1BVC | Genus

Total Genus 64

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
sequence length	153
structure length	153
Chain Sequence	VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1455889354706073__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1455889354706073__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1BVC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1455889354706073__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1455889354706073","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1BVC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1455889354706073__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage
publication title	Structure determination of the biliverdin apomyoglobin complex: crystal structure analysis of two crystal forms at 1.4 and 1.5 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	APOMYOGLOBIN
total genus	64
structure length	153
sequence length	153
ec nomenclature
pdb deposition date	1994-12-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1bvcA00

3ARLA 5CN8A 2ZS1D 2IG3A 1UT0A 2G0VA 3A59B 3DR9A 1XYEB 5EYSA 2D60A 3UHCA 1XYEA 1TESA 4O4ZA 2V1KA 1XZ2A 3WCVB 4AVDA 3UHKA 3MJPB 3WCVA 4PQBA 3M3BA 3S66B 1L2KA 3MJPA 1RQAB 1BZ1B 4PQCA 3PIAB 5CHQA 1GBVB 1A9WA 2MBWA 3ZJJA 4F6FA 3PIAA 1GBVA 1FHJB 2MGFA 1FHJA 3NMLA 4HRTB 4WCHD 2GTLB 4HRTA 2GTLA 4L7YA 3UHSA 2MYAA 4G1VA 2HZ3A 1OR4A 1Y0AB 5HBIA 1YHRB 2W6VB 1Y0AA 1ECDA 1MYFA 2Z8AA 1K0YB 2HBDA 1YHRA 1HABB 2W6VA 1XY0A 1K0YA 3A5AA 1HABA 1J52A 1RSEA 4MQCB 7HBIA 105MA 3MJUB 4MQCA 3WR1B 1LHTA 3MJUA 1Y5FB 2EB9A 3WR1A 1DO4A 1Y2ZB 1Y4RA 3MVCA 2AV0A 3PI4A 1Y5FA 1J40B 1Y2ZA 1MNHA 2MYDA 2VM0A 1YFFB 3VRGB 1J40A 3A9MA 1YFFA 3VRGA 4N7PB 1Y8HB 1MOCA 4N7PA 1YMCA 4NI0A 3FH9B 2RI4B 1CBLA 2DHBB 1FSXB 3H58A 3FH9A 2RI4A 2DHBA 2W31A 3QQQA 1G0AB 3AT5A 2G10A 1MLKA 1A3OB 1NQPA 