The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHWSAEEKQLITGLWGKVNVADCGAEALARLLIVYPWTQRFFSSFGNLSSPTAILGNPMVRAHGKKVLTSFGDAVKNLDNIKNTFAQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFAKEFTPDCQAAWQKLVRVVAHALARKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of a high oxygen affinity species of haemoglobin (bar-headed goose haemoglobin in the oxy form).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
55
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VXG A; 1QXD A; 4KMV A; 2BMM A; 2W72 B; 2QU0 B; 4OOD A; 1HCO A; 2R4Z A; 1LFV A; 4ESA B; 1JZL A; 1MYM A; 1Y8I B; 4NS2 A; 1MBS A; 4FWZ A; 1BVD A; 4MQI B; 1FN3 A; 2D2N A; 3FS4 B; 1MLQ A; 1UFP A; 3UHN A; 3GQG B; 3ONZ A; 2EB8 A; 1Y7C B; 1NS6 B; 5CNG A; 3BJ2 A; 4HRT B; 1XQ5 B; 4M4B A; 1V4U B; 2D5Z B; 5JGG A; 1Y83 A; 1V4W B; 1MOH A; 3AT6 B; 1MBI A; 1IBE A; 2MYA A; 2VHB A; 2W31 A; 4F68 A; 3WCV B; 3QM6 A; 1VWT B; 3A5B A; 2D2N D; 3DR9 A; 1RQ4 B; 1NPF A; 2W6W A; 1MNK A; 1CLS A; 1JP8 A; 1V9Q A; 1MLM A; 5E29 A; 2ZS1 A; 2MHB B; 3OO5 B; 2R4Y A; 3OZV A; 5M3S A; 5CN4 A; 1XY0 A; 3D1A A; 1J3Y B; 1DXU A; 2D60 B; 1A3O A; 3ODQ A; 4O35 A; 1MOA A; 1MYG A; 2VEE A; 2DN1 A; 2HBD B; 2ZS1 D; 3MVC A; 5EQM A; 1GCW A; 3CY5 B; 1HDA B; 1XZ5 B; 1HBI A; 1N9I A; 1RQA B; 1YEN A; 1RPS B; 1Y8H A; 3QJC A; 4FC3 A; 2EF2 A; 3HYU B; 1MKO A; 2MGD A; 2VEB A; 4MQC B; 2MGL A; 3FH9 A; 1YG5 B; 4O1T A; 1ECO A; 3E4N A; 3B75 B; 1LH6 A; 4OF9 A; 1VXA A; 3MKB B; 3DHT A; 1Y4G A; 1SDL A; 5EYJ A; 1DXT B; 5MBA A; 2G3H A; 1JY7 B; 2OLP A; 1LH5 A; 1SPG B; 2MGH A; 4MQG A; 3HF4 B; 2DN3 B; 1LJW B; 1ECD A; 1K0Y B; 1LFL A; 1Y0T B; 3NMM A; 1Y35 B; 2MGB A; 1DWR A; 2Z6T A; 1O1O A; 3QM8 A; 2WTH A; 1UC3 A; 1MLO A; 3UHH A; 3D17 B; 1N9X A; 1F63 A; 1OBM A; 5HLX A; 1Y5K B; 3UH6 A; 1VXB A; 2O5M X; 2HCO B; 1QSI B; 2HHE B; 1ABY A; 1UT0 A; 3VRE A; 3LR9 A; 1HBR A; 1DUK A; 3ZJH A; 1IT2 A; 1C7C B; 4HHB B; 3MBA A; 2AUO A; 5C6E B; 4YU3 B; 5F0B A; 1YHU B; 3WCT B; 1C40 A; 3UHT A; 3AT5 A; 1K1K A; 1CP0 A; 1RTX A; 1XYE A; 1CH2 A; 2QSS B; 1NXF A; 1BZ1 B; 2HBG A; 3ZHW A; 5CN9 A; 3EDA A; 2HBC A; 3K9Z A; 4PQ6 A; 1A0Z A; 3G4R A; 3NG6 B; 1MYI A; 2HBE B; 1YGD B; 1O1I A; 2GNV A; 5CNE A; 3U3E A; 5CNB A; 1UX9 A; 1QPW B; 2H8F