The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
111
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sequence length |
341
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structure length |
341
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Chain Sequence |
MITIDGSYGEGGGQILRTSVALSTITGEPVRIVNIRANRPNPGLRPQHLHAILALKHLANAEVKGAHVGSRELVFIPKKLEAKEISIDIGTAGSITLVLQALLPAMVFAREKVKFRITGGTDVSWSPPVDYLSNVTLFALEKIGIHGEIRVIRRGHYPKGGGIVEGYVEPWNEKRELVAKEYSRIIKIEGISHATNLPSHVAERQARAAKDELLQLKVPIEIRTEISRSIGPGSGIVVWAETDCLRLGGDALGKKGKPAEIVGKEAAQELLDQLKPGHCVDKFLGDQLIPFLAFSGGVIWVSEITNHLKTNIWVVESFLGRIFDVDGNVGEPGKIRVIRRV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of RNA 3'-phosphate cyclase bound to substrate RNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| molecule keywords |
RNA 3'-terminal phosphate cyclase
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| total genus |
111
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| structure length |
341
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| sequence length |
341
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
6.5.1.4: RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP). |
| pdb deposition date | 2013-12-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01137 | RTC | RNA 3'-terminal phosphate cyclase |
| A | PF05189 | RTC_insert | RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-beta prism | UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain | RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TUT A; 1QMH A; 3KGD A; 3TUX A; 4O89 A; 3PQV A; 3TW3 A; 4CLQ A; 1QMI A; 3TV1 A; 4O8J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MIO A; 5DDI P; 3DZ4 B; 4Z0H O; 4II7 A; 4F3Y A; 1DAP A; 1BRM A; 2D2I A; 1E7Y A; 1QMH A; 2YVW A; 4O89 A; 4WOJ A; 3FHL A; 2EJW A; 2X0N A; 3PWS A; 5GZ1 A; 3NT2 A; 2BJB A; 3DZ7 B; 3ING A; 4MVJ E; 4WNC A; 2O0X A; 1H6B A; 4ZIC A; 1E5Q A; 1I7M B; 3L4S O; 3B1J A; 1JKF A; 1CRW G; 3UUW A; 3DZ6 