The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
238
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sequence length |
602
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structure length |
602
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Chain Sequence |
EIMAVDIYVNPPRVDVFHGTPPAWSSFGNKTIWGGNEWVDDSPTRSDIEKRDKEITAYKNTLSAQQKENENKRTEAGKRLSAAIAAREKDENTLKTLRAGNADAADITRQEFRLLQAELREYGFRTEIAGYDALRLHTESRMLFADADSLRISPREARSLIEQAEKRQKDAQNADKKAADMLAEYERRKGILDTRLSELEKNGGAALAVLDAQQARLLGQQTRNDRAISEARNKLSSVTESLNTARNALTRAEQQLTQQKNTPDGKTIVSPEKFPGRSSTNDSIVVSGDPRFAGTIKITTSAVIDNRANLNYLLSHSGLDYKRNILNDRNPVVTEDVEGDKKIYNAEVAEWDKLRQRLLDARNKITSAESAVNSARNNLSARTNEQKHANDALNALLKEKENIRNQLSGINQKIAEEKRKQDELKATKDAINFTTEFLKSVSEKYGAKAEQLAREMAGQAKGKKIRNVEEALKTYEKYRADINKKINAKDRAAIAAALESVKLSDISSNLNRFSRGLGYAGKFTSLADWITEFGKAVRTENWRPLFVKTETIIAGNAATALVALVFSILTGSALGIIGYGLLMAVTGALIDESLVEKANKFW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of colicin Ia.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
COLICIN IA
|
| molecule tags |
Transmembrane protein
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
238
|
| structure length |
602
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| sequence length |
602
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1997-01-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01024 | Colicin | Colicin pore forming domain |
| A | PF11504 | Colicin_Ia | Colicin Ia |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Colicin | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Colicin Ia; domain 1 | Colicin Ia, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Colicin Ia; domain 2 | Colicin Ia; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2I88 A; 3FEW X; 2HDI B; 1COL A; 1RH1 A; 1A87 A; 1CII A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5B85 A; 1CG8 B; 1XQ5 A; 3WCU C; 3NFE B; 4LM6 B; 4G1V A; 2ZT1 A; 3AT6 A; 1CH9 A; 3ZJN A; 2MGL A; 3KUN A; 3AQ5 A; 1O1M A; 2DC3 A; 2G14 A; 5CN4 A; 1WMU A; 3GDJ A; 1OUU B; 3O18 B; 1LFY A; 1V9Q A; 2D2N B; 1YHR A; 3PT8 A; 1BIJ A; 3ZJL A; 3LQD A; 2G0S A; 1CH4 A; 3M39 A; 1Y4Q A; 1HGA B; 3VRG B; 2MGG A; 1BZ0 A; 1XZ5 A; 3HYU B; 2O5B X; 2RAO A; 3HEN A; 2O5Q X; 3OO4 A; 