A; 4NI0 A; 3PI4 A; 1Y0A B; 2GKM A; 1BIN A; 4HRR A; 4M4A B; 2O58 X; 1CO9 A; 1YEO B; 2ZLX A; 2IN4 A; 2FRJ X; 4PQC A; 3O7N A; 2QLS A; 1NQP A; 1Y2Z A; 3VRG B; 1OUU A; 4C0N A; 2C0K A; 3WR1 B; 2R1H B; 4G1V A; 1G08 A; 2KSC A; 4FWX A; 1Y85 B; 1S5X A; 5SW7 B; 3OZW A; 1Y0D A; 2ZSX A; 2D2M D; 2OIF A; 4ROM A; 1O1N A; 1HLB A; 2Z8A A; 1Y4B A; 3VRF A; 1S69 A; 1NS9 A; 1BZZ A; 2G11 A; 3HC9 A; 3V2Z A; 2HHD B; 3SDH A; 1YVQ B; 2R50 A; 1V4X B; 3SZK B; 2MYB A; 1QXE A; 1MLH A; 1LH7 A; 1GBV A; 2O5Q X; 2ZSZ A; 3S65 A; 1G9V A; 2MYC A; 4MQH B; 1SI4 B; 4YU4 B; 2R4X A; 2HBS A; 3R5I B; 1IRC A; 4ZVA A; 2SPO A; 1GLI A; 4AVE A; 1M6C A; 2MGF A; 4MQJ A; 1J3Z A; 1G09 A; 3MYN A; 4U8U A; 3S1I A; 2V1F A; 3QMA A; 2V1G A; 1DM1 A; 2VLZ A; 3IC2 A; 2O5T X; 3W4U B; 2OH8 A; 1J3F A; 3G46 A; 3GK9 A; 2ZLV A; 1A3N A; 1LJW A; 4MQK B; 1THB B; 2AV0 A; 2W72 A; 2M6Z B; 1S6A A; 2BKM A; 2MGG A; 2E2Y A; 1ABS A; 1YEU B; 4ESA A; 1Y7D B; 2GRF A; 3GDJ B; 4U8U D; 1ABW B; 3PEL B; 1Y8I A; 4MQI A; 2G0V A; 1MOD A; 3FS4 A; 1YHE B; 3GQG A; 1NS6 A; 4HRT A; 1XQ5 A; 2GNW A; 2ZWJ A; 1V4U A; 1CIK A; 1V4W A; 3AT6 A; 2Z85 A; 1N9H A; 1U7R A; 3WCV A; 1YIE A; 1MTJ A; 1BZ0 B; 1VWT A; 1DO1 A; 1MYH A; 5IKS A; 1Y7Z B; 2EVP A; 1J7W B; 2MHB A; 3QM5 A; 2ZSO A; 3WHM B; 1MNJ A; 2VRY A; 1QI8 B; 1Y5F A; 1EBC A; 3WCV D; 4KJT A; 5EET A; 1KR7 A; 1J3Y A; 3PIA B; 3UHR A; 1OFK A; 2G14 A; 5HLU A; 2D60 A; 1Y46 B; 5F2A A; 2OHA A; 2BW9 M; 4TWV A; 5HY8 B; 2HBD A; 3WCW B; 2FRI X; 1F5O A; 1HDA A; 1XZ5 A; 1RQA A; 2H8D B; 2ZFO C; 1RPS A; 3HYU A; 1X9F C; 1EWA A; 5CN8 A; 1JL7 A; 1JPB A; 4MQC A; 1LFQ B; 1U7S A; 1O1L B; 3UHE A; 1YG5 A; 1CIO A; 1YZI B; 3UHQ A; 3B75 A; 2G0S A; 3A2G A; 3MKB A; 1HGC B; 1GZX B; 3QM9 A; 1J7S B; 4WJG 1; 6HBI A; 1DXT A; 112M A; 1MBC A; 1C7B B; 1LA6 A; 3D7O B; 1RSE A; 1JY7 A; 2BNL A; 3ZOM A; 1G0B B; 3LB3 A; 1O1J B; 1OR4 A; 2V1E A; 1YCB A; 3HF4 A; 2DN3 A; 4B4Y A; 2GRZ A; 5ILR A; 1K0Y A; 1H1X A; 1V75 B; 1YHR B; 4ROL B; 1Y0T A; 1HBA B; 1Y35 A; 1GCV B; 2QFK A; 1HHO A; 1F65 A; 3QQQ A; 3GYS B; 2GTL B; 3D17 A; 1RVW B; 3UHD A; 1A0U B; 1Y5K A; 1Y4V A; 3MN0 A; 4N7N B; 2ZS1 C; 1QSI A; 3G4V A; 2HHE A; 1VXE A; 1HV4 B; 1Y5J B; 2FAL A; 4HHB A; 1QSH B; 2QMB B; 1CBL A; 4SDH A; 5C6E A; 5JDO E; 