The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Refined crystal structure of deoxyhemoglobin S. I. Restrained least-squares refinement at 3.0-A resolution.
pubmed rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
HEMOGLOBIN S (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
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| total genus |
32
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C, E, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1982-06-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HBF A; 1SPG A; 3UBV A; 1CG8 B; 4NI1 B; 5F0B A; 3A0G A; 1VWT A; 3PI9 B; 2YRS B; 1Y5J B; 1Y4F A; 3D17 B; 2QMB A; 2VM0 A; 2XKG A; 1SHR B; 1V5H A; 1Y8W B; 3ECX A; 4WCH D; 2MYD A; 1Y85 A; 1UVX A; 3VHB A; 1MTJ A; 1Y4G B; 3HC9 A; 3ZJN A; 2MGB A; 3O7N A; 1C7B A; 1CQ2 A; 112M A; 1OUT A; 3BJ2 A; 1HBH B; 1K0Y A; 2VYW A; 2PEG B; 1THB A; 1DXD A; 1MWB A; 1YIH A; 4G51 B; 1LFL A; 1HBB B; 3PI2 A; 1VRF A; 3WFX A; 1LFY A; 5JDO E; 5CNG A; 4G1V A; 3GK9 A; 1UT0 A; 1RVW B; 3HHB A; 1BUW A; 4NS2 A; 2ZFO B; 1Y2Z A; 2ZFO C; 1JZM A; 1MLF A; 3EDA A; 1LFT A; 1A9W A; 5D5R A; 1J7W B; 1QSH A; 1CBM A; 1NZ4 A; 3KUN A; 1YEQ A; 3GDJ B; 5AZQ A; 1Y09 B; 4MXL A; 4N7P B; 3VRF A; 1BZ0 A; 3G4V A; 1COH B; 5EUI A; 1UFP A; 1JZL A; 1Y4B A; 1ABW A; 2ZT2 A; 1DWT A; 2SPO A; 111M A; 1RQ3 A; 2ZT3 A; 1OUU B; 3QM9 A; 6HBW B; 4KJT A; 5CN7 A; 1RTX A; 2W72 A; 3HEN A; 1NS9 B; 3GKV A; 4HRT B; 3DUT B; 3GQP A; 3OZV A; 3ZH0 A; 1DKE B; 2MGC A; 1VXF A; 3BCQ A; 3OJ1 A; 3R5I B; 1JW8 A; 2ZLT A; 4NXC A; 4FH6 A; 1JP6 A; 3ZJS A; 103M A; 4G1B A; 5HLQ A; 3OZW A; 5JGG A; 1GJN A; 1LFQ A; 2MYB A; 1BAB B; 4N7N B; 4H0B A; 1S0H B; 4L7Y B; 5EQM A; 1AJ9 B; 1M6M A; 1F5O A; 3ZJR A; 1Y22 A; 3S66 B; 2Z6S A; 3B75 A; 4HHB B; 1CG5 B; 3LHB A; 1KD2 A; 3A59 A; 2H8F B; 4H2L A; 1Y8I A; 1EMY A; 3CY5 A; 3PI1 A; 2MGM A; 1Y4R B; 1YMC A; 4PQ6 A; 1YDZ B; 1URV A; 3WTG A; 3NL7 B; 3ODQ B; 4YU4 A; 2VRY A; 2ZFB B; 1JF4 A; 3UHQ A; 2G0X A; 5E29 A; 