The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UHN A; 1BZP A; 3MJP A; 4ILZ A; 3QMA A; 1HJT A; 1SPE A; 3ECZ A; 1YMC A; 3M3B A; 2GKN A; 1O1K B; 1C40 A; 1VXF A; 2D2N C; 4UUR A; 1V75 A; 1Y0C A; 1CIK A; 2HHD A; 105M A; 3CY5 B; 2D2M D; 1BUW B; 3UHR A; 1HBB A; 5KDQ B; 1YE2 A; 1C7C B; 3GDJ B; 1HGB B; 1O1L A; 4HRR A; 5CNE A; 2ZT1 A; 1DO7 A; 1EMY A; 5D5R A; 4JYQ A; 2NRL A; 1L2K A; 3HF4 B; 4MPM A; 3PI3 A; 4FWZ A; 3OVU C; 4AVE A; 4BJA A; 5EYJ A; 5HLU A; 3QJB B; 3UHK A; 3OGB A; 3ARK A; 3NML A; 2MGJ A; 1BBB A; 3ZOL A; 1Y7D B; 1FDH G; 1K0Y A; 3HXN B; 3NG6 B; 2NSR A; 4MU5 A; 5M3S A; 2VEB A; 3BCQ A; 2H8F A; 1QXE A; 3ZJQ A; 1A6N A; 1YOG A; 1ABW A; 1HAC B; 2EF2 A; 3QM7 A; 1RTX A; 3U3E A; 4MQC A; 3ZJR A; 1HBR B; 3WCV C; 1UX9 A; 1Y45 B; 1YGF A; 1YIH B; 1U7S A; 1FHJ B; 2B7H A; 1HBS A; 2DN2 A; 2HBC B; 3KUO A; 2ZS1 D; 1LFV B; 1Y8H B; 4ODC A; 2D2N B; 1MZ0 A; 1MLJ A; 1M6M A; 1X9F D; 5HY8 B; 1A0Z B; 2GKM A; 2HBE A; 2PEG A; 1YFF B; 1PMB A; 1Y5J B; 1YMA A; 3OK5 A; 2RI4 A; 1YCA A; 1CQ2 A; 2YRS B; 2CMM A; 1YHR B; 3VRE A; 5CNB A; 1S5Y B; 3QQR A; 2V1E A; 3K8B B; 3LR9 A; 1MLH A; 1NZ3 A; 3S66 B; 1XQ5 A; 3IC0 B; 1YH9 B; 4MQJ A; 1GCW A; 3HEP A; 3UH6 A; 2HHB B; 1YEO B; 1CH5 A; 3ZHW A; 4F6I A; 5SW7 A; 1DWT A; 1KD2 A; 3GYS B; 4FWX A; 5F2A A; 3S1I A; 2ZT2 A; 1QXD A; 3ODQ B; 1F5O A; 2BW9 M; 1LFY A; 1LHT A; 5CN7 A; 1LUE A; 1N9F A; 2MGL A; 1RQ4 B; 110M A; 1B0B A; 1HBA B; 1Y4F A; 2DN3 A; 3ZJS A; 1M6C A; 1XY0 A; 1G9V B; 2M6Z B; 2HZ2 A; 3WCU B; 2ZFB B; 1MTK A; 1K1K A; 3D1A A; 2ZT3 A; 1RPS A; 2W72 C; 5E29 A; 3A2G A; 1AZI A; 2HHE B; 2ZST A; 1F65 A; 4MQH B; 4N7N B; 5AZQ A; 2ZLV B; 1XYE A; 1ECD A; 4MQK A; 1A01 A; 1OUT A; 3WR1 A; 1J3F A; 4NXC A; 1JP6 A; 1NWN A; 2FRK X; 1MNI A; 2G14 A; 1LFQ A; 5E83 B; 3QM9 A; 1RQA B; 1R1Y A; 5CND A; 1Y22 B; 103M A; 1MLO A; 1Y5K A; 1YEQ B; 1NZ4 A; 1BZZ B; 1ASH A; 3VRG B; 4VHB A; 3PI1 A; 3QM6 A; 3PI9 B; 1CMY B; 1GDJ A; 3WCT D; 5CMV A; 3TM3 A; 3EOK A; 4PQ6 A; 4KMV A; 3G4Y A; 2O5T X; 1V9Q A; 2HBS A; 2Z6N B; 1YVT A; 5ILM A; 1V5H A; 1MLQ A; 2LH5 A; 4DC7 A; 4F6J A; 3BJ1 B; 4M4B B; 1VXH A; 3G4V A; 1BAB A; 1O1K