The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDIWIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ligand binding and conformational motions in myoglobin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
MYOGLOBIN
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| source organism |
Physeter catodon
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-12-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JL7 A; 1JWN A; 3LB1 A; 1LTW A; 3WFW A; 2W6Y A; 1CLS A; 1GJN A; 1MLH A; 1SDK A; 1CLS B; 1LH7 A; 2O5S X; 1SDK B; 2W6X A; 4HSX A; 4ZVB A; 1MBC A; 3QM8 A; 2ZSQ A; 3D1K A; 3D1K B; 1GBU A; 4O4T A; 3HC9 A; 1GBU B; 3RJN B; 3FH9 A; 3WCT A; 1YHU A; 1YHR A; 3FH9 B; 3WCT B; 5B84 A; 1BZ6 A; 1YHU B; 1YHR B; 4WCH D; 1NS9 A; 5EQM A; 2MYC A; 1NS9 B; 1Y7C A; 1Y4B A; 1KD2 A; 1YE2 A; 3PT7 A; 1Y7C B; 1Y4B B; 1KD2 B; 2RAO A; 3P5Q A; 1YVT A; 1YE2 B; 3PT7 B; 2RAO B; 3P5Q B; 4KN3 A; 1YVT B; 4F6J A; 1MBD A; 2ZFO B; 4HRT A; 1XY0 A; 4HRT B; 1XY0 B; 3QZZ A; 4X0L A; 4X0L B; 3MN0 A; 1AJH A; 3QQR A; 2MGK A; 4BJA A; 1BZP A; 3KUN A; 1MNI A; 5JDO D; 1A3O A; 4AVD A; 3PI8 A; 1Y4R A; 1A3O B; 3W4U A; 3PI8 B; 4NI1 A; 1Y4R B; 2G11 A; 3QM6 A; 3W4U B; 4NI1 B; 2ZS1 D; 3UHY A; 1F5P A; 101M A; 1Y0D A; 3OVU C; 1Y0D B; 4U8U D; 2Z8A A; 2ZST A; 1IRD A; 1MOC A; 2W72 C; 1MKO A; 1IRD B; 1O1L A; 3LB3 A; 1MKO B; 1Y8W A; 2D2N D; 1O1L B; 3O89 A; 1J52 A; 1Y8W B; 1MWB A; 2JHO A; 1CIK A; 3ZJL A; 4SDH A; 3M39 A; 5JDO C; 2DXM A; 2D2M D; 3G4W A; 4ROM A; 2DXM B; 3G4Q A; 3KMF A; 5EET A; 4ROM B; 3LQD A; 2ZS1 C; 1B0B A; 2ZLX A; 3LQD B; 2QSS A; 2ZLX B; 105M A; 1F63 A; 1NZ2 A; 4U8U C; 3ED9 A; 3MYM A; 4NS2 A; 2D2N C; 4XDI A; 2GLN A; 1CP0 A; 3HF4 A; 3HF4 B; 2LHB A; 1VRF A; 2OHA A; 5CNE A; 2D2M C; 2VEE A; 1DUO A; 3ZH0 A; 2GDM A; 1CPW A; 4MAX A; 2W72 A; 1DO3 A; 1MGN A; 2W72 B; 1MNH A; 2WTH A; 2W6W A; 1MWC A; 1NIH A; 1NIH B; 1HSY A; 1PBX A; 1NPF A; 1PBX B; 1LFV A; 1LFV B; 2VYW A; 1JP8 A; 3RJ6 A; 2W31 A; 3IXF A; 1WLA A; 1UX9 A; 1FSL A; 3UGY A; 3PI1 A; 1DXD A; 5HY8 A; 3UH3 A; 5KER B; 5HY8 B; 3UHQ A; 3UHB A; 3GYS A; 2AUR A; 3ECX A; 3R5I A; 2QU0 A; 1CBL A; 3GYS B; 3R5I B; 2OH9 A; 1HV4 A; 1MLM A; 3OZV A; 2FRJ X; 1HV4 B; 1ABS A; 103M A; 