B; 4XQG A; 5JY6 A; 3NT5 A; 1E7M A; 3BTS A; 4E7B A; 3EC7 A; 5A05 A; 3FJZ A; 1DSS G; 3R38 A; 5JYE A; 1Q2X A; 1H2H A; 1OZA A; 1P9L A; 1PR3 A; 3B1K A; 4GFP A; 2O4U X; 2POQ X; 1EJC A; 1GD1 O; 2YV3 A; 2VYV D; 1H94 A; 5M6D A; 5BS5 A; 2VYN A; 4R54 A; 3IDS A; 1RF6 A; 1VSU A; 1P88 A; 3DBV O; 5AVO A; 1H93 A; 3L6O O; 3TI2 A; 5KVQ A; 2BHL A; 2O0Z A; 2G17 A; 3MOI A; 4PG5 A; 3DB2 A; 4RL6 A; 3RMT A; 1OBF O; 5JYA A; 4MVJ A; 4R7U A; 1NQ5 A; 1S7C A; 3PQV A; 3SWA A; 1P1J A; 3HXL A; 1RF5 A; 3ZH3 A; 1MC4 A; 1RYW A; 3EP8 B; 1NWC A; 3UW3 A; 3IWB B; 2X5J O; 4DPK A; 3FK1 A; 1DIH A; 3KGD A; 4R5M A; 4PG4 A; 4R5H A; 5EIN A; 2Q22 A; 2EP7 A; 1H9A A; 5A03 A; 3DZ3 B; 4MJL A; 3DMT A; 3KSZ O; 4KOA A; 3O9Z A; 3Q2I A; 3IJP A; 3UPK A; 3PYL A; 2PQB A; 2DC1 A; 3PFW O; 1I72 B; 1RYE A; 5A02 A; 3GDO A; 3LC1 O; 3DAP A; 4XQE A; 4P8R A; 4XQ9 A; 3FD8 A; 5JW6 A; 3SU9 A; 1QXS A; 4AK1 A; 3K2B A; 3SWD A; 2VYN D; 1MI4 A; 1XYG A; 2I3G A; 3CIF A; 3QVX A; 3V5V A; 3Q0E A; 4MVJ M; 2GYY A; 1EJD A; 1NBO A; 4ZND A; 4MVJ F; 3EZY A; 4O59 O; 1EYN A; 5JYF A; 4INA A; 5BNT A; 3ZJX A; 4H3V A; 1IHY A; 4MKX A; 2DBV O; 1U1I A; 3V4T A; 4N54 A; 1P89 A; 3Q2K A; 4GMG A; 4LRS B; 4XQC A; 3IWC B; 3E6A A; 2GZ2 A; 4E7G A; 3MZ0 A; 4HAD A; 2AA9 A; 2VYV A; 1C3V A; 1J5P A; 2GG4 A; 3SG1 A; 1H9B A; 3CEA A; 3OA2 A; 1FF9 A; 4JN6 B; 4XB1 A; 1YDW A; 1PU2 A; 3NTR A; 1I33 A; 2Q4E A; 1RM4 A; 2BH9 A; 4IQ0 A; 1NQA O; 3K9Q O; 3RC1 A; 3NT4 A; 1X8T A; 3PWK A; 5GZ6 A; 1GYQ A; 1PS8 A; 1LA2 A; 3WB9 A; 4LRT B; 3LC7 O; 3EP3 B; 2R00 A; 3IP3 A; 3VAZ A; 1Q7G A; 3DOC A; 3L0D A; 3WGQ A; 3TUT A; 1I7B B; 5TVO B; 1GPD G; 4MIE A; 3EPA B; 3QVS A; 1ZNQ O; 4E7F A; 3JSA A; 3RC7 A; 1DC5 A; 4XRG A; 3BIO A; 3DZ5 B; 4R4J A; 2FPN A; 4PG7 A; 1EBF A; 3KSD O; 1B7G O; 1DC4 A; 4GPD 1; 4N3P A; 3TR1 A; 5EER A; 4XB2 A; 4DPM A; 1H6D A; 1VKN A; 2PH5 A; 4R51 A; 1RF4 A; 1T4D A; 3HSK A; 3KQA A; 5KVS A; 3RVD A; 1MHM B; 2GGA A; 2Z2C A; 3EP4 B; 3ISS A; 3E18 A; 3GPD G; 3SPB A; 1MB4 A; 1TLT A; 3PYM A; 3EUW A; 3ZH4 A; 1ML3 A; 2H63 A; 4BOY A; 2PKR A; 3IWD B; 