1F5O | Genus

Total Genus 58

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	58
sequence length	149
structure length	149
Chain Sequence	PIVDTGSVAPLSAAEKTKIRSAWAPVYSTYETSGVDILVKFFTSTPAAQEFFPKFKGLTTADQLKKSADVRWHAERIINAVNDAVASMDDTEKMSMKLRDLSGKHAKSFQVDPQYFKVLAAVIADTVAAGDAGFEKLMSMICILLRSAY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__953186573382017__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__953186573382017__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1F5O/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__953186573382017__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"953186573382017","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1F5O/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__953186573382017__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen storage/transport
publication title	Crystalline ligand transitions in lamprey hemoglobin. Structural evidence for the regulation of oxygen affinity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEMOGLOBIN V
total genus	58
structure length	149
sequence length	149
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date	2000-06-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1f5oA00

4U8UB 1BABB 4MQHB 2AV3A 109MA 3D1KA 1FHJA 4ROLB 3A9MA 1IBEB 1THBA 2HHBA 4MQCB 3VRGA 1XZ7A 2SPMA 1LFVB 1Y5KB 4X0LB 5KKKA 4ODCB 3DR9A 1GCVA 1NZ3A 5HU6B 3BJ2B 2HBFB 1GBUA 3NFEB 1MLRA 2MGDA 5EU2A 3PI1A 4MXKA 1J40A 1HBHA 1MNHA 107MA 2AA1A 1WLAA 4IROA 1CO8A 5E6EA 3PELB 2BLHA 5HBIA 1TU9A 2W6YA 3UHGA 3WCWB 5ILEA 2CMMA 2W72A 1YFFB 5HLXA 2V1FA 2LH5A 1YIHB 4KJTA 1O1LB 2EVKA 1JL7A 2GLNA 112MA 1K1KA 5E29A 2YRSB 2FALA 1YIEA 1Z8UB 1HLMA 1HBIA 1JZKA 4M4BB 2GKNA 3U3EA 1S0HB 3E5OA 3UI0A 3QJDA 4F6DA 2VRYA 2HHEA 3ECLA 1NGKA 1C7DB 5CNGA 3R0GA 1MLGA 1JZMA 3MYMA 2G14A 1TESA 1A00B 1ASHA 1DUOA 1HRMA 1YEOA 1Y8IA 1HDAA 3IXFA 1J52A 2D5ZB 