1A00 | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	146
structure length	146
Chain Sequence	MHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPYTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9841389630415405__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9841389630415405__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1A00/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9841389630415405__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9841389630415405","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1A00/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9841389630415405__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Homo sapiens
publication title	High-resolution crystal structures of human hemoglobin with mutations at tryptophan 37beta: structural basis for a high-affinity T-state,. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
total genus	59
structure length	146
sequence length	146
chains with identical sequence	D
ec nomenclature
pdb deposition date	1997-12-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1a00B00

2HHEB 1M9PB 1Y4GA 3EOKB 1HBSB 1XCHA 2ZSXA 1UMOA 2ZS0D 5CN5A 1SPGB 2EKTA 5CN8A 1MLUA 2MGJA 1UT0A 2QLSA 3UI0A 5E83A 1Z8UB 1MOBA 2HBSA 3LQDA 2GRHA 3WCPA 3BA2A 3H58A 2DN1A 1J40A 2ZLTA 1YEUA 2W6XA 2MGEA 2R1HB 3LB3A 4MQHA 4F6JA 5M3SA 1XZ2B 1UIWB 1HGBB 2O58X 1DXVA 1A3OA 2BW9M 1RQ3B 1FSLA 3GQRA 3WR1A 3GLNA 5KDQA 1LFZB 2HBEB 2ZS0A 1COHA 2ZSPA 4ROLA 3GDJB 3NMMA 1SDLB 1V4WB 1MYFA 1NS6A 5CN7A 3H57A 3BJ3A 4U8UB 1OJ6A 1Y0TA 3ARJA 1LHTA 3ECLA 5EYJA 1YMAA 2HBDB 3KMFC 1CH4A 2MBWA 3D1KB 2NSRA 4HSWA 2ZLXA 1MNIA 2AUOA 5HAVA 1RQ4A 1XZUB 1NAZA 2HCOA 1J7YA 1V4XB 2NSSA 3WCVA 1CMYA 5KERA 3DHRA 1J7WB 3ZJNA 5CN9A 1UFPA 1YZIB 1V07A 5HY8B 1XZVA 1FAWA 1Y0DB 1RTXA 3QJDA 2ZT3A 1SI4A 3WHMA 1Y2ZB 3G52A 3WTGB 2W31A 1YVQB 