The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
148
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structure length |
148
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Chain Sequence |
NSFLQDVPYWMLQNRSEYITQGVDSSHIVDGKKTEEIEKIATKRATIRVAQNIVHKLKEAYLSKTNRIKQKITNEMFIQMTQPIYDSLMNVDRLGIYINPNNEEVFALVRARGFDKDALSEGLHKMSLDNQAVSILVAKVEEIFKDSV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of TNF-alpha-Inducing Protein from Helicobacter Pylori in Active Form Reveals the Intrinsic Molecular Flexibility for Unique DNA-Binding
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TIP-alpha
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Helicobacter pylori
|
| total genus |
48
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| structure length |
148
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| sequence length |
148
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-01-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16753 | Tipalpha | TNF-alpha-Inducing protein of Helicobacter |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globin-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WCR A; 3VNC A; 3GUQ A; 2WCQ A; 3GIO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MLH A; 1YE0 B; 2HCO B; 2O5Q X; 1HAC A; 3WI8 A; 3G4R A; 1J41 B; 1HDA B; 1HAC B; 2SPM A; 1LTW A; 1A4F A; 3FS4 A; 1V07 A; 1A4F B; 3FS4 B; 1EMY A; 1CBM A; 1RQA A; 1RQA B; 1VWT B; 2O5L X; 3OJ1 A; 1V4W A; 2V1I A; 3SDH A; 1B0B A; 4MXK A; 1VXA A; 1GZX A; 1X9F D; 3R0G A; 2LH3 A; 1Y4G A; 1Y4G B; 4ODC B; 3FEW X; 1LFY A; 1HHO A; 1CG8 A; 1LFY B; 3VHB A; 4PNJ A; 2IG3 A; 1Y7D B; 2O5S X; 1GBU A; 1I7Y A; 1GBU B; 1YH9 A; 3GKT A; 1RSE A; 2VML B; 1HHS A; 1YH9 B; 4PQC A; 1V9Q A; 2EF2 A; 3UHX A; 1HBS B; 5AB8 A; 1C7D B; 3OO5 B; 1HDS B; 3M38 A; 1CQX A; 3UBC A; 4N6S A; 1VXE A; 4N6S B; 3PT7 A; 3AT5 B; 3M3A A; 1UVI A; 1J3Z A; 5CN4 A; 1GCV A; 1GCV B; 2QSS A; 1XZ7 A; 2QSS B; 3RQR A; 1N9H A; 1MCY A; 106M A; 4ESA A; 4ESA B; 1DXU A; 1DXU B; 1Y0W A; 1Y01 B; 3A5G A; 1MYF A; 1T1N A; 2D2N D; 1YHE A; 1JW8 A; 3WTG A; 1YHE B; 1Y7C A; 1CPC A; 2MGJ A; 3WTG B; 1DXT A; 4YU4 A; 4A8K A; 1Y7C B; 1CPC B; 1C40 A; 3G52 A; 1DXT B; 4YU4 B; 2ZFO C; 3ECZ A; 5HAV A; 5E29 A; 2ZS1 C; 5E29 B; 1VXB A; 5HLQ A; 2EB8 A; 2V8A B; 2X49 A; 3WR1 A; 2GRZ A; 3WR1 B; 3P5Q A; 2LH2 A; 2H35 A; 2H35 B; 3A0G B; 4XS0 A; 1R1Y