The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Wild-type Fetal Human Hemoglobin HbF
rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| total genus |
58
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C, E, G
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-09-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FHJ B; 3DR9 A; 2G0S A; 2Z6S A; 3GQG B; 1JPB A; 1UVX A; 1RQ4 B; 1QPW A; 3PIA B; 1LFQ A; 1THB B; 3HEN A; 3SDN A; 1A3O A; 3EOK A; 2W6V A; 1A00 A; 1N9I A; 4TYX A; 1YHU C; 2HCO A; 2HHB B; 4HRR A; 1A0Z A; 2VYW A; 3UHT A; 2DXM B; 3WCP B; 2HBS B; 1YMB A; 1BJE A; 1G0B A; 1BIN A; 1YVT A; 1DLY A; 1X46 A; 3LHB A; 1MLF A; 3A2G A; 1CG8 A; 1YE0 A; 1MOD A; 5CN4 A; 2AV0 A; 2ZLW B; 3OVU C; 1XXT A; 2R50 A; 3M38 A; 4ESA B; 1HAB B; 2FRF A; 1A4F B; 1J40 A; 2ZS1 D; 2YRS B; 4N7P B; 1J3Z B; 1KD2 B; 2D2N B; 5MBN A; 1DWR A; 2ZFB B; 5C6Y A; 3UBV A; 1DUO A; 1MLU A; 3GQR A; 3QQR A; 1Y8W A; 4N7N A; 3WFW A; 1SDK B; 1SHR A; 1GZX A; 4IRO A; 3WHM B; 2ZT1 A; 1LJW B; 3UH3 A; 1YFF A; 1YEV A; 1NGK A; 1HGC B; 1MTK A; 1DXU A; 3O89 A; 1YEN B; 3PI1 A; 2HBE B; 3ORD A; 3MYN A; 2R4Y A; 3WI8 A; 1BUW B; 1S0H B; 2QLS A; 1XZV B; 3G4W A; 1FAW A; 3UHE A; 1HCO A; 1DKE B; 2GTL D; 1V4W B; 5CN5 A; 3BOM B; 1HBA B; 1QXE A; 3E5O A; 4MPM A; 4B4Y A; 1VXF A; 1K0Y A; 1DWS A; 4L7Y A; 1Y8H B; 1A9W A; 2MGC A; 1CP5 A; 2Z8A A; 1GCW B; 3HXN A; 3QJB B; 3UHD A; 1O1P B; 2M6Z B; 2LH3 A; 3OO4 B; 1J52 A; 1Y46 A; 3HEO A; 1CLS B; 5CN7 A; 3G53 A; 1ECO A; 2XYK A; 3DHR A; 1CMY B; 3VHB A; 3AT5 B; 1LA6 A; 3ZJH A; 1VHB A; 2EKT A; 1Y4G A; 1GLI A; 1COH B; 2DN3 A; 111M A; 3BA2 A; 1MYH A; 3PI9 A; 3G4V A; 2O5S X; 2R1H A; 5JDO E; 1N9F A; 1V75 A; 1CG5 A; 4F6G A; 3QMA A; 4HRT B; 1A6K A; 1V4X A; 1NZ3 A; 4PQB A; 1VXB A; 1JY7 A; 2HHE B; 1GCV B; 3BJ3 A; 3QJD A; 3B75 A; 2ZSR A; 1XZ2 A; 3GDJ A; 3BJ2 A; 1NAZ A; 3CIU A; 1Y4F A; 1MYI A; 1G09 A; 5SW7 B; 1C7D A; 1J7Y A; 4NK1 A; 104M A; 4MQH B; 4ROM B; 1Y09 B; 2H8D B; 1G08 A; 1LFZ A; 3WCT A; 1MYJ A; 1A0U A; 4WJG 1; 1YDZ A; 2HBF A; 1XZU B; 5JGG A; 1TU9 A; 4M4A B; 1AJH A; 1O1M A; 3NFE B; 3WCT C; 3OZU A; 1HBS B; 1X9F A; 3D1K B; 3AG0 A; 1NXF A; 4MXL A; 1HDA B; 1FLP A; 1HDS B; 1QXD A; 