The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure determination of the biliverdin apomyoglobin complex: crystal structure analysis of two crystal forms at 1.4 and 1.5 A resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
APOMYOGLOBIN
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| molecule tags |
Oxygen storage
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1994-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1F65 A; 4B4Y A; 1YG5 A; 1HBH A; 3ZJJ A; 2R4Y A; 1AZI A; 1HCO B; 1WLA A; 3G53 A; 4MXL A; 3UHD A; 1LH3 A; 3ORD A; 1HCO A; 3UH7 A; 5F0B A; 2GL3 A; 1VXD A; 3UHS A; 1S5X B; 2GRH A; 2ZFB B; 2HBD A; 4NXA A; 2W6X A; 4TYX A; 2ZFB A; 1O1K B; 2HHB B; 3S1I A; 4YU4 B; 1L2K A; 2MGJ A; 1O1K A; 2HHB A; 2VYZ A; 4YU4 A; 2V1F A; 2MGD A; 3IA3 B; 1J7S B; 1MDN A; 5EET A; 1XZU B; 3LR7 A; 3CY5 B; 1J7S A; 1MYF A; 2QU0 A; 3ZJQ A; 2OIF A; 1DO1 A; 1XZU A; 2CMM A; 3CY5 A; 4O4Z A; 1EMY A; 5JDO D; 1V4W A; 2H8F B; 2EB9 A; 3EOK B; 1Y4B B; 1YIE B; 1CH2 A; 2H8F A; 102M A; 4HBI A; 3AQ5 A; 3EOK A; 1Y4B A; 2M6Z B; 4H07 A; 1EBC A; 4AVD A; 1YIE A; 1LH6 A; 1URY A; 1C7D B; 3HXN B; 4WJG 1; 1O1O B; 2M6Z A; 1A6G A; 1C7D A; 3HXN A; 5EQM A; 3LB1 A; 3ZHW A; 1GCV B; 2MGA A; 1UC3 A; 1GCV A; 3WCW B; 2AUR A; 5CN5 A; 1VRF A; 4MPM A; 3WCW A; 4F69 A; 1CG5 B; 1YEQ B; 1PBX B; 3PI3 A; 1CG5 A; 1ABW B; 5ILM A; 1YEQ A; 1BJE A; 1PBX A; 3V2Z A; 5C6Y A; 1QSH B; 2FRF A; 1ABW A; 2HZ2 A; 1AJ9 B; 1J7W B; 1X9F D; 2HZ1 A; 2VHB A; 1JF3 A; 1QSH A; 1KFR A; 1HDA B; 1AJ9 A; 5CNC A; 5CHQ A; 2G3H A; 3WHM B; 4F6I A; 1HDA A; 1IDR A; 1BZ1 A; 3LB3 A; 2G0S A; 3WHM A; 1NS9 B; 5JDO C; 5JOM A; 4MQJ B; 3UBV A; 2AUO A; 1NS9 A; 4MQG B; 2ZSQ A; 4MQJ A; 1C7B A; 1U7S A; 4MQG A; 1SDK A; 3GKT A; 1A6K A; 2BNL A; 2ZLU B; 3RGK A; 2DN2 A; 2G14 A; 1FN3 B; 1GDI A; 2ZLU A; 1C40 B; 3PT7 B; 4MQK B; 1Y4P B; 4HSX A; 1FN3 A; 2WTG A; 3QJE B; 1DXU B; 1C40 A; 1OUU B; 4MQK A; 3PT7 A; 1Y4P A; 1J7Y B; 1K1K B; 1RQ3 B; 1JF4 A; 2G0Z A; 3QJE A; 4NI0 A; 4TWU A; 1DXU A; 1OUU A; 1MLM A; 1J7Y A; 1K1K A; 5CN6 A; 1RQ3 A; 3D1K B; 3UHX A; 1Z8U B; 4U8U B; 4TWV A; 1XCH A; 3D1K A; 1G9V B; 3M3B A; 4U8U A; 1YEN B; 3ONZ B; 2ZSR A; 3VRE B; 1MLR A; 1G9V A; 1YEN A; 3GQR B; 3ONZ A; 1GBV B; 1X9F C; 3VRE A; 4UZV A; 4YU3 B; 3GQR A; 2W72 B; 4YU3 A; 1MBI A; 1YCA A; 2W72 A; 4L7Y B; 1F5P A; 4PQ6 A; 1S56 A; 4PNJ A; 3QZX A; 4L7Y A; 1NZ2 A; 3G46 A; 3ODQ B; 2SPM A; 3GQG B; 1NXF A; 2KSC A; 3GOU B; 1YOI A; 1YEO B; 3ODQ A; 3UHY A; 1BZ6 A; 3G52 A; 2GLN A; 3GQG A; 3GOU A; 2Z6S A; 1YEO A; 2GRF A; 1JZK A; 1MWC A; 2O5S X; 103M A; 2Z8A A; 3KMF A; 2Z6T A; 3M39 A; 3OO4 B; 108M A; 3ECL A; 2AV3 A; 1UVX A; 1JPB A; 2G0V A; 1HBS B; 5D5R A; 3ED9 A; 3OO4 A; 3LQD B; 3BCQ B; 1LFZ B; 5EUI B; 1K0Y B; 3ASE A; 1CPW A; 1G0A A; 3LQD A; 3BCQ A; 2VEB A; 3KUO A; 1LFZ A; 5EUI A; 3AG0 A; 1K0Y A; 4UUR A; 5EV5 A; 2R80 B; 1O1P B; 3BA2 A; 5HAV A; 3ZJL A; 1N9H A; 1DKE B; 4ILZ A; 2R80 A; 1O1P A; 3D7O B; 4G1B A; 1ECA A; 2R4W A; 1DKE A; 3QM8 A; 3D7O A; 1I3E A; 2VEE A; 1MWB A; 3AT6 B; 3S65 B; 1MCY A; 3OZU A; 2D5Z B; 3AT6 A; 3S65 A; 3ZJR A; 2D2N D; 1MNK A; 2EKU A; 2D5Z A; 3MKB B; 105M A; 1NPF A; 1OJ6 A; 1VWT B; 2BLH A; 3MKB A; 4IT8 A; 1BVD A; 3G4W A; 1MLK A; 4L2M A; 1VWT A; 3G4Q A; 1NZ3 A; 5AZR A; 1GJN A; 1W92 A; 1OFK A; 3WCT B; 1DWS A; 1CBM A; 3QQR A; 2V1H A; 4NXC A; 3WCT A; 4G1V A; 4IRO B; 1OR4 A; 4O35 A; 1HJT A; 2NSR A; 3O7N A; 4IRO A; 2SPL A; 1VXA A; 1NGK A; 3K3U A; 2MGC A; 5CN7 A; 4O1T A; 3QJC B; 3GK9 A; 1CQX A; 1DUO A; 4X0L B; 3QMA A; 1HDS B; 1UX8 A; 1JWN A; 2DC3 A; 1UVY A; 4NK2 A; 1HDS A; 1YOH A; 1Y5K B; 3ARL A; 2O5O X; 1Y5K A; 109M A; 3VRF B; 3DUT B; 4N8T B; 3VRF A; 3DUT A; 3MBA A; 1HBR B; 1HLM A; 4N8T A; 1YVT B; 4MAX A; 2D2N C; 1HBR A; 1YVT A; 5CN4 A; 1A01 B; 1Y7C B; 3UBC A; 1Y0W B; 1HBB B; 1DXD A; 2FRJ X; 1A01 A; 1Y85 B; 3FS4 A; 1Y0W A; 1HBB A; 1S6A A; 5E6E B; 1LJW B; 3IC0 B; 1Y85 A; 3PI2 A; 5E6E A; 1LJW A; 1LFT B; 2WY4 A; 3IC0 A; 1G0B B; 3HC9 A; 2ZSN A; 5JDO E; 2BWH A; 2H8D B; 1LFT A; 1G0B A; 1BZR A; 2WTH A; 3RJ6 A; 2H8D A; 3BJ2 B; 1RTE A; 1Y7D A; 3RJN B; 3WI8 A; 1JEB B; 2ZS1 D; 1A6N A; 3BJ2 A; 1MNH A; 1O1L B; 1Y45 B; 1MNO A; 1MOD A; 1CH7 A; 3WCV D; 1XZ2 B; 1JEB A; 1O1L A; 4NS2 A; 1MWD A; 1XZ2 A; 4MXK A; 3MVC A; 3NMM A; 3ZJP A; 3LB4 A; 2ZT0 A; 3D4X B; 1SI4 A; 1SDL B; 2BLI A; 5C6E B; 1F5O A; 3EU1 B; 2G0R A; 2GKN A; 1S69 A; 4LPI A; 1VXF A; 3D4X A; 1SDL A; 3G4R A; 5B84 A; 5C6E A; 1YMA A; 3EU1 A; 4MQI B; 