The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
142
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structure length |
142
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Chain Sequence |
SLSDKDKDSIKAFWAKISPKAEDIGADALARMLTVYPQTKTYFSHWKDLSPGSAPVKKHGKTVMGSVAEAVSKIDDLTNGLLTLSELHAFQLRVDPANFKILSHNLLVVLAQQFPNDFTPEVHVSMDKFLSLLSWSLSEKYR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oxy-hemoglobin from Brycon cephalus
rcsb |
| molecule tags |
Transport protein/oxygen binding
|
| molecule keywords |
Alpha-chain hemoglobin
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| total genus |
50
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| structure length |
142
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| sequence length |
142
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FH9 A; 1Y4B B; 3A9M A; 3MJP B; 3GQR B; 3GKV B; 3UHE A; 1Y0D B; 2EF2 A; 1OUU A; 1RTX A; 1R1X A; 1MLN A; 2D2M C; 2BW9 M; 1MYG A; 3QM5 A; 1FDH G; 1LH1 A; 1PBX B; 3GQG B; 2D60 B; 2ZS0 C; 5KER A; 2LH1 A; 3M38 A; 2DHB A; 2OH9 A; 1IRC A; 1HBB A; 1HSY A; 1G0A A; 1Y09 A; 3BJ3 A; 4PQC A; 3W4U B; 1G9V B; 1V4U B; 2W72 A; 3B75 B; 4FWY A; 1EBC A; 2Z85 A; 1UMO A; 1C40 B; 4L2M A; 3MVC A; 1YE0 A; 1HHO B; 1SDK B; 1CBL A; 4O35 A; 1EBT A; 5C6E A; 1NIH B; 1UFP A; 1YIE B; 3OO4 A; 4ESA B; 5SW7 B; 1NWI A; 3G4V A; 2G14 A; 2LHB A; 4NK2 A; 1J7Y A; 1GDJ A; 2HHD B; 2R4Y A; 1LFQ B; 3UH3 A; 4U8U D; 1NS6 B; 1CLS A; 1QSH A; 2HZ3 A; 2QSP A; 1QI8 A; 1DTI A; 1BZ1 A; 5E6E B; 3DUT B; 4C44 A; 3AQ6 A; 3HF4 B; 2V1E A; 2QFN A; 3MBA A; 3BJ2 B; 3G4R A; 1MYJ A; 1N9F A; 5E29 A; 1VXH A; 2MB5 A; 4HBI A; 4JAC A; 1DXV B; 3GYS B; 2ZSX A; 3UHT A; 4N7P B; 5HY8 A; 4PNJ A; 5E83 B; 2MHB B; 3CIU A; 3ECX A; 101M A; 2Z6N B; 1Y22 B; 3GOU A; 1LFZ A; 4ZVB A; 2EKT A; 1FSX B; 2R4Z A; 6HBW A; 4F6J A; 5ILE A; 1MLK A; 3AQ8 A; 4MQK A; 1X9F B; 3HHB B; 5JGG A; 4NI0 B; 1S0H A; 1WMU B; 3GDJ A; 4IRO B; 4ILZ A; 3ZJR A; 4KMV A; 2B7H A; 105M A; 1HBI A; 1DXC A; 2PGH B; 3PT7 A; 1Y8W A; 2GTL A; 1NEJ A; 2AUP A; 3PIA B; 1SI4 B; 3PI2 A; 1OBM A; 1G09 A; 1GCW B; 4MQI A; 3WCT D; 2ZLT A; 2HHE B; 1S56 A; 1JEB B; 2ZLX B; 2IG3 A; 3WCV C; 4H2L B; 2HHB B; 4SDH A; 2PEG B; 1O1N A; 3D1K A; 3MJU B; 4MU5 A; 2ZT3 A; 1GBU A; 1CMY B; 3M3B A; 5JOM A; 1HDB A; 3HRW A; 1J52 