The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen storage
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| molecule keywords |
MYOGLOBIN
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| publication title |
X-ray structure of sperm whale deoxymoglobin refined at 1.4A resolution
rcsb |
| source organism |
Physeter catodon
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| total genus |
65
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1981-08-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XZ5 B; 4HHB A; 1Y5K B; 4YU3 B; 3GQP B; 1BIJ A; 1YVQ B; 3GKV A; 3NMM B; 2HZ1 A; 1O1O B; 1HDS B; 1LFT A; 2ZFO D; 4ODC B; 1IBE A; 1VXB A; 1UMO A; 2R50 A; 3UHD A; 2IN4 A; 1J41 A; 1MLH A; 1CH4 A; 5CND A; 4FC3 A; 2EKU A; 3ZOM A; 1HGC A; 2QSS B; 1SDL A; 1NPG A; 2ZLX A; 5JDO E; 5EQM A; 3ED9 A; 1SPG B; 1PBX B; 1M9P A; 1EBC A; 1XY0 A; 2W31 A; 1MLO A; 2R1H B; 1BZ6 A; 3PEL B; 2MHB B; 1Y7G B; 2MGA A; 1YDZ B; 2FRJ X; 2D2N C; 1AJH A; 1UFJ A; 3AG0 A; 1YHU C; 1IWH B; 1A6K A; 1MBD A; 3HHB A; 2ZFO B; 2QFK A; 3UHU A; 1HDB B; 3D1K B; 2DHB B; 1UIW A; 3HF4 A; 1QPW B; 5E6E A; 2ZSS A; 1X3K A; 2BWH A; 2ZS1 C; 5E29 B; 4WCH D; 3A2G A; 1Y0C A; 4H2L B; 4MXL A; 1YVT B; 2DC3 A; 1C7D B; 1O1M A; 3HC9 A; 1JL7 A; 1L2K A; 3UI0 A; 4WJG A; 1HBS A; 2WTG A; 2ZS0 A; 3A9M A; 1Y0D A; 4TWU A; 3GYS B; 1UT0 A; 4N7P A; 1XZV A; 1JF4 A; 1R1Y A; 3P5Q A; 3MKB B; 1NWI A; 1W92 A; 1Y4B A; 2R80 A; 1O1I A; 3AQ9 A; 3BCQ B; 2BK9 A; 1WMU A; 1GBV B; 3CY5 A; 4DWT A; 2NRL A; 3K9Z A; 1Y8K B; 1JY7 A; 1MYG A; 5EUI A; 1Y45 A; 1THB A; 5JGG A; 1GZX B; 2BLI A; 1MKO B; 3A0G B; 3D17 B; 3S65 A; 3NL7 B; 1O1L B; 1O1K B; 3MJU A; 2MGI A; 1JL6 A; 3O7N A; 1VRE A; 5ILR A; 1VWT A; 1YE2 B; 4MQJ B; 1S0H B; 2HBS A; 3WCW D; 2MB5 A; 1CO9 A; 1LFZ A; 1HHO B; 3S66 A; 3ZJS A; 3MVC A; 1K1K B; 1Y31 A; 1MOB A; 5HLX A; 2GDM A; 1XZ5 A; 3U3E A; 2RAO B; 3IXF A; 1Y2Z B; 1Y5K A; 1WLA A; 1VXG A; 2QLS A; 4YU3 A; 5KDQ B; 1YVQ A; 103M A; 3NMM A; 3WHM B; 3QJE B; 1O1O A; 1HDS A; 3QM6 A; 3EDB A; 5SW7 B; 4ODC A; 3ODQ A; 2MGC A; 4FH6 A; 1HLB A; 1JEB B; 2DN3 A; 1MYT A; 3QM5 A; 1V5H A; 1GDI A; 2QSS A; 1B0B A; 4MQG B; 1LHT A; 1X9F A; 3E55 A; 1HAC B; 1Y46 A; 4X0L B; 1SPG A; 2EB8 A; 3WCW B; 1PBX A; 