The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism of Quaternary Transitions in Human Liganded Hemoglobin
rcsb |
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
|
| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chain
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| total genus |
50
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C, E, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GQP B; 3BOM A; 1O1I A; 1RQ4 A; 1ABS A; 1Y4V B; 3UHI A; 5KKK A; 1Y4Q A; 1MWB A; 2R4Y A; 3DHR A; 3WCP A; 1LFY A; 1NAZ A; 4JAC A; 2ZFO C; 5EET A; 2MGM A; 2D60 B; 4MQJ A; 4PQC A; 1YH9 B; 2MGB A; 1YHU D; 1RVW A; 4ZVB A; 1Y7C A; 1HAC A; 1G0B B; 2Z6T A; 1RQA B; 1Y09 B; 1J41 A; 1VWT B; 1LFZ A; 3VAU A; 1S5X A; 1KD2 A; 1Y0C A; 1QXE B; 2HHE B; 3HYU A; 3OVU C; 3HEO A; 1WMU B; 3D1A B; 1ECO A; 2WTH A; 1LFL B; 3M3A A; 103M A; 1XCH A; 3UHK A; 1OR4 A; 3LR9 A; 1YMA A; 6HBW B; 3UBC A; 1R1X A; 2HHB B; 1JP9 A; 1DXV B; 1SI4 B; 3UHW A; 1K0Y A; 1VXB A; 3GYS A; 3UH7 A; 1CH5 A; 4HSW A; 3ZHW A; 3HF4 B; 2DHB A; 2W72 A; 1JZM A; 3B75 A; 4B3W A; 4U8U D; 1HBH B; 1FHJ B; 1Y4R B; 1YMB A; 3LHB A; 1HV4 B; 1DLW A; 1YE2 B; 4B4Y A; 1HDB B; 3MN0 A; 1OUU B; 3HC9 A; 3LB4 A; 3CIU B; 3H58 A; 2H8F B; 1A6K A; 1LA6 A; 1S0H A; 3QM7 A; 3HRW B; 5CNE A; 1A0Z B; 3WCU C; 2VYY A; 1GDJ A; 3R5I A; 3LR7 A; 4O4Z A; 1GDL A; 4FWZ A; 1BZ1 A; 1Z8U B; 1MYM A; 102M A; 3WR1 B; 109M A; 3V2Z A; 1YDZ B; 3D4X A; 1CH9 A; 2LH6 A; 3OZW A; 5JDO D; 2D5Z A; 5MBN A; 1O1P A; 2HBE A; 1J7Y A; 1TU9 A; 2MGJ A; 1XY0 B; 3KMF A; 1DO7 A; 2BWH A; 1YEU A; 3OGB A; 2D2M D; 3WCW B; 2ZLT A; 3A9M A; 3G52 A; 1NS9 B; 1XZ5 A; 1S56 A; 2DN2 B; 4XS0 A; 2RI4 A; 1MLN A; 3PEL B; 1VXH A; 4M4A B; 1YOH A; 5D1V A; 3WCV C; 1Y4B B; 2NX0 A; 1JF4 A; 1S5Y B; 1CG5 B; 3AT5 A; 1CMY A; 1M9P B; 5CMV A; 3VHB A; 4HSX A; 1MBS A; 1PBX B; 3LQD A; 1C40 B; 2O5O X; 4HRR B; 1HGA A; 1O1L A; 2BK9 A; 1V4W B; 2NRM A; 4NXA A; 1MLO A; 1EW6 A; 4ODC B; 2HCO A; 1F63 A; 5EE4 C; 4F6F A; 2DXM A; 3ED9 A; 2O5B X; 1A4F B; 4MU5 A; 2PEG B; 4M4B A; 3D7O A; 1HBS B; 2OIF A; 2NRL A; 1Y0A A; 1O1I B; 2RAO B; 1VXA A; 1HDA A; 1V9Q A; 3PT8 B; 2B7H B; 1XZ2 A; 1Y4Q B; 1BZZ B; 3LB1 A; 1FSX B; 2GTL C; 4G51 A; 1XYE B; 