A; 1A3N A; 3UHC A; 1R1Y A; 4ROL A; 1Y35 A; 2R50 A; 1N9H A; 2RI4 B; 3ASE A; 4PQ6 A; 1HDA A; 2ZSO A; 1WVP A; 3BOM A; 1DXD A; 1HBS A; 4MQJ B; 3R5I A; 4ROM A; 4MPM A; 4LPI A; 3EU1 A; 1A01 B; 1Y31 B; 1BZ0 A; 1YIH A; 4NXA A; 1URV A; 2ZS1 A; 3UH5 A; 4N7N B; 2H8D B; 1DTM A; 110M A; 1ECD A; 3WTG A; 1XZ4 B; 3CY5 B; 3S65 A; 1O1M A; 1CQX A; 2HBS B; 3S1J A; 3ARK A; 3IC2 B; 2SPM A; 1F63 A; 3A59 A; 1LUE A; 1HGC A; 2R1H A; 3BCQ A; 1I3E A; 2XKH A; 1BIN A; 1Y45 A; 3QM6 A; 3E4N A; 1COH B; 2NRM A; 1IRD A; 3ODQ B; 1G08 A; 2FRK X; 4X0L B; 3RJ6 A; 2O58 X; 5ILR A; 1MBN A; 1Y7D A; 4NK1 A; 1JL6 A; 2BLI A; 5EQM A; 1ECA A; 3FH9 B; 1MYF A; 4U8U A; 1GCV A; 1MNK A; 1HCO A; 1OUU B; 1Y0A B; 2EB9 A; 2W6V A; 2FRJ X; 1YVT A; 1YDZ A; 5EUI A; 2O5O X; 3GLN A; 2BK9 A; 5M3S A; 1V9Q A; 1Y85 A; 5CNC A; 3G4W A; 3GKV A; 1YH9 A; 1IBE A; 1NQP A; 2DHB B; 1HBB B; 2DN2 A; 1G0A B; 3BJ3 B; 1BBB A; 2W72 B; 1K0Y A; 2AV3 A; 2GNW A; 1HBG A; 1PBX A; 1YE0 B; 3OZU A; 1DO3 A; 5HLU A; 1XXT B; 1MOH A; 2OHB A; 3KMF C; 5HU6 B; 1RTE A; 3S66 A; 2GRZ A; 5C6E B; 3ORD A; 3OO4 B; 2YRS A; 2WY4 A; 2D2N C; 2OIF A; 1J3F A; 3VRE A; 1J7Y B; 2VYY A; 3WCU D; 1A00 A; 1YMB A; 1MBA A; 3LHB A; 1CLS B; 1MTJ A; 1QSH B; 2QSP B; 3FS4 A; 1BZ1 B; 1CH4 A; 1B0B A; 2GKN A; 3WCT A; 2ZFO B; 3QJB A; 3ZJO A; 1YZI A; 1O16 A; 1SPG A; 2DN1 A; 5E29 B; 3ECZ A; 3WCW C; 5JDO C; 2ZSY A; 1HJT A; 5HY8 B; 3QM7 A; 5HLX A; 3IC0 B; 4M4B A; 3CIU B; 5EE4 D; 2LH6 A; 1YMC A; 3UBC A; 1YGF A; 2HCO A; 3GOU B; 2W6X A; 3V2Z A; 1Y4F A; 1LFZ B; 1VHB A; 4HSW A; 3QJC A; 1DM1 A; 6HBW B; 4FH7 A; 107M A; 4MQK B; 3ZOM A; 1JP6 A; 1X3K A; 5CNE A; 3NL7 A; 5JGG B; 1MNI A; 3LB3 A; 3D17 A; 1S0H B; 1BJE A; 3GDJ B; 4MAX A; 4O1T A; 3UHV A; 1MYM A; 1A0Z A; 2B7H B; 3PT7 B; 1Y8W B; 2GTL B; 1NEJ B; 1GBV A; 1VXG A; 1Y4G A; 1G09 B; 4MQI B; 2ZLT B; 1JPB A; 3PI9 A; 1BUW A; 1SDL A; 2LH3 A; 3G4Q A; 1MNJ A; 1NPF A; 3G4U A; 2LH2 A; 1O1N B; 1Y4P A; 3D1K B; 2G0X A; 1GBU B; 2ZFO D; 1MNO A; 1GVH A; 3ZJQ A; 1V07 A; 2QSS A; 3TM9 A; 1JEB A; 2Z8A A; 1HDB B; 1OR6 A; 3HRW B; 4H2L A; 1A3N B; 3ZJP A; 2R4W A; 1R1Y B; 4ROL B; 1Y35 B; 3GK9 A; 1HDA B; 1BIJ A; 3ARL A; 3EOK A; 1S5Y A; 3BOM B; 1U7R A; 1S69 A; 1HBS B; 1VXB A; 3R5I B; 3EU1 B; 3ZJI A; 5CN4 A; 3SDH A; 3ECL A; 1BZ0 B; 1YIH B; 2ZS1 B; 2ZSZ A; 3WTG B; 1YCB A; 1CH2 A; 1AJ9 A; 1YG5 