The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
140
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structure length |
140
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Chain Sequence |
AFTACEKQTIGKIAQVLAKSPEAYGAECLARLFVTHPGSKSYFEYKDYSAAGAKVQVHGGKVIRAVVKAAEHVDDLHSHLETLALTHGKKLLVDPQNFPMLSECIIVTLATHLTEFSPDTHCAVDKLLSAICQELSSRYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The functional similarity and structural diversity of human and cartilaginous fish hemoglobins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
|
| molecule keywords |
PROTEIN (HEMOGLOBIN)
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| total genus |
53
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| structure length |
140
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| sequence length |
140
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MTK A; 3S1I A; 3FS4 B; 3MVC A; 1MLR A; 4MQK A; 1JF4 A; 4C44 A; 3U3E A; 1WVP A; 3QJD A; 1DO3 A; 2MGL A; 2BW9 M; 3CY5 B; 2R4Y A; 4O4T A; 1YHU A; 5CNE A; 1YVQ B; 6HBW B; 2W6Y A; 4HSX A; 1DTI A; 1RVW B; 1BZ0 A; 1Y4F B; 4MXK A; 1C7D B; 5SW7 A; 1CO9 A; 3OO4 A; 1HDB A; 1M9P B; 2AA1 B; 1Y4P B; 4PQ6 A; 1V4W B; 1A9W E; 1LH6 A; 2ZSZ A; 4FC3 B; 1YGD B; 2G10 A; 1K1K A; 1Y85 B; 1ABY A; 1MYH A; 3PT7 B; 4FH6 A; 2ZSN A; 1Y83 B; 2OLP A; 4ODC A; 2W72 A; 1BJE A; 2HCO B; 3BCQ B; 1VWT B; 1BUW A; 3DHT B; 1XZU B; 2D2M D; 3GOU B; 1MNK A; 2HBS B; 2D2M C; 3B75 A; 3UHY A; 4FWY A; 3TLD A; 2HBF B; 2EF2 A; 2Z8A A; 1LH5 A; 3PT8 B; 4ESA B; 1HBA A; 1OFJ A; 2BLI A; 4TWV A; 3AT6 B; 3OO5 B; 5AZQ A; 2M6Z A; 1MBS A; 3ARJ A; 3ZJR A; 5C6Y A; 1A4F B; 1GBU A; 2ZS0 A; 2ZFO D; 1MLO A; 1A01 A; 3WHM A; 2ZFO C; 1CIO A; 1Y0T A; 4HRR A; 1LHT A; 5E29 A; 3PI8 B; 1G08 B; 2D2N D; 2D2N C; 1O1M B; 2QSP B; 4HHB A; 5JDO D; 2GTL D; 5CNG A; 1Y5F B; 2RI4 A; 2DN2 B; 5JDO C; 2GTL C; 3G4V A; 1JPB A; 1HDA B; 1JZK A; 5EQM A; 1YDZ B; 1LUE A; 3AQ8 A; 1IT3 A; 1J3Z B; 1CG8 B; 1O1O B; 1JL6 A; 3GQR B; 2PEG A; 1CH3 A; 1FSX A; 3ONZ B; 110M A; 3A5G A; 2D5X A; 2D5Z B; 1CP0 A; 4MQI A; 5CNB A; 2G14 A; 2EVK A; 2GRF A; 1J3Y A; 1YZI B; 1Y7G A; 5JDO E; 1DWR A; 2HHB A; 3UHQ A; 1Y5K A; 2D6C A; 1R1X A; 2SPO A; 3V2Z A; 1CBL A; 1RQ3 B; 4MQJ A; 1LFZ B; 2G0R A; 108M A; 3M39 A; 3WFT A; 5EOH A; 2GL3 A; 5E83 B; 2MGD A; 4L7Y B; 