A; 1VXG A; 5EET A; 3H58 A; 2LH7 A; 2NSS A; 3LQD B; 1GDK A; 2ZSY A; 2W31 A; 1BUW A; 1A3N B; 3GQR A; 4MQI A; 1YMB A; 4LPI A; 1FN3 B; 1X9F C; 101M A; 3ARL A; 4MXK A; 2D2M B; 4MAX A; 3GDJ A; 1HDB B; 3MYM A; 4NI1 B; 3A59 B; 3SZK B; 2O5B X; 4PQB A; 106M A; 3HF4 A; 3E5I A; 1C7B B; 1DXT B; 1XZU A; 2BWH A; 1UT0 A; 1J7W A; 1C40 B; 1HLM A; 3M3A A; 1OR4 A; 1V75 B; 2O5S X; 1JF3 A; 1Q1F A; 2EB8 A; 2NRM A; 3HXN A; 2MHB B; 1JW8 A; 3NG6 A; 1O1L B; 2MYB A; 1HAC A; 3M38 A; 4U8U D; 4NXA A; 5HBI A; 1HBR A; 2VEE A; 1Y0T A; 2KSC A; 1YIH A; 1YE0 B; 2LH2 A; 1FHJ A; 1BBB B; 5EQM A; 2VLY A; 1K0Y B; 4OF9 A; 2QSS A; 1Y8I B; 3BCQ B; 2ZS1 B; 5MBN A; 2H8F B; 2D2N A; 1QXE B; 3PI8 A; 5D1V A; 1BIJ B; 4WJG 1; 3GLN A; 2NX0 A; 5HY8 A; 2FAL A; 4F6D A; 4O2G A; 4MQC B; 1A0Z A; 1LH1 A; 3EDA A; 3OZU A; 1X9F B; 3LB2 A; 1DO4 A; 104M A; 1JWN A; 3UH5 A; 2V1K A; 1QI8 B; 1VXA A; 1DXU B; 2YRS A; 1Y0D B; 1S5Y A; 2SPM A; 3D4X B; 2DN2 B; 3AT6 B; 3K8B A; 1Y0A B; 3UBV A; 3B75 B; 1U7R A; 1S56 A; 5E6E B; 1VXD A; 3PT8 A; 1YH9 A; 3ZJH A; 3WCT C; 2ZLU B; 2HHB A; 1YEO A; 2HBE B; 1Y83 B; 3ZJI A; 1X3K A; 3GYS A; 1MLS A; 2RI4 B; 3VHB A; 2MGC A; 1YDZ A; 3E55 A; 3LR7 A; 1A00 B; 1S69 A; 2BKM A; 108M A; 4AVD A; 1A3O B; 2MGD A; 2AV0 A; 1XQ5 B; 1HBA A; 3UGY A; 3ZJO A; 4G51 B; 1MYG A; 1GBU A; 4MQJ B; 1DTI A; 1G9V A; 3IC2 B; 1UC3 A; 2HCO B; 5CN6 A; 3UHT A; 2R4Y A; 5SW7 B; 5KER B; 2H35 B; 1KD2 B; 5ILE A; 5F0B A; 3MN0 A; 3AQ9 A; 2VYY A; 1DXD A; 4MQH A; 4FH6 A; 2ZLV A; 3WFT A; 2G10 A; 3WCV D; 2OH8 A; 2ZSP A; 4NK1 A; 1Y4F B; 3ECX A; 2O58 X; 4O4Z A; 1DM1 A; 1J7S B; 5EUI B; 1Y22 A; 1S61 A; 3G4Q A; 3GOU A; 1EBT A; 1K1K B; 3VRG A; 1JP9 A; 3PI9 A; 5E29 B; 1CMY A; 1RSE A; 4FWY A; 4U8U C; 3WCT B; 5JDO C; 3MKB A; 2Z6N A; 3WCW C; 2MGB A; 3BA2 A; 3BJ1 A; 3W4U A; 4M4B A; 1Y2Z B; 1JL6 A; 5B84 A; 1J3Y B; 109M A; 3ONZ B; 4M4A B; 4PNJ A; 2ZFO D; 3LQD A; 3UHY A; 2AUR A; 1O1J B; 1A3N A; 2VYW A; 1FN3 A; 2D2M A; 5EOH A; 1HDB A; 1GZX B; 1YVT B; 1JPB A; 4NI1 A; 3A59 A; 3SZK A; 4NI0 B; 3MJU B; 1MLK A; 3OZW A; 1MCY A; 1NS6 B; 1LH2 A; 4NS2 A; 4IRO A; 4HSX A; 2MYE A; 1BAB B; 1C7B A; 1DXT