5GZ3 A; 1NVM B; 5AQ1 A; 3RC2 A; 4ZHS A; 2DPG A; 5C7I O; 3EP7 B; 3QW2 A; 3PYX A; 5A06 A; 5A04 A; 3BTU A; 2R00 C; 3VOS A; 4FQD A; 1YWG O; 2HO5 A; 3TV1 A; 3SWQ A; 1GCU A; 2NQT A; 3FK0 A; 3E1K A; 5BQ2 A; 5EES A; 1VKO A; 2O0D A; 4EW6 A; 2I5P O; 2NVW A; 2CZC A; 4MKZ A; 2PKQ O; 1I32 A; 3DZ2 B; 2DAP A; 2PQC A; 4E7D A; 1GAE O; 3GFG A; 3H0V B; 1G6S A; 1GAD O; 3GNQ A; 1GL3 A; 1QMI A; 3E9M A; 2AXQ A; 3TW3 A; 4DIB A; 2EP5 A; 3EP5 B; 1YBG A; 1NWH A; 1G6T A; 1TA4 A; 5C7O O; 4PLP A; 3QY9 A; 4XR4 A; 3SLH A; 2RL1 A; 2PKQ P; 1ARZ A; 3SWE A; 4MIN A; 3OA0 A; 5J9G A; 2GZ3 A; 4PG6 A; 3ZDF A; 1I7C B; 4K9D A; 3ZCX A; 3BTV A; 4YWJ A; 1DRW A; 4MVJ H; 3WGO A; 2O0B A; 3QVT A; 1EBU A; 4WNI A; 5BUF A; 5CEF A; 3V5N A; 1GYP A; 3NTQ A; 4IQ8 A; 3U3X A; 1Q3G A; 4E7C A; 4GMF A; 1CF2 O; 4CLQ A; 4EII A; 1T4B A; 1E5L A; 4L8V A; 4O8J A; 1RM0 A; 1XEA A; 3QVW A; 1VC2 A; 4GQA A; 3Q1L A; 1RM5 A; 1LC0 A; 2YYY A; 1A2N A; 1DC6 A; 2I3A A; 3EPB B; 4QX6 A; 2G82 A; 3CIN A; 2PQD A; 1K3T A; 4HKT A; 4DBV O; 1HDG O; 3CMC O; 2O15 A; 3H9E O; 1DC3 A; 1J0X O; 1EVJ A; 3WBF A; 2HKI A; 3EP9 B; 1SZJ G; 4LGV A; 2QZ9 A; 3WYB A; 3DO5 A; 3ABI A; 3WGY A; 1A7K A; 1RYD A; 3TUX A; 1RM3 A; 1H6A A; 2P2S A; 4MIY A; 2O48 X; 1OFG A; 1P1H A; 1TB4 A; 3QV1 A; 3MTJ A; 2O0E A; 3E5R A; 2B4R O; 3RCB A; 2CVO A; 5C7L O; 1IHX A; 2QFU A; 4L9R A; 4R41 A; 2Q49 A; 4TVB A; 4MVJ I; 3RBV A; 2AAY A; 3KV3 O; 2PQ9 A; 4R3N A; 3KR6 A; 3DR3 A; 1NPT O; 1Q36 A; 2RL2 A; 3TZ6 A; 2GGD A; 5EIO A; 3EP6 B; 3SWG A; 3DTY A; 4LSM A; 5U4H A; 3F4L A; 3KUX A; 4EGR A; 3LC2 O; 3B20 A; 3OHS X; 3NVS A; 1H6C A; 1UYJ A; 4YDR A; 1JKI A; 1PQP A; 1NQO A; 1F06 A; 2HJS A; 1YL5 A; 3WGZ A; 3WYC A; 2DUU A; 3C1A A; 1JN0 A; 3V2U A; 3C8M A; 1ZH8 A; 5T73 A; 3K73 O; 2GG6 A; 3HNP A; 4MVJ G; 1VSV A; 1DLG A; 3LTH A; 2IXA A; 3LVF O; 1E77 A; 3E82 A; 3EVN A; 3WBB A; 4DPL A; 3ROI A; 3HJA A; 3KQJ A; 2OZP A; 2GD1 O; 2QFS A; 4E7E A; 1PQU A; 1DRV A; 3HQ4 O; 1U8F O; 3CPS A; 1DPG A; 1YL6 A; 1DBV O; 4R3W A; 3PZB A; 4MVJ P; 4O63 O; 2X5K O; 2GLX A; 3I23 A; 3H0W B; 