1BJE | Genus

Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	54
sequence length	153
structure length	153
Chain Sequence	GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAEMKASEDLKKTGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__32807919524993__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__32807919524993__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1BJE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__32807919524993__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"32807919524993","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1BJE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__32807919524993__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Equus caballus
publication title	Structural and spectroscopic studies of azide complexes of horse heart myoglobin and the His-64-->Thr variant. pubmed rcsb
molecule keywords	MYOGLOBIN
total genus	54
structure length	153
sequence length	153
ec nomenclature
pdb deposition date	1997-10-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1bjeA00

3LB3A 2V1IA 2G12A 2QLSA 1GLIA 1X46A 2VLYA 5EU2A 2ZT1A 1TU9A 1Y8IA 3KMFC 4LPIA 4G51A 5CNEA 1YGDB 3HXNA 1SI4A 4OF9A 1YHRB 1Y7GB 2ZSRA 1YIEB 1T1NA 1HBAB 2MGKA 1DWRA 1MNKA 2QMBB 2O5QX 1NPGA 1MWBA 1A3OA 4C0NA 1MBOA 3UH6A 2MGFA 1C7CA 3PIAB 5EUIB 1Y5JA 3DUTA 2IG3A 2NX0A 1WLAA 3QQRA 1DKEA 2LHBA 1V4XA 1B0BA 2MGIA 1A00A 2O5OX 1LH2A 3HF4A 1Y4PB 1VRFA 2Z8AA 1NQPA 2VEEA 2GNVA 1O1LA 1AZIA 4G1BA 4ZVAA 2AA1A 2ZLVB 4HSXA 3S1JA 1J7YA 2VLZA 1BABB 3FH9B 2MGEA 4DC7A 1RQ4B 3D7OA 1C40A 1YE2A 2MGAA 4F6BA 2DN3A 112MA 1MYTA 1DO1A 4MQGA 1RPSB 1WMUB 1S69A 3DR9A 108MA 1Y5FB 1QI8A 1HABA 3O7NA 1G08B 4MQCB 1HGCA 3AT6B 4TWUA 3UHBA 3AG0A 1MKOA 1Y5KB 3D1KB 1YIHB 1MLMA 2MYBA 1QXEB 3QJCA 1ASHA 2ZSNA 1CLSB 3GYSB 3E5OA 1COHA 1Y7ZA 3FS4A 1IBEA 2R4XA 1BZ0B 4XDIA 2BLIA 3G46A 