The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHWTSEEKQYITSLWAKVNVGEVGGEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSANAILHNAKVLAHGQKVLTSFGEAVKNLDNIKKTFAQLSELHCEKLHVDPENFKLLGNILIIVLATHFPKEFTPASQAAWTKLVNAVAHALALGYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| molecule keywords |
Hemoglobin D alpha chain
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| publication title |
Crystal Structure of Hemoglobin D from the Aldabra Giant Tortoise, Geochelone gigantea, at 1.65 A resolution
rcsb |
| total genus |
56
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-07-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MYM A; 3BJ3 A; 3P5Q B; 1A0U B; 1DUK A; 1LFZ B; 1CPW A; 1NZ5 A; 1LA6 B; 4NXA A; 3FS4 B; 5EE4 D; 1GLI B; 3V2V A; 2JHO A; 5CN7 A; 3WHM A; 2QSS B; 4O2G A; 1S0H B; 1YEU A; 2VEB A; 2NX0 A; 2MBW A; 1H97 A; 1HDS B; 3LB4 A; 3BJ1 A; 3UGY A; 1BAB B; 3E55 A; 5CN8 A; 2NRL A; 1FAW A; 3AQ7 A; 3QQQ A; 2MGF A; 2ZSZ A; 1HBI A; 5SW7 B; 4O35 A; 1YE2 B; 2OH8 A; 1BBB A; 1MOA A; 2RAO B; 1RTX A; 2XKI A; 1HBH A; 3D1K B; 1ABW A; 1XZ4 B; 4XDI A; 1A9W E; 5CHR A; 5HLX A; 1G0A A; 5CNE A; 2LH5 A; 1Y45 A; 3UHW A; 4NZI A; 5E29 A; 1MBN A; 3NML A; 1BZ1 A; 1ECN A; 1UVX A; 3PI8 A; 1J7Y B; 3GKV A; 4FC3 B; 3TLD A; 1RPS B; 1YGD B; 1YMC A; 3HRW B; 5KKK A; 1VXD A; 3B75 A; 3K8B A; 1J3Z B; 2EKU A; 3WCV D; 4MAX A; 3S48 C; 4F6B A; 1J3Y B; 1UT0 A; 1LJW B; 3UHG A; 1MNJ A; 1Y5K B; 2DHB B; 1DXU B; 1VRE A; 2ZS1 D; 1HDA A; 3HEO A; 3BOM A; 3HHB B; 2Z6N B; 3CIU B; 3MYM A; 1G0B B; 1CH1 A; 3OO4 B; 1G08 A; 1X9F B; 1YMA A; 5KER A; 1HDB A; 2ZLW A; 1Y4R A; 6HBW A; 1IDR A; 3DR9 A; 1DXD A; 1RQ4 B; 4ODC A; 2HBD A; 3MN0 A; 5D5R A; 3TM9 A; 5F2A A; 1JP9 A; 3CY5 A; 1MLO A; 1OFK A; 2DXM A; 1CH7 A; 4YU4 A; 2GTL D; 2SPM A; 2EF2 A; 3PI3 A; 2VLY A; 5EYJ A; 1XZ2 A; 3QJC A; 3ZJI A; 5AZR A; 1BUW B; 1O1J A; 1LH3 A; 1TU9 A; 1V75 B; 3UHH A; 3ARK A; 1HHO B; 1A0U A; 3VAU A; 1UX8 A; 2PGH B; 2MGE A; 2MGD A; 2NSS A; 4MQJ B; 2EVK A; 1LH7 A; 2D5X B; 1LA6 A; 1LFL B; 1AJ9 A; 3FS4 A; 4FWZ A; 1Q1F A; 2GNW A; 1FN3 A; 4B3W A; 1JPB A; 1MWB A; 1O1M B; 1VXF A; 1A6G A; 2QLS B; 1MLQ A; 4UIQ A; 2GRH A; 1A01 B; 1J7S B; 2ZT0 A; 1S0H A; 3QM9 A; 1R1X B; 1CG8 A; 1PMB A; 2G0Z A; 1DO1 A; 1IRC A; 1HDS