A; 1GJN A; 3EU1 B; 1MOB A; 1MNH A; 2R4Z A; 4UZV A; 1G0A B; 3FH9 A; 1C7D B; 112M A; 5JDO E; 1CBL A; 3GQR B; 4MQI B; 1YIE B; 1VRF A; 3EDB A; 1YHE B; 1XCH A; 2MHB A; 4N8T A; 2OH9 A; 3PI2 A; 2AV3 A; 2HBD B; 4O1T A; 107M A; 3GQP A; 1V4U B; 2D5Z A; 2O5M X; 3GK9 A; 4U8U B; 5JOM A; 4YU3 B; 1XZU B; 1MTI A; 1SI4 A; 1JEB B; 3AQ6 A; 1VXE A; 1J7W B; 111M A; 2D60 B; 3WFU A; 3UHI A; 2Z8A A; 3E5O A; 1RVW B; 4HBI A; 3QM8 A; 2WY4 A; 1YE0 A; 2VHB A; 3UHG A; 1IRD B; 1FSX A; 1N9X A; 1MLF A; 1XZV A; 1GDI A; 1Y8I A; 1HCO B; 2ZS1 A; 4KN3 A; 2Z85 A; 1BIJ A; 4L2M A; 1MWB A; 1IBE A; 1CP5 A; 2ZSQ A; 1Y7Z A; 1X9F A; 2MGA A; 1Y0T B; 2Z6S A; 1GLI B; 1YHU D; 1O16 A; 3IXF A; 1QI8 A; 4TWU A; 6HBI A; 1LH7 A; 1DXU A; 1MYI A; 1WVP A; 2VRY A; 1Y0D A; 1NPF A; 2W6Y A; 1DWS A; 3D4X A; 3AT6 A; 1Y0A A; 1BVC A; 2QSS B; 3B75 A; 3ZH0 A; 1MYT A; 3PI8 B; 5E6E A; 1DUO A; 3RJ6 A; 1I3D A; 4UIQ A; 2ZLU A; 2XKH A; 1IT2 A; 4L7Y B; 2FRI X; 1N9H A; 1LA6 B; 1Y83 A; 2DN1 B; 2MGE A; 1UFP A; 1YVQ B; 1CG8 B; 2ZSN A; 2VLX A; 1A00 A; 1Y4Q A; 1MOA A; 1MYM A; 1A3O A; 2ZFO C; 5EE4 D; 4G51 A; 2ZT0 A; 3PT8 B; 1NQP B; 2XKG A; 3IC2 A; 1Y4P A; 1IDR A; 1XZ4 A; 1CO9 A; 1COH A; 2HCO A; 1MWC A; 1MDN A; 2ZS0 C; 3SDH A; 5KER A; 1YEN B; 1YGD B; 2H35 A; 3QZZ A; 1LFT A; 1MKO B; 1YDZ B; 1JZM A; 4G1V A; 2GL3 A; 4MQG B; 5ILR A; 3WCV B; 5IKS A; 3WFW A; 1GBU B; 1XZ2 B; 3BOM B; 5HLQ A; 1J7S A; 5EUI A; 1A9W A; 2AUQ A; 3ORD A; 1CH4 A; 2SPL A; 1MOH A; 1M9P B; 1AJ9 B; 2HZ3 A; 1V07 A; 3HYU B; 3WCT A; 2AUO A; 1Y35 A; 4C0N A; 2V1H A; 2GTL D; 2GDM A; 1QSH B; 3UHC A; 1Y2Z A; 2MYD A; 2G0X A; 1J3Y A; 3ONZ A; 1BZ6 A; 1YZI A; 4M4A A; 3KMF C; 1Y7C A; 3GOU B; 1XZ7 B; 4MBA A; 2ZFO B; 1G09 B; 1O1J A; 102M A; 2G0Z A; 2O5Q X; 1MYJ A; 1F5P A; 3MKB B; 1GZX A; 3UHS A; 4NI0 A; 1FDH A; 3MJU A; 1YHU C; 1JP8 A; 1MLU A; 3UHE A; 3W4U B; 1NS6 A; 1HDA A; 2MB5 A; 1FLP A; 2Z6T A; 2ZSZ A; 3KUN A; 2EVK A; 1Y8K B; 5C6Y A; 3EU1 A; 3O7N A; 1G0A A; 2ZLX B; 3RGK A; 1Y31 B; 1C7D A; 4B3W A; 1YIE A; 1JY7 A; 1CG5 A; 3PI4 A; 1YHE A; 3P5Q B; 1NXF A; 4X0L B; 2BNL A; 3MYN A; 4F69 A; 3BJ2 B; 2QSP B; 1A4F B; 2HBD A; 1V4U A; 