1QXD A; 3OJ1 A; 1QXD B; 5CN9 A; 2RI4 A; 3S1J A; 2RI4 B; 1NQP A; 4HSW A; 1NQP B; 3UHC A; 3WCV D; 2NRM A; 5D1V A; 1LH6 A; 2ZSO A; 108M A; 2D5Z A; 3MJU A; 1MBI A; 2D5Z B; 3MJU B; 1VXD A; 1GZX A; 3OO4 A; 1RQA A; 3OO4 B; 1GZX B; 1NPG A; 1RQA B; 107M A; 5JDO F; 2V1K A; 2MHB A; 1S61 A; 1LH2 A; 6HBI A; 2SPO A; 2MHB B; 1CO8 A; 1Y5K A; 1S5Y A; 109M A; 3E55 A; 1MLO A; 3AQ9 A; 1G9V A; 1S5Y B; 3HEN A; 1QI8 A; 4KMV A; 1G9V B; 1QI8 B; 1GDK A; 3M38 A; 3E5O A; 3ZJJ A; 2VYY A; 1VXA A; 2PGH A; 1CH2 A; 2PGH B; 1URV A; 1Y8K A; 3GQG A; 1YCA A; 2MGL A; 3WCV C; 1Y8K B; 3GQG B; 2MGJ A; 1YEU A; 1VRE A; 1YEU B; 3UHI A; 4O1T A; 2HCO A; 2O5T X; 3TLD A; 4FWZ A; 2HCO B; 1HBS A; 4WJG 1; 1Y8H A; 1HBS B; 1O1N A; 1Y8H B; 1O1N B; 1YCB A; 2ZLV A; 2ZLV B; 2NX0 A; 1HJT A; 5F2A A; 2EKT A; 4F6F A; 5CNC A; 4NZI A; 1Y46 A; 1XZV A; 1Y46 B; 1XZV B; 1IT3 A; 3BJ2 A; 3BCQ A; 1YH9 A; 3A5A A; 3BJ2 B; 3BCQ B; 3IC0 A; 5C6Y A; 1YH9 B; 1GLI A; 3IC0 B; 3BJ3 A; 1GLI B; 1X9F D; 3BJ3 B; 2GKM A; 1CH1 A; 1NZ5 A; 4UZV A; 3UHZ A; 3V2Z A; 2ZSN A; 4JAC A; 2DN3 A; 1UT0 A; 3A5B A; 2DN3 B; 5CMV A; 1MTJ A; 1C7D B; 2HBC A; 2ZT4 A; 1Y0T A; 2HBS A; 5EE4 D; 3NML A; 2HBC B; 1COH A; 1Y0T B; 3G4R A; 1DO7 A; 1COH B; 1YMA A; 2LH1 A; 1LFY A; 2MGC A; 1DTI A; 1LFY B; 4O35 A; 2BMM A; 1UX8 A; 3WI8 A; 4FWX A; 1LFQ A; 2O5O X; 1LFQ B; 3ZJI A; 4PQC A; 2HZ3 A; 2MGF A; 1X9F C; 2D60 A; 2BKM A; 2D60 B; 4MQG A; 1A00 A; 4HRR A; 1G09 A; 4MQG B; 4HRR B; 1G09 B; 1JPB A; 2LH6 A; 5M3S A; 1MLL A; 4O4Z A; 1KR7 A; 1UIW A; 5HLQ A; 1Y0A A; 2NSS A; 1JDO A; 3WCU D; 1UIW B; 5EE4 C; 1Y0A B; 2D6C A; 2BLI A; 4G1B A; 1Y8I A; 3A59 A; 1Y8I B; 3A59 B; 3NG6 A; 6HBW A; 3NG6 B; 6HBW B; 1DXC A; 2ZS0 A; 3UHG A; 1O1M A; 3M3A A; 2ZS0 B; 3DR9 A; 1O1M B; 3SDH A; 5ILP A; 2AUP A; 1NXF A; 1DM1 A; 2HZ1 A; 1Y5F A; 5HBI A; 1DXV A; 2G14 A; 1Y5F B; 1VXG A; 1LH3 A; 1BIJ A; 1FHJ A; 1MCY A; 1Y83 A; 1BIJ B; 1FHJ B; 1HAC A; 1HAC B; 1Y7Z A; 1Y7Z B; 2XKI A; 1MBO A; 1OUT A; 1BAB A; 1RSE A; 1OUT B; 1LHS A; 4OF9 A; 1BAB B; 3EU1 A; 1MYT A; 1N9X A; 4ESA A; 1NZ4 A; 3EU1 B; 1YEV B; 1MLU A; 3MVC A; 1YMC A; 2ZT3 A; 2EB9 A; 5KDQ A; 3ONZ A; 1V4W A; 1J7S A; 1DXT A; 5KDQ B; 3ONZ B; 1V4W B; 1J7S B; 1DXT B; 2GRZ A; 1FDH G; 1MNJ A; 