1XZ5 A; 1Y85 B; 108M A; 3GKV B; 3PI8 B; 1I3D A; 2PEG A; 3S65 B; 3GKT A; 1JZK A; 1MOC A; 1MBO A; 1Y01 B; 1XY0 B; 4DC7 A; 2ZS0 A; 4F69 A; 3H57 A; 5B85 A; 4KJT A; 2PGH A; 1S69 A; 3ZHW A; 2ZLX A; 1QSI A; 1S5Y B; 1R1X B; 2O5M X; 3A59 A; 1BBB B; 3QM7 A; 5B84 A; 1GDK A; 2ZS0 C; 2QFN A; 1QSH B; 1M6C A; 2ZT3 A; 5CNB A; 2MB5 A; 3GYS B; 3A5A A; 1LH7 A; 1MDN A; 3UHQ A; 3K8B A; 4OF9 A; 1Y7G B; 1Y45 A; 1DM1 A; 4N7O B; 1YMA A; 3WCV C; 1YE2 A; 3A0G B; 1Y8K B; 2B7H B; 3UBC A; 2QSS A; 5HBI A; 3G4Y A; 2OH8 A; 2ZSS A; 1V07 A; 1B86 B; 3WCW C; 3ASE A; 3EDA A; 1CQ2 A; 1ABS A; 1BZ1 A; 2EB9 A; 5E6E A; 2LH5 A; 2G12 A; 3HRW B; 2ZSX A; 3KMF A; 1FDH G; 1Y0W B; 1CH1 A; 1BZ0 B; 1LFY B; 1XZ7 A; 5CN6 A; 3ECL A; 1MLQ A; 1O1I B; 2GDM A; 1Y0D A; 1Y0A B; 3UHY A; 1EBT A; 1Y0T A; 4PNJ A; 1MLO A; 4PQC A; 2NRM A; 5KER B; 1IWH B; 2Z6N A; 5CMV A; 5EQM A; 1LFL A; 3K3U A; 1YH9 B; 3S66 B; 1A3N B; 1JEB B; 1MZ0 A; 2MYE A; 1XZ4 B; 4O35 A; 1NIH B; 3ODQ B; 3BCQ B; 3ONZ A; 1Y7C A; 1YGF A; 1YHE B; 3ZJI A; 2O5B X; 2AV3 A; 4G1B A; 1HBR B; 1RVW B; 3WR1 B; 3LB1 A; 3SDH A; 1Y5J B; 1HGA A; 2ZLU B; 3TLD A; 2WTG A; 3VRF B; 2V1F A; 1CP0 A; 1YEQ B; 4MQG A; 1GJN A; 1O1J B; 2FAL A; 5JOM A; 1OUU B; 1FSL A; 4MQK A; 1YOI A; 5IKS A; 5C6E A; 1VRE A; 2BLH A; 2MBW A; 3PEL B; 2G0X A; 2ZST A; 1GDI A; 4MBA A; 1ITH A; 2QSP B; 3EU1 B; 1F5P A; 1L2K A; 4QAU A; 1J41 B; 4F6D A; 1LHT A; 2G3H A; 5KDQ B; 1DXD A; 1Y2Z B; 2KSC A; 2D60 B; 4MQJ A; 1BZZ B; 1JZM A; 4ILZ A; 1ABW A; 2LHB A; 5CNF A; 1EW6 A; 3UGY A; 1K1K B; 2JHO A; 2RI4 B; 2MGF A; 3MBA A; 5CNE A; 2MGE A; 1LUE A; 1Y4Q A; 2SPO A; 4U8U D; 2ZFO D; 2ZS1 B; 2RAO A; 1MNK A; 1HAC B; 3P5Q A; 2HBC A; 1X9F D; 5HLQ A; 1CH4 A; 5CHQ A; 1GBV B; 1J7S B; 1Y4B A; 2H8F A; 2D2M A; 5E83 A; 4YU3 A; 1HBH B; 1VWT A; 4NI1 A; 1CO8 A; 2DHB A; 1BZ6 A; 1MBA A; 3UHV A; 1MOH A; 4PQ6 A; 1MKO A; 1Y4V A; 3UHK A; 3PI2 A; 2D2M C; 2OLP A; 5EUI B; 4O1T A; 1LH3 A; 1BIJ A; 1UFP A; 3NL7 A; 3ZJM A; 1V4U B; 1MBN A; 1Y0C A; 2DN2 B; 1UX8 A; 1QI8 A; 3PT8 A; 1YEU B; 4ZVB A; 5JDO F; 1R1Y A; 4ODC B; 1B0B A; 4FWX A; 1MBS A; 3AQ7 A; 1Z8U B; 3WCU C; 3LQD B; 2GTL B; 3DUT A; 1OR6 A; 3GQG A; 3ZJN A; 1RQ4 A; 1URV A; 1Y4P B; 1LFT B; 2MGJ A; 