The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSSQNKKAIEELGNLIKANAEAWGADALARLFELHPQTKTYFSKFSGFEACNEQVKKHGKRVMNALADATHHLDNLHLHLEDLARKHGENLLVDPHNFHLFADCIVVTLAVNLQAFTPVTHCAVDKFLELVAYELSSCYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the deoxy and CO forms of haemoglobin from Dasyatis akajei, a cartilaginous fish.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (HEMOGLOBIN)
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| molecule tags |
Oxygen transport
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| total genus |
48
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-03-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MBW A; 1Y4Q A; 4AVE A; 2VLZ A; 1KD2 B; 4HBI A; 6HBI A; 4H2L A; 1G0B A; 1HBB B; 1OFJ A; 2HBF B; 3WHM B; 1YCB A; 5E29 A; 4H07 A; 2EKU A; 1R1X B; 1G0A A; 2O5M X; 1C40 A; 1IT2 A; 4UIQ A; 3A2G A; 1A3N B; 1G9V B; 1LH3 A; 1YE2 B; 2AA1 A; 1IWH A; 3QM9 A; 1M9P B; 1YEV B; 1NZ3 A; 1T1N A; 2IG3 A; 3HF4 B; 1O1I A; 3UHI A; 1Y22 B; 2ZSN A; 1IBE B; 2DN1 A; 1OUU A; 2VEB A; 1V4U A; 3M3B A; 5EQM A; 1NWI A; 5AZR A; 2MGK A; 3MVC A; 101M A; 1UC3 A; 5B84 A; 1Y46 B; 3WCU A; 3H58 A; 2HBE B; 2R4W A; 4O4T A; 3AT5 B; 2VHB A; 3M3A A; 3WCU C; 4MQJ B; 2ZFO B; 1J3Y A; 3PI4 A; 1Y2Z A; 1Y0D A; 3UHS A; 3ZJM A; 4MPM A; 4NI0 A; 2O5O X; 3IA3 B; 3GQR A; 1NEJ B; 5CN6 A; 3K9Z A; 1A9W E; 2O58 X; 2DXM A; 4ROM A; 1FDH A; 1FN3 B; 3NL7 B; 4MXL A; 1HJT A; 4DWU A; 3PI9 A; 3WCU D; 1MNO A; 1J7W A; 3M38 A; 1NAZ A; 4MQK A; 1GCW A; 3HXN B; 1CH9 A; 1Y4Q B; 1RPS B; 1X3K A; 1G08 A; 1YEO A; 4H2L B; 1HRM A; 3HYU A; 1G0B B; 2D6C A; 5EUI A; 3A59 A; 2QLS B; 1Y09 A; 1LHS A; 1NS6 A; 1C40 B; 3ZJS A; 1YDZ A; 2SPO A; 5MBN A; 1TES A; 2GRZ A; 2ZSZ A; 2ZSR A; 1K0Y A; 1RQA A; 2AA1 B; 1IWH B; 2ZLV A; 2W72 A; 4KJT A; 1HAB B; 1BAB B; 2W72 C; 1T1N B; 5KER A; 3UHH A; 1BIN A; 1QPW A; 3QMA A; 1Y0A B; 1O1I B; 4NS2 A; 3ZJO A; 1MTJ A; 2DN1 B; 2AUP A; 1V4U B; 2MYB A; 5KKK A; 2LH7 A; 1DXU B; 4AVD A; 1LUE A; 3AQ8 A; 3WCU B; 2R50 A; 4O35 A; 3ASE A; 4TWV A; 2ZT2 A; 1YVQ A; 1J3Y B; 3GLN A; 2ZSP A; 3MJU A; 1Y5F A; 1Y2Z B; 5F0B A; 4NI0 B; 1XY0 B; 3EDB A; 3GQR B; 1VRF A; 2DXM B; 2R4X A; 2AV3 A; 1O1M A; 3GOU B; 3PI9 B; 5KDQ A; 1A4F B; 1CH3 A; 1J7W B; 2C0K A; 2DHB B; 2NRL A; 3WCT