1YIEA 4DWTA 2ZT0A 1DM1A 2ZSOA 1F65A 4NI1B 1XQ5B 1Y4FB 1CBMA 5EV5A 3S66B 3AQ5A 3V2ZA 1ECOA 1O1IB 1Y5FA 3K8BA 2O5LX 3OZUA 2QSPA 3WFXA 3R0GA 2JHOA 1MTKA 1Y8WB 3RGKA 1RQAB 4GZGA 1NS9B 1BZRA 1G09A 3TLDA 1LFLA 1XZ7A 2R4YA 1HDBA 1YE2A 1YHUC 1BZ0A 3WCTB 4NI0B 3UGZA 1XZ5B 104MA 3A59A 3UHRA 2ZSNA 1HDSB 1XYEB 2D2ND 6HBWB 112MA 3HYUB 5IKSA 2VYWA 1Y5KB 2ZFBA 3ZJPA 3UHGA 2Z6NB 3PELB 1Y7GA 3UHTA 1LFQA 3IXFA 1UFJA 2O5SX 2GTLB 1A6MA 1KD2A 2EVKA 3DHTA 1Q1FA 1FSXB 3WCUB 1CO9A 3QJEB 2D5XA 3GOUB 7HBIA 4PQBA 1C7DA 3IC0B 1Y4RA 1XZ4A 3UHNA 2XKGA 4F68A 3HXNB 3PIAA 4WJGA 2H8DB 1QSHB 1KR7A 1Y4VB 2D2NA 2ZLUA 1HBBA 2G0ZA 3NMLA 3G53A 3S1IA 1GVHA 2GKMA 3VRGB 3G4VA 2XKIA 2HHBB 2O5MX 3D4XB 1PBXA 4HRRB 3GQGB 1O1OA 2ZSQA 2G12A 3HHBA 1DO4A 4NXCA 1SDKB 1YG5B 2NRLA 1WMUB 1Y31A 2BK9A 2MYBA 3GYSA 3G4YA 1LFTA 1V75A 2EF2A 1CG5A 4M4AA 4MQKA 3PI9B 1MYGA 2D2MC 1UVXA 1DWTA 3M38A 1Y09B 4IROB 1Y35B 2ZLWB 4N7PA 1HHOA 2ZWJA 1BZ1A 4MXLA 2MGAA 1DO7A 4MQGA 1G0AA 5JGGB 4TWVA 2O5TX 4WCHD 1URYA 1OR4A 2ZFOC 2ZS1C 1OBMA 1HBHA 1JY7B 2QLSB 1RVWA 1GDKA 1CP5A 4ZVBA 5E83B 2WY4A 3OJ1A 1MZ0A 1VXFA 5CN4A 1J40B 2ZLTB 2VEEA 5CNBA 5ILEA 1NIHA 4MQHB 1IRCA 4XDIA 1F63A 1MLSA 1MYHA 1YGDA 1X9FA 2V1JA 1MYMA 1S5YA 1ABWA 1DXVB 3GQRB 3WR1B 4MU5A 5KDQB 1JL7A 2D60A 3ORDA 1MLMA 2ZS0B 1C40B 3LB1A 1A6NA 3NMMB 1VREA 5E29A 1NS6B 2DXMA 4MQCB 1YOIA 1MNKA 2GKNA 3U3EA 3UHBA 3R5IA 3BJ3B 1Y0TB 3HC9A 1A00A 1GCWA 2RAOB 3PT8A 1YIHA 4ODCA 4SDHA 1MBDA 1LUEA 3UH5A 1Y0AA 2ZLXB 1RQ4B 3D17B 2HCOB 3MJPA 2VLXA 1UC3A 1DKEA 3WCVB 1CMYB 5KERB 1HACB 5CNDA 1JP6A 3DHRB 1HABA 2QMBA 3EDAA 1BZZA 1SI4B 5HBIA 4TWUA 3WHMB 4KMVA 1YIEB 5CN6A 1Y0CA 1JF3A 1MBIA 1YHRA 1N9FA 2G0SA 1LTWA 5EUIA 1Y5FB 3K8BB 2QSPB 4HRTB 1MLNA 2ZT1A 3ZJLA 2G3HA 1QXDA 1CO8A 2EB9A 111MA 1H97A 1G09B 1LFLB 1XZ7B 3QQRA 1HDBB 3GQPA 5AZQA 4BJAA 2GDMA 3DUTA 3P5QB 2IN4A 1Y4PA 3UHXA 3A59B 1OFJA 1A0UB 1O1NB 3LB2A 