2AUR A; 3GKT A; 1A01 A; 1K0Y B; 1OR4 A; 1C7C A; 4LMX B; 2MYA A; 2AUO A; 1MBA A; 4G51 B; 4ROM B; 1MYI A; 1N9F A; 3G4Y A; 3WCU D; 3ED9 A; 4Q70 A; 4IRO B; 1MLL A; 1Y4V B; 2I88 A; 2HBS B; 1HI8 A; 1C40 A; 1Y8H B; 4A8Y A; 2AA1 B; 1JZL A; 2HBE B; 3IC0 B; 1O1N B; 1YOH A; 2ZFB B; 4QAU A; 3RGK A; 6HBW B; 1YEV A; 1ABY B; 2HHE B; 1MYZ A; 3ZJS A; 5C6Y A; 1BBB B; 3WR1 A; 4A8W A; 1JF3 A; 3W4U A; 1MWC A; 1Y5J B; 3LHB A; 3UHX A; 1YGD A; 1O1L A; 1KN1 A; 3NMM A; 3CIU B; 1YIE A; 2VJR A; 2NSR A; 2BV8 B; 4G1B A; 4N7N A; 4YJJ B; 1CQ2 A; 4KMW A; 2MB5 A; 2H35 A; 1HBB B; 4ROL B; 4XDI A; 2OHA A; 4ZVB A; 4NI0 B; 5B84 A; 1R1X B; 3BJ2 B; 4A8O A; 1HV4 B; 1Y09 A; 3QJE A; 5D1V A; 1Y8K A; 1YGF A; 3AT5 B; 3HF4 A; 4X0L A; 2ZLU A; 4XS0 A; 2QSS A; 2WY4 A; 1EW6 A; 5KKK A; 2DN3 B; 1S5X B; 2O5O X; 1CPC B; 3S1I A; 3CY5 B; 1XYE B; 5JDO C; 1RVW A; 1QXE B; 1NS6 B; 1HGC B; 1JP6 A; 2MBW A; 1UC3 A; 1V4X B; 112M A; 1ABW B; 1Y01 B; 2R4Z A; 2VYZ A; 2UUM A; 1RSE A; 1XY0 B; 2QSP A; 1GVH A; 1BZ6 A; 3M3B A; 4ZIZ A; 1IOP A; 1AJ9 A; 3UHY A; 2MYD A; 2HHB B; 1DKE A; 1AJG A; 3V57 B; 5HY8 A; 1YFF A; 2WTG A; 2ZWJ A; 4NK2 A; 2W6Y A; 2J96 A; 1XQ5 B; 1DWT A; 5JDO D; 1X3K A; 3WHM A; 2MGJ A; 1A4F A; 3AT6 B; 1BZR A; 5CMV A; 1O1M B; 4H2L B; 4DWU A; 1JY7 A; 3GDJ B; 4O35 A; 1Y2Z A; 4DC8 A; 1CH2 A; 1LFY B; 5CNC A; 1TOX A; 3PT8 B; 3L0F A; 1BIJ B; 3TM9 A; 1F65 A; 1LFQ A; 1MOB A; 3E5O A; 4HRT A; 1CIO A; 1Y4Q B; 2M6Z A; 3LB3 A; 5HLX A; 1XZ5 B; 2RAO B; 1RQ3 A; 5EE4 C; 3OO4 B; 3FS4 A; 1WAC A; 5KDQ A; 1A01 B; 2VLX A; 2R80 A; 1G09 A; 1IT3 A; 1C7C B; 2GTL C; 2EKU A; 1CQX A; 1JPB A; 2G10 A; 4Q70 B; 3EDB A; 4ILZ A; 1C40 B; 3PIA B; 1WVP A; 1YZI B; 1MGN A; 3DUT A; 1URY A; 1ECA A; 2ZT0 A; 1YHE A; 1JW8 A; 1UVY A; 3OK5 A; 1YEV B; 1DUK A; 2FRI X; 2H8F B; 3GUQ A; 1IRC A; 1A00 B; 2DN1 A; 1Y31 A; 3UHI A; 3W4U B; 1YDZ B; 1VHB A; 4O2G A; 1DO1 A; 4F0T A; 4AVD A; 1J3Z A; 2VM0 A; 3UHQ A; 1YGD B; 1O1L B; 2NRM A; 1KN1 B; 3NMM B; 1YIE B; 1BZ1 A; 2VJR B; 2GRZ A; 2ZLT B; 1H97 A; 1FSX B; 1QPW A; 1BVC A; 2ZLV A; 4N7N B; 1IRD A; 3G4U A; 3OO5 A; 3ZJJ A; 4UZV A; 3D7O A; 4JYQ A; 1K1K A; 3TM3 A; 2LH3 A; 1MTI A; 4LMS B; 1J7Y A; 1Y09 B; 1Y8K B; 1YGF B; 1DTI A; 1CIK A; 3HF4 B; 3HEO A; 2ZLU B; 1V07 A; 2QSS B; 1UX8 A; 1A3O A; 1MBD A; 2HBC A; 3QM7 A; 