5HY8 B; 5C6E A; 3QM5 A; 1CG5 A; 1D8U A; 3GDJ B; 3FS4 A; 1CP5 A; 2D60 A; 1YFF A; 2ZT2 A; 5EU2 A; 1HCO B; 103M A; 1VXA A; 2AUO A; 1YHE B; 2R80 B; 2QFN A; 1LFY A; 1A9W A; 2MB5 A; 3KUO A; 4KMV A; 2ZT4 A; 3PI4 A; 1OFK A; 2ZLW A; 3NFE B; 5JDO F; 1K0Y B; 1BZ6 A; 1VXC A; 1FHJ B; 3UGY A; 1Y0D B; 3M3A A; 4IRO B; 3QM6 A; 1J7W B; 1Y8I A; 3S66 A; 1MYG A; 5M3S A; 1EMY A; 1IBE A; 1HBS A; 3BJ1 B; 4MBA A; 1GDL A; 1Y2Z A; 2G3H A; 3QJC B; 2NRM A; 4IT8 A; 3ZJJ A; 5KKK A; 4NI0 B; 2G0V A; 2QU0 B; 1V4W A; 2GRZ A; 1KFR A; 4FC3 A; 1VRF A; 1Y0C B; 2V1H A; 3PT7 A; 3ZJL A; 5HLX A; 1A0Z A; 3LB2 A; 1PBX B; 4O4Z A; 5HBI A; 1UFJ A; 4F6F A; 1HBH A; 1NIH B; 2D2M A; 3ZOM A; 3GOU A; 3RJ6 A; 1J7Y B; 1HAC A; 3WCT D; 1OR4 A; 2VLY A; 3QMA A; 4M4B A; 3WCT C; 1MBC A; 1NEJ A; 1V4U B; 2PGH B; 3SZK A; 1XZ4 B; 2HBF A; 5CNF A; 1DM1 A; 1JY7 B; 5JOM A; 3PT8 A; 2EKT A; 4FWZ A; 3TM9 A; 1A6G A; 3OK5 A; 1XYE A; 1ITH A; 1V9Q A; 1RTE A; 3IXF A; 1JW8 A; 2ZSP A; 2ZFO A; 2MYD A; 3UHI A; 1YEV B; 1IT2 A; 1Y7C B; 2QSS A; 1N9H A; 1SPG A; 1QI8 A; 2LH1 A; 2OIF A; 1XZ2 A; 1MDN A; 3WTG B; 1YE0 B; 4WJG 1; 3QM8 A; 2D2N A; 3PIA B; 1O1M A; 3HHB A; 1MOA A; 2V1G A; 2DN2 A; 3OVU C; 5AB8 A; 3AQ7 A; 4MQK B; 1HDA A; 1YDZ A; 1GCV A; 3R5I A; 1ECD A; 3OJ1 A; 1YHR A; 3E5I A; 2GNW A; 3QQR A; 1B0B A; 3ARK A; 5IKS A; 1LH7 A; 3BA2 A; 3MJP A; 3HYU A; 5B85 A; 2EKU A; 1S0H A; 2ZSS A; 1MTI A; 1V07 A; 4F4O A; 2D5Z A; 1MYI A; 1N9I A; 3S48 C; 2MGC A; 4F69 A; 1BZ0 B; 4N8T A; 2LH3 A; 1IOP A; 4MXL A; 1I3D A; 5SW7 B; 3QM7 A; 2B7H B; 3OO4 B; 3AQ5 A; 2LH7 A; 1C7B A; 2HBC A; 1K1K B; 1ABY B; 1N9X A; 1OUT B; 1RQ4 B; 4ODC B; 1URY A; 2AUR A; 2OHB A; 2W72 B; 4XS0 A; 2OHA A; 4MU5 A; 5E83 A; 4B3W A; 4N7O A; 1LFV A; 1MYT A; 3KMF C; 5ILM A; 3WR1 A; 3B75 B; 1O1I A; 1GBV A; 3G4U A; 1YG5 A; 1J52 A; 1NZ4 A; 3TM3 A; 1MLQ A; 5F0B A; 3QJB A; 1HBA B; 1DWS A; 3WCU B; 2M6Z B; 3WCU D; 3UHN A; 4F6G A; 2ZS0 B; 1YEU A; 3ECZ A; 1J7S A; 5ILR A; 1A01 B; 1NPG A; 3WHM B; 1WMU A; 1GDI A; 1DXT B; 1K0Y A; 2G0X A; 1Y0T B; 109M A; 4HRR B; 1Y0D A; 5E29 B; 3ZJQ A; 1LH1 A; 3DUT A; 2ZLV A; 3ARL A; 1JP8 A; 4HHB B; 2RI4 B; 3QJC A; 1FSL A; 2MGA A; 2QU0 A; 2VRY A; 2EVP A; 4X0L A; 1Y4Q A; 3E55 A; 1Y31 B; 3SDH A; 2DN3 A; 3LB3 A; 3RJN B; 2PEG B; 1URV A; 1FSX B; 4H2L A; 1XCH A; 1Y46 A; 1Y22 B; 3IC0 A; 3WCT A; 1BIJ A; 4MQI B; 3PEL