1ECD | Genus

Total Genus 51

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	136
structure length	136
Chain Sequence	LSADQISTVQASFDKVKGDPVGILYAVFKADPSIMAKFTQFAGKDLESIKGTAPFETHANRIVGFFSKIIGELPNIEADVNTFVASHKPRGVTHDQLNNFRAGFVSYMKAHTDFAGAEAAWGATLDTFFGMIFSKM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__807811526211995__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__807811526211995__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ECD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__807811526211995__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"807811526211995","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ECD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__807811526211995__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Chironomus thummi thummi
publication title	Structure of erythrocruorin in different ligand states refined at 1.4 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ERYTHROCRUORIN (AQUO MET)
total genus	51
structure length	136
sequence length	136
ec nomenclature
pdb deposition date	1979-03-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1ecdA00

4MQHA 1K1KA 2H35A 3OZUA 4N7NB 1MYFA 2R4WA 2ZS1C 109MA 1YIEB 1MLLA 2HBDB 3O89A 1Y4FA 1EBTA 3DUTB 1F5OA 3UHIA 3WCVC 1GVHA 1OBMA 3UHBA 1ECNA 3WCTA 3UGZA 1ECDA 1G08A 1DXDA 2ZLTA 1J7WA 2H35B 2ZLVA 1FAWB 3SZKB 1A3NA 4JYQA 3BCQA 3LB4A 1Y4FB 3UHCA 1LFZA 1X9FA 1O1LB 5E6EA 2RAOA 1KD2A 4MBNA 5EUIA 1DWSA 2MB5A 2G0RA 3D1AB 1URVA 1MTIA 3WCTB 4C44A 1G08B 2GDMA 3ZJMA 1YHEA 2ZLTB 3NMLA 1Y4RB 3IC2A 1NZ2A 1J7WB 2ZFBA 1MOHA 1YVQA 3ZJHA 1YIHA 4MPMA 1G09A 3BCQB 1UFPA 1GBVA 1YE2A 1Y2ZB 3UHNA 1HGAA 2W72C 1LFZB 1AJGA 3VRFA 1CBLA 4NI1A 5E6EB 1X3KA 1WMUA 1MDNA 1MLFA 3TM9A 1YENB 3PI8B 1MKOA 1SHRA 2FAMA 2NSSA 1CQXA 1CO8A 1O1MB 1YHEB 4ESAA 3IC2B 1Y0DA 3R5IA 1MWDA 1YIHB 1MLQA 1BIJB 2XKHA 1NAZA 2VLZA 