3WCUB 1QPWA 3CIUB 1BIJB 1R1YA 4N7NA 1MLQA 2IG3A 4H0BA 2DHBB 3PI9B 1S5YA 1R1XB 2VEBA 1QXEB 2HHDA 5HLUA 4L7YA 3EOKA 1HDSB 1BZ6A 1MCYA 3V2VA 4ESAB 1BZZB 2Z6SA 3MKBB 2HBGA 1AJ9A 1HDBA 1LA6A 1HHOA 1JDOA 4YU3B 1NPGA 1A0UB 2HBDA 1GJNA 1S61A 3QJCB 3PT7B 3UH5A 1MKOB 2ZSSA 1MZ0A 1CH2A 1A01A 4SDHA 3NG6A 1DUKA 1FN3A 3OO4A 4F6JA 2ZFOA 4AVDA 1XXTA 4F4OA 1BBBB 3WTGB 2QSSA 3GQRA 6HBIA 1G9VB 3G4QA 2GRZA 1A3OA 3LB4A 1LFTB 1EMYA 3S66A 1MYIA 2HCOA 2AUOA 2ZSOA 3NL7A 3MOUA 3A59A 2ZS1A 3KMFC 4G1VA 2QLSB 1DXUA 3HF4B 1MLHA 1O1KA 1LFZB 2VLXA 3S48C 1MNIA 4OF9A 1N9FA 1YZIA 1NAZA 5EQMA 5HY8B 3GKTA 3LB3A 2D2NB 1DO3A 2NSSA 1HCOB 3GQGA 4U8UD 3ZJJA 1I3DA 1Y2ZB 2DN3B 4FWYA 1FSXA 3ZJHA 5KDQB 1J3YB 1YEVB 3H58A 1IT2A 5C6EB 1Y4PB 2BLIA 2QU0A 1YGDA 2JHOA 3AQ9A 1CG8A 1YMCA 2M6ZB 3WCTA 5B84A 1Y0AB 3PI8B 3R5IB 4QAUA 3WR1A 4F6GA 1O1JB 1Y31A 2G0XA 3LQDA 4MQGA 1GLIA 3HHBB 1A9WE 2BMMA 3WCPB 3WFUA 3K3UA 2HBEA 1J3ZA 1H97A 3QM8A 2GTLB 1NS6B 2ZS0B 2R4XA 1YOGA 2ZSNA 1MWDA 1NS9A 4UIQA 1WVPA 1SDKB 1LH3A 2OH8A 1C40B 1YG5B 1CQXA 1O1NB 5HLQA 1LFYB 2SPNA 3WCTC 1FDHG 1JL6A 1VXBA 2ZLWA 5KERB 2AURA 1SHRA 1S6AA 1S5XA 1HV4A 1YDZB 4LPIA 2ZLVA 1X9FC 3ARLA 3M39A 1G0AB 1HBBB 1RTEA 1MODA 3UHWA 5B85A 1VXFA 1URVA 3EU1B 2VM0A 4M4AA 1RQAB 5JDOE 3HEPA 1YHUC 1XZ4B 1DXCA 1YE0A 3GQPB 3MJUB 4MU5A 3GLNA 5HAVA 3IC0A 4MQIA 1XQ5B 3S1JA 1YOHA 2O5SX 4ROMA 3D4XA 1YMBA 3DUTB 1IT3A 2NX0A 2EB8A 2O5LX 4NZIA 1Y4FB 2EKTA 1NEJA 3LR7A 4MQJA 3ODQA 1GCWB 1MLKA 1YENA 2MYEA 1F5PA 1YEUB 4HRRB 1J41A 2Z6NB 1O1OA 1V4WA 2Z6TA 4NI0B 3QJBA 1J7WA 3FS4B 1DWTA 5MBAA 1QXDA 1Y83A 1MWCA 1MBSA 2H8DB 3SDNA 3UHIA 2MGKA 1JWNA 1Y0DB 2D60B 2PEGA 2R50A 3M38A 2MB5A 3UBCA 4HRTA 3UBVA 2GRFA 2MGCA 3TLDA 2NRMA 3D17B 3W4UA 5CN9A 2XYKA 2HZ1A 3CY5A 2VYWA 1CQ2A 1B86B 1OFKA 3UHVA 1UIWA 4FH7A 2D2ND 4U8UA 1BABA 1LH1A 3ONZB 3QMAA 1Y0WB 1LH6A 4ROLA 1IBEA 1OJ6A 2D2MB 3HXNB 4WJG1 2W6WA 1LFVA 1Y5KA 3GDJB 4O1TA 4X0LA 1NZ2A 1M6MA 4ODCA 1PMBA 