The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
140
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structure length |
140
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Chain Sequence |
VLSAADKTNVKAAWSKVGGHAGEYGAEALERMFLGFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKAHGKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSDLSNLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLSTLAVHLPNDFTPAVHASLDKFLSSVSTVLTSKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Water-mediated variability in the structure of relaxed-state haemoglobin
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen storage, oxygen transport
|
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| total genus |
52
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 101M A; 2VYW A; 1LH1 A; 1CG5 B; 1ABS A; 4JAC A; 2G11 A; 1Y46 A; 4NI1 A; 3G46 A; 2MGG A; 3PI1 A; 1LH7 A; 1COH A; 2GRH A; 1Y35 B; 1RQ3 B; 1H1X A; 4X0L B; 1LHT A; 1SI4 A; 3OZU A; 3E5I A; 1CQ2 A; 4KN3 A; 1EMY A; 4HSW A; 1KD2 B; 4DWT A; 1MLQ A; 1QSH B; 3UGZ A; 2ZFB A; 1MOH A; 2MYA A; 2QU0 A; 5CNF A; 4AVD A; 1YE0 B; 1MLR A; 1Y8H A; 3PI8 B; 1CG8 B; 1CH2 A; 1A9W A; 1HGB A; 3ORD A; 2GNW A; 5D1V A; 1O1P A; 1VWT B; 2NSR A; 1RVW A; 1G0B A; 1YVQ B; 1Y5F A; 2GKM A; 1MYZ A; 3A5A A; 1URY A; 3O89 A; 1K1K B; 1GDK A; 1NAZ A; 4MPM A; 1YE2 A; 3DHT B; 1MOB A; 4TWV A; 6HBI A; 3S1I A; 2BLI A; 1PBX B; 5HY8 B; 3UHY A; 2OIF A; 2G14 A; 3V2Z A; 1Y45 B; 1XYE B; 1J3Y B; 1NS6 A; 3WCV D; 3HXN A; 1MYJ A; 3K8B B; 1O1M B; 1DO3 A; 1EW6 A; 1Y7C A; 1RQA B; 1Y22 A; 2V1G A; 3G4V A; 3AT5 A; 1UC3 A; 1Y4R A; 2Z6S A; 3ZJR A; 2R4X A; 3SZK B; 5AZQ A; 2VEE A; 3TLD A; 1IBE B; 2D5Z B; 1YHU A; 3ODQ A; 1HDB A; 1MOC A; 3UHG A; 1J40 B; 1XCH A; 4G51 A; 1Y85 B; 1U7S A; 2PGH A; 4NK1 A; 2MHB A; 1UFP A; 2OH9 A; 4MXL A; 1S56 A; 5KKK A; 5C6E A; 2MGA A; 4WJG 1; 1XZ4 B; 3PIA A; 2DHB B; 1S5Y A; 3UH6 A; 2MGC A; 1JWN A; 2VLY A; 1BZ1 B; 3ZHW A; 1MLS A; 3GK9 A; 3ZJS A; 2MGM A; 1HAC A; 2DN1 B; 1YEU A; 1DO4 A; 2V1H A; 1Y4G B; 2MGJ A; 5CNG A; 1MLG A; 1C7D B; 5SW7 B; 1YCA A; 1FN3 A; 1NPG A; 1MLU A; 1J41 B; 1BIJ A; 2QSP A; 1TES A; 2H35 B; 3S65 A; 3MOU A; 1YVT B; 108M A; 2ZS1 B; 1HBS A; 1VXF A; 2BLH A; 3BJ3 A; 3WCP A; 1CQX A; 3PI9 A; 1MLM A; 3S1J A; 4U8U A; 3WCW B; 2R4Z A; 