4NS2A 1HBIA 2AV3A 1LH5A 2BLHA 1Y45A 1YEQA 4G1VA 1NEJB 1LFQB 3K3UA 1NPGA 1KD2B 3UHQA 3UH3A 3DHTB 1MKOA 2E2YA 3UHZA 2D5XB 3G4QA 3OO5B 1Y8HA 4G51A 1MYTA 2LH5A 3G4RA 1YVTA 2R80A 3EU1B 2B7HA 1C7DB 4FWZA 2DN2A 1JP9A 1Y4RB 1XZ4B 3A0GA 1Y8IA 2GLNA 2V1KA 1LJWB 3OZWA 1WLAA 1MLHA 3UHCA 2D2NB 2ZLUB 3EDBA 3ZOMA 2OLPA 3ZJSA 1SPEA 1HBBB 1NGKA 1YDZA 1THBA 3NL7B 3AQ6A 2QFKA 3QM6A 1PBXB 3S1JA 3ZHWA 1O1OB 1U7RA 1BIJA 3UBVA 1Y01B 2G10A 3HEPA 3LB4A 2FRIX 2HHDB 103MA 3QZXA 3M39A 4PNJA 1Y31B 2M6ZB 3PI3A 1LFTB 1V75B 1LA6A 4N8TA 4M4AB 1CG5B 2SPOA 5EE4C 1V4UA 3QJBA 3KMFA 1NWIA 1HLMA 1C7BA 2W6YA 1BVCA 1JZMA 1DXTA 1VXHA 1DWRA 1B86A 3E4NA 1EBCA 1CLSA 4N7PB 1HHOB 1BZ1B 3UHEA 4MQGB 5E6EA 3WCUC 1ABYA 4AVEA 2HBFA 2LHBA 2ZLVA 4YU4A 2ZSRA 1YHUD 1HJTA 109MA 1YGFA 3QQQA 4NK1A 1IWHB 5CHRA 2BLIA 3ZJHA 2VRYA 3D1AB 2VLZA 3W4UB 1NIHB 1MLOA 3PI4A 4F6BA 3MKBA 3VHBA 3AT5A 1X9FB 5JDOF 1YH9A 4X0LA 2WTGA 1S5YB 1ABWB 1MYIA 3KUNA 1Y4QA 3ODQA 4LPIA 1YEVA 2MGIA 3UHSA 1YHEB 1HBAA 2SPNA 1YHUA 2W6VA 1GDIA 2OH9A 5E29B 4HHBA 2DXMB 2OIFA 3R5IB 1A00B 1GLIA 2AURA 1GCVA 1A9WA 3PT8B 1YIHB 4ODCB 1JDOA 3QJCA 1ITHA 2G0XA 2YRSB 4F6IA 1YEOA 1Y0AB 1MOCA 1QPWA 3SDNA 3G4WA 1ABSA 1B0BA 1Y7DA 3QM9A 1HABB 1BVDA 2QMBB 1BINA 1A01A 2C0KA 3K9ZA 3D7OB 2LH1A 2D2MD 3A9MA 1I3DA 3PT7A 1GBUA 1O1JA 1S69A 1GBVA 1LH7A 1HBGA 1HDAB 1HLBA 4F69A 3BCQA 5EUIB 2XYKA 5EETA 3OO4B 1CQ2A 3MN0A 110MA 1HRMA 1MODA 2PGHA 1WVPA 2W72C 1HCOA 2ZFOD 1A4FA 2ZS1D 1GJNA 1A6GA 1DO1A 1Y8KA 1J3YB 2D2MA 2H35A 3DUTB 4F6FA 2MYEA 2MYDA 3WI8A 1MBCA 4DWUA 1BZ6A 1R1YA 1IRDA 4AVDA 1QSIA 2DN3B 2ZT2A 1GZXA 2QFNA 1Y45B 1DXUA 1YEQB 5ILMA 3TM3A 2HZ1A 2HBCA 1SHRA 3M3BA 1MKOB 2R4XA 1T1NB 2ZFOA 2ZS1A 1GDJA 3ZJJA 1S5XA 1OUUA 1I3EA 1Y8HB 4N7NA 2R4WA 1M6CA 1FHJA 1QI8A 1YVTB 1UVYA 2R80B 1FN3A 2DN2B 1S0HA 1AJ9B 3A0GB 1Y8IB 3VRFA 1BABB 2VM0A 1HGAA 4H0BA 1BUWB 2GNWA 1CH1A 4FWXA 4MQIA 1LH1A 1YDZB 