1YCBA 3UHQA 1DTIA 1UMOA 2MGEA 2HBFA 1URYA 3BJ2A 3NFEA 1MLNA 2O5QX 1J7SB 4AVEA 5CN7A 3A0GA 3GK9A 2GTLD 2R80B 1F5OA 3PELA 1VXHA 1Y0CB 3GKVB 1RPSA 1XZ2B 3IA3B 3WCWA 3OVUC 1YFFA 1DO4A 5SW7B 2OHBA 1ECNA 1ABWB 1YIHA 3GYSB 1O1LA 4UURA 1JP6A 1C7BB 5JDOD 4TWVA 1YVTB 1F63A 2YRSA 3UHBA 3SDHA 1JEBB 1MLSA 3PI3A 4NXAA 1S0HA 1Y8HB 3AQ5A 1C7DA 1YVQB 1A00A 3QJEB 5CNCA 1Y4QB 1MOCA 3WCWC 4HSWA 2ZLUB 1JP8A 2D5ZA 3WCUA 2W6VB 1Y0TB 2V1IA 1BIJA 1BVCA 4PQ6A 1Y4GB 3UHSA 3WI8A 2DHBA 1LJWB 3PI9A 1R1XA 1QXEA 1FAWB 1HDSA 1DWSA 1Y4BB 3WCVD 1YCAA 3G53A 4ESAA 1BZZA 1NQPB 3MKBA 2MGLA 2EB9A 4YU3A 1A0UA 1Y35B 1MBNA 3EDBA 3QJCA 3PT7A 5MBNA 1U7SA 3UGZA 1MKOA 1SI4B 2G0RA 3M3BA 1BZRA 3ZJLA 1MLOA 5JGGB 1H1XA 2C0KA 2ZSQA 3WCUC 1O1IA 2MGIA 5AB8A 5ILRA 1BBBA 2LH2A 3WTGA 2OHAA 1G9VA 1BUWB 5D5RA 1LFTA 1F65A 3IC2B 1XY0B 1J7YB 1MTJA 1O1PB 4JYQA 3G4WA 3RGKA 110MA 1YHRB 4FWXA 1HGCB 2DN2B 1Y8WB 2QLSA 1MOAA 3HF4A 3NMMB 1V4XB 5EE4D 3UHHA 1LFZA 1YOIA 3D1AB 1LH5A 2O58X 5HY8A 2D2NA 1OR6A 5ILMA 1K0YB 1HCOA 2ZFBB 5EYJA 1Y2ZA 2DN3A 2WY4A 3H57A 4NXCA 2D2MD 5KDQA 1J3YA 1YEVA 4HSXA 5AZRA 5C6EA 3QZXA 1Y4PA 2OIFA 1VXCA 3GOUB 1GBVB 2M6ZA 3PI8A 1Y0AA 3R5IA 1EBTA 1XZ5B 1FLPA 1O1JA 2ZSTA 1BZ1B 1LH7A 1UVXA 2MBWA 2W72C 1X46A 2EKUA 3AT5B 3HHBA 4DC8A 3WCPA 1JW8A 2WTHA 2ZLTA 4UZVA 2O5OX 1NPFA 1QSIB 1NS6A 2ZS0A 4H2LB 4N7OB 3G46A 1Y45B 2H35B 1HSYA 3WHMB 3ZJMA 1LHSA 2D5XB 2Z85A 1JF4A 3G4YA 3VRFB 3LHBA 3BJ3B 1SDKA 5EUIB 3DHTB 3PT8B 1C40A 1YG5A 3UHXA 1Y7GB 2G0SA 2FRJX 1O1NA 1LFYA 1LFQB 1LTWA 3QM9A 5JOMA 5KERA 1XZUB 1A3NB 3P5QA 1N9XA 1YDZA 1Y5FB 1NIHB 1G0AA 1HBBA 2ZS0C 1HGAB 4TWUA 3OO5B 5CNFA 4OODA 2MYBA 1MBCA 1CP0A 1YH9B 1VWTB 1RQ4B 1RQAA 2O5TX 2ZSPA 2IN4A 1MBAA 1AZIA 1XZ4A 4IT8A 3MN0A 1HBRB 1BZ0B 1Y09A 1DLWA 3GQPA 3MJUA 3RJNB 4ILZA 1NWNA 3QQRA 1PBXB 5CN6A 1XQ5A 1A0ZB 1QSHB 5ILPA 6HBWB 2ZFOC 2NRLA 3DUTA 4MBAA 1Y7ZB 1O1MA 1IDRA 1GZXB 1Y4FA 1MYZA 2BLJM 3HYUB 1JP9A 2G3HA 1GCWA 1W92A 