3VRE A; 2O5M X; 3GYS A; 1RPS A; 2HZ3 A; 4BJA A; 3PT7 A; 3D1K A; 1RVW B; 3S65 A; 4YU4 A; 106M A; 4FWZ A; 1UVN A; 2EB8 A; 1UIW A; 2LH5 A; 1B8D A; 2UUM B; 2ZLX A; 2QSP B; 3H57 A; 3WCW A; 2C7L B; 3QM8 A; 4ZIZ B; 2RI4 A; 2VRY A; 1AJ9 B; 1C7D A; 4A8F A; 1V4W A; 1JP9 A; 1NWN A; 1HHO A; 1DXD A; 1XZU A; 4OF9 A; 5HY8 B; 2V1G A; 1Y4B A; 1YFF B; 1J41 A; 2D5X A; 1O1I B; 3QM5 A; 1GH0 A; 1SWM A; 3WHM B; 1COL A; 1A4F B; 1TU9 A; 1Y35 A; 3AQ9 A; 3E55 A; 1NY9 A; 1Y2Z B; 1T1N A; 1I3D A; 3UHC A; 3L0F B; 1SHR A; 1LFQ B; 2GL3 A; 1JWN A; 3KUO A; 4M4B A; 2V1E A; 1I7Y B; 1YVT A; 3FS4 B; 1UFJ A; 2HCO A; 5KDQ B; 1GDJ A; 1Y85 A; 2R80 B; 4XXK A; 4FH7 A; 5HU6 A; 1JZK A; 2JL9 A; 5MBA A; 5MBN A; 2ZSS A; 2QMB A; 5EYS A; 2HBD A; 2D2M C; 1HBS A; 2W72 C; 3V58 A; 1XXT A; 2X49 A; 2V1H A; 2VYW A; 3UHB A; 3DUT B; 4F6D A; 4H0B A; 4ERV A; 4MQI A; 2ZS1 A; 3ZOM A; 1IDR A; 2FRK X; 1YHE B; 1GCV A; 3WCU A; 3O89 A; 2D5Z A; 1MYF A; 1J7S B; 1KD2 A; 2HDI B; 4F0T B; 3ZJI A; 1J3Z B; 1Y8W B; 2MGE A; 1GDI A; 1KR7 A; 2Z6N B; 1EWA A; 2CMM A; 1GCW B; 2QLS A; 1BZ1 B; 3LB4 A; 1IWH B; 1X46 A; 4NZI A; 2ZLV B; 1IRD B; 111M A; 1QSH B; 2W6W A; 3OO5 B; 1XF6 C; 3D7O B; 2O5S X; 4ODC A; 1K1K B; 3MKB A; 5AQD M; 1LJW A; 2QFN A; 4U8U B; 1CH3 A; 2VJT A; 4YU3 A; 2O5L X; 1NPF A; 3BOM A; 3M3A A; 2WCQ A; 3SDH A; 3RQR A; 1A3O B; 5CN7 A; 1MBS A; 2BLI A; 2HBC B; 3VRE B; 4PQ6 A; 2DN2 B; 3WCW D; 3PT7 B; 2ZSN A; 4VHB A; 2BK9 A; 4YU4 B; 2DHB A; 3B75 B; 1HHS A; 5ILR A; 4AE1 A; 3UHR A; 1LA6 A; 4F4O A; 1UIW B; 1MWD A; 2KSC A; 1B8D B; 2V1J A; 3AQ8 A; 4HHB B; 4N7O B; 2ZLX B; 2EF2 A; 1COH A; 3WCW B; 1J7W A; 2RI4 B; 1C7D B; 3MYN A; 1V4W B; 4NXC A; 1HHO B; 1UVL A; 4C0N A; 3QQR A; 4ETT A; 1XZ2 A; 2YRS A; 1Y4B B; 1Y7C A; 5FVB A; 1HLB A; 1MLJ A; 1YVQ A; 4TYX A; 1J41 B; 2D5X B; 1HRM A; 1Q1F A; 1HDB A; 2BLH A; 1MLO A; 101M A; 2OIF A; 2OH9 A; 1GH0 B; 3QJC A; 2IN4 A; 2MGA A; 1OJ6 A; 2G0R A; 1HGB A; 1Y35 B; 1Y7G B; 2UUL H; 2ZSX A; 2PEG A; 1G08 A; 2ZS0 B; 3A5A A; 4F0U A; 1BAB A; 1T1N B; 1SI4 A; 1AJH A; 2PGH A; 1YEU B; 4M4B B; 2H8D A; 1YVT B; 1MOD A; 2R4Y A; 1BZP A; 1DO3 A; 1MLQ A; 1DXV A; 2ZS1 D; 1Y85 B; 1DM1 A; 5HU6 B; 3K3U A; 5AQD A; 1MNI A; 2QMB B; 1DXC A; 3P5Q A; 2GKN A; 1BIN A; 3VAU A; 5EET A; 3V58 B; 1XXT B; 1YCB A; 2VJH A; 1PHN A; 1Z8U