1A0UB 1BZ6A 1HCOA 4YU3B 4M4AA 1BIJB 2ZLXB 3VREA 3WFWA 2D2MB 3UHGA 1H97A 1YH9A 2HZ1A 4PQBA 3ECXA 5SW7B 1V4UB 3UHYA 3PT8B 4B3WA 3CY5B 3HRWB 1Y8WB 2CMMA 4N7OB 1Y8HA 1ITHA 3M3AA 4FWXA 1M9PB 3ZJLA 1Y0DA 1XY0B 1HDBB 1EWAA 1CIOA 2DN2B 1HBBB 1NIHB 3ZJJA 2BKMA 2Z6NA 1KFRA 4WJGA 1YEOB 4KJTA 3VRGB 1O1NA 3IC0B 1ECAA 1NS6A 2R4WA 1G9VB 3WR1A 3ZOMA 1RTEA 1OFJA 1HLBA 2GRHA 3WI8A 1HDSA 5EETA 2ZLWA 1LFZB 5MBNA 4C44A 2OH8A 2ZSXA 4HRTB 3TM3A 1Y45B 1UX8A 3U3EA 3QM8A 1Y4RB 1O1PB 1GCVB 2H8DB 3ZJNA 5CNDA 2D5XA 1ECDA 4NI1B 1J3ZB 1HHOA 1AJ9B 2ZWJA 2ZLUA 4XS0A 3ZJOA 4L7YA 1YHUB 3G4UA 4TWVA 1XCHA 5HY8B 1K0YB 2ZS0B 2MGCA 1JP6A 1SDLB 1ECNA 3S65B 2D2NB 3G4QA 1ABWA 1HJTA 1MYZA 1L2KA 1QXDA 2VHBA 3B75A 1A9WE 3KMFA 1LFYB 3ECLA 3HEOA 1J52A 2HBFB 3QJDB 1S5XA 2GKNA 5HLXA 5EQMA 1YG5B 2QFKA 3UHXA 1MBIA 3WCTB 1KD2B 1HGBB 3QJEA 1G0AA 1NZ3A 2HBEB 1M6MA 1IRDB 4DC8A 3BA2A 1JL7A 3UHZA 5AZQA 1MLGA 3S66A 1YOGA 1O1JB 1XZ2A 1Y4FA 1IOPA 1HV4B 3UI0A 1DXTA 1R1XB 2DXMA 1LA6B 3ZJMA 4N7NA 1XXTA 1YEUB 2MYCA 1MZ0A 3OO4A 1Y0AA 1MBNA 1Y7DB 2HHBB 2B7HA 3GQGB 2AUPA 3ZJSA 2H8FA 3IA3B 1CMYA 2PGHA 5KDQB 1MBAA 1Y31B 1Y0CB 1MTIA 2R80B 2R50A 1I3EA 1FDHA 1HGAB 1HSYA 1OBMA 3WTGA 4YU4B 2MGMA 3ODQB 3MYNA 5HAVA 1HBSB 1VXCA 3IC2A 1GZXB 1CP0A 1GBUB 3K3UA 4MQKB 3MBAA 2W72B 2PEGB 1Y7GA 4IT8A 1YIEA 1Y4VA 3EU1B 1CH5A 1HBAA 3M39A 3QJBB 107MA 1CH2A 3NMMA 3A0GA 2SPLA 1EMYA 5JDOE 3PIAA 5EUIA 1J41A 2D6CA 1CH4A 1J40B 5B84A 1M6CA 5CHQA 1SPGB 2Z6SA 3W4UB 1RTXA 111MA 2VYZA 2XKIA 1Y4PA 2IN4A 1YHUD 1HLMA 3BJ3A 3A5BA 1X9FC 2ZS0D 1O1OA 1OUUB 1IWHA 1A3NB 3WCUB 1Y22A 5AZRA 3UH3A 2D2ND 1O1MA 1RQ4A 3VHBA 1Y4BB 1YGFA 3OO5A 1YMBA 1V75B 3EDAA 3A2GA 5M3SA 1YZIB 3ZOLA 3ARLA 3WCTD 1RPSA 2QU0A 1WMUA 2HBCA 1C7BB 1UVYA 1B86A 1Y5FA 4NK2A 2FAMA 2QRWA 3EOKB 1YDZB 1G08A 4MQCA 5CNCA 3D17B 4OODA 4MAXA 3AT6A 1JEBB 1MBDA 4DWUA 2O5MX 1QXEA 1JP9A 2ZLTB 3NL7B 3WFXA 3HHBB 1LFVB 1X9FD 