3V1Y A; 3RC9 A; 1X8R A; 1DRU A; 1LC3 A; 1YS4 A; 2QFQ A; 1YL7 A; 1JEN B; 3NTO A; 4FB5 A; 2QFT A; 4MVJ D; 2IXB A; 1GR0 A; 3SWI A; 1I79 B; 1P1F A; 1TVE A; 1NX6 A; 3VCY A; 4NHE A; 1CER A; 3M2T A; 3PZR A; 3OQB A; 2B4T O; 2GZ1 A; 3FJX A; 3Q11 A; 4PG8 A; 2XF8 A; 1UAE A; 1P1I A; 1P1K A; 1QKI A; 3DMT C; 1VM6 A; 3STH A; 1NAW A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4MIO A; 5DDI P; 4Z0H O; 4II7 A; 4F3Y A; 1DAP A; 1BRM A; 2D2I A; 1E7Y A; 1QMH A; 4O89 A; 4WOJ A; 3FHL A; 2EJW A; 2X0N A; 3PWS A; 5GZ1 A; 3NT2 A; 3ING A; 4MVJ E; 4WNC A; 1H6B A; 4ZIC A; 1E5Q A; 3L4S O; 3B1J A; 1JKF A; 1CRW G; 3UUW A; 5JY6 A; 3NT5 A; 1E7M A; 3BTS A; 3EC7 A; 5A05 A; 1DSS G; 5JYE A; 1Q2X A; 1H2H A; 1OZA A; 1P9L A; 1PR3 A; 3B1K A; 2O4U X; 2POQ X; 1GD1 O; 2YV3 A; 2VYV D; 1H94 A; 5M6D A; 2VYN A; 4R54 A; 3IDS A; 1VSU A; 3DBV O; 5AVO A; 1H93 A; 3L6O O; 5KVQ A; 2BHL A; 2G17 A; 3MOI A; 4PG5 A; 3DB2 A; 4RL6 A; 1OBF O; 5JYA A; 4MVJ A; 1NQ5 A; 1S7C A; 3PQV A; 1P1J A; 3HXL A; 1MC4 A; 1NWC A; 3UW3 A; 3IWB B; 2X5J O; 4DPK A; 1DIH A; 3KGD A; 4R5M A; 4PG4 A; 4R5H A; 5EIN A; 2Q22 A; 2EP7 A; 1H9A A; 5A03 A; 4MJL A; 3DMT A; 3KSZ O; 4KOA A; 3O9Z A; 3Q2I A; 3IJP A; 3PYL A; 2DC1 A; 3PFW O; 1RYE A; 5A02 A; 3GDO A; 3LC1 O; 3DAP A; 4P8R A; 3FD8 A; 5JW6 A; 1QXS A; 4AK1 A; 3K2B A; 2VYN D; 1XYG A; 2I3G A; 3CIF A; 3QVX A; 3Q0E A; 4MVJ M; 2GYY A; 1NBO A; 4MVJ F; 3EZY A; 4O59 O; 5JYF A; 4INA A; 5BNT A; 3ZJX A; 4H3V A; 1IHY A; 4MKX A; 2DBV O; 1U1I A; 4N54 A; 3Q2K A; 4GMG A; 4LRS B; 3IWC B; 3E6A A; 2GZ2 A; 3MZ0 A; 4HAD A; 2VYV A; 1C3V A; 1J5P A; 1H9B A; 3CEA A; 3OA2 A; 1FF9 A; 4JN6 B; 4XB1 A; 1YDW A; 1PU2 A; 3NTR A; 1I33 A; 2Q4E A; 1RM4 A; 2BH9 A; 4IQ0 A; 1NQA O; 3K9Q O; 3RC1 A; 3NT4 A; 3PWK A; 5GZ6 A; 1GYQ A; 1PS8 A; 1LA2 A; 3WB9 A; 4LRT B; 3LC7 O; 2R00 A; 3IP3 A; 3VAZ A; 1Q7G A; 3DOC A; 3L0D A; 3WGQ A; 3TUT A; 1GPD G; 4MIE A; 3QVS A; 1ZNQ O; 3JSA A; 3RC7 A; 1DC5 A; 3BIO A; 4R4J A; 4PG7 A; 1EBF A; 3KSD O; 1B7G O; 1DC4 A; 4GPD 1; 5EER A; 4XB2 A; 4DPM A; 1H6D A; 1VKN A; 4R51 