A; 4UZV A; 3S65 B; 4FC3 A; 1O1M B; 2HBC A; 2G11 A; 3KUO A; 2GTL D; 2ZS0 A; 4TWU A; 3A59 B; 1HGC B; 2R1H B; 2OHA A; 1V4X A; 1NS9 A; 1Y45 B; 1HAB A; 2AUR A; 3PEL B; 4UIQ A; 2GL3 A; 1YMA A; 1X9F C; 5CHQ A; 4HRR A; 1IRD B; 1G08 B; 1GDI A; 2MGL A; 2VM0 A; 1IT2 A; 2V1H A; 102M A; 1HAC A; 3A0G A; 3K8B A; 3UGZ A; 108M A; 5KDQ A; 1TES A; 1Y7D B; 2VEB A; 1C7D A; 1C7B A; 1AZI A; 3WFT A; 3WCU A; 1GCV B; 3ODQ A; 4MXK A; 1HCO B; 3OVU C; 3WFW A; 2W6V B; 1YVT B; 1YDZ B; 5EUI B; 1Y85 B; 2G0S A; 3HEP A; 4YU4 B; 5CN8 A; 1LTW A; 1OFJ A; 2ZSS A; 1MDN A; 1YH9 B; 1IBE B; 1NQP B; 2MGC A; 1Y0A A; 2DN2 B; 2LH7 A; 3A5A A; 5EET A; 1JZK A; 1BBB B; 2DN3 A; 1K0Y B; 2ZS1 D; 3HXN A; 1MNH A; 3ZHW A; 5EV5 A; 3ED9 A; 2OH8 A; 3OJ1 A; 2HBD A; 2GRH A; 5HLQ A; 3UH6 A; 3S66 B; 4H07 A; 2YRS B; 3VRE B; 3S48 C; 1A00 B; 1QPW B; 1K1K A; 1XXT A; 2VLZ A; 2XKI A; 5CN9 A; 5HU6 A; 3FS4 B; 1HDS A; 4XDI A; 1YOH A; 1Y7Z A; 3NML A; 1JWN A; 3WCT B; 3QJB B; 1DXU A; 3ZJH A; 1YZI B; 1SPG B; 1YVQ A; 2DN1 B; 3TLD A; 2XKG A; 1MZ0 A; 1ASH A; 1MWD A; 3A2G A; 1A9W E; 5EOH A; 2ZFO A; 4M4B B; 1MYH A; 4JYQ A; 1Y5F A; 1XQ5 A; 1GDL A; 1YGF B; 2HCO B; 1Y4F B; 2MGD A; 4GZG A; 1VXF A; 3QJC B; 1M9P A; 2G12 A; 1RQA A; 3LB4 A; 3IC0 A; 4G1V A; 1MTI A; 3NL7 B; 3D17 B; 3EDB A; 7HBI A; 1CH3 A; 1A0Z B; 3UGY A; 2G0V A; 1O1L A; 3WI8 A; 2HBF A; 1QXE A; 2G3H A; 1GBV B; 3RGK A; 1Y4G B; 1YOI A; 1VXC A; 2W72 C; 3H58 A; 5D1V A; 1YFF A; 3PI9 B; 4MXL A; 1BUW B; 1SDL B; 5CN6 A; 5CMV A; 1SWM A; 1LH5 A; 3OO5 A; 4MQG A; 1Y4P B; 1LJW A; 4AVE A; 1A6K A; 1BZP A; 3VAU A; 1HBA A; 1V5H A; 2MYA A; 5JDO E; 2ZT0 A; 3UHW A; 1FAW A; 2MBW A; 1LFL A; 2QSS B; 1YHU B; 1NGK A; 1Y0W A; 2W31 A; 2Z6T A; 1X46 A; 1UC3 A; 3UHY A; 1YEV A; 2GNV A; 1BIJ B; 3EOK B; 1MBO A; 1S5Y B; 1FHJ A; 2DXM A; 1DUK A; 1LHS A; 1Y4Q A; 1IDR A; 4BJA A; 2M6Z B; 2QLS A; 3K9Z A; 1L2K A; 1BAB A; 1VXD A; 2D5Z A; 2Z6S A; 1J3Z A; 1NZ3 A; 2FRI X; 3K3U A; 3LR7 A; 1Y83 A; 4M4A A; 2MGB A; 1HGB A; 3H57 A; 3SZK B; 4O4Z A; 1AJ9 B; 1YG5 B; 2D2M B; 1DKE A; 4FC3 B; 2W6W A; 2HBC B; 1UX8 A; 3G52 A; 2QU0 A; 1F5O A; 1J3Y A; 1Y7C A; 2ZS0 B; 2FAM A; 1ABY A; 5F2A A; 3MN0 A; 1V4X B; 1NS9 B; 4XS0 A; 2W6Y A; 4FWZ A; 1HAB B; 5ILM A; 5AZQ A; 4HRR B; 4FWX A; 1LA6 A; 1YHR A; 3PI8 B; 3NFE B; 1J7W B; 2KSC A; 1HAC B; 3A0G B; 3K8B B; 2HZ1 A; 1FLP A; 