The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
142
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structure length |
142
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Chain Sequence |
SLSAKDKANVKAIWGKILPKSDEIGEQALSRMLVVYPQTKAYFSHWASVAPGSAPVKKHGITIMNQIDDCVGHMDDLFGFLTKLSELHATKLRVDPTNFKILAHNLIVVIAAYFPAEFTPEIHLSVDKFLQQLALALAEKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Trout Hemoglobin Crystal Structure at 1.35 Angstroms Resolution.
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha-4
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
55
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| structure length |
142
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| sequence length |
142
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MHB B; 2SPO A; 1GBV A; 2W72 A; 2HCO A; 1HDB A; 1OUT A; 4ODC B; 1NZ3 A; 2HHD B; 2MYC A; 4OOD A; 1MBS A; 5CN9 A; 4FC3 B; 1CMY A; 1ECD A; 5B84 A; 2QLS A; 2ZS0 B; 2VYZ A; 2M6Z A; 1CLS A; 1MNI A; 2ZS1 D; 4NI1 B; 3PIA B; 1CH7 A; 2H8D A; 3K9Z A; 1YVT A; 2ZFB A; 2EKU A; 4YU3 A; 2OLP A; 1MTK A; 1NQP B; 3ECL A; 1VXF A; 3TM9 A; 1GBU B; 2SPL A; 1V07 A; 3ZJQ A; 4N8T B; 1LH1 A; 2D2M B; 1BZ0 B; 1SDK B; 1CBM A; 1T1N B; 1C40 B; 1Y0C B; 3LB1 A; 3DHT A; 3G4U A; 1MOC A; 1L2K A; 1S5X B; 3GQR A; 2MGM A; 1Y4Q B; 2YRS B; 3HYU A; 3HXN A; 5KDQ B; 1C7C A; 1YEV A; 4NI0 B; 2VHB A; 1Y4P B; 1Y5K B; 1Y2Z B; 3NG6 A; 1YIE A; 5HLQ A; 1HBR A; 1IRC A; 3VRG B; 2MGK A; 1I3E A; 1VWT A; 4UZV A; 1CQ2 A; 3ZOM A; 1M6C A; 1CG5 A; 3DHR B; 3ECZ A; 1MLQ A; 1YEO A; 4F6G A; 1Y09 B; 5E29 B; 3WCU C; 4G51 A; 4KN3 A; 1OUU A; 3ZJN A; 4N7P A; 1NWN A; 3S1J A; 1VXG A; 4VHB A; 1J7S B; 1QXD A; 1UT0 A; 4MQH B; 1HHO B; 2G11 A; 3IXF A; 1ASH A; 2MGJ A; 2FAM A; 4NK1 A; 1MWB A; 1LA6 B; 7HBI A; 2H8F B; 3RJ6 A; 1QSH A; 2EF2 A; 1YGF B; 2RAO B; 2ZSP A; 4YU4 A; 2VYW A; 2XKI A; 4FWY A; 2HBC B; 2GTL C; 3H58 A; 2MYA A; 1RTE A; 1K1K A; 5D5R A; 3UHN A; 3DR9 A; 3AQ5 A; 3D4X B; 4NXA A; 1DWR A; 1HGA B; 2O5L X; 1DTI A; 1ECA A; 1FAW A; 2ZFO D; 1FDH G; 4U8U B; 1X46 A; 5SW7 A; 1LFY A; 1A3N B; 1CPW A; 2AV3 A; 1FCS A; 3WCV C; 2ZSX A; 4KMW A; 1JY7 A; 1HGB B; 1PBX B; 3ONZ A; 2W6Y A; 1YOH A; 2AUO A; 1NIH B; 2HBE B; 3FH9 B; 1J7Y B; 2MGE A; 1GDL A; 1N9I A; 3TM3 A; 2MGA A; 2DXM B; 3H57 