The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of sperm whale deoxymoglobin refined at 1.4A resolution
rcsb |
| molecule tags |
Oxygen storage
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| source organism |
Physeter catodon
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| molecule keywords |
MYOGLOBIN
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| total genus |
65
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1981-08-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AQ5 A; 2HBD B; 1EWA A; 1NS9 B; 3ZH0 A; 1DTM A; 1MYJ A; 4NI1 B; 1J7S B; 3WCU A; 1XZV A; 1MBO A; 2EKT A; 3UHY A; 4M4A A; 4BJA A; 4MQI B; 3QJC A; 1ABY A; 3VRE A; 1QPW B; 3SDH A; 2O5Q X; 1QSH A; 3R5I A; 3NFE A; 1YEU B; 1Y4B A; 1HDA B; 3ZHW A; 2O5L X; 1C7B B; 2GKN A; 1LFT A; 5C6Y A; 3A59 A; 1DXC A; 1Y4P A; 2O5M X; 3WCU B; 4M4A B; 3QJC B; 1OBM A; 1ECN A; 2HZ2 A; 5M3S A; 3VRE B; 1QSI A; 3M38 A; 4LPI A; 2BKM A; 3R5I B; 1CQX A; 3NFE B; 3AG0 A; 1URV A; 1XY0 A; 3B75 A; 3ARJ A; 1Y4B B; 1O1L A; 2W6W A; 5CMV A; 4PQC A; 4KMV A; 1LFT B; 3OO5 A; 1Y4P B; 3QM5 A; 1NZ5 A; 4N7O A; 4VHB A; 1MLN A; 3CIU B; 4F6B A; 3LB3 A; 4DC8 A; 1C7D A; 3ZOL A; 3ARK A; 1MKO A; 1MNI A; 3UHW A; 1UC3 A; 2VYW A; 2SPO A; 1QSI B; 2D60 A; 1N9F A; 2MGM A; 1MOH A; 1YG5 A; 3B75 B; 1MYF A; 5EYS A; 4NK1 A; 3OK5 A; 4F68 A; 1C7C B; 3OO5 B; 5ILP A; 2NRL A; 5MBN A; 1O1I A; 4NK2 A; 2ZST A; 3QM9 A; 1C7D B; 3HEP A; 3A5B A; 2ZSY A; 1BAB A; 2G0S A; 2DXM A; 1NEJ A; 5JGG A; 1YG5 B; 2DN1 A; 3E5O A; 1DO1 A; 3K8B A; 1Y45 A; 1X9F D; 5HLU A; 4XDI A; 3OZU A; 1N9H A; 1O1I B; 1IBE A; 3ZJM A; 1NAZ A; 1CO9 A; 1HGA A; 3MJP B; 1BAB B; 1YEN A; 1CMY A; 2Z6T A; 1MCY A; 1A3N B; 1JZL A; 1DXU A; 1URY A; 2ZFO B; 1H1X A; 2G12 A; 2FRK X; 5JGG B; 1MYG A; 2DN1 B; 3K8B B; 1Y0W A; 4H07 A; 1LH5 A; 1Y45 B; 3PEL A; 1WMU B; 1COH A; 3UHN A; 1SHR A; 1ITH A; 5MBA A; 1MLJ A; 1Y0A B; 1MYM A; 1YHU D; 2HBF A; 3GK9 A; 1YZI A; 5CN9 A; 1HGA B; 3A2G A; 1GCW A; 2QSP A; 1YEN B; 1YGF A; 1DLW A; 5C6E A; 1DXT A; 2PEG A; 4MQH A; 2O5O X; 2ZSZ A; 1CH2 A; 4PQ6 A; 1HBA B; 2W72 B; 1Y0T A; 1Y0W B; 1B86 A; 1KFR A; 3ZJI A; 3UGZ A; 3QM7 A; 3PEL B; 4U8U D; 1JP9 A; 1COH B; 3D17 A; 3P5Q A; 1Y31 B; 3BJ2 A; 3QQR A; 3AT5 