2ZWJ A; 5KDQ B; 3IXF A; 1C7D B; 1A6G A; 1C7B B; 2GTL C; 3PEL A; 1MWB A; 3WCU B; 1OJ6 A; 1YHU D; 1YGD A; 4H0B A; 2NSS A; 1DXT A; 3AQ7 A; 1V4W A; 3WCP A; 4WJG 1; 1MCY A; 5JDO F; 5EYS A; 2VHB A; 1ITH A; 1J41 A; 1V75 A; 1MBD A; 3VHB A; 1HBR A; 4DWU A; 3QZX A; 3AT5 A; 1KR7 A; 2DN3 B; 1G0B A; 1YE2 A; 2O5Q X; 3BA2 A; 3MKB A; 1Y8H A; 3HXN B; 4YU4 A; 2O5T X; 3M39 A; 6HBI A; 1RQ4 A; 2D2M D; 2HBD B; 3UHH A; 1B86 A; 1I3D A; 2D5X A; 2ZS0 D; 3A5G A; 4G51 A; 3D7O A; 2V1K A; 3R0G A; 5C6Y A; 1GDK A; 3V2V A; 1O1J A; 3PI1 A; 1GLI A; 2ZS1 C; 3EDA A; 2D6C A; 1C7C A; 3WR1 A; 1K1K B; 3UHG A; 4F4O A; 1HDS B; 1HBH A; 1VXA A; 1Y7Z B; 3GKT A; 4MQH A; 1MYZ A; 1Y46 A; 4B4Y A; 1UVY A; 1YEQ A; 1CP5 A; 1JP8 A; 1NZ2 A; 4KN3 A; 3QMA A; 5MBN A; 1MLM A; 1MLG A; 1QPW A; 1DXU B; 2O5L X; 1KD2 B; 1UIW A; 2G0R A; 1JY7 A; 1YVQ B; 1GZX A; 1DO1 A; 1QXD A; 1ABW A; 4L7Y B; 3VRF B; 1M6C A; 104M A; 2MGH A; 3ARJ A; 1LH2 A; 1Y5F B; 109M A; 3E5I A; 1XQ5 B; 1J7S A; 4U8U C; 3D1A A; 4F6F A; 2C0K A; 1M9P B; 1JZL A; 2FRF A; 2AUO A; 1RQA B; 1VXE A; 3DR9 A; 2EVP A; 1IWH A; 1A6M A; 2NSR A; 2DC3 A; 2BMM A; 3DHR B; 5B84 A; 1O1L B; 5CN7 A; 2HBF B; 2ZLW A; 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1CH1 A; 1J7W A; 1DXT B; 4TYX A; 1V4W B; 3QQQ A; 3WCP B; 1MKO A; 1MOA A; 1FCS A; 4MBA A; 3HYU B; 1O1I A; 2JHO A; 3VRG A; 1J41 B; 1V75 B; 3NMM A; 1HBR B; 5D5R A; 3AT5 B; 3ZJL A; 1CG8 A; 1G0B B; 1JDO A; 1YE2 B; 3MKB B; 1Y8H B; 3G46 A; 2R80 A; 103M A; 1CP0 A; 2NX0 A; 1OUT A; 1RQ4 B; 2MYD A; 2GDM A; 1MOD A; 1B86 B; 4F6B A; 2D5X B; 2QRW A; 1LFV A; 4G51 B; 5IKS A; 1J40 A; 1Y0C B; 3D7O B; 1F5P A; 1MGN A; 1Z8U B; 1O1J B; 1GLI B; 1C7C B; 1F65 A; 1MLJ A; 1NPG A; 2E2Y A; 3WR1 B; 4F68 A; 4F4O B; 2AA1 A; 1HBH B; 1XZ2 A; 2WTH A; 1YEN A; 1Y8K A; 1RVW A; 1U7S A; 4HHB A; 3GQP A; 4MQH B; 1Y46 B; 1XZ5 A; 1S6A A; 1YEQ B; 3AQ5 A; 1LFY A; 3UHQ A; 1KFR A; 3ZJS A; 1UIW B; 2D2N D; 1JY7 B; 3IA3 B; 4G1B A; 1GZX B; 4DC8 A; 1Y4V A; 2VYZ A; 1QXD B; 1A4F A; 3QZZ A; 2V1J A; 1ABW B; 1Y4R A; 5MBA A; 1KD2 A; 4YU3 A; 1GJN A; 1J7S B; 1YEO A; 3WFX A; 3WCU C; 3D1A B; 1Y2Z B; 4IT8 A; 4FH6 A; 2MGE A; 4L7Y A; 3UHR A; 1DWT A; 1O1P A; 3WCV A; 3VRF A; 3WHM A; 1MWC A; 1IWH B; 1BVC A; 3WCW D; 5JDO D; 5CNG A; 4HSX A; 3ZOL A; 4HRT A; 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