3PIA A; 5F0B A; 1LTW A; 5HU6 B; 1RQA A; 2HBG A; 2VYY A; 4F6I A; 2AA1 A; 4MQI A; 4NS2 A; 1SDL B; 2GKN A; 4O4T A; 2W72 B; 3ZH0 A; 2R4X A; 3E55 A; 1BZP A; 4GZG A; 2HHB A; 1NZ4 A; 4BJA A; 2GRF A; 1NPF A; 3G4R A; 2VHB A; 1YHU A; 2XKG A; 2G0Z A; 3PI3 A; 4NI0 A; 2HBS A; 3A9M A; 2MHB B; 3S1J A; 4DC8 A; 3UHU A; 1IBE B; 1HBB A; 3QM8 A; 1G9V B; 1SPG B; 1MTI A; 1MLG A; 2O5T X; 1HDB B; 1YHR A; 3RJ6 A; 2BLI A; 1Y7Z B; 4UIQ A; 1HAB A; 2YRS A; 4KMV A; 4N7P A; 3S48 C; 3ED9 A; 2MYD A; 2ZFB A; 105M A; 2W31 A; 1RTX A; 3GOU A; 2XKI A; 5AZQ A; 5EYS A; 2D2N C; 1SDK A; 1QPW B; 1CH3 A; 2MGL A; 3GLN A; 1XQ5 B; 1O1O B; 1BVD A; 4HHB B; 1LFQ B; 2QRW A; 1YGD A; 3LB2 A; 3EOK B; 2NRL A; 2W6V B; 5AB8 A; 1A00 B; 1YEN A; 3GK9 A; 3UHX A; 3AQ9 A; 2HBE A; 4HRR B; 1H1X A; 1MCY A; 1GBU B; 1BUW A; 3UHS A; 1S0H A; 2O5Q X; 3UHN A; 2ZLV A; 3D4X B; 1OFJ A; 1XZV A; 1A9W E; 3UHH A; 1YOG A; 5HAV A; 1Y31 A; 1DKE A; 2ZT0 A; 3ARJ A; 4G51 B; 4X0L A; 1Y83 B; 3LR9 A; 1YVT B; 2VLZ A; 5E29 B; 1ABY B; 4XS0 A; 1XXT B; 4C0N A; 3GQP B; 1HBA A; 2DN1 B; 2O5L X; 1DO4 A; 1ECA A; 3MJU B; 4YU4 B; 2ZSN A; 1Y8H A; 2GLN A; 2W6W A; 3QJB A; 3OGB A; 1O1P A; 1AJG A; 3E5I A; 4UZV A; 3OO4 A; 1UVY A; 1DTM A; 2HBD B; 1CLS A; 1RPS A; 1O1K B; 4ZVA A; 1MWC A; 3MKB B; 1CMY A; 1GZX B; 4IRO B; 3AT5 A; 3FH9 B; 1EBC A; 1OUT A; 1COH A; 2EVK A; 4NK2 A; 2D6C A; 1SI4 A; 4NZI A; 3ZOM A; 3ZJO A; 1CO9 A; 1VXG A; 1J3F A; 3HYU A; 1HCO B; 1JL7 A; 1MOB A; 2MYA A; 2HHE A; 1GCV A; 1J7W A; 1UMO A; 4NXA A; 3HEP A; 3QM5 A; 1H97 A; 5HLX A; 3M3A A; 2BW9 M; 2GNV A; 3DHT B; 2QFK A; 2R4Z A; 4H2L A; 5EOH A; 1QXE B; 5SW7 A; 1DLW A; 2R80 A; 1YIH A; 1S61 A; 1LFV B; 3E4N A; 3IC2 B; 4MQH A; 1NQP B; 1S5X B; 1Y09 A; 2ZSP A; 2H8D A; 1OR4 A; 1I3E A; 1DO3 A; 2EF2 A; 1LH5 A; 1Y4R B; 1HRM A; 1PBX A; 1YIE B; 1J3Y B; 2IG3 A; 2FAM A; 3D7O A; 6HBW A; 4MQC B; 1HBG A; 2MYB A; 3HF4 B; 3OZW A; 1YHU D; 2MGD A; 5D1V A; 3ZJQ A; 4M4A A; 3DHR B; 2MGI A; 1NS6 B; 3D1A A; 3QJC B; 3D17 B; 5EE4 C; 1LA6 B; 3TM3 A; 3D1K A; 1IT2 A; 2H35 B; 1HV4 A; 1HDA A; 2ZSO A; 1YVQ A; 5KKK A; 2ZSQ A; 2G0V A; 1Y5K B; 2R1H B; 2WY4 A; 4HSW A; 4O2G A; 5HY8 B; 1LH1 A; 3PI8 A; 3UHI A; 1CH7 A; 1CG5 B; 1XY0 A; 1VXC A; 