A; 1UFJ A; 3HF4 B; 1YMA A; 3KUN A; 2HBF B; 3WCW C; 1GCW B; 1YGF B; 3WTG A; 5C6E B; 3CY5 A; 3GDJ A; 2PEG B; 2EF2 A; 1LA6 A; 2H8F B; 3BOM B; 3R0G A; 4N7P A; 3UHZ A; 2GTL B; 1FHJ B; 1L2K A; 1B86 B; 5CNE A; 1AZI A; 1ABS A; 103M A; 1G9V B; 1A01 B; 1ECO A; 2MYE A; 2DHB B; 1RPS B; 3O7N A; 3P5Q B; 4F4O A; 2SPM A; 3BJ2 B; 3ZJP A; 1Y4Q A; 5EOH A; 1HRM A; 3AQ9 A; 1VRF A; 1Y85 B; 2AV3 A; 3M3B A; 3ED9 A; 4N7P B; 4YU3 B; 3D1K A; 1Y4G B; 1HSY A; 5KDQ A; 2V1G A; 1X9F A; 1O1N A; 4MAX A; 1HBB A; 2MGA A; 1A0Z A; 1RQ3 A; 2VLX A; 3LQD A; 1LFY A; 1Y7G B; 2GRZ A; 2ZFO C; 4F4O B; 104M A; 2MGK A; 3QZX A; 3E5I A; 1BIJ A; 5D1V A; 1QXE A; 2LH3 A; 2HHE B; 1FN3 A; 2R50 A; 1LH2 A; 3D1K B; 1D8U A; 5KDQ B; 1X9F B; 1O1O A; 3GLN A; 1XZ5 B; 5AZQ A; 1HBB B; 1MOD A; 1A0Z B; 1YH9 A; 3GQP A; 3LQD B; 4WCH D; 1LFY B; 1NWN A; 5EYJ A; 1BZP A; 1MLF A; 3AQ7 A; 4N8T B; 5ILE A; 1GJN A; 2W72 C; 3D4X A; 1BIJ B; 2D5X A; 2R80 A; 3ODQ A; 1FN3 B; 1IOP A; 1J7Y A; 2BLJ M; 4U8U A; 1O1O B; 4MQJ B; 3HYU A; 1JWN A; 3UGY A; 1VXE A; 1YH9 B; 3GQP B; 1YHU B; 5CNG A; 2ZT0 A; 4ODC A; 4F6I A; 1GCV A; 2HBE B; 2GTL C; 3WCT C; 1UIW A; 3TM9 A; 5B85 A; 3UBV A; 1O1M A; 1CG8 A; 1JZK A; 2D5X B; 2R80 B; 1UVY A; 5D5R A; 1XCH A; 1HV4 B; 1HBH A; 2ZS1 D; 3G46 A; 1Y0C A; 1GLI A; 1J7Y B; 1GBU B; 3QM6 A; 1A6M A; 1XQ5 A; 2KSC A; 1A6G A; 3DUT A; 1YE0 A; 2HZ1 A; 1GBV A; 1MWC A; 1SDK B; 4O4T A; 1V75 A; 1UIW B; 2Z85 A; 1Y4R A; 1G08 A; 1J7W B; 1O1M B; 3QM8 A; 1U7R A; 1Y8H B; 3UH3 A; 1CLS A; 1HLB A; 1Y0C B; 3DHT A; 1UMO A; 4MBN A; 1XQ5 B; 5EE4 C; 1U7S A; 3PI8 A; 3OGB A; 3DUT B; 1LFQ A; 1LFV A; 4SDH A; 3VRG A; 1XZ7 A; 1UX8 A; 1S69 A; 3LB1 A; 1GBV B; 2QFN A; 1EW6 A; 2EB8 A; 2NRM A; 1HDS A; 1A00 A; 1V75 B; 1XXT A; 3BCQ A; 1Y4F A; 2BW9 M; 1G08 B; 6HBI A; 3D7O A; 3DR9 A; 3WHM A; 3G4Y A; 2SPL A; 1CLS B; 2BLI A; 3QJE A; 1FSX A; 1HBG A; 2ZSO A; 1A0U A; 1Y8I A; 3PI8 B; 2FAM A; 4MXK A; 1LFQ B; 3VRG B; 3WCW D; 1Y7D A; 1VXD A; 1A00 B; 1XXT B; 2MGG A; 3BCQ B; 1Y4F B; 2MHB A; 2LH6 A; 3K3U A; 2AA1 A; 3S48 C; 2DN3 A; 5EET A; 1OFK A; 2G10 A; 1Y5J A; 2MGD A; 1HAC A; 3V2V A; 1CBL A; 2D6C A; 2HHB A; 1NIH B; 2ZLX B; 3EU1 A; 2VM0 A; 1YHU C; 3QJE B; 1FSX B; 1A0U B; 1Y8I B; 1RQ4 A; 4IT8 A; 2HBD A; 1GDL A; 1NS9 A; 