The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
190
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structure length |
190
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Chain Sequence |
IPGYTYGETENRAPFNLEDLKLLKEAVMFTAEDEEYIQKAGEVLEDQVEEILDTWYGFVGSHPHLLYYFTSPDGTPNEKYLAAVRKRFSRWILDTSNRSYDQAWLDYQYEIGLRHHRTKKNQTDNVESVPNIGYRYLVAFIYPITATMKPFLARKGHTPEEVEKMYQAWFKATTLQVALWSYPYVKYGDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Archaeal Protoglobin Structure Indicates New Ligand Diffusion Paths and Modulation of Haem-Reactivity.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Methanosarcina acetivorans
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| molecule keywords |
PROTOGLOBIN
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| total genus |
73
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| structure length |
190
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| sequence length |
190
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11563 | Protoglobin | Protoglobin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UGY A; 3PEL A; 2MGD A; 106M A; 1B86 A; 3FH9 B; 1BZR A; 1LFL A; 1MOB A; 3VRG B; 2ZS1 C; 3UHN A; 3OO4 A; 1XZ2 A; 5HY8 A; 3ECZ A; 1X9F A; 3UGZ A; 3S66 A; 2QSP A; 4KMV A; 4HRT A; 1NXF A; 1YE2 A; 4O4T A; 1O1I B; 5JDO C; 4H2L B; 4AVD A; 2FRI X; 4G51 A; 4BJA A; 1Y4G A; 1DXV B; 4NK1 A; 1AJH A; 1S61 A; 1ABY A; 2MBW A; 1NWN A; 3FS4 B; 1XY0 A; 5CN7 A; 2GL3 A; 1LH2 A; 1QI8 B; 3LB4 A; 1O1O B; 3MYM A; 2SPL A; 1G09 B; 2DXM A; 1B86 B; 1CBL A; 3A59 A; 5AZR A; 3D1A A; 102M A; 1YMB A; 1COH A; 1ITH A; 1XZ2 B; 4O35 A; 3IC0 B; 2V1K A; 1X9F B; 1O1K A; 1YEU B; 2QSP B; 2VYZ A; 1YE2 B; 3BJ1 A; 2V1E A; 2MGL A; 1NPG A; 1FLP A; 3HXN A; 1VXC A; 1Y4G B; 1YEQ A; 3AG0 A; 2BKM A; 3ODQ A; 1URV A; 3MVC A; 2O5B X; 5EV5 A; 1XY0 B; 1FHJ A; 1NS6 A; 2XKG A; 2DXM B; 4PQB A; 2ZFO D; 1OBM A; 1IWH A; 1QSI A; 1CG5 B; 3A59 B; 3D1A B; 1AJ9 B; 4UZV A; 1COH B; 2BWH A; 3EOK B; 1YHE A; 1CH9 A; 2R4X A; 2YRS A; 3EU1 A; 4L2M A; 1YCA A; 3AQ7 A; 1Y0A A; 1O1K B; 1IOP A; 1YHU A; 5EQM A; 3UHE A; 2QFN A; 3BJ1 B; 3HXN B; 1HLM A; 1CH2 A; 1YEQ B; 3LR7 A; 2ZLX A; 1HHO A; 1YHR A; 3ODQ B; 1F5P A; 2JHO A; 1Y4V B; 2NRM A; 2ZSR A; 3OK5 A; 1MLR A; 1NS6 B; 1HAB A; 2LH7 A; 5EYJ A; 1FDH G; 1J7W A; 1S5Y A; 5HAV A; 2D6C A; 1R1Y A; 1M6C A; 4N7O B; 4FH7 A; 