B; 2ZFO C; 4MXK A; 1ON7 B; 3UHV A; 1VXB A; 4MQI B; 2ZS1 B; 1O1O A; 2VEE A; 1YMB A; 3ARL A; 1YG5 A; 1YE0 A; 1GCV B; 1Y46 A; 2VLY A; 3HHB B; 4FH6 A; 2MHB A; 2MGI A; 4MBA A; 3WCU B; 2EVK A; 2D5Z B; 1VXF A; 1Y7Z A; 1KD2 B; 3QMA A; 3KMF C; 3PI8 A; 3QZX A; 3GQP B; 4OOD A; 3UHW A; 2Z6T A; 2QLS B; 3FEW X; 1NZ3 A; 4IT8 A; 1SDK A; 2V1K A; 1MOA A; 3AQ6 A; 4ZVA A; 2ZSO A; 2ZFO D; 1A9W E; 3MKB B; 1F99 A; 1LJW B; 5M3S A; 2HHD A; 3PI2 A; 3QZZ A; 4B02 A; 1G0B B; 4YU3 B; 2GTL A; 1RQ4 B; 3BOM B; 2JHO A; 5CND A; 1CP5 A; 4A8K A; 3IA3 B; 4Z8K A; 1UVX A; 3UH7 A; 1O1J A; 2LH2 A; 4F6B A; 1LFV A; 1HA7 A; 2HZ2 A; 1XZ4 A; 2C0K A; 1Y0T A; 1QI8 A; 3LB1 A; 3WFW A; 3ZTA A; 2MGF A; 1LA6 B; 4F4O B; 4GY3 A; 1HBR A; 3WFT A; 4MAX A; 4HRR A; 3WTG A; 1MLS A; 3BJ3 A; 2ZLW A; 1J7W B; 1AZI A; 3ODQ A; 3A0G B; 1S69 A; 1V75 A; 2MYC A; 1YCA A; 1YEQ B; 3DHR A; 1XZ2 B; 2YRS B; 3RJ6 A; 3ARK A; 1S61 A; 4MQH A; 1VRF A; 1HDB B; 2AV0 A; 1F5O A; 1Y4G A; 2NX0 A; 5EOH A; 3NL7 A; 3QJD A; 1WMU B; 3HXN A; 4F6F A; 2PEG B; 2C7J A; 5D5R A; 1S5Y A; 1YHR B; 1MKO A; 4H07 A; 3LQD B; 2W31 A; 3D4X A; 5AZQ A; 1CMY A; 1NQP A; 2PGH B; 2MGC A; 1A3N A; 1BZ0 B; 2SPL A; 1LIA A; 1QSI A; 3UH5 A; 2LHB A; 1DLY A; 5CN6 A; 4M4A A; 1MYG A; 1DXV B; 1Y7D A; 2NRL A; 1UVJ A; 3D17 A; 1NAZ A; 1YEN A; 3V2Z A; 2G3H A; 3E4N A; 1C7B A; 2Z6S A; 2R50 A; 3UHK A; 108M A; 2HBF A; 1HI0 P; 5ILP A; 1SDL A; 4HH0 A; 2SPN A; 3EDA A; 1NWI A; 1S0H A; 5EYJ A; 1DXT A; 1NIH A; 1O1O B; 1YG5 B; 1N9H A; 4UIQ A; 1YE0 B; 2VML A; 1M6C A; 2MGB A; 2MHB B; 3WR1 B; 1NPG A; 1TES A; 1FLP A; 3UHN A; 5EE4 D; 5E29 A; 3V2V A; 2IG3 A; 3PI8 B; 1EMY A; 1S6A A; 3G4Q A; 2GTL D; 1LH6 A; 1MNO A; 1SDK B; 4KJT A; 1RH1 A; 1Y4P A; 3MJP A; 1MZ0 A; 7HBI A; 1ECD A; 2H35 B; 4MU5 A; 1HBI A; 2QRW A; 1YMC A; 1XG0 C; 2HHD B; 3QJE B; 2ZSR A; 4X0L B; 4FWY A; 1FSL A; 5CNF A; 4XS0 B; 2GTL B; 1MBC A; 1DWR A; 2D2M A; 1BZZ A; 2W72 A; 1ASH A; 1BJE A; 2X4A A; 4KN3 A; 1XZV A; 1ALL A; 1Y83 A; 3KVS A; 3UHZ A; 4Z8K B; 3WFU A; 1GDL A; 1PBX A; 3VRF A; 1O1J B; 1GBV A; 3WCT A; 1ITH A; 2MGK A; 1LFV B; 1LTW A; 3UHD A; 1HA7 B; 5JDO F; 1XZ4 B; 1HAB A; 1MBN A; 3AG0 A; 4N8T A; 1QI8 B; 3UHG A; 5EUI A; 4WJG 1; 3OZW A; 1MBI A; 5E6E A; 2R4W A; 1VWT A; 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