1T1N B; 1YHU A; 3WCT A; 5KDQ B; 2R80 B; 1MYF A; 1Y0C A; 3RJN B; 1YE0 B; 1J40 B; 2QSS A; 2VYZ A; 3UHY A; 1BZ1 A; 3A9M A; 1JEB B; 3WFT A; 1LHS A; 3KUO A; 5JOM A; 1YDZ B; 3WI8 A; 3NG6 A; 2HBE A; 1YGD A; 3SDN A; 4PNJ A; 4XDI A; 4KMW A; 1MLJ A; 4G1B A; 1YHU D; 3WCT D; 1IT3 A; 2LH2 A; 1QPW A; 4IRO B; 1Y4P B; 3KMF A; 1HBH B; 3OJ1 A; 3UGZ A; 1CH4 A; 1Y0A A; 1J7Y B; 1FCS A; 1NEJ B; 4M4A A; 1YEO A; 2NX0 A; 1LFZ B; 1LFT B; 3E55 A; 1Y0W A; 3E5O A; 3BCQ B; 1HRM A; 2OH9 A; 3VRG A; 1JW8 A; 1BJE A; 3D1K B; 3HEP A; 3PT8 B; 3WR1 A; 1A6K A; 3OO4 B; 2R1H A; 5HAV A; 2MYD A; 2HHB B; 1HBS B; 1FAW B; 1M9P B; 3PI3 A; 1Y85 A; 2MGK A; 5SW7 A; 5CHR A; 105M A; 3DUT B; 4L2M A; 3D4X B; 1COH B; 1A00 B; 3QJD B; 1B86 B; 3QZZ A; 3G4W A; 3AQ8 A; 3ECL A; 2HHD A; 3G4Y A; 5EOH A; 1V4X A; 3SZK A; 4H0B A; 2GL3 A; 1S5Y A; 4MQH A; 1SI4 A; 3BJ3 B; 1MWB A; 1BIJ A; 3WCP B; 2XKG A; 1R1Y A; 5JDO F; 3ZJM A; 1WMU B; 4AVD A; 108M A; 1M6M A; 1CG8 A; 1BAB B; 3G53 A; 5E6E B; 1HDB A; 3AQ9 A; 1IDR A; 2ZSS A; 1BZR A; 4FH7 A; 1TES A; 4MQK A; 1THB A; 3UBC A; 1MYZ A; 1PBX B; 3IC0 B; 3LQD B; 4JAC A; 106M A; 2GLN A; 2M6Z A; 1MNI A; 3HXN A; 1OFJ A; 3ED9 A; 1MTK A; 1YEU A; 2LH3 A; 1Y7D A; 3GDJ A; 1GBU B; 1ABW A; 2G12 A; 3PEL A; 4DC7 A; 1XZ7 B; 1C7D B; 107M A; 3RJ6 A; 3PI8 B; 1YHE A; 1J41 B; 1HSY A; 3LB4 A; 3ARL A; 5D5R A; 2ZT4 A; 3M39 A; 4N7O B; 3HHB B; 1CBM A; 2ZFO B; 2PGH A; 3PI9 B; 1D8U A; 1LFY B; 4F6F A; 3QJB B; 3NL7 B; 3NFE B; 3A59 B; 4VHB A; 1X9F B; 1BZ0 A; 2SPM A; 4F4O B; 2ZFB B; 1L2K A; 1JZM A; 4O4T A; 3EOK B; 2BWH A; 1Y7Z A; 4DWT A; 1J7W A; 5EU2 A; 2ZT2 A; 1LFV B; 3WHM A; 3LB2 A; 3M3A A; 3UHU A; 2ZT1 A; 1A6G A; 2VLY A; 1MZ0 A; 1Y4Q B; 1YGF A; 5EE4 C; 4X0L B; 1JZK A; 4NI1 B; 1DKE A; 3EU1 B; 3PIA A; 5B84 A; 4LPI A; 4TWU A; 2YRS B; 5HY8 A; 3A5A A; 1YIH B; 3WCW A; 2HZ2 A; 1MOC A; 2D2M A; 1YEQ B; 1IBE B; 2H8D A; 4F69 A; 1IRD B; 4XS0 B; 2O5O X; 3RGK A; 1OUT B; 1MNH A; 1BBB B; 1J52 A; 1CLS B; 1LFQ A; 2FRK X; 1CO8 A; 1XXT B; 1O1L A; 1YZI A; 1GDK A; 1XZU B; 3O89 A; 1DUO A; 3QQR A; 3WCW D; 1HGC A; 3ARK A; 1J7S A; 3WCU B; 1URV A; 2DHB B; 1MLS A; 1C7B A; 3GQR B; 1Y22 B; 2FRF A; 2OHB A; 1S56 A; 1WLA A; 2MGM A; 104M A; 1G0B A; 1O1J A; 4O4Z A; 1NZ4 A; 4WJG A; 1S0H