2Z6S A; 2VHB A; 1QSI B; 1GCV A; 1CP0 A; 4F4O A; 1YHE B; 2ZT0 A; 3EU1 B; 4DWT A; 2G0X A; 1RQ3 A; 4FH6 A; 1HBH A; 4C0N A; 1X9F C; 2MYA A; 4MQH A; 2G0Z A; 1G0B A; 6HBI A; 3MOU A; 1MYJ A; 3R5I B; 2EF2 A; 2ZLX B; 4YU3 A; 1WVP A; 1DXU A; 3GQP A; 1Z8U B; 4FC3 A; 1A4F B; 2MYD A; 1S69 A; 2G11 A; 1HAB B; 1J7W B; 5SW7 A; 3ASE A; 3H57 A; 3D7O B; 3BJ3 A; 1GCV B; 1DO3 A; 1MBS A; 1GBV A; 2XYK A; 4JYQ A; 4MBA A; 1Y2Z A; 4F4O B; 3KUN A; 3E5O A; 1RQ3 B; 2GRF A; 1HBH B; 3QM9 A; 2MYC A; 1Y7D A; 1PBX A; 1MLN A; 1YGD A; 1MBO A; 1XZV B; 2D2N A; 1CIK A; 2BLI A; 1FSX A; 4G1V A; 2ZS1 D; 1DXU B; 3GQP B; 2ZFB B; 5ILP A; 1BAB A; 2G0V A; 2QU0 B; 4F6D A; 1MNI A; 1MBN A; 2HBE B; 3LHB A; 4MAX A; 3ZJN A; 3DR9 A; 5JDO D; 1DXC A; 2MHB B; 2DN2 A; 3G4U A; 5ILM A; 5SW7 B; 1J3Z A; 2AV3 A; 1Y09 A; 4X0L B; 2NSR A; 4KJT A; 1FSL A; 4TWU A; 1J40 A; 3BJ3 B; 1VRF A; 1UX9 A; 2G10 A; 3HRW B; 1Y2Z B; 2MYB A; 2LH5 A; 3NMM B; 1V75 A; 2MGC A; 4UUR A; 1MLQ A; 3OZW A; 3GYS A; 4NS2 A; 1Y7D B; 1PBX B; 1SWM A; 1L2K A; 2D2N B; 1MLM A; 1BZ0 A; 2GKM A; 1OJ6 A; 1JWN A; 3WFU A; 1RQA A; 1DM1 A; 3PI4 A; 2QSS A; 2D60 A; 1YEV A; 5E83 A; 2QRW A; 1C7B B; 2DN2 B; 1IBE A; 1J41 A; 1J3Z B; 1O1N A; 1A00 A; 1NZ2 A; 1YEN A; 1JEB A; 3K9Z A; 1J40 B; 4YU4 A; 1BVC A; 4MQG B; 1YEO A; 1MTK A; 3NG6 A; 1VXH A; 3ED9 A; 3NFE A; 1S56 A; 3LB2 A; 3GKV A; 3S65 B; 3ORD A; 3GYS B; 1AJG A; 2R4W A; 2H8F A; 3GKT A; 1UX8 A; 1OUU A; 1YGF A; 3VRF A; 3M3A A; 5EU2 A; 3WCT A; 4MXL A; 1Y45 B; 1S0H A; 2QSS B; 1MYT A; 2D60 B; 1EW6 A; 1YEV B; 1HBG A; 5E83 B; 1KD2 A; 5E6E A; 1LH7 A; 3SZK B; 1IBE B; 1J41 B; 1O1N B; 4DC7 A; 1O1M A; 3EDA A; 2ZLW A; 1A00 B; 1YEN B; 2LH3 A; 1Y8W A; 4MQK A; 3NML A; 4YU4 B; 4U8U A; 1YEO B; 4N7N A; 3NFE B; 1Y4F A; 5EET A; 3GKV B; 2D5Z A; 2H8F B; 2Z6N A; 3VRF B; 1HLB A; 1ECD A; 5C6E A; 2OH8 A; 3QJC B; 5E29 A; 3UHS A; 4MU5 A; 103M A; 3B75 B; 1JZK A; 1X9F D; 3UH5 A; 1SI4 B; 1RQ4 A; 1GCW B; 1LH1 A; 1MNO A; 2ZLW B; 3CY5 B; 4H07 A; 1PMB A; 4MQK B; 1S6A A; 2Z6T A; 3K3U A; 1Y22 A; 2WY4 A; 2EVP A; 1C40 A; 3D4X B; 1VXD A; 1G0A A; 4N7N B; 101M A; 1MNK A; 2D5Z B; 1HSY A; 2GTL B; 1MWD A; 2VLZ A; 2QMB A; 2SPO A; 3G4V A; 4SDH A; 1UFP A; 4MPM A; 2R80 A; 1HGB A; 3DUT A; 1MCY A; 1LHT A; 5C6E B; 4ROL A; 1BZZ B; 5E29 B; 2DHB A; 3A5G A; 3LR9 A; 1YZI B; 2FAM A; 1BZ1 A; 1Y4P A; 2BMM A; 1K1K A; 1XZU B; 1RQ4 B; 1SDL A; 1MBA A; 3S1J A; 1Y0W A; 1JZM