1G0AA 2HHBB 2GDMA 2MGHA 1A3OA 3LQDB 1LH6A 5AZRA 2HHBA 3UHUA 1YMAA 3LQDA 2FRFA 1PMBA 3QM5A 4VHBA 1DXVB 1NZ5A 1BZPA 4LPIA 1DXVA 3R5IA 4C44A 5C6EB 1KFRA 4PNJA 4B4YA 5C6EA 1MTIA 3PI8B 3BA2A 1N9HA 1F63A 1COHB 4MQIB 3AG0A 1DUKA 3PI8A 5CNDA 1COHA 1LJWB 1BUWB 2RAOB 1LJWA 3EU1B 3OZWA 3DUTB 1BUWA 1U7SA 2MGEA 2RAOA 3EU1A 2NRMA 1OR6A 3DUTA 1F5PA 1W92A 103MA 2W6WA 4IROB 1ABYB 3NMMB 3V2VA 3WCTB 3AQ9A 1YZIB 1S5XB 2MYBA 3PI3A 1OFKA 3NMMA 3WCTA 1YZIA 1S5XA 2OH9A 1XQ5B 1Y85B 2WTGA 1XQ5A 1MLQA 1Y85A 2VEEA 5HLUA 1Y8WB 1HBRB 5CNCA 2G0SA 5JDOC 1LA6B 2G12A 3WCUD 1LA6A 1Y45B 3QM6A 1LHSA 1Y45A 1YOGA 1Y4VB 3K9ZA 3PI9A 2ZSZA 2Z6NB 3UHIA 1Y4VA 104MA 3UHTA 5E83B 2Z6NA 2MHBB 4NK1A 2AV3A 4MQKB 3EDBA 1MYZA 1HGAB 4UZVA 2SPNA 2GTLD 2SPOA 3MN0A 5CMVA 1HACB 1OJ6A 1CH3A 1LTWA 5CN9A 1HACA 1CLSB 3ZJLA 1VREA 1CLSA 1IDRA 2D5ZB 3QJBB 1I3EA 3ECZA 4TWUA 2HHDB 2D5ZA 3QJBA 4MXLA 3UHBA 2ZSYA 5SW7B 1MYIA 3HC9A 5SW7A 1Y46B 4NS2A 2H35B 1DUOA 5KERB 4M4AB 1OUUA 1IRDB 2H35A 4NXAA 1FDHA 5D1VA 4M4AA 1CBMA 1QPWA 3GQPB 1IRDA 2MGDA 1Y5KB 3GQPA 1YCAA 2LHBA 3GYSB 1Y5KA 1NWIA 2ZSTA 3LHBA 1RQ3B 3PELB 2ZS1B 1XXTB 2W6XA 1HHOA 1RQ3A 3PELA 3P5QB 1XXTA 1PBXB 2ZWJA 4MXKA 3ZJIA 3P5QA 1C40B 1PBXA 1SDLB 1MYMA 1CQ2A 1Y7GB 1C40A 1SDLA 2R50A 1Z8UB 107MA 1Y7GA 1URYA 3HXNA 3ZHWA 5HLQA 4O2GA 2ZSOA 4HHBB 2EB8A 1MLFA 4HHBA 2GKNA 4KJTA 1A6KA 2ZLTB 2ZLTA 3A5GA 1UC3A 1B0BA 3NL7B 5ILEA 1CH4A 2OLPA 108MA 2FAMA 3ZOMA 3NL7A 1MOAA 1AJ9B 4JYQA 3PI1A 2VRYA 2QLSB 4L2MA 4DC7A 1Y4FB 3UI0A 2QLSA 2SPLA 3CIUB 4ROLB 1GVHA 3CIUA 4ROLA 1V07A 5EE4C 3WCTD 2WY4A 1HGCB 4NXCA 1VXDA 106MA 1HGCA 3LR7A 3RGKA 1X46A 1ITHA 2O5SX 1XZVB 1CPWA 3WCVC 2G0XA 1J3ZB 1XZUB 2MGCA 1CG8A 4H2LA 1XZVA 1IBEB 1J3ZA 1XZUA 1CIKA 1ECOA 3EDAA 1IBEA 1SDKB 5EYJA 2AURA 2DN3B 1SDKA 1OUTB 2W6YA 4G51B 4N7NA 1OUTA 112MA 2GTLC 1YE2A 1HLMA 3PT7B 1MNOA 3LB1A 1K1KB 3UHNA 2XKHA 3PT7A 3UHXA 2NRLA 1K1KA 3NFEA 