1MZ0 A; 3WFU A; 1YIH A; 1OR4 A; 5E83 A; 5E6E A; 1YIH B; 1XZU A; 5E6E B; 5E83 B; 1KFR A; 3HYU A; 1YE0 A; 1YGD A; 2ZLU A; 4PQB A; 1D8U A; 3HYU B; 1W92 A; 1YE0 B; 1YGD B; 2ZLU B; 3PT8 A; 1RQ4 A; 3PT8 B; 1Y2Z A; 2G0R A; 1RQ4 B; 1Y2Z B; 2MYE A; 1N9H A; 3G4V A; 1SPE A; 2HZ2 A; 2EKU A; 3VRG A; 3WCU A; 4M4A A; 3VRG B; 3WCU B; 4M4A B; 2AV0 A; 1EBC A; 2R4Y A; 3UBV A; 3PI9 A; 1MBN A; 3QJB A; 3PI9 B; 2BNL A; 3EOK A; 3QJB B; 1HHO A; 3EOK B; 1HHO B; 2ZLW A; 4C44 A; 2ZLW B; 1EMY A; 2QRW A; 2ZT2 A; 1Y7D A; 3ODQ A; 1CG8 A; 1Y7D B; 1Z8U B; 2V1E A; 3ODQ B; 1CG8 B; 1SPG A; 5JDO E; 3WTG A; 1HRM A; 1SPG B; 2BWH A; 3WTG B; 1MLG A; 2YRS A; 1NAZ A; 2YRS B; 3QMA A; 3DUT A; 1VXE A; 2R4X A; 3DUT B; 5HU6 A; 1YG5 A; 1Y45 A; 3AT5 A; 4N7O A; 5HU6 B; 1YG5 B; 1Y45 B; 1R1Y A; 3AT5 B; 4N7O B; 1MOB A; 2ZSX A; 4MBA A; 1R1Y B; 3WCW D; 3HXN A; 5CN8 A; 1LFZ A; 3HXN B; 4G51 A; 1JEB A; 1LFZ B; 4MXK A; 4ZVA A; 4G51 B; 1JEB B; 3EDB A; 4C0N A; 1A6G A; 1C7B A; 3ZJM A; 1C7B B; 2LH3 A; 1XZ4 A; 1XZ4 B; 3G4U A; 1YZI A; 1GDJ A; 1YZI B; 1DUK A; 3ORD A; 2R4W A; 4NK2 A; 1YOH A; 1DWS A; 1HLM A; 4PQ6 A; 1VXB A; 5CN7 A; 3WCW C; 2QSS B; 1O1J A; 1J3Y A; 2GRF A; 1LA6 A; 3HRW A; 1O1J B; 1J3Y B; 1LA6 B; 3HRW B; 1CH9 A; 5EUI A; 1FN3 A; 5EUI B; 3WFX A; 1FN3 B; 1R1X A; 4FH7 A; 3TM9 A; 1R1X B; 3OGB A; 1MYI A; 3D17 A; 1I3E A; 3D17 B; 1BIN A; 3S65 A; 3AG0 A; 1CO9 A; 3S65 B; 1BZ1 A; 2GTL D; 3ZOM A; 1HBB A; 2ZSP A; 1BZ1 B; 1HBB B; 1Y7G A; 1MYH A; 2FRI X; 1Y7G B; 1J7Y A; 1OJ6 A; 1J7Y B; 3U3E A; 3UHU A; 1UVX A; 1GBV A; 1GBV B; 2DN2 A; 4NI0 A; 5ILR A; 2DN2 B; 2EF2 A; 4NI0 B; 3R0G A; 3ZJH A; 1V07 A; 111M A; 4B4Y A; 106M A; 1FDH A; 2ZS1 A; 2ZS1 B; 2G3H A; 2QLS A; 3QJD A; 1Y5J A; 1MDN A; 2QLS B; 3QJD B; 1Y5J B; 1V9Q A; 2D5X A; 1DTM A; 2AUQ A; 2GTL C; 4JYQ A; 4U8U A; 2BLH A; 2D5X B; 2OLP A; 4U8U B; 1T1N A; 2DC3 A; 2MGH A; 3GLN A; 3UHT A; 1X3K A; 4L2M A; 4DC7 A; 1CQ2 A; 1RTE A; 2D2N A; 1FLP A; 4HHB A; 2D2N B; 3DHR A; 4XS0 A; 3UHR A; 3ZOL A; 4HHB B; 1XYE A; 1VHB A; 3DHR B; 4XS0 B; 2R50 A; 2QU0 B; 1NEJ A; 1XYE B; 3LB2 A; 1NEJ B; 2FAM A; 2MGM A; 2D2M A; 2D2M B; 3ZJQ A; 1J3F A; 3PIA A; 3PIA B; 5C6E A; 5C6E B; 4WJG A; 1ECD A; 5F0B A; 4KMW A; 3NL7 A; 1LHT A; 3NL7 B; 