1DWS | Genus

Total Genus 61

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	61
sequence length	152
structure length	152
Chain Sequence	GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAEMKASEDLKKHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__397608765471201__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__397608765471201__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1DWS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__397608765471201__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"397608765471201","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1DWS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__397608765471201__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
publication title	Crystal Structure of a New Ligand Binding Intermediate in Wildtype Carbonmonoxy Myoglobin pubmed doi rcsb
molecule keywords	MYOGLOBIN
total genus	61
structure length	152
sequence length	152
ec nomenclature
pdb deposition date	1999-12-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1dwsA00

5CN9A 3GQGB 3NL7A 3HEPA 3E4NA 1Y4VA 1MBAA 1LH2A 2EF2A 1CH3A 3LR7A 3GK9A 1YVQB 1YENA 3U3EA 3PELA 2VLYA 1JZMA 1MYJA 1UVYA 1DUOA 2EVKA 1YHUB 5SW7A 5CN8A 2MYAA 4ROMB 2W6WA 4NK1A 1DKEB 1Y35A 4C0NA 1HABB 2BKMA 1RSEA 1IWHA 1CIKA 4HSWA 1VREA 1S0HB 2ZLUB 3GQPA 1ABWA 3HEOA 3QM7A 4NS2A 1C7DB 3ZHWA 1XQ5A 1W92A 1SPGB 1LH3A 1FDHA 2GTLC 4ILZA 2MBWA 1R1YA 1BJEA 5EE4C 2ZS1A 1QSIB 4MQGA 3P5QA 1ABYA 2QMBA 1Y8HA 2ZLWA 1BBBA 1NAZA 1HCOA 3LQDB 2V1EA 5B85A 3D1KB 4UZVA 1MLNA 3UHZA 1Y83A 1R1XB 2ZSTA 1YOGA 2HBCB 2ZLVB 3BOMB 2RAOB 1MLLA 3VRFA 1U7SA 1HDAA 1YMAA 1A3NA 1CMYB 4G51B 1A0UB 1DO1A 3RJNB 3NG6B 4MPMA 3QZZA 4ODCA 1Y22A 1RVWA 2MYBA 101MA 4YU4B 1JZKA 1YE0B 1O1PA 2AURA 3MJPB 1X9FB 1FSXA 2WTGA 4U8UC 1WMUB 1XZ5A 2QSPA 3BCQB 5MBAA 1WVPA 1MLOA 108MA 1JPBA 2GRZA 4DC8A 1JF4A 3HHBA 2OHBA 2MGEA 1GZXB 2EKUA 3EDAA 3K9ZA 3EDBA 5EYSA 2GDMA 1YCBA 1O1MB 5C6YA 2GNWA 1XYEA 5CN6A 4HRTA 1DTMA 3UBCA 1O1LB 2HBSB 3A5GA 2HBFA 1GCVA 1CO8A 1LFZB 2ZSYA 1YH9B 1Z8UB 2VYYA 4H07A 1LFTB 3M3BA 1Q1FA 1U7RA 3QZXA 2VHBA 1MGNA 2OIFA 1K1KB 4YU3B 1BZ0A 