The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| total genus |
63
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YG5 A; 1C7D A; 1HCO A; 1OR6 A; 1FAW A; 3QJB B; 1EBC A; 3UHX A; 2QLS B; 1MNI A; 3PT7 A; 1O1J B; 1A6G A; 4JYQ A; 1JL6 A; 6HBW A; 1LHS A; 4ODC A; 1HBR B; 2NSS A; 3UH3 A; 3G4U A; 3ZOM A; 1X3K A; 2BK9 A; 2AUQ A; 1CLS B; 1LTW A; 5HLQ A; 1Y83 B; 1YHR A; 1DO1 A; 2GL3 A; 4ILZ A; 1AZI A; 5CHR A; 1MGN A; 1K1K B; 3IA3 B; 3NG6 B; 1UIW B; 3OO4 B; 1BZ1 A; 1MLM A; 3A59 B; 1A0U A; 4F6B A; 3AG0 A; 1YH9 B; 1MLF A; 4FWY A; 1CG5 A; 2ZS0 A; 1CH5 A; 4QAU A; 1JF4 A; 1LFZ A; 4FC3 A; 2GNV A; 4MBA A; 1DXU A; 3E5I A; 1HGC A; 3WCT A; 1O1N B; 1Y7C A; 2D5X A; 5ILE A; 4NI0 B; 1Y4B A; 2YRS B; 1Y4G B; 2ZFB A; 4MQH A; 3KUO A; 1YIH B; 1ABS A; 1JEB B; 4N8T A; 4G1B A; 1Y7Z B; 1JZM A; 2VYZ A; 3FH9 B; 2D2N A; 1MLK A; 1BZ6 A; 5EU2 A; 5D5R A; 2D60 B; 4MQK B; 1ABW A; 1UVX A; 3GQG A; 1JP6 A; 1XZV B; 3RJN B; 1JY7 B; 2PEG A; 2DHB B; 2GTL D; 1XZU A; 1F65 A; 1THB A; 2PGH A; 3WTG B; 4HRT B; 1DXC A; 1M9P B; 1DWT A; 2RI4 B; 2FRI X; 3EU1 B; 2SPO A; 4ROL B; 1Q1F A; 4NI1 A; 1NXF A; 4FWZ A; 1CBM A; 4L7Y B; 3E5O A; 1A9W E; 2WTH A; 3KMF A; 1CMY B; 2Z6N A; 3V2V A; 2V1I A; 4MXK A; 4N7N A; 2G0Z A; 1URV A; 2ZLT B; 4JAC A; 4G51 A; 2V1F A; 1IBE B; 2D2M C; 3K8B B; 1JZK A; 1QSH A; 2OLP A; 1Z8U B; 1FLP A; 1A3O A; 2HZ1 A; 2MYA A; 2EVP A; 1GBU B; 3VRF B; 1CG8 A; 1Y09 A; 1J3Z A; 4MPM A; 5SW7 B; 4X0L B; 1LFV A; 3EOK B; 1C40 A; 1Y0T B; 1MNO A; 2HBS A; 3H58 A; 3PI9 A; 4DWT A; 4O35 A; 1YMA A; 2ZFO A; 3SDH A; 1RQ3 A; 3UH7 A; 5JGG A; 1LH5 A; 2DC3 A; 2QSS A; 1KD2 B; 1C7C B; 1OBM A; 4YU3 A; 1NEJ B; 4N7O B; 1J3F A; 1KR7 A; 1Y7D B; 3P5Q B; 4H0B A; 111M A; 1GDK A; 2GNW A; 1G08 A; 1XZ5 B; 2QMB A; 3GYS A; 3GKT A; 1Y8W B; 3UHD A; 1SHR A; 2G0R A; 1HBB A; 4HHB B; 1NS6 A; 3MJP A; 3AQ8 A; 3HC9 A; 1QSI A; 1YMC A; 1WLA A; 1ECN A; 2G0S A; 1LJW A; 3A9M A; 1NWN A; 1ECO A; 4PQC A; 1SI4 B; 3TLD A; 3NFE A; 1Y4Q A; 1FDH G; 4AVD A; 3GQP B; 1FSX B; 1Y8I B; 1JW8 A; 1YE0 B; 4F68 A; 1OUT B; 3NL7 B; 1J7W B; 5HY8 A; 1MOA A; 3UHV A; 1MWB A; 3BCQ B; 3S1I A; 2ZSS A; 1Y4V A; 4VHB A; 3M3B