1HHO | Genus

Total Genus 41

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	41
sequence length	146
structure length	146
Chain Sequence	VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__07701347672122__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__07701347672122__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1HHO/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__07701347672122__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"07701347672122","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1HHO/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__07701347672122__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxygen transport
source organism	Homo sapiens
publication title	Structure of human oxyhaemoglobin at 2.1 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEMOGLOBIN A (OXY) (ALPHA CHAIN)
total genus	41
structure length	146
sequence length	146
ec nomenclature
pdb deposition date	1983-06-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00042	Globin	Globin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.490.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Globin-like	Globins	1hhoB00

1ASHA 1HJTA 5HBIA 3ARKA 4UURA 3KUOA 1MLRA 1CH3A 1Y0TB 3DHTB 3UHZA 2R1HB 1HV4A 2V1IA 4MQIA 4XS0A 3WI8A 3AQ7A 1Y7DA 1MYIA 2XKHA 4B3WA 3GYSA 2G14A 2ZFOB 2YRSA 3UHCA 1URVA 3W4UA 1HGBA 5ILRA 3S1IA 3ZJOA 1V9QA 5CNEA 1FSXB 1JP6A 3LB1A 1Y0WA 2O5TX 1CQXA 1S0HA 3BCQB 1GDIA 2AUQA 1C7BA 3NMLA 4FWZA 3GDJA 1QSIA 2O5SX 1Y4RB 1A6MA 3NMMB 3WCPB 2W72B 2LH7A 2ZS1A 1Y5FA 1YEUB 1XZ2B 3KMFA 1S5YB 1Y31A 1Y4VB 1BZ0B 1VREA 2O5QX 2ZFOD 1A3OB 1HBIA 3K8BA 2W6WA 1G09B 2QMBB 2MYCA 2RAOB 1CP0A 1NS9A 2NX0A 3G52A 4U8UD 1JF3A 1C7DB 3OO5B 3OVUC 1DWRA 3KUNA 1IWHA 2H35A 1HBAA 1MTKA 2GKMA 1YVTA 3QJCA 3GLNA 2G0ZA 5AZRA 2V1FA 1J40A 1LUEA 2R4YA 3ARLA 2ZS0A 3IXFA 2O5MX 4G51B 2KSCA 3V2VA 1SDLB 