1LH1A 1G09B 5CN9A 1MBAA 1BZPA 2G10A 1YE2B 1HACA 1GLIA 4G51A 3KUNA 2D2MC 3QQQA 2FRIX 2MGFA 4FWYA 4F6IA 1Y0WB 1C7CA 1S61A 5HU6A 1YMBA 3WCUA 1NEJB 5HY8B 4NK1A 3A5BA 4ESAB 1Y0DB 1JWNA 3AQ9A 2HBFB 4MU5A 1MLKA 1BBBA 3R5IB 2DXMA 1YFFA 3E5OA 3H57A 1EWAA 2FRJX 2HCOA 4G51B 1J7SB 1AZIA 5MBNA 3ZJQA 5JDOE 1F63A 2DN2A 1C7CB 1MBDA 5HU6B 2ZFOD 3AQ6A 3WCUB 1UT0A 1IT3A 3O7NA 3WCPA 1Y85A 4OF9A 2VYYA 1FCSA 1BBBB 3DHRA 5EYJA 4HRTA 1YHUC 1YFFB 1BABA 1ABYA 2V1EA 1YEUA 2IN4A 2HCOB 3AT5A 2ZT1A 4B3WA 1YOGA 2R1HB 1JW8A 2D5ZB 4PQ6A 4KMWA 2ZLXA 5E29B 2DN2B 1ABSA 2VEBA 3ZOLA 2EKTA 1RQ4B 1RQAA 1H1XA 2EVKA 2VYZA 3D17A 3WCPB 2HBGA 1Y85B 4H2LA 2ZS0A 1LH5A 1OUUA 3EDAA 2B7HA 3DHRB 1Y7CA 1F65A 3ORDA 3UHYA 1CG8A 2HHBB 2ZLUA 2HBEB 4MBAA 1YEUB 2E2YA 3AT5B 3EOKA 1VXCA 1QPWA 2ZLXB 1J52A 1CLSA 1Y22B 2R80A 3G4UA 1RQAB 3ARLA 4KN3A 3D17B 6HBIA 3MVCA 4H2LB 4O4ZA 2ZS0B 1OUUB 5KDQB 1GCVA 1JF3A 1NS6A 2R4ZA 1BZZB 2MGKA 1Y7CB 1MYJA 5CN4A 1CG8B 2OIFA 3LQDA 4WJGA 3KUOA 3EOKB 3V2VA 3LR7A 2LH5A 1CH7A 2ZLWA 5EV5A 1RTEA 1M9PA 3HF4A 4ROLA 4XDIA 2R80B 1MYMA 1X46A 3LB1A 1LH2A 3IA3B 4U8UD 2BK9A 1HABA 1GCVB 1CG5A 1IWHA 2OLPA 4MQGB 1G9VB 1GDKA 3MKBA 1VXAA 1MBIA 3LQDB 3QJCA 2VEEA 1UMOA 3ZH0A 1Y31A 4NI0A 1DUKA 2GTLA 3TM3A 2HZ2A 2ZLWB 1M9PB 2ZSSA 3HF4B 1LFQA 3ECLA 4ROLB 5MBAA 1N9FA 4TYXA 1GDIA 1Y8IA 4F6FA 1DXUB 2FRFA 1MTKA 4XS0A 3B75A 1CG5B 1MBCA 1IWHB 1QSIA 3MKBB 3QJCB 3HYUA 1MOAA 5IKSA 1TESA 1Y31B 2GTLB 1O1OB 5EE4D 3UI0A 1GDLA 1LJWA 1CO9A 1HRMA 2G0VA 1LFQB 1JP9A 5C6YA 1AJHA 1HDSB 3OK5A 1Y8IB 3AT6B 3QM6A 1HBBB 4XS0B 3B75B 1SI4A 1XYEA 1Y0TB 1S56A 3ED9A 1Y4BA 1DLYA 1A3OA 2QRWA 1RVWB 3SDHA 2PGHA 3A5GA 3PI3A 2AV3A 1DO3A 4TWUA 1LJWB 1IOPA 2LH3A 2G14A 1R1YA 1HBAA 5ILEA 1LH6A 1MWCA 1BZ0B 1V75A 1MNKA 3VAUA 1XYEB 1YOHA 2ZSQA 1C40A 4WJG1 3MOUA 2LH2A 1A3OB 2AURA 2IG3A 1YOIA 1QI8B 2PGHB 1NZ4A 1OUTA 1LHTA 3WCWA 3M3AA 1LFYA 1K0YA 3G4WA 1QXDA 3CY5A 2XKGA 1QXEB 4VHBA 1YCBA 