1IWH B; 2C0K A; 2V1K A; 5ILR A; 3QZZ A; 2ZSZ A; 4HRR B; 1J3Y B; 4MQI A; 1IWH A; 2QRW A; 2D2M D; 4HRR A; 1J3Y A; 1ECN A; 1S5X A; 1LHS A; 3ARJ A; 1Y22 B; 1ECD A; 3DHR B; 104M A; 5HLQ A; 2MGH A; 2XKG A; 3VHB A; 3BJ1 B; 4HSW A; 3DHR A; 3UHT A; 1MLL A; 1NPG A; 1Y8I B; 4F6B A; 3BJ1 A; 1CH1 A; 3VAU A; 2SPO A; 1ABY B; 2OHA A; 1Y8I A; 1MOH A; 2OH8 A; 2MGG A; 1ABY A; 1HSY A; 2GNV A; 1J52 A; 1MGN A; 1LH2 A; 2ZS1 C; 1ASH A; 1MTJ A; 2RAO B; 1LFV B; 1EW6 A; 3WCV C; 2O5T X; 1FLP A; 1XYE B; 1BUW B; 2RAO A; 1LFV A; 2O58 X; 2HBS B; 1LUE A; 1A9W E; 4DC8 A; 1B86 B; 1XYE A; 1BUW A; 1Y4V B; 2ZLV B; 2HBS A; 1HGC B; 1YFF B; 1B86 A; 1Y4V A; 2ZLV A; 1J41 B; 1HGC A; 1JP6 A; 1YFF A; 1YMB A; 1X9F B; 4WCH D; 3UHB A; 107M A; 1J41 A; 1MLF A; 1O1O A; 1OUT B; 3UGZ A; 1X9F A; 4QAU A; 3WCU B; 1OUT A; 1G08 B; 3V2V A; 3WCU A; 2AUQ A; 4HHB B; 3ZOL A; 1Y8W B; 2D2M C; 1BIJ B; 5HU6 B; 5EOH A; 1MKO B; 1G08 A; 101M A; 4FWZ A; 4HHB A; 1Y8W A; 1THB B; 1BIJ A; 2B7H B; 2ZT3 A; 1MKO A; 5EYS A; 1RQA B; 1THB A; 2GRZ A; 1YEU B; 2B7H A; 1RQA A; 1VHB A; 1G09 B; 3A5G A; 2LH1 A; 3WFX A; 1YEU A; 4C0N A; 1CLS B; 2MGM A; 1N9I A; 3E55 A; 3UHN A; 1G09 A; 1IOP A; 3GYS B; 1VRE A; 1J7W A; 3ZH0 A; 1GDK A; 2MGL A; 3GYS A; 1YMC A; 1H97 A; 2ZSS A; 1CP5 A; 1A9W A; 3G4Y A; 4NK1 A; 3ZJH A; 1JZL A; 3UHI A; 3HEN A; 1DM1 A; 3AQ6 A; 3OK5 A; 3UH6 A; 1Y0T B; 2RI4 B; 1IRC A; 4WJG A; 4F4O B; 4N7P B; 5KDQ B; 1Y0T A; 2FRI X; 2RI4 A; 3ZJO A; 2HZ3 A; 3ARK A; 5AZQ A; 2AUP A; 1HBI A; 2EB8 A; 4F4O A; 4N7P A; 3WCW D; 5KDQ A; 1JL7 A; 3M38 A; 2ZSX A; 3A2G A; 1Y5F B; 2LH2 A; 2GTL B; 1Y5F A; 1GBU B; 1YHU D; 1YZI B; 2GTL A; 1GBU A; 1YZI A; 2ZWJ A; 1NIH B; 5JGG B; 1UIW B; 2XKH A; 2AV0 A; 3UHU A; 5JGG A; 3K8B B; 2LH5 A; 3PEL B; 4KMW A; 2W6V B; 1UIW A; 3S1J A; 2LH3 A; 3VRG B; 2GKM A; 3IXF A; 2ZSO A; 1O16 A; 2VM0 A; 3K8B A; 3PEL A; 2W6V A; 3UI0 A; 3VRG A; 7HBI A; 2R1H B; 4AVE A; 1VXC A; 1GBV A; 1ITH A; 3UHV A; 2R1H A; 2MYE A; 2ZFO B; 1CH3 A; 2YRS B; 3G4V A; 4HRT B; 2ZFO A; 1O1I B; 1Y8K B; 2YRS A; 1S0H B; 1O1J B; 2EF2 A; 4FC3 B; 4O4T A; 1CMY B; 1O1I A; 2Z85 A; 1Y8K A; 1HLB A; 1O1J A; 4FC3 A; 4MBN A; 1AJG A; 3FH9 B; 1BBB B; 4VHB A; 3BOM B; 1YE2 B; 1Y83 B; 2VLZ A; 1FDH A; 5EYJ A; 1QPW