A; 3G53 A; 2ZT1 A; 3VRG A; 1BAB A; 2G10 A; 2AUQ A; 1YDZ B; 1SDK B; 1UC3 A; 5ILR A; 2VHB A; 1LFT B; 1Y8W B; 1DXV B; 1FDH G; 4C44 A; 4MU5 A; 3A9M A; 3IC2 A; 1A00 B; 2ZWJ A; 1C7C B; 2MYA A; 1MYZ A; 2WTH A; 2D2M B; 1IRD B; 1ABY B; 1XZ4 A; 4N7P B; 3D4X A; 1OR4 A; 1X9F C; 1Y83 B; 2ZLV A; 1MLF A; 3UHR A; 1J7Y A; 1QXE A; 1MLG A; 2ZS0 B; 3HYU A; 1MTJ A; 1RPS A; 1YGD A; 2D2N B; 2MGB A; 3HRW A; 3LB1 A; 3UHD A; 2ZSN A; 1CH9 A; 1MBI A; 3KUN A; 1MTK A; 4G1B A; 2NSR A; 1QSH B; 1J3Z A; 1ECD A; 1YOH A; 5E83 B; 5JDO C; 2H8D B; 1O1O B; 1GJN A; 3IC0 B; 1J3Y A; 3FH9 B; 1LJW A; 1YOI A; 1HLM A; 1Y5K A; 2EKT A; 1KR7 A; 2DHB A; 4DC8 A; 1DXU A; 3M3A A; 4MQH B; 1YH9 A; 1YEN B; 3DUT B; 2HBG A; 1MDN A; 1SWM A; 1YEO B; 4TWV A; 1IT2 A; 1FCS A; 1BIJ B; 1URV A; 1QSI B; 1X9F A; 2ZSP A; 2NRM A; 1IT3 A; 3WFU A; 2E2Y A; 1UX9 A; 2MGG A; 1GZX B; 1V5H A; 1CH5 A; 4ROM B; 2VYW A; 1AZI A; 1MLU A; 1RQ4 A; 1YHR B; 3WTG B; 2ZSX A; 3EDB A; 2AV0 A; 2DN2 B; 2VLX A; 101M A; 2XYK A; 3PT7 B; 2R4Z A; 3QJE B; 1NXF A; 3UH6 A; 2R80 B; 3WCU C; 3WCW B; 3WHM B; 2D2M C; 4KMV A; 4IRO B; 1YFF B; 1Y85 B; 1U7R A; 1BVD A; 4HHB A; 1Y8I B; 2O5O X; 2FRI X; 1HHO A; 1N9I A; 2DC3 A; 4O4Z A; 3ASE A; 2ZSO A; 2ZS0 C; 4MQJ A; 2D2N C; 105M A; 2QSP B; 1SPE A; 1LFL A; 1CH2 A; 5HAV A; 3R0G A; 3QZX A; 2AV3 A; 2QRW A; 106M A; 2Z8A A; 1BBB B; 1A01 A; 3GQP A; 111M A; 1R1X A; 2SPN A; 2R4Y A; 1A6N A; 5EU2 A; 1CH4 A; 1BIN A; 1MYH A; 3NG6 B; 2BK9 A; 2LH3 A; 1MLS A; 1YDZ A; 1SDK A; 1BZ1 B; 3DHR A; 3H58 A; 3WCP B; 3PI8 B; 1Y8W A; 5IKS A; 4OOD A; 7HBI A; 3WCU A; 1A00 A; 1C7C A; 2O5B X; 4PQC A; 2IG3 A; 2D2M A; 3B75 B; 3DHT B; 1ABY A; 1XZ7 A; 3OZW A; 1URY A; 2ZT3 A; 4N7P A; 2VM0 A; 104M A; 1N9H A; 3K8B B; 2OHA A; 2W6V B; 1Y83 A; 3UH5 A; 1Y0D B; 1Y8H B; 1U7S A; 1FSX A; 2AUO A; 2ZS0 A; 2D2N A; 1MWC A; 2BMM A; 3K9Z A; 1YCB A; 2HHD B; 3LQD B; 4MQC B; 2Z6S A; 4JYQ A; 3GKT A; 3D17 B; 3HEP A; 3S66 A; 2H8D A; 3WCW C; 1O1O A; 3AQ5 A; 1YE0 A; 1DO7 A; 3FH9 A; 3BA2 A; 1Y0W B; 2OIF A; 2R50 A; 2FRK X; 2HZ3 A; 4MQH A; 3ZJO A; 3DUT A; 1JW8 A; 2SPL A; 1MOH A; 3EDA A; 1HBB A; 1DM1 A; 1QXD B; 1XZU B; 3UHN A; 1LFV B; 103M A; 4HSW A; 1BIJ A; 2YRS B; 1QSI A; 3OGB A; 2DXM B; 1FDH A; 1OUT B; 1F63 A; 1LFQ B; 1NZ3 A; 3VHB A; 4KN3 A; 1GZX A; 1ABS A; 4ROM