The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
149
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structure length |
149
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Chain Sequence |
PIVDTGSVAPLSAAEKTKIRSAWAPVYSTYETSGVDILVKFFTSTPAAQEFFPKFKGLTTADELKKSADVRWHAERIINAVDDAVASMDDTEKMSMKLRNLSGKHAKSFQVDPEYFKVLAAVIADTVAAGDAGFEKLMSMICILLRSAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
HEMOGLOBIN V (CYANO MET)
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| publication title |
Refinement of a molecular model for lamprey hemoglobin from Petromyzon marinus.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Petromyzon marinus
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| total genus |
56
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| structure length |
149
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| sequence length |
149
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1985-08-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TLD A; 3MBA A; 1YE0 A; 1CH1 A; 4F4O B; 4F68 A; 3WFW A; 5ILP A; 1HBS B; 2BLH A; 1O1O B; 1M6M A; 5JOM A; 1MWD A; 2MGF A; 3GK9 A; 2GTL D; 1MLQ A; 2O5O X; 1LFZ B; 2RAO B; 1SWM A; 1BVC A; 4DWU A; 5ILE A; 3QJB B; 1QXE A; 5AB8 A; 3UHW A; 3O89 A; 3R0G A; 4G1B A; 2O5S X; 1GBV A; 1CBL A; 1IRD A; 3IC0 B; 1X9F B; 4BJA A; 2D2N A; 1U7R A; 1G0B A; 4MQI B; 4AVE A; 1EBT A; 2G0X A; 1UT0 A; 1X9F D; 1B86 B; 2D60 B; 2AA1 A; 1LH3 A; 1G0A A; 1S0H A; 1Y7C A; 4LPI A; 2MGE A; 2HHB B; 4MXL A; 5HLU A; 1COH A; 2G0R A; 2RI4 A; 1Y5J B; 3ARJ A; 1IT3 A; 1NS9 A; 3NML A; 5SW7 B; 2VM0 A; 3WCT C; 1HJT A; 3UGZ A; 4ZVB A; 1VXA A; 1ECA A; 3QJC B; 1QXD B; 3WHM A; 1MLH A; 1UMO A; 3DHR A; 1Y0D A; 5HY8 B; 5JDO C; 2M6Z A; 1JEB B; 2VYW A; 1BIJ A; 1MTI A; 4G51 A; 2NX0 A; 1WMU A; 1KD2 A; 1MNO A; 3H58 A; 2XKH A; 1DWS A; 2MGL A; 3MVC A; 3LQD B; 2R4Z A; 1CLS A; 1N9H A; 3WCV D; 3ASE A; 4YU4 B; 5E83 B; 1Y01 B; 2HBE A; 3HHB A; 4MQG B; 1XZV B; 3HEP A; 1ITH A; 1O1K B; 1W92 A; 3ARL A; 2HBC B; 1YEO B; 2DXM B; 1Y8H A; 1DXU B; 1EW6 A; 4U8U A; 5C6Y A; 5KDQ A; 5EYS A; 3P5Q A; 2HBS B; 1DTM A; 2AUO A; 3HXN B; 1SI4 B; 3ECX A; 2ZFO C; 3D7O B; 2EKT A; 1V9Q A; 1NZ3 A; 3O7N A; 2MHB A; 2GDM A; 3BA2 A; 1LJW A; 1XZU B; 2ZSS A; 1ABY A; 2E2Y A; 1J3Z A; 1MBD A; 2G10 A; 1J3F A; 2ZFB A; 4MBN A; 2EVK A; 1JY7 B; 1HLB