4DWTA 2MYCA 2OLPA 2W6XA 1YE2B 2ZS1C 1YEUA 4HRRA 2Z6NA 1KD2B 4O35A 5F0BA 4NI0A 1CH4A 3FH9B 5F2AA 2O5MX 1O16A 2G0VA 3FS4A 3TM9A 1Y22B 3AT6B 1Y85B 3ZOMA 3BOMB 2H8DA 1MLUA 4FC3B 1Y0DA 2D60A 1CBLA 1COHB 3WFTA 1NZ4A 2W31A 1DO1A 4H07A 1A4FB 1MYHA 3D17A 1MNKA 1JF3A 4L7YB 1OUUA 1B86A 2BNLA 1KFRA 3PI4A 1Y5JB 3OZVA 1CG5A 1JY7B 3ONZA 1CH1A 1Y0WA 4L2MA 1MNOA 2D2MA 3HXNA 1VRFA 1VXAA 4KMVA 3GDJA 3UH6A 2DXMB 1QI8B 2QSPB 3UHDA 1T1NB 3UHUA 1M9PB 3HRWB 2V1JA 1A6NA 4N7PB 2LHBA 2QSSB 3WFWA 1J7SA 3BCQB 3MBAA 2B7HB 3A5GA 4FWZA 1WMUA 2QMBB 2R80A 4YU4B 5CNDA 5E83B 3WCVB 4XDIA 1Y0CA 3GKVA 3BJ1B 1XZ2A 3G4RA 5CNEA 4F68A 5SW7A 1ABWA 3VHBA 3UHZA 3B75B 2SPLA 1A6GA 3GYSA 1C7BA 1IWHA 4MXLA 1YVTA 1JEBA 1Y4VB 1BJEA 1Y8HA 5EOHA 1MYTA 5EETA 1Y7DA 1EBCA 1YVQA 1RQ3B 5AZQA 3HC9A 1CH9A 2AUQA 4BJAA 1YGDB 3QJEA 3WCTB 1Y4QA 2R4YA 3UHNA 2ZLUA 2MHBB 1ECDA 1Y0TA 1XYEB 1Y4GA 2R1HB 1MOHA 1MYMA 3PIAB 1C7CB 3AG0A 1X9FB 1LJWA 2BK9A 3VAUA 1Y8KB 1FAWA 3S1IA 1UFJA 4NK1A 3QM7A 1Y4BA 4JACA 1D8UA 3UHKA 1NQPA 3E5IA 5CN8A 1SWMA 4F6FA 3A5AA 4MQHA 3ECZA 1YHUB 4O2GA 1Y35A 2MYDA 1N9IA 4KMWA 3MJPB 1HBGA 4WCHD 4MQCA 2PGHB 1DTMA 1SI4A 102MA 1DKEB 1SPGB 3ZJRA 1GDJA 1A6MA 5JGGA 5CMVA 2XKGA 2H8FB 2GRHA 1V75B 1LFLB 1G08B 2HZ3A 3UHTA 4G1BA 1CPWA 5HU6A 1BUWA 1MNJA 2HBCB 1XCHA 1OUTB 3IC2A 4KN3A 1XY0A 1MYFA 1ITHA 1J7YA 2MGMA 4U8UC 5CN5A 1O1PA 2G0ZA 1YHRA 3TM3A 2DN2A 1Y8WA 103MA 3KUOA 2GNWA 1V4UB 1UVYA 3NMMA 1RVWB 3D1AA 4DWUA 4DC7A 3O7NA 1DXTB 3VREB 1HGBB 1K0YA 2R4ZA 4M4BA 4F6BA 2ZFBA 3M3AA 2KSCA 4N8TB 3ZJPA 1CBMA 2Z8AA 1SPEA 1Q1FA 1ABSA 3K8BB 1RSEA 1HBAB 1OFJA 1MTIA 1S56A 3GOUA 1GBVA 1I3EA 1CLSB 1CO9A 105MA 1XZ5A 1BZ1A 2WTGA 5EV5A 1IOPA 3AT5A 1YGFB 3CIUA 1CIOA 1CMYB 1DXVB 4ZVAA 1QSIA 4H2LA 4VHBA 106MA 3OGBA 1FDHA 1Y45A 2MYAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1F5OA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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