1GBU B; 3WFW A; 1XZV B; 3CY5 A; 1V4X B; 3G4W A; 1Y46 B; 3WTG B; 3NG6 A; 1VXH A; 1COH B; 4DC8 A; 2V1K A; 1RTX A; 1FCS A; 1HRM A; 3ARL A; 4UZV A; 5E83 A; 1OUT A; 4OOD A; 1WMU A; 3ZJQ A; 4WJG A; 5HU6 A; 1B86 B; 3ZOM A; 3D7O B; 1GBV B; 3E55 A; 1ITH A; 4N8T A; 1YIH B; 1Y83 A; 4KJT A; 2AV3 A; 2HBS A; 3D4X B; 3UHE A; 1ABY A; 1J7S B; 2NSS A; 3D17 A; 1BAB A; 1YEO A; 2ZS1 C; 1GLI B; 2CMM A; 1Y5F B; 1A00 B; 4PNJ A; 2ZS0 A; 2HBC A; 2MGK A; 5EUI A; 3A0G B; 1MTI A; 3UHC A; 5JOM A; 3WCW C; 5JDO C; 3HRW A; 1FSL A; 1YCB A; 2ZSP A; 3UHX A; 3NFE B; 1A6N A; 2D2N B; 1GDL A; 3M3A A; 1VXG A; 1JZK A; 2DN2 B; 1QI8 A; 1NS9 A; 1M6C A; 1Y22 B; 1YEQ B; 1ASH A; 1DXV A; 3O7N A; 1MCY A; 2OHB A; 3HHB A; 1ECA A; 1HBA B; 1XZ7 A; 5CNC A; 2W6V B; 1YHU B; 1DXC A; 3ZJP A; 1G0A A; 3GQP A; 3NL7 A; 1Y0W A; 1HBG A; 1YDZ B; 3IC2 B; 3B75 A; 3HEN A; 1HCO A; 1QSI B; 2VEB A; 1YHR A; 3U3E A; 4FC3 B; 1G08 B; 1JPB A; 2G0V A; 1W92 A; 5KDQ A; 1V4U B; 2HZ1 A; 4ESA B; 2R80 B; 1Y4Q A; 3FH9 B; 1V4W A; 1FHJ A; 4HRT B; 1S5Y B; 4NS2 A; 3KUO A; 1Y01 B; 1CG5 A; 1Y2Z A; 1CO9 A; 1HAC B; 1MYF A; 5F2A A; 2D2N C; 1YEU B; 4F6B A; 1BJE A; 2M6Z B; 2EKU A; 1MNK A; 2GTL B; 1LTW A; 1Y35 A; 1YOI A; 4F4O B; 1RQ3 A; 3SDN A; 4X0L A; 1NGK A; 2HBG A; 1C7B B; 2Z8A A; 1MNH A; 4HHB B; 1BIJ B; 1KD2 A; 1ABW B; 5CNE A; 3OZV A; 112M A; 4F69 A; 2AA1 B; 1HDS B; 4N7N B; 1OFK A; 1CH7 A; 1V5H A; 2BKM A; 1YHU C; 1YE0 A; 4M4A B; 2MYD A; 3PI8 A; 3BJ3 B; 4IRO B; 1CG8 A; 1SPG B; 1DXD A; 1G09 B; 1HAB B; 1VWT A; 4B4Y A; 2R1H B; 2GL3 A; 3CY5 B; 1HDA B; 2H8D B; 3NMM B; 1AJH A; 1SPE A; 1YGD B; 1SHR B; 1MWB A; 1K1K A; 1QXE A; 2VYY A; 1A0Z B; 3DHT A; 3PT7 B; 1PBX A; 4PQB A; 3HYU B; 1Y45 A; 1XYE A; 1J3Y A; 2XKH A; 4ILZ A; 1UVX A; 1LH5 A; 1GJN A; 1YHE B; 3K8B A; 4PQ6 A; 1RQA A; 4FH7 A; 1LH6 A; 1I3D A; 2MGF A; 5CN4 A; 107M A; 2MGB A; 4IT8 A; 3SZK A; 1MZ0 A; 2BNL A; 3VRG B; 1IBE A; 5EQM A; 3LB4 A; 1O1I A; 3EDB A; 1MLK A; 5E6E B; 1MYT A; 1Y0T B; 1OJ6 A; 1Y85 A; 1J52 A; 1BBB A; 2O5O X; 2QFN A; 1IT3 A; 1BZ6 A; 2MGI A; 3QM7 A; 2AUR A; 3ASE A; 2ZSN A; 1BZP A; 1Y8K A; 4MQH B; 1DUO A; 1XZ4 A; 2E2Y A; 1LFZ B; 1QI8 B; 1BZ1 A; 3MYN A; 3D1A A; 1NXF A; 2D2M B; 1UFJ A; 3HHB B; 2DN1 A; 3BCQ A; 1Y4G A; 4U8U D; 5AB8 A; 1IRC A; 1YOG A; 1C7D A; 1A0U B; 5SW7 A; 5ILM A; 1OR4 A; 3WCT A; 1YMB A; 