A; 1ABW A; 2D5Z A; 4HSX A; 4XS0 B; 1R1Y B; 2D5Z B; 1YOI A; 2Z6N A; 4MAX A; 1JBO B; 3ARK A; 4LPI A; 1LFT A; 3SDN A; 3QJD A; 1LFT B; 5JOM A; 1HA7 B; 2D60 A; 1LHS A; 2HHB A; 4SDH A; 2D60 B; 1HRM A; 5JDO E; 2HHB B; 2BLJ M; 4MXL A; 3KUN A; 1G9V A; 3A9M A; 1S5X A; 4F6J A; 1ECD A; 1DLY A; 4N7O A; 3PI9 A; 1GDL A; 4N7O B; 3PI9 B; 1YIE A; 4YJJ A; 4Q70 A; 1Y8I B; 2G10 A; 4YJJ B; 4Q70 B; 4FWX A; 3ARJ A; 1HDB A; 1JL7 A; 5CNB A; 1YIH A; 3K3U A; 1BAB B; 1MBI A; 2MGI A; 1O1I A; 2BV8 B; 3R5I A; 4BJU A; 4UZV A; 2QU0 B; 1EW6 A; 3O18 A; 3NG6 A; 4GXE A; 3NG6 B; 1MOB A; 2VJH A; 4GXE B; 2AV3 A; 3UGY A; 3CIU B; 1ALL A; 1NQP B; 1ALL B; 2V1F A; 2Z6T A; 5D1V A; 4GZG A; 1HGC A; 1BIJ A; 4F6I A; 1HGC B; 3ECL A; 1MYG A; 1JL6 A; 1PBX A; 3ED9 A; 5HBI A; 1PBX B; 1HBA B; 1LH5 A; 1MTK A; 2MGD A; 4MU5 A; 1NZ5 A; 2C7K A; 1D8U A; 1SDK A; 2C7K B; 1BZR A; 1SDK B; 4O2G A; 1N9F A; 4F6F A; 3HEO A; 3UHN A; 1YG5 A; 4HRT B; 1YG5 B; 5B13 A; 1IT2 A; 4BJA A; 2GL3 A; 3BJ2 A; 1YE2 A; 1KFR A; 3BJ2 B; 1NWI A; 2ZFO D; 1DXV A; 2DKD A; 2NRL A; 1GLI B; 3SZK A; 1DXV B; 2ZS1 D; 3SZK B; 1J3Y B; 3DHT A; 1CH1 A; 1WAC A; 3DHT B; 3GYS A; 1CP5 A; 3GYS B; 2GTL A; 2W6X A; 2PEG A; 1OUU B; 1F5P A; 2GTL B; 2PEG B; 4WJG 1; 1UFP A; 3MYM A; 1A01 A; 1RQ4 A; 3VRG A; 1LFV A; 1RQ4 B; 3ZHW A; 3VRG B; 4BS9 A; 1YCA A; 2VYY A; 3HXN B; 3TLD A; 3WCV C; 1BZ1 A; 3PT8 A; 3D1A A; 3WCW A; 1BZ1 B; 3DUT A; 1OFK A; 3WCW B; 3DUT B; 4MQI A; 2V1E A; 3BRP B; 5ILR A; 4MQI B; 2BLH A; 1BVC A; 2RAO B; 3UHT A; 1XZV A; 1Y83 A; 1YHU A; 3HRW A; 1XZV B; 1Y83 B; 4QAU A; 1YHU B; 1IWH A; 2PGH B; 1JP8 A; 102M A; 1IWH B; 4MQK A; 4ROL A; 1Y2Z A; 1JDO A; 1Y2Z B; 2ZSS A; 3QM6 A; 1VXD A; 1RTX A; 1DTM A; 1MYJ A; 1SHR B; 1QGW C; 5MBN A; 4H2L B; 4GY3 A; 1O1L A; 1CP0 A; 2MGH A; 5F2A A; 4GY3 B; 1O1L B; 3ZJP A; 1Y0A B; 1G0B A; 3G53 A; 1G0B B; 4IRO A; 4IRO B; 1HGB A; 2V1H A; 3FH9 A; 1ECO A; 1WMU A; 1QSI A; 1HGB B; 3FH9 B; 1QSI B; 3LQ9 A; 1QI8 A; 2BW9 M; 2D2M A; 1QI8 B; 4G1B A; 2D2M B; 1EYX B; 3VRF A; 2BLI A; 3VRF B; 2ZSY A; 1COH A; 1MLG A; 2BWH A; 1XYE A; 4ESU A; 3ODQ B; 1MBA A; 1MYH A; 2OIF A; 1MLK A; 1BZZ A; 1BZZ B; 2UUN A; 2UUN B; 1DM1 A; 1MDN A; 4MQJ A; 2C7J B; 4MQJ B; 1GVH A; 1MLO A; 4MBN A; 3IXF A; 4N7N B; 3E4N A; 3UHD A; 5JGG B; 2QMB B; 1YHR A; 3MOU A; 3V58 B; 4KMV A; 1YHR B; 1YFF A; 5E6E A; 1YFF B; 5E6E B; 3EOK A; 4F4O B; 1RH1 A; 3EOK B; 1MBO A; 110M A; 4C44 A; 2ZS0 