D; 2AUR A; 4MQK B; 2W6W A; 1GCW B; 2Z6N A; 3OJ1 A; 4MBN A; 1YEO B; 3HYU B; 1QI8 B; 1URY A; 1COH A; 1YHE A; 1Y8W A; 1NZ5 A; 1S5Y A; 1MLH A; 2G0V A; 1AZI A; 3A59 B; 1MNK A; 1NS6 B; 1YDZ B; 3PI1 A; 3SZK A; 5CNE A; 1MOC A; 4ROL A; 1HDB B; 3AQ9 A; 1JF4 A; 2VYZ A; 2NRM A; 3BJ2 B; 1EWA A; 1SHR A; 1YEQ A; 4XS0 A; 1RQA B; 1JP8 A; 5CN5 A; 2ZLV B; 2W72 B; 1VXB A; 3PI3 A; 2M6Z A; 2GNV A; 1F5P A; 5KER B; 4C44 A; 1QPW B; 5CNG A; 1HV4 A; 1XZ7 A; 4G1V A; 1BUW B; 5F2A A; 5AB8 A; 2MGC A; 1JW8 A; 4F6I A; 2GRF A; 110M A; 1YGF A; 1IRD A; 1JZK A; 1GBU A; 2V1F A; 1Y4G A; 4TWU A; 2ZLU A; 1YVQ B; 2FRF A; 111M A; 3MJU B; 1Y5F B; 1A6K A; 1NZ4 A; 3O89 A; 1CBL A; 2V1G A; 1HGC A; 1YIE A; 1O1M B; 3WFT A; 1FHJ B; 2D2M A; 5KDQ B; 3UH3 A; 1Y8K A; 1HDA A; 3ZJR A; 2D2M C; 1O1P A; 1IOP A; 2HBD A; 2QRW A; 5CN7 A; 2GTL A; 2GKM A; 1JL6 A; 2NSS A; 5JDO F; 1I3E A; 2Z6N B; 1UIW A; 5E83 A; 2GTL C; 3TM9 A; 3D1A A; 2HCO A; 1MYF A; 1CG5 B; 2D2M D; 2VRY A; 3ZJP A; 3ZJI A; 2MYA A; 1COH B; 1YHE B; 1UX8 A; 2H8D A; 2HZ1 A; 1XZ4 B; 2GTL D; 2ZT3 A; 3SZK B; 4ROL B; 2Z8A A; 1YIH A; 1YEN A; 3A0G B; 5C6Y A; 1SHR B; 1YMB A; 4XS0 B; 1YEU A; 6HBW B; 2QMB A; 4PNJ A; 2M6Z B; 2YRS A; 1DO7 A; 4OF9 A; 1HV4 B; 1J7Y A; 3S65 A; 3UBC A; 3QM8 A; 2O5B X; 1LA6 A; 1C7D A; 1FSL A; 4VHB A; 3EU1 B; 1MBO A; 1YGF B; 5CNB A; 1IRD B; 1GBU B; 3ECZ A; 2ZLU B; 1MNI A; 1MGN A; 1GDK A; 3PEL A; 4L7Y A; 5HLU A; 3LB4 A; 4H0B A; 1HGC B; 1Y8H A; 1YIE B; 106M A; 2LH5 A; 1UX9 A; 3OO5 A; 1J3Z A; 2H8F A; 1ABW A; 1MBC A; 1Y8K B; 1HDA B; 3AG0 A; 1BZ6 A; 1O1P B; 2HBD B; 2GTL B; 1JL7 A; 2LH2 A; 1Y7G A; 3QZX A; 1UIW B; 1HCO B; 1X9F D; 1I3D A; 1EBT A; 2HCO B; 2ZFB B; 3ZJJ A; 5HBI A; 2G12 A; 1SPE A; 3P5Q A; 2MYC A; 2AUQ A; 1OUT B; 2H8D B; 1XYE A; 2FRI X; 4G1B A; 1BZP A; 2FAM A; 3OO4 A; 4MQC A; 2FRK X; 1LFT B; 4N7O A; 3K3U A; 1OR6 A; 2MGH A; 4N8T B; 1YEN B; 3TM3 A; 1YEU B; 5EE4 C; 1MLU A; 1GLI B; 5EV5 A; 2QMB B; 4ODC A; 2YRS B; 2NX0 A; 3UH7 A; 2MGJ A; 1J7Y B; 3S65 B; 1BJE A; 3DR9 A; 1MLN A; 2LHB A; 1Y0C A; 1A3N A; 4MAX A; 1LA6 B; 5EE4 D; 1MZ0 A; 3B75 A; 4MQG A; 1M9P A; 1A0Z A; 2BNL A; 3VRF A; 1TU9 A; 1GCV A; 1GDJ A; 1M6M A; 3IC2 A; 2QFK A; 3HF4 A; 1N9X A; 5B85 A; 2OH9 A; 1HHO A; 4HSW A; 3PEL B; 4L7Y B; 2VLX A; 3UHR A; 1X46 A; 1Y8H B; 3O7N