A; 3M38 A; 2LH7 A; 4O4T A; 1BUW B; 5AZR A; 1A6N A; 1GVH A; 3G46 A; 2GL3 A; 2BLI A; 3ARL A; 1J3Z B; 3FS4 B; 3BCQ B; 1Y7Z B; 5C6E A; 1HV4 A; 1J41 B; 3B75 B; 2G0Z A; 1NWI A; 3ZJM A; 4F6D A; 1A3O A; 1ABS A; 3O89 A; 5JGG A; 2R4X A; 3OVU C; 1COH A; 4C0N A; 1Y45 B; 1LFZ A; 1DM1 A; 1GCV A; 2OHA A; 2ZT2 A; 4MQK B; 2HBF B; 3UHT A; 3DUT B; 2ZLX B; 2VLX A; 1YEN B; 1CP0 A; 2HHE A; 1WMU B; 1WLA A; 1HLB A; 2ZS0 C; 1BZ6 A; 3A5B A; 3G4Q A; 2VEB A; 2QFN A; 1LFT A; 2D2M A; 1MTJ A; 3UHW A; 3CY5 A; 1BZ0 A; 1Y0T A; 1SDK A; 1CH3 A; 3UH3 A; 3E55 A; 1C40 A; 1J3Y B; 2GDM A; 4MQI A; 3AQ7 A; 6HBI A; 1KD2 A; 3QQR A; 1YFF B; 1S5X A; 4XS0 B; 2YRS A; 2AUQ A; 1HBI A; 1O1I B; 1G0A B; 5F0B A; 3BJ3 B; 1DXC A; 4MBN A; 1MOH A; 1O1L B; 1Y5K A; 1Y2Z A; 2NRM A; 1O1P A; 4MU5 A; 5CNC A; 2OH9 A; 4MQG A; 1Y85 B; 2Z6S A; 1GJN A; 1XZV A; 3LQD A; 1RQ4 A; 3WHM B; 3GDJ A; 3WCT C; 2HBS B; 1NGK A; 2ZLT B; 1Y4F B; 5E29 A; 3OZU A; 2DN3 A; 3IC2 B; 1AJH A; 4QAU A; 1YHE A; 3D17 A; 1MDN A; 1FN3 B; 1GDK A; 1MLO A; 1R1Y B; 3LB2 A; 4G1V A; 3ZOL A; 2W72 B; 1Y0D B; 3E5I A; 3QZZ A; 4MQH A; 3WFW A; 1JF4 A; 2MYE A; 1FHJ A; 3K8B A; 1OUT B; 4F68 A; 1YH9 A; 3UHC A; 1LA6 A; 3SDH A; 3S1I A; 3QM6 A; 3VHB A; 1CMY B; 1HCO B; 1DLY A; 1MLU A; 2ZSR A; 4LPI A; 1LHS A; 1FSL A; 1C7D A; 1D8U A; 1MWD A; 2M6Z B; 2IG3 A; 1MLK A; 4KMV A; 1CLS B; 2D2N B; 4AVE A; 1O1K A; 1IT3 A; 2Z6T A; 2D60 A; 2OH8 A; 2LH2 A; 1YVT B; 3OO5 A; 2ZFB B; 2R80 A; 3WTG B; 4U8U A; 3G4W A; 1YOG A; 1NZ4 A; 1DUK A; 3MKB A; 4HSW A; 2GRH A; 2AA1 A; 2NRL A; 5HLX A; 1RSE A; 3FH9 A; 1J7Y A; 3WCU D; 4FH6 A; 3OZV A; 3GQR B; 1MTI A; 3CIU A; 3HYU B; 3HXN B; 1C7C B; 1YEV B; 6HBW B; 2ZLW A; 1BUW A; 1OR4 A; 3ARK A; 1H97 A; 1BAB A; 3NG6 B; 1A0U A; 3D1K B; 1MNO A; 1YIE B; 2EVP A; 3FS4 A; 1HBR B; 3BCQ A; 1K0Y A; 1MBA A; 3B75 A; 1Y8I A; 3LR7 A; 2G14 A; 3ZJI A; 2O5Q X; 1CIK A; 2LHB A; 1VWT B; 1CO8 A; 1URY A; 5E83 B; 3LB3 A; 2GTL D; 1B0B A; 2QSP B; 1YEO B; 1Y0A A; 1X3K A; 1V4W B; 1GDI A; 2MB5 A; 1OUU B; 5AZQ A; 1IRD A; 2HBF A; 4N7P B; 1TU9 A; 2G0X A; 5JDO C; 1YOI A; 1QXD B; 1EMY A; 3HF4 B; 5EU2 A; 2VM0 A; 1MLM A; 4ROL A; 2W6V A; 1YEQ A; 1MYM A; 2Z8A A; 108M A; 1YG5 B; 2D5Z B; 107M A; 1Y5J A; 3WCV D; 1A4F A; 2R1H A; 1QSH B; 2SPM A; 3MJU B; 4YU4 B; 2MGF A; 3GKT A; 1Y31 A; 1THB A; 2R4Y A; 4PQ6 A; 2HZ2 A; 