q49 A; 1Q7G A; 3DO5 A; 4XR4 A; 3Q2I A; 4N3P A; 4KOA A; 3QVX A; 3BTU A; 3DMT A; 3I23 A; 4E7E A; 3RVD A; 1Q3G A; 3DOC A; 3EVN A; 3EP7 B; 3CPS A; 1LC0 A; 3BIO A; 1UAE A; 1H94 A; 2GG6 A; 5BUF A; 3O9Z A; 1H9A A; 3WB9 A; 3CIN A; 4XQC A; 4E7C A; 4ZIC A; 1I7B B; 3SU9 A; 3LVF O; 3EUW A; 1H93 A; 1FF9 A; 3KUX A; 2O0Z A; 4PG7 A; 1GAE O; 4QX6 A; 1GR0 A; 3VOS A; 1YWG O; 4N54 A; 3CMC O; 4WNC A; 3ZJX A; 4TVB A; 4E7B A; 1MHM B; 2I5P O; 4MVJ F; 2QFU A; 4GMG A; 4XQG A; 1VKO A; 4JN6 B; 1P89 A; 2RL2 A; 1OZA A; 3LC7 O; 3Q11 A; 3DZ7 B; 1RM4 A; 1DC6 A; 1OBF O; 1P1J A; 1DLG A; 3E6A A; 4PG4 A; 4YWJ A; 3WGZ A; 3DBV O; 4GFP A; 3SPB A; 3KQA A; 2PQC A; 5KVQ A; 3L0D A; 5A03 A; 3OA2 A; 1PQP A; 3HXL A; 3M2T A; 2DUU A; 2EP5 A; 2O0X A; 3KR6 A; 3HJA A; 1U8F O; 3EP5 B; 5AVO A; 3EC7 A; 1RM5 A; 3TR1 A; 5JYA A; 2PKQ O; 4R3N A; 4HAD A; 4F3Y A; 3V4T A; 2O48 X; 2Q22 A; 1DAP A; 2Z2C A; 3DAP A; 4R41 A; 3PYX A; 3RMT A; 4K9D A; 3ZDF A; 1E5Q A; 5C7O O; 4MVJ P; 1K3T A; 1DRV A; 1DRW A; 2O0B A; 3NT5 A; 4DPM A; 3NTR A; 1GD1 O; 1NQA O; 2YV3 A; 1TVE A; 1H9B A; 3FJZ A; 3H0W B; 4R51 A; 4HKT A; 3HSK A; 1PR3 A; 1YBG A; 3DZ2 B; 3TUT A; 3C1A A; 3H0V B; 2GG4 A; 2PQD A; 1P1I A; 1QKI A; 3DZ4 B; 4E7G A; 4PLP A; 3QVT A; 4E7D A; 1YDW A; 2EJW A; 3PYL A; 3B1J A; 1YL7 A; 1P9L A; 4R7U A; 1EJC A; 3E5R A; 1VSU A; 2YYY A; 3EPB B; 1DPG A; 1DRU A; 2X0N A; 3OHS X; 1H2H A; 3RBV A; 1B7G O; 5A04 A; 1RM3 A; 1S7C A; 3NT4 A; 3V5N A; 3B1K A; 3PYM A; 3IP3 A; 3PZR A; 1DSS G; 2BHL A; 4XQ9 A; 3DZ3 B; 3CEA A; 2OZP A; 3LC2 O; 4YDR A; 2I3G A; 1JEN B; 2DAP A; 3ING A; 1P1F A; 1H6B A; 1I32 A; 3SWA A; 1EJD A; 2AXQ A; 3K2B A; 1QMH A; 4PG5 A; 3WBF A; 3BTV A; 3OA0 A; 4MVJ D; 2AA9 A; 2PKQ P; 3UW3 A; 2QZ9 A; 1H6D A; 3PZB A; 1RYE A; 4BOY A; 3ZCX A; 1XEA A; 3WYC A; 4IQ0 A; 5C7I O; 1EBF A; 1E77 A; 5BQ2 A; 1U1I A; 2PKR A; 3SWE A; 2PH5 A; 2IXA A; 2HO5 A; 5BS5 A; 3QW2 A; 4DIB A; 2I3A A; 2P2S A; 2AAY A; 3PFW O; 1IHX A; 3SWQ A; 3DZ6 B; 1I33 A; 1I7M B; 2VYV D; 3WBB A; 4R5M A; 1X8T A; 4EII A; 1E7M A; 3R38 A; 3FK1 A; 3B20 A; 3E9M A; 3RC2 A; 1G6T A; 5JYE A; 3GNQ A; 4O63 O; 3JSA A; 4EW6 A; 1ARZ A; 3SWD A; 3UUW A; 1ML3 A; 3EZY A; 3PWK A; 1A7K A; 5KVS A; 5A05 A; 1GCU A; 2B4T O; 3HQ4 O; 1VKN A; 1SZJ G; 4IQ8 A; 5J9G A; 4EGR A; 5BNT A; 2FPN A; 4MJL A; 2QFQ A; 4AK1 A; 2GD1 O; 4MIE A; 4L9R A; 2GZ3 A; 4MVJ H; 3IWC B; 1GL3 A; 1H6A A; 1NWH A; 3EP3 B; 2XF8 A; 3Q0E A; 2HJS A; 3EPA B; 1IHY A; 3QY9 A; 1NX6 A; 3RC9 A; 3UPK A; 3SG1 A; 4MVJ M; 1Q2X A; 4FQD A; 3MTJ A; 3MZ0 A; 1RYD A; 2CZC A; 2IXB A; 3VAZ A; 1H6C A; 1DC4 A; 1TLT A; 5U4H A; 4L8V A; 1PS8 A; 3Q2K A; 3ABI A; 3KGD A; 3SLH A; 3SWI A; 4CLQ A; 3ROI A; 3NVS A; 3CIF A; 3V2U A; 2O0D A; 3WGO A; 1X8R A; 1RF6 A; 4XQE A; 3IDS A; 3DB2 A; 3RCB A; 4R3W A; 2VYN D; 2DBV O; 3L6O O; 3WYB A; 3KSD O; 3DMT C; 4DBV O; 1PU2 A; 3EP9 B; 2O15 A; 5AQ1 A; 2GGA A; 1YL6 A; 4LSM A; 5GZ6 A; 1NWC A; 2BH9 A; 3DR3 A; 1BRM A; 3VCY A; 3TV1 A; 1J5P A; 4ZND A; 4XRG A; 2PQB A; 4GMF A; 1LC3 A; 3TUX A; 1VC2 A; 2X5J O; 3KQJ A; 1QMI A; 5EES A; 5JYF A; 1GYQ A; 4WOJ A; 2G17 A; 1CER A; 3ZH4 A; 3E18 A; 3NTO A; 1F06 A; 4MVJ E; 5T73 A; 1P88 A; 3BTS A; 3NT2 A; 5TVO B; 2YVW A; 1P1K A; 2X5K O; 2EP7 A; 4PG6 A; 1PQU A; 2RL1 A; 5EIN A; 4P8R A; 3RC1 A; 4II7 A; 3L4S O; 2D2I A; 4MVJ G; 1RYW A; 4MVJ A; 3QVW A; 4DPK A; 4NHE A; 3H9E O; 1NQ5 A; 3K73 O; 4R5H A; 3V1Y A; 3TZ6 A; 3C8M A; 4MKZ A; 3LC1 O; 3WGQ A; 1LA2 A; 1MI4 A; 3U3X A; 4O89 A; 1ZNQ O; 3TI2 A; 1G6S A; 3ISS A; 5GZ1 A; 3LTH A; 3K9Q O; 5EER A; 3KSZ O; 2O0E A; 1GAD O; 3FD8 A; 3MOI A; 1TB4 A; 3F4L A; 4XB1 A; 3WGY A; 2VYV A; 2PQ9 A; 4H3V A; 1NBO A; 5GZ3 A; 1NAW A; 2GYY A; 1Q36 A; 1J0X O; 4ZHS A; 1T4D A; 4MVJ I; 3EP6 B; 2GGD A; 3IWB B; 1HDG O; 4RL6 A; 3STH A; 3E82 A; 1YL5 A; 4FB5 A; 1A2N A; 1RF4 A; 4MKX A; 1I72 B; 3IWD B; 2H63 A; 1E5L A; 4GPD 1; 5CEF A; 3V5V A; 1GPD G; 1VSV A; 4LRS B; 1C3V A; 1EVJ A; 2GZ1 A; 1TA4 A; 3FHL A; 3TW3 A; 2GZ2 A; 1DC5 A; 2G82 A; 1JKI A; 4MIY A; 3FJX A; 3DZ5 B; 3EP4 B; 1CRW G; 3GDO A; 2POQ X; 2CVO A; 4Z0H O; 4O8J A; 1JKF A; 2NVW A; 1DIH A; 1DC3 A; 4DPL A; 3FK0 A; 3IJP A; 2DPG A; 1MB4 A; 2HKI A; 1VM6 A; 4O59 O; 1UYJ A; 3Q1L A; 1MC4 A; 5A06 A; 3EP8 B; 4MIO A; 3NTQ A; 3QVS A; 5M6D