1MOC A; 1S5X B; 2GRZ A; 5KDQ A; 2QLS B; 1VXB A; 3BJ1 B; 2VLZ A; 1YE0 A; 4MPM A; 2QSP A; 3UHT A; 4N7O B; 1MYG A; 1JZK A; 1UC3 A; 2XYK A; 4F4O A; 1S61 A; 4O4T A; 2HBD A; 2ZFO D; 1S56 A; 2Z8A A; 4MQC A; 1LTW A; 4UZV A; 1DXU A; 5ILR A; 1IWH B; 1EWA A; 3PT8 A; 3MJU A; 5EYS A; 3M39 A; 4MXK A; 3UI0 A; 4MQI B; 2DN3 A; 3EU1 A; 2DXM B; 3FH9 A; 4HRR A; 1F5P A; 1YZI A; 4B3W A; 1ECD A; 4GZG A; 1I3D A; 1GCV B; 5B84 A; 1Y8K B; 3QMA A; 1Y5F B; 1GZX A; 3QJC A; 1A3O B; 2GNV A; 1VXH A; 1YVT A; 2ZS1 B; 5AZR A; 4MQH B; 3WCW B; 1LUE A; 2ZS1 C; 1Y7G A; 3WCW C; 1Y8H B; 4NI0 B; 1WMU B; 1UMO A; 2ZLX B; 3HEP A; 4TYX A; 1ECA A; 3A2G A; 1W92 A; 4YU3 B; 1YIE B; 2ZLV B; 1YG5 A; 1G09 B; 2MYC A; 1MLG A; 3UHV A; 2FAM A; 3WCT A; 5JDO C; 2SPM A; 1Y31 B; 1HCO B; 1Y83 A; 1LA6 B; 1O1N B; 2R1H A; 1O1O B; 1J3Z B; 1NQP B; 1HV4 A; 5MBA A; 1XZU A; 1XZ2 B; 2AUR A; 1XYE B; 3ONZ A; 1DLY A; 5E83 B; 3GQG B; 1X9F D; 1J3F A; 4LPI A; 2ZLW A; 4ESA B; 2GLN A; 3QM5 A; 2MGK A; 4DC7 A; 1GDJ A; 1UIW A; 2DN2 A; 4H07 A; 2QU0 A; 4U8U B; 4QAU A; 1LHT A; 1A3N B; 4U8U C; 3VRG A; 3UH3 A; 2FRI X; 3DR9 A; 2FRJ X; 3P5Q B; 1RQ4 A; 3W4U A; 1A0Z B; 5KER B; 3IC0 A; 1M9P A; 1G0B A; 1OR4 A; 3UH5 A; 4NZI A; 1JL7 A; 5HY8 B; 1QXD B; 2AV3 A; 2HBG A; 2D2N B; 1CPW A; 1HLM A; 1MLU A; 102M A; 1ABY A; 3NG6 B; 2D2N C; 1HBS B; 2B7H B; 3GQR B; 2BK9 A; 1HGC B; 3M3A A; 3OK5 A; 1MYT A; 2MGE A; 3H57 A; 1NXF A; 1CH5 A; 1BZZ A; 3K9Z A; 1Y0W A; 1MKO A; 1NS6 A; 1MYZ A; 3QJD B; 2HCO A; 2MGD A; 1CH3 A; 3AQ6 A; 3LB4 A; 3S65 B; 1G0A A; 3PT7 B; 3DHR B; 1Y0D A; 3K3U A; 1LFV A; 2ZS1 D; 3WCW D; 4MQJ A; 1JDO A; 1MOD A; 3BJ3 A; 3G4U A; 5EOH A; 2EB8 A; 2QSS A; 3G52 A; 1PBX B; 3D7O A; 1CLS A; 2M6Z A; 3HXN A; 1IBE B; 1BVC A; 1CIO A; 2CMM A; 3ASE A; 4FWY A; 2D5X A; 4MQG A; 2G0Z A; 5JDO D; 3RJN B; 1T1N A; 3E5I A; 1JY7 A; 2ZSR A; 1YE2 B; 2RI4 B; 1CG8 A; 1N9H A; 2MGL A; 4NI1 A; 4XDI A; 1O1I B; 1Y5K B; 2YRS A; 1Y5J A; 2H8D B; 3D17 A; 3WCP B; 1HDA B; 1YHR B; 2C0K A; 3ARK A; 4ODC A; 1FAW