1J7WB 3KMFA 2HBDA 1IRCA 1Y46B 2FRJX 3WCWD 1J7SB 5CNFA 2LH5A 1Y31B 3E55A 3GKVB 3WI8A 3IXFA 1COHA 1J41B 1FCSA 2IG3A 4L2MA 1EBCA 1BZ1B 1RQ4B 3W4UA 4PNJA 1G9VA 1Y0AA 2H8FA 2PGHA 1MODA 1XZVB 1Y2ZA 3A59B 1BZZB 1ECAA 1SI4A 2YRSB 1GBVB 2R80B 5EETA 104MA 1V07A 1Y7DB 1MLRA 3OK5A 3D1AB 3HRWA 1VXBA 2QRWA 3IC2A 1BINA 3MYMA 1N9FA 1HJTA 2QFNA 1MYZA 2MYEA 2HBEA 1SWMA 3VRGB 1Y4BB 4O1TA 5F0BA 1YEOB 2AV0A 1OUTA 1MLQA 5AZRA 1D8UA 4OF9A 4DC7A 3MYNA 3IC0A 1FN3A 1V4XA 2MGDA 2MGIA 4WCHD 1HBSA 1SHRA 1MYMA 4N8TB 3OJ1A 2D5XB 1DXVA 1DXUA 1S69A 3WCWA 1YFFB 1LFYB 3NMLA 3GQRA 1A6NA 1CBMA 1C40A 4XS0A 2W6VB 3WCPB 1JEBA 2DN2B 3PIAA 2ZSRA 1FDHG 3QJCA 3AG0A 1N9HA 2R4WA 1A3OB 1T1NB 4HHBB 1GCWB 3O7NA 3D4XB 3A5BA 5M3SA 1JY7A 2G14A 3PI9A 1Y8IA 1A6MA 2LHBA 1LJWB 4FH7A 1DO7A 2BWHA 3WFXA 3AT6A 1XXTB 2H35B 4FC3B 2G0ZA 3IA3B 3ZJOA 1S5YB 1HGBA 1IDRA 3A0GA 2DC3A 5C6EA 1OUUA 1HBRB 107MA 1NS9A 1Y7ZB 1CQ2A 1VXFA 1THBB 1QSHA 2DN3B 1Y5KA 4GZGA 3QM9A 2HHBB 1Y85A 1NEJA 1VXEA 3PI3A 3BJ2B 3GYSB 1IBEA 3CIUA 1CLSB 3UH5A 1QI8A 3RGKA 2HBGA 1DWSA 1O1OA 3MVCA 1DO4A 3ODQA 1MKOB 3GQGA 1A01A 1MLJA 1WLAA 3MKBB 2Z6SA 3UHIA 4F6BA 1IOPA 4M4AB 1Y0TB 1XZUB 1VXAA 4U8UB 5ILMA 1EMYA 1URYA 2SPNA 1YEVA 2QU0A 5ILEA 1UIWB 2LH6A 1JWNA 5HAVA 1URVA 1MYGA 3DR9A 3M3AA 2LH1A 1J40B 1Y0WA 2V1KA 4XDIA 4ESAA 1NS6A 2Z8AA 2GLNA 1HABA 1M9PB 1MLGA 2D60A 2G3HA 4HBIA 1TU9A 2VYZA 3ARLA 3M38A 1HGAB 1NZ3A 4ROLB 3UHRA 1DWTA 2O5MX 3WHMA 1J3YB 1SPGA 4N7PB 1A4FB 3ONZB 2DXMB 2BLHA 1FHJA 3AT5B 1RPSB 2O5QX 2D5ZB 3G46A 4KMWA 3VREB 3BJ1A 3FH9B 1Y01B 3WCTD 2D2MC 5CNDA 3GDJA 4KMVA 3LQDA 3SZKB 1SDKA 1YE2B 1Y09B 5B84A 2ZSQA 3LHBA 1UMOA 2AA1A 5CHQA 1EBTA 2ZLVA 5EU2A 3AQ9A 4O35A 1YG5A 3H57A 1RQ3B 2G11A 1XZ2B 1Y0DB 2W72A 3OGBA 4AVEA 4G51A 4BJAA 2RI4B 2ZSPA 1KD2B 3GOUA 3UH3A 2Z6NA 2XYKA 4L7YB 1MYTA 3M39A 4JYQA 3G4UA 1HDBA 1A00A 2W6YA 3PI1A 3QJEB 1HBBB 3WFWA 1UX8A 2Z85A 3MJPA 106MA 3ZJQA 1A0ZB 3TLDA 1K0YA 2BMMA 1QPWB 1LFQB 1Y5JB 1O1KB 1UVXA 4ZVAA 1L2KA 2EB8A 1HACB 5IKSA 2PEGB 3ZJSA 3BJ3B 3WTGB 3WCTA 1DLYA 5AB8A 3UGZA 2ZFOD 2ZS1C 6HBWA 2MGGA 4H2LA 1J7YB 2C0KA 3QM6A 3R5IB 1HBHB 3AQ6A 1BZPA 1UFPA 1H97A 1MNKA 1YEQB 1F5OA 4DWTA 1YH9A 4N7NA 3QM8A 