A; 1DUK A; 1QSI A; 3OO5 B; 1J3Z B; 2H8F B; 4F6G A; 1ABW B; 1YMC A; 3QQQ A; 4YU3 B; 3S66 B; 2HBE A; 1BBB A; 1JEB A; 4GZG A; 1Y0T A; 3MJP A; 1LH1 A; 2LH1 A; 3BCQ A; 4F6D A; 3K8B A; 3NL7 A; 3GKT A; 3LB2 A; 3P5Q B; 3MYN A; 3VRG A; 3WFX A; 4ZVA A; 4HRT A; 1MNH A; 2O5L X; 3CY5 A; 2ZFO D; 1DXD A; 4NI1 A; 3OO4 B; 1L2K A; 1O1L A; 4N7O B; 3GYS A; 1DM1 A; 3LR7 A; 2PEG A; 1RPS A; 1W92 A; 1RQ4 A; 2EVK A; 3A9M A; 1XQ5 A; 1XZ2 A; 1YOH A; 4ODC B; 3UHG A; 3WR1 A; 2XKH A; 7HBI A; 1Y8I A; 3GQP A; 2QLS A; 5EYJ A; 3UGZ A; 1Y0C B; 3S48 C; 3B75 B; 4MQG B; 3D17 A; 1MYM A; 5CND A; 3UHX A; 1A0Z B; 3VRF B; 1A6G A; 2BK9 A; 1GCV B; 1HAB A; 1BAB A; 3IC2 B; 1OBM A; 3QM6 A; 1SI4 A; 1Y0A A; 1YOI A; 2EKT A; 3UHD A; 4FC3 A; 1HHO B; 1O16 A; 1Y7C B; 3VAU A; 1YMA A; 1YH9 A; 1Y01 B; 1UVX A; 1VXH A; 1Y4B A; 1DXU A; 1YZI A; 1D8U A; 3QJD B; 1QSI B; 3MN0 A; 3UHB A; 1BBB B; 1JEB B; 1JZL A; 1DXV B; 1Y0T B; 3MJP B; 1J40 A; 3WCP A; 1QXD A; 1XY0 A; 1Y45 B; 3PT7 A; 3BCQ B; 4L2M A; 2ZSQ A; 3GK9 A; 4SDH A; 3UBV A; 3K8B B; 2MGM A; 3KUO A; 3ZJQ A; 3V2V A; 4ESA A; 3VRG B; 3GOU A; 1A4F A; 1Q1F A; 3OK5 A; 2V1H A; 2BLH A; 4HRT B; 1CLS A; 1V07 A; 2DHB A; 3CY5 B; 2MGB A; 4PQ6 A; 5CHQ A; 4NI1 B; 1MLO A; 1YHU A; 2ZLW A; 4U8U B; 1JY7 A; 5EET A; 1O1L B; 1MLL A; 3GYS B; 2ZST A; 1YHU C; 2PEG B; 1HBA B; 1RQ4 B; 2MGE A; 3IC0 A; 3R5I B; 3DHR A; 1M6C A; 1QI8 A; 1MBS A; 1XQ5 B; 2MGD A; 3RJ6 A; 3WCW A; 1IRC A; 1XZ2 B; 3PI2 A; 4XDI A; 3WR1 B; 1Y8I B; 3GQP B; 4YU4 A; 3WCW C; 3RGK A; 2GL3 A; 1SDK A; 2Z6S A; 1HDB A; 1S61 A; 5IKS A; 1K1K A; 3BJ2 A; 2HHB B; 3D17 B; 2SPM A; 1JZM A; 1Y4P B; 1A6N A; 4DC8 A; 1HGA A; 3WCW D; 1CBM A; 1SI4 B; 3SDN A; 3MOU A; 1XZ5 A; 1BUW A; 1HSY A; 2O5Q X; 4FC3 B; 1SWM A; 1YH9 B; 3MBA A; 1MOA A; 1Y4B B; 3ZHW A; 1YZI B; 1DXT B; 2W6Y A; 1U7R A; 1S69 A; 4B4Y A; 3EOK A; 1OJ6 A; 1VWT A; 2O5S X; 1J40 B; 2ZLT A; 3OGB A; 3WCP B; 4M4B B; 2IN4 A; 3WCV A; 1QXD B; 3PT7 B; 1DXC A; 3WCV C; 1FHJ A; 2G3H A; 4ESA B; 3PI8 A; 1CLS B; 3M39 A; 1YHU B; 1GDL A; 2ZLW B; 3UHT A; 5ILE A; 1JY7 B; 2R1H A; 1CQX A; 1CG5 A; 1LH6 A; 3IC0 B; 1DLY A; 3DHR B; 3HHB A; 2LH3 A; 1NZ2 A; 3WCW B; 3ODQ B; 1FDH G; 1H97 A; 1XZ4 A; 2WTH A; 4YU4 B; 1UMO A; 1SDK B; 1MWB A; 4HHB A; 104M A; 103M A; 4F6F A; 1K1K B; 3A0G A; 3SDH A; 4MQH A; 