3SZKA 1U7SA 2AV0A 4FWYA 4O1TA 1ECAA 1R1XB 2BKMA 1BIJB 4UZVA 1G0BA 1MLQA 1YE0B 4DC7A 2SPMA 5JDOC 2V1GA 2MHBA 4N8TB 3AQ8A 1CH9A 4JACA 1V4UB 3QJBB 1CH3A 4DC8A 1C7BB 5B84A 1Y4GB 2QU0A 3BJ2A 1B86B 3BJ1A 1A9WE 2XKHA 1S56A 1CLSB 2V1FA 2FRKX 5EU2A 4MAXA 1TESA 3WCWC 5E6EB 1LFYA 5CNCA 1MBOA 1YFFA 3WFWA 2ZLVB 5EYSA 2HBSB 3LQDB 1MDNA 3HEOA 4OF9A 3WCPB 3UHUA 1YGFB 1CG8A 2DN1B 4ROMA 1YEUB 1YMBA 4M4BA 2W6WA 1VWTA 1JP8A 1MLKA 5HU6A 1A3OB 1XZ2A 3G4UA 3ZJIA 3ARLA 1COHB 4ROLB 1LH6A 3MKBB 1LFZA 2HBEA 4X0LB 3ZJQA 1Y4QB 5F0BA 2H8FA 3ODQB 1YEVB 1V5HA 3PI2A 1SDLA 4MBNA 1JWNA 3GKVA 4IT8A 4L7YA 3ECZA 1YHUB 2W6VB 1JPBA 2V1HA 1X3KA 1LFVA 1MBAA 1Y7CA 1G08A 1OUTA 1YCBA 4QAUA 4NXAA 3OK5A 4H07A 1J7YB 2ZSSA 3QJCB 1X46A 1V4XA 1XZVB 3BOMA 1FAWB 1J7WA 2GRZA 3QJDB 1YZIA 1QPWB 1Y0DA 1Y7DB 3VREA 2VYZA 1J52A 1JEBA 1Y2ZA 1YVQA 3B75A 2QRWA 1A01B 3MYMA 4VHBA 4WJG1 5EE4D 1O1PA 1Y4BA 3ZJMA 1VHBA 1YCAA 2QSSA 3KUOA 1RPSA 4JYQA 4HBIA 1GBVB 2BNLA 1ASHA 1AZIA 2GTLD 3BCQB 1DLYA 3TM9A 2AUQA 1CH5A 3WCUD 1RQAA 2Z6SA 3OGBA 1MOHA 2PGHB 1YE2B 2RI4A 1HCOB 1BZ0B 3NG6A 1A4FB 6HBIA 2O5BX 1MWBA 4U8UC 3A5AA 1Y8KB 1DXCA 4NI0A 2Z8AA 1AJGA 1XZ5A 2ZFBB 1Y7GB 2G0RA 4O35A 4PQ6A 5JOMA 4NK2A 1MLLA 1URVA 1R1YB 1IRDB 1MTIA 1GZXB 1DXUB 1FCSA 1MGNA 2EVPA 1Y85A 1EBTA 2HBCB 3WCUA 1SHRB 3ZOLA 5CMVA 4FC3A 1JL6A 5AZRA 1VXCA 1DWSA 2ZS1B 2MGKA 1OUUB 3PIAB 1MBSA 5MBAA 3S48C 102MA 1FHJB 2H8DA 1QSHA 1Y7ZA 1FN3B 1O16A 3ARKA 1MBNA 1VXEA 1S6AA 1NQPA 1HBRA 3VRGA 2ZSZA 1IDRA 3FS4A 5CNFA 1NZ2A 4MQIB 1CIKA 3HHBB 3SZKB 3MVCA 4HRRA 2O5OX 5AB8A 3AT6A 1BBBA 3AQ9A 4B4YA 1SDKA 3GYSB 2R4ZA 1NXFA 3WCTC 1JZKA 4MQKB 1MWCA 1NZ4A 3PI9A 4MQJA 1J3ZA 3O7NA 2MHBB 4O4TA 5C6EA 1A0ZA 1IBEA 2MYCA 1VXBA 2D6CA 2GTLC 5F2AA 1DO3A 1DLWA 2QU0B 2FALA 3S65A 3BJ1B 1G0AB 4FH6A 1Y0WA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

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