2WY4 A; 1YHE A; 4FWY A; 2LH1 A; 3VRE B; 1YFF A; 1Y22 B; 3E5O A; 2AUQ A; 1MDN A; 1MYH A; 2MHB A; 2GTL C; 3LQD A; 2V1G A; 3CIU B; 1MLN A; 112M A; 3FH9 A; 2MGE A; 1IWH A; 2ZFO A; 1HDB A; 1CIK A; 3K3U A; 1JP9 A; 3D1K A; 1CLS B; 2DHB A; 1HGB B; 3KUN A; 4IRO B; 4F68 A; 3D4X B; 1V4U A; 1LH3 A; 5M3S A; 2ZLW B; 3D7O B; 1C40 B; 4H2L A; 2W6V A; 1YVT A; 1MBN A; 2CMM A; 3UHN A; 1C7B B; 1C7D A; 2HBD B; 3KUO A; 2HHE B; 2G0X A; 2HBC A; 1JPB A; 1A3N B; 3MOU A; 3HEP A; 1VXA A; 1DLY A; 1WVP A; 3QJD B; 2W6W A; 1F65 A; 2HBG A; 1YOG A; 3DHR B; 5C6E B; 3W4U B; 1D8U A; 1BVC A; 1Y85 B; 1UC3 A; 1GCW B; 1GJN A; 4U8U C; 1G09 A; 3HRW B; 2ZSO A; 1N9H A; 5F2A A; 4F6J A; 1HBR B; 2HHD A; 4N7N B; 1MKO A; 3D17 A; 1OJ6 A; 1YEN B; 1O1L A; 1JP8 A; 1A01 B; 1Y83 A; 2H8F B; 2AUO A; 4XDI A; 3WCT D; 1QSI B; 1S0H A; 1TU9 A; 5D5R A; 1MNH A; 1YIE B; 1FHJ B; 2WTH A; 4HSW A; 1B86 B; 3ARL A; 1URV A; 2RAO A; 1J7S A; 1Y8H A; 2ZLV B; 4HSX A; 5KDQ A; 3WHM A; 2EB9 A; 2ZWJ A; 2MBW A; 5CNC A; 1V4X B; 5SW7 A; 3A59 B; 3ASE A; 1PMB A; 2BLJ M; 1Y8I B; 2D5Z B; 2GL3 A; 1MBO A; 1Y0T A; 4F6G A; 4MQG A; 1FCS A; 5CHQ A; 3UHX A; 3GQR B; 3WCT B; 4O4Z A; 3UGY A; 1HAC A; 1XYE B; 2LHB A; 3UHH A; 4XS0 B; 4X0L A; 1BAB B; 3WCW A; 3OGB A; 1I3D A; 3PI4 A; 1MNI A; 1BIJ B; 3VRE A; 1TES A; 1Y22 A; 1Y0W A; 4N7O A; 4L7Y B; 3CIU A; 1GDL A; 3SZK B; 3TM9 A; 2VLZ A; 1SHR A; 2O58 X; 1J41 B; 4MPM A; 5E83 B; 3G4U A; 4O4T A; 3S48 C; 4F6D A; 3ORD A; 1LUE A; 1R1X B; 4FC3 B; 109M A; 1CLS A; 1HGC B; 3UHW A; 2VYY A; 2AV0 A; 2NSS A; 1YE0 B; 3PI9 B; 1MNO A; 4DC7 A; 1K0Y B; 4NS2 A; 3D4X A; 1F5P A; 1XZ7 A; 3M3B A; 3ZHW A; 1BBB B; 2ZLW A; 3D7O A; 3LB3 A; 1YMB A; 1MOC A; 2ZS0 D; 2LH5 A; 3MN0 A; 4MBN A; 1Y7C A; 2HBD A; 3ONZ A; 2HHE A; 2QRW A; 2M6Z A; 2VLY A; 1GCV A; 2D2M C; 1A3N A; 3MJP B; 3HHB B; 2ZLU B; 3DR9 A; 1MLF A; 1UIW B; 2ZSQ A; 3TM3 A; 3R0G A; 5C6E A; 3GKT A; 2PGH A; 3WCV C; 2SPM A; 2V1H A; 1YEO A; 3UHK A; 1LFQ B; 4FWZ A; 4G51 B; 2AA1 B; 3PI1 A; 1HSY A; 4N7N A; 2ZS0 B; 1YEU B; 1A01 A; 1Y0D B; 2HCO A; 3QZZ A; 1XZV B; 2LH7 A; 1YOI A; 1R1Y B; 3HEO A; 1NWN A; 1FHJ A; 5MBA A; 1Y4B B; 4NI1 B; 2R80 B; 1MYZ A; 3KMF A; 1B86 A; 1WMU B; 1VXF A; 2W72 C; 3CY5 B; 1M6M A; 1A00 B; 1KD2 B; 1JY7 B; 2ZLV A; 5EUI B; 