2H8D A; 2NSR A; 4C0N A; 1V4X B; 3R0G A; 1MNK A; 2AV0 A; 5CNC A; 3ZOL A; 1Y4F B; 1UIW A; 1MYH A; 1G0A B; 1W92 A; 5EYJ A; 1MYG A; 2XYK A; 1MOC A; 1CO9 A; 3VRF A; 1AJ9 B; 1JL7 A; 1I3E A; 2SPN A; 4HHB B; 1MWD A; 1R1Y A; 1HBB B; 1MWC A; 1MYZ A; 1MLJ A; 1LFZ B; 3FS4 B; 1KD2 B; 1HBA A; 1HBR B; 3WFT A; 3HYU B; 4H2L A; 1RPS B; 1IWH B; 5CHQ A; 1DUO A; 1SPG A; 2ZLU B; 3D17 A; 1HHO A; 2ZS1 A; 3PI9 A; 1PMB A; 1GBU A; 3UHQ A; 1CQ2 A; 4JYQ A; 3UHT A; 1MOH A; 1Y46 B; 2VLZ A; 1EBT A; 2MGF A; 4MXL A; 1LFT B; 4DC7 A; 2LH5 A; 1UX9 A; 2Z6S A; 5KDQ B; 3IC2 A; 1J7S B; 1C7B B; 1BVC A; 1J40 B; 1O1N B; 1Y8H A; 2W6Y A; 5EUI B; 2G0S A; 4BJA A; 2ZT0 A; 1RQ3 B; 2EKU A; 1GCV A; 3W4U B; 2ZFB A; 4ESA A; 1NQP B; 1MBI A; 1QPW A; 2Z8A A; 1LA6 B; 3WI8 A; 1S0H B; 4UUR A; 4N7N A; 1LHS A; 3ARL A; 3WCW D; 1G9V A; 3AG0 A; 3R5I B; 2HBF B; 3MKB B; 1BZ1 B; 1HCO A; 3HXN A; 1B0B A; 2WTG A; 3S1J A; 2H35 B; 1KFR A; 1SWM A; 1LH5 A; 1YGF A; 3OO5 B; 1YCA A; 2HBE B; 3UHD A; 105M A; 1S69 A; 2JHO A; 1CH4 A; 3ORD A; 2YRS B; 5KER B; 3A0G A; 4KMV A; 3QMA A; 1FSL A; 1GDK A; 1O1M B; 3GQR B; 3RJ6 A; 1CH2 A; 1JL6 A; 1Y5J A; 1Y4G B; 1A0U A; 3DUT A; 1Y7G B; 1HDS A; 2ZS0 A; 1UX8 A; 2W6V B; 2O5M X; 4O35 A; 3ARJ A; 1O1K B; 1VXG A; 4FH7 A; 1IT2 A; 1CH7 A; 2ZSS A; 3LQD B; 3K8B A; 1MDN A; 1FAW B; 1YEN A; 1YE0 A; 2BLH A; 1LUE A; 5C6Y A; 4ROM B; 1Y0T B; 2HBC A; 3HHB A; 2HHD B; 3MYN A; 1J3Y B; 5HU6 A; 1MOD A; 3BJ3 A; 3BJ1 A; 3UH5 A; 3AQ7 A; 1T1N A; 1SDK B; 5EYS A; 1THB B; 3MYM A; 3PT7 A; 1YEQ A; 3WFW A; 5SW7 A; 3DHT A; 2VYW A; 1N9I A; 3WCU A; 2OH8 A; 1VHB A; 1GCW A; 1GLI B; 1UT0 A; 110M A; 1A3N B; 3GOU A; 3ODQ A; 1LH2 A; 3WCT A; 3QJE A; 2OLP A; 4G51 B; 2H8D B; 3IC0 A; 3S65 B; 1X9F C; 1QSI B; 3GDJ A; 3ZH0 A; 5CHR A; 3UHY A; 5HY8 A; 1Y22 A; 3VRG A; 1O1J B; 1VRF A; 3BCQ B; 1B86 A; 3VRE A; 1Y2Z A; 1NS6 B; 1OJ6 A; 4IRO B; 3UHS A; 2VRY A; 3QM5 A; 3PI8 A; 5E29 B; 3O7N A; 1JWN A; 5F2A A; 1ABY A; 1Y45 B; 4OOD A; 2MYB A; 2ZLW A; 1LFQ B; 1XQ5 A; 2O5S X; 2QMB B; 1NEJ A; 3NL7 A; 4OF9 A; 1J52 A; 2QFK A; 2G3H A; 1MYF A; 1Y0W B; 5ILE A; 1GBU B; 3PI1 A; 3GK9 A; 3M3B A; 2VLY A; 3EOK B; 1MYJ A; 1CO8 A; 2V1G A; 1J3Z A; 2VEE A; 5CN5 A; 2D2M B; 2ZLV A; 3TM9 A; 1FN3 A; 4F6J A; 