A; 1T4D A; 3HSK A; 5KVS A; 3RVD A; 3E18 A; 3GPD G; 1MB4 A; 1TLT A; 3PYM A; 3EUW A; 1ML3 A; 2H63 A; 4BOY A; 2PKR A; 3IWD B; 5GZ3 A; 1NVM B; 5AQ1 A; 3RC2 A; 4ZHS A; 2DPG A; 5C7I O; 3QW2 A; 3PYX A; 5A06 A; 5A04 A; 3BTU A; 2R00 C; 3VOS A; 1YWG O; 2HO5 A; 3TV1 A; 1GCU A; 2NQT A; 3E1K A; 5EES A; 1VKO A; 4EW6 A; 2I5P O; 2NVW A; 2CZC A; 4MKZ A; 2PKQ O; 1I32 A; 2DAP A; 1GAE O; 3GFG A; 1GAD O; 3GNQ A; 1GL3 A; 1QMI A; 3E9M A; 2AXQ A; 3TW3 A; 4DIB A; 2EP5 A; 1NWH A; 1TA4 A; 5C7O O; 3QY9 A; 2PKQ P; 1ARZ A; 4MIN A; 3OA0 A; 5J9G A; 2GZ3 A; 4PG6 A; 3ZDF A; 4K9D A; 3ZCX A; 3BTV A; 4YWJ A; 1DRW A; 4MVJ H; 3WGO A; 3QVT A; 1EBU A; 4WNI A; 5CEF A; 3V5N A; 1GYP A; 3NTQ A; 4IQ8 A; 3U3X A; 4GMF A; 1CF2 O; 4CLQ A; 1T4B A; 1E5L A; 4L8V A; 4O8J A; 1RM0 A; 1XEA A; 3QVW A; 1VC2 A; 4GQA A; 3Q1L A; 1RM5 A; 1LC0 A; 2YYY A; 1DC6 A; 2I3A A; 4QX6 A; 2G82 A; 3CIN A; 1K3T A; 4HKT A; 4DBV O; 1HDG O; 3CMC O; 3H9E O; 1DC3 A; 1J0X O; 1EVJ A; 3WBF A; 2HKI A; 1SZJ G; 4LGV A; 2QZ9 A; 3WYB A; 3DO5 A; 3ABI A; 3WGY A; 1A7K A; 1RYD A; 3TUX A; 1RM3 A; 1H6A A; 2P2S A; 4MIY A; 2O48 X; 1OFG A; 1P1H A; 1TB4 A; 3QV1 A; 3MTJ A; 3E5R A; 2B4R O; 3RCB A; 2CVO A; 5C7L O; 1IHX A; 4L9R A; 4R41 A; 2Q49 A; 4MVJ I; 3RBV A; 3KV3 O; 4R3N A; 3DR3 A; 1NPT O; 3TZ6 A; 5EIO A; 3DTY A; 4LSM A; 3F4L A; 3KUX A; 3LC2 O; 3B20 A; 3OHS X; 1H6C A; 1UYJ A; 4YDR A; 1JKI A; 1PQP A; 1NQO A; 1F06 A; 2HJS A; 1YL5 A; 3WGZ A; 3WYC A; 2DUU A; 3C1A A; 1JN0 A; 3V2U A; 3C8M A; 1ZH8 A; 5T73 A; 3K73 O; 3HNP A; 4MVJ G; 1VSV A; 2IXA A; 3LVF O; 1E77 A; 3E82 A; 3EVN A; 3WBB A; 4DPL A; 3HJA A; 2OZP A; 2GD1 O; 1PQU A; 1DRV A; 3HQ4 O; 1U8F O; 3CPS A; 1DPG A; 1YL6 A; 1DBV O; 4R3W A; 3PZB A; 4MVJ P; 4O63 O; 2X5K O; 2GLX A; 3I23 A; 3V1Y A; 3RC9 A; 1DRU A; 1LC3 A; 1YS4 A; 1YL7 A; 3NTO A; 4FB5 A; 4MVJ D; 2IXB A; 1GR0 A; 1P1F A; 1TVE A; 1NX6 A; 4NHE A; 1CER A; 3M2T A; 3PZR A; 3OQB A; 2B4T O; 2GZ1 A; 3Q11 A; 4PG8 A; 2XF8 A; 1P1I A; 1P1K A; 1QKI A; 3DMT C; 1VM6 A; 3STH A;
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