1Z8UB 2QLSB 3BJ2B 2SPLA 1MLQA 3D4XB 1YEOA 1LFLB 3D1KB 1XZ5A 1Y4PA 1CO8A 1XXTA 1DO4A 1MZ0A 5F2AA 1YGFA 5KERB 2ZT3A 1YHUC 1YFFA 3E5IA 1ABYB 1WMUA 4NS2A 1MNHA 3HEOA 3OO4A 2ZLVA 1HGAB 1CH5A 4O4TA 2OHAA 1QI8A 1GBUA 2DN2A 1NZ2A 1RSEA 3VRFB 1YENB 1QSHB 1IBEA 4NI0B 2G10A 4F69A 1AJGA 1MYGA 4PNJA 1BBBB 3UHEA 5CNGA 2GL3A 1J3YB 1DO1A 3IC2B 2MGIA 3NL7B 3G4UA 3LR7A 2HZ1A 1YZIB 2FRIX 1J7WA 5HU6B 1YHRB 2Z85A 1HBGA 1R1XB 2D2NA 1DTIA 4HSXA 3D17A 1ECAA 1CG8B 5SW7B 2HBCB 2XYKA 1Y0DB 1YDZA 1DLYA 3E55A 3LB2A 4FC3A 1JWNA 1Y5JB 1GCVB 1VRFA 5JDOE 2MGFA 2BWHA 4N7PB 1RQAA 3UH6A 3QQRA 3A9MA 1BZ6A 5CN8A 1J3ZB 3GOUB 4H2LB 3G53A 2R4XA 3PI1A 4YU3B 1MYFA 1G0BB 1YHEA 2G3HA 4MQGA 3VREB 1KFRA 1HDBB 4NI1B 3HHBB 1FN3A 2DN3B 3QJBB 3QM7A 1MBNA 1Y4FA 1YIHA 2HCOA 5CHRA 2O58X 1NZ4A 3EOKB 4N7NA 3CIUB 1HACA 1CIKA 2ZSRA 3QM5A 1GLIA 1DUKA 1XZ7B 3M3BA 2PGHB 1T1NB 3RGKA 3UHTA 4X0LA 3WCTA 106MA 1VWTB 5E6EA 1O1OA 3PELA 3LB3A 3HYUA 4HRRA 4ESAB 1MODA 3BOMB 1NIHB 2JHOA 1X9FB 3VHBA 1UVXA 1YE0A 1FAWA 2H8DB 1SI4B 4NZIA 2ZLXB 1Y46A 3UH5A 1UX8A 1ITHA 2QSSA 3G4VA 3VAUA 112MA 4MQKB 1MLOA 1R1YA 5HY8B 2W6VA 3QM9A 2FRJX 2HBFA 2VLZA 1M6CA 1SHRB 1ECOA 2AA1B 1PBXB 3LHBA 1J7SA 2OH9A 3UHXA 2HHBA 1NQPB 1YEVB 2DN1A 3PI4A 4F4OB 1MLFA 3WCUC 1IOPA 3RJ6A 1LFQB 7HBIA 1X9FD 1A0UA 3M3AA 5EUIA 1Y4QB 4M4BA 1MYZA 4NK2A 1HDAB 5JOMA 2W6YA 1EBCA 1XZ4B 2QRWA 4U8UA 1DXVB 1JDOA 1LA6A 2DXMB 1Y22B 3QZXA 1CH2A 3MN0A 3G46A 1JW8A 1SDKB 1YH9B 3NMMA 2MGKA 2W72A 1LJWB 3FH9A 2ZWJA 1UX9A 2Z6NA 2ZLWA 1YEUA 5D1VA 1A0ZB 1GCWA 2B7HB 2VEEA 1BZ0A 2MB5A 1JEBB 2O5OX 2QSPB 1MYHA 2R80B 1MYJA 1OR4A 4YU4B 1MKOB 1O1IB 1C7DA 3OO5A 2AV0A 107MA 1FDHG 2G0XA 3M38A 3UH3A 1LHSA 1MYMA 1G08A 3GQPB 1S56A 2ZT2A 3BJ1B 111MA 1BJEA 2MYDA 109MA 1NZ3A 1SWMA 3GKTA 1SDLA 2MGHA 1MBAA 3WCWD 1PMBA 1XQ5A 1GBVB 1Y8HB 3HF4A 2G12A 3D4XA 2LH6A 1HGCB 2R4WA 3D1KA 1YOIA 2XKGA 3S66B 2HHDB 1J3FA 3E4NA 2MGDA 3VRGB 1XZVB 5IKSA 1ABYA 