1A01 B; 2ZS1 C; 3KUO A; 4F4O B; 5CNG A; 1ABW B; 5HLU A; 4HRT A; 1XZ4 A; 2ZFB B; 2Z6N A; 2GKN A; 1OFK A; 3S1I A; 3PI4 A; 2ZFO B; 1HBI A; 2MGE A; 104M A; 1XZV B; 2GNV A; 4XDI A; 3WHM A; 4YU3 B; 1F65 A; 1F5P A; 3QJD B; 106M A; 3GKV A; 4G1B A; 4WJG A; 1V07 A; 1OUT B; 1V4U A; 1O1O B; 101M A; 2HBD B; 3D1K A; 1YVT A; 3LB3 A; 1Y85 B; 2MGK A; 4AVD A; 3S66 A; 4H07 A; 4O2G A; 3A59 A; 3MJP B; 1HRM A; 3G4U A; 2GL3 A; 5JGG A; 3QM9 A; 4L7Y B; 3A0G B; 2V1J A; 1MLF A; 1QI8 B; 1U7S A; 2FRI X; 3DUT B; 3G4Q A; 1HGC B; 1Y31 A; 1HGB B; 2MYE A; 1HSY A; 3P5Q A; 4O4T A; 2XKG A; 1GZX A; 3G4R A; 3FH9 A; 1YIE B; 2W6X A; 1UMO A; 3ONZ B; 1DTM A; 4ROL A; 2CMM A; 2ZS0 C; 1JEB B; 3SDH A; 5C6E A; 1LJW A; 4MQK B; 1CLS B; 3BJ1 B; 5E6E B; 5CN6 A; 1YOG A; 3PT7 B; 107M A; 1YEQ B; 1HAB A; 3AQ8 A; 1M6C A; 4KN3 A; 3WTG A; 4X0L B; 1OR6 A; 3BJ2 A; 1V75 A; 1CP0 A; 1FLP A; 3UHN A; 3M39 A; 3G53 A; 3A5A A; 1XXT B; 3QQR A; 1SDL B; 1XZ7 A; 3ODQ B; 1YIH A; 3DR9 A; 3CY5 B; 1J7W B; 5CN7 A; 2VYZ A; 3AQ9 A; 2BW9 M; 1Y83 A; 4QAU A; 3GDJ B; 1MLU A; 1K1K B; 1YVQ B; 2R80 B; 3VRG B; 1G08 B; 1B86 B; 1XZU B; 1YG5 A; 3NML A; 1BZ6 A; 2NSS A; 1DO1 A; 2QSP A; 3WCT C; 1Y0D A; 1C7C A; 1DXU A; 5CND A; 4FC3 A; 4FH6 A; 2ZSR A; 1QXD B; 1Y7D B; 3WCV B; 3PI8 B; 4L2M A; 3RGK A; 2MGC A; 1DWS A; 1S61 A; 1ABY B; 1GBV B; 1XQ5 B; 1DKE A; 2OHA A; 2G10 A; 1S6A A; 1Y5F A; 1YZI A; 1Y8W A; 5E83 A; 3OO4 B; 1UFJ A; 3PI3 A; 1BUW B; 2MHB A; 2PGH A; 1Y7Z A; 6HBI A; 4DWT A; 1CG8 A; 2R1H A; 2ZLX B; 3E4N A; 5B85 A; 2MYA A; 2D2N A; 1YHR A; 3E5O A; 2MGI A; 3UHU A; 3QJB A; 5CN4 A; 2G0Z A; 2AA1 A; 4NI1 B; 1MTI A; 2ZFO D; 1MLL A; 3NG6 B; 3GQG B; 3NFE A; 1JP6 A; 1NXF A; 4AVE A; 1A00 A; 1NGK A; 2O5T X; 1Q1F A; 1DWT A; 1C7D B; 4N7O A; 2C0K A; 2IG3 A; 1LFV B; 1X46 A; 1YHU A; 4YU4 A; 1BZ0 A; 3V2V A; 2HBS B; 4MBN A; 3GLN A; 1QSH B; 1JY7 A; 2GTL B; 4F6B A; 3G46 A; 2VM0 A; 1LHT A; 3SZK A; 1X9F A; 1DXT B; 3ZJH A; 1X3K A; 1M6M A; 1CQX A; 1R1Y B; 3ZJJ A; 3BOM B; 1FDH G; 1BAB A; 1RQ4 B; 1YFF A; 3MBA A; 1Y8K A; 1YVT B; 1COH A; 3DHR B; 3WCP B; 1LFY B; 2BNL A; 1IRD A; 3A59 B; 2MGL A; 1NPF A; 5CNB A; 1YGD A; 5JGG B; 1Y35 A; 4MQJ B; 2E2Y A; 3NMM A; 3EDB A; 1RVW B; 1Y7C B; 1HAC B; 4MQG A; 3QZX