B; 1GCW B; 1V75 A; 1YHR A; 5AZR A; 3E5I A; 1R1X B; 1CH1 A; 1NZ3 A; 3LB1 A; 3WTG B; 1GCV A; 3LR7 A; 4NXC A; 3VAU A; 3WCV C; 4N8T B; 1F5P A; 3UH3 A; 3GYS A; 4WCH D; 3TM3 A; 2GTL A; 1RVW A; 5JDO C; 2VYY A; 2W6V B; 1A0U A; 4ILZ A; 1YMB A; 4ODC A; 1Y09 B; 1HDS B; 1URY A; 4N7N A; 3GKT A; 6HBW B; 2EVK A; 1MLN A; 2ZSP A; 3OGB A; 1Y5J A; 3MJP B; 4BJA A; 1SWM A; 1QSH A; 2QMB A; 5EUI B; 1NAZ A; 2QU0 A; 3BJ1 B; 1T1N A; 2AUR A; 1NWI A; 2GTL D; 5KDQ A; 4UUR A; 2R80 A; 7HBI A; 1MLK A; 2QFN A; 3WFX A; 1Y01 B; 1YOG A; 2RI4 B; 1O1K B; 1J40 A; 4PQB A; 1O1M B; 1JP6 A; 1JEB A; 4HBI A; 1LFL B; 5AB8 A; 1YDZ A; 2AUP A; 3CIU B; 2SPN A; 4KN3 A; 1Y7C A; 1CP5 A; 1G0A B; 2W6Y A; 1MCY A; 1CH5 A; 101M A; 2D5Z A; 5EV5 A; 5D1V A; 4IRO A; 1Y4P A; 1XZ4 B; 1HBH A; 1VXF A; 1RQ3 B; 3UH5 A; 3H58 A; 2ZLU B; 1ABY B; 1HJT A; 1J7Y A; 1MYT A; 3UHI A; 1NEJ A; 3ZJL A; 1N9F A; 1RQ4 A; 2IG3 A; 3A0G B; 3IXF A; 1TU9 A; 3ORD A; 2HBF B; 1UIW B; 1Y7G B; 2DN2 B; 1LFZ A; 1LFT A; 1IOP A; 3PI2 A; 3OO5 A; 1K1K B; 3BCQ A; 1YFF B; 2PEG B; 3BOM B; 1VHB A; 3ZOL A; 2ZS0 C; 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3QJB A; 3WFW A; 3NL7 A; 3NFE A; 1X9F A; 1OR6 A; 2EKT A; 4F4O A; 1NPG A; 1DO4 A; 2ZFB A; 4UZV A; 3EOK A; 3QJE B; 1YCA A; 2RAO B; 4H2L B; 2Z6N B; 1DTM A; 1VRF A; 2ZFO D; 3WFU A; 3S66 B; 3KUN A; 2B7H B; 4NZI A; 2ZLT B; 1Y4Q A; 1X9F D; 1DWS A; 4X0L A; 4NI1 A; 3EU1 A; 2SPL A; 3P5Q B; 2QRW A; 3V2V A; 3GOU B; 1JL6 A; 1EMY A; 2YRS A; 5CN5 A; 1YIH A; 2NRM A; 3G52 A; 3UHK A; 4F6G A; 1YEQ A; 1SHR B; 1IRD A; 4XS0 A; 1YIE B; 2ZSQ A; 1O1P B; 4MAX A; 1OUT A; 1BBB A; 2V1J A; 1XXT A; 2LH6 A; 1JDO A; 3PT7 B; 5CN7 A; 1XZU A; 1NZ2 A; 1S61 A; 4MXL A; 1DXC A; 5EYS A; 1XZV B; 1Y5F B; 1LH1 A; 2G0R A; 3WCU A; 3A5G A; 2DHB A; 3GQR A; 1Y22 A; 1SDK B; 4O2G A; 4ZVB A; 2GKN A; 4MXK A; 103M A; 1BUW B; 1YVQ A; 1Y8W B; 1Y45 B; 1MWC A; 2BK9 A; 3HEO A; 1DLW A; 2ZSN A; 4G51 B; 4H07 A; 3ECZ A; 3ZH0 A; 3ZJP A; 1FHJ B; 1S0H A; 2NRL A; 1VXC A; 1R1X A; 1V5H A; 1AJ9 B; 1LUE A; 2FAM A; 3WTG A; 4YU4 A; 3WCU D; 3AQ6 A; 3R5I A; 4N8T A; 1CMY B; 1YH9 B; 1HAC B; 1FSL A; 2W6V A; 1Y09 A; 1HDS A; 1KD2 B; 1HBB B; 1FLP A; 3OZU A; 3ZJR A; 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