B; 1Y8W A; 4UUR A; 2LHB A; 1BZR A; 2W6X A; 1G9V B; 2HHB B; 1Y4G A; 1YH9 B; 6HBI A; 3A5B A; 4XS0 B; 2Z6N B; 2ZSQ A; 1JP9 A; 5CNC A; 1MBD A; 4U8U D; 3AT6 B; 1D8U A; 2VHB A; 1HHO B; 3S48 C; 1GDI A; 4DC8 A; 2PEG A; 3PEL A; 4G51 A; 1XZ5 B; 1HBB A; 1WLA A; 1NGK A; 3UHH A; 1MLR A; 1IT3 A; 1RVW A; 2DN1 B; 2PGH B; 1MYF A; 3QQQ A; 5ILM A; 1AJH A; 2ZFO A; 5EET A; 109M A; 4F69 A; 3OZU A; 1CO9 A; 3PI4 A; 2O5L X; 3D1K B; 1YEN B; 1HBG A; 5EE4 C; 1V07 A; 3CIU B; 1VXE A; 1XZV B; 2R4W A; 1Y09 A; 4N7P A; 5CN8 A; 1COH A; 1GBU B; 1S5Y B; 1J7Y B; 3ZJQ A; 3ARJ A; 1C40 B; 4O35 A; 3G4W A; 2NSR A; 4MBA A; 1Y7C B; 1MNH A; 1QSI B; 1MOB A; 1SI4 B; 3UHY A; 2ZS0 B; 1NZ5 A; 6HBW A; 3O89 A; 1LFZ B; 1CBL A; 2ZS0 C; 1NS9 A; 4FC3 B; 1IDR A; 4F6I A; 4F6J A; 3DUT A; 1MBS A; 1U7R A; 2BLH A; 2BLI A; 1MCY A; 3WFW A; 2G0V A; 1DKE A; 1A01 B; 2IN4 A; 3OGB A; 1QXE B; 1BZ1 A; 4JYQ A; 2XKI A; 1CP0 A; 5IKS A; 3R5I A; 2HHD B; 4IRO A; 3UHX A; 3HRW A; 1YHE B; 3LQD B; 2H35 B; 1Y45 B; 2BLJ M; 1DXT A; 2DHB A; 5JDO F; 3UHB A; 1BAB A; 4N7N A; 2D5Z B; 1MLS A; 3KMF C; 1S0H A; 1X9F A; 4L7Y A; 1H1X A; 1AJ9 A; 1XZ4 B; 2LH6 A; 2SPL A; 1BZP A; 3S66 A; 1HAC B; 3D4X B; 1BIJ B; 4O4Z A; 4HHB A; 1A00 B; 3PI8 B; 1CG5 A; 2VLY A; 2H8F A; 3QM8 A; 1JPB A; 1QI8 B; 2XKH A; 1Y4R A; 1O1J B; 1CMY B; 1FN3 B; 3ARL A; 3ZJH A; 4X0L A; 1YMA A; 5EYJ A; 1HSY A; 1CIK A; 1SPG B; 3SZK B; 3EOK B; 2ZFB A; 1MYI A; 2OIF A; 1HAB B; 3A0G B; 5F2A A; 1MLH A; 1K1K B; 1S5X A; 5KKK A; 2QLS A; 3BJ1 A; 4PQC A; 1A4F A; 1B0B A; 1Y4P B; 4N7O A; 1MNO A; 1AJG A; 3UBC A; 2AA1 B; 1EBC A; 2GRF A; 4ZVB A; 1N9F A; 1N9I A; 3E55 A; 1IWH A; 2O5T X; 3WFU A; 3ZJP A; 2W6Y A; 1MNK A; 4ROL B; 4MQI A; 4FH7 A; 2DXM A; 3BJ2 B; 5CN4 A; 2G12 A; 1HGA A; 1NEJ A; 3G53 A; 1YFF B; 3PIA B; 1DTI A; 1MLL A; 1THB B; 2D6C A; 1YIH B; 1VXC A; 1GCV A; 1Y8K A; 1O1M A; 1HBA B; 1LFY B; 1A3O A; 1MLQ A; 1Y0A A; 3A5A A; 104M A; 1TES A; 1DO3 A; 2ZS1 A; 1I3E A; 4MQH A; 2GKN A; 2EVP A; 3WCW A; 4N8T B; 1IRC A; 4F6B A; 