1CH7A 1NWIA 1KR7A 5JDOD 2D60B 2VM0A 3WCPA 1Z8UB 1QSIA 3UGYA 4NI0B 2RAOB 4KMWA 5EYSA 4N7PB 1A0UA 4YU3A 1MLRA 1FSXB 2BWHA 1NGKA 2HBGA 1NS9B 1NAZA 1LFLA 2AV3A 2BMMA 2C0KA 3PT7B 4FWYA 4MU5A 1V4UA 3PT8A 3GQPB 1Y09A 3HRWA 3GKTA 3GLNA 1Y2ZB 3PI9A 2AV0A 1MLQA 3UHTA 3LQDB 1CBMA 2MGHA 4M4BA 4MQHB 1M9PA 2WY4A 1MLJA 5CN7A 3BJ1A 1HBRA 3QZXA 1XY0A 1S0HB 1HDBA 2H35A 1XZVB 3A59A 2DN2A 1NIHA 4ODCB 1K1KB 2EB9A 1GDIA 3PI3A 1LH5A 2BW9M 2JHOA 4HRRB 1DXUB 2G3HA 2YRSB 3NFEB 1VWTA 1Y85B 3QM9A 1PMBA 1DXVA 3VRGA 3ZJPA 2FRIX 4L2MA 3D4XA 3BOMA 4MBAA 3IC0A 2LH1A 3ORDA 1GBVB 2E2YA 2OLPA 3PELB 4B4YA 1G9VA 1LFQB 1A9WA 1YE0B 1ABYB 1J3FA 1RVWB 5CN6A 3WFUA 3NG6A 1XYEB 1UMOA 4HRTA 1Y45A 1HBIA 4H2LB 1XZ4B 3WCUD 1RQ3B 5JOMA 1FLPA 1F65A 2ZS1C 1DUKA 2HBDB 2AURA 1O1PA 1GCVA 3UHHA 1NZ2A 5E6EB 2H8DA 3BJ2B 4NI1A 4ESAB 1BZPA 1CQ2A 1BZ1A 3MKBB 4NS2A 1AJ9A 4KN3A 1JY7B 3WCVB 3E55A 1A01A 1YHUA 5D5RA 1MNJA 2BNLA 5HY8A 3WHMB 2AUQA 2ZS0A 1F63A 4MQJB 5IKSA 1SDLA 1S6AA 1Y4QB 3UH5A 1Y35A 3HEPA 3H57A 2D2NA 2LH3A 2HHEA 2MHBB 2MGLA 3R5IA 1YMAA 1LFYA 2ZFBB 2HBFA 2SPMA 2Z85A 5CN4A 1YEQA 1VHBA 3E4NA 4H07A 3IXFA 3DHRB 1LFTA 1XZUB 3WCTA 3G4YA 2EKTA 1KD2A 1HGBA 3ED9A 1IRDA 2BLJM 1EBTA 2NRMA 3A5GA 1O1KB 1LTWA 3ASEA 2ZS1D 2MBWA 1MLSA 3AQ9A 4AVEA 2GL3A 3ZH0A 3K8BB 1HACB 1MBSA 3ZJQA 3UHIA 1O1JA 1HV4A 3OGBA 4NXAA 1LA6A 4F68A 2LH5A 1SWMA 1LHSA 1YEUA 2G0RA 1BUWB 1X9FA 2HHBA 2EB8A 3MJPB 5JGGB 3GQGA 3QQQA 1XZ5A 1Y83B 3GKVB 6HBWB 1GCWB 1YENA 1G09B 1RQAA 4QAUA 1Y31A 3PI1A 4F6FA 1FCSA 1N9XA 1DTIA 4MQIA 5KERA 1CH3A 1HGAA 1YVQA 3ODQA 4F4OB 1YVTB 1MYJA 1U7RA 4MQKA 3OJ1A 2W72A 3GOUA 1VXAA 1OR6A 3HC9A 3UHVA 3QJBA 5AB8A 4F69A 1C7CB 1OUTB 5EE4C 1Y5JB 1CBLA 2ZSQA 5ILMA 1A6MA 1GDLA 3AQ8A 2VRYA 1PBXB 1V4XB 1VXGA 1A00B 3KUOA 3O89A 2GRFA 1URVA 2QSPA 5F0BA 2D2MC 2Z6TA 1MLFA 1J40A 1W92A 1MGNA 4X0LB 1FAWA 1SPGA 109MA 5E83B 3W4UA 2HZ3A 3HENA 1JW8A 2O5BX 3LB1A 1YMCA 