2BW9 M; 2QLS B; 1J41 A; 1Y0W B; 1YGF A; 2O5T X; 1GVH A; 106M A; 3TM9 A; 3UHZ A; 2AUQ A; 2H35 A; 3LB2 A; 3ZJN A; 1YVT A; 2ZS1 A; 2V1I A; 4FWX A; 4ROL B; 1NZ3 A; 2ZS0 C; 3UHR A; 3BJ1 B; 3CIU B; 1V4W B; 1FHJ B; 3WHM B; 2HCO B; 1URV A; 3VRE B; 4B3W A; 2R4Y A; 1GBU A; 1XZV A; 3IA3 B; 1MBN A; 4ODC B; 6HBW A; 1V4X A; 1Y2Z B; 2VLX A; 3IC0 A; 1M6M A; 3WTG A; 1X9F A; 1HSY A; 2C0K A; 2FRF A; 3TM3 A; 1UX9 A; 3UBV A; 1CIK A; 1AZI A; 1CPW A; 3QJE B; 3MBA A; 2D2M C; 3MYM A; 4GZG A; 3MVC A; 1UX8 A; 5D5R A; 1B86 A; 1Y7Z B; 3D7O A; 1GBV A; 3ZJL A; 1O1L B; 3K3U A; 1A01 A; 1FAW A; 1YIH A; 2LH3 A; 1DKE A; 1A6G A; 1JP8 A; 3D4X A; 3EOK A; 3AG0 A; 1HBI A; 1QPW A; 1J7S A; 4H07 A; 2QMB A; 1GLI A; 1YH9 A; 1A00 A; 1DWT A; 1DXU B; 2G0Z A; 5CN9 A; 2GKN A; 3A0G A; 2G0X A; 2G3H A; 1QXE B; 1NZ5 A; 2G0S A; 1L2K A; 4F6J A; 3NFE A; 5CN7 A; 1M9P B; 1YOH A; 1CH3 A; 2D2N A; 3AQ9 A; 2VYZ A; 1LFT A; 1HBH B; 1VXA A; 2DN2 A; 4C0N A; 5HLQ A; 1Y4F A; 1YEQ A; 3UH5 A; 1DO7 A; 2FAL A; 3UHD A; 3PEL B; 4ZVA A; 1A9W E; 1HBA A; 3ARJ A; 2W6V A; 3QZX A; 1A4F B; 3ZJH A; 1O1I B; 2QFK A; 5ILE A; 1GZX B; 1XZU B; 1YDZ A; 2G12 A; 3IC2 A; 1MBO A; 3MN0 A; 1BBB B; 2HHE B; 1QSI A; 4FC3 A; 1CH1 A; 1XZ2 A; 1EWA A; 1G08 A; 1YEN B; 3ECX A; 1V4U A; 1Y8K B; 4ESA A; 2R80 A; 3R5I B; 3FH9 A; 4HRT A; 2ZLV A; 1GCV A; 2R4W A; 1X3K A; 102M A; 1IWH B; 1Y0C A; 2KSC A; 3MJU B; 3D1A B; 1NPF A; 1S0H B; 1C7C A; 1HGC A; 3BCQ B; 2M6Z A; 5B84 A; 1MTJ A; 2GTL A; 4F4O A; 1CMY B; 4YU4 B; 4YU3 B; 1YIE B; 3WCT B; 1C7B A; 4HHB A; 2HBE B; 3GLN A; 1YGF B; 1ABW A; 3A59 B; 1Y7G B; 3A9M A; 4UIQ A; 3BJ2 B; 1U7R A; 2AA1 A; 1K0Y B; 1HDS A; 4N7N A; 3LQD B; 2RAO B; 4M4A A; 4IRO A; 5MBN A; 1SPG A; 2VLZ A; 4H0B A; 1G09 A; 1IDR A; 3P5Q B; 3GDJ B; 1HAB A; 2DN3 A; 1RTE A; 2V1J A; 6HBW B; 2R1H A; 2LHB A; 1HDA A; 2H8D A; 3NMM A; 1YGD A; 1LJW B; 5CN6 A; 1SHR A; 2OLP A; 3IC0 B; 1X9F B; 1CP5 A; 2ZFO A; 2ZSS A; 1O1N B; 5EU2 A; 1A0Z A; 1HLB A; 3PT7 A; 1UMO A; 4XDI A; 1JL6 A; 1R1X B; 3HYU A; 3QZZ A; 1VRE A; 3RJN B; 1MBD A; 1MBI A; 3UH7 A; 3MKB A; 2AV0 A; 1YHE A; 1HV4 B; 1A01 B; 1FAW B; 3HF4 B; 3GOU B; 1JY7 B; 5EE4 C; 3WCT C; 2FRK X; 1DKE B; 1N9X A; 2O5S X; 2WTG A; 4NI0 B; 3EOK B; 1QPW B; 1H97 A; 2QMB B; 1OFJ A; 3VRG A; 1Y09 B; 1JP9 A; 1YH9 B; 1LFQ A; 5E6E A; 1NWI A; 2QRW A; 3PI4 A; 