4NXA A; 1FSL A; 3ZJJ A; 1V4X A; 5HY8 A; 3WTG B; 1MWC A; 1LFL B; 3G4V A; 3NFE B; 4F69 A; 1YCB A; 108M A; 1VWT B; 2HBS B; 4NK1 A; 1LFZ B; 2LH3 A; 3S66 B; 3WFX A; 3GQR A; 3WCT A; 2SPO A; 2ZFB B; 1XYE A; 4ESA B; 1LH5 A; 4XS0 A; 1BAB A; 2MGM A; 1CH2 A; 2HBF A; 1UFP A; 4B3W A; 1A6M A; 3ZJI A; 3WCU C; 2QLS B; 3BJ2 B; 4FWX A; 4KJT A; 5EYS A; 4L7Y A; 1GLI A; 3SZK A; 3ODQ B; 1A6G A; 2GRF A; 1SWM A; 5E83 A; 2DN3 B; 5JDO D; 1MTK A; 5CN8 A; 1YMC A; 1BZR A; 1R1X A; 1NGK A; 1HBG A; 4PQB A; 1XZ4 B; 1RQ4 B; 2FRF A; 5HU6 B; 1CMY A; 2VHB A; 1YE0 A; 4DWU A; 3PI9 A; 4M4B A; 1X9F B; 1K0Y A; 1Y46 B; 1YHR B; 1YHE B; 1RVW A; 5EE4 D; 1BBB A; 4MQK A; 3ZH0 A; 1RPS A; 2FAM A; 1YFF B; 2AUR A; 2XKG A; 3LQD B; 3FH9 B; 110M A; 1IT3 A; 2D5X B; 1COH A; 3MJP A; 1YEV A; 2VLX A; 2ZLU A; 2GKN A; 107M A; 1GDK A; 3UBV A; 4UIQ A; 2PEG A; 1CH7 A; 2G12 A; 2ZSP A; 1MBA A; 1XQ5 B; 2H8D A; 1O1N B; 1MOD A; 1Y4V B; 2G10 A; 2G3H A; 4LPI A; 1V4U B; 4NI0 B; 3ZJN A; 3BJ1 A; 4F6B A; 2W6V B; 1NPF A; 1LFQ A; 4G51 A; 2AA1 A; 3G4Y A; 5JDO F; 1NS6 B; 2HBC B; 2C0K A; 1CH9 A; 1AZI A; 3BJ3 B; 1YEU A; 1NZ5 A; 5EU2 A; 1RQA A; 3VRG B; 3GQG A; 1OR4 A; 1HBB B; 2VM0 A; 1J3Y B; 3LR7 A; 1MLQ A; 2O5M X; 3IC0 A; 1Q1F A; 3OZW A; 2O5O X; 1O1J B; 3UH3 A; 3IC2 B; 5F0B A; 2GRH A; 3OZU A; 1Y8W A; 1XZ2 B; 1J7W B; 4NI1 A; 2W6X A; 1ITH A; 4HRR B; 6HBI A; 1DXV B; 3QM9 A; 2ZT0 A; 1CIO A; 1EWA A; 2G0Z A; 1UX9 A; 2MGK A; 1A00 A; 2XKI A; 4QAU A; 1V4W A; 1KD2 A; 1G09 B; 2Z6N B; 3G4Q A; 3OVU C; 3VHB A; 2HHD B; 1EMY A; 1MNJ A; 1Y83 B; 3WTG A; 1KR7 A; 1LFL A; 1BIN A; 3NFE A; 5ILE A; 1S5X A; 1Y09 B; 1S6A A; 3PI8 A; 1JZM A; 3WCP A; 1QXD A; 2ZFB A; 1LTW A; 4ESA A; 3VRF B; 4PQC A; 1X46 A; 1U7R A; 2VYW A; 1MBC A; 1J7S B; 3UHI A; 2Z6S A; 1Y8H B; 3BJ2 A; 3QMA A; 2AV3 A; 2ZSN A; 1CO8 A; 1LFV A; 1EW6 A; 1BZ1 B; 1BVD A; 3VAU A; 3WI8 A; 1Y0T B; 1MTI A; 1JW8 A; 1RQ4 A; 1XZ4 A; 1JF3 A; 5HU6 A; 1GVH A; 5CNF A; 1DWT A; 1V07 A; 1YHR A; 1YH9 B; 1YOH A; 2D6C A; 3BA2 A; 1Y0W B; 4N7O B; 4NK2 A; 3ARJ A; 2DN1 B; 1SHR B; 2D5X A; 2G0R A; 1V75 A; 3AT6 A; 1OR6 A; 1HLM A; 1U7S A; 1IT2 A; 3UHC A; 3S1J A; 3GLN A; 1XQ5 A; 3QM7 A; 1NIH A; 1O1N A; 1Y4V A; 2V1J A; 2LH6 A; 1XZ7 B; 1Y4R B; 4AVE A; 4NI0 A; 1SI4 A; 1A9W E; 1X9F C; 