1VXHA 1HV4B 1QI8B 2H8DB 1HV4A 1QI8A 2H8DA 3A2GA 1DXDA 3GOUB 1R1XB 5AZQA 3GOUA 1R1XA 3GQGB 3MYNA 2ZSPA 3GQGA 1HBAA 1MLHA 3ZJPA 2OHAA 1A4FB 2DXMB 2GLNA 3TM9A 2DXMA 2QSPA 5B84A 3U3EA 2R1HB 102MA 3MOUA 2HHEB 3O7NA 1DLYA 2R1HA 1MCYA 1AZIA 3UH3A 1MDNA 3DHTB 1Y31B 1A9WE 3DHTA 1Y31A 1NPFA 3ZJNA 3GQRB 4H07A 1MBOA 2NX0A 4TWVA 5JGGB 1J3YB 1BABB 4F6IA 3GQRA 1MTJA 2D2MA 2XKGA 2B7HB 3ZJQA 5JGGA 1J3YA 1BABA 3NG6B 2B7HA 2G11A 2LH1A 2D60B 3NG6A 3GDJB 3SZKB 1U7RA 3WCUB 4YU4B 1XZ2B 3GDJA 3SZKA 3HYUB 3WCUA 4YU4A 1A0ZB 4G1BA 3OZVA 3HYUA 4HSWA 5CN5A 1A0ZA 3EOKA 3LR9A 1URVA 3AQ8A 3TM3A 1JL7A 1UIWB 4U8UB 2PEGB 1MLGA 1UIWA 4U8UA 1GCWB 2PEGA 3KUNA 2MGLA 1I3DA 1LFZB 2D5XB 1GCWA 4MPMA 1Y83B 4L7YB 1O1KB 1LFZA 2D5XA 1Y83A 5JOMA 1O1KA 2VLXA 4YU3B 1MBAA 1XZ5B 4H0BA 4N8TA 3WCTC 1BIJB 1Y35B 2HBDB 4YU3A 3M39A 1XZ5A 1XY0B 1NS6A 1BIJA 1Y35A 2V1HA 3HENA 2VYYA 5HY8B 5HY8A 3WCPB 5AB8A 3WCPA 1NGKA 1JF3A 1MWCA 2EKTA 1Y4RB 3GKVB 3R0GA 2R4ZA 6HBWB 3A0GB 3GKVA 2ZSQA 3ZJSA 4MBAA 6HBWA 3A0GA 4F6JA 1HBGA 1Y09B 1QSIA 3M3AA 1IRCA 1Y09A 101MA 1VXGA 4NI1B 1MLOA 1JL6A 4NI0B 4NI1A 2BKMA 2ZT1A 1IT2A 2LH3A 1JP9A 3AT5B 1GBUA 1NQPB 1MKOB 1MNJA 2EVKA 1MKOA 1HDBA 1WVPA 1VXEA 1M6MA 4MQHB 1DLWA 1NXFA 1MWBA 4MQHA 1HBIA 1IWHB 1LH2A 1SWMA 1O1PB 2FALA 1X9FD 3D17B 3R5IB 1S56A 1IWHA 1O1PA 1RTXA 3D17A 1YIHB 1YENB 2R4XA 1YIHA 1YENA 3HF4B 4HBIA 2OH8A 1CP0A 3ZJOA 3HF4A 2O5BX 3B75B 2LH2A 1JZLA 2ZSRA 1MLMA 1BZ0A 3E5IA 3B75A 3HEPA 2MGIA 2JHOA 2FRIX 5C6YA 2W72B 3WI8A 1MLUA 3UGZA 2W72A 1CP5A 1Y5JB 2IN4A 1MZ0A 3ARJA 1Y5JA 2ZS1C 3ZOLA 3HEOA 1NIHB 3W4UA 1ABWB 4MQJB 4ROMA 2ZLUB 1NIHA 5D5RA 1ABWA 3GLNA 4MQJA 1JP8A 2ZLUA 1DXUA 2D2MD 2C0KA 3G53A 1HJTA 1B86B 2VYWA 3QM8A 1CG5B 5CN7A 4FWZA 1B86A 1CG5A 3ARKA 1T1NB 3QJEB 2BK9A 6HBIA 5ILRA 1T1NA 1BZZB 5F0BA 3QJEA 3VRFB 3UH6A 4DWTA 3BOMB 1BZZA 2H8FA 3VRFA 3BOMA 1DM1A 1GDKA 4FH7A 2VLYA 3PI9B 1FDHG 1YHEB 