A; 1XYE A; 1Y22 B; 1BIN A; 2QFK A; 3G4Q A; 2GKN A; 1A0Z A; 1G0A B; 1G08 A; 3ONZ A; 1DXT B; 3GDJ B; 2HHE A; 3AQ9 A; 2HZ2 A; 4O4Z A; 1XZ4 A; 2QMB B; 2ZSN A; 1Y31 A; 2R80 B; 3DUT B; 3GOU A; 1NEJ A; 2HHB A; 3OZU A; 3VRE A; 4ROL B; 3WCU A; 3QM8 A; 1Y4P B; 2MGJ A; 1NGK A; 1CH1 A; 1K1K B; 3GQR A; 1SDL B; 1GVH A; 3AQ8 A; 1VRE A; 1Y0W B; 1LFQ A; 1D8U A; 3MN0 A; 5JGG A; 1A3O A; 4HRR A; 1H97 A; 4F6G A; 3WCW A; 1BVD A; 1Y7Z A; 3M39 A; 1A0Z B; 2D5X A; 1J7S A; 2O5T X; 2ZS0 A; 3ONZ B; 1Y35 B; 2MYE A; 2HHE B; 1DO4 A; 1XZ4 B; 3WCP A; 1Y31 B; 3IC2 A; 1CG8 A; 2GTL C; 4FWY A; 5JDO F; 5CN6 A; 3GOU B; 1RSE A; 2D2M A; 2HHB B; 3PT7 A; 1CMY A; 3VRE B; 4PNJ A; 2VLX A; 1QXD A; 1SDK B; 1Y8K A; 2OHB A; 2ZSZ A; 1NPF A; 3AT6 B; 5EUI A; 1LFQ B; 2HZ3 A; 1CQX A; 1HGC A; 3G52 A; 4HBI A; 1A3O B; 1Y8H A; 4HRR B; 3QJD A; 3WTG B; 108M A; 1M9P B; 2GRZ A; 3WCW B; 1Y7Z B; 1BBB A; 3MJP A; 3S48 C; 1HGA A; 1V4X B; 2D5X B; 2NX0 A; 1WMU A; 1J7S B; 5JOM A; 2ZS0 B; 1Y8I A; 4WJG 1; 1NZ4 A; 1MKO A; 3ZJI A; 1RPS A; 1Y0C A; 3H58 A; 5CNG A; 3QQQ A; 4ODC A; 3WCP B; 5ILR A; 2VYY A; 3IC2 B; 1A01 A; 4VHB A; 4ROM A; 1CMY B; 3A5B A; 3PEL B; 3ZH0 A; 1O1L A; 3VAU A; 4NK2 A; 1U7S A; 1LFL B; 2W31 A; 3M3B A; 1W92 A; 3OO4 B; 2ZT4 A; 3LB1 A; 1FDH A; 5HY8 B; 1HAC A; 1HGC B; 4GZG A; 1Y8H B; 3QJD B; 4AVE A; 1MTJ A; 1NIH A; 1JP6 A; 3S66 B; 1BBB B; 3MJP B; 4HRT B; 1YIH A; 1WMU B; 4G51 B; 1Y8I B; 1VXA A; 2O5Q X; 1O1P A; 1C7C A; 1MKO B; 1ABY B; 1RPS B; 3UHQ A; 1Y0C B; 1WLA A; 4ODC B; 3UH7 A; 1THB A; 1Y83 A; 1MBD A; 5HLU A; 3UHW A; 4ROM B; 2MGF A; 1Y5F A; 3PI9 A; 2DN1 A; 4FWZ A; 4WJG A; 3QJE A; 1SPE A; 4TYX A; 1O1L B; 1OUT A; 5JDO E; 1MOC A; 1UT0 A; 1BJE A; 1HAC B; 4NI1 A; 3AQ5 A; 3O89 A; 2OHA A; 2MGA A; 3QMA A; 5KER A; 1XQ5 A; 1YIH B; 2BK9 A; 2ZSS A; 4B4Y A; 2ZSY A; 5KDQ A; 2IG3 A; 5CNB A; 1VXG A; 1C7C B; 1QPW A; 1DUK A; 1THB B; 1S5X A; 3BA2 A; 3UH3 A; 1FHJ B; 1IDR A; 1YIE A; 4MQC A; 3DHT A; 1VWT A; 3OZV A; 3QJE B; 2IN4 A; 1OR6 A; 1OUT B; 5D5R A; 4ILZ A; 1IWH B; 3UHC A; 5CN9 A; 1YE0 A; 1F63 A; 1OR4 A; 1EBC A; 109M A; 2YRS B; 2EVK A; 2Z85 A; 1FAW A; 1LUE A; 1Y0A B; 1YHU B; 5KER B; 2MGE A; 1XQ5 B; 5C6Y A; 2BW9 M; 1DUO A; 3HF4 A; 5KDQ B; 1LFY A; 5EYS A; 5HLQ A; 3GQG A; 1HHO B; 1YHR B; 1QPW B; 1J7Y A; 4O1T A; 2ZT3 A; 3QJB A; 1S5X B; 1GZX A; 1YIE B; 1YCB A; 1JF3 A; 3DHT B; 4HHB A; 1S5Y B; 1VWT B; 2QLS A; 1YH9 A; 3AQ6 A; 