3WCTC 3GOUA 1R1YB 1NIHB 1OFKA 3VRGA 2ZT0A 2VLYA 1U7RA 1DXVA 3WTGA 3MYNA 3MJPA 1Y45A 1SPEA 3ASEA 2RI4B 4MXKA 1YDZB 3P5QA 1X9FC 3OJ1A 2EKUA 2BW9M 2LH7A 5KKKA 1V4WA 1OUTB 3WCWB 107MA 1DXCA 1LFYB 1K0YB 2NSRA 1QXDB 103MA 3GKVA 1J41B 3VRGB 1NPGA 1FLPA 3AG0A 1DXVB 1XZ2B 1B86B 3ARKA 3E55A 3MJPB 1Y45B 5JDOC 1O1IA 1CIOA 3P5QB 1FAWA 3NL7A 3SZKA 101MA 1V4WB 3S1JA 2D2NA 1O1LA 3GKVB 1VHBA 5ILRA 2AUQA 3GQRB 1Y83A 1A00A 3D1AA 1JDOA 2MHBA 1HJTA 1JP6A 1VREA 4HBIA 1JEBA 5KERA 1Y4RA 1O1IB 1UVYA 1NWNA 1VXDA 3EDBA 3NL7B 1YG5A 1Y8KA 3HRWB 1Y2ZA 2Z6SA 2D2NB 3NMMA 1TU9A 2MGHA 3WCUC 3ZJSA 1Y7DB 2O5OX 1WVPA 1LA6A 1Y83B 1A00B 2DHBA 1VXEA 3ECZA 1YENA 3HEPA 3UBCA 4F6GA 3PI8A 2MHBB 3A5AA 1MCYA 3UHDA 1O1MA 2V1GA 4WCHD 4M4AA 1JEBB 1T1NA 5KERB 2ZS1D 3HC9A 4AVEA 5F0BA 1Y5JB 4ODCB 2MGLA 1BIJA 1YG5B 2HZ3A 2QLSA 2Z8AA 1COHA 1DLWA 1Y8KB 3ECXA 3S66B 2MGEA 1LFLB 3GQGB 3G52A 1GCWB 1O1JA 3NMMB 1MLOA 3WCVD 5JDOF 4UURA 1LA6B 2DHBB 4YU3B 4FC3A 5CN6A 1Y0WA 1NPFA 3QM8A 4PQCA 1NEJA 5CN8A 5HY8A 2ZSPA 1HLBA 1MZ0A 4M4AB 1S0HA 1T1NB 1Y0CA 2G0ZA 2ZWJA 2Z6TA 1LH7A 1NZ3A 2HBFA 1LUEA 1RQ3A 4KJTA 4L2MA 2QLSB 4N7PB 1COHB 3SDNA 5E83A 1SDLA 3QJDB 5HAVA 1O1JB 2AV0A 3MJUB 3PI9A 1J7SA 3GKTA 1L2KA 3UGYA 3UHVA 1FDHA 1BVCA 4FC3B 2ZS0C 3MN0A 1YVTA 1J7YA 1MYZA 3VREB 1C7DA 5HBIA 1VXGA 1EMYA 1MLHA 1S0HB 1Y0CB 4JACA 3W4UA 1ITHA 2SPMA 1RQ3B 5CNGA 1LFTB 5E83B 3OO4A 1SDLB 1MWBA 1A0UB 2R1HA 3PI9B 1XZ4A 2D5ZA 1URYA 1XXTA 5E29A 3NG6B 1MYTA 1YE0B 3WI8A 1YVTB 4M4BA 1RQ4A 1J7YB 2GNWA 1O1PA 2R4XA 1C7DB 1HBRA 1BZRA 4DWTA 4ZVAA 3W4UB 1J3YA 2HHBA 4G1VA 1FSLA 4ZVBA 2D2MD 2HBEA 3OO4B 5C6EB 1XZ4B 2LHBA 5EQMA 1NS9A 1XXTB 4O1TA 4FH7A 1JZKA 1CH9A 2V1IA 1Y22A 4M4BB 4IROB 5ILPA 1DM1A 1CH3A 2QSSA 1O1PB 3OO5A 1HBRB 1PBXB 4FWZA 5KDQA 1SWMA 1CH1A 3E5IA 3OVUC 3UHTA 1OJ6A 1BZZA 3PI4A 1XY0A 2GTLC 1DWRA 4FH6A 3WFTA 1BINA 1J3YB 1HBIA 1MYHA 3AQ8A 1CH4A 1OR6A 1NS9B 3HHBB 3UHGA 2ZFOB 3GQPA 