1K1K B; 1YFF A; 1CH5 A; 1X9F C; 4HHB B; 1XZ7 A; 1S0H A; 4HRT A; 1YMB A; 1FAW B; 1O1I A; 3BJ3 A; 3PI8 A; 1O1L A; 3WFU A; 1MWC A; 2FRI X; 5SW7 B; 1MYT A; 3K3U A; 4NS2 A; 3ZH0 A; 106M A; 1OJ6 A; 1JY7 B; 2W6X A; 1AJG A; 2ZLT A; 3QJC A; 5CHR A; 1XQ5 A; 1HAC B; 1Y4F A; 5JDO F; 104M A; 4NZI A; 1EW6 A; 1C7B A; 1NPG A; 1FN3 A; 5ILR A; 1R1Y A; 1YEU A; 1S69 A; 1YHU D; 3ED9 A; 3ZJS A; 1Y0D A; 1J40 B; 1DKE B; 2EKT A; 4IT8 A; 3PEL A; 1DXU A; 5C6E B; 1HV4 B; 2BKM A; 3UGZ A; 5CHQ A; 1LTW A; 3BJ2 A; 1A3O B; 3WFX A; 2GLN A; 5JGG B; 1HCO A; 1ABW A; 2OHB A; 5EET A; 1LH6 A; 1COH B; 1MLJ A; 4XDI A; 3M39 A; 1QSI B; 1LFZ B; 1DXV B; 1FDH A; 1GCV B; 3QM5 A; 2D2N A; 4ILZ A; 3QJD B; 3V2V A; 2MBW A; 3WTG A; 2HHE B; 1CG8 A; 1Y5F B; 4JAC A; 4PQC A; 1R1X A; 4F69 A; 4B4Y A; 4ESA A; 3VAU A; 3EDA A; 1LH7 A; 1LFT B; 1JZM A; 4L2M A; 3VRE A; 3CY5 B; 1MKO A; 1V4U A; 103M A; 1Y0T B; 4G1B A; 1MBD A; 4MPM A; 1F5P A; 1MLS A; 3UHB A; 2EB9 A; 1NEJ A; 3WCT D; 1IDR A; 2G0R A; 4MQI B; 1RQ3 A; 2ZS1 B; 1KD2 B; 4AVD A; 4B3W A; 1MBN A; 6HBW A; 3ZJR A; 2G0S A; 1HAB A; 4DWT A; 1O1P B; 4FWZ A; 1JF3 A; 3D1K A; 2LH6 A; 4MQG B; 5ILM A; 3SDN A; 1ITH A; 1XZV B; 3LQD B; 1RQ4 B; 3ASE A; 1RQA A; 1EWA A; 1LH5 A; 2BWH A; 3ORD A; 4F6B A; 5E83 A; 3GDJ B; 4TWV A; 2O5T X; 1NAZ A; 2QSP A; 3ECX A; 3WCU A; 1N9F A; 3G4R A; 1V4W A; 2DN3 B; 5MBA A; 1YHE B; 3D17 B; 4IRO A; 4L7Y A; 3UH7 A; 1DWS A; 3HF4 A; 5CNE A; 1FHJ B; 3K8B B; 3R0G A; 1Y7G A; 4MQC B; 1YH9 B; 1YG5 A; 2D5Z A; 3AG0 A; 4MQJ A; 1Y22 B; 2DN2 A; 3A0G A; 5EV5 A; 3UH6 A; 3MJU A; 1JL6 A; 5EOH A; 1B86 A; 4N7N A; 1Y4V A; 4JYQ A; 1A6K A; 2GNV A; 1C7D B; 1JP8 A; 1MYI A; 1O1K B; 4HHB A; 1BBB A; 1U7R A; 4DC7 A; 2D60 B; 2MGG A; 3GQG B; 1MBI A; 4NK2 A; 1AJ9 A; 3D1A B; 2R80 B; 3OO5 B; 3MYN A; 1A01 A; 2QFK A; 3NMM A; 3G53 A; 1SWM A; 3WR1 A; 3MKB B; 1BVC A; 3AT6 A; 3D7O B; 1BJE A; 3ODQ A; 3UHS A; 2AA1 B; 1HAC A; 3A2G A; 3MVC A; 1SI4 A; 1LFL A; 2ZFO B; 3CIU B; 3UBC A; 3WCW C; 2ZLW B; 5JDO D; 1MYF A; 2HBG A; 1DKE A; 1J40 A; 1UFP A; 1UX9 A; 5HBI A; 1BAB B; 2R4Z A; 2ZSS A; 3QZX A; 1A0U B; 1SHR B; 4TYX A; 1K0Y B; 1Y8I B; 3UHI A; 3SZK A; 5CN5 A; 1A9W E; 1QSI A; 1Y0A B; 1DXV A; 1YVQ A; 1HBB A; 2ZT4 A; 3AT5 B; 2AUR A; 1X9F D; 1YHU A; 1A9W A; 3GOU A; 1IRD B; 3OJ1 A; 1G08 B; 1V4X A; 2VYY A; 3QJD A; 1MNH A; 