1YMC A; 2OLP A; 3UH7 A; 1J7S A; 1Y7D B; 2FRI X; 1PBX B; 2DN2 B; 1Z8U B; 4MQI A; 1DO7 A; 1DKE A; 4OF9 A; 1YIH A; 4FH6 A; 1FSL A; 1Y5J B; 1QPW A; 2HHB B; 3EU1 B; 3WR1 A; 3UHE A; 2O5T X; 2GDM A; 1GDJ A; 1Y46 A; 1RQ4 B; 2AUR A; 1WVP A; 1C7B A; 1OJ6 A; 4KMW A; 1Q1F A; 1Y7C A; 4NI0 A; 4MPM A; 2ZT3 A; 1DKE B; 1YIH B; 4FWX A; 1MYH A; 1R1Y B; 3SZK B; 1BZR A; 2ZS1 B; 3FS4 A; 2D2M C; 2WY4 A; 3D1A B; 4WJG A; 3WR1 B; 2SPN A; 1JDO A; 1MNO A; 1Y46 B; 1CIK A; 2HBC A; 3NMM B; 1MGN A; 2JHO A; 1Y01 B; 2M6Z A; 1MYT A; 1KR7 A; 1PMB A; 3G4V A; 2MB5 A; 1Y7C B; 3ECX A; 3CIU A; 4NI0 B; 3WI8 A; 1M9P A; 4XS0 A; 1V4W A; 2ZS0 C; 5AZR A; 1OR6 A; 1TES A; 3FS4 B; 4HSW A; 4F6J A; 3H57 A; 3RGK A; 1ASH A; 1IWH B; 1VXF A; 3PI4 A; 3WCW A; 2GRH A; 1Y09 A; 1YIE A; 1UT0 A; 2GTL D; 3WCT D; 1FCS A; 2HBC B; 1LHS A; 1O1P B; 1C7C A; 1FLP A; 2M6Z B; 1MLG A; 1BVD A; 4DWT A; 2MGH A; 2QU0 A; 2R4Z A; 2V1K A; 1FDH A; 1HBR B; 1NPF A; 1V5H A; 3LHB A; 1M9P B; 4XS0 B; 1V4W B; 2EKU A; 2GL3 A; 1NQP A; 1CQ2 A; 1SWM A; 3RJN B; 3ONZ A; 5JDO D; 2QFK A; 1SDL B; 5B84 A; 4L7Y A; 2FRJ X; 1UX9 A; 3TM3 A; 3WCW B; 3AT6 B; 3IXF A; 5CN4 A; 1Y09 B; 1YIE B; 2XKI A; 3HC9 A; 1HBS A; 2QU0 B; 1MNK A; 3EDB A; 2ZSR A; 2BNL A; 3ASE A; 4B3W A; 1A9W E; 3MJP A; 1NQP B; 1Y5F B; 1A3N A; 1YEV A; 5EE4 D; 3ONZ B; 1YVT A; 2V1E A; 2ZFO A; 1ABW A; 112M A; 5E6E B; 4L7Y B; 2RI4 A; 111M A; 2G0Z A; 4HSX A; 1HGC A; 2GNW A; 3S65 A; 3M3A A; 4FH7 A; 3M39 A; 1WMU A; 2ZS1 C; 1HBS B; 3UHK A; 1CP0 A; 4MXL A; 1KD2 A; 2HBS B; 1Y0A A; 1CH4 A; 1X3K A; 4NZI A; 1HLM A; 3GQG B; 1A6K A; 3QZZ A; 1J52 A; 5JDO E; 2AUQ A; 1HGB B; 3TLD A; 1YEV B; 3G4Q A; 1YVT B; 4ROM B; 1ABW B; 2RI4 B; 2ZLT A; 2WTG A; 1HJT A; 1HBI A; 3UHS A; 1HBA A; 3HEO A; 2W72 A; 3ZJO A; 1HGC B; 2AUP A; 2GKM A; 4TWU A; 3S65 B; 1YOI A; 3LB2 A; 1BZZ A; 1Y31 A; 1YCB A; 1KD2 B; 2VYY A; 3HF4 A; 2ZSN A; 1J3Z A; 1YOG A; 3MJU B; 1YVQ A; 1A3O A; 2H8F A; 3BOM A; 5EV5 A; 2GTL A; 1Y5K B; 2VEE A; 2ZLT B; 3WCT A; 1CP5 A; 1DWT A; 1FHJ A; 1VXG A; 102M A; 3UH6 A; 2E2Y A; 1G9V A; 2YRS A; 1A01 A; 1BBB A; 2DHB A; 1RPS A; 1IT2 A; 3NG6 A; 2ZT1 A; 1BZZ B; 1UVX A; 1Y7Z A; 3WFT A; 1J3Z B; 1YVQ B; 1VWT A; 1Y85 A; 1A3O B; 4YU3 A; 4HRR A; 3WCT B; 1XYE B; 3UHT A; 1Y4G A; 1LUE