The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKALGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Determination of Pathways for Oxygen Binding to Human HbA
rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| total genus |
55
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V2Z A; 4F4O A; 1CH9 A; 3ZJO A; 1HBB A; 3ARL A; 1JL7 A; 4UZV A; 4FC3 A; 2Z6N A; 3ZOL A; 3KMF A; 4N7O A; 1QPW A; 1O1L B; 1O1K A; 1N9F A; 1YFF A; 5JDO E; 2YRS A; 1RPS A; 3PIA A; 4O2G A; 2ZLX B; 1FN3 A; 5HLU A; 1Y5F B; 1YIH A; 3CY5 B; 1CP0 A; 4C0N A; 1F63 A; 1A3N B; 3D7O B; 4HBI A; 1YEO B; 3G4U A; 5CNG A; 5CND A; 3A5G A; 101M A; 1MLH A; 3OO5 B; 1Y45 A; 1S6A A; 3W4U A; 4PQC A; 3WCT D; 106M A; 1DXV A; 2HHB B; 1H1X A; 5JOM A; 1C7D A; 1NEJ A; 2DHB B; 1MDN A; 1CBL A; 4F6I A; 2ZFO A; 2MGH A; 7HBI A; 1LH5 A; 1CMY B; 1J7S B; 1J3Z B; 1R1X A; 1GVH A; 2ZS0 B; 103M A; 1IRD B; 3LB1 A; 2W6X A; 5KER A; 1JP8 A; 3AQ5 A; 1HBA B; 1DO4 A; 3UHR A; 5EU2 A; 3ZH0 A; 2ZLU B; 1Y0D B; 1NWI A; 4NK2 A; 5CNC A; 1V4X A; 3ORD A; 5ILP A; 1LFZ A; 4YU3 B; 1VHB A; 1OFJ A; 1RQA A; 1MYG A; 2EB9 A; 1MWD A; 5HU6 B; 2OH9 A; 1G0A A; 1URV A; 1SPG B; 3ECZ A; 4MU5 A; 2O5Q X; 1XQ5 A; 1DXU B; 2XKI A; 2VM0 A; 2R4W A; 1Y7G A; 5CNB A; 2ZT3 A; 5HY8 A; 4MQJ A; 1MLM A; 2H8D A; 1XZ7 A; 2ZLT A; 1CIK A; 4UUR A; 1S56 A; 5E83 A; 3UHQ A; 3MJP B; 1Y4G A; 1GCV B; 1YHU D; 5E29 B; 2AUR A; 3M38 A; 1VXA A; 2PEG B; 4G1V A; 2ZLW B; 2GTL A; 1YMA A; 3PT7 A; 2E2Y A; 2R1H B; 1GBV B; 1YHR A; 4OF9 A; 1HLB A; 3HF4 B; 2G0S A; 4JAC A; 4MQK B; 3GYS A; 1LJW A; 1KD2 A; 1S0H B; 4DWT A; 104M A; 1HDA B; 1O1N A; 2PGH A; 1Y4Q B; 3H57 A; 1FCS A; 3WCW A; 1UIW B; 1A0Z A; 3A2G A; 6HBW A; 2Z85 A; 3BJ2 A; 3WFX A; 2QFK A; 1T1N B; 2HHD B; 3ZJR A; 4TWU A; 4FH7 A; 2HBE B; 2M6Z A; 2MGC A; 1DWT A; 2VLZ A; 1VXD A; 4XDI A; 1HBS A; 1V5H A; 1F5O A; 2LHB A; 3QM6 A; 1MYT A; 1Y8K A; 2QSS B; 2VHB A; 1Y4V B; 1DWR A; 1YCB A; 1FHJ B; 3UBC A; 3D4X B; 1HGA A; 3SZK A; 1QI8 A; 5KDQ A; 2W72 A; 1M9P B; 3ARK A; 1HCO A; 1MLF A; 1ABY B; 3QMA A; 1V4W A; 3WCT B; 1OBM A; 3UHG A; 1BVC A; 1FAW A; 3VAU A; 1BJE A; 3TM3 A; 1BUW A; 1Y85 A; 4DC8 A; 4NI0 B; 1J3F A; 1YOI A; 5CHR A; 1FSL