A; 4UUR A; 2G0S A; 2VLZ A; 3GYS B; 1XZV B; 3RJN B; 1YHR A; 3WTG A; 1F5O A; 2DN2 A; 1N9F A; 3PT7 A; 2R1H B; 3QJE A; 2R80 A; 4TWU A; 4G51 B; 2V1I A; 3E5O A; 1AJ9 B; 3WCW A; 1BZZ A; 1EBT A; 1FN3 B; 4H2L B; 2G0R A; 4X0L B; 1HLB A; 1BJE A; 1CQ2 A; 1HBR B; 1S61 A; 4IRO A; 4XS0 B; 2ZSR A; 1R1Y A; 1NS9 B; 3K3U A; 1YFF A; 1CG8 B; 1Y85 A; 1Y8I A; 3VRG B; 2QFN A; 2FAL A; 1Y4B A; 1MOD A; 3MKB B; 1S5X A; 2QSP A; 1Y35 B; 4NS2 A; 1JDO A; 1J41 B; 3IC2 B; 3QMA A; 3NMM A; 4MQK A; 1BZ0 B; 4MXK A; 3D4X B; 3NG6 A; 2VRY A; 1UMO A; 1VXE A; 1NQP A; 5E6E B; 3D7O B; 1J3F A; 2MYE A; 2ZLV B; 3WCP A; 1QXE B; 3HYU B; 3UHI A; 3LHB A; 3DHT A; 3AQ6 A; 3ONZ B; 2V1E A; 3HEN A; 1DWR A; 1JY7 A; 4F6I A; 2W6V A; 2ZFB B; 3QM7 A; 1C7B B; 1HAC B; 3R5I B; 2ZLX A; 4AVE A; 1Y0D A; 2KSC A; 1YCA A; 1Y8H A; 3OJ1 A; 1VXA A; 3HXN B; 4NI1 A; 4PNJ A; 1MYF A; 3MOU A; 1JWN A; 3QJD B; 1LUE A; 1YH9 B; 3WFX A; 2HHD A; 1MYG A; 2GL3 A; 2VEE A; 1AJG A; 2HZ1 A; 3LQD A; 1YIE A; 4MQC A; 1TES A; 4U8U A; 1MBC A; 3WCT B; 1YHU B; 3G52 A; 3D17 A; 5KDQ B; 5HLU A; 3D1A B; 3SDN A; 3KMF C; 1YEV B; 3IA3 B; 1F5P A; 1Y0W A; 3MYN A; 2W31 A; 5JOM A; 1VXC A; 5HLQ A; 3PI2 A; 5HBI A; 1CQX A; 3PT8 A; 1MLN A; 3GQG B; 3UHV A; 1F65 A; 3A5B A; 1QXD A; 1XZU A; 1LFV A; 4H0B A; 2YRS A; 4N8T A; 1OBM A; 4N7N B; 1OUT A; 1J40 B; 3O7N A; 5EYS A; 4BJA A; 1YHE B; 3WFT A; 1LFQ A; 3ZJR A; 1H1X A; 3ZJP A; 1MLJ A; 3RJ6 A; 3GYS A; 1DKE A; 1Y4V B; 1XZV A; 4HHB B; 4YU3 B; 2V1K A; 1HJT A; 2EB9 A; 2VYZ A; 1C40 A; 2MGL A; 3HC9 A; 2R1H A; 4G51 A; 1J7W B; 5AB8 A; 2AUP A; 1MOC A; 3KMF A; 1JZM A; 1RQA A; 5JGG B; 1JF4 A; 4H2L A; 1GBU B; 4MPM A; 4X0L A; 1HBR A; 1SI4 B; 3GQP B; 4XS0 A; 1NS9 A; 5ILP A; 2ZLT B; 1YMB A; 2MGA A; 4N7O A; 2HHB A; 4G1V A; 3G4Y A; 110M A; 1FSL A; 3WI8 A; 3H57 A; 3GK9 A; 3OO5 A; 3MKB A; 3TM3 A; 3DHR B; 1CMY A; 1IOP A; 1Y35 A; 1RVW B; 2H8F A; 5EOH A; 1NEJ B; 2H35 B; 2MGI A; 1J41 A; 2G0V A; 3WCU B; 5C6E B; 3S65 B; 3WCT C; 4ESA B; 1BZ0 A; 1EW6 A; 3LR7 A; 1O1I B; 1YHU C; 1YIH B; 1GCV A; 2MYC A; 1XZ7 B; 1Y7D B; 4DC7 A; 1JZL A; 3M38 A; 1KFR A; 1NGK A; 1UFP A; 1Y46 B; 3UHT A; 2MGJ A; 2W6X A; 5E6E A; 1IBE A; 3D7O A; 3MJU A; 1X9F D; 2V1G A; 1FSX B; 3G4Q A; 4ILZ A; 2O5Q X; 4KJT A; 3OZV A; 1HRM A; 4LPI A; 3ZH0 A; 1DTM A; 1RQ3 B; 3ONZ A; 1YZI A; 4GZG A; 3PI4 A; 2V1J A; 2ZFB A; 3A59 A; 1C7B A; 3S66 B; 2W6Y A; 1HAC A; 3R5I A; 1A0Z B; 2CMM A; 2OHB A; 2GRF A; 1YE0 B; 3G46 A; 1MCY A; 3HXN A; 2V1F A; 1A6M A; 3GDJ A; 2HBF A; 3UH3 A; 5JDO D; 3QJD A; 1O1P B; 4HRR B; 1THB B; 1GBV B; 1DXT A; 1HBB B; 4AVD A; 1OUU B; 3WCT A; 1LH1 A; 1PBX B; 1CH3 A; 1YHU A; 5KDQ A; 1Y0T B; 3D1A A; 4F4O B; 2HBC A; 4F6F A; 1YEV A; 102M A; 2LH1 A; 1NWI A; 4NI0 B; 3SZK A; 3S1J A; 2BLI A; 3M3B A; 112M A; 1CBM A; 2BLJ M; 3GQG A; 2HBS A; 2GDM A; 2G3H A; 3A0G B; 3G4V A; 3KUO A; 1DTI A; 4N7N A; 4IT8 A; 2GLN A; 1A9W A; 3G4U A; 1K0Y A; 1DO4 A; 4FWY A; 1J40 A; 3MBA A; 1Y4G A; 4F69 A; 3ZJQ A; 1YHE A; 1O1N A; 1SDL B; 1BZZ B; 1HBA B; 1Y8K B; 108M A; 2WY4 A; 3WCU D; 1R1Y B; 1BZR A; 2D2M D; 1GDJ A; 1Y4V A; 1HAB B; 2LH7 A; 4YU3 A; 1EBC A; 1QPW B; 2MGH A; 3VRF B; 1Y4Q B; 1JZK A; 1WLA A; 1Y4B B; 1J7W A; 3GOU A; 1DLW A; 1S5X B; 2G12 A; 1LH6 A; 2ZS0 D; 5JGG A; 3NMM B; 1CO8 A; 1GBU A; 2G14 A; 2D2N D; 1SI4 A; 3QM5 A; 4MQK B; 1I3E A; 4MQI B; 4WJG 1; 2ZLT A; 2XKG A; 2ZFO B; 1C7D B; 4MXL A; 1NQP B; 3AT5 A; 2G0X A; 4DWT A; 3ODQ B; 1JP8 A; 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1HBA A; 1HGA B; 1YG5 B; 1RQA B; 1S5Y B; 2B7H A; 1Y8K A; 4ROL B; 3OK5 A; 1VXG A; 1DUO A; 5EE4 C; 1DLY A; 1HAB A; 3PI9 A; 4N7O B; 2ZSS A; 2HHB B; 3LR9 A; 1QPW A; 2OLP A; 3VRF A; 1Y4Q A; 2BW9 M; 3HF4 B; 3OO5 B; 5EUI A; 1CMY B; 2Z6T A; 3OVU C; 5EET A; 4MBA A; 3AQ9 A; 1V4U B; 2H8F B; 1Y7G B; 5HY8 A; 3BCQ B; 4U8U C; 1G9V B; 4MQI A; 1GCV B; 2QMB A; 3EOK B; 2FAM A; 2GTL B; 1UFJ A; 4U8U D; 3A5A A; 1DWS A; 1M9P B; 2ZFO A; 3LB2 A; 1C7D A; 5HU6 A; 1Y0A B; 4FH6 A; 1X46 A; 1NS6 A; 3ODQ A; 1KD2 A; 1IBE B; 1GDK A; 1MBD A; 1A6K A; 3MJU B; 2EB8 A; 1CIO A; 2FRJ X; 5AZQ A; 5EV5 A; 3ZHW A; 1LFY A; 1A3N A; 2FRF A; 1CIK A; 5JDO E; 1SHR B; 4C0N A; 1YZI B; 1IWH B; 1Y5J A; 1NIH B; 1RTE A; 1W92 A; 4L2M A; 3A59 B; 4WCH D; 1S56 A; 1O1L A; 2HCO A; 1GVH A; 3NFE A; 3QM8 A; 1COH B; 4VHB A; 4F6G A; 3GDJ B; 2HBF B; 1MKO A; 5CND A; 3UBV A; 5CN4 A; 1G09 B; 3WCV C; 3M39 A; 1JEB A; 4HRT A; 1K1K A; 2M6Z B; 1DXT B; 2QU0 B; 3UHQ A; 3ZJJ A; 3QQR A; 2QFK A; 3G4R A; 1EWA A; 4L7Y A; 2ZS1 C; 4MBN A; 4NK1 A; 2IN4 A; 4F68 A; 4MQG A; 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