A; 3GK9 A; 2ZT1 A; 1V4U A; 2PGH A; 2R1H A; 1XZ4 A; 2VEB A; 1AJG A; 1Y8W A; 1J3Y B; 1PMB A; 1Y7G B; 1YIH A; 2ZSY A; 1IRC A; 1YOH A; 1Y5K B; 1JP6 A; 2V1F A; 1R1X B; 3D17 A; 1THB B; 3HF4 A; 4MQJ B; 1J41 A; 1Y8K A; 1YGF A; 1F5O A; 2NX0 A; 1IWH A; 1YEQ A; 1YE0 A; 5C6E B; 1V75 B; 5EE4 D; 1CG5 B; 1N9F A; 5EE4 C; 4UIQ A; 2O5B X; 3V2V A; 1XZV A; 2D60 B; 2LH2 A; 4NXA A; 1YFF B; 1MWC A; 2ZLT A; 2WY4 A; 1VXH A; 2G11 A; 1LFY B; 3QQQ A; 1Y7D A; 5KER A; 1BAB A; 2MGK A; 3UH7 A; 3AT5 A; 3UHU A; 1LHS A; 2ZLW B; 3PI3 A; 4DWU A; 1Y35 A; 1GVH A; 1V4X A; 1BZP A; 1R1Y B; 1AZI A; 1Y8I B; 3S66 B; 1IBE B; 1HLB A; 3H57 A; 1HBS B; 2B7H A; 3R0G A; 2SPM A; 2AUQ A; 1HHO B; 1Y2Z B; 1Y4V A; 1MWD A; 3UI0 A; 1JZM A; 1NWN A; 5F2A A; 1OUT A; 1A0Z B; 1RQ4 A; 2HZ2 A; 1GLI A; 2ZLU B; 1G0A A; 1HBH B; 1IRD A; 2D2M B; 1HAC B; 1YH9 A; 1G9V A; 1NZ3 A; 4M4B B; 1NEJ B; 1C7C A; 3SZK B; 1CH5 A; 1XY0 A; 2BMM A; 1FDH G; 1DO1 A; 1CH2 A; 1MZ0 A; 1A6N A; 1XYE B; 3D1A B; 3HEP A; 3WCU A; 1SDL A; 1XQ5 A; 1LH2 A; 2ZFO B; 1DXT A; 1S61 A; 2IN4 A; 2GNV A; 1UVX A; 1J3F A; 2QSS B; 1I3E A; 1SPG B; 1YEN A; 1QI8 B; 2XKH A; 1XZ2 B; 1EW6 A; 4N7N A; 2D2N B; 1C40 A; 3HHB B; 1DXV A; 1M6M A; 2GTL B; 1CLS B; 4BJA A; 3BJ2 A; 4YU4 A; 2QLS B; 1GCV B; 3R5I B; 1CH1 A; 4NXC A; 1YHR B; 1RQA A; 1O1J A; 1DXU A; 1Y45 A; 1Y31 A; 4OF9 A; 1Y4R B; 3D4X A; 3MJP B; 1Y8H A; 1CQX A; 3HYU B; 1TES A; 1S0H B; 3HXN A; 3GKV B; 1A6M A; 5AZR A; 4F4O B; 3GQG A; 2MYB A; 1Y22 A; 3NG6 A; 1GJN A; 1HBB B; 1Y4B B; 1SI4 B; 5CND A; 2HHD B; 1HGB A; 2MHB B; 4N8T B; 1QXD A; 3M3B A; 5MBA A; 2O5O X; 4MQH B; 3AQ9 A; 2DHB A; 2H8D B; 3HC9 A; 1THB A; 3D1K A; 1QXE A; 1C7B B; 1HDS A; 4F6I A; 1FCS A; 2HBC B; 1LFL A; 1MLF A; 2IG3 A; 2BWH A; 1XXT A; 5CN6 A; 3P5Q A; 4XS0 B; 3G4Y A; 4U8U D; 1MBN A; 4U8U C; 1CH7 A; 1HBG A; 1U7S A; 4N7O B; 1LFV B; 1V75 A; 1COH A; 1YMB A; 2ZST A; 3WR1 B; 1Y09 A; 1LJW A; 1WLA A; 1O1I B; 1Y0W A; 3G53 A; 1GBV B; 1YG5 B; 4M4A A; 1HLM A; 3QJB B; 1O1N A; 6HBI A; 2HZ3 A; 1QPW A; 1MYJ A; 3PI9 B; 1MLM A; 3ZHW A; 4H07 A; 3GQP A; 4ROM A; 1YEU B; 112M A; 2OH9 A; 1J7S B; 1WMU B; 1HBR A; 1Y0A B; 3A59 A; 1R1Y A; 2VYZ A; 3FH9 A; 3GLN A; 4C0N A; 3DUT B; 2ZLV B; 1HHO A; 3UHV A; 2VM0 A; 4G1B A; 1DXD A; 1DKE A; 1KD2 A; 4X0L B; 101M A; 1MNO A; 1A0U A; 1Y4Q B; 3UHX A; 1VXE A; 4HSW A; 2BLJ M; 2DN3 B; 1B86 