A; 1XXT A; 1MLJ A; 2GRF A; 1A00 A; 3M3B A; 1WMU A; 1MNO A; 3WCV A; 3ZJP A; 2MYB A; 3VRF A; 2D2M B; 1V75 A; 4HRR B; 1J40 A; 2MYD A; 1JL6 A; 4H2L A; 2AUO A; 1YH9 A; 2CMM A; 3IC2 A; 2MHB A; 2H8F B; 3GOU B; 2SPO A; 2HBD A; 3CIU A; 112M A; 3BOM A; 3UH5 A; 2W6Y A; 1O1O B; 2GNW A; 4O4T A; 1Y4P B; 2DC3 A; 2ZFO D; 1CO8 A; 1UX8 A; 1YGF A; 1XZ2 A; 1VWT A; 1LUE A; 3GLN A; 1X9F A; 2DXM A; 1OUT A; 1YEV A; 2R80 A; 2D5Z A; 3DR9 A; 1JP6 A; 2DN1 A; 5HLX A; 2Z8A A; 3HHB B; 1RTX A; 1WVP A; 2LH5 A; 2SPN A; 1YHU B; 1GLI A; 1XZV A; 2EVK A; 3R0G A; 2G0Z A; 5M3S A; 5MBN A; 3GQP A; 2VEE A; 2ZWJ A; 1Y31 B; 3BJ3 A; 1YVQ B; 3H58 A; 1O1P A; 2ZSS A; 3OO4 B; 4O1T A; 1Y7D B; 2O5O X; 3A59 A; 2ZFB B; 2EKT A; 1EWA A; 1YE0 B; 1NPG A; 1YIE A; 3QJC A; 2GRH A; 1BZ0 A; 1VXG A; 1S61 A; 3D17 B; 1K1K B; 1SDK B; 2D2N D; 4F6J A; 2GTL D; 1YZI B; 2D5X B; 1X46 A; 3R5I A; 4KN3 A; 3WCU D; 1K0Y A; 1MYF A; 1G08 B; 1Y5K A; 1NIH B; 4HSX A; 2D60 A; 1CG5 A; 2LH2 A; 2O5M X; 1Y22 A; 1A01 A; 1I3D A; 5E6E A; 4OOD A; 4NI1 A; 4KMW A; 3BCQ B; 3ECX A; 3WCW D; 1UT0 A; 1BZZ A; 2R50 A; 4F4O B; 3ECL A; 1HBB B; 1MKO A; 4FC3 B; 2Z6N B; 3RJ6 A; 4N7O B; 1QPW B; 1O1K B; 1YFF B; 3LR9 A; 4KMV A; 2MGM A; 2VLY A; 2YRS B; 2FRF A; 3O89 A; 5D5R A; 3PIA B; 3DUT A; 5EE4 D; 2EB8 A; 1FN3 B; 1CIO A; 2AA1 A; 1YIH B; 1HGB A; 1DLW A; 4WJG A; 3S66 A; 1MOD A; 3AQ9 A; 1MOH A; 2H35 A; 1JZL A; 1MTK A; 3KUN A; 3UHE A; 1C40 A; 3UHN A; 3AT6 A; 3ZJI A; 3PT8 A; 3MYM A; 4HRT A; 1Y45 B; 4HHB A; 2ZT0 A; 3W4U B; 5CMV A; 1G9V A; 5CN9 A; 5CN5 A; 1DXV B; 1ECO A; 3S65 B; 1GBU A; 1BZP A; 1BZ6 A; 1QSH A; 1OUU A; 1C7D B; 1NEJ B; 2MGL A; 1Y8W A; 2MGI A; 2G0X A; 4M4B A; 2ZFO B; 1A6M A; 1A0U A; 1I3E A; 4MQH A; 3WCV D; 5JDO D; 1JF3 A; 1QSI A; 1R1X B; 3VRG A; 2WTG A; 4F6G A; 4PQ6 A; 1O1J A; 4IRO A; 5KER B; 2VLX A; 1NQP A; 1XYE A; 3V2V A; 4PQB A; 1MYI A; 2O5B X; 1HLM A; 1V4X B; 1LFZ B; 1HV4 A; 1YE2 A; 1LTW A; 2QLS A; 1YHE A; 1RQA B; 1LFY A; 2HBC A; 5CN6 A; 1BVD A; 5MBA A; 1LH2 A; 1G0A B; 1YOH A; 3G4Y A; 1A3O A; 1XQ5 B; 3ZJJ A; 2QSP A; 1Y7G B; 4YU4 A; 1Y2Z A; 5HY8 B; 2HZ2 A; 1X9F D; 3BA2 A; 2H8D B; 4MQJ B; 1XZ7 B; 1Y8H A; 2ZLT B; 1MLR A; 5E83 B; 3U3E A; 1BZ1 A; 2ZS0 