A; 4TYX A; 1LH6 A; 1J41 B; 4U8U A; 4MQC A; 4MQH A; 2GKM A; 1BIN A; 1MLK A; 1Y8I A; 1S5X B; 1Y0C B; 2GNW A; 3TLD A; 5AZQ A; 2M6Z A; 3WCU D; 1MLG A; 4ROL B; 3A5G A; 1MBA A; 5M3S A; 3G4Y A; 1MLQ A; 1R1X B; 1A6G A; 1K0Y B; 3GYS B; 2ZSZ A; 1NIH A; 5AB8 A; 2DHB B; 3QJC A; 2W72 B; 1IDR A; 2G12 A; 3B75 B; 5ILP A; 1V75 B; 3AQ6 A; 1BIJ A; 2HZ3 A; 3HEP A; 1MZ0 A; 2GDM A; 3ASE A; 2O5L X; 3EU1 A; 3PIA A; 1JZL A; 4MBA A; 3BA2 A; 1GDI A; 1YEV A; 2LH7 A; 3UGZ A; 3WCV D; 3MVC A; 2ZSQ A; 1U7R A; 1YHE A; 1CP5 A; 3A2G A; 2MYC A; 1A9W A; 2QLS A; 4HBI A; 1SHR A; 2ZT2 A; 3WFX A; 2FAM A; 3D4X B; 3S48 C; 4F6D A; 2D5Z B; 1RSE A; 1O1P B; 1J7Y B; 1BBB A; 3GQP A; 1MOA A; 3UBV A; 1YEU B; 1Y4V A; 2ZLT B; 5ILR A; 3ZJI A; 1MGN A; 5EE4 D; 3G4V A; 3MJU A; 1XZ5 B; 4FWX A; 4NZI A; 2LH3 A; 4XS0 B; 2RI4 B; 2V1H A; 1LH7 A; 2D60 A; 3AT5 B; 2IN4 A; 1YH9 A; 5EQM A; 5MBA A; 1CMY B; 1MBO A; 5EU2 A; 1O16 A; 5ILM A; 2ZWJ A; 2GTL D; 1BZP A; 1HGA B; 4N7P A; 1VWT A; 2FRF A; 1O1L B; 2D2N C; 2R50 A; 2HHE A; 1QXE A; 1UVY A; 2QU0 A; 3ECX A; 2XKH A; 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2ZSY A; 4ODC A; 4MAX A; 1MLM A; 2QLS B; 2AUR A; 1URY A; 1IRC A; 2V1E A; 2MYD A; 2QSS A; 1YGF B; 2ZT4 A; 4ILZ A; 3UHX A; 1HBS A; 2AUO A; 1BBB B; 1MTJ A; 2RAO A; 4FWY A; 2D5X A; 4ZVA A; 1EWA A; 4UZV A; 3PT8 A; 2B7H A; 3MJU B; 3ZOM A; 1BZZ A; 1MBN A; 1MKO A; 2AV3 A; 1FSX A; 1XYE A; 1Y5J B; 1A0U B; 1V4X A; 1HDS B; 2ZS0 B; 2AUQ A; 2VLX A; 1L2K A; 1YOI A; 1HJT A; 1Y4F A; 2R4X A; 1G0A A; 2QFN A; 1NZ2 A; 3UHC A; 3H57 A; 1AJ9 A; 3K8B B; 5D5R A; 1YEN B; 1YE0 B; 4HHB A; 1CIK A; 2V1F A; 4N7P B; 1X9F D; 1F5O A; 3QM6 A; 4G1V A; 1HBB A; 2EF2 A; 3FS4 A; 1EBC A; 2HBC B; 3HHB B; 1HBR A; 5HU6 B; 1DWR A; 2QU0 B; 3BJ3 B; 1RPS A; 1IWH A; 3QQQ A; 2ZLU A; 111M A; 3IXF A; 1T1N B; 4PNJ A; 3IA3 B; 1ASH A; 4KMW A; 4NI0 B; 1N9H A; 1Y46 A; 3UGY A; 5SW7 B; 3DHT B; 3WCU B; 5JDO F; 4MQI A; 1LFT A; 1GCW B; 1DXC A; 1V5H A; 2DN1 B; 5KDQ A; 1NZ3 A; 3GOU B; 1J7S A; 1C7B A; 5EV5 A; 3WCT B; 4IT8 A; 3QJE B; 3IC0 B; 4WCH D; 1J40 A; 1O1N A; 5EUI A; 1H1X A; 5HY8 B; 2ZT1 A; 1G09 B; 1Y22 B; 1UFP A; 2ZSP A; 1RQ3 A; 1VXC A; 3W4U A; 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