D; 1MOA A; 3PI1 A; 2HBF A; 3S65 A; 2HBF B; 2I88 A; 1YGD A; 1MWC A; 4A8Y A; 1L2K A; 4JYQ A; 3WCV D; 2VJT B; 4TWU A; 1K1K A; 1MBN A; 3OZV A; 4DWT A; 2VJR A; 4MQH A; 4FH6 A; 1K1K B; 1YZI A; 1M9P B; 4MQH B; 1YZI B; 1VRE A; 5JDO C; 3A59 B; 2UUL H; 1KR7 A; 1WVP A; 3WCT A; 5CNG A; 3WCT B; 1Y4Q A; 1Y4Q B; 3DHR A; 5ILM A; 1A0U A; 3DHR B; 3LB2 A; 1XXT B; 2G3H A; 3QZZ A; 4AE0 A; 3L0F A; 3L0F B; 1CH9 A; 2C7L A; 2X4A A; 4LM6 B; 5B13 G; 3QJE A; 2ZSZ A; 4O4T A; 3WCP A; 107M A; 3QJE B; 4FH7 A; 3WCP B; 1YMA A; 2ZT1 A; 4HSW A; 1G0A B; 1LIA A; 1MTI A; 1XY0 A; 4F0T B; 3M39 A; 1LIA B; 2QFK A; 1UIW A; 1UVX A; 3MVC A; 1UIW B; 1LFQ A; 2MGG A; 4PO5 A; 4PO5 B; 2QSP A; 1A87 A; 1TES A; 2QSP B; 3PMD A; 1ON7 A; 3PI8 A; 1XZ2 A; 4ZIZ A; 3PI8 B; 1OUT A; 3QJC A; 4ZIZ B; 1MNK A; 3QJC B; 3OO4 A; 1Y45 B; 3OO4 B; 4MBA A; 1Y46 A; 1Y46 B; 2R1H A; 2NRM A; 2R1H B; 5EOH A; 2VHB A; 3BCQ A; 1O1J B; 2VLY A; 1HLM A; 2HZ3 A; 3VRE A; 3ORD A; 1BBB A; 1Y7Z A; 3VRE B; 2ZLT B; 4VHB A; 1Y7Z B; 2HBS A; 1Y85 B; 1NPF A; 1JY7 A; 3QQR A; 2ZT4 A; 3WFW A; 1JY7 B; 3MKB A; 3MKB B; 3AQ8 A; 2ZLU A; 2ZLU B; 1QPW A; 5CMV A; 1QPW B; 1YEN A; 2BK9 A; 3V2V A; 1MLF A; 1Y5K A; 4ZVA A; 3UHH A; 2QFN A; 1Y5K B; 1H1X A; 1LJW A; 1OR6 A; 1LJW B; 3O2C A; 3O2C B; 4YU3 A; 3D7O A; 1CH5 A; 1JPB A; 1MNJ A; 4YU3 B; 3D7O B; 2UUM A; 4ETV A; 2G0V A; 2VEB A; 2UUM B; 1Y7G A; 1URV A; 3WFT A; 4ERV A; 1MOC A; 1VXF A; 3GQR A; 1C7C A; 1CO9 A; 2AA1 A; 4F6D A; 5JDO D; 1C7C B; 2AA1 B; 7HBI A; 1U7R A; 4ROM A; 3D1K A; 2XKG A; 1BZ0 A; 4ROM B; 4XXK A; 1V4W B; 1BZ0 B; 3GQP A; 3GQP B; 1LFL A; 1Z8U B; 3NMM A; 3GKV A; 3UHK A; 1GZX B; 3G46 A; 2M6Z A; 2HBC A; 1MTJ A; 3GKV B; 4Z8K A; 4Z8K B; 2HBC B; 1A6N A; 2M6Z B; 1NZ3 A; 1F99 A; 1HHO B; 1CG8 B; 2W31 A; 4U8U A; 3KVS A; 1R1X A; 4U8U B; 1Y0T A; 1R1X B; 4M4A A; 1Y0T B; 1I7Y B; 1Y09 A; 4PQ6 A; 1SGK A; 1GDK A; 1Y09 B; 1O1O A; 1LA6 A; 2CMM A; 1O1O B; 1LA6 B; 1Y4R A; 3W4U A; 3UHY A; 3W4U B; 5B84 A; 1Y4V A; 1S56 A; 1Y4V B; 3EU1 A; 4F68 A; 1MLQ A; 2DN2 A; 3ZTA A; 109M A; 2DN2 B; 1Y8H A; 2FAM A; 2UUL C; 1DDT A; 3PT7 B; 5EU2 A; 4OOD A; 1J3Z B; 3QZX A; 1QXE A; 5HY8 A; 3O7N A; 1K0Y A; 1OJ6 A; 1K0Y B; 2WTG A; 1XZ7 B; 1Y8K A; 4NK2 A; 5CND A; 2MGE A; 5KER A; 1Y8K B; 1CBL A; 5KER B; 5EE4 D; 3ZJM A; 5EQM A; 3OK5 A; 1Y0W B; 3UHQ A; 1CH3 A; 2SPL A; 1MBD A; 1DWS A; 1T1N B; 1BUW A; 1BUW B; 2AUR A; 3V57 A; 5C6Y A; 2YSK A; 3VNC A; 1C40 B; 