4IT8A 1MYHA 3PI4A 5E29A 1LUEA 7HBIA 1XZ4B 1MOBA 1YCAA 2VEBA 1MOAA 3UH7A 1C7CB 2EKTA 1JP8A 111MA 1QXDB 1Y46A 1J7SA 4NXAA 1ABSA 1O1IB 5HBIA 1Y4PB 2ZT4A 1V4UB 2GRFA 4WJGA 3OO4A 2WTHA 2ZFOA 4F4OB 4PQ6A 1Y4RA 2HHEA 2XKIA 3D7OA 5CN7A 5CNCA 3A59A 2O5OX 3WCUD 2D2NA 1XZ7A 1PBXA 4O2GA 2O5LX 1LHSA 1NGKA 1YDZB 1CG8A 1YHEA 3TM3A 2O5BX 3VRGA 1Y8KA 3ZJRA 2H8DA 1BIJA 1H1XA 4MQJA 3FS4A 2R1HB 4NI0B 3ZJPA 1JW8A 1LFVA 1HHOB 2D6CA 1J3ZB 1LFLB 1MTJA 4ZVBA 1MNJA 1YMBA 3UHTA 5HY8B 4G1VA 4N8TA 1YHRB 2VLZA 4MQHB 1MTIA 1Y45B 4PQCA 5EUIA 103MA 2M6ZB 1AJ9A 5EQMA 3ARJA 1DUKA 2QLSB 2VEEA 2MYDA 3KMFC 2ZSOA 1BUWB 1Y7GB 4IROA 1DXDA 1Y4QA 3DHRA 1A3OA 4HHBA 1GCWA 1VHBA 3WCUA 1Y4FA 5CHRA 1YEUB 3HENA 2GTLA 3WR1B 3EOKB 2NRLA 4MQKB 2NSRA 1YIHB 1XY0B 3A5AA 1GLIA 4KJTA 4FC3A 1RTEA 1YZIA 5ILPA 2ZS0D 3ECLA 2D2MB 1BVDA 1N9IA 2QFKA 3G4YA 3MOUA 2V1HA 4MQCB 1LA6A 3K8BB 3OZWA 3HXNB 1HV4B 2MHBB 3QMAA 4KN3A 1CH1A 5KERA 5HLXA 1V9QA 1EW6A 3NL7B 2VRYA 4MXKA 1MOHA 3OO5A 2HCOB 2SPOA 3UHUA 1YENB 3BJ2A 3PELB 3ZJMA 2XKGA 1SDLA 3ARKA 2ZLXA 1G0AA 5SW7B 2ZLTA 1Y35B 3E5OA 1BABA 1NPFA 3UHWA 1CH5A 1IWHB 5JGGA 1GDKA 4M4AA 3GQPB 1YIEA 3D17A 1ABWB 5JDOD 1HGCB 2W6XA 1XQ5B 2ZS0A 2G0SA 1HRMA 1G08A 2BNLA 105MA 5MBNA 1R1YB 2FALA 1SPEA 2ZS1B 3ZJLA 4MQGB 3A9MA 1ABYB 1F5PA 1YGDA 2DN1B 2QMBB 1HDSA 3S65A 1Y8HB 1BBBB 3MJUA 3G52A 1BZRA 1YGFA 1HCOB 3EU1B 2G0VA 1C7BA 1NQPA 3LB4A 1Y83B 6HBIA 4N7PA 1V75B 3DHTA 4G1BA 4NXCA 3R0GA 4FWXA 2LH3A 1G09A 1VXHA 3VRFB 1IRDB 1GBUB 1HDAB 5CNEA 1DXTA 1A3NB 5E6EA 3WCVD 4NI1A 1G0BA 1NIHA 1O1JB 3PI8A 1O1NB 1Y22B 1Y09A 4HRRA 1O1PB 2ZSXA 1A9WE 1FSXB 1BZ6A 1XZ2A 3NFEB 1MDNA 1LHTA 2RI4A 1XZ5B 2B7HA 2QSPB 3UHQA 2AV3A 3HF4A 5HU6B 1MLMA 1QXEA 3HHBB 3PT7A 3VAUA 1OR6A 1YHUD 3GKTA 3K3UA 4M4BA 1YOHA 5D1VA 2DHBB 1X3KA 1B86A 1M6MA 1OR4A 3QJBA 1XYEB 2EB9A 1HBAA 1S61A 1Y8WA 4HRTB 3HYUA 2PEGA 4F6FA 1Y5FA 3WCVA 2MGHA 2SPMA 1Y4GA 3G4VA 1CH4A 3LB2A 4F6DA 109MA 3R5IA 1HBHA 2OLPA 1BZ0B 1YVQA 2AUOA 4MBAA 1AJHA 3WFUA 1JL7A 3S66B 3QJDB 1I3EA 3UGYA 1COHB 1CP0A 1YHUA 1CIOA 4ROMA 1YVTB 1DKEA 2HZ3A 2ZT2A 1CO9A 1G9VB 1Y0AB 2H8FB 2PGHB 3ZJHA 1IT3A 1S0HA 1Y2ZB 3TM9A 2ZLUA 2O58X 1SI4B 3CY5B 1MWBA 1FSLA 