1F63 A; 1Y0T A; 3UHQ A; 3FS4 B; 5KER B; 1UIW B; 4MQJ B; 4MQH A; 1X9F C; 1VXB A; 5JDO F; 3ZJJ A; 4VHB A; 1LFT B; 1LFZ A; 4MQK A; 4XS0 B; 1Y4F B; 1LH3 A; 3QQQ A; 2ZS1 D; 1Y4P B; 1KR7 A; 2D2M A; 3UHS A; 2HBF B; 1Y4B B; 5EOH A; 2FAM A; 3AQ8 A; 3ZJM A; 3KUN A; 3WCW D; 4HRR A; 5B85 A; 5JDO D; 1A0U A; 3BOM B; 3WFX A; 1AJ9 B; 1BZZ B; 1DUK A; 1LFV B; 2Z6N B; 3ECL A; 5CHQ A; 4LPI A; 1DLW A; 3OGB A; 2QLS A; 1S6A A; 1MLJ A; 1J3Z B; 3G4Y A; 2G0R A; 1F65 A; 1I3E A; 1QXD A; 1XZ2 B; 2W6Y A; 4ROL A; 3WR1 B; 3WCU B; 1MYI A; 2DXM B; 1JZM A; 3BJ1 A; 3CIU A; 3WHM A; 2EF2 A; 2HCO A; 4L7Y A; 2ZLV B; 1GCV B; 3VRE A; 1DTI A; 1JF4 A; 1NZ2 A; 4ODC A; 3UHK A; 3ONZ A; 1Y0C B; 4C44 A; 4M4B B; 1DO1 A; 2D5X B; 1C7C B; 5MBA A; 1HGC B; 1NZ4 A; 2LH5 A; 5ILR A; 1CBL A; 2SPL A; 1ECO A; 1LA6 B; 1ECN A; 3QJE A; 2GNV A; 1J3F A; 1DXT A; 3RGK A; 1Y7Z A; 2ZSZ A; 4MQG A; 2IN4 A; 3OO5 B; 1O1L A; 3PI3 A; 3OVU C; 1KFR A; 5CHR A; 3UI0 A; 4G1B A; 1Y8W B; 2D2N D; 2DN3 B; 2ZT4 A; 1FSX B; 1TU9 A; 3WCU C; 1DXU A; 1YZI A; 5HAV A; 1N9H A; 3GKT A; 2ZFO B; 1FDH A; 3R0G A; 2RI4 B; 1UVY A; 3WFU A; 5AZR A; 1YHU D; 3QM9 A; 3QJB B; 2NX0 A; 1M9P A; 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1S5X B; 111M A; 1R1Y B; 3ONZ B; 1LJW A; 2MYE A; 3A2G A; 1XQ5 B; 2WTH A; 2YRS A; 2LH7 A; 1O1K A; 1F5O A; 1O1J B; 1O1N A; 4O2G A; 3UHT A; 1YG5 A; 2ZT0 A; 1VHB A; 1R1X A; 1XXT A; 4WCH D; 1B0B A; 1V9Q A; 1Y0A B; 4FWY A; 2ZS0 D; 4NXC A; 4MU5 A; 1XY0 B; 1DXT B; 3UH3 A; 2MGH A; 4MQG B; 5EYS A; 1HV4 A; 4NZI A; 3KMF C; 3HF4 A; 3GOU A; 1JY7 A; 1SDL B; 3A5B A; 4NI0 A; 2ZLW A; 2O58 X; 2G10 A; 1Y09 A; 3BA2 A; 1BVC A; 5JDO E; 1J7W A; 4FH6 A; 3VRF A; 1YZI B; 3HEP A; 4ZVB A; 3WCV C; 3MJP B; 2D2M D; 3FS4 A; 1PMB A; 3AQ6 A; 1C40 B; 2ZWJ A; 5KER A; 1J7Y B; 1DWS A; 1V75 B; 5F0B A; 1A3N A; 4ROM B; 3VHB A; 3ZH0 A; 3AQ5 A; 3ECZ A; 5IKS A; 1UIW A; 3EU1 B; 5CN5 A; 1THB A; 2H8F B; 3SDH A; 4MQJ A; 1MKO B; 2HHB B; 1Y7D B; 2MGE A; 1MOD A; 4F68 A; 1HGA B; 4XS0 A; 4HSX A; 7HBI A; 3M39 A; 4NK2 A; 1Y4P A; 1LHS A; 3H58 A; 3GYS B; 2HBF A; 1Y4B A; 4MBA A; 2ZSR A; 1LFY A; 3ARK A; 2XYK A; 1MBC A; 3BOM A; 2Z6T A; 1AJ9 A; 1BZZ A; 1LFV A; 2EVK A; 2Z6N A; 1FDH G; 2GRZ A; 3OO4 A; 3D1K B; 1J3Z A; 3UHU A; 2EB9 A; 4O4T A; 3WR1 A; 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