C; 1DKE A; 4ZVA A; 3ZJM A; 1Y4G B; 3UHV A; 1VRE A; 3A0G A; 3B75 A; 2GTL B; 3PT7 B; 1Y4F B; 3SDH A; 1YHR B; 4TWV A; 3WCU B; 1A9W E; 3S1I A; 1THB A; 3PI1 A; 3E4N A; 2ZSN A; 2AV0 A; 3KUO A; 3GYS B; 1CH3 A; 1LJW B; 5EUI A; 1O1N B; 2PGH B; 4ROL A; 3DHR A; 3WCW B; 4X0L A; 1A0Z B; 6HBW B; 3QJE A; 1AJ9 A; 2V1J A; 2QFN A; 1SDL A; 2MGB A; 2W6W A; 1MLK A; 1SI4 B; 1YDZ A; 2G14 A; 1X3K A; 2M6Z B; 1N9I A; 1LHT A; 1MGN A; 1VXF A; 1JW8 A; 3MKB A; 1HBS B; 3UGY A; 2V1E A; 3BJ1 A; 1JEB A; 1V4U A; 1Y8K B; 1LA6 A; 3UGZ A; 1O1M A; 2ZSY A; 4U8U A; 1HDB A; 1ECN A; 3ZJS A; 4NXA A; 1HGA B; 3SZK B; 1QI8 B; 1J41 A; 5KDQ B; 2W72 B; 3A9M A; 3UI0 A; 1Y7C A; 1LFL A; 1LH3 A; 5F2A A; 1HCO B; 4F68 A; 5B84 A; 1FSX A; 1V4W B; 2ZSQ A; 4G51 A; 2D2M D; 1CLS A; 2BW9 M; 1HJT A; 2O5T X; 1FAW B; 1Y4B A; 3HRW A; 1Q1F A; 3AQ8 A; 1BUW B; 1Y5J A; 1V07 A; 2HHE A; 1XXT B; 1A00 B; 1WMU B; 2O5L X; 3WCV B; 1R1Y A; 3GQG B; 3NMM A; 1Y35 A; 3VRF B; 2RI4 A; 1J3Y A; 3UHZ A; 1V75 B; 4B4Y A; 3GQR A; 2WY4 A; 3K3U A; 1J40 B; 5C6E A; 4H2L B; 1YH9 B; 2B7H A; 1JPB A; 4ROM A; 3WTG A; 111M A; 3IXF A; 3D1A A; 3IC2 B; 3GDJ B; 2OH8 A; 2MHB B; 3EDB A; 1D8U A; 3QQR A; 4NXC A; 3CIU B; 5HLQ A; 5EOH A; 3UHC A; 1RQ3 A; 3WCT C; 3BOM B; 1NZ5 A; 1NZ3 A; 1OFK A; 1PMB A; 2KSC A; 1YGF B; 1XZ2 B; 1VWT B; 1IBE A; 2OHA A; 1QXE B; 1X9F B; 2DXM B; 1XZ4 A; 5JDO F; 1OUT B; 4O4Z A; 1YEV B; 3QM9 A; 3UH3 A; 4MQG A; 2D5Z B; 4N8T A; 1H97 A; 2DN1 B; 1MYM A; 1MBO A; 1CP5 A; 3UBV A; 1GLI B; 4NK1 A; 1XZU A; 1BZR A; 4ODC A; 4M4A A; 1ITH A; 3GQP B; 1B0B A; 3ARJ A; 3OZU A; 3BJ3 B; 1YG5 A; 1O1P B; 1F65 A; 1BBB A; 3A59 B; 5CHQ A; 1IOP A; 4WJG 1; 1C7B A; 1YIE B; 1DXT A; 2HZ1 A; 3GKV A; 5SW7 A; 1BZ0 B; 2HBF A; 1CQ2 A; 4UIQ A; 1MYH A; 3G52 A; 3VRE A; 3UHH A; 2BLH A; 1SPE A; 2MGA A; 2MGJ A; 2VYW A; 2G12 A; 3G4Q A; 3NFE A; 1JZM A; 1J7W A; 2ZS1 A; 3RJN B; 1URY A; 1YHU C; 3R5I B; 3UHY A; 1K0Y B; 1Y5K B; 3D1K A; 1SWM A; 2D60 B; 1MBI A; 1LH1 A; 1NAZ A; 1CG5 B; 1A9W A; 1Y22 B; 1A01 B; 5E6E B; 3WCP B; 3M39 A; 1SHR A; 4NI1 B; 1FDH G; 1IT3 A; 1CMY A; 1CQX A; 2W6V A; 3OK5 A; 1BZZ B; 2EVP A; 1RVW A; 1XZ5 A; 5AB8 A; 3LB3 A; 1MKO B; 5C6Y A; 1CG8 A; 1ASH A; 2XKH A; 3WHM