1DM1A 3UHCA 1VXGA 1C7DA 3HRWB 5EYJA 1X9FD 1LTWA 1DO3A 1Y7CB 1JZLA 2HHDB 3S48C 1AJGA 2HBEB 4NZIA 1TESA 112MA 1QSIA 3G4RA 1F65A 1N9XA 3ZOLA 3WCTC 3DUTB 2NSSA 1ECDA 1JP6A 3IC0B 1ITHA 1GVHA 1F63A 3D1KA 1HBSB 1SHRB 3V2ZA 2VM0A 2LH7A 1DXVB 1DXUB 4MQIB 3WCWB 4X0LB 1R1XA 2NRMA 2ZT0A 4TWVA 1MLHA 3GQRB 2HBCA 3BOMA 2RAOA 1C40B 1MLSA 4XS0B 4AVDA 1CMYA 1JEBB 1A0UA 2O5TX 3NG6A 1MBDA 3QJCB 1OBMA 1V4WB 4PQBA 4YU4A 2VLXA 3OZVA 3ZJNA 1JY7B 3PI9B 1Y8IB 3UH6A 2V1GA 1YE0A 1X9FA 3B75B 2QLSA 3AT6B 2MGBA 2FRIX 1UFJA 1WMUA 4UURA 1HGBB 2ZSSA 3BCQA 1DTIA 2MGMA 3A0GB 5C6EB 1OUUB 2Z6TA 3E5IA 1MYFA 3ORDA 3QQRA 2ZFOC 1A6KA 1MTKA 1NS9B 1IT2A 1MYIA 1GZXA 4MQKA 2GL3A 1QSHB 1Y5KB 5CNGA 2V1IA 3SDHA 1O1MA 1Y85B 1NEJB 2D2ND 3H58A 1O1LA 1HBGA 2D2MA 1PMBA 2HBSA 1MCYA 1IBEB 1M6CA 4TYXA 4F6JA 1HLMA 4MQCA 4UIQA 1LFZA 2MYCA 1ASHA 3UHVA 1O1OB 3ODQB 1JF3A 2GKMA 4O4TA 1A01B 1S5XB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CN9 A;  3GQG B;  3NL7 A;  3HEP A;  3E4N A;  1Y4V A;  1MBA A;  1LH2 A;  2EF2 A;  1CH3 A;  3LR7 A;  3GK9 A;  1YVQ B;  1YEN A;  3U3E A;  3PEL A;  2VLY A;  1JZM A;  1MYJ A;  1UVY A;  1DUO A;  2EVK A;  1YHU B;  5SW7 A;  5CN8 A;  2MYA A;  4ROM B;  2W6W A;  4NK1 A;  1DKE B;  1Y35 A;  4C0N A;  1HAB B;  2BKM A;  1RSE A;  1IWH A;  1CIK A;  4HSW A;  1VRE A;  1S0H B;  2ZLU B;  3GQP A;  1ABW A;  3HEO A;  3QM7 A;  4NS2 A;  1C7D B;  3ZHW A;  1XQ5 A;  1W92 A;  1SPG B;  1LH3 A;  1FDH A;  2GTL C;  4ILZ A;  2MBW A;  1R1Y A;  1BJE A;  5EE4 C;  2ZS1 A;  1QSI B;  4MQG A;  3P5Q A;  1ABY A;  2QMB A;  1Y8H A;  2ZLW A;  1BBB A;  1NAZ A;  1HCO A;  3LQD B;  2V1E A;  5B85 A;  3D1K B;  4UZV A;  1MLN A;  3UHZ A;  1Y83 A;  1R1X B;  2ZST A;  1YOG A;  2HBC B;  2ZLV B;  3BOM B;  2RAO B;  1MLL A;  3VRF A;  1U7S A;  1HDA A;  1YMA A;  1A3N A;  1CMY B;  4G51 B;  1A0U B;  1DO1 A;  3RJN B;  3NG6 B;  4MPM A;  3QZZ A;  4ODC A;  1Y22 A;  1RVW A;  2MYB A;  101M A;  4YU4 B;  1JZK A;  1YE0 B;  1O1P A;  2AUR A;  3MJP B;  1X9F B;  1FSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1DWSA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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