5JGG B; 1Y0W B; 3VRF A; 2W6X A; 2W72 B; 4IRO B; 1GBV B; 4U8U A; 1JDO A; 2GRZ A; 1Y4V A; 4YU3 A; 1JEB A; 4KMW A; 2D60 A; 2SPO A; 2R4X A; 1RVW A; 3FH9 B; 5EE4 C; 1DLW A; 3FS4 B; 1JF4 A; 1IRD A; 4O4T A; 1TES A; 1MWD A; 1MYH A; 3G4U A; 4N8T B; 1LFL B; 1HCO A; 3UHQ A; 2G12 A; 3AQ8 A; 3TM9 A; 1O1I A; 3GQP B; 1MYZ A; 2D5Z B; 4TWV A; 1DLY A; 4ZVA A; 4MXL A; 3UHV A; 5JDO D; 4H0B A; 3WCW D; 5CN8 A; 1SI4 B; 2ZSS A; 1GLI A; 2C0K A; 3E4N A; 1F63 A; 1X46 A; 1HBI A; 3G53 A; 1UIW A; 3ARJ A; 1HAB B; 1H1X A; 1YHU B; 2V1I A; 3HRW B; 1FSX B; 1O1O B; 5C6E B; 1XZV B; 1HHO A; 1NS9 A; 1EW6 A; 1S5X B; 4F4O A; 3UHH A; 1CO8 A; 1IBE B; 3PT7 B; 4L7Y A; 1Y7Z B; 2QFK A; 1LA6 A; 1IWH B; 2DN1 A; 2GTL C; 1YVQ A; 1G08 A; 2D5X B; 1CG8 A; 4IT8 A; 3G52 A; 2G0R A; 1BVD A; 1HSY A; 3NL7 B; 1R1X A; 2BK9 A; 1XZ5 B; 1VHB A; 3PIA B; 1URV A; 1NQP A; 3V2Z A; 1V4X B; 1YEV B; 4F6G A; 3UHD A; 3OO5 B; 1YEN A; 1YGD A; 2HZ1 A; 4ESA B; 1BJE A; 1THB B; 3NFE A; 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1EWA A; 1SDL B; 1GBV A; 2E2Y A; 1EBC A; 3UBC A; 1A0U B; 1VXC A; 3NMM B; 1ABY A; 3LB4 A; 5MBA A; 1Y01 B; 3A5G A; 1W92 A; 3FS4 A; 1DTM A; 4N7P B; 1QSI B; 3SDN A; 1JY7 B; 1CG5 B; 3ED9 A; 1LFL A; 3WFX A; 1NGK A; 3WTG A; 4XDI A; 2DC3 A; 1N9I A; 3KMF A; 2EKT A; 2QRW A; 4G1B A; 1MOD A; 1ITH A; 1DUK A; 3VRF B; 1J41 B; 2VM0 A; 1Y4B B; 1JL7 A; 3OZV A; 1Y4V B; 1MYF A; 5HAV A; 3WCW B; 5CNC A; 2ZLT B; 1HAB A; 1YHU A; 3O89 A; 3UHW A; 1HLB A; 2OIF A; 3HRW A; 1O1O A; 5C6E A; 1NAZ A; 1LH5 A; 3UHZ A; 3AQ7 A; 3A0G B; 1XXT A; 1O1I B; 1S5X A; 3PT7 A; 1RTE A; 2WTG A; 1D8U A; 1HBH B; 1IWH A; 3PEL A; 2AA1 B; 1Z8U B; 1UIW B; 3QQQ A; 2D5X A; 1T1N B; 5CHQ A; 3DR9 A; 4HRT B; 2V1F A; 3NL7 A; 1JZL A; 1VWT B; 3RJN B; 1GDL A; 1HHO B; 1XZ5 A; 2G0V A; 1NS9 B; 3PIA A; 2MYA A; 1Y5F A; 3V2V A; 2DXM B; 1V4W B; 2MGG A; 4WCH D; 1V4X A; 4F4O B; 1YEV A; 1B86 B; 1CQX A; 1YOH A; 1HGA A; 2LH1 A; 3OO5 A; 3WCU C; 1LFZ B; 2QMB B; 3AT5 B; 4ESA A; 1O1P B; 3UGZ A; 1G08 B; 1THB A; 4SDH A; 1G0B B; 4B4Y A; 1Y4R A; 1PBX A; 1CBM A; 3ZJJ A; 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