4GZG A; 4MQH B; 1UX8 A; 1DKE A; 1XCH A; 1ECA A; 1Y7C B; 3ONZ B; 1LJW A; 3AT5 A; 1LH7 A; 2M6Z B; 1MLK A; 1NS6 A; 5AB8 A; 1GCV B; 1DO1 A; 1DUO A; 3BJ3 A; 3PIA A; 3UHZ A; 3VRG A; 1HBB A; 1DWS A; 1J3Y A; 2R4Z A; 2G14 A; 2ZFO C; 1HJT A; 1C7C A; 1O1J A; 3IC2 A; 2PGH B; 1BZZ A; 1XZ2 A; 1J7W A; 2HBE A; 4HRR A; 2W6Y A; 1DXV A; 1J3F A; 1YEO B; 2R4X A; 3ZJO A; 1YGF B; 2Z6N A; 2OH9 A; 5MBN A; 1FDH G; 3ARK A; 1S56 A; 1LH2 A; 2ZSX A; 3ZJQ A; 3LB4 A; 2QMB A; 1HBA B; 3UH6 A; 1V9Q A; 2HCO B; 1HBH B; 2Z6T A; 1N9I A; 4B4Y A; 3HXN A; 4MQI B; 4YU4 A; 4ZVA A; 1Y09 A; 4F6F A; 1HV4 B; 2G11 A; 1RQ3 A; 1YCA A; 1MWB A; 1I3E A; 3BOM A; 4H07 A; 3VRF A; 1IDR A; 4G1B A; 1CPW A; 3EDA A; 1JWN A; 1N9F A; 1NZ2 A; 1NQP A; 2O5S X; 3H57 A; 2XKH A; 2ZT3 A; 2D2N D; 5HY8 B; 1YHU D; 4N8T A; 3ZJR A; 1YG5 B; 1BZ1 A; 3K8B A; 5IKS A; 1DXC A; 3ECL A; 1LH6 A; 4SDH A; 3M3A A; 3G53 A; 4C44 A; 1VXE A; 1FLP A; 2SPL A; 4OF9 A; 2ZS1 D; 2BMM A; 2HBF B; 3PT7 A; 1YGD B; 2FRI X; 1YH9 A; 3RJN B; 1CH1 A; 1VXC A; 3GOU A; 4O35 A; 1GLI B; 3GDJ B; 3S1I A; 4WJG 1; 2DN1 A; 1HGA A; 1S61 A; 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4HRT B; 1YIH A; 4MBA A; 1NZ4 A; 3GDJ A; 3AQ8 A; 4C0N A; 1HAB A; 1MTJ A; 2E2Y A; 3UHY A; 1LFV B; 3IA3 B; 3WFW A; 2V1E A; 3MYM A; 1QI8 A; 2GTL B; 1VRF A; 2D2N A; 3AQ5 A; 1YHU A; 2GLN A; 2DN2 A; 1LFY B; 5ILP A; 3G4W A; 5HAV A; 4VHB A; 2MYA A; 1ASH A; 3OO4 A; 3WCT C; 3UH7 A; 4U8U D; 1MZ0 A; 1Y7Z B; 2DXM B; 2V1K A; 2ZS1 A; 1NS9 A; 1BZ0 A; 1LA6 A; 2OHA A; 1MLS A; 1Y5J A; 4MAX A; 1OBM A; 1G9V B; 1V75 B; 5KER A; 3AT6 B; 3G4R A; 3OK5 A; 3LB2 A; 1BJE A; 3OZV A; 2H35 A; 105M A; 2ZT1 A; 1MLL A; 4F6I A; 2G0S A; 1Y4P A; 1NIH B; 4JAC A; 2GNW A; 1Y35 A; 1M6C A; 1SI4 B; 1Y4Q A; 2HZ3 A; 4F4O A; 2VRY A; 1XZU A; 1A3O B; 1DKE B; 1AJ9 A; 1JDO A; 1LJW B; 3UBC A; 1T1N A; 3AT5 B; 4U8U B; 1G0B A; 1MYI A; 2GKM A; 3PIA B; 1MWD A; 1DXT B; 2MYC A; 1J3Z B; 1C7C B; 2VEE A; 2YRS A; 1MLU A; 3ZJP A; 3HYU A; 1BZZ B; 1A4F B; 2ZLT B; 1CG8 A; 2FRK X; 2HBE B; 1Y01 B; 2D60 A; 1CG5 B; 2RI4 A; 2MGD A; 3QJC B; 2VYZ A; 3DUT A; 2NX0 A; 3FS4 A; 3R5I A; 2QU0 A; 3OO5 B; 1GBU A; 5CMV A; 2O5T X; 7HBI A; 1YEQ B; 2QMB B; 1QSH A; 1MYF A; 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