1YVQA 4U8UD 2E2YA 1YHEA 2GL3A 1A6GA 2G0RA 3FS4B 3FS4A 2ZT3A 2AUQA 1Y4QA 2ZS0B 4FWXA 1ABSA 2ZS0A 3MBAA 3H57A 1YOHA 1S5YB 4ESAB 1R1YA 1S5YA 4MBNA 4ESAA 1Y4PB 5E6EB 5HLXA 2G0ZA 2MGMA 1JY7B 1Y4PA 5E6EA 1QXDB 1JW8A 1JY7A 3ECXA 2MGGA 2HBEB 1QXDA 3ED9A 1BBBB 2HBEA 1OUUB 1UX9A 2M6ZB 4FC3A 5CN6A 3KUOA 1BBBA 2M6ZA 1NZ4A 1LFTB 1QPWB 3UHZA 2D6CA 1WLAA 1LFTA 1JEBA 2WTHA 5ILPA 2D2NA 1NS9B 3WFXA 1LH3A 2HBCA 4DC8A 1NS9A 1YGDB 1BJEA 3OVUC 1Y22B 4F6BA 1HHOB 1Q1FA 2MGJA 4KMVA 1YGDA 1A6NA 3MKBB 1Y22A 1YHUB 1EW6A 3MKBA 1VXBA 1LH5A 1MNIA 1YHUA 1DXCA 3HXNB 2ZFOA 1J41B 4M4BB 1SHRA 1MGNA 2V1IA 1J41A 4M4BA 4GZGA 1LFLB 1NZ3A 3M38A 3UHDA 1MBIA 3DHRB 4F69A 2HBFB 1LFLA 1UX8A 2ZT4A 1LUEA 1O1IB 3DHRA 2HBFA 3AQ5A 3VHBA 1NPGA 1O1IA 3WCWB 1SPEA 1JDOA 2O5LX 1KD2B 3G46A 1LFYA 3CY5B 3WCWA 1CIOA 2Z6SA 1EMYA 1KD2A 1DTIA 3CY5A 4MAXA 4FWYA 2GRZA 1A0UA 3OK5A 1DKEB 1VXAA 1IOPA 2ZT2A 4HSXA 1DKEA 1MWDA 4XDIA 2V1JA 5HU6B 3E4NA 5HU6A 1A01B 1ECNA 1Y0TA 1Y8IB 1G08B 1A01A 3K3UA 1Y8IA 1G08A 3WCUC 1VXCA 1CG8B 4H2LB 2MYEA 3GK9A 4OODA 2LH7A 2MYCA 1GJNA 2LH6A 4U8UC 1F65A 1THBB 4F6DA 4N7NB 1FAWB 1THBA 1HBBB 1QSHB 1FAWA 1YE2B 1V5HA 1V4XB 1N9XA 1HBBA 1QSHA 2GNWA 1V4XA 3SDHA 1O1MB 1Y4BB 5F2AA 3NFEB 4KN3A 1O1MA 1Y4BA 3BJ1A 4UIQA 1LFQB 1MBSA 1LFQA 5JDOF 1BVCA 4XS0B 2HBGA 1RPSA 4XS0A 1X9FB 3WHMB 5KDQB 1X9FA 3WHMA 5EQMA 2G14A 1O16A 2ZS0D 1HBAB 5KDQA 2DN1B 1RVWA 1G09B 3V2ZA 2AUOA 2DN1A 1G09A 2PGHA 3WTGB 3UHHA 3OGBA 3WTGA 2GNVA 2QSPB 1NEJB 1KR7A 1CH5A 1NEJA 2AA1B 1V75B 1MYTA 1MLJA 5MBNA 2AA1A 3HRWA 1V75A 3O89A 3QQRA 2D2ND 4F68A 1HCOB 1J7SB 2G3HA 3IC0B 3SDNA 3BCQA 4C0NA 1HCOA 1J7SA 1DWSA 1MLSA 2D2MB 2QRWA 3IC0A 1Y0DB 2ZSNA 1WMUB 1DWRA 1Y0DA 1DWTA 1WMUA 1YHUD 3BJ3B 2HZ1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1BVCA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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