The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
PIIDQGPLPTLTDGDKKAINKIWPKIYKEYEQYSLNILLRFLKCFPQAQASFPKFSTKKSNLEQDPEVKHQAVVIFNKVNEIINSMDNQEEIIKSLKDLSQKHKTVFKVDSIWFKELSSIFVSTIDGGAEFEKLFSIICILLRSAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of deoxy- and carbonmonoxyhemoglobin F1 from the hagfish Eptatretus burgeri
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
hemoglobin
|
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
|
| total genus |
53
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-01-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AJH A; 3DUT B; 2Z6T A; 2EKU A; 1HDS B; 1XYE B; 4TWU A; 2W31 A; 3HHB B; 2D6C A; 1MTK A; 3UGZ A; 1ABY A; 1BZR A; 3MN0 A; 3PI1 A; 1RSE A; 1Y0A A; 3U3E A; 2ZSR A; 5E83 A; 4HRR B; 4AVD A; 5EUI A; 2VEE A; 3OGB A; 1RQA A; 4MQH A; 1GVH A; 2GRF A; 1Y5K A; 1OUU B; 1MCY A; 1HBR A; 4FC3 A; 1SPE A; 2G0X A; 1MLH A; 5JDO F; 1YHE B; 1Y0T A; 3WTG B; 1IT3 A; 1DO7 A; 3GQP B; 4UUR A; 1A6K A; 1JF3 A; 2IN4 A; 2DHB A; 1WMU B; 1LFZ B; 5IKS A; 3GOU A; 2DXM B; 7HBI A; 2VLX A; 2ZST A; 1LH1 A; 3MOU A; 2SPN A; 2O5O X; 5CNG A; 3UHV A; 5CN5 A; 3MYN A; 1GDL A; 1JP6 A; 1Y7Z A; 1A3N B; 1FDH A; 3QZX A; 1XCH A; 1X3K A; 1G08 B; 1Y7C B; 1DTI A; 1Y85 A; 4XS0 A; 2ZSY A; 1Y01 B; 3BJ3 A; 4YU4 B; 2WTG A; 3FH9 A; 1NZ2 A; 4N7N B; 2ZSO A; 3H57 A; 3A0G B; 1R1X A; 3HRW B; 1YEN A; 4GZG A; 1GCW A; 1HBH A; 1HBI A; 1JY7 A; 1GCV B; 3GK9 A; 1LFY B; 1Y0W A; 2BKM A; 2RI4 B; 3ZJS A; 1Y4V B; 4U8U D; 1IRD A; 1MYT A; 4IRO A; 2LH1 A; 3HEP A; 1F65 A; 2ZLV B; 1GZX B; 1UT0 A; 4MXK A; 4M4B A; 5EOH A; 4C0N A; 2G0Z A; 3GKT A; 3MVC A; 1YVQ A; 4MBN A; 3A5G A; 1J40 A; 2QSP B; 1VXE A; 1NQP B; 5HU6 B; 1MWD A; 5AZQ A; 2R4Z A; 1CH5 A; 2VRY A; 1FCS A; 1LFV B; 2HBE B; 3PT8 A; 1GDI A; 1Y0D A; 1T1N A; 3SZK B; 2BW9 M; 1VRE A; 1JEB A; 3WCV C; 1NXF A; 3TM9 A; 2G14 A; 1CH9 A; 1MBD A; 3OO5 B; 4G51 A; 4X0L B; 2JHO A; 1UMO A; 3MKB A; 1YZI B; 2MGH A; 5E6E B; 2D5X A; 2ZFO D; 3A9M A; 4MQJ A; 3ZOL A; 1CBL A; 1MNJ A; 1RPS A; 2ZLX B; 3ZJN A; 1HGA B; 2AUO A; 2DN3 B; 1Y0C B; 5EET A; 1Y2Z B; 3PI9 A; 5ILP A; 3GYS A; 1H1X A; 2AA1 B; 1VWT B; 3NG6 B; 1YGF B; 1CG5 A; 5CMV A; 3H58 A; 3OJ1 A; 2AUQ A; 1C7B B; 2ZSS A; 3K9Z A; 1KD2 B; 1C40 B; 2SPO A; 