A; 1D8U A; 1J3Y B; 1AJ9 A; 3AQ7 A; 2AUP A; 3GQR B; 1R1X A; 2XYK A; 3WR1 A; 3ECX A; 1HBI A; 3SZK B; 1RTE A; 1Y0D A; 1DXV A; 2MHB A; 2VEE A; 2EB8 A; 1XY0 A; 3RJ6 A; 5MBA A; 1DXT B; 3HEN A; 1HBA A; 1Y0W B; 1JL7 A; 1A00 B; 2BW9 M; 5EET A; 3GDJ A; 1MBC A; 1VWT A; 2FRF A; 4FWX A; 1LH7 A; 1YEO A; 3S65 A; 1COH B; 1R1Y B; 3A5B A; 1QXE A; 3BA2 A; 3ECZ A; 1HBH A; 1DKE B; 5EQM A; 5CN5 A; 3WCU C; 2ZSR A; 4F6D A; 3CY5 A; 1YGF A; 3LQD A; 3GKV A; 1LFY B; 4NK2 A; 1XZ2 A; 5E6E B; 1Y7G A; 4H2L B; 3UBV A; 1V75 B; 4XS0 A; 3O7N A; 1A3N A; 1YVT B; 3ZJN A; 1K0Y A; 5KER B; 1S5Y A; 2H8F A; 2HBG A; 1IRC A; 1J52 A; 1PBX B; 3BJ2 B; 1S6A A; 4PNJ A; 5E29 B; 3WFU A; 2HBD B; 1Y2Z A; 4NXA A; 2H35 B; 1DLW A; 3LB3 A; 3UGY A; 1RQA A; 2CMM A; 2ZLX A; 3QQR A; 2Z85 A; 2IN4 A; 5JDO F; 5C6E A; 2D2M B; 3VRG B; 1QPW B; 2MYC A; 2HBF A; 2RAO B; 1TU9 A; 1HAC A; 3WCW D; 1XXT A; 1YCB A; 3SDN A; 3LHB A; 4BJA A; 1V4W B; 4F6I A; 1SPG A; 3QJE B; 5KKK A; 2LH1 A; 1RVW B; 3E4N A; 1YE2 A; 105M A; 1NS9 B; 5CNF A; 1V07 A; 1CH7 A; 2ZSZ A; 1BVD A; 3AQ9 A; 1OUU A; 3ED9 A; 4U8U B; 4SDH A; 1LA6 A; 2ZLV A; 2NRM A; 4UZV A; 1HDB B; 1A4F B; 3BJ3 B; 4MXL A; 1LH3 A; 1B86 B; 1RTX A; 1T1N B; 1Y85 B; 2IG3 A; 1BZ0 A; 2EKT A; 3UHB A; 3IC0 A; 2WTG A; 4MQJ B; 1OJ6 A; 1YEU B; 110M A; 1UC3 A; 3VRE A; 3UHY A; 2D2N C; 1XYE A; 1Y31 B; 3HHB B; 1G09 B; 1Y4R B; 1X9F B; 2VHB A; 1KFR A; 1X46 A; 3H57 A; 3ZJI A; 1CIK A; 2JHO A; 1UFP A; 1YDZ B; 1G0B B; 3WCP A; 1F5O A; 1YGD B; 1NZ2 A; 1BIJ A; 1YEV A; 4O4Z A; 1HAB A; 3DHT A; 2M6Z A; 1LH2 A; 1C7B A; 1MYI A; 1O1L A; 3K3U A; 3OZU A; 1RQ4 A; 1V4U B; 5F0B A; 3LB4 A; 5HU6 A; 1O1K A; 1VXC A; 4ROM A; 1ABY A; 2HHE A; 3MKB B; 3KMF C; 2MGL A; 2GLN A; 3B75 B; 1HDS B; 1MYG A; 5CN4 A; 2GTL A; 1EMY A; 2OHA A; 3O89 A; 1A9W A; 1MYM A; 1IWH A; 4N7P A; 2OH8 A; 4TWV A; 1GCV A; 2VEB A; 2LH5 A; 2LH3 A; 1O1M A; 4MQI A; 107M A; 3LR7 A; 3HXN A; 3ZJR A; 1DLY A; 1HLB A; 1BVC A; 1YHE B; 3WCU B; 3G4V A; 4HRR B; 5IKS A; 1HGA B; 3ODQ B; 3G4Q A; 1XZ4 A; 1UMO A; 3WHM B; 2ZFO C; 2ZSO A; 3OZW A; 1HBS B; 3VAU A; 3ONZ A; 1O1O B; 3DR9 A; 5E83 B; 3IC2 B; 1DWS A; 3OGB A; 2HBE B; 4NS2 A; 