B; 1Y4G B; 1JDO A; 3M38 A; 4NI1 B; 1BBB A; 3A0G A; 3G4Q A; 2OH8 A; 3OZW A; 2ZLU A; 3QZX A; 4H2L B; 3ED9 A; 1NPF A; 3NML A; 1YEO A; 1Y46 B; 4NS2 A; 3DHR A; 3IC0 B; 1BIJ B; 3D7O A; 3WCT B; 3HEO A; 3CIU B; 3PEL B; 1MBO A; 4FWX A; 4MBN A; 1G09 A; 2R1H B; 1Y8W B; 3QJE A; 4F6J A; 4UZV A; 4VHB A; 1YIH B; 2H35 A; 3WCP B; 2AV3 A; 2O5S X; 1A3O B; 3WCW D; 3UHW A; 2ZLX A; 3WCW C; 3D1A A; 3MKB A; 2FRF A; 1OJ6 A; 3D17 B; 1HAB B; 1LFT B; 3HF4 B; 1OR6 A; 1MLN A; 1J41 B; 3UH6 A; 1VHB A; 1Y8K B; 1YGF B; 3UHK A; 1IWH B; 3VRG B; 1YEQ B; 1O16 A; 1DLW A; 3O7N A; 3IA3 B; 4N7P A; 2GTL A; 1CLS A; 1DUO A; 2O5M X; 1HBI A; 1HSY A; 3O89 A; 1XZV B; 2W6V A; 2QLS A; 1LA6 A; 3VRF A; 2R4W A; 3BJ3 A; 2O5Q X; 7HBI A; 1SWM A; 1DO4 A; 2ZS1 D; 4MQG A; 2ZLT B; 3OZV A; 1Y4R A; 2QRW A; 2ZS1 C; 3A9M A; 3UHT A; 1FAW B; 1Y7D B; 5KER B; 1BAB B; 1EWA A; 4NZI A; 1FN3 A; 2V1K A; 4MPM A; 2W6W A; 1MBI A; 3AT5 B; 3GKV A; 1MYF A; 1AJH A; 3ECX A; 2HHE A; 1HBB A; 1Y35 B; 2DXM A; 1ABS A; 1V4X B; 3PI2 A; 2VYY A; 3WCV D; 1Y4B A; 1SI4 A; 4DWT A; 2GRH A; 3WCV C; 1M6C A; 1S69 A; 2HHD A; 1DUK A; 2MHB A; 1IDR A; 2GKM A; 3ZH0 A; 3NMM B; 1YHU D; 4ZVA A; 4MQH A; 3UGZ A; 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2DHB B; 3UHC A; 1XZ5 B; 1HAB A; 1LFT A; 1F5P A; 3D1K B; 1Y01 B; 1CH9 A; 1OUU A; 1QXE B; 2G12 A; 1HDS B; 1CBM A; 1HV4 A; 1LFL B; 3VRG A; 1XXT B; 1JL7 A; 3P5Q B; 5HLQ A; 1A00 A; 2GDM A; 3UH3 A; 3ZJS A; 1COH B; 2ZWJ A; 1Y09 B; 1LJW B; 1Y0W B; 1MTJ A; 2FRI X; 3GYS A; 3DR9 A; 4M4A B; 5B84 A; 2BKM A; 2ZS1 A; 1YE2 A; 3UHG A; 3K9Z A; 3ZJI A; 1O1N B; 4DC8 A; 3OGB A; 1UIW B; 1FAW A; 1YVT A; 4XDI A; 3ZJP A; 1JWN A; 3LHB A; 1QSH A; 1X9F D; 2BK9 A; 1QPW B; 3MBA A; 1X9F C; 3KUN A; 3GQP B; 1H1X A; 4ROM B; 3WCV A; 1HBR B; 1HGA B; 1YOG A; 2DN1 A; 4O2G A; 3A59 B; 2Z6N B; 2V1E A; 3FH9 B; 1NZ5 A; 3ODQ A; 1Y7Z A; 2HBE A; 1VRE A; 1DXC A; 2C0K A; 3NMM A; 1ASH A; 106M A; 2GLN A; 1NWI A; 1YIE A; 2HBG A; 2GKN A; 4ZVB A; 1DKE B; 3UHE A; 1KD2 B; 5EYJ A; 1A0U B; 1MOD A; 2EB8 A; 3AQ6 A; 2SPL A; 1MYM A; 1BBB B; 3A0G B; 1UT0 A; 1G0B A; 3WFW A; 3EU1 A; 1YEO B; 3KMF A; 1QSI A; 3DHR B; 3D7O B; 1VXF A; 2SPN A; 1G09 B; 2R4Z A; 2O5L X; 2MBW A; 3QJE B; 1O1L A; 2H35 B; 3PI1 A; 1MKO A; 1X3K A; 2QMB A; 2VLZ A; 3NL7 A; 1CQ2 A; 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