A; 2NQT A; 1RF5 A; 4INA A; 4PG8 A; 3RC7 A; 1NPT O; 1RM0 A; 1GYP A; 2R00 C; 1CF2 O; 5EIO A; 3GFG A; 5A02 A; 3E1K A; 1EBU A; 1T4B A; 2BJB A; 4WNI A; 4R54 A; 2DC1 A; 3DTY A; 5JW6 A; 3SWG A; 2Q4E A; 2B4R O; 1NVM B; 3HNP A; 1YS4 A; 1E7Y A; 3KV3 O; 5JY6 A; 3QV1 A; 3ZH3 A; 4R4J A; 2VYN A; 4LRT B; 2QFT A; 1I7C B; 3PWS A; 1ZH8 A; 1OFG A; 3GPD G; 1NQO A; 2GLX A; 2O4U X; 4MIN A; 4LGV A; 2R00 A; 4E7F A; 1XYG A; 1QXS A; 1I79 B; #chains in the Genus database with same CATH homology 1JN0 A; 3OQB A; 1DBV O; 5DDI P; 5C7L O; 3PQV A; 1P1H A; 4GQA A; 4XB2 A; 2Q49 A; 1Q7G A; 3DO5 A; 3Q2I A; 4KOA A; 3QVX A; 3BTU A; 3DMT A; 3I23 A; 3RVD A; 3DOC A; 3EVN A; 3CPS A; 1LC0 A; 3BIO A; 1H94 A; 3O9Z A; 1H9A A; 3WB9 A; 3CIN A; 4ZIC A; 3LVF O; 3EUW A; 1H93 A; 1FF9 A; 3KUX A; 4PG7 A; 1GAE O; 4QX6 A; 1GR0 A; 3VOS A; 1YWG O; 4N54 A; 3CMC O; 4WNC A; 3ZJX A; 2I5P O; 4MVJ F; 4GMG A; 1VKO A; 4JN6 B; 1OZA A; 3LC7 O; 3Q11 A; 1RM4 A; 1DC6 A; 1OBF O; 1P1J A; 3E6A A; 4PG4 A; 4YWJ A; 3WGZ A; 3DBV O; 5KVQ A; 3L0D A; 5A03 A; 3OA2 A; 1PQP A; 3HXL A; 3M2T A; 2DUU A; 2EP5 A; 3HJA A; 1U8F O; 5AVO A; 3EC7 A; 1RM5 A; 5JYA A; 2PKQ O; 4R3N A; 4HAD A; 4F3Y A; 2O48 X; 2Q22 A; 1DAP A; 3DAP A; 4R41 A; 3PYX A; 4K9D A; 3ZDF A; 1E5Q A; 5C7O O; 4MVJ P; 1K3T A; 1DRV A; 1DRW A; 3NT5 A; 4DPM A; 3NTR A; 1GD1 O; 1NQA O; 2YV3 A; 1TVE A; 1H9B A; 4R51 A; 4HKT A; 3HSK A; 1PR3 A; 3TUT A; 3C1A A; 1P1I A; 1QKI A; 3QVT A; 1YDW A; 2EJW A; 3PYL A; 3B1J A; 1YL7 A; 1P9L A; 3E5R A; 1VSU A; 2YYY A; 1DPG A; 1DRU A; 2X0N A; 3OHS X; 1H2H A; 3RBV A; 1B7G O; 5A04 A; 1RM3 A; 1S7C A; 3NT4 A; 3V5N A; 3B1K A; 3PYM A; 3IP3 A; 3PZR A; 1DSS G; 2BHL A; 3CEA A; 2OZP A; 3LC2 O; 4YDR A; 2I3G A; 2DAP A; 3ING A; 1P1F A; 1H6B A; 1I32 A; 2AXQ A; 3K2B A; 1QMH A; 4PG5 A; 3WBF A; 3BTV A; 3OA0 A; 4MVJ D; 2PKQ P; 3UW3 A; 2QZ9 A; 1H6D A; 3PZB A; 1RYE A; 4BOY A; 3ZCX A; 1XEA A; 3WYC A; 4IQ0 A; 5C7I O; 1EBF A; 1E77 A; 1U1I A; 2PKR A; 2IXA A; 2HO5 A; 3QW2 A; 4DIB A; 2I3A A; 2P2S A; 3PFW O; 1IHX A; 1I33 A; 2VYV D; 3WBB A; 4R5M A; 1E7M A; 3B20 A; 3E9M A; 3RC2 A; 5JYE A; 3GNQ A; 