3PI2A 1OUUA 2AUOA 5CNBA 2NRLA 1A3NA 3WCUA 4MQGB 4MXLA 1DO4A 3P5QB 1Y4BA 2HCOB 1CP5A 1U7SA 1YEVB 1YOIA 2GTLB 1BBBA 4MPMA 2GKMA 5EE4D 3TM9A 3SDNA 1BINA 2DHBB 7HBIA 3HYUA 1MOBA 3LHBA 1CG5A 1FN3B 103MA 1IT2A 3QJCB 3D17A 5EV5A 2G0XA 1DXCA 3UGZA 2D2MD 1CG8A 3FS4B 1YFFA 2ZT0A 1J3YA 3NL7A 4WCHD 2HBSA 1Q1FA 2RI4B 2XKGA 1Y7CB 3HHBA 5HLUA 4BJAA 1BVDA 5E29B 3MJUB 3OZWA 1NEJA 4SDHA 4GZGA 1HCOB 1MLUA 4M4AB 2G0VA 1MOAA 1V4WB 2LH7A 3LR9A 3VREB 1I3DA 4NI0A 101MA 3PI4A 5C6EB 4N7PA 2ZT2A 4FH7A 2ZS1A 1UFPA 2ZFOB 1A4FA 1MLOA 1Y8HB 3RJ6A 1JZLA 1NS9A 1YHUC 2LH2A 3DHTB 1IT3A 3QMAA 2ZS0C 1LH3A 4ZVBA 2VEBA 3GQPA 1A6NA 1Y2ZA 3ZJIA 5CN8A 1Y0DB 1A6GA 3LQDA 2D2NC 1DM1A 1XQ5B 1GDKA 5HU6B 1MCYA 2R1HB 1YGDA 1YHRA 1DXDA 1S0HA 4ROLB 1XZVA 1R1YB 1VXEA 2DC3A 3WCTC 2ZSZA 2QMBA 3VRFB 2V1GA 3OVUC 3AT5B 1DO3A 5JDOF 1DXUA 5F2AA 2YRSA 4VHBA 1CQXA 3WR1B 1Y85A 1JZKA 4F6JA 2OHBA 1MWDA 2ZLWB 2W6YA 1CH9A 3PELA 4U8UB 1J7WB 1YE0A 1ABYA 2EKUA 2BLHA 3WCWB 5JDOC 2MGDA 4H2LA 3UHUA 102MA 6HBIA 2D5XB 2ZLVA 5CNFA 2HZ2A 3MN0A 2W6XA 2HBDA 3ARKA 1BABA 3FH9A 2M6ZB 1HHOB 1CH1A 5E6EA 1HBHB 3D1AB 2V1JA 3BJ2A 1MOHA 2ZLUB 4ESAA 4L7YB 1EW6A 2GTLD 3A9MA 1GVHA 3MKBA 1HRMA 1DWTA 1JY7A 2G0ZA 3GDJB 1UC3A 3AQ7A 2R4YA 2O58X 3WHMA 1QXDB 4MQJA 2W72C 3E5IA 1Y4QA 2EF2A 1MLKA 3UHNA 1Y5KA 1GJNA 4MBNA 3OK5A 3D1KA 1YIHA 2MHBA 2NSRA 4UIQA 3QJEB 1CLSA 3G4RA 1ECOA 3GYSA 1MLNA 3DHRA 1CO9A 2SPNA 1BZ0A 3UHRA 4ROMB 1BZRA 3LB4A 1J7SB 4F6DA 4NZIA 1O1KA 2OH9A 1O1IB 3CIUB 3V2VA 1THBB 1HACA 1BIJA 2ZFOD 1YCAA 2ZLXA 2FALA 1S5YB 4N7NB 2D2MA 3M38A 3OO4B 1QPWB 3SZKB 1HBGA 1Y46B 1Y0AB 1NWNA 1LH1A 1Y4GB 3QM7A 5SW7A 2HHDB 3SDHA 2G14A 3WCUC 1SPEA 3CY5A 1G0BB 2EVPA 3TLDA 2H8FB 1Y8WA 4N7OA 1CMYB 3UBCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1BJEA

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Chain Sequence

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