A; 1S5X A; 3AG0 A; 1AZI A; 1DM1 A; 3AT5 A; 1YGD A; 3ASE A; 1IT2 A; 4YU3 A; 2AA1 B; 5EYJ A; 1HGB B; 1S69 A; 2O58 X; 3MYN A; 5EQM A; 3E5I A; 1HGC A; 4U8U D; 1YEQ A; 3PI9 A; 2H35 B; 3G4V A; 2GL3 A; 1CH7 A; 105M A; 1VXC A; 1C40 B; 3AT6 B; 4XS0 A; 1MOB A; 4HRT B; 4HHB B; 3FH9 A; 1G9V B; 2VYZ A; 1G09 A; 3LQD A; 1GBU B; 2BWH A; 3ODQ A; 4JYQ A; 4DC7 A; 1QSH B; 3DHT A; 1JP9 A; 2ZSZ A; 1OUU B; 3UHD A; 3KMF C; 1Y8W B; 2G3H A; 4M4B B; 1YEN A; 2QU0 A; 3O7N A; 1A0U B; 4MQH B; 1DXC A; 5ILE A; 1QSI B; 3VRG B; 1C7C A; 4C44 A; 4IT8 A; 1O1J B; 1GDK A; 1Y0W A; 3GK9 A; 1Y0A A; 2XYK A; 3PI2 A; 1HBH A; 4IRO B; 2VRY A; 5HAV A; 1NQP B; 1XYE B; 2FRK X; 1JWN A; 3IC0 A; 1UIW A; 1MBC A; 1HV4 B; 2ZT2 A; 1HAB A; 1RQ4 A; 1HBR B; 1YE2 B; 1YHE B; 2QLS B; 1LFY B; 2HBC B; 3HYU A; 3UHI A; 2HCO A; 1FLP A; 2GKN A; 2C0K A; 1HAC A; 1HRM A; 1A3O B; 5AZR A; 3OGB A; 1CH4 A; 1TU9 A; 3MBA A; 2QSP B; 4YU4 B; 3SDN A; 1Y2Z B; 1Y09 A; 4L7Y A; 1XY0 A; 2FRI X; 2ZFO C; 1J7Y A; 3NG6 A; 1Y8H B; 3P5Q A; 1BZ1 B; 5D1V A; 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1MBS A; 2W72 C; 3D1A B; 3WFW A; 1AJH A; 1EW6 A; 4PNJ A; 1QXD A; 1RQ3 B; 2MYC A; 2EF2 A; 1O1I A; 1K1K A; 3MN0 A; 3G4W A; 1ABS A; 3LR7 A; 4MQC A; 1YMC A; 2MGG A; 1EBC A; 3OZW A; 2ZLV A; 1YZI A; 3ONZ A; 1B86 A; 1BIJ A; 1UC3 A; 1ECA A; 5AZQ A; 3UHT A; 1HBG A; 3UH6 A; 1XZ4 B; 3WCV C; 5JDO C; 2IG3 A; 4F6F A; 3QJD A; 3MOU A; 4MQG B; 4N8T B; 1BAB A; 1LFV A; 1GDJ A; 1VXB A; 1KD2 B; 4MQI A; 3BCQ A; 1XZU B; 2HZ3 A; 4ODC B; 3EDA A; 1EMY A; 1JY7 A; 4M4A B; 1IRC A; 3BJ2 B; 2HBG A; 1MLS A; 1JF4 A; 1MCY A; 2HBS A; 1YG5 B; 4NS2 A; 4MXK A; 2LH1 A; 1BBB B; 2GDM A; 2MB5 A; 1C7B B; 1MLU A; 2ZSO A; 1DXT B; 3GKV B; 5SW7 B; 3WR1 A; 3S48 C; 2HBF B; 2ZSR A; 1CBM A; 3VRE B; 108M A; 1X9F C; 1RTE A; 3NML A; 3LHB A; 1S5Y A; 1Y0T A; 1A4F A; 2QMB A; 3NFE B; 1J7W B; 2ZS1 B; 1DLY A; 3HXN A; 3S65 A; 1N9H A; 1NS9 A; 2Z6S A; 3D1K B; 1VXH A; 1GDI A; 3K8B A; 2FRJ X; 1Y85 B; 1M6M A; 1SHR B; 3E55 A; 1DO3 A; 2W6V B; 1RVW B; 1XZ5 B; 2V1F A; 4H0B A; 1CG8 B; 1YVT A; 1MWC A; 3WHM B; 1S5X B; 2RAO A; 2MGK A; 4ILZ A; 1TES A; 1DTI A; 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