1HGA B; 6HBW A; 1Y4F A; 4NXA A; 4DWT A; 102M A; 1XZ5 B; 4PQB A; 2DC3 A; 1V4W B; 1DKE B; 1MLS A; 2R4Z A; 3EU1 A; 5HLX A; 2HZ2 A; 3WI8 A; 5SW7 A; 1LFV A; 1LH7 A; 3EOK B; 3ARK A; 3WFU A; 1YVT A; 1VWT B; 2W6X A; 2EF2 A; 2ZLT B; 3HC9 A; 2MHB A; 3WCV B; 3U3E A; 3QQR A; 1DO1 A; 2GDM A; 4C0N A; 3E5O A; 1O1J A; 3PI8 B; 1DWS A; 3DUT A; 1CP5 A; 1CIK A; 3FH9 A; 1O1K A; 1HBR B; 2G10 A; 2R1H B; 1HCO A; 1MDN A; 1RQ3 A; 4B3W A; 2EB9 A; 1MLK A; 2ZFB A; 1XZV A; 2AV0 A; 3HHB B; 3HEN A; 1MLQ A; 1JWN A; 4M4A A; 1OUT A; 1NPG A; 1JF3 A; 1HLB A; 1SPG A; 4WJG 1; 4HHB B; 1LFT A; 4F6J A; 3A5A A; 2W31 A; 4N8T A; 3G4R A; 4MQH B; 1Y5J A; 2HZ3 A; 3UH6 A; 1GLI A; 1Y4F B; 1CO8 A; 1YE0 B; 1Y0W A; 2RAO A; 3G53 A; 3QM5 A; 3HRW A; 1FSX A; 1H1X A; 3FS4 A; 1JDO A; 4FWZ A; 1HDS A; 4QAU A; 4KN3 A; 3G46 A; 2DN3 A; 5SW7 B; 1S5X A; 1LFV B; 3UGY A; 1YVT B; 1CP0 A; 1N9H A; 2NSR A; 1AJH A; 2MHB B; 5EOH A; 3RJN B; 2R80 A; 5MBA A; 1LFZ B; 1A3O A; 3LHB A; 1Y4V B; 4FH7 A; 1MWC A; 1O1J B; 4YU3 A; 1LJW B; 3S66 A; 4BJA A; 2Z6T A; 5CNC A; 3DUT B; 3G4Q A; 1HAC A; 3FH9 B; 2MGA A; 1O1K B; 3ZJN A; 2D5X B; 5HU6 A; 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1EW6 A; 1YG5 B; 2HBS A; 3QM7 A; 1HBA A; 4U8U C; 1YGD A; 3R5I A; 1V9Q A; 5EYS A; 1AJG A; 1LH2 A; 1Y4R B; 1GVH A; 5E6E A; 2WTG A; 3UI0 A; 2H35 A; 4F68 A; 1CIO A; 1O1N B; 3PT8 A; 4U8U D; 4ZVB A; 3UHN A; 1V5H A; 3W4U B; 1HLM A; 4F6B A; 1CG8 A; 1VXC A; 5HY8 A; 2D2N B; 2MB5 A; 2HHB A; 2ZT0 A; 1CH4 A; 1NS9 B; 3UHW A; 1Y4P A; 1A9W A; 2ZSX A; 1HBS A; 2OLP A; 3OVU C; 2JHO A; 1N9F A; 4HRR B; 4MQI A; 2QSS A; 2D5Z B; 4FWY A; 108M A; 2ZS0 B; 1RTE A; 1WMU B; 1VRE A; 5D5R A; 3G4V A; 1DXT A; 4LPI A; 1C7C B; 1THB B; 2AUO A; 4G51 A; 1YHR A; 2ZSO A; 3UHE A; 1V4X B; 2ZLX A; 3OZU A; 2DN2 B; 1ECO A; 3KUN A; 4M4B A; 3AQ5 A; 3G4U A; 1CH5 A; 1J41 A; 1MOB A; 2QSP B; 3AQ6 A; 1GBV B; 4X0L A; 1ASH A; 3MKB B; 1DUO A; 2HHD B; 3ONZ B; 1V75 A; 5JGG B; 2QU0 B; 2HBC A; 5CN4 A; 1F65 A; 5CHR A; 1B86 A; 5CN9 A; 2HBS B; 1MBI A; 1YGD B; 1S0H B; 4FH6 A; 3DHT A; 3ODQ A; 5E6E B; 2H35 B; 3NG6 A; 1BIJ A; 1LTW A; 1VXF A; 1FCS A; 3PT8 B; 1YHU D; 1R1Y A; 5JOM A; 2O5T X; 4WCH D; 1A00 A; 5JDO C; 3VRE A; 1WVP A; 1CG8 B; 1Y5K A; 5HY8 B; 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