A; 5F2A A; 2YRS B; 1BBB B; 2HZ3 A; 2MYA A; 3NG6 B; 3KMF C; 1Y7G A; 2D2M D; 1QI8 B; 3VAU A; 1Y7Z B; 2HCO B; 1MTI A; 3UHU A; 1AJ9 B; 1AJH A; 1VWT B; 2D2N C; 109M A; 3G53 A; 3EOK B; 2HHE A; 1VRE A; 4GZG A; 1B0B A; 3ZOM A; 3UHQ A; 4HRR B; 1XZU B; 1S6A A; 3A9M A; 3EDA A; 3IC0 A; 5EQM A; 1XZ5 A; 3HRW A; 4X0L A; 2ZS0 D; 2OIF A; 1YEQ B; 2GNV A; 1JEB B; 1T1N A; 5HAV A; 1ECA A; 4G1B A; 4N8T A; 4MBA A; 4HHB B; 1SI4 A; 2R4W A; 3K9Z A; 3QQQ A; 3UHX A; 4DWU A; 1V07 A; 3PI9 A; 1JL7 A; 1A6N A; 1YHR B; 3IC0 B; 1OUT B; 2O5B X; 4MQJ A; 3HRW B; 4X0L B; 1Y8W B; 2B7H A; 1YHU A; 1O16 A; 1T1N B; 2HBE A; 2VHB A; 1OR4 A; 1SI4 B; 4PNJ A; 2CMM A; 2QMB A; 3WFX A; 1QXD B; 1HAB A; 2Z6S A; 4C44 A; 3ZJL A; 5E29 B; 1HV4 A; 5ILM A; 3PI9 B; 1GBU A; 4HBI A; 3LB4 A; 3AQ8 A; 1LFZ A; 1YCA A; 3MBA A; 4MU5 A; 3ZJN A; 1BZ1 B; 3IA3 B; 1CO8 A; 2B7H B; 1RVW B; 1SDK A; 4F6F A; 3MYN A; 4M4B A; 1XZ2 A; 1J7W A; 1MYI A; 2PGH A; 2QMB B; 1HCO B; 3QJD B; 1HAB B; 3GKV B; 1Y8H A; 3PIA A; 3S66 A; 2V1J A; 4FWZ A; 5HBI A; 4UUR A; 2ZSP A; 4ZVA A; 1LFZ B; 5JOM A; 2D2M A; 5JDO C; 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1BZ0 B; 2ZLU A; 4MQK B; 1YEO B; 1I3D A; 1LH1 A; 2HBG A; 1LFL A; 5E83 B; 2MGF A; 1V4X B; 3GOU A; 1YDZ B; 1JP6 A; 4MQG B; 3O89 A; 2NX0 A; 1F63 A; 2G0R A; 3HHB B; 3GYS A; 1IWH A; 2ZSX A; 2RAO B; 4ESA A; 2VLY A; 1O1P A; 1HDB A; 1G0B B; 2ZSS A; 1C40 B; 1YHE A; 3ZJH A; 1FAW A; 1HBR A; 2BWH A; 2ZLU B; 1DXV B; 1W92 A; 1LFL B; 1CG5 A; 3GOU B; 1CH5 A; 2G3H A; 1A4F A; 3BJ1 A; 4UZV A; 4ZVB A; 1SDL A; 1MLR A; 2XKH A; 1DLY A; 3GYS B; 1S0H A; 1XZV B; 5EU2 A; 3NML A; 2QRW A; 3AT6 A; 4ESA B; 4F69 A; 2ZLV A; 3UI0 A; 1HDB B; 1ABY B; 1Y8K A; 1YHE B; 1FAW B; 1QSH B; 1XZ4 A; 2VLZ A; 3PT8 A; 3QMA A; 3ECZ A; 1Y5F A; 1CG5 B; 1JPB A; 3KMF A; 1MBI A; 2MYD A; 1A4F B; 3BJ1 B; 5HLQ A; 2W6Y A; 3A59 B; 5E6E A; 1S0H B; 1NS6 A; 3MYM A; 4G1V A; 5CN6 A; 3ZJR A; 2ZLV B; 2D2N A; 1GDI A; 4UIQ A; 1Y8K B; 3MKB A; 107M A; 1MNJ A; 4KJT A; 1S5Y A; 2HBS A; 3WCV C; 1THB A; 1XZ4 B; 3GQG A; 3PT8 B; 3E55 A; 1XY0 B; 2OH9 A; 1O1L B; 2G0X A; 1HGB A; 4WJG 1; 1LJW A; 3MN0 A; 1N9X A; 4ROM A; 2ZT4 A; 3UHD A; 3UHB A; 4TYX A; 3OJ1 A; 4N7O B; 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