2G14 A; 1IRD B; 1MWC A; 1A6K A; 3AT5 B; 3IA3 B; 3UHS A; 1WMU A; 2HBC B; 1OJ6 A; 1LH3 A; 2ZLX A; 4YU3 A; 1YIE A; 2ZLV A; 1G09 A; 1HGB B; 1DXC A; 4NK1 A; 3R0G A; 1BZ0 B; 1Y46 A; 1XY0 A; 5ILP A; 3ZJJ A; 5AB8 A; 1XZ7 A; 1SWM A; 2V1J A; 1HCO A; 1Y4B B; 1LA6 A; 3AQ7 A; 3QJB B; 3AQ5 A; 3FS4 B; 1IOP A; 1O1N A; 1FHJ B; 1O16 A; 2SPN A; 1O1O A; 1J3Z A; 2V1I A; 3WHM B; 3GYS B; 1DTM A; 3V2Z A; 4F68 A; 1XZ2 A; 1YVQ B; 1XYE A; 1HJT A; 1S6A A; 3UHK A; 2FRK X; 3HEO A; 5E83 A; 3GQG A; 1YEU B; 1JF3 A; 4ESA A; 2Z6T A; 2MHB A; 2V1H A; 4FWX A; 1MLN A; 1U7S A; 3HF4 B; 4M4A B; 1XCH A; 4PQB A; 4KN3 A; 1NPG A; 2E2Y A; 4U8U A; 2GDM A; 3MYM A; 1SPE A; 1Z8U B; 2ZSP A; 4DWT A; 2ZSX A; 4MU5 A; 1A3N A; 3UHG A; 3QM7 A; 5JGG B; 2ZT4 A; 1FDH A; 3MJP A; 2HHE A; 3P5Q A; 2BW9 M; 1ABS A; 5C6Y A; 1HBR A; 1F63 A; 1HDB B; 2WTH A; 1O1K B; 1A0Z A; 5KER A; 1X3K A; 4TWU A; 3QZX A; 1BZ6 A; 4MBN A; 1CH4 A; 4BJA A; 1V75 B; 5CMV A; 3G4Y A; 1R1X B; 3MKB A; 3MN0 A; 1NIH B; 1VXA A; 1CO8 A; 3DHT A; 3WCU B; 3NG6 A; 1HBS A; 2B7H A; 3GQR A; 3WTG B; 3WCU C; 3GOU A; 3VAU A; 1Y0C B; 1HGC A; 3WCV B; 4YU4 B; 3WCV C; 1UFJ A; 1Y4V B; 1Y0T B; 1MBO A; 1A6N A; 2GKM A; 1J41 B; 5KDQ B; 1NAZ A; 3QJD A; 3S65 A; 3PT7 A; 1KFR A; 1GLI B; 4F4O B; 1GCW B; 1UX9 A; 2NX0 A; 1DXU B; 1C7C B; 3VRE B; 3FH9 B; 1VXG A; 5MBN A; 3A9M A; 1HLB A; 1GDL A; 1V4U A; 2O5B X; 1HDS B; 4MAX A; 1NWI A; 1FSL A; 1A0U A; 1FLP A; 2RI4 A; 3M3B A; 1YGD B; 2RAO B; 3ORD A; 3V2V A; 2ZLU B; 1DUK A; 1Y5K A; 4MQK B; 1RQA A; 1Y7G B; 3E4N A; 5E6E B; 4M4B B; 1HDA A; 1MLK A; 1MWD A; 2R4Y A; 1OFJ A; 3OO4 B; 1FAW A; 1RPS B; 1MBC A; 3QJE B; 1JP8 A; 3WCT B; 3TLD A; 2HHB A; 1MOA A; 1YH9 A; 3HYU B; 1A6G A; 3WCT C; 4XS0 A; 2Z6N A; 2O5S X; 1Y35 A; 4F6F A; 3AT6 A; 2ZSY A; 1HHO A; 5CN9 A; 2BWH A; 2FAL A; 2BKM A; 5CND A; 1V4X B; 2MYE A; 5HU6 B; 1J52 A; 1MLO A; 1MOH A; 2DN1 A; 2MGH A; 3EDB A; 1ITH A; 1YEO B; 1WVP A; 2BMM A; 1UVY A; 2MBW A; 2MGF A; 1SDK B; 1QPW A; 2DN2 B; 3D1K A; 3WCU D; 3S1J A; 