A; 1K0Y B; 1A4F B; 3ODQ A; 1Y7Z A; 1J52 A; 2V1F A; 1NIH A; 3GQP B; 4PNJ A; 1C40 B; 1ASH A; 2D5Z B; 1OUT B; 3A0G B; 1VRF A; 3UHD A; 3MOU A; 1YEU A; 4ODC A; 3QM8 A; 1J7S B; 1HBR B; 1A3O A; 1LHT A; 2LH6 A; 3WCW A; 3S65 A; 1HAB A; 3FH9 A; 1QSI B; 1URV A; 1HCO A; 3HC9 A; 3D1A B; 3HRW A; 4UIQ A; 3EDB A; 1MBA A; 2Z6N A; 1VWT A; 3VRF A; 3ZJM A; 1J40 A; 1LFL B; 4MQC B; 1S61 A; 3NG6 A; 2MGM A; 4DC8 A; 1CQX A; 1HHO A; 2ZLV A; 2G14 A; 3MJU B; 1MNJ A; 3D4X B; 1HBI A; 3PEL A; 3BJ2 A; 1MYJ A; 2Z6S A; 4MQK B; 1NXF A; 1O1P B; 1G09 A; 1HBH B; 1MYH A; 1CQ2 A; 3ZJN A; 2W6W A; 3NL7 A; 2QMB B; 1J3Y A; 1YHE B; 5AZQ A; 3EU1 B; 3OZW A; 3UHR A; 3QM9 A; 5CN6 A; 1NWN A; 4TYX A; 1NS6 A; 1Y46 A; 5HU6 A; 1IOP A; 1J7W B; 1HSY A; 1DO7 A; 2H8D B; 2ZLU A; 2HZ1 A; 2DN2 A; 4JYQ A; 1SDL B; 2HBF A; 1OBM A; 3OK5 A; 5CHQ A; 1JL6 A; 2QSP A; 1D8U A; 1L2K A; 2LH5 A; 4WCH D; 2QFK A; 1A6M A; 4HSX A; 1BJE A; 1SDK A; 1R1X B; 3G53 A; 1CH4 A; 1NQP B; 1EWA A; 1GCW B; 3M39 A; 5CNE A; 3IXF A; 1HBS A; 3UHK A; 1O1O A; 1RVW A; 1YVT A; 2HCO B; 3G52 A; 1LFZ A; 2RAO A; 4IRO B; 5KER B; 1O1L A; 3WCT B; 3FS4 B; 2C0K A; 3QJB A; 2AV0 A; 3WCT D; 3EDA A; 3IC0 A; 2HHD B; 1X9F A; 2LH1 A; 1BBB B; 1CH9 A; 1J7Y A; 1YHR B; 4KN3 A; 1Y35 B; 1Y4R B; 5JDO D; 1B86 A; 1QI8 B; 1EMY A; 1YH9 B; 1JW8 A; 1OFJ A; 1FHJ B; 2HHB A; 2MGB A; 3UBC A; 1Y5J A; 2G11 A; 3QJE B; 3WFU A; 1Y31 B; 1Y4P A; 2FRI X; 2ZT0 A; 3OO4 B; 1MOB A; 3QJC A; 2MGD A; 3QZX A; 1MTJ A; 1T1N A; 1I3D A; 5HY8 A; 1RQ3 B; 1Y45 A; 3KMF C; 1XZ7 A; 2B7H B; 1JEB A; 3UGY A; 5JDO E; 2D2M A; 2G3H A; 3VRE B; 2MYA A; 4NK1 A; 3S48 C; 1G08 B; 1MZ0 A; 2BW9 M; 2BK9 A; 1BZ0 B; 4QAU A; 101M A; 3LQD A; 3ZOM A; 1YVQ B; 1V4W B; 2AV3 A; 1CMY B; 4FWY A; 1C7B A; 2ZFO D; 1VXG A; 4YU4 A; 3UHH A; 1XYE B; 2MBW A; 1YEQ B; 1TES A; 4MQG A; 1XZV A; 1DM1 A; 3AT5 A; 1JF4 A; 4H0B A; 1X3K A; 2CMM A; 2W72 B; 1V75 B; 2W31 A; 1MYG A; 1YEO A; 1DXU A; 2V1K A; 1A6G A; 1XZ5 B; 3D1K A; 1RTE A; 2HBS A; 1VXD A; 3AQ7 A; 3QMA A; 3HXN A; 1SI4 A; 1XZ2 A; 2SPN A; 2ZSO A; 3GLN A; 1YEN B; 4L7Y A; 4DC7 A; 3UH7 A; 2HBD B; 1MNK A; 3ZJQ A; 3EOK B; 1BIN A; 1Y8K B; 1A0Z B; 1C7D B; 1XZU A; 1HGC B; 1MLJ A; 5IKS A; 2GRF A; 1Y4V B; 4NK2 A; 4O4Z A; 1LFQ B; 3NMM A; 1JY7 A; 2GL3 A; 1A4F A; 1CP0 A; 3PI4 A; 1YDZ B; 3UHX A; 1C40 A; 5JGG B; 3UHC A; 1GBU A; 2D5Z A; 1OUT A; 3A0G A; 1XQ5 B; 4UUR A; 1LTW A; 1V4U