1IBE A; 4NXC A; 1IBE B; 1UMO A; 1DWT A; 4MU5 A; 3UHE A; 3QZX A; 4KJT A; 4F68 A; 2OHB A; 1Y5K B; 3OZU A; 1CG5 A; 2OIF A; 1YOI A; 1CG5 B; 5AZQ A; 2SPM A; 4TWV A; 1HGA A; 3KUO A; 2GKN A; 4DWU A; 1HGA B; 2GNV A; 1M9P A; 3AQ6 A; 1QXE A; 1M9P B; 1QXE B; 2LH5 A; 3MOU A; 1HDA A; 1CMY A; 4TYX A; 1S69 A; 1HDA B; 5CNG A; 1CMY B; 1HDB A; 1HDB B; 2HHE A; 5HLX A; 2HHE B; 4M4B A; 4M4B B; 5ILE A; 1BZ0 A; 3PI3 A; 1FAW A; 1BZ0 B; 1FAW B; 3E5I A; 2G12 A; 1BJE A; 4N7P A; 4N7P B; 3UHD A; 4LPI A; 3ZJS A; 3UH6 A; 2G0Z A; 1IWH A; 2MGB A; 1IWH B; 4ILZ A; 1JW8 A; 1H1X A; 2G0S A; 2VLX A; 1HGB A; 1O1P A; 3NMM A; 7HBI A; 2MBW A; 1HGB B; 1O1P B; 3NMM B; 1MTK A; 1UC3 A; 1Y4G A; 1Y4G B; 4UUR A; 1ABW A; 1V4X A; 2V1H A; 4N8T A; 2HBE A; 1ABW B; 1V4X B; 4VHB A; 2VRY A; 1A6M A; 1JL6 A; 2HBE B; 4N8T B; 3LHB A; 4O2G A; 5CNF A; 3WCV A; 2ZWJ A; 3WCV B; 1L2K A; 2HHB A; 2HBS B; 3QJE A; 2HHB B; 4NXA A; 1DLW A; 5CN6 A; 1M6C A; 3H58 A; 1B86 A; 1O1I A; 1MLF A; 2WY4 A; 3O7N A; 2XKG A; 1B86 B; 1O1I B; 2ZSZ A; 2ZLT A; 2C0K A; 1LH5 A; 2ZLT B; 4F6G A; 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3GDJ A; 1CH4 A; 3D7O B; 3GDJ B; 3IC2 A; 3IC2 B; 1BZZ A; 112M A; 1GCW A; 4FWY A; 1BZZ B; 1GCW B; 1RQ3 A; 2MGE A; 1RQ3 B; 1A9W A; 3WR1 A; 3AQ7 A; 2EVP A; 4N7N A; 2CMM A; 3WR1 B; 1J41 A; 4N7N B; 1J41 B; 1ECA A; 1JP6 A; 4B3W A; 3RGK A; 3FS4 A; 1AJ9 A; 3AT6 A; 3FS4 B; 2SPL A; 1AJ9 B; 1BVC A; 3AT6 B; 1WMU A; 3CY5 A; 1Y4F A; 1WMU B; 3CY5 B; 1Y4F B; 1LUE A; 4L7Y A; 4ROL A; 4L7Y B; 4ROL B; 4GZG A; 1SDL A; 1SDL B; 2H35 A; 5KKK A; 4MBN A; 2H35 B; 1OFJ A; 4HBI A; 1FCS A; 1VXF A; 3KMF C; 2G0X A; 3EDA A; 2ZFO A; 3QM9 A; 1GCV A; 1YOG A; 1GCV B; 3HEP A; 2R80 A; 1O1K A; 3G46 A; 2QFN A; 3WHM A; 2R80 B; 2MYB A; 3B75 A; 1O1K B; 3QQQ A; 3WHM B; 1IDR A; 3B75 B; 4H07 A; 2W6V A; 3WFT A; 2W6V B; 2V1G A; 1BBB A; 1MLS A; 1EBT A; 1BBB B; 2MGA A; 3ZJN A; 1A01 A; 1K1K A; 2ZT1 A; 1A01 B; 3K3U A; 1K1K B; 1SHR A; 1J7W A; 2G10 A; 1SHR B; 1BUW A; 1J7W B; 1CH7 A; 1BUW B; 2O58 X; 1EWA A; 3ASE A; 1QSH A; 1VXC A; 2HBD A; 1QSH B; 1V75 A; 1Y0W A; 3BOM A; 2HBD B; 1V75 B; 5EV5 A; 1Y0W B; 3BOM B; 1WVP A; 2VM0 A; 1HBA A; 1XXT A; 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