1MYJ A; 2MB5 A; 4PNJ A; 3CIU A; 5EU2 A; 1XZV A; 3VRG B; 5CNF A; 1Y7D B; 3WCV D; 2R80 B; 1J7Y A; 1C40 A; 3PI9 A; 2HBS B; 1Y7Z B; 1Y7C A; 1QSI A; 5C6E B; 1Q1F A; 1R1Y B; 2W6V B; 3NMM B; 5JOM A; 3IC0 B; 1G0B B; 1SHR A; 1GBV B; 1SI4 A; 1BBB B; 1VXD A; 1B86 B; 1J3Y B; 1DWS A; 106M A; 1LFZ A; 4FC3 A; 3UHI A; 3M38 A; 4ZVA A; 3AQ8 A; 1HBH A; 1CQX A; 1L2K A; 1A9W E; 2LH1 A; 2HHD A; 2DC3 A; 1OR6 A; 1JEB B; 1BZZ B; 1MKO B; 2HCO B; 3H58 A; 3LQD A; 2H35 A; 3WFT A; 1Y0D B; 4ROM B; 3SDN A; 2D2N D; 1MGN A; 1J7W A; 1HAC A; 3D1A B; 1BIJ A; 1X46 A; 1A00 A; 1YGF B; 3HXN B; 2M6Z B; 1M6C A; 2D60 B; 3GDJ A; 1F65 A; 1MLM A; 1QI8 A; 1DO4 A; 1CMY A; 1YEV B; 1FN3 A; 1JY7 B; 2VYZ A; 3WR1 B; 1GDK A; 3SZK A; 3EOK A; 1RSE A; 1J40 B; 2LH2 A; 1SDL B; 4KMW A; 3BOM B; 1HAB A; 1C7D B; 4DWU A; 1OUU A; 2HBE B; 1O1P B; 3NFE B; 1K1K A; 2WTG A; 2AUO A; 4HRT A; 1DXV B; 2AUQ A; 2VLX A; 2GTL B; 4ODC B; 3OO5 B; 3ECL A; 1Y4P A; 2MGJ A; 3ZHW A; 2GTL C; 3MVC A; 2AA1 A; 1XXT B; 3UHN A; 2Z85 A; 3ZJI A; 1LJW B; 4ROL A; 1V9Q A; 3K8B B; 1LH5 A; 4FWZ A; 1V4W B; 1YFF A; 7HBI A; 5SW7 B; 3TM9 A; 3PIA A; 3PEL B; 3ZJO A; 1EW6 A; 1DO1 A; 2D2M B; 1J7S B; 110M A; 2G11 A; 1HBA A; 2D2M C; 2NRM A; 1FSX B; 5HLX A; 1G08 B; 5CN6 A; 3IC2 B; 3UHU A; 1CH2 A; 4F6D A; 4HSX A; 2QFK A; 3ECZ A; 2HZ2 A; 1LH6 A; 2O5Q X; 4N8T A; 1YHU B; 1O1L B; 1Y4Q B; 1IRD A; 1XQ5 B; 1YHU C; 3AT5 A; 3GLN A; 1CH1 A; 1Y01 B; 1YDZ A; 4AVE A; 1NPF A; 4C0N A; 2HBC A; 4UIQ A; 3UGZ A; 2R50 A; 3NL7 A; 4WJG 1; 4B4Y A; 3ODQ A; 1HBI A; 2OH9 A; 2HBF B; 2MYA A; 108M A; 1YOH A; 2LH7 A; 1HGB A; 1RTE A; 3G4Q A; 3LR7 A; 1MTI A; 1VWT B; 1ASH A; 1LH1 A; 1Y4F B; 3GKT A; 2QMB B; 3UH6 A; 3QJB A; 1MBA A; 3FS4 A; 1FHJ A; 3WHM A; 3GYS A; 1MNI A; 1LHS A; 1Y85 B; 1KR7 A; 1YVQ A; 2G0S A; 1YEU A; 5D1V A; 4AVD A; 1C7B B; 5EE4 D; 1CH9 A; 1OUT B; 4ILZ A; 2O5O X; 1BZ1 B; 1K0Y B; 4SDH A; 4F6G A; 3HF4 A; 3ED9 A; 1N9X A; 2ZSZ A; 1PMB A; 3UGY A; 4M4A A; 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