B; 4ILZ A; 2YRS B; 1ECN A; 3MN0 A; 1YOI A; 2MYD A; 3WCU A; 4M4B B; 107M A; 1VHB A; 1J7S A; 2PGH B; 2ZS0 C; 3OZU A; 2R50 A; 1MYZ A; 4O2G A; 2MYE A; 2O5T X; 3VRG A; 1S5Y B; 1F5P A; 2G12 A; 1CH3 A; 3OO5 B; 1CG8 A; 1FLP A; 2V1I A; 1N9F A; 1CH5 A; 3M3A A; 4MQC A; 3PI2 A; 3ZOL A; 1DUO A; 1A01 B; 1A6K A; 2Z6T A; 3GQR A; 2GNW A; 103M A; 3MJU A; 2OIF A; 1DWR A; 1GLI B; 2VLX A; 1XZ4 A; 1HBH A; 1Y4Q A; 3BJ3 A; 4KMV A; 1GDI A; 3GYS B; 3UHI A; 3OGB A; 1V4X B; 1YHE A; 3PT8 B; 1UC3 A; 1JP8 A; 1VXF A; 3QJD B; 1O1J B; 1BZ6 A; 2DN1 A; 104M A; 4O4T A; 4DWT A; 1O1M B; 3LB1 A; 1YMB A; 1MLF A; 1G9V B; 2ZSR A; 1YIE A; 3WCP A; 2QSS B; 2D6C A; 5M3S A; 2LH3 A; 3BOM B; 2H8D A; 1Y0C B; 3DHT B; 1SDL A; 4NZI A; 3ZHW A; 2GTL B; 4MU5 A; 1CIK A; 1MBO A; 2V1E A; 1MLU A; 1YGD B; 1NQP A; 3G46 A; 4N7N B; 3LB3 A; 1GCW A; 3PI8 A; 4N7O A; 1A0U B; 2W6V B; 1A6N A; 1HGB B; 3IC2 B; 1MWC A; 2HCO A; 4IRO A; 1S5X B; 2ZT1 A; 1HBA B; 1NWI A; 3SDH A; 1FDH A; 2MGC A; 3FS4 A; 2ZSP A; 3W4U B; 3CY5 A; 4F6G A; 1Y4B B; 1IBE B; 4L2M A; 2HHD A; 1BBB A; 1CBM A; 1YGF B; 1AJ9 A; 1NZ5 A; 1YHR A; 1OUU B; 1JZM A; 1Y35 A; 1HDB A; 1Y4R A; 1YH9 A; 3ZJR A; 2ZT2 A; 6HBW B; 2D2N C; 2AUR A; 2GRZ A; 3K8B A; 3QQQ A; 3M3B A; 1O1N A; 1A9W E; 2W6X A; 3HF4 B; 3QJE A; 4HBI A; 2HHE B; 5CMV A; 3V2Z A; 3WCV B; 3WTG B; 4TWU A; 4MQJ B; 4ROL B; 1YHU A; 1Y0A B; 1XY0 A; 1OR4 A; 1SPG B; 1ECO A; 3UHU A; 1AJH A; 5D5R A; 1RQ3 A; 2B7H A; 2MGG A; 2ZSZ A; 3MYN A; 3VRE A; 4F6B A; 1UX8 A; 1G08 A; 2O5L X; 3R5I B; 1BZ0 A; 1MYT A; 3D17 B; 3G4U A; 4NI0 A; 1CG5 A; 3NFE B; 3GDJ B; 3UHB A; 1YEQ A; 5CNC A; 3WR1 A; 1URY A; 4XDI A; 5E6E B; 1C7C B; 5E29 B; 2W72 A; 2MGH A; 1Y2Z B; 1HAC A; 3ARK A; 3SZK B; 2ZLX B; 1UIW A; 1RQA B; 1A00 A; 2V1G A; 4HHB B; 3RGK A; 1R1Y B; 1XZ5 A; 1Y8W B; 1ABS A; 2VEB A; 1CO8 A; 1UFP A; 4U8U C; 4NI1 B; 1DKE B; 1MLO A; 2ZS0 B; 3EOK A; 2VHB A; 3A5A A; 1A0Z A; 3ZJI A; 2ZS0 D; 1C7D A; 1FDH G; 1MOD A; 1HGC A; 3AQ6 A; 1V07 A; 1NEJ B; 3PT7 B; 1YFF B; 1N9X A; 5AZR A; 3AT6 B; 3RJ6 A; 1GDK A; 1YOH A; 1JF3 A; 5JGG A; 3LB4 A; 3G4V A; 2MYC A; 1MLL A; 1DO1 A; 1HDS B; 3ORD A; 2LHB A; 2QLS B; 1KFR A; 2NRL A; 2IN4 A; 2PGH A; 2H35 B; 4TWV A; 1XXT B; 110M A; 1RTX A; 4H2L B; 1S5Y A; 4MQH B; 2DHB B; 1BZZ B; 1MLK A; 1DTI A; 3OO5 A; 2D5X B; 1VXC A; 2EF2 A; 3CIU B; 3K9Z A; 4JAC A; 3WCW C; 4ESA B; 3A59 B; 1LH2 A; 5MBN A; 1GDL