3NG6B 4TYXA 1DXDA 1KR7A 1MOAA 3QMAA 1COHB 3UHYA 1DXUB 1Y4BB 2OLPA 5CN5A 1RPSA 1NWIA 4NI0A 1BIJB 1O1KB 1UIWA 5HLXA 1BBBA 1Y85B 2HZ3A 3WFTA 4HRTB 1Y45B 5KDQB 1NEJB 2IG3A 3IC2A 5ILEA 4F6GA 1Y8IB 4HHBB 1V4UB 4PQ6A 3QZZA 1MBDA 5HU6A 1Y7ZB 1YMAA 4L7YB 2HBGA 1CH7A 1CQ2A 2ZS1C 3LR9A 1YIEA 3QJEB 1S5XB 3KMFC 4MPMA 3HXNA 1RTEA 5SW7A 2HHEA 1Y0DA 1CH4A 4FH6A 1V4XA 3ONZB 4BJAA 2AURA 1XY0B 3OZUA 1K1KB 3MBAA 3QM8A 1CBLA 3PI9B 1XYEB 2D5ZB 1LFZA 2HZ2A 4H2LA 2V1KA 1O1PA 3ZJSA 4GZGA 1WVPA 5C6EA 4H07A 2O5LX 1V4WB 3LQDB 3ZJHA 1FLPA 3OZVA 2M6ZB 1D8UA 4ODCB 4M4AB 4NI1A 3HHBA 2ZS0C 1MTIA 2DN3A 3QJBA 1O1LB 4IT8A 4O2GA 3BJ3B 1JP9A 1Y8KB 3UHNA 1JF4A 2CMMA 2LH3A 3MKBA 5ILPA 1HBSB 5CNFA 2PGHA 3GQGB 2BKMA 5CN9A 2D60B 3PT8A 3OK5A 3R5IA 2BNLA 1O1MB 3UBVA 1NGKA 3B75B 4NK1A 2HBDA 1IT2A 1DXTB 2BLJM 4ESAA 1Y83A 1I3EA 2MGJA 5CNBA 3BOMA 1Y35B 1VXHA 1X9FA 1DLWA 4MQCB 3M39A 3PI8B 2G11A 1HDSB 1GDKA 1HLMA 2D2MA 2ZSYA 5HY8A 3PT7B 6HBWA 2BW9M 5CN6A 1CLSB 4IROB 1NQPA 3A5GA 1OR6A 5JDOC 1YG5A 2D2NC 1MLLA 2MGCA 5CNDA 3GQRB 2ZFBB 3MJPB 4N7OA 2NRMA 3WFWA 1Y4QA 1LH1A 4DWUA 1NWNA 2FAMA 1MLNA 3ZJQA 1YOGA 1O1JA 2DXMA 1Y22A 3ODQA 1HLBA 1MNIA 1G0AB 2MHBA 2GRHA 4C0NA 1SPGB 3A2GA 1GDLA 1YH9A 1RQ4B 1SDKA 2D5XB 3QJDB 2MYEA 3ED9A 2V1HA 2G0VA 1LJWA 1Y2ZA 1J7YA 1OUTB 1A4FB 5EQMA 1Y5KB 2GDMA 3DHRB 3HEPA 1B86A 3WCWA 4NXAA 2HBEA 3WCUB 3P5QB 1J41A 1UC3A 1GVHA 3WHMA 5E83A 3CY5A 1Y0AB 2ZLUA 2Z6TA 4G1VA 1LFTB 1TESA 4ROMB 3WTGB 1C40B 2VLYA 4AVDA 3UGYA 2WTHA 1ECNA 1BZ1B 2ZSTA 1HCOA 3WCTC 4B4YA 2GTLB 1RQ3A 3D1AA 1MLMA 2QU0B 3GQPA 1N9HA 3BJ1A 2ZLTA 3AT5A 1Y7CA 1LH5A 3MOUA 1UT0A 3HRWA 1Y0CA 3SDNA 1MNKA 1LFYB 4ROLB 1G9VB 3A59A 2WY4A 3PI2A 1AZIA 1C7CB 1OUUB 1GBVA 1Y8HA 4TWVA 2VLXA 1HGCA 1K0YB 1Y8WB 1YMBA 2AUOA 2HHDA 2SPOA 1BZZA 2PEGA 1KD2B 1Y09B 2V1JA 3A5BA 1BUWB 5JGGB 1NS6A 2GTLD 3NG6A 1YVQB 3ZOLA 3NFEB 3FS4B 104MA 4MQHA 4F6FA 3UHQA 1CG5B 1B0BA 1COHA 1Y4BA 1Y7GB 1EBTA 2DHBA 