1MTJ A; 2VEE A; 1TES A; 1U7S A; 3B75 B; 1GDJ A; 1HGB B; 1MNJ A; 2DC3 A; 3AT6 B; 1XZ2 B; 3GDJ B; 1BBB A; 2HZ2 A; 1WMU B; 4FWY A; 5MBA A; 2V1H A; 1Y8I A; 1J7Y B; 2BNL A; 1MOA A; 1NWI A; 1QSH A; 1YEO B; 1T1N A; 2HZ3 A; 3HHB A; 1VXH A; 1C7B B; 4NXC A; 1G08 B; 1LFZ B; 1ECN A; 5JDO C; 1YDZ B; 2HBF B; 4N7O A; 1Y5F A; 3A5G A; 3SZK B; 3UHG A; 1UIW A; 3A0G A; 1Y7D B; 1Y8K A; 2B7H A; 4U8U B; 1O1M B; 2ZFO B; 2FRJ X; 4M4B A; 1Y22 B; 3WCV A; 3W4U B; 1B86 A; 1X9F B; 1DXT B; 112M A; 1N9X A; 2EVP A; 4ROL A; 5M3S A; 3WCW A; 1RQ3 A; 3HRW A; 1DO1 A; 1UC3 A; 3PI4 A; 3UH6 A; 1LFY A; 1O1I A; 1C7C B; 1Y0A A; 2PGH B; 1VXE A; 1FN3 A; 3IA3 B; 1QSI B; 1MBD A; 3A59 B; 5KER A; 1IWH A; 103M A; 1IDR A; 2SPM A; 2NX0 A; 2HHD A; 1BZR A; 1VXA A; 3S66 A; 1A3N A; 109M A; 2BMM A; 3IC0 A; 1MYZ A; 1XZ4 A; 2D5X A; 1GDL A; 1NIH A; 1V9Q A; 2VM0 A; 3ODQ A; 1G0A A; 3UI0 A; 3K8B B; 3BCQ A; 3VRG A; 1DUK A; 4FC3 B; 4WJG A; 1NWN A; 1HBR A; 3WR1 A; 1CBL A; 1Y5J A; 3BJ1 A; 3M39 A; 1OUU A; 3NMM B; 2VLY A; 1RSE A; 4FH7 A; 1LH2 A; 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4NI1 B; 1YG5 B; 2DHB B; 3WCW D; 3NG6 B; 3LR7 A; 1Y4V B; 2W72 C; 2ZSZ A; 6HBI A; 1IBE A; 4JYQ A; 1THB A; 1G9V A; 3PT7 B; 1WLA A; 1SPG A; 1HDB A; 4TWV A; 1JW8 A; 1YCA A; 3OO5 B; 1DO7 A; 3NL7 B; 1Q1F A; 2OIF A; 1NS9 B; 3OK5 A; 3VRE B; 1Y35 B; 4XDI A; 1QI8 B; 1F5O A; 2DXM A; 3WCP A; 1R1Y B; 2AUQ A; 2V1J A; 4N8T B; 2D5Z B; 3DUT B; 2EKU A; 2ZLW A; 1PMB A; 4F6J A; 1JL6 A; 4ESA A; 4DWT A; 1XQ5 A; 1A4F A; 1O1O A; 1RQA B; 2IN4 A; 2VEB A; 4HHB A; 3MYM A; 3V2V A; 1J3Z A; 1MLN A; 1KD2 A; 2D2N A; 2AA1 B; 1S56 A; 4MQI B; 1FDH A; 3QM9 A; 3ECZ A; 1GBU A; 5CND A; 3D4X A; 1A6G A; 1YHU B; 4NI0 B; 2BKM A; 1SPE A; 3WHM A; 1LJW A; 4G51 A; 1HBB B; 1Y83 A; 1A3O B; 1HGC A; 5E29 A; 1ABY A; 4H07 A; 1NZ5 A; 1YHR B; 2GKM A; 2G0R A; 2HCO B; 3UHW A; 4LPI A; 3AQ8 A; 3GQP A; 1DXC A; 1MLK A; 2DN1 A; 1A0Z B; 1AZI A; 1MLL A; 3MJU A; 4YU4 A; 1HBI A; 1G0B B; 1CG8 B; 3GOU B; 1V4W A; 1YE0 B; 3UH7 A; 3OZV A; 2HBD A; 4AVE A; 1O1K A; 1EWA A; 3BOM A; 3MKB A; 3U3E A; 3ZJS A; 1CIK A; 1J40 B; 3IXF A; 3FH9 A; 1MLH A; 5CN8 A; 1YGD B; 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