A; 3LB2 A; 1AJG A; 1MOA A; 1QSH A; 1GLI A; 2QU0 B; 1MYF A; 1IRC A; 3GOU B; 1GCV A; 1J41 B; 1LFY B; 3GYS A; 1OFK A; 2H8F B; 2OLP A; 1YG5 B; 3PT8 A; 2VLZ A; 1O1J A; 2OHA A; 1O1M A; 1MKO A; 3UH6 A; 2ZS1 A; 1FSL A; 1G9V A; 3DUT A; 1IWH B; 1SPE A; 1VXE A; 1YE0 B; 1LH1 A; 3QM5 A; 1THB B; 1IDR A; 4FWX A; 4N7P B; 4F4O A; 3DHT A; 2BMM A; 3GQG B; 2GTL A; 2OH9 A; 1JWN A; 2VLY A; 2R4Y A; 3GKT A; 5CN8 A; 3PIA B; 2R1H B; 1IRD B; 2PEG B; 1HRM A; 1JPB A; 1VXH A; 3ZH0 A; 2ZSN A; 1LFV B; 2D2N D; 1MOC A; 4KMW A; 4MQI A; 2W6V A; 2V1J A; 1A9W A; 1HGB A; 3IC2 A; 1OR6 A; 1G0A B; 4HRT B; 1S0H B; 1YZI B; 1Y7C B; 2D60 A; 1S5X A; 1A3N B; 3PI3 A; 2RI4 B; 3KUO A; 1HLM A; 1BVD A; 2ZLW B; 1Y4B A; 1IBE A; 1Y22 B; 1OUU A; 5SW7 A; 1MCY A; 1QXD A; 3BJ1 B; 1I3E A; 2GKN A; 2M6Z B; 5HBI A; 4NXC A; 3QM6 A; 4X0L B; 1YE2 B; 1NAZ A; 1MLM A; 2FAM A; 4G51 B; 1OJ6 A; 1MNI A; 1KD2 B; 3HF4 A; 1CH7 A; 3VAU A; 2IG3 A; 3A9M A; 4F6I A; 2ZFO B; 1YOG A; 3WCV A; 3WTG A; 4MQJ A; 4ROL A; 1CLS B; 1Y0A A; 2XKG A; 1SPG A; 1MLR A; 5E83 A; 3HHB B; 1Y0W B; 3PI9 B; 1MWB A; 1MYI A; 1O1K A; 5EYJ A; 3G4W A; 1LH7 A; 1YIH B; 3RJN B; 2D2M C; 3R5I A; 2HBC A; 2ZSQ A; 2DXM A; 3D17 A; 1CP5 A; 1LFT B; 4U8U D; 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1LFY A; 1J7W A; 1NPG A; 2H8F A; 1YG5 A; 2QSP B; 4FWZ A; 4HSW A; 2WY4 A; 4WJG A; 5HLX A; 3SDN A; 1SDK B; 1MNH A; 3PI1 A; 2GNV A; 3UH3 A; 1DWT A; 1IWH A; 1R1X A; 1Y8I B; 2DC3 A; 1THB A; 4N7P A; 4NXA A; 2LH7 A; 3GQG A; 1RVW B; 1YVT B; 2DN3 B; 1O1L B; 1PMB A; 5KER A; 2O5B X; 2R80 B; 106M A; 3WCT A; 3PIA A; 2G0Z A; 2R4X A; 2R1H A; 5EQM A; 1MTK A; 2PEG A; 102M A; 1J7Y B; 3A5B A; 1UX9 A; 1BAB B; 1LFV A; 2NSS A; 1Y5F B; 4HRT A; 1YZI A; 1QI8 A; 1HGA B; 3UI0 A; 1A3N A; 2JHO A; 1YEV B; 1FHJ A; 4KJT A; 4AVD A; 2ZLW A; 4GZG A; 4MBA A; 3WFT A; 2VYZ A; 1XCH A; 4F6F A; 1CH2 A; 1HDA B; 2HZ3 A; 1Y22 A; 1Y4P B; 1Y31 A; 5EE4 C; 4MAX A; 1O1I B; 2NSR A; 2BKM A; 3OO4 A; 4B4Y A; 1T1N B; 1IT2 A; 3BJ1 A; 1CO9 A; 1MGN A; 2BLI A; 2SPM A; 2FRF A; 3UHZ A; 1Y45 B; 1XZ7 B; 3AG0 A; 2D2M B; 2NRM A; 1M6C A; 4X0L A; 1YE2 A; 1RPS B; 1S6A A; 2LH2 A; 1UFJ A; 2D2M D; 5KKK A; 3OZV A; 1WVP A; 1Y4F B; 2ZFO A; 3U3E A; 1C7B B; 4N8T B; 1YVQ A; 1V4W A; 4O35 A; 1CMY A; 1FN3 B; 1M9P B; 2MGJ A; 1XYE A; 1Y0W A; 3PI9 A; 3AT5 B; 1YHU C; 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