3HEP A; 2VYW A; 2B7H A; 1R1Y B; 4M4B A; 3ZJP A; 3A5A A; 2H35 A; 1A3N A; 2GTL D; 1MWC A; 1GLI A; 1N9F A; 2HBD A; 1FAW B; 3R0G A; 3BJ2 A; 4MQH B; 1MYG A; 1G0B B; 1VXB A; 3UHD A; 3K8B A; 2MGG A; 3GQG B; 4YU3 B; 2V1J A; 1J7Y B; 1MYF A; 1MLS A; 1JY7 A; 4O2G A; 3DHR A; 3MKB A; 4FC3 B; 3QM6 A; 3ARJ A; 2HZ1 A; 3QJB B; 1O16 A; 1J3Y A; 1JDO A; 3NL7 A; 4MQI A; 1UIW A; 1ASH A; 3G4R A; 2QLS B; 3CIU A; 1X46 A; 4F6I A; 1Y85 A; 2B7H B; 3OGB A; 4M4B B; 2G0R A; 2O5L X; 2H35 B; 1A3N B; 3ZJS A; 2W72 A; 1GDJ A; 1GBV B; 5CNF A; 1G9V A; 2RI4 A; 2HBD B; 1DWR A; 4M4A A; 104M A; 3ZJM A; 3S1I A; 3BJ2 B; 1YHU C; 1BZP A; 1HBA A; 1YGD B; 3K8B B; 1FSX B; 4DC8 A; 1V07 A; 5AZQ A; 2W6W A; 4MQJ A; 2FRK X; 3G46 A; 3DHR B; 3MKB B; 1BAB B; 1KFR A; 3KUO A; 2W6Y A; 4JAC A; 2ZFO A; 1JF4 A; 2H8D A; 4MQI B; 1JP8 A; 1UIW B; 3G53 A; 1RTX A; 1Y09 B; 1Y85 B; 2W6X A; 4DWU A; 2LH6 A; 2VRY A; 3UHI A; 2ZSO A; 1YMC A; 1Y7G A; 3RJ6 A; 5CN8 A; 1XXT A; 4NXC A; 1G9V B; 1V75 B; 5MBA A; 4M4A B; 1OFK A; 2DC3 A; 5M3S A; 3UHB A; 1A6K A; 4OF9 A; 1GDK A; 3UHG A; 3BCQ A; 1CQ2 A; 1BZ0 B; 2MGH A; 4LPI A; 2VLY A; 1Y46 A; 1RQA B; 1Q1F A; 2KSC A; 2OLP A; 2E2Y A; 4MQJ B; 2VM0 A; 3HEN A; 1CBM A; 1T1N A; 1DWS A; 4ESA A; 1IT2 A; 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3UBV A; 1I3D A; 2DHB B; 5F2A A; 1BZ1 B; 1H1X A; 3QM7 A; 1YHU D; 1B0B A; 1Y7C B; 1MOD A; 3UH6 A; 2EKT A; 3LQD A; 2R1H A; 5CNC A; 1XYE B; 4U8U C; 1CLS A; 1EBT A; 1G08 B; 3VRG A; 1GDI A; 5CN5 A; 3UI0 A; 2O5S X; 1VHB A; 1Y0D A; 2ZSX A; 2FRF A; 1NQP A; 1NEJ B; 1OFJ A; 1O1I A; 4B3W A; 1QXE A; 4H2L A; 1A9W E; 3WCU B; 1LFT A; 1DXV A; 1MLL A; 1BIJ A; 3GQR B; 3A2G A; 1GJN A; 3LQD B; 1ECN A; 2R1H B; 5EOH A; 5JGG B; 3ZOL A; 3ZHW A; 1BUW A; 4IRO A; 1QI8 A; 2NRL A; 1O1O A; 3LB3 A; 1F65 A; 1JL7 A; 1CLS B; 1G09 A; 4F69 A; 1LTW A; 2W6V A; 3GK9 A; 3RJN B; 3A0G A; 1Y0D B; 3IC0 A; 5F0B A; 1CG8 B; 3KMF C; 2LHB A; 4IT8 A; 1NQP B; 1YEU A; 2D2M B; 3PT7 B; 3ARL A; 1F5O A; 1MBI A; 3HC9 A; 1QXE B; 1UMO A; 1UC3 A; 1LFT B; 1QXD B; 1Y8K B; 1LJW A; 1BIJ B; 4XDI A; 1DO1 A; 3M38 A; 2D2N D; 5EUI B; 1V5H A; 3HYU A; 4F6J A; 2G0S A; 1O1J A; 2AUR A; 5CHR A; 1BUW B; 1YFF A; 4IRO B; 1MYH A; 1HGA B; 3UHV A; 1YVQ A; 6HBW A; 3QZZ A; 1CG5 A; 3D17 A; 1AJ9 A; 2W6V B; 3A0G B; 3EOK A; 1MBC A; 1A01 B; 5IKS A; 1ABW A; 4XS0 A; 2MB5 A; 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