1LFVB 3S65B 3MYMA 1YE2A 3O89A 3MVCA 3DUTA 2RI4B 4U8UC 4C44A 1AJ9B 2GLNA 4JYQA 1GZXA 1A3NB 1XZUB 5ILMA 1DO3A 1DKEB 1QXDA 4HHBA 1QXEB 1Y7ZA 3AT6B 4QAUA 4MXKA 2W72C 4L7YA 1S5XA 1F65A 3UHDA 4L2MA 1HV4B 4MQIB 5AZQA 5B85A 4XS0B 1MWBA 1L2KA 1HBHA 1Y7DB 3GKVA 1BABA 3ECZA 4HBIA 1XY0A 1K1KA 1VXFA 3W4UB 1HGBB 1HHOA 2MYBA 103MA 3WR1A 3TM3A 1QPWB 1N9XA 4H0BA 5E29B 1VXGA 3MJUA 1Y0WB 3UGZA 1S0HB 3LQDA 1S69A 1C7BB 1LH6A 5MBAA 2M6ZA 4ODCA 1U7RA 1O1LA 1JZMA 2ZS1B 2D6CA 1Y5FB 1Y4GB 1Y0TA 1IDRA 3DHTA 2R1HA 1VHBA 1LHTA 4UIQA 1NZ5A 3G4WA 1NAZA 2ZFOA 3ZJRA 2ZSPA 5CNCA 1A01B 1IT3A 1NS9B 1NPGA 105MA 2MBWA 1S6AA 1FSXA 3G4YA 5EOHA 1IWHB 2H35B 1HBAB 4ZVBA 3BCQA 2VYWA 1YVTB 3QJCB 5HLUA 3UHIA 1BVCA 4MBAA 3WFXA 1Y4RA 4MQCA 3UHGA 3WCPA 5EU2A 2ZS0B 2H8FB 5M3SA 2BLIA 4WJG1 2ZSXA 3PI8A 1XZ2A 1HDSA 3OJ1A 1S5YA 3UHBA 3UI0A 1JL7A 1Y4VA 2ZSQA 2Z8AA 3ZJNA 3PT7A 1DWSA 1YEOB 1HABB 1A3OA 1YEQB 1XZ5B 1Y4PB 1OJ6A 1G09A 1VXAA 2QMBA 4IROA 2GNWA 2RAOA 1XXTB 3A0GB 1MOHA 1YGFB 2G0SA 1DXCA 2EF2A 1MNJA 5EV5A 3GQRA 3MYNA 5EE4D 3WCVC 108MA 2AUPA 3MJPA 3OO4B 2ZLVB 3TM9A 1QI8B 5CN7A 3ZJIA 1BVDA 2ZS0D 1IBEB 4G51A 5C6YA 2QLSA 3BJ2A 1G0AA 3UHUA 1A00B 1LFLA 4MU5A 3BA2A 1JY7B 2D5XA 1DWTA 3H57A 1MBOA 4FH7A 3UHKA 2HBSB 3ORDA 1Y5KA 1J7WB 5KERA 2MGBA 3QM6A 1HGAA 1RVWB 1H97A 4F68A 2MGMA 1YDZB 1Y0AA 3VRFA 1YENA 4ROMA 1C40A 1QSHA 4KN3A 3DR9A 1AJHA 1W92A 1BZ1A 110MA 1CMYB 1RQAB 2GTLA 4JACA 1CPWA 1J3YA 1N9IA 3NL7A 2VYZA 1A6KA 3G4QA 4OF9A 1X9FC 5F0BA 4ROLA 1VXCA 1YZIA 1YHEB 1YHRA 4MQGB 1R1XA 1C7CA 1OUUA 1FN3B 1YHUB 4LPIA 4OODA 3OZWA 1Y4FB 1YIHB 2HCOB 4N7NB 1CG8A 1ABSA 2HBCA 2D2MC 5MBNA 1GLIB 1Y5JA 1GCVA 4F6BA 1ABWB 1BUWA 2VEBA 2VRYA 5JGGA 4X0LB 1NXFA 4N7PA 1YVQA 3WCTB 3AQ8A 3SZKB 5E6EB 1O1OB 3PELB 1GJNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HHOB

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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