1HHO B; 2G0V A; 4F4O A; 1QXD B; 3PI8 B; 2DN3 A; 1YG5 B; 1C7D B; 1HCO B; 1FAW B; 1IT2 A; 2ZT1 A; 3WCV D; 5CMV A; 1NZ5 A; 3G4Y A; 3PT7 B; 1VXA A; 6HBW B; 2V1K A; 4ODC B; 2FRK X; 1YZI A; 1Y0C A; 1S5X A; 3HEO A; 1YEN A; 1J7S A; 2HBC A; 1YHR B; 1IRD A; 3UH5 A; 1S61 A; 4LPI A; 2W72 C; 2AA1 A; 3TM9 A; 2AV0 A; 2D5Z A; 4TYX A; 2BLJ M; 1BZ1 B; 1A0U B; 2VYW A; 3PIA A; 1CG5 B; 2ZS0 B; 3ZJH A; 1HDA A; 3TM3 A; 4UUR A; 1A6M A; 2G3H A; 2GKM A; 1LFZ B; 4FC3 B; 5HLX A; 3QJC A; 1W92 A; 1DXU B; 1MNH A; 1HGC B; 3WCT B; 2ZLU A; 1Y7C B; 2D5X B; 2MB5 A; 1ECA A; 1SPE A; 2QSP A; 1UT0 A; 1Y4B B; 2ZFB B; 4MQH B; 3QM8 A; 4M4B A; 5EV5 A; 1QI8 A; 5ILR A; 4N8T B; 3GOU A; 3VHB A; 2OIF A; 2VLX A; 5CNG A; 3E55 A; 1MLU A; 1Y45 A; 2D2N B; 2AV3 A; 3DHR A; 2GKN A; 5M3S A; 1IT3 A; 1ABW B; 4KJT A; 2MYE A; 1LFQ A; 3G46 A; 1NZ3 A; 3GQG B; 1YHU D; 2PEG B; 1JDO A; 4HSW A; 3K9Z A; 1A0Z A; 1XZU B; 1G9V A; 1NPG A; 2W6W A; 2ZSP A; 1THB B; 1CBL A; 3ARL A; 2LH7 A; 2PGH B; 3UBC A; 3OO5 A; 2V1J A; 2MGK A; 1HLM A; 2MGE A; 3PI3 A; 4NI1 B; 4IT8 A; 2MGA A; 1DWR A; 3MYM A; 4WCH D; 1MBO A; 1SDK A; 2Z6N B; 3S66 A; 3UHK A; 4N7N B; 1EW6 A; 3UHW A; 2HHB A; 2BMM A; 3D7O A; 4G51 B; 1QSH B; 3D17 A; 2DXM A; 1BBB A; 1A01 A; 1A3O B; 2SPN A; 1YVQ A; 1CG8 B; 1Y09 B; 1J3Z B; 1GVH A; 3OVU C; 101M A; 1LFV B; 2R4X A; 1BUW A; 1O1P A; 1C40 B; 2HBS B; 4ESA A; 3PI9 B; 1YFF A; 2ZFO B; 1RQ3 B; 5JGG B; 4M4A A; 1MLG A; 2QU0 A; 3CIU A; 2QSS B; 4YU3 B; 4MU5 A; 1F5P A; 2BWH A; 5ILM A; 3WCW A; 1VXF A; 1MBA A; 4NK1 A; 1G08 B; 1EWA A; 2QMB B; 3FS4 A; 3GYS B; 1SHR B; 1LH6 A; 1HBB B; 1NS6 B; 3MJP B; 3PT8 A; 4IRO A; 1QSI B; 4O4T A; 3R0G A; 1LJW B; 3WFW A; 2W6V A; 1GDL A; 5EE4 D; 3WFT A; 1MKO A; 1Y46 A; 3G52 A; 1H1X A; 1YOG A; 1GLI A; 1Y5K A; 3LR9 A; 3NFE B; 5CN7 A; 3UHN A; 1Y4Q B; 1A6N A; 2V1E A; 1MLR A; 1HGB A; 1DTM A; 1Y35 A; 2W72 A; 2NX0 A; 4NZI A; 1FCS A; 2DN2 A; 1JP8 A; 1RPS A; 1N9H A; 1V4X A; 1VXE A; 4AVE A; 5HY8 B; 1MBN A; 2G12 A; 1Y4V B; 1JWN A; 2ZSX A; 3KUN A; 3ZJQ A; 4NXC A; 1AJ9 B; 1R1X B; 3WR1 B; 2W6X A; 1BZP A; 2DN1 A; 1Y0D B; 5KDQ A; 1DXV B; 2MHB B; 1LFT A; 1MYJ A; 1XY0 B; 2O5B X; 1DO4 