1YOG A; 3MJU A; 2EVK A; 2GRF A; 3MJU B; 1V5H A; 1IDR A; 1X9F A; 1O1K A; 2MGK A; 3G4U A; 3P5Q B; 1X9F B; 1O1K B; 4N8T A; 4N8T B; 4X0L A; 1ABW B; 3UHI A; 3MYN A; 2Z6N B; 2ZSP A; 2W72 A; 3UGZ A; 3QJD B; 3WCU C; 3GOU A; 4WCH D; 3GOU B; 5E83 A; 1G9V B; 4LMS B; 5E83 B; 2VYW A; 1S5X B; 1HI0 P; 4FC3 A; 1SPG A; 1CH2 A; 1O16 A; 2WCR A; 4FC3 B; 2GKM A; 1VXC A; 4HH0 A; 3BJ1 A; 1YIE B; 2MGA A; 1MLN A; 4FWZ A; 1B33 A; 1HDB B; 1B33 B; 1YIH B; 2OLP A; 3CY5 A; 2R80 A; 3AQ9 A; 1O1I B; 1YVQ A; 3UHW A; 3M3B A; 3R5I B; 3GK9 A; 1LH7 A; 1RVW A; 1F63 A; 1RVW B; 3ECX A; 1Y31 A; 1ECN A; 2LH5 A; 3S66 A; 1Y31 B; 1YDZ A; 3S66 B; 4H0M A; 1YMC A; 4O4Z A; 4H0M B; 3O18 B; 4PQB A; 2FRI X; 1UVK A; 2UUL D; 2VJH B; 2ZSO A; 2DKC A; 1NZ2 A; 2W6W A; 1YHU D; 4ETT A; 1HBB A; 2D2N A; 1Y5J A; 1HBB B; 1HBH A; 2JL9 A; 1SWM A; 1BIJ B; 1HBH B; 3LB1 A; 1Y35 A; 1C7B A; 1Y35 B; 1C7B B; 2NSS A; 1GBV A; 3ZOM A; 1UC3 A; 1GBV B; 4AVD A; 1Y8W A; 5CNC A; 5CHQ A; 1FN3 A; 2G0R A; 2HHD A; 2R50 A; 3WFX A; 1FN3 B; 1DWR A; 2ZST A; 1V4X A; 5ILE A; 1V4X B; 1J7Y A; 3QM9 A; 4NI1 A; 4NI1 B; 2YRS A; 1CLS A; 2V1K A; 4F6G A; 2YRS B; 1CLS B; 1YE2 B; 1NZ4 A; 1JZK A; 1A6G A; 2OHB A; 1Y0D A; 3UHG A; 1Y0D B; 5C6E A; 4MQG A; 2FAL A; 3IA3 B; 4OF9 A; 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1NS9 A; 1DXD A; 1O1N A; 1Y5F A; 1AJG A; 1RPS B; 1Y5F B; 2ZLV A; 2QLS A; 2ZLV B; 2ZLW A; 3D4X A; 4G1V A; 2ZLW B; 3K8B A; 1MDT A; 3PIA A; 2XKH A; 3PIA B; 5CN6 A; 2OH8 A; 1S0H A; 5HLU A; 3OGB A; 1G09 A; 3AT6 A; 2MYD A; 1B86 A; 3OVU C; 1KN1 A; 1FDH A; 1B86 B; 3PMC A; 3LHB A; 1KN1 B; 3S65 B; 3IC0 A; 1XCH A; 1ITH A; 4B02 A; 3MN0 A; 3IC0 B; 2SPN A; 1YGD B; 1A3O A; 1DUK A; 1UX9 A; 1MNI A; 105M A; 3NFE A; 3NFE B; 2VJR B; 4HH1 A; 1S5Y A; 3OZU A; 1SPE A; 111M A; 2FRK X; 2DXM A; 1A9W A; 2DXM B; 1Y4F A; 2MGB A; 2MB5 A; 4NI0 A; 4N7P A; 1Y4F B; 2FRJ X; 1AJH A; 2ZFB A; 2V1G A; 2LHB A; 4N7P B; 4NI0 B; 2LH6 A; 2V1J A; 1A0U B; 2MGF A; 4H07 A; 1LH3 A; 1MLL A; 3UHU A; 1DO7 A; 1F0L A; 2C7L B; 2ZLX A; 1DO4 A; 1YEV A; 2ZLX B; 3A5B A; 1BZ6 A; 1DUO A; 3A2G A; 1XY0 B; 4FWY A; 3ZJQ A; 1YGF A; 3UHR A; 1LFQ B; 2GLN A; 1ABS A; 1YGF B; 1AZI A; 1ON7 B; 2O5T X; 1XZ2 B; 1OUT B; 3QQQ A; 5B85 A; 1A0Z A; 1PHN A; 1A0Z B; 1PHN B; 1RQ3 A; 1RQ3 B; 1KD2 A; 1GDI A; 3UH7 A; 1XZ4 A; 1KD2 B; 112M A; 1MZ0 A; 1XZ4 B; 3BCQ B; 3EDB A; 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