1YH9 B; 3NL7 A; 5EE4 C; 1O1L A; 1FN3 A; 1MGN A; 3OZV A; 1VXC A; 3MJU B; 1NS6 B; 2OHB A; 4TWV A; 5CHR A; 2D60 A; 2ZLU A; 1QXD A; 2W6W A; 1OBM A; 1YOG A; 2FRJ X; 2GDM A; 3M3A A; 1XZV B; 1O16 A; 2MGB A; 4NZI A; 2ZT3 A; 3CIU A; 1SDK A; 5CHQ A; 4L2M A; 1A9W A; 1MBI A; 4MQC B; 1DXV B; 4NXC A; 3WCT A; 1Y45 A; 2SPL A; 1Y4G B; 2H8D B; 3E5O A; 1A00 B; 1IOP A; 4G1B A; 1V4W A; 5EV5 A; 1O1O B; 3S65 A; 3DR9 A; 3LB1 A; 2MYE A; 2GTL A; 1BVD A; 1NGK A; 1K1K B; 1COH B; 1Y5F A; 1MOC A; 4PNJ A; 4KMW A; 1MNH A; 3WCV B; 1HCO B; 4MQK B; 1S5Y A; 1MYJ A; 1FSX A; 1CIO A; 5M3S A; 1VHB A; 3G4R A; 1MLK A; 1Y4R B; 2AUP A; 1Y4F A; 104M A; 1DXT A; 1JZL A; 2AV0 A; 4F4O A; 1IRC A; 1J7W B; 1O1M B; 1AJ9 B; 1MLG A; 1AJG A; 2HHD B; 2C0K A; 3FS4 A; 3PT7 A; 5ILM A; 3DHR A; 1Y22 B; 2HCO A; 3WR1 B; 1RQ4 A; 1O1I B; 1YFF B; 1NS9 B; 1Y8K B; 3UHH A; 1LFT B; 1CG8 A; 3GQG B; 4N8T A; 3UHK A; 1CH3 A; 4H2L B; 4F6G A; 2MGL A; 1YEU B; 4ROL A; 1YIE B; 1F5O A; 1V75 B; 2MBW A; 3LR9 A; 1VXA A; 4KJT A; 1HDB B; 3ZJJ A; 1S61 A; 3O7N A; 1VXD A; 1Y7D A; 4PQB A; 2FAM A; 110M A; 2ZS1 A; 1BUW B; 1G0B B; 1DXD A; 2O5L X; 1XQ5 B; 3UBC A; 1TU9 A; 2ZWJ A; 5AB8 A; 2ZS0 D; 1HHO B; 3LB3 A; 2OH9 A; 1YHR B; 2HBC A; 3QM9 A; 4U8U C; 1CMY A; 3KMF C; 2W6Y A; 1LFQ A; 1JL7 A; 3O89 A; 2R80 A; 1ECA A; 2V1F A; 6HBI A; 1WLA A; 1J7Y B; 1V5H A; 1C7C A; 1UVX A; 4NXA A; 1Y8W B; 1YIH A; 3ZH0 A; 3ZJO A; 2G12 A; 2HBS B; 3NMM B; 5HY8 A; 1QPW A; 2OLP A; 4N7P A; 1OFK A; 4M4A B; 3HF4 A; 3WCT D; 3R5I A; 4JYQ A; 3ODQ A; 1LJW B; 1L2K A; 1LA6 A; 1SDL B; 1Y35 B; 3UHY A; 3ONZ B; 1DKE A; 1OJ6 A; 1BIJ A; 4ODC B; 1MOH A; 3RJN B; 1NIH A; 1JW8 A; 3OO4 A; 2GTL D; 2HBD B; 2ZFO C; 3G4Q A; 3RGK A; 1D8U A; 5CNE A; 1CH1 A; 2VHB A; 1MNO A; 1S5X A; 1N9I A; 3VRE A; 1BAB B; 1HGB A; 2QFN A; 2G3H A; 3UHU A; 2G11 A; 4ROM B; 2LH3 A; 3P5Q A; 1Y4Q A; 1N9X A; 2CMM A; 1FSL A; 4NI1 A; 1HGC B; 1MLO A; 4WJG 1; 2BLH A; 2HBF B; 1GBV B; 2HHE A; 3WHM A; 1HAB A; 1RQ3 A; 3D7O A; 1Y8H A; 3GKV A; 5F2A A; 1YEV A; 4C44 A; 1S69 A; 3IC2 B; 3QZZ A; 1CP5 A; 4HSW A; 4U8U B; 1EBT A; 2LH6 A; 1J7S A; 1MKO B; 2ZSQ A; 1NPF A; 1Y4P B; 3D1A A; 1SHR A; 3PI4 A; 4ZVA A; 3S66 B; 4H07 A; 5SW7 B; 2ZS1 D; 1XZ2 A; 1DLY A; 2D2N A; 5CND A; 3OZU A; 5JDO D; 2B7H B; 3B75 B; 3PEL