A; 3EDA A; 2GTL C; 3AT5 A; 1UVY A; 3ASE A; 1HBA B; 1Y5J A; 2MGJ A; 3GDJ B; 1VWT B; 3RGK A; 1U7S A; 1ASH A; 3MOU A; 1YEO B; 3S65 B; 5EUI A; 1GDJ A; 5D1V A; 1QXE B; 1HSY A; 3G53 A; 1HBH B; 2O5T X; 3CY5 B; 1LFL A; 1YGF B; 3LQD B; 3GKV B; 1HBG A; 1XZ2 B; 2G0X A; 1Y7G B; 5CN6 A; 3UH6 A; 4XS0 B; 1A3N B; 2O5O X; 5AZR A; 3QMA A; 3BJ1 A; 4MQG A; 1K0Y B; 1GZX A; 4YU4 A; 1S5Y B; 2H8F B; 2MGD A; 3ORD A; 4OF9 A; 2W31 A; 1J7Y A; 1Y2Z B; 4HSX A; 1RQA B; 4HBI A; 2ZLX B; 5C6E B; 2HBF B; 1YMB A; 1Y4F A; 2EF2 A; 1HAC B; 1XXT B; 3UHR A; 5C6Y A; 1UFJ A; 1DM1 A; 4WJG 1; 1ECD A; 1VRE A; 1PMB A; 4FH6 A; 1MTI A; 1SPG B; 3ZJJ A; 1YE2 B; 2R4W A; 3AT6 A; 5HAV A; 3PI1 A; 3NMM A; 3WCV A; 5B85 A; 1OUU B; 3S1J A; 2R4Y A; 1LA6 B; 2ZLV B; 3A0G A; 1J40 A; 4KMW A; 2D6C A; 4MAX A; 2ZLW A; 1MBS A; 3MVC A; 2QRW A; 3PEL A; 1FDH A; 1BZZ A; 1GCW A; 1MDN A; 3MYN A; 1BZ0 B; 2ZWJ A; 3HYU A; 2R1H A; 3G4R A; 5AB8 A; 1J41 A; 2R4Z A; 3IC0 B; 2HCO A; 3QJD A; 3VRE B; 3HRW A; 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5CN8 A; 4MBN A; 1JF3 A; 3UHG A; 2VLZ A; 1N9F A; 2GDM A; 1HRM A; 1BAB A; 1MLS A; 2LHB A; 1YZI B; 1MOD A; 1Y0C B; 1S5X B; 1YEN B; 3A5G A; 1J7S B; 2D2M D; 2QFN A; 1WMU A; 4B3W A; 2HBC B; 4C0N A; 1IRD B; 2AA1 B; 2D5Z B; 2ZST A; 5CN9 A; 3D1K A; 3MN0 A; 3PIA B; 1MBD A; 3QJB A; 1URY A; 1HDA B; 2ZT4 A; 1MOH A; 2QLS A; 2FRJ X; 2ZSY A; 1O1J A; 5JDO D; 4U8U D; 2ZT3 A; 3QJC B; 1HBR A; 1NZ4 A; 2ZLU B; 3PI2 A; 2QSP B; 3ARK A; 1CLS A; 4M4B B; 1QI8 B; 1CH1 A; 1Y83 A; 2R50 A; 1MBI A; 2FAL A; 3GOU B; 2QFK A; 5JDO E; 1Y45 B; 1MTK A; 3ZJS A; 1K1K A; 3DHR B; 1DUK A; 3NG6 A; 1UIW A; 4UIQ A; 2LH6 A; 3OO4 A; 3A59 A; 3UHQ A; 1YH9 A; 2W6Y A; 1WVP A; 1Y01 B; 1JZL A; 1X9F D; 3AQ5 A; 2C0K A; 1LFQ B; 1CO9 A; 1LUE A; 3UHT A; 1A0Z B; 1G9V B; 2HZ3 A; 1O1N A; 3ZHW A; 4NI0 A; 2YRS A; 1Y4G A; 1UX8 A; 2VLY A; 3ZJP A; 1YIH A; 1JEB A; 3LB1 A; 3OO5 B; 2ZS1 D; 4ZVA A; 1Y7Z A; 1DO3 A; 5JOM A; 3EDB A; 3FH9 A; 1MNJ A; 4DWU A; 1M6M A; 1CH4 A; 2NRL A; 1SDK B; 2MYD A; 3S66 B; 4F6F A; 2D60 A; 4MQK A; 3G4W A; 4KMV A; 4ZVB A; 2HHB B; 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