3PI9 A; 3UHX A; 112M A; 1A6M A; 1BZ1 A; 2ZSZ A; 1Y5F A; 4ROL B; 2W6V B; 1YEQ B; 2V1H A; 3AQ9 A; 1RPS A; 1Y5J B; 3GKV B; 1Y4R A; 1A4F B; 1J3F A; 2R1H B; 2ZSN A; 5CN6 A; 3WCP A; 5CN4 A; 2GRZ A; 3U3E A; 1Y7D A; 3QM7 A; 1Y31 B; 1THB B; 1OFK A; 1Y4B A; 2ZS1 A; 1HLM A; 1O1M A; 3ZJP A; 1NZ5 A; 3AQ6 A; 3S66 B; 1XZ7 B; 5EYJ A; 1N9H A; 1S0H B; 1UC3 A; 4HRT B; 4OF9 A; 2D2M C; 2WTH A; 1DWT A; 3PI8 B; 1DO3 A; 1LHT A; 1NZ2 A; 2VRY A; 4GZG A; 3PI4 A; 1HBA B; 3HRW B; 3O7N A; 3PI2 A; 5ILE A; 2AUP A; 1MZ0 A; 4X0L A; 2HHB A; 4M4B A; 1LUE A; 5JOM A; 4DWU A; 3GK9 A; 3EDB A; 2MYD A; 1XY0 B; 3GQP A; 3QJC B; 3UI0 A; 1XQ5 B; 3HHB A; 2ZLV A; 1XXT A; 5EE4 C; 2XKG A; 1PMB A; 1C7B B; 1MCY A; 2V1G A; 3W4U A; 1YEU B; 5EUI A; 3UHQ A; 3IC0 A; 1GDJ A; 4UUR A; 4MQC A; 3PEL B; 1DXU B; 4WJG A; 2FRJ X; 1Y01 B; 1YE2 A; 1Y22 A; 1YMA A; 3BJ2 B; 3UHD A; 1ABW B; 2O5O X; 5D1V A; 1JP9 A; 1VHB A; 3BOM B; 3PI1 A; 2GNW A; 4UIQ A; 1KFR A; 3QJB A; 1VRF A; 3GQG A; 1LFQ A; 1JZK A; 3D1A A; 5CNF A; 1CG8 B; 5E6E A; 1Y35 B; 1VXD A; 1GCW A; 1TES A; 2HZ3 A; 1R1X B; 2JHO A; 4ESA B; 4N7O A; 3NL7 A; 4FWX A; 1JDO A; 2BLH A; 3D7O A; 5EQM A; 3VRE B; 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2R4W A; 1LH2 A; 4ZVA A; 1FSX B; 1MLN A; 4F6F A; 1O1N B; 2R50 A; 2ZS0 D; 4ZVB A; 2E2Y A; 2MGI A; 111M A; 2MGH A; 1VXB A; 5M3S A; 3G4Y A; 1XZ4 B; 3ZJH A; 3SZK B; 1M9P B; 3BOM A; 1YIH A; 1JWN A; 3OO4 B; 1N9X A; 4MXK A; 2W72 C; 3MJP A; 1YVQ B; 1HBB B; 4WCH D; 1YHU B; 1MLH A; 3GOU B; 1V4X B; 1MLL A; 2D2M D; 3PI9 B; 1BZ1 B; 1Y35 A; 1RVW B; 3MN0 A; 1BZP A; 2G0V A; 1RPS B; 1NS6 B; 1Y4R B; 1Y8W B; 1JPB A; 1CBL A; 2D2N C; 2NSS A; 5HY8 B; 3WCP B; 1Y7D B; 1Y8H B; 1JEB A; 3KUN A; 1YZI A; 3S65 B; 1Y4B B; 2ZST A; 2ZLU A; 1MYG A; 1DXT A; 1O1M B; 5EE4 D; 1MYH A; 1Y8K B; 1IOP A; 3BJ1 A; 1QPW A; 1YHR A; 3A5A A; 2QSS A; 1G9V A; 1SDL A; 3EOK A; 110M A; 5CN7 A; 1UX8 A; 4FH7 A; 1F63 A; 1A00 A; 3LHB A; 4M4A A; 3P5Q A; 1U7S A; 2VLY A; 1RTX A; 2Z6N A; 3TLD A; 4X0L B; 2HHB B; 1HDA A; 5B85 A; 4M4B B; 1NS9 A; 1XZ2 B; 3WCT B; 1LFV A; 1CP5 A; 3WFT A; 1HGC B; 1MOB A; 3GQP B; 2W6W A; 4MXL A; 3HHB B; 2LH3 A; 2ZLV B; 1XZ5 B; 1XXT B; 2WY4 A; 1GLI B; 2CMM A; 1BIJ A; 1YE0 A; 3NFE A; 3W4U B; 5EUI B; 1QXE A; 3PT8 B; 3IC0 B; 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