4O63 O; 3JSA A; 4EW6 A; 1ARZ A; 3UUW A; 1ML3 A; 3EZY A; 3PWK A; 1A7K A; 5KVS A; 5A05 A; 1GCU A; 2B4T O; 3HQ4 O; 1VKN A; 1SZJ G; 4IQ8 A; 5J9G A; 5BNT A; 4MJL A; 4AK1 A; 2GD1 O; 4MIE A; 4L9R A; 2GZ3 A; 4MVJ H; 3IWC B; 1GL3 A; 1H6A A; 1NWH A; 2XF8 A; 3Q0E A; 2HJS A; 1IHY A; 3QY9 A; 1NX6 A; 3RC9 A; 4MVJ M; 1Q2X A; 3MTJ A; 3MZ0 A; 1RYD A; 2CZC A; 2IXB A; 3VAZ A; 1H6C A; 1DC4 A; 1TLT A; 4L8V A; 1PS8 A; 3Q2K A; 3ABI A; 3KGD A; 4CLQ A; 3CIF A; 3V2U A; 3WGO A; 3IDS A; 3DB2 A; 3RCB A; 4R3W A; 2VYN D; 2DBV O; 3L6O O; 3WYB A; 3KSD O; 3DMT C; 4DBV O; 1PU2 A; 5AQ1 A; 1YL6 A; 4LSM A; 5GZ6 A; 1NWC A; 2BH9 A; 3DR3 A; 1BRM A; 3TV1 A; 1J5P A; 4GMF A; 1LC3 A; 3TUX A; 1VC2 A; 2X5J O; 1QMI A; 5EES A; 5JYF A; 1GYQ A; 4WOJ A; 2G17 A; 1CER A; 3E18 A; 3NTO A; 1F06 A; 4MVJ E; 5T73 A; 3BTS A; 3NT2 A; 1P1K A; 2X5K O; 2EP7 A; 4PG6 A; 1PQU A; 5EIN A; 4P8R A; 3RC1 A; 4II7 A; 3L4S O; 2D2I A; 4MVJ G; 4MVJ A; 3QVW A; 4DPK A; 4NHE A; 3H9E O; 1NQ5 A; 3K73 O; 4R5H A; 3V1Y A; 3TZ6 A; 3C8M A; 4MKZ A; 3LC1 O; 3WGQ A; 1LA2 A; 3U3X A; 4O89 A; 1ZNQ O; 5GZ1 A; 3K9Q O; 5EER A; 3KSZ O; 1GAD O; 3FD8 A; 3MOI A; 1TB4 A; 3F4L A; 4XB1 A; 3WGY A; 2VYV A; 4H3V A; 1NBO A; 5GZ3 A; 2GYY A; 1J0X O; 4ZHS A; 1T4D A; 4MVJ I; 3IWB B; 1HDG O; 4RL6 A; 3STH A; 3E82 A; 1YL5 A; 4FB5 A; 4MKX A; 3IWD B; 2H63 A; 1E5L A; 4GPD 1; 5CEF A; 1GPD G; 1VSV A; 4LRS B; 1C3V A; 1EVJ A; 2GZ1 A; 1TA4 A; 3FHL A; 3TW3 A; 2GZ2 A; 1DC5 A; 2G82 A; 1JKI A; 4MIY A; 1CRW G; 3GDO A; 2POQ X; 2CVO A; 4Z0H O; 4O8J A; 1JKF A; 2NVW A; 1DIH A; 1DC3 A; 4DPL A; 3IJP A; 2DPG A; 1MB4 A; 2HKI A; 1VM6 A; 4O59 O; 1UYJ A; 3Q1L A; 1MC4 A; 5A06 A; 4MIO A; 3NTQ A; 3QVS A; 5M6D A; 2NQT A; 4INA A; 4PG8 A; 3RC7 A; 1NPT O; 1RM0 A; 1GYP A; 2R00 C; 1CF2 O; 5EIO A; 3GFG A; 5A02 A; 3E1K A; 1EBU A; 1T4B A; 4WNI A; 4R54 A; 2DC1 A; 3DTY A; 5JW6 A; 2Q4E A; 2B4R O; 1NVM B; 3HNP A; 1YS4 A; 1E7Y A; 3KV3 O; 5JY6 A; 3QV1 A; 4R4J A; 2VYN A; 4LRT B; 3PWS A; 1ZH8 A; 1OFG A; 3GPD G; 1NQO A; 2GLX A; 2O4U X; 4MIN A; 4LGV A; 2R00 A; 1XYG A; 1QXS A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