B; 1YHE B; 3FH9 A; 1BBB A; 3BOM A; 1YE2 A; 3ECZ A; 3WCW C; 1B0B A; 1GDJ A; 1YE0 B; 1QPW A; 1YHE A; 2E2Y A; 1Y0C B; 3OO5 B; 3U3E A; 4U8U D; 2D60 B; 1YE0 A; 1D8U A; 2EKT A; 1Y0C A; 2D2N B; 3OO5 A; 4MQH B; 1YHU C; 2D60 A; 3NFE B; 3PT8 B; 1OR6 A; 1HBS A; 4MQH A; 6HBW B; 3NFE A; 5CNF A; 3PT8 A; 1DLW A; 3H58 A; 1MBO A; 1MYM A; 4XS0 B; 6HBW A; 1GLI B; 1MLJ A; 5CND A; 4XS0 A; 4XDI A; 1GLI A; 4N7O B; 3D1A B; 5F2A A; 1HAB B; 4N7O A; 1RVW B; 1BVC A; 3D1A A; 1CP0 A; 2MGE A; 2NX0 A; 2QSS B; 1HAB A; 1GZX B; 1Y4R B; 1RVW A; 3ZJI A; 2QSS A; 4H0B A; 1GZX A; 1Y4R A; 4F68 A; 1PMB A; 2W6Y A; 1UX9 A; 1YOG A; 3QM5 A; 1LHT A; 2R50 A; 1RPS B; 1HBH B; 3A59 B; 4F6J A; 2JHO A; 1RPS A; 1CH9 A; 3A59 A; 2QFN A; 4NZI A; 2ZS0 B; 2G0X A; 1Y5J B; 3MYN A; 1ECO A; 1MLQ A; 2ZS0 A; 3NML A; 1Y5J A; 5MBA A; 1RSE A; 4U8U C; 3G4U A; 4PQB A; 2DHB B; 2DHB A; 3GKV B; 1EWA A; 3QM9 A; 3QJC A; 1HBG A; 3GKV A; 5CNE A; 4X0L A; 1MBS A; 1MBA A; 3E4N A; 1MYZ A; 2W72 C; 2EVK A; 1IT2 A; 1M6M A; 1HBA B; 1XY0 B; 2VLY A; 3UGY A; 1IT3 A; 1HBA A; 1XY0 A; 1X46 A; 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4JAC A; 3SDN A; 1YEV A; 1DWT A; 1Y22 A; 1O1N B; 3A5A A; 1NQP A; 1NAZ A; 1TES A; 5CN9 A; 5CNB A; 1CO9 A; 1O1N A; 1UT0 A; 1HGA B; 1UFP A; 2LH6 A; 1MBN A; 2GDM A; 1CG8 B; 2NRL A; 1HGA A; 1HHO B; 4DC7 A; 2D6C A; 3PI1 A; 1MYH A; 1CG8 A; 2G12 A; 2MYC A; 1HHO A; 1JP9 A; 4FWY A; 1RQ4 B; 3OGB A; 1I3D A; 3PI9 B; 2HBG A; 5HLU A; 1RTX A; 5KKK A; 1RQ4 A; 3R0G A; 1YHR B; 3PI9 A; 2QU0 B; 1GCW B; 3OZV A; 3NL7 B; 5EE4 D; 1LFL B; 2MGB A; 1YHR A; 5AB8 A; 1HV4 B; 1GCW A; 3WFT A; 1V4W B; 3NL7 A; 3QQQ A; 1LFL A; 1Y4G B; 2HHE B; 1MNJ A; 1LA6 B; 1HV4 A; 4FH6 A; 1CH4 A; 1Y4F B; 3MJU B; 3UHR A; 1JP8 A; 1Y4G A; 6HBI A; 2HHE A; 2MGF A; 4C44 A; 1LA6 A; 3M3A A; 112M A; 1A00 B; 1Y01 B; 1NZ4 A; 1Y4F A; 3MJU A; 1CBL A; 1A3N B; 2IN4 A; 1Y46 B; 1A00 A; 1LFQ B; 1A3N A; 1NWN A; 1Y46 A; 1LFQ A; 2PGH B; 1FSL A; 2ZT2 A; 2Z6N B; 5HU6 A; 1DTI A; 4O2G A; 2PGH A; 1NS6 B; 4DWT A; 2ZLT B; 2Z6N A; 1A4F B; 1NS6 A; 1C7C B; 4B3W A; 2ZLT A; 1A4F A; 1WMU B; 1Y0A B; 1U7R A; 1ABS A; 1C7C A; 1A0Z B; 1WMU A; 4H2L B; 2G10 A; 3AQ8 A; 1Y0A A; 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