3QJBB 1FN3B 1Y01B 2VYWA 1EW6A 2GNVA 3UHKA 2QSSB 1XCHA 3UHQA 1LHSA 1A01A 3OO5B 1LTWA 5CNFA 4F68A 3OGBA 3HENA 4OODA 1MODA 5SW7A 1YHUD 4MQGA 1XY0B 1G9VA 3DHTA 1CQ2A 1S5YA 3BJ2A 3PELA 1MNIA 2ZSZA 4HHBB 5JOMA 2G0XA 5CNBA 3LB3A 4HSWA 3BOMB 1NGKA 2BNLA 3S48C 1JPBA 3PI2A 1HBGA 1S5XB 3GQPB 3G4YA 4HRRB 4ILZA 2YRSA 1DXUA 1A01B 3KMFA 1Y4QB 5SW7B 2W6VB 3DHTB 3S65A 2O58X 1SPGA 1S5YB 3BJ2B 1MOBA 1O1NA 3PELB 3UHXA 4C0NA 110MA 1Y4VA 1O1OA 1LFVA 4F6DA 1LH3A 2O5LX 3GLNA 1HDSA 2GRFA 3AT6A 2YRSB 2H8DA 4U8UA 1J40B 1ASHA 1HBBA 3LHBA 1DO7A 1C7BB 1CH2A 1HBHA 2GLNA 1Y0TA 2EB8A 2D60A 2CMMA 3WCWC 3UHEA 3S65B 1SPGB 1GBUA 3ZJNA 1RVWA 4B4YA 1O1NB 1XZ7A 2MGJA 1Y46A 1Y4VB 2OH8A 1LFVB 2PEGA 3QM5A 1XZ5B 3RJ6A 1ABWA 1V07A 2GL3A 3M38A 1YHRB 2OHBA 2H8DB 4U8UB 3D4XA 4TWVA 1BZ0A 1HBHB 1A6NA 2D60B 1N9IA 1CMYA 2O5MX 3QM9A 2MYAA 4MQIA 1NQPA 1JP8A 1QSHA 1M6CA 3QMAA 1GBUB 5CNEA 1QI8A 1XZ7B 1Y46B 3UH5A 105MA 3MYMA 2PEGB 3G53A 1YEOA 4F4OB 1Y5FA 1QXEA 1JL6A 1ABWB 1RTXA 1NIHA 1DTIA 3PI1A 2KSCA 1O1KA 1A4FA 3D4XB 1YEVA 3UHHA 3R0GA 3VHBA 3ZOMA 1A6GA 1S69A 1SDKB 3WFXA 1CMYB 1VXBA 2RI4A 5D5RA 4O35A 4MQIB 1NQPB 2NRLA 1HCOA 1YDZA 1QSHB 3AQ7A 2D2NC 2FRKX 2XYKA 3UHUA 2V1HA 3EU1A 3BJ3A 1YEOB 3FH9B 1V5HA 1Y5FB 5CNCA 3ZHWA 1J41A 1VWTA 1A0ZA 108MA 5F2AA 1YZIA 1O1KB 1A4FB 1YEVB 1XZ2A 1UC3A 1RPSA 3FS4B 1B86A 2LH1A 4N8TA 3PIAB 3A0GB 2ZSXA 1Y4GB 3BJ1B 2QU0A 1DUOA 1Y35A 1HCOB 1M6MA 1JZLA 1HDBA 2AUOA 1JF4A 5AB8A 1Y0AA 2MGAA 1HDAA 2BLHA 3D7OA 1FHJA 3MBAA 3G4RA 3EU1B 3BJ3B 1UX9A 4NXAA 3M39A 5B84A 1VWTB 2SPNA 1A0ZB 3GQRA 4F6BA 1R1XA 4DC7A 3DR9A 1YZIB 3G4VA 1Y8HA 1JL7A 5CN5A 2W6YA 1RPSB 2O5TX 1IRCA 2ZSOA 4MXLA 1JY7A 4N8TB 2VRYA 3UHSA 1XQ5A 2QU0B 4IT8A 4FWXA 1V4XA 5HLUA 1Y35B 4N7OA 2HBCB 1J3ZA 4DC8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1ECDA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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