B; 1KFR A; 2H35 B; 1B86 A; 2MGG A; 2VYZ A; 1BVC A; 3ARJ A; 2ZT2 A; 4HRT B; 2XKG A; 3EOK B; 1GBU A; 4BJA A; 3QJD B; 1UIW B; 3KUN A; 3QJE A; 1PMB A; 1X9F A; 2EB9 A; 2ZFB B; 1XY0 B; 4YU3 B; 3WFW A; 2YRS A; 4NI0 B; 2MGJ A; 1YGD A; 2ZFO B; 3K8B A; 5CNB A; 1DO4 A; 1XXT B; 5EUI B; 1RQA B; 1ABW B; 4NS2 A; 3UGY A; 1Y5K B; 4NK2 A; 1HV4 A; 3UH5 A; 2VYW A; 3AG0 A; 2MYC A; 2QSS A; 2QMB B; 1FHJ A; 2QRW A; 1YEQ B; 1A0U A; 3D17 A; 3ZJI A; 1A3O B; 2OHA A; 2O5Q X; 1FAW A; 4F6F A; 3QJB A; 4MQI A; 1CLS A; 1QSH A; 2MGI A; 5JOM A; 1NZ5 A; 1YDZ A; 1BJE A; 1XYE A; 1F63 A; 1Y8I A; 3UHB A; 3HHB A; 2QFK A; 3ZJM A; 3NFE B; 2D2M D; 6HBW B; 105M A; 3IC0 A; 102M A; 1S0H B; 3QJC A; 1O1K B; 3AT6 B; 2WTH A; 4L7Y B; 107M A; 3HYU B; 1OUU A; 2V1J A; 1YE0 A; 3UHR A; 1DM1 A; 1G09 A; 1YCA A; 2ZS0 C; 3WTG A; 2LHB A; 1MWB A; 3GQP A; 1BZZ A; 1FDH G; 1CO8 A; 1HBG A; 3G46 A; 3GDJ A; 4MXL A; 1YEN B; 1X46 A; 1XZU B; 1DXC A; 1GCW B; 3ECZ A; 1WMU A; 3EU1 B; 3LR7 A; 2XKH A; 2MGF A; 3BJ2 A; 5KDQ B; 1HBS A; 1DWR A; 3UHT A; 4MBA A; 4ESA B; 3ZJR A; 1A4F A; 3AT5 B; 2QLS B; 3WCT C; 1A3N A; 4B3W A; 1BZ6 A; 2EVP A; 1QSI B; 1MYI A; 1Y7C A; 4M4B B; 1Y7G A; 2DN1 A; 4WJG A; 2R4W A; 2ZSX A; 4N7N A; 1J40 B; 3QM6 A; 2D2N D; 4PQC A; 3A0G A; 3BJ1 B; 2HZ3 A; 2Z6N B; 3HRW A; 2DC3 A; 1YMA A; 2Z6S A; 3PT8 B; 2GRZ A; 1Y0D B; 1PBX A; 3UHN A; 1WVP A; 4JAC A; 1YVT A; 1X9F D; 2RI4 A; 2FRK X; 5MBN A; 1HAC B; 2D5X B; 3A59 B; 1GZX A; 4NK1 A; 2MB5 A; 3CY5 B; 2KSC A; 2RAO B; 3GYS B; 1GDK A; 2QSP A; 1Y09 B; 5HU6 A; 3D1K B; 1UX8 A; 2ZS0 B; 3SZK A; 1DUK A; 1YOI A; 2BMM A; 3G4V A; 2EB8 A; 1J41 A; 4X0L A; 1FLP A; 4O35 A; 1W92 A; 4O2G A; 1BZ0 A; 1MLJ A; 1URV A; 1HLM A; 1N9H A; 2ZLX A; 1EW6 A; 3WFT A; 5JDO C; 1THB B; 1Y0C A; 1SDK B; 1Y2Z A; 1MZ0 A; 5EYJ A; 4MU5 A; 2AA1 A; 4HHB A; 5D5R A; 1DWT A; 3NG6 A; 1GDJ A; 1N9F A; 3WCT B; 1H97 A; 1K0Y B; 3ARK A; 3WCU C; 2OIF A; 1KD2 A; 1C40 A; 4UZV A; 2W72 C; 1M9P A; 2VM0 A; 1V4W B; 1O1J A; 3WFX A; 1LH2 A; 3MJU A; 3WFU A; 1NS6 A; 5KER A; 4FWX A; 3A2G A; 1OUT A; 2R1H B; 1Y5F B; 1LH3 A; 1XZV A; 3PIA B; 2O5B X; 1BZ1 B; 1MLL A; 1AZI A; 1LH7 A; 1QXE B; 3AQ5 A; 5JGG B; 1A01 A; 3ORD A; 1Y4F B; 1DXT B; 4OF9 A; 1Y4G A; 1MLR A; 1A0Z B; 1A00 A; 112M A; 1CPW A; 5C6E B; 1JZM A; 1IBE B; 3PT7 B; 3DHR B; 1F5P A; 1MTJ A; 2BNL A; 2D2M C; 3IXF A; 1RQ4 B; 3VAU A; 1HRM A; 2EVK A; 3LB4 A; 1COH A; 1KR7 A; 3HEO A; 3ASE A; 2DN2 B; 3VRG A; 3V2V A; 1CG8 B; 3BOM B; 2MHB A; 1C7D B; 1V4U B; 3QM8 A; 3WCV A; 3QMA A; 4ROL B; 1J52 A; 1G0A B; 1Y4R A; 1JF4 A; 1NZ3 A; 2H8F B; 1OFJ A; 1O1P A; 5HLU A; 1UFP A; 1O1M A; 1AJ9 A; 1JDO A; 2HHD A; 1LUE A; 1YE2 A; 1UFJ A; 1M6C A; 1Y22 A; 2PEG B; 5E29 B; 2O58 X; 3WCU B; 3UHS A; 2LH2 A; 2Z85 A; 1NS9 A; 2W72 B; 1J3Y B; 1Y8K A; 1LFQ B; 1SPG B; 1J3Z B; 1LFT A; 2NRL A; 1Q1F A; 1R1Y A; 4H2L A; 1IDR A; 1YEU A; 1C7C B; 1YEO B; 1V75 A; 3PI2 A; 2GKM A; 1NPG A; 3D4X A; 1CH2 A; 1NEJ B; 111M A; 3W4U B; 3AQ9 A; 1MYH A; 1MLS A; 1QPW B; 2ZT1 A; 5CN7 A; 1G0B A; 4N7P B; 4XDI A; 3HF4 B; 2G0R A; 3ODQ B; 2M6Z B; 1YHR A; 1X9F C; 1URY A; 3G53 A; 3LQD B; 1NIH B; 1IWH A; 1XZ7 B; 1Y46 B; 1Y4B B; 5CNF A; 1G9V B; 3M39 A; 1VXG A; 1S5X B; 3OK5 A; 3WCP A; 1HGB B; 2D2M B; 2NSR A; 2HBS A; 3NMM A; 3ECL A; 4O1T A; 1CO9 A; 2PGH B; 1Y4Q B; 3QM7 A; 5CN8 A; 2QU0 B; 1DTM A; 4M4A A; 2D5Z B; 2V1G A; 1MNK A; 3WCW A; 4NI1 B; 1Y31 A; 1LJW A; 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5CN4 A; 2ZFB A; 2MYB A; 1MOD A; 1XY0 A; 4YU3 A; 2DHB B; 3DUT A; 3E4N A; 4NI0 A; 2ZFO A; 3S1I A; 1HDS A; 5KKK A; 3IC0 B; 4H0B A; 1XXT A; 3QJC B; 5C6Y A; 1ABW A; 1JP9 A; 2EKT A; 2MGD A; 3UHZ A; 3GOU B; 1YMC A; 1YE0 B; 2QMB A; 1A9W E; 4HRR A; 1U7S A; 3WCW D; 1G09 B; 1YEQ A; 3UH3 A; 1A3O A; 1Y7Z B; 1BZZ B; 2SPM A; 3GDJ B; 1Y85 B; 4XS0 B; 1B0B A; 1RTX A; 1S56 A; 4O4T A; 1YHE A; 3BJ3 B; 3FH9 B; 4VHB A; 3BJ2 B; 1R1X B; 2GNV A; 1YHU D; 2MGK A; 2EF2 A; 1HBS B; 1LFZ A; 3NFE A; 1HBH B; 1CP0 A; 6HBW A; 3ZJL A; 1S0H A; 1O1K A; 3AT6 A; 1JY7 B; 4L7Y A; 1A4F B; 2DXM A; 3HYU A; 1ASH A; 1MNI A; 4F6J A; 1Y0W B; 3UHG A; 1JPB A; 3R0G A; 1U7R A; 1Y7G B; 5D1V A; 2DN1 B; 1IRD B; 2Z8A A; 3KUO A; 4IRO B; 3ZOM A; 5CNC A; 3QM5 A; 5EYS A; 1MYM A; 1G08 A; 3IA3 B; 2GKN A; 1ITH A; 1XZU A; 1YVQ B; 4YU4 A; 3EU1 A; 1ABS A; 1PBX B; 3ED9 A; 5B84 A; 1HSY A; 2GTL C; 5KDQ A; 5AZR A; 3UBV A; 2MYA A; 1YVT B; 2G0V A; 4ESA A; 2MGE